2DKVA

Crystal structure of class i chitinase from oryza sativa l. japonica
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
298
structure length
286
Chain Sequence
EQCGAQAGGARCPNCLCCSRWGWCGTTSDFCGDGCQSQCSGCDGVGSIVPRDLFERLLLHRNDGACPARGFYTYEAFLAAAAAFPAFGGTGNTETRKREVAAFLGQTSHETTGGWPTAPDGPFSWGYCFKQEQNPPSDYCQPSPEWPCAPGRKYYGRGPIQLSFNFNYGPAGRAIGVDLLSNPDLVATDATVSFKTALWFWMTPQGNKPSSHDVITGRWAPSPADAAAGRAPGYGVITNIVNGGLECGHGPDDRVANRIGFYQRYCGAFGIGTGGNLDCYNQRPFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering
doi rcsb
molecule keywords chitinase
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 99
structure length 286
sequence length 298
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2006-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
A PF00187 Chitin_bind_1 Chitin recognition protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dkvA02
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 2dkvA03
3.30.60.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 Endochitinase-like 2dkvA01
5DN5A 2C8PA 1FKQA 5KXNA 4NSHA 1JSEA 1BB5A 1JTTL 3M18B 4LT1A 4ZFPA 5ILFA 5C6JA 2IFFY 3BKHA 1HMKA 1V7SA 1UICA 4UWNA 2DKVA 1LJNA 1UIAA 1UUZC 2YBNA 5C6IA 3D9AC 2DQFC 3E3DA 1LSNA 1KIRC 2YDGA 5KY1A 3D3DA 4PGJB 4H9EA 5FSTA 4HTQA 4B49A 1C08C 1LSFA 1RI8B 4WL6A 5KKJA 4WM4A 2HUBA 1IP5A 4J0LA 1JISA 4PHIA 154LA 1IR8A 4OW1A 5LA8A 4DD9A 3T36A 3WMKA 1VDTA 2Y8PA 3J4GA 1INUA 4NHTA 1IWXA 1FLWA 4B0DA 5II3A 3AW6A 2BQFA 4N1CC 2W1LA 1OUEA 2NWDX 1RFPA 4H93A 1IX0A 1HEQA 1HERA 1LJJA 1LYOA 2BQAA 3AGGG 4IJ4A 1GFEA 4WLTA 5IHGA 4GN4A 1FKVA 1IC7Y 2W1YA 3ZVQA 1KXXA 4AMLA 4LYMA 4KPMA 4BADA 1IP2A 1IORA 1GF0A 2HEBA 4GCDA 5J7CA 5I4XA 2D4IA 1KIPC 1GFTA 2MEHA 4OOOA 1LSCA 1C10A 1HEPA 2MEAA 1LSYA 1LSZA 133LA 3CT5A 3WH1A 1I56A 5EBHA 3WW5A 2ZNWY 4R6CA 1VFBC 4DDAA 5M1YA 1IP4A 1IY4A 4PPOA 3ATNA 1GB5A 1NBZC 1SQ2L 2CGIA 3TXEA 3LHMA 4O34A 1B5VA 1WQNA 1HELA 1BVXA 4TUNA 5APFA 2XTHA 1B9OA 1LZCA 2CWIA 4DD3A 1IC5Y 1LJGA 1P2CC 2H9JA 4KT3A 1P9GA 1T6VL 4TSBA 3EO5A 1NF5A 4NGZA 1HEOA 1YAQA 5E4PA 1LSPA 1B7SA 1HNLA 1LMPA 5KXXA 1LSMA 3ATOA 1ALCA 1DI3A 5HNCA 1OUAA 4YOPA 1WTMA 3WXTA 9WGAA 2BPUA 1ZV5L 4C5FA 2BQCA 3W6BA 1YL1X 2XBRA 3A6BY 1NWGA 3CSQA 4XJFA 3QE8A 3P66A 3SP3A 3WYHA 2ZIJA 4HTNA 1IO5A 4A7DA 4BAFA 3LYMA 3TXDA 2FBDA 1AT5A 1BWHA 4NGJA 5B06A 1AT6A 1OQMA 3W6CA 3WU7A 1K7VA 3LYZA 5KXLA 4YEMA 1QDTA 2Z38A 1G7MC 4CFOA 1WGCA 1FLQA 2MEDA 3AZ7A 4KXIA 3K3TA 1B5WA 4NWEA 3WXUA 1LJ3A 1IIZA 1IOCA 3AGIA 4HPEA 4RLNA 1GE2A 1Z55A 2LZ2A 3WL2A 3ZVQB 4IATA 1DKJA 1ZMYL 2DQJY 4QY9A 1BB6A 3TMXA 4WO6A 4CJ2A 4Z46A 3FE0A 1LMNA 5APDA 5KXWA 1LKSA 3CSRA 4WM6A 4WLYA 2BAAA 4N0JA 1IWVA 1FBIX 2LYZA 4I0CA 4ETAA 1YROA 3N9AA 1CJ9A 4LYCA 2A7DA 1RJCB 4LYOA 1AKIA 2FYDA 2D91A 3B6LA 5I5QA 1YL0X 1Q9BA 1O23A 1GEZA 2DQEY 3AZ6A 3WUMA 4W96A 3BKVA 5ILCA 1LZ8A 1HMLA 2DQCY 4YEOA 1GB8A 1BWIA 1BB7A 1XGUC 4NGLA 4RW2A 3QNGA 1QDRA 4L41A 5LYMA 5T3FA 4NGYA 5LYZA 5L3HA 4YF2A 1TAYA 3AZ4A 4WL7A 5HNLA 3WUNA 1IR7A 2H9KA 1LZNA 4OWBA 1LJ4A 2MEEA 3EBAB 1JTOL 2EQLA 3P4ZA 4ML7A 2X52A 4EOFA 1CKFA 1N4FA 1GBYA 1UC0A 5I54A 1GAZA 1LSAA 1VAUA 2FBBA 1B7LA 1CJ7A 3FI7A 4QEQA 5KKIA 5B1GA 4OWAA 4NIJA 1LMCA 1OP9B 3T6UA 1JPOA 1G7HC 4XENA 2YBJA 1LHHA 5AMYA 4Z3MA 4H9HA 4WP4A 1LHLA 2HU3A 4NHSA 3A93A 1I1ZA 1TBYA 4J7VA 4LYTA 3A6CY 1JJ0A 2EKSC 3W3EA 1UACY 1J1PY 1AZFA 1CKHA 3MGWA 4OWEA 1QSAA 5LAGA 4YM8A 1WQPA 1WVUA 3TMUA 4N5RA 2Z39A 5IELA 1C43A 3F6ZA 4HJVA 3VWOA 4WM5A 4ETCA 4ETBA 2WARA 1UBZA 2EIZC 2B5ZA 4BAPA 1EQ4A 4R0FA 2BQGA 4NWHA 4ZEEA 1LMOA 2DBTA 4PRQA 1V7TA 4H8YA 2BQNA 4HV2A 1DPWA 3AYQA 4PRUA 1HEMA 1SLYA 4XJHA 3GXKA 2N5ZA 2LYOA 4HJYA 4NHPA 5C6LA 5FELA 4UWUA 1CNSA 2MEGA 4GCFA 4LFXA 1LZ6A 4ET8A 3RT5X 1YAPA 1JKDA 1T3PA 4YENA 4UWVA 1KXYA 1HSWA 4Z98A 5I53A 1UIBA 1LZ4A 1DPXA 1LYYA 1GDWA 3TXJA 4GLVA 1K7UA 2LZTA 1VDPA 3B0OA 3AZ5A 4MPIA 3N9EA 5KXKA 4NGVA 1LYSA 1F6SA 1LHIA 2UVOA 1LJHA 4NSIA 4BS7A 4NGIA 5LVHA 1LAAA 5I4WA 4NSGA 1LJIA 5DLAA 1IEEA 3A95A 3HBHA 153LA 5LXWA 2WGCA 1NQIA 4GCEA 1WKXA 1D9UA 2BQBA 4G4BA 4LYZA 1XEJA 2YBMA 4H90A 132LA 1NMMA 1OUCA 3WUAA 4LFPA 3W6DA 1GF5A 2VB1A 3A34A 1YAOA 5DM9A 1LHMA 1LZDA 3A94A 6LYTA 2Z19A 1H87A 3KAMA 2Q0MX 3W6AA 1JKCA 1D6PA 1LZGA 4TX7A 2ZQ4A 4J1AA 2YBLA 4EMNA 2DQDY 3WULA 1A4VA 1GFRA 4HPIA 1IWZA 1GD6A 1LZEA 1GXV2 4DDCA 1G7IC 2DQHY 3A3QA 3TXKA 3TXFA 1KIQC 2BQJA 4G9SA 1LJEA 4ANRA 1HENA 1GBWA 5KXTA 1FLYA 2MEBA 1GE1A 1LZAA 2Z2EA 4H94A 3A90A 4NGOA 5A3ZA 8LYZA 1XEKA 6LYZA 1GBSA 4N1EI 1RCMA 1IY3A 2RSCA 4LT0A 4LZTA 4QGZA 1B2KA 3EXDA 4NG8A 1J1XY 4NGKA 4M4OA 1LTMA 1WQQA 4NSJA 5F81A 1GB7A 1LSEA 1UHAA 4MCKA 1UIEA 1HFXA 4I8SA 1E8LA 1DKKA 1REZA 4MR1A 4H9IA 4DWXA 193LA 2LHMA 3WPKA 2HEEA 2HEDA 3W6EA 1LSGA 1GFKA 1ULKA 5L3IA 1LZTA 5I4YA 3LZ2A 1H6MA 4ETDA 4B1AA 4B4IA 1JSFA 1LMAA 2Z2FA 1UIFA 1REMA 4M6DA 1OUBA 5L9JA 1IC4Y 1GXXA 1GB6A 1HSXA 2YSSC 2YVBA 5A3EA 1REXA 1UCOA 1OUJA 135LA 2HU1A 2BQIA 2CDSA 4LT2A 1QUSA 1OUHA 4WG7A 1JJ3A 1XGRC 1WQOA 2EPEA 3G3BB 4WG1A 5IDDA 5KJ9A 4H9CA 1F10A 3A3RX 4DD7A 1GE0A 5B07A 1LSDA 3TXBA 1CKCA 4OWHA 3WPJA 3AGHA 5KXMA 5LVJA 1NBYC 1XSFA 4DD1A 3J6KA 1KXWA 2YBHA 4W94A 5E9RA 1HC0A 1LZYA 4TTDA 1LJKA 3LN2A 1IP3A 4WOAA 3WVYA 4ETEA 2F2NA 2ZIKA 3TXHA 1F6RA 5KXRA 3A8ZA 5FHWA 1JITA 4AGAA 1B5YA 1CKDA 2I6ZA 1OUGA 2D4KA 1JHLA 1W08A 1QSWA 2DQIY 1GB9A 1EQEA 5FDJA 4DYGA 4XJBA 1CJ8A 4RW1A 3P65A 3TMVA 1C45A 2I25L 3CSZA 1LZ9A 1GDXA 5B59A 2MECA 4H8XA 1LZ1A 4LGKA 1HFZA 1LZ5A 1ZVYB 1GPQC 1NDMC 1WVVA 1XEIA 2ZWBA 1IP1A 1BB3A 1DZBX 1GFAA 2BQKA 4XADA 5KXYA 4CFPA 3LZTA 1LMQA 1GF7A 3CQLA 3HFMY 4WM2A 1WGTA 1LPIA 1JTPL 3A92A 1LCNA 2LYMA 4WM3A 4NHIA 4IASA 1W6ZA 1QTKA 1LZSA 4XN6A 1ZVHL 4H9FA 4WMGA 1B7NA 3IJUA 2HECA 2Z12A 1HF4A 5LA5A 4XJIA 3IJVA 4GN5C 1RE2A 4HP0A 1LZRA 1EQ5A 3WU9A 4MSTA 5KXZA 1GBOA 1TEWA 5LYTA 1QUTA 5LAFA 1WTNA 3CB7A 1D0LA 1BQLY 4DT3A 1WQMA 5LVIA 1IOTA 2MEIA 1YILA 3M3UA 1IR9A 1GWDA 1TCYA 2BQHA 1GAYA 1QQYA 1CKGA 4NFVA 4TWSA 2G4QA 1IVMA 2F30A 1LHJA 1VATA 1IP7A 1A2YC 2ZYPA 4LYBA 2HTXA 4OWCA 5HLLA 1UIDA 1YKYX 1IWYA 1GFJA 4NG1A 4HTKA 1IOQA 1LHKA 2X3TA 1GHLA 1GBZA 3ZEKA 2H5ZA 3QY4A 5F14A 4Z41A 2G4NA 1B5ZA 1ULNA 1B7MA 2ZNXY 4J1BA 5D5CA 1CJ6A 1YAMA 2A7FA 2BQEA 5LVGA 3W6FA 4H8ZA 3WPLA 4H9AA 1HEWA 1UA6Y 5LVKA 1PZYA 1YQVY 1GB2A 5F9XA 1IOSA 1GF9A 4H9BA 1QTEA 3AW7A 3B72A 1HFYA 4B4JA 1B7PA 1F0WA 1FN5A 1VDSA 4U3XB 1GE3A 4NHQA 1FDLY 1OUIA 2FYCA 9LYZA 1K7TA 2XBSA 1GFUA 5KXOA 1IWWA 3TMWA 2GV0A 3OK0A 1JWRA 1GFGA 1IP6A 1XGTC 1GFVA 1IWUA 4XJGA 5F16A 4DC4A 2DQAA 1MLCE 1D0KA 1P9ZA 208LA 3WU8A 1C46A 1B7RA 4G49A 5B05A 4GCCA 4WLDA 5HMVA 1NHEA 1GB3A 4FJRA 4GLAA 4QDNA 3RNXA 7WGAA 5JENB 2BQOA 1BGIA 2BLXA 3OJPA 1XGPC 1B7OA 1BHZA 1J1OY 3A96A 1BVKC 3B0KA 4H92A 1GB0A 194LA 2I26L 1GBXA 2AUBA 2MEFA 1JKBA 5LIOA 3HBDA 4P2EA 4XJDA 1UIGA 4RLMA 4FDYA 1LJFA 2PC2A 1JKAA 2ZQ3A 1JEFA 5D5FA 5B1FA 3RZ4A 4ZIXA 1VDQA 5DN4A 2YBIA 1I20A 1JUGA 5APCA 3B0IA 5APEA 1G7LC 2ZYCA 3IWRA 3EMSA 1G7JC 5KXPA 3CT1A 134LA 1YKZX 3CT0A 3TXGA 4WO9A 1LZBA 3G3AB 1JIYA 1NKHA 4PJ2C 2BQMA 4N9RA 1D0MA 2D6BA 4II8A 2ZILA 4AXTA 4G4HA 2Z37A 3RU5A 2C8OA 5HQ1A 1UIHA 2W1XA 1B5XA 1BB4A 1BWJA 4DD2A 4DDBA 4HJZA 1MELL 4LT3A 3WW6A 4NY5A 1DQJC 4H91A 1LOZA 1VEDA 2W1MA 3LYTA 1LYZA 5HMJA 2HEAA 2CJLA 4OOTA 4B4EA 7LYZA 4RDSA 5FCPA 1HHLA 2CWGA 1PS5A 4H1PA 1LSBA 1B5UA 2Z18A 4XYYA 1GF6A 4NGWA 1NDGC 5K7OA 3LYOA 3N9CA 1GEVA 1C7PA 4CHXA 4KL7A 1LMTA 1GFHA 2BQDA 4D9ZA 1D6QA 3GXRA 4NEBA 5DL9A 1YKXX 3AB6A 2F4GA 3P64A 1GF3A 4C3WA 1REYA 3P68A 4DD0A 1IWTA 1JJ1A 3A91A 1XFPL 1EL1A 1B7QA 4WLXA 1B0DA 4GCBA 1GF8A 5KXSA 2F4AA 4GN3A 2X0AA 3TXIA 1FLUA 3AJNA 1YIKA 1TDYA 4CGEA 2G4PA 1YANA 4TSCA 4N8ZA 1DI4A 2BQLA 2HEFA 4HV1A 1DXJA 1QIOA 1XGQC 3HBEX 2DQGY 1LKRA 1AM7A 3WVXA 3ULRA 2IHLA 1GE4A 3RW8A 1GF4A 1ULMA 2BLYA 2XJWA 4G4CA 4WM1A 1WQRA 1OUDA 1OUFA 4X3BA 2D4JA 4HSFA 5FEKA 4E3UA 1DI5A 207LA 4ET9A 5LINA 5F9UA 2LB7A 1HEVA 3A67Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SBBC 2C8PA 3DN4A 185LA 1BB5A 4ZFPA 2IFFY 4W56A 259LA 1UIAA 2Q9EA 5C6IA 3D9AC 2DQFC 3E3DA 4PGJB 1L81A 4H9EA 5FSTA 1C08C 2RBOA 1LSFA 4WM4A 4PHIA 2K9HA 1IR8A 1SGNI 1L80A 1VDTA 2Y8PA 1IWXA 1FLWA 4DQ5A 5II3A 2BQFA 4N1CC 2W1LA 2BQAA 1GFEA 1L36A 1ZWNA 150LA 4AMLA 4KPMA 1IORA 1C69A 5J7CA 5I4XA 238LA 1P36A 2LEOA 2D4IA 2MEHA 1IY6A 2ERWA 1L29A 1C10A 2MEAA 1QTDA 3WH1A 3WW5A 4DDAA 1IP4A 157LA 145LA 1L59A 1B5VA 2HUMA 1LZCA 2CWIA 1LJGA 1P2CC 5FUXA 230LA 4TSBA 258LA 4NGZA 5KXXA 3MEKA 3ATOA 1ALCA 2YUUA 1L47A 4C5FA 5LZMA 3W6BA 1L90A 2XBRA 2OVOA 3P66A 1M8CA 3TO9A 2SGQI 1G7MC 1WGCA 1FLQA 1IIZA 3ZVQB 3WL2A 4DQJA 4WO6A 1L09A 1L32A 3HTDA 3TO7A 4N0JA 1IWVA 4I7NA 172LA 3N9AA 4LYOA 1AKIA 2FYDA 1M8BA 4EPFA 1X4SA 3WUMA 1GEZA 4W96A 5EX0A 3QNGA 1DYEA 5LYMA 5T3FA 195LA 5L3HA 2W0TA 1TAYA 3AZ4A 1IR7A 4OWBA 1LJ4A 2NTHA 3EBAB 1JTOL 3P4ZA 2X52A 3OE9A 1N4FA 1GBYA 5I54A 1LSAA 1CV3A 1VAUA 1SX2A 3FI7A 2OU2A 4OWAA 2OD1A 1G7HC 4XENA 5AMYA 4WP4A 227LA 1LHLA 3UEYA 3FSYA 1TBYA 3A6CY 103LA 2EKSC 1AZFA 1CKHA 1P7SA 3HH3A 2Z39A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SBB C;  2C8P A;  3DN4 A;  185L A;  1BB5 A;  4ZFP A;  2IFF Y;  4W56 A;  259L A;  1UIA A;  2Q9E A;  5C6I A;  3D9A C;  2DQF C;  3E3D A;  4PGJ B;  1L81 A;  4H9E A;  5FST A;  1C08 C;  2RBO A;  1LSF A;  4WM4 A;  4PHI A;  2K9H A;  1IR8 A;  1SGN I;  1L80 A;  1VDT A;  2Y8P A;  1IWX A;  1FLW A;  4DQ5 A;  5II3 A;  2BQF A;  4N1C C;  2W1L A;  2BQA A;  1GFE A;  1L36 A;  1ZWN A;  150L A;  4AML A;  4KPM A;  1IOR A;  1C69 A;  5J7C A;  5I4X A;  238L A;  1P36 A;  2LEO A;  2D4I A;  2MEH A;  1IY6 A;  2ERW A;  1L29 A;  1C10 A;  2MEA A;  1QTD A;  3WH1 A;  3WW5 A;  4DDA A;  1IP4 A;  157L A;  145L A;  1L59 A;  1B5V A;  2HUM A;  1LZC A;  2CWI A;  1LJG A;  1P2C C;  5FUX A;  230L A;  4TSB A;  258L A;  4NGZ A;  5KXX A;  3MEK A;  3ATO A;  1ALC A;  2YUU A;  1L47 A;  4C5F A;  5LZM A;  3W6B A;  1L90 A;  2XBR A;  2OVO A;  3P66 A;  1M8C A;  3TO9 A;  2SGQ I;  1G7M C;  1WGC A;  1FLQ A;  1IIZ A;  3ZVQ B;  3WL2 A;  4DQJ A;  4WO6 A;  1L09 A;  1L32 A;  3HTD A;  3TO7 A;  4N0J A;  1IWV A;  4I7N A;  172L A;  3N9A A;  4LYO A;  1AKI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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