2DKVA

Crystal structure of class i chitinase from oryza sativa l. japonica
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
298
structure length
286
Chain Sequence
EQCGAQAGGARCPNCLCCSRWGWCGTTSDFCGDGCQSQCSGCDGVGSIVPRDLFERLLLHRNDGACPARGFYTYEAFLAAAAAFPAFGGTGNTETRKREVAAFLGQTSHETTGGWPTAPDGPFSWGYCFKQEQNPPSDYCQPSPEWPCAPGRKYYGRGPIQLSFNFNYGPAGRAIGVDLLSNPDLVATDATVSFKTALWFWMTPQGNKPSSHDVITGRWAPSPADAAAGRAPGYGVITNIVNGGLECGHGPDDRVANRIGFYQRYCGAFGIGTGGNLDCYNQRPFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering
doi rcsb
molecule keywords chitinase
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 99
structure length 286
sequence length 298
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2006-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
A PF00187 Chitin_bind_1 Chitin recognition protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dkvA02
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 2dkvA03
3.30.60.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 Endochitinase-like 2dkvA01
4N0JA 2EKSC 2H9KA 1KXXA 4GCDA 1XSFA 1LJ4A 2G4NA 5LYMA 1GHLA 1JJ1A 1LZYA 1QIOA 4NSIA 1XEIA 3P4ZA 4OW1A 1B0DA 3WYHA 1LSZA 1OQMA 4WLXA 1LYOA 5L3IA 2YBLA 1GB9A 1UIHA 1WVVA 1J1PY 1OUHA 1WTNA 5HLLA 5J7CA 4FDYA 3HBDA 2G4QA 3N9EA 2MEAA 3OK0A 1BGIA 9LYZA 1NWGA 1HF4A 1XGPC 2BQKA 2BQHA 1NQIA 4J7VA 4N1EI 1JEFA 1OUGA 1GFVA 1XEJA 3FI7A 3WUAA 1FKVA 2BQDA 2D6BA 5DM9A 2IHLA 3TXEA 1LZ4A 1LHLA 1CJ9A 4NGOA 5KXRA 1CJ7A 3WXUA 2Z18A 5D5CA 3A94A 1LSEA 1XGQC 3A92A 1BB7A 4TWSA 1LZBA 1HHLA 3AJNA 1HSXA 1IP7A 1P2CC 2DQAA 3VWOA 1GD6A 1OUJA 4DT3A 2IFFY 3B6LA 1QSWA 1B7RA 1SLYA 3LYOA 4HTNA 1D9UA 4R6CA 1IOQA 2HU3A 5ILFA 4PGJB 1YKZX 1P9ZA 4QY9A 1REZA 1WGCA 2LZ2A 1BWHA 3N9AA 3EBAB 4WM6A 1B5ZA 1CKCA 3B0IA 1H6MA 1REMA 1DPXA 4ZEEA 2XBRA 1C10A 2I26L 1A2YC 5LVJA 2G4PA 3TMUA 1LJNA 4KPMA 4NGVA 1UA6Y 3ZVQA 1IR7A 8LYZA 4W96A 3WMKA 1K7UA 2Z37A 4YEMA 4TX7A 1I56A 1TDYA 2HEFA 5KXPA 5KXLA 3A8ZA 1LZ6A 1IP2A 1FLUA 1C08C 1YAMA 4B4JA 2H9JA 9WGAA 4HV1A 2W1XA 4YOPA 5FCPA 4XJIA 4HV2A 4BADA 4WM3A 1YKXX 1MLCE 4GN5C 1IY4A 4HJZA 2CWIA 4ZIXA 2Z38A 1XGUC 5B1GA 2AUBA 1DI5A 2XBSA 1YL1X 4H9EA 5F16A 3CT0A 4ETAA 1WGTA 134LA 1DI4A 2A7FA 3M18B 4NGIA 4UWUA 2MEBA 2BQAA 1D6QA 2BQLA 1PS5A 2MEEA 4NHSA 4XENA 1V7TA 1B7PA 3LYMA 2LHMA 1LAAA 1D0KA 1LSAA 1RJCB 3AGGG 1B5XA 1JKCA 1GFUA 3B0OA 3OJPA 5B07A 4H9IA 2NWDX 3W6AA 4DC4A 2WARA 2BPUA 4NG8A 5E9RA 1E8LA 1IP4A 1CJ8A 2BQBA 5C6IA 1B7SA 4NGLA 3EMSA 4KT3A 3A34A 4NHIA 6LYTA 1K7TA 4TTDA 1DKKA 2LYZA 1UBZA 1XEKA 4YF2A 1KIQC 1GB3A 1TEWA 2ZYCA 4A7DA 4LT3A 1B7LA 2F2NA 2ZNXY 1LZ1A 3QY4A 4ML7A 4WM1A 4H9FA 1WVUA 1WQPA 1LHKA 1JKBA 2D91A 2Y8PA 4H9CA 4HTKA 5I4XA 4G49A 1IX0A 1G7MC 4OWAA 4XJGA 4LYZA 4XJFA 4YEOA 1UUZC 4HPIA 1I20A 1FDLY 1AKIA 1F6RA 2FYCA 4NGZA 5HNCA 5KXKA 4OWCA 1HFYA 4RDSA 2DQDY 2MECA 2BQMA 4XJBA 2HEDA 4KL7A 5I54A 4BAPA 1IWVA 1DQJC 1GBOA 1N4FA 1DPWA 3TXGA 5LINA 1DXJA 4TSCA 5K7OA 1UHAA 4ETCA 4GLVA 5LIOA 2MEDA 2D4IA 3IJVA 4B49A 1GWDA 1LKSA 1QUTA 5APEA 1JTOL 1ZMYL 1FLYA 1IO5A 2HTXA 1UIDA 1RFPA 1TAYA 3W6DA 4CFOA 5KXMA 1UIAA 3G3BB 3TMVA 1GDWA 1UIFA 3D9AC 1W6ZA 2LZTA 2I25L 1LMQA 2X0AA 4NHQA 3P68A 1JSEA 3A90A 2VB1A 2I6ZA 5II3A 1YROA 2DKVA 1INUA 1BB5A 4WM2A 1JIYA 2Z19A 2W1MA 5LAGA 3ULRA 1BHZA 1HFZA 3A96A 5KXTA 5KXWA 1IORA 1GF3A 3WW6A 1LMAA 4YENA 2BQGA 2C8OA 1AT5A 3CT5A 1IWTA 4XN6A 5D5FA 5IDDA 2DQIY 3W6FA 1WQQA 4DD2A 1FN5A 5I5QA 3TXBA 4B4EA 4NSGA 1IC7Y 4L41A 1GFJA 1IR9A 1GBZA 1GF6A 1HELA 3W6EA 5ILCA 4OWHA 1GFHA 4XADA 5APCA 5C6JA 4H90A 4QGZA 4ETDA 1MELL 2N5ZA 207LA 5APFA 5B1FA 1LYZA 5A3ZA 3AZ7A 1RCMA 4MR1A 1JWRA 4GLAA 4UWVA 1LMNA 2DQEY 4G4CA 4NHPA 4DD7A 1Q9BA 2YBHA 1LSNA 1V7SA 2DBTA 1JITA 4ETBA 154LA 1GEVA 5APDA 1GF9A 2EPEA 2MEFA 1FBIX 1GAYA 3LN2A 4MSTA 5L9JA 5M1YA 5LYZA 1GFGA 5KKJA 4P2EA 1BB4A 4G4HA 4LYCA 2BQOA 4H1PA 4M4OA 1IVMA 4LYMA 3T6UA 3BKHA 1LZEA 2Z39A 3AW6A 2ZNWY 3WVXA 1KXYA 1IR8A 1IWUA 1FLWA 1GFKA 1H87A 3BKVA 3MGWA 4QDNA 1ULKA 2BQNA 1LTMA 4C3WA 2BQCA 4NIJA 4PHIA 1JSFA 3A3RX 2BQEA 1LZRA 4LYTA 3LYTA 5B59A 1EQ4A 1GFTA 2C8PA 1NBYC 1GFAA 1GF7A 4NGWA 1BQLY 1NDGC 3IJUA 2UVOA 1WQNA 1ZV5L 1YIKA 4LT1A 5LVHA 1VDPA 3FE0A 3CSRA 3K3TA 4H8ZA 4LGKA 1JHLA 2CJLA 1ZVYB 1GE0A 3P65A 5DN4A 5EBHA 3AGIA 4WLYA 3RNXA 3TMXA 1OUDA 1JJ3A 1LHJA 3ATNA 1IY3A 1G7LC 1F10A 3WULA 4WLDA 4B0DA 4DDCA 2BQFA 4WG7A 4TUNA 2LB7A 1JISA 4LT2A 1UICA 4IJ4A 1GPQC 5DLAA 1OUIA 2HEBA 4WO9A 4C5FA 1YILA 1IIZA 4AGAA 5LAFA 1UACY 3HFMY 3AZ5A 1LZAA 1TBYA 1B5VA 4GCEA 4QEQA 1YKYX 5E4PA 1WQMA 4IASA 4ET8A 1IWXA 7WGAA 1AZFA 2MEGA 3WU8A 4O34A 1NF5A 1A4VA 1BWIA 1LPIA 3LHMA 4AXTA 1GFEA 4H94A 1GE4A 4LYBA 1IP5A 5HQ1A 1B7MA 1LZ8A 4MCKA 5AMYA 5F14A 1VAUA 1LHHA 1LZ9A 3EO5A 5KXXA 4N5RA 1OP9B 1Z55A 1OUCA 6LYZA 3RW8A 4WMGA 1JTTL 2D4JA 2YBJA 3A6CY 3EXDA 4DYGA 3A91A 2YSSC 1LJEA 4X3BA 5KXSA 1GBWA 1JTPL 4PRUA 1B7OA 1F6SA 1GBYA 5T3FA 1DZBX 4NY5A 1QSAA 1RI8B 1FLQA 1UC0A 1LJJA 4G9SA 3WUNA 208LA 5IELA 1LJGA 2CDSA 3TMWA 1IP3A 1LHMA 1B7NA 1GF4A 1LMPA 1B5WA 2XTHA 1IOSA 2X52A 2Q0MX 4HPEA 1WQOA 1JUGA 1LMCA 4H8XA 4LT0A 1QTEA 2B5ZA 2YVBA 3M3UA 1YAPA 1DKJA 3A93A 1NMMA 1BVKC 1IWYA 1B2KA 1LHIA 1YAQA 4H9HA 4DDBA 1C43A 4OWEA 1G7IC 1QUSA 2W1LA 4II8A 3WXTA 1ZVHL 4B4IA 3TXJA 3WPLA 1VDTA 1GXV2 1LMTA 5F81A 1LKRA 4OOOA 4RLNA 4XYYA 1HMLA 5KY1A 2A7DA 3LZTA 4NGYA 5LVIA 3LZ2A 4NHTA 4FJRA 4H9BA 4UWNA 2ZILA 2MEIA 1NHEA 1ULMA 1T3PA 1WTMA 3AB6A 1GAZA 2DQCY 4LFXA 4WP4A 3WPJA 1LYYA 194LA 1GF8A 5F9XA 4DD9A 4RW1A 3W6BA 1XFPL 1LMOA 3ATOA 1JKAA 4GCFA 1REYA 2WGCA 1GF5A 2RSCA 1B5UA 1GDXA 1O23A 1UIEA 1VDSA 3HBEX 4WLTA 1D6PA 1UCOA 1WQRA 1GB5A 3TXKA 3WUMA 4GN3A 3TXDA 2YBIA 4H8YA 1HC0A 5DN5A 1BWJA 1RE2A 1VEDA 1GB6A 3N9CA 4NGKA 1XGTC 1C46A 2H5ZA 4TSBA 3CT1A 1G7HC 5KXZA 2GV0A 1GE1A 1CKGA 1IC5Y 1LSFA 1NDMC 5KKIA 2CWGA 4XJHA 5A3EA 2ZIJA 4LFPA 1D0MA 1GB8A 1IOTA 2DQJY 2FBDA 5HNLA 2DQGY 5IHGA 1IC4Y 3RT5X 5F9UA 1QTKA 2HEEA 3P66A 3TXIA 5I53A 3WPKA 4GN4A 4ET9A 1LSCA 4CFPA 1LZCA 2YBNA 4PPOA 4DD3A 1CJ6A 1YL0X 4I0CA 1LZDA 2CGIA 5LVGA 1HSWA 3TXFA 1HNLA 4NG1A 5B06A 4PJ2C 3T36A 1IWZA 2BAAA 1P9GA 2FYDA 5DL9A 1LJIA 1QQYA 1CKHA 1HEVA 1OUEA 2HUBA 1LCNA 4H93A 1LJKA 5I4YA 1OUAA 1CKDA 1B7QA 1GF0A 4HTQA 4AMLA 1K7VA 1AT6A 1G7JC 4WL6A 3AGHA 5B05A 2HU1A 3D3DA 3GXKA 1B5YA 4CHXA 1GFRA 1JPOA 3SP3A 4BS7A 1NBZC 5I4WA 4H9AA 7LYZA 2BQIA 2F4GA 4HJYA 3QE8A 1PZYA 1YQVY 4IATA 3AZ4A 1B9OA 5KXNA 1TCYA 3WVYA 5LXWA 5KXOA 2XJWA 3A95A 3CSZA 5C6LA 1LJFA 1IEEA 1LZSA 4NSHA 1LSPA 3B72A 2DQHY 5KJ9A 1LJ3A 4DWXA 1T6VL 1GB0A 1LSGA 1VDQA 4KXIA 1GBSA 2Z2FA 2ZWBA 1UIGA 3CQLA 1LZNA 1GB2A 1GBXA 1ULNA 1HEOA 5LA5A 1YANA 1NKHA 1GEZA 4NSJA 3WU9A 5FDJA 3A6BY 1I1ZA 2HECA 1IOCA 4I8SA 4HSFA 4MPIA 5LVKA 4EOFA 4XJDA 4ZFPA 153LA 1FKQA 5JENB 3B0KA 4OOTA 1ALCA 4HP0A 2F4AA 3QNGA 1VFBC 4E3UA 1HMKA 3KAMA 1HENA 4D9ZA 2PC2A 1XGRC 3HBHA 3RU5A 2HEAA 4M6DA 3J6KA 4R0FA 4H92A 3CSQA 1REXA 2Z12A 1AM7A 3IWRA 4NWHA 4DDAA 4N9RA 1KIPC 2EQLA 1BB3A 1KXWA 4LYOA 1YAOA 3WL2A 1KIRC 4DD0A 1GXXA 4HJVA 4N1CC 1BB6A 1C7PA 1LSMA 1SQ2L 2YDGA 1IWWA 4GCCA 4GCBA 1HEMA 4U3XB 4WM5A 1LJHA 4LZTA 1QDTA 5LA8A 3ZEKA 4Z98A 2F30A 3CB7A 3WU7A 4PRQA 1EQ5A 1JJ0A 2ZYPA 2EIZC 3ZVQB 133LA 4CGEA 2FBBA 1F0WA 3AYQA 3AZ6A 1IP1A 2W1YA 5HMJA 1LZ5A 4G4BA 1IP6A 1HERA 2MEHA 4DD1A 1LZTA 4N8ZA 1HEWA 1LSDA 1GB7A 3F6ZA 4YM8A 2BLXA 1EQEA 4WO6A 1C45A 4WOAA 5LYTA 2D4KA 5FHWA 1QDRA 3A67Y 4RW2A 1J1XY 4RLMA 3W3EA 5FSTA 1LOZA 4J1AA 132LA 5FEKA 3A3QA 3E3DA 4ETEA 4NWEA 3LYZA 3WH1A 1HFXA 1JKDA 4NGJA 1VATA 3RZ4A 1CNSA 2X3TA 1CKFA 135LA 1EL1A 1LSYA 2LYMA 4J0LA 2DQFC 4NFVA 3TXHA 3WW5A 2ZQ3A 3G3AB 5L3HA 3AW7A 1LZGA 1LSBA 1HEQA 1W08A 4NEBA 2ZQ4A 1LYSA 4W94A 4ANRA 4WL7A 3P64A 1OUFA 2LYOA 4WM4A 1GE3A 2BLYA 2BQJA 4EMNA 5FELA 1D0LA 1DI3A 1BVXA 4BAFA 1HEPA 3J4GA 4Z3MA 4B1AA 4J1BA 1WKXA 5HMVA 193LA 4CJ2A 2Z2EA 1J1OY 4Z41A 1GE2A 1OUBA 2YBMA 3W6CA 4Z46A 3GXRA 4H91A 4WG1A 1UIBA 5KXYA 4OWBA 2ZIKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4N0JA 2EKSC 1KMAA 2RBSA 4AQNA 2G4NA 1G0JA 1LZYA 1G07A 1LSZA 4WLXA 5L3IA 3OE6A 1OUHA 4FDYA 3HBDA 2OE4X 201LA 164LA 4I7LA 2BQKA 1XEJA 3WUAA 1GFVA 242LA 2BQDA 2D6BA 4I7PA 1LZ4A 4JCVE 3WXUA 1BB7A 3V2YA 3C7ZA 1P2CC 1SX2A 3VWOA 198LA 4ARPA 1GD6A 4DT3A 1QSWA 1P3NA 196LA 2LZ2A 1P36A 3EBAB 1CKCA 1H6MA 4ZEEA 110LA 2I26L 1TUSA 2B70A 1A2YC 4LDEA 1UA6Y 3ZVQA 2B74A 119LA 2P6AC 108LA 3A8ZA 1DYEA 4B4JA 1VDDA 113LA 4WM3A 3SBBC 2OE9X 1DI5A 1WTJA 1YL1X 5F16A 3QTLD 1IY6A 2A7FA 4NGIA 3HH4A 4UWUA 1L68A 1D6QA 2BQLA 1SGQI 4XENA 3LYMA 2IGCA 2LHMA 2O79A 1QS5A 1B5XA 2A20A 1G0LA 3OJPA 4H9IA 1OV5A 2BPUA 5E9RA 2RBNA 5C6IA 1C66A 1B7SA 2RAYX 4KT3A 6LYTA 4EPIA 1DKKA 1XEKA 1GB3A 2ZYCA 244LA 4ML7A 150LA 2D91A 1QTHA 1IX0A 4XJGA 4LYZA 4XJFA 1F6RA 2FYCA 4NGZA 5HNCA 5KXKA 4OWCA 1ZURA 1RFHA 1C6EA 4RDSA 3TO9A 2MECA 2BQMA 3GUOA 4ETCA 2D4IA 3C80A 1QUTA 1L65A 1UIFA 1L72A 152LA 3F8VA 1OVKA 216LA 1Y1BA 2Z19A 2W1MA 2HULA 5LAGA 1BHZA 1PPFI 1XX6A 4YENA 5D5FA 4XN6A 236LA 1L80A 1IC7Y 1L06A 2F32A 1D2WA 1GFJA 4L41A 4I7SA 1GF6A 4NSGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4N0J A;  2EKS C;  1KMA A;  2RBS A;  4AQN A;  2G4N A;  1G0J A;  1LZY A;  1G07 A;  1LSZ A;  4WLX A;  5L3I A;  3OE6 A;  1OUH A;  4FDY A;  3HBD A;  2OE4 X;  201L A;  164L A;  4I7L A;  2BQK A;  1XEJ A;  3WUA A;  1GFV A;  242L A;  2BQD A;  2D6B A;  4I7P A;  1LZ4 A;  4JCV E;  3WXU A;  1BB7 A;  3V2Y A;  3C7Z A;  1P2C C;  1SX2 A;  3VWO A;  198L A;  4ARP A;  1GD6 A;  4DT3 A;  1QSW A;  1P3N A;  196L A;  2LZ2 A;  1P36 A;  3EBA B;  1CKC A;  1H6M A;  4ZEE A;  110L A;  2I26 L;  1TUS A;  2B70 A;  1A2Y C;  4LDE A;  1UA6 Y;  3ZVQ A;  2B74 A;  119L A;  2P6A C;  108L A;  3A8Z A;  1DYE A;  4B4J A;  1VDD A;  113L A;  4WM3 A;  3SBB C;  2OE9 X;  1DI5 A;  1WTJ A;  1YL1 X;  5F16 A;  3QTL D;  1IY6 A;  2A7F A;  4NGI A;  3HH4 A;  4UWU A;  1L68 A;  1D6Q A;  2BQL A;  1SGQ I;  4XEN A;  3LYM A;  2IGC A;  2LHM A;  2O79 A;  1QS5 A;  1B5X A;  2A20 A;  1G0L A;  3OJP A;  4H9I A;  1OV5 A;  2BPU A;  5E9R A;  2RBN A;  5C6I A;  1C66 A;  1B7S A;  2RAY X;  4KT3 A;  6LYT A;  4EPI A;  1DKK A;  1XEK A;  1GB3 A;  2ZYC A;  244L A;  4ML7 A; 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 4ETE A;  2HUM A;  3LYZ A;  4EXM A;  1HFX A;  1JKD A;  3RZ4 A;  1C6K A;  4J0L A;  4LZM A;  2DQF C;  3WW5 A;  3G3A B;  3SB6 A;  1HEQ A;  4W94 A;  1C65 A;  1L20 A;  3UGI A;  3C8S A;  3P64 A;  146L A;  1OUF A;  2LYO A;  262L A;  1DI3 A;  1BVX A;  4J1B A;  2B7X A;  5HMV A;  193L A;  4EKR A;  3W6C A;  4WG1 A;  1QTB A;  197L A;  2ZIK A;  1QTC A;  2B6W A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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