The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
179
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structure length |
168
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Chain Sequence |
SDTALTNELIHLLGHSRHDWMNKLQLIKGNLSLQKYDRVFEMIEEMVIDAKHESKLSNLKTPHLAFDFLTFNWKTHYMTLEYEVLGEIKDLSAYDQKLAKLMRKLFHLFDQAVSRESENHLTVSLQTDHPDRQLILYLDFHGAFADPSAFDIMRFEITSHECLIEIGL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Formation of a novel four-helix bundle and molecular recognition sites by dimerization of a response regulator phosphotransferase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Bacillus subtilis
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| molecule keywords |
PROTEIN (SPORULATION RESPONSE REGULATORY PROTEIN)
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| total genus |
56
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| structure length |
168
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| sequence length |
179
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-11-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14682 | SPOB_ab | Sporulation initiation phospho-transferase B, C-terminal |
| A | PF14689 | SPOB_a | Sensor_kinase_SpoOB-type, alpha-helical domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Heat Shock Protein 90 | Sporulation initiation phosphotransferase B (SpoOB), C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4U7O A; 5B1O A; 4LC1 A; 3ZCC A; 3MD0 A; 2QM7 A; 2WWW A; 4MT8 A; 4JYB A; 4U7N A; 3P32 A; 3ZRV A; 4FPP A; 5C93 A; 3ZRX A; 4GCZ A; 4JAS A; 2P67 A; 3NXS A; 3DGE A; 1F51 A; 3TK1 A; 1IXM A; 5IDJ A; 3ZRW A; 2QM8 A; 4ZKI A; 3ZRW B; 4QPJ A; 4QPK A; 2FTK A; 2LFS A; 4I5S A; 4MTX A; 4BIZ A; 3A0R A; 4JAV A; 4JYC A; 4GT1 A; 3D36 A; 4KP4 A; 4FMT A; 4JAU A; 4Q20 A; 4BIU A; 2C2A A; 5B1N A; 2LFR A; 1JOY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R4M A; 2JJ2 G; 4YIO A; 1ARO P; 3B40 A; 3HKE B; 4X65 B; 1BQZ A; 4AWP A; 1OSF A; 1HW7 A; 3TZ0 A; 2HHH B; 3K5O A; 4HNA A; 1NH2 D; 2XOK G; 2AZ2 A; 5LXT A; 4WCE V; 2R9I A; 2XTA A; 5EC2 C; 3UO3 A; 3W7X A; 3J80 N; 3EKR A; 1WP7 A; 1SQB H; 3DTU B; 4CWO A; 4CC6 A; 5LGT A; 4FM1 A; 4PDL A; 4DXW A; 2WEP A; 2RQ6 A; 1QLE B; 5C8Y A; 3ZED A; 4BQG A; 3T2S A; 4PL9 A; 2P22 C; 2E75 B; 2FYU H; 4C7U A; 4EEH A; 3TET A; 4FJC C; 4PA3 A; 4GX0 A; 4TSF G; 4KQV A; 1J95 A; 1ZXM A; 4O04 A; 1WA8 A; 3E86 A; 3JAT B; 3PEH A; 2KSD A; 2BOC C; 3AG4 C; 3STL C; 2IOP A; 1U2O A; 1M57 B; 4I5S A; 2CK3 G; 1P49 A; 3WB1 A; 1GO3 F; 4QGP A; 2ITD C; 2IOR A; 1YJW V; 4X88 A; 4GX2 A; 2JK5 C; 5IYZ B; 1HNX B; 1RSO A; 2UUC B; 3A0X A; 3OW6 A; 3VHC A; 1KP3 A; 5J71 A; 2QWO B; 5EIB D; 4LF9 O; 2CG9 A; 2Y4T A; 2Q9L A; 3P32 A; 1YCI A; 2YC0 A; 4YJ2 A; 3ZRX A; 4DR4 B; 2LGW A; 2VWC A; 1US7 A; 2HG1 A; 5CA0 A; 4BW9 A; 3IC7 A; 1K8A W; 2Q5Z A; 1YXB A; 3FKS G; 4CWQ A; 4MTO A; 1IZ3 A; 2P4K A; 4EM7 A; 4I4T A; 2AKP A; 1G6U A; 3TZ4 A; 4EMV A; 1NVP B; 2X6C A; 3OPD A; 5KLV H; 5CBG A; 1QBZ A; 1MU5 A; 5FNV B; 4KHP O; 3SYP A; 3I55 V; 2PI5 A; 2GV9 A; 3JAS A; 3JD4 A; 1N34 O; 2ESA A; 5BMV B; 3BFR A; 3TGU H; 3P30 A; 3ZHR A; 4FVM A; 1V55 C; 5BR8 O; 5D6Q A; 4R8C A; 5CBF A; 1YTF D; 3QG5 A; 1S16 A; 1O9G A; 2QG0 A; 2UUB O; 4LF5 O; 1WAZ A; 2ZKO A; 4B3R O; 1PNK A; 1AB3 A; 2C1G A; 3AG7 A; 1G8M A; 2YGF A; 4Z2W A; 1Q3E A; 3OAA G; 3SPI A; 4TUY B; 2HJF C; 4IHJ A; 3N2K A; 2WA4 A; 3T1C A; 5TIS Z; 1Y76 A; 2N04 A; 4DUY O; 3PJS K; 4K8Z A; 4IT5 A; 1XDC A; 3JD2 A; 3CMA V; 1M93 A; 1GN6 A; 4X20 B; 5JWP A; 1JJ2 U; 2LW7 A; 2YK9 A; 4UXN A; 4G2K A; 2Q68 A; 4U3J A; 5EZY A; 1SET A; 1U97 A; 4RUF A; 1L8D A; 3K0G A; 5CA3 A; 1XL4 A; 1UY7 A; 2VWK A; 1FXK A; 2HJD A; 5M4E A; 2W0X A; 4LCU C; 2VS0 A; 1Y67 A; 1I5X A; 4WFG A; 2JGD B; 5B1N A; 3F5T A; 1AMW A; 1AJN A; 4O2A A; 2YXL A; 1G1X B; 1QHT A; 1I59 A; 4UCO A; 4DR1 O; 1XNQ O; 1GN2 A; 4B08 A; 2DYS B; 4HZ0 A; 3A0H Z; 2ZDI A; 3AEI A; 3K03 A; 3BPZ A; 2QR4 A; 1VQO V; 5FNC A; 4UVB A; 2EIN B; 5EBW C; 5KHK A; 4UCV A; 3CRL A; 2EIK C; 2EUL A; 3ETQ A; 1GKF A; 4TV9 B; 5B3S C; 1PPJ H; 5KA6 A; 1OCO B; 4MP2 A; 2ZNJ A; 1JPX A; 2UUA O; 2O1V A; 3LSQ A; 4XIR A; 2ZM6 O; 4I55 A; 2PYJ A; 1YT2 A; 3ASN B; 2EJ7 A; 3FB7 C; 2YE8 A; 5E79 Z; 2JGU A; 4DRX A; 1IVS A; 3G6B A; 1NHJ A; 1Y6X A; 3TUH A; 1BXD A; 2UXC O; 4CS4 A; 3ZRS A; 5CA1 B; 1I7F A; 4KSH A; 1GK9 A; 1SC5 B; 1P7B A; 2QSA A; 1THZ A; 3OR7 C; 2YEV A; 2QF6 A; 3W7T A; 4LF7 O; 2BU7 A; 3OGI B; 2CGO A; 4O09 A; 1UYC A; 1QQC A; 5GON A; 3ETD A; 3RYH A; 1COW G; 3AG2 B; 3UM7 A; 4PRX A; 2C1I A; 3GWK C; 4UVA A; 4JI1 O; 2EBO A; 3Q5K A; 3ZHU A; 1XNR O; 2OT5 A; 1Y8N A; 4H37 A; 4YKQ A; 4DV0 O; 4JI0 O; 3K06 A; 4B7K A; 5FWK A; 4KFM A; 1SKV A; 5BR8 B; 3OMI B; 4DV4 O; 1MAB G; 1ZLZ A; 4GCZ A; 2UUB B; 2NR5 A; 1AI5 A; 4LF5 B; 4DUH A; 4B3R B; 3CYO A; 3O0I A; 4HNA B; 1BCC H; 4MTX A; 5EBL C; 5B1A C; 4DYL A; 1KMI Z; 1MOF A; 3IED A; 1K34 A; 1YC4 A; 1ROP A; 1I0H A; 5LXT B; 2O57 A; 3KZI Z; 2F1M A; 3OFN G; 4DUY B; 5AG2 A; 2HFE C; 4WUD A; 4JI5 O; 1AJQ A; 3VHA A; 4JAA A; 5KHG A; 3CWV A; 5C8Y B; 4X62 O; 5B1B C; 3G7B A; 4PEL A; 4DW0 A; 4H44 B; 2M7W A; 2Q6A A; 1R73 A; 1PV0 A; 3VQX A; 3RYC A; 3LSU A; 3I5D A; 1K5Q A; 2IU0 A; 1H8H G; 1OJH A; 1QYE A; 4EGI A; 1NR7 A; 4DR2 O; 2VWJ A; 2ZDY A; 4FK5 C; 1MX0 A; 2K5B A; 3AG1 C; 2BTZ A; 4HXZ A; 5JQG B; 4FLY A; 5LMN B; 4N21 A; 4JAS A; 5M4P A; 3CCM V; 5LOV A; 4E02 A; 2K1E A; 2KB1 A; 5CN0 A; 3O65 A; 2Z3Y A; 1XNQ B; 4OXS A; 3E89 A; 5JEN A; 2YE5 A; 3B4S A; 3WG7 B; 4D7S A; 1NVP D; 2IWX A; 1XRE A; 3CRA A; 1H2K A; 4JTC B; 1R3J C; 1RSO B; 1B3Q A; 1XI1 A; 2BYI A; 2WLH A; 3CB2 A; 1Y66 A; 3JAK A; 4YJ2 B; 2ZE5 A; 1YDX A; 2ZM6 B; 5CA0 B; 3OWB A; 1BKN A; 1R6K A; 3LNN A; 3LNM B; 4KP4 A; 3E8H A; 3FT8 A; 3JCZ A; 3B09 A; 2DWD C; 4I4T B; 5IYZ A; 2YEI A; 5IJ9 B; 5KAF Z; 1H7S A; 2UXC B; 3R4P A; 4XDK A; 1UYI A; 1M56 C; 4MVO A; 1HNZ B; 2XHT A; 1S5L Z; 3JAS B; 5M4N A; 1SA0 A; 3IAY A; 1OCR B; 2P7T C; 4L93 A; 5KMG B; 4JTA B; 2HKO A; 2ZIM A; 1EBO A; 2PF4 E; 4WF9 V; 3O9O A; 4JYC A; 5CB4 A; 4PDM A; 3AK3 A; 3E83 A; 2ODM A; 1HNW O; 4FIP C; 5LGN A; 1IUR A; 3HYY A; 4FCP A; 1VAR A; 3HB3 B; 1N36 O; 5IWA O; 1F4N A; 2LO1 A; 3E35 A; 2WWW A; 1M9N A; 4F6R B; 4X1I A; 5KX5 A; 4IHJ B; 4JI1 B; 1XNR B; 1NS1 A; 4P7A A; 4DV0 B; 3FB8 C; 1EA6 A; 1YZB A; 4JI0 B; 1X59 A; 2PI4 A; 1LNQ A; 1Y76 B; 1TAE A; 2WI7 A; 2BRC A; 2XND G; 4IYH A; 3B28 A; 3KKY A; 2B5U A; 4DV4 B; 4V25 A; 5J2T A; 1QVF U; 1YEW A; 3K5N A; 2Q0O C; 5JJE B; 3INW A; 4J10 A; 2HHH O; 1GM9 A; 4MPC A; 3K5M A; 1OCC B; 4TUY A; 2W6J G; 3EXA A; 3A0W A; 4U3J B; 5EZY B; 1VEW A; 2EJR A; 3JD1 A; 1D5A A; 4ABM A; 1YT0 A; 4FPP A; 2WI6 A; 4MVM A; 3K57 A; 4PI2 A; 5EIB C; 3AK1 A; 4J7Z A; 3CCV V; 2V7Q G; 1AI6 A; 1R6N A; 5GGZ A; 2ZR3 A; 4X62 B; 1MZF A; 2KG7 B; 4P2Z A; 1TUB B; 4EGK A; 4MOT A; 1EM1 A; 3OE7 G; 2EIL C; 4JV5 O; 4PD4 F; 3E8B A; 5DEC A; 2YK2 A; 4I7Z B; 4K8X A; 2JIZ G; 1VQP V; 4CH4 A; 3CCU V; 2PYL A; 4DR2 B; 4JZG A; 3WU2 Z; 2PGG A; 2H8M A; 2Q8I A; 1QLN A; 1Z5W A; 1XMQ O; 2DWE C; 2V4D A; 1PKX A; 2JGD A; 2WPD G; 5KA5 A; 4L8J A; 5LYJ A; 2GTS A; 4LWH A; 1NTK H; 1B04 A; 4NB5 A; 4I0X A; 3ZHS A; 4HZ3 A; 4UCU A; 3CJH A; 3HKD A; 1YIJ V; 3F7V C; 4I55 B; 2XAS A; 1GKX A; 2MK3 A; 2DQ3 A; 4BIO A; 4DK1 A; 4OX9 B; 4N23 A; 4LWI A; 3BM9 A; 3D3I A; 4O05 A; 4PA7 A; 2VCJ A; 1S0V A; 5JVD A; 4TV9 A; 4I9Q A; 3BEH A; 1I08 A; 1IBM O; 2BU2 A; 3H1H H; 2YDE A; 1OCZ C; 2A7W A; 1I5A A; 5L3C A; 5LP6 C; 4PJ0 Z; 1H2S B; 1V54 B; 4XKK A; 2ZXW B; 2R72 A; 5J2U B; 3RLP A; 4NXM O; 3OUS A; 1FKA O; 3D36 C; 1G4Y B; 3RYH B; 4FFB A; 3BA9 A; 4JAV A; 1VF5 B; 3JD3 A; 1WB8 A; 4MW3 A; 3R4O A; 3CRM A; 4XD8 A; 4QIW F; 1TGO A; 2XAF A; 4GX5 A; 4R6Z A; 4R3A A; 4I3H A; 1LUV A; 3EHH A; 4EEQ A; 1KB9 F; 1URF A; 4ZIB A; 4JYA O; 3E2E A; 2QGN A; 3LDE A; 2YE9 A; 3RT3 C; 3ZIA G; 1VQ7 V; 1GN3 A; 3BAB A; 1WPB A; 3JSL A; 1N36 B; 4X9Q A; 5GTI Z; 2LFS A; 2VRZ A; 3OM3 B; 2ZT9 B; 4XE2 A; 3HKC A; 4GEE A; 1YT1 A; 2E5L O; 1YJN V; 4DR7 O; 1CP9 A; 1Z2G A; 3DC5 A; 4I9W A; 4CWP A; 3U10 A; 1M90 W; 1R3I C; 4W7T A; 4LF8 O; 4FM2 A; 1ZXN A; 2WER A; 4KL1 A; 4AS9 A; 3RYC B; 3C3T A; 4AQY O; 4L90 A; 4EGH A; 4UCS A; 5IDM A; 2OIG A; 4LF6 B; 2YI7 A; 2YI0 A; 4MW8 A; 4DV3 B; 3CYG A; 2H3O A; 4DV1 O; 3WFV A; 3H1L H; 4H33 A; 4KTN A; 1H38 A; 3STZ C; 5F2V O; 1KZN A; 3MHS C; 1IDS A; 4X9L A; 2Q0A A; 4MS2 A; 1PVG A; 1WB7 A; 4HAM A; 4XIT A; 3WB0 A; 1B62 A; 3Q5J A; 1M5I A; 2WA3 A; 1Q90 D; 2YJX A; 1A4H A; 1UYD A; 5LOV B; 4JV5 B; 1YS3 A; 2A9H A; 3EHB B; 4XCL A; 2E0A A; 1UYF A; 3U11 A; 1SZT A; 4LF4 B; 4BQJ A; 3CC2 V; 1OHH G; 3K79 A; 3AG4 B; 1ZUQ A; 4LFB O; 2JJC A; 2QEX V; 1P4R A; 5JQG A; 4XCJ A; 1DF5 A; 1XMQ B; 3RN4 A; 2WEQ A; 4FLT A; 2HVJ C; 2IJK A; 2P67 A; 4X8A A; 3JAK B; 3IGA C; 1H2G A; 2AGA A; 1DLB A; 4KUM A; 4QPK A; 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4F6R A; 4CS2 A; 2PY5 A; 4RWU A; 5EYP A; 3T10 A; 4GKJ O; 2YIB A; 2CUG A; 1WN7 A; 4PI0 A; 4GT8 A; 3W7W A; 4DR3 B; 4R7C A; 2E5L B; 1UYE A; 1XOU A; 3OTF A; 3SPG A; 5H6R A; 4DR7 B; 2YI5 A; 3M8A A; 3ICX A; 3ABU A; 4MVR A; 4R3M A; 1XEQ A; 2IJJ A; 1Q6I A; 2ZDX A; 4LF8 B; 4XIP A; 3OTO O; 5F5R A; 1F23 A; 2CTR A; 4AQY B; 2XDL A; 1JM6 A; 2XD6 A; 1UY6 A; 2QM4 A; 2Q8G A; 1R6T A; 2ZR2 A; 4ASF A; 4DV1 B; 1DK1 A; 1FYJ A; 2FTK A; 1K33 A; 1MSD A; 2V1D A; 4ASU G; 2XJJ A; 4XKA A; 3S5T A; 4TOI A; 3W7S A; 1BT8 A; 1NJI W; 3CCR V; 1KKD A; 3A2F A; 5LMN O; 5LYJ B; 2YEB A; 3CGZ A; 2KG7 A; 4HY1 A; 4CH6 A; 4DZY A; 3CXC U; 1TUB A; 5B5E Z; 1ENV A; 2E3C A; 1E1R G; 2CH4 A; 4I0X B; 3CJH B; 3HKD B; 3L75 H; 3G6E V; 1FJG O; 4EFU A; 1YC1 A; 4J7K A; 3SYQ A; 2AHZ A; 2YKI A; 1GN4 A; 3ZS8 C; 4LFB B; 1AVM A; 4B3S O; 4W4L A; 2UU9 B; 4CH3 A; 2OIE A; 2RMK B; 5JVD B; 4JQL A; 1NBM G; 4CH5 A; 1VF6 A; 4TQF A; 1Y4S A; 3LPS A; 2BOB C; 3H80 A; 4ZBM A; 1LUW A; 3JCU Z; 5FLX N; 4GQT A; 1KD1 W; 3FYE B; 3R66 A; 5IDJ A; 3WQ9 A; 5LP6 A; 4RQE A; 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