2DKVA

Crystal structure of class i chitinase from oryza sativa l. japonica
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
298
structure length
286
Chain Sequence
EQCGAQAGGARCPNCLCCSRWGWCGTTSDFCGDGCQSQCSGCDGVGSIVPRDLFERLLLHRNDGACPARGFYTYEAFLAAAAAFPAFGGTGNTETRKREVAAFLGQTSHETTGGWPTAPDGPFSWGYCFKQEQNPPSDYCQPSPEWPCAPGRKYYGRGPIQLSFNFNYGPAGRAIGVDLLSNPDLVATDATVSFKTALWFWMTPQGNKPSSHDVITGRWAPSPADAAAGRAPGYGVITNIVNGGLECGHGPDDRVANRIGFYQRYCGAFGIGTGGNLDCYNQRPFN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of full-length class I chitinase from rice revealed by X-ray crystallography and small-angle X-ray scattering
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
molecule keywords chitinase
total genus 99
structure length 286
sequence length 298
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2006-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
A PF00187 Chitin_bind_1 Chitin recognition protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2dkvA02
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 2dkvA03
3.30.60.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 Endochitinase-like 2dkvA01
1HELA 2BAAA 5JENB 1GB3A 1WTMA 4ZIXA 3LYMA 1LSAA 5KXPA 4CHXA 1TCYA 1EQ5A 1QUTA 1YAOA 1D0LA 4H9EA 1UIGA 3ZEKA 4XJGA 5I54A 1B7OA 1IY3A 1EQEA 1F6RA 1UIHA 4H9HA 4J0LA 3W6EA 6LYTA 5KXTA 1V7TA 1D6QA 3WPKA 3TMWA 1GFHA 4HV1A 1GE0A 1GF7A 1IWZA 1QQYA 1REZA 3W3EA 2X3TA 2X52A 3ZVQA 4BAPA 2VB1A 1KXXA 2I26L 5KXRA 4NGJA 1FKVA 1JJ0A 1D6PA 1JTOL 4WLTA 5HLLA 1B5WA 1LZGA 5DN5A 4BS7A 4B4JA 3A3RX 1SLYA 1C46A 1YL0X 1IC5Y 5C6IA 1B5VA 4H9CA 5B05A 1JJ3A 5KXXA 3AZ7A 4B4EA 4R0FA 1BB3A 1BWIA 1O23A 4WLDA 3BKHA 1T6VL 4XJHA 1LHHA 3D3DA 1GE1A 1GAYA 4WLXA 2MEHA 2BLYA 4RW2A 4GN4A 1IEEA 3OJPA 5KXKA 2WARA 3CSZA 5A3EA 2IFFY 3CSRA 1GDWA 1GD6A 1JUGA 2EKSC 3W6DA 153LA 1LZRA 2MEAA 1LZNA 1H6MA 1LJGA 1F0WA 3A6CY 4OWBA 2ZYCA 3WXUA 4A7DA 1GBSA 1YAPA 2LYMA 3N9EA 1XSFA 1HEPA 4CJ2A 1GHLA 2CWIA 4LT3A 1HFZA 1BWJA 1LZ1A 3TXFA 1GFVA 3CQLA 2CJLA 2Z37A 4HTKA 1BVXA 2PC2A 1G7JC 2DQIY 4HV2A 4FJRA 4KPMA 193LA 4DD0A 2HEFA 1B7LA 1OUDA 1LHKA 3G3BB 2HTXA 4NGLA 4B0DA 4EMNA 2BQLA 2D91A 1UUZC 4OWEA 3AJNA 1I1ZA 2XBSA 1HEQA 1LJFA 1T3PA 1LMAA 1ZV5L 2BPUA 2HU1A 2DQJY 3AGHA 4NSIA 1B5XA 1LZAA 3EO5A 4NSHA 2MEIA 1GFEA 4GCCA 1BB7A 3GXRA 1WKXA 5FEKA 1AT6A 1CKCA 8LYZA 3A3QA 1FDLY 3CT5A 4H8YA 5LVJA 1BQLY 2ZIJA 4HSFA 1G7HC 1EL1A 1YANA 3WW5A 2HEDA 3BKVA 3CB7A 3FI7A 4OWCA 5B07A 4CFPA 1LHMA 1C10A 1IP4A 4DDBA 5K7OA 1GBXA 1GE2A 2CWGA 5LVKA 2BQBA 1NKHA 1XEJA 2FYCA 4J7VA 7LYZA 4H9IA 4DDCA 3A8ZA 1YL1X 4H9AA 4G4HA 2DQEY 4DD9A 3T36A 3AZ5A 1JKBA 2BQNA 4M6DA 5II3A 1XGQC 1C08C 2YBHA 4C3WA 4PRQA 1BB5A 4QY9A 4TTDA 4DD2A 1LYZA 1LJJA 1LSNA 4M4OA 1I56A 3QNGA 4NGIA 4Z3MA 4B1AA 4AXTA 4H92A 1QSAA 4IATA 5I5QA 4Z98A 1LHLA 1WQOA 1LJKA 1KIPC 2YBMA 5KY1A 4C5FA 1JHLA 3A95A 1HFXA 1LJ3A 2A7DA 133LA 4UWUA 1ULNA 1IX0A 1FLUA 1CJ6A 4J1AA 3WVXA 3AYQA 2EPEA 2BQKA 1RCMA 1GF9A 1J1OY 4GN3A 1HSXA 4HPIA 1IP2A 1LSFA 4ZFPA 5B59A 2H9JA 4AMLA 1VDQA 1IOSA 4OOOA 4YOPA 3AZ6A 1IP6A 1GB8A 4G49A 1IC7Y 4PRUA 1JISA 2D4JA 1GFKA 2YVBA 4NHTA 5M1YA 1LZ9A 2ZWBA 3AZ4A 1CKDA 2C8PA 2HECA 2Y8PA 4NHSA 3RW8A 5B06A 2BQFA 4AGAA 4QGZA 1XGUC 1HF4A 2YSSC 1KXYA 4N8ZA 1F6SA 3KAMA 1GPQC 1JKCA 2W1YA 1LZEA 4H93A 4B4IA 1GBZA 1FLWA 1HSWA 2ZYPA 3EBAB 4NWEA 5KJ9A 1LMPA 1YKZX 1K7VA 4DD1A 2ZQ3A 4ML7A 1LJIA 2ZIKA 4N1EI 5DM9A 5KKJA 3B72A 1LZ8A 1GFUA 2MEDA 1IOQA 2CGIA 4LFXA 4NEBA 1UHAA 194LA 2FBBA 2Z2FA 5D5FA 1FKQA 1LZYA 1LMTA 208LA 1C7PA 5T3FA 3TXJA 3P65A 1IC4Y 4WL6A 1UC0A 4WL7A 5LYZA 2YBNA 1KXWA 1HEOA 4WG1A 4YENA 4PPOA 1P2CC 1JSFA 1UICA 4XENA 5B1GA 5L3IA 4LGKA 3SP3A 3AGGG 3WH1A 3HBEX 4II8A 1WTNA 5J7CA 1VATA 2DQGY 4HJZA 5AMYA 1K7UA 3P4ZA 4WG7A 5APCA 3HFMY 4DD7A 1LSPA 1IWVA 1LZ6A 1LSEA 4RLMA 3RU5A 3LHMA 1LAAA 1WQNA 4OW1A 5APFA 2D4KA 3HBDA 1IVMA 5C6JA 2CDSA 4D9ZA 4XJIA 4NSGA 1UIDA 1HERA 1DI3A 4NG8A 5KXYA 1IWTA 3G3AB 1B5UA 2BQAA 4X3BA 3CT0A 5EBHA 2LZ2A 4YEMA 1G7LC 4YF2A 4LYZA 3RT5X 4H90A 1NQIA 1CNSA 4WM6A 1FBIX 3AB6A 4RDSA 4W96A 3WVYA 1YKYX 4Z41A 3GXKA 1ALCA 4DWXA 5KXWA 2BQMA 2DQAA 2W1XA 1PZYA 4GCDA 3WU7A 6LYZA 2ZILA 4ET8A 1UACY 3A93A 3M3UA 1E8LA 1LKRA 2FBDA 1HENA 1N4FA 3WULA 1UBZA 1B7PA 1LZCA 5IHGA 4H8XA 1YQVY 1LSDA 3K3TA 1LSZA 1ZVYB 4N1CC 1LJEA 1QTEA 4LFPA 2XJWA 4YM8A 1WGTA 2HEAA 4LYCA 1IIZA 5HMVA 1AT5A 4N0JA 1F10A 5HNCA 3EMSA 4H9BA 3QY4A 4WMGA 1VFBC 1B7SA 1LSBA 1BWHA 1CJ9A 1GDXA 1I20A 3ATNA 4G4CA 1CJ8A 5KKIA 1QDRA 1TAYA 3AW7A 4R6CA 4RLNA 3WPJA 5F9XA 2Z12A 1IORA 3WUMA 3IJVA 2UVOA 1Z55A 3A91A 3M18B 2BQEA 5HNLA 2N5ZA 5A3ZA 1NDGC 1GE4A 2D4IA 4IASA 4IJ4A 1QDTA 4RW1A 4OWAA 4WM3A 5IDDA 1ZVHL 2LB7A 1OUCA 1LPIA 2I25L 2FYDA 4CGEA 1LSMA 5E9RA 2HUBA 3OK0A 4LYTA 4WM5A 4H91A 3ZVQB 1JEFA 5ILFA 1SQ2L 2XTHA 5IELA 1IR8A 2EQLA 3J6KA 1OUBA 2HEEA 4HTQA 4WO6A 3TXKA 2Q0MX 4HPEA 1GF4A 4NY5A 1GEVA 5KXOA 1K7TA 3LYZA 1OUJA 2RSCA 4ET9A 4LZTA 2DQHY 1GF5A 1LJHA 4HJYA 3TMUA 4J1BA 3HBHA 2BQIA 1UIEA 1REYA 3ULRA 2W1MA 1GXXA 4MSTA 1GE3A 1NHEA 1B5YA 5LINA 1WVVA 5FELA 3WMKA 1B7QA 1XGRC 1NF5A 4OOTA 4OWHA 4WOAA 1C43A 1RI8B 3A6BY 5LVHA 1LSGA 2MEFA 1OP9B 1AZFA 2F30A 2H5ZA 1ULKA 4BADA 1IOCA 4MPIA 3A94A 5F81A 1IOTA 1LZDA 1LHJA 1LYYA 1CKGA 1LYOA 4KXIA 1GF8A 2Z18A 5FHWA 1LSYA 4NFVA 5KXZA 3TXBA 5LYMA 3B0KA 4YEOA 1BGIA 1BVKC 1RE2A 3FE0A 4E3UA 1XEKA 1HNLA 5L3HA 2ZQ4A 1UIFA 2F4GA 4TWSA 3AGIA 1B9OA 2X0AA 1ZMYL 3IWRA 3TXHA 3W6BA 1BB4A 5LA8A 1B0DA 1GB6A 1XFPL 132LA 1J1PY 4CFOA 1IWUA 5F9UA 5LAGA 1LYSA 1VDSA 2BQJA 3MGWA 5DL9A 5LA5A 1WQRA 2XBRA 5I4XA 3TXEA 1GAZA 1LZBA 1G7MC 2I6ZA 4FDYA 4H1PA 1REXA 4NGKA 2A7FA 1A2YC 1GFTA 2DQFC 1VDTA 1GBOA 3WPLA 1AM7A 1IP5A 1GBYA 1RFPA 3A34A 4HTNA 3W6AA 9WGAA 4NWHA 4DD3A 4UWNA 4O34A 1DXJA 1EQ4A 3ATOA 1GB2A 5I53A 5FSTA 4PHIA 4ETEA 4KL7A 1FLQA 2IHLA 3J4GA 4ZEEA 3EXDA 1DPWA 2DKVA 2DQDY 5L9JA 2BQCA 4XADA 4NGZA 1IO5A 1D9UA 2HEBA 1JIYA 2BQOA 1HHLA 5LVGA 1UIBA 1LZSA 4U3XB 1MELL 4WM4A 2DBTA 1TEWA 1XEIA 3N9AA 4N9RA 4NGWA 1H87A 1HMKA 2LHMA 1DZBX 2GV0A 1HEMA 5DLAA 1NWGA 4H94A 1KIRC 1LCNA 3A90A 1INUA 4B49A 2B5ZA 4ETAA 1CKFA 1JJ1A 2NWDX 3QE8A 1OUFA 207LA 154LA 4PJ2C 1IWXA 1DI4A 4KT3A 4WO9A 5F16A 1OUGA 5KXLA 1IY4A 134LA 1KIQC 5LXWA 3A67Y 3W6FA 1GB5A 5KXSA 4NHIA 3LYOA 1UA6Y 4LYOA 3TMXA 1GBWA 4GN5C 2F4AA 3WU9A 5LYTA 4LYBA 1UIAA 4WP4A 1LHIA 1QUSA 3B0OA 4NGVA 1UCOA 2ZNWY 1LZ5A 1GF0A 3CT1A 1QSWA 5KXMA 3P68A 1BHZA 2D6BA 1PS5A 3WL2A 1RJCB 2MEEA 3W6CA 1GFGA 4MCKA 4WLYA 2MECA 4NGOA 4DDAA 4DYGA 1JSEA 1WVUA 1YILA 1QTKA 4HP0A 1GFAA 1TBYA 5FDJA 1HEWA 5APEA 1REMA 4QDNA 4G9SA 3WW6A 1JTPL 2BLXA 4XJDA 1JPOA 3LZ2A 4XJBA 2YBJA 1OUIA 4LT1A 1LOZA 1NMMA 1GEZA 4HJVA 1G7IC 2BQHA 5DN4A 3WUNA 1IR9A 1YAQA 4GLVA 1JTTL 4MR1A 3RZ4A 1ULMA 4TSCA 2G4QA 2Z39A 1DI5A 1B2KA 1BB6A 1IR7A 4TUNA 1W08A 4NSJA 3TXGA 4NHPA 1B7MA 1WQPA 2DQCY 1JWRA 4TX7A 1TDYA 4I0CA 1IWYA 1GF3A 1HMLA 1V7SA 2LYZA 2Z2EA 4WM2A 3WUAA 1QIOA 4UWVA 4WM1A 1P9GA 1AKIA 1OUEA 1D0MA 1HEVA 4NG1A 1MLCE 2F2NA 1LSCA 1LTMA 1OQMA 1OUHA 1XGPC 3B6LA 1WQMA 2C8OA 4XJFA 3WXTA 4GCBA 4P2EA 1HC0A 4GCEA 1XGTC 1CKHA 3TXIA 5B1FA 7WGAA 1GWDA 3LZTA 1JITA 3AW6A 1IP1A 1IWWA 2MEBA 5HQ1A 3RNXA 2EIZC 2Z38A 4EOFA 5I4WA 1FN5A 4XYYA 1B5ZA 1W6ZA 9LYZA 1WGCA 1LKSA 2G4PA 5E4PA 3A96A 4PGJB 4W94A 4ETCA 1DQJC 1GF6A 1LZ4A 3T6UA 1LJ4A 3N9CA 1IP3A 3A92A 4LT0A 4Z46A 5FCPA 4ANRA 1NBYC 1NBZC 1LMCA 4LT2A 2G4NA 1DKKA 4H9FA 2MEGA 1B7NA 1LMOA 3F6ZA 4TSBA 5KXNA 4BAFA 4DT3A 5F14A 2LZTA 1YAMA 1B7RA 3CSQA 4G4BA 2WGCA 2YBLA 4GCFA 1IP7A 1JKDA 1NDMC 2AUBA 2YBIA 5LAFA 2LYOA 4ETBA 1LJNA 1YIKA 1GB7A 3E3DA 4GLAA 5LVIA 1VEDA 2Z19A 5ILCA 1CJ7A 1LMQA 1LZTA 1YROA 2BQDA 1GFRA 3D9AC 4LYMA 5APDA 5LIOA 4NIJA 2H9KA 3TXDA 4L41A 2ZNXY 2W1LA 5C6LA 5I4YA 3P66A 4N5RA 135LA 4DC4A 3WYHA 1HFYA 1YKXX 3B0IA 1GFJA 3IJUA 4H8ZA 4NHQA 4ETDA 3P64A 1GB9A 1GB0A 5D5CA 1OUAA 3TMVA 1WQQA 4NGYA 4XN6A 1GXV2 3LN2A 2BQGA 5HMJA 1Q9BA 1JKAA 1P9ZA 1VAUA 4QEQA 2HU3A 3VWOA 3WU8A 1DKJA 1FLYA 1D0KA 1A4VA 1C45A 1LMNA 3LYTA 2YDGA 4I8SA 1DPXA 1J1XY 1VDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JENB 1CHOI 4B6DA 1YAOA 4H9EA 4LDEA 1IY3A 3OE6A 6LYTA 5KXTA 2E5RA 2E73A 1IWZA 2X3TA 2X52A 4I7PA 1KXXA 4NGJA 1FKVA 1DYDA 4WLTA 1B5WA 4UXHA 2ODDA 3FADA 4B4JA 1YL0X 1C46A 4ARQA 4H9CA 3CDTA 3V2WA 5KXXA 4B4EA 1O23A 3SB7A 3HTGA 3D3DA 1C6LA 1GAYA 1P36A 3HUKA 4RW2A 2JA1A 3C82A 5KXKA 2WARA 3R5BA 1H0ZA 161LA 1GDWA 1LZRA 1G0MA 1F0WA 1L49A 1L70A 1P7SA 2LYMA 2OU9A 3F9LA 2CWIA 1DYGA 1GFVA 3SB5A 4L9MA 1BVXA 2PC2A 1L92A 1PCEA 2B72A 2HEFA 2P6AC 2HTXA 4NGLA 4B0DA 2BQLA 115LA 1HEQA 1LJFA 1ZV5L 2HU1A 4NSIA 5EX3A 2DQJY 127LA 1B5XA 1GFEA 2HULA 2OTZX 5LVJA 3RU0A 1BQLY 4HSFA 3WW5A 126LA 243LA 110LA 2BQBA 2FYCA 1X4SA 3C83A 1L89A 1YL1X 221LA 4DD9A 2OVOA 1JKBA 1XGQC 1C08C 2YBHA 1L77A 3G3VA 1BB5A 1LI6A 2XRCA 1LJJA 3D00A 4AXTA 1QSAA 1L02A 2A7DA 1LJ3A 1I6SA 1CJ6A 1L19A 4J1AA 3TO9A 3WVXA 2BQKA 146LA 1L62A 1PPFI 1DYCA 4YOPA 3AZ6A 1IC7Y 1JISA 2YVBA 3AZ4A 1CU3A 2C8PA 1CV5A 3DNAA 4QGZA 1XGUC 1HF4A 1LLHA 1LZEA 1K7VA 1P9ZA 3EBAB 3R5CA 1LI2A 1GFUA 1C6GA 4LFXA 1LMTA 3TXJA 1UC0A 5LYZA 2YBNA 1HEOA 5B1GA 5L3IA 1G1WA 2OZUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5JEN B;  1YAO A;  4H9E A;  4LDE A;  1IY3 A;  3OE6 A;  6LYT A;  5KXT A;  1IWZ A;  2X3T A;  2X52 A;  4I7P A;  1KXX A;  4NGJ A;  1FKV A;  1DYD A;  4WLT A;  1B5W A;  3FAD A;  4B4J A;  1YL0 X;  1C46 A;  4ARQ A;  4H9C A;  3CDT A;  3V2W A;  5KXX A;  4B4E A;  1O23 A;  3SB7 A;  3HTG A;  3D3D A;  1C6L A;  1GAY A;  1P36 A;  3HUK A;  4RW2 A;  3C82 A;  5KXK A;  2WAR A;  161L A;  1GDW A;  1LZR A;  1G0M A;  1F0W A;  1L49 A;  1L70 A;  1P7S A;  2LYM A;  2OU9 A;  3F9L A;  2CWI A;  1DYG A;  1GFV A;  3SB5 A;  1BVX A;  2PC2 A;  1L92 A;  2B72 A;  2HEF A;  2HTX A;  4NGL A;  4B0D A;  2BQL A;  115L A;  1HEQ A;  1LJF A;  1ZV5 L;  2HU1 A;  4NSI A;  2DQJ Y;  127L A;  1B5X A;  1GFE A;  2HUL A;  2OTZ X;  5LVJ A;  1BQL Y;  4HSF A;  3WW5 A;  126L A;  243L A;  110L A;  2BQB A;  2FYC A;  3C83 A;  1L89 A;  1YL1 X;  221L A;  4DD9 A;  1JKB A;  1XGQ C;  1C08 C;  2YBH A;  1L77 A;  3G3V A;  1BB5 A;  1LI6 A;  1LJJ A;  4AXT A;  1QSA A;  1L02 A;  2A7D A;  1LJ3 A;  1I6S A;  1CJ6 A;  1L19 A;  4J1A A;  3WVX A;  2BQK A;  146L A;  1L62 A; 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