The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
251
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structure length |
231
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Chain Sequence |
PLSIMQKSVVIRPGGRQEMDEHVAIETPYAIALNDRVIGSSMVLPVDLEEFGAGFLFGQGYIKKAEEIREILVCPQGRISVYADKIPKEMLEEFAPLADYCLPFAEIKSFIREALHSSPLGPQTHCVHGCGLWNNGRLQVYHEDVGRHNAVDKVLGSILLGRASNNSAVYTTGRLTSDMVLKCARIGIPIIMSRTSPSSLGLALAKRSGATLVAYSRPERINVFNAPERIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a putative formate dehydrogenase accessory protein from Desulfotalea psychrophila.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Desulfotalea psychrophila lsv54
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| molecule keywords |
Putative formate dehydrogenase accessory protein
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| total genus |
63
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| structure length |
231
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| sequence length |
251
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-05-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02634 | FdhD-NarQ | FdhD/NarQ family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Cytidine Deaminase; domain 2 | Cytidine Deaminase, domain 2 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Rhinovirus 14, subunit 4 | DNA polymerase; domain 6 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ZXH A; 3OCQ A; 4IOI E; 2N7J A; 2QMT A; 1FD6 A; 2PYJ A; 4ZFR A; 1WKQ A; 1Z3A A; 4D2K A; 4JXE A; 2D5N A; 1UX1 A; 1VQ2 A; 2EX3 A; 4D10 F; 2B3J A; 2IGH A; 4LCP A; 4HRQ A; 2OED A; 1XHZ A; 1F2R C; 2O3K A; 1P6O A; 4LD2 A; 4ZD4 A; 2Z3I A; 2NX8 A; 1HZ5 A; 2N9K A; 1RB7 A; 1D4B A; 4LCN A; 2N9L A; 2HXV A; 4ILG C; 2O7P A; 1QKZ A; 2KCQ A; 3E1U A; 1IGD A; 1XHX A; 4MAC A; 2KQ4 X; 1UAQ A; 1GB4 A; 3EX8 A; 4MS7 A; 1R5T A; 2HVV A; 1YNT E; 4OZB A; 2EEL A; 2FR5 A; 2J52 A; 1OI0 A; 1PGX A; 2I38 A; 2ONQ A; 1WN6 A; 3DMO A; 2PLP A; 4OCL A; 2Z3G A; 1YMH E; 4EG2 A; 1KH0 A; 4KGS A; 2OBC A; 4OCM B; 2G6V A; 2GI9 A; 2HVW A; 2D30 A; 4OCN A; 2JWU A; 1XI1 A; 2R7F A; 2W4L A; 3FIL A; 1IGC A; 2O95 A; 4E0Q A; 1YSB A; 2P87 A; 5BMI A; 2PY5 A; 1HZ6 A; 1GB1 A; 1MQ0 A; 2IGG A; 2Z3H A; 3IJF X; 1CTT A; 2KAC A; 1R5X A; 4LCO A; 3ZPC A; 3ZEF B; 1K50 A; 4KGT A; 3V3X A; 1ALN A; 3ZPG A; 4G3M A; 1ZAB A; 1C9F A; 2GB1 A; 1WN5 A; 4MSD A; 4O8Y A; 2K0P A; 2PZS A; 4IKG A; 2QSD A; 5CW6 A; 2G84 A; 3R2N A; 4WIG A; 2KWD A; 1K51 A; 1MI0 A; 3MP9 A; 2OG4 A; 1HEZ E; 4P9C A; 4HKZ E; 1XCQ L; 4F7O A; 5M59 B; 1EM7 A; 1MVK A; 2JSV X; 1JML A; 4WH4 A; 4KGR A; 5C2O A; 5HFY A; 1K53 A; 1MPE A; 1P7F A; 2LHE A; 3SBG A; 2RPV A; 4OZA A; 2O96 A; 4O8X B; 4OWP A; 2NYT A; 1IBX B; 2ZNR A; 4K1R A; 1FCC C; 1XF5 L; 2ON8 A; 3GB1 A; 4OWP B; 1WWR A; 4QFT A; 2B3Z A; 4I43 B; 3FI7 A; 1XCT L; 2PYL A; 5HHD G; 2Z3J A; 1CTU A; 1Q10 A; 3UI3 A; 1MHH E; 1JTK A; 2KKS A; 4OCM A; 1AF2 A; 3RZV A; 5JXV A; 3OJ6 A; 5HI1 A; 4LC5 A; 2QLC A; 4KIT C; 1OX7 A; 4MSJ A; 2JZP A; 2NMQ A; 2P8R A; 5BMG A; 1UWZ A; 2LHD A; 2JXT A; 2PTL A; 2FR6 A; 4MSM A; 4P9D A; 4PQT A; 4MSQ A; 4F3W A; 4HJG E; 4BGD C; 2RMM A; 3G8Q A; 2I2Y A; 2ZNV A; 1PGB A; 3MPZ A; 4WIF A; 5GAO A; 1UWX A; 2JU6 X; 1MHX A; 4NQL A; 4O8Y B; 4GLS C; 5DCA J; 4ZD5 A; 2LGI A; 1FCL A; 4P9E A; 2IGD A; 3B8F A; 5M52 C; 2ZW0 A; 1TIY A; 4HRW A; 3RZU A; 4LD4 A; 4ZFT A; 1YSD A; 4OZC A; 2LUM A; 4OCL B; 1UX0 A; 1P7E A; 5HG2 A; 2RPZ A; 4OCN B; 4O8X A; 5BMH A; 1IBX A; 3FIL B; 1PGA A; 2A8N A; 2KN4 A; 2PW9 A; 1F2R I; 2ZW1 A; 2KDM A; 3DH1 A; 2J53 A; 1K52 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M95 A; 1SXT A; 4M01 A; 2XNA C; 4KSL C; 1VBB 4; 1VRH 4; 3ZQ4 A; 1FXA A; 3VX8 A; 1UWM A; 2HTH A; 5JH5 C; 2ACZ A; 3L13 A; 1FPY A; 3NY5 A; 1E10 A; 2RS1 4; 2MBH A; 3ETR A; 4FHK A; 1UAQ A; 1FXI A; 2IPK D; 2L1A A; 4GDL A; 4JWU C; 2I38 A; 5BYR A; 1UBQ A; 3AEF B; 1AR7 4; 1YMH E; 3ECI A; 3VTW A; 4ICV A; 3T3O A; 1PQS A; 1SIJ A; 3C0R B; 5FK9 C; 2WXH A; 5G55 A; 1WMH B; 1PL0 A; 3E9S A; 4RM8 A; 1VD2 A; 2ZNV B; 3IVF A; 4NQL B; 3NS8 A; 4WIG A; 3DHH C; 4HEA 1; 4O1N A; 1EM7 A; 4DHJ B; 2M19 A; 3EGR A; 3NRZ A; 4TMA B; 1XXG A; 3JBG 4; 3P4P B; 3SFE B; 3UQB A; 3JSV B; 4LDT D; 4JL9 A; 4K1R A; 1L0V A; 1JRP A; 5L83 A; 4GDL B; 3QAQ A; 2JZZ A; 1WYW B; 3ZW3 A; 4KDL B; 1YN3 A; 4BKT A; 4ZDV A; 4EZJ A; 3AE9 A; 4DDI D; 4K81 A; 3NZU A; 1RFA A; 2X5I D; 2CJN A; 2V1Y A; 1MJD A; 4WJN A; 1E6E B; 3ENE A; 2WDT B; 1WXS A; 5C3J A; 2WU2 B; 4WWO A; 2L05 A; 4ZD5 A; 2BKF A; 2ZJD A; 2IGD A; 4B0M A; 5LXI B; 1YQ4 B; 4BOZ B; 4XZ4 A; 3AU4 A; 3FKY A; 1M4V A; 2EKI A; 5LXH A; 1WM3 A; 3AM9 A; 4W9I A; 4DXF A; 1Z7S 4; 3B0A A; 1SEB D; 4IUM B; 1B9R A; 3B08 A; 2J42 A; 5BO4 B; 4K1R B; 2KDM A; 2BVC A; 3PS6 A; 2FE8 A; 3Q8E A; 4I6L B; 2QMT A; 1I42 A; 1X1M A; 2VRR B; 1M94 A; 1HRI 4; 3KUZ A; 3QHT A; 4KV2 A; 2L00 B; 4BVU C; 3WAO A; 5CHF A; 2B3J A; 4KKJ A; 2LGY A; 5H8Y E; 2CHZ A; 1RWS A; 3N3K B; 3MJ5 A; 2WGS A; 4GB9 A; 5C2T A; 2C5L C; 4LNF A; 2A5U A; 4HCP B; 1TGZ B; 1QOB A; 3BK2 A; 1YQB A; 3A9J B; 4C56 C; 4YWG G; 1OEY J; 3X0W A; 1WGK A; 1WXQ A; 1WGG A; 2IO2 B; 2KTF A; 3DMO A; 4C80 A; 4EG2 A; 2NBU A; 1JWB D; 2NBV B; 4DQO C; 4G50 A; 1EU3 A; 3RNE C; 3DVN V; 2MW5 A; 2LGD A; 4YTN B; 4A1O A; 2BQQ A; 2PJH A; 2PY5 A; 2MLB A; 2E3T A; 2FIF A; 3P4S A; 1WE7 A; 2WU5 A; 2BYE A; 2MHJ A; 4W9C A; 3RNF C; 3VRA B; 4LJP B; 3AE1 A; 4PS8 A; 2PMV A; 2DBY A; 2O6V D; 1KLG D; 2O2V B; 1TKE A; 3GZN I; 4M8M A; 1JWA D; 1SE2 A; 2DYM A; 4LDT B; 5HFY A; 2KC1 A; 1SIF A; 4GDK A; 4AUQ C; 1FCC C; 1G6J A; 1GPX A; 2AQ2 B; 4DK5 A; 2BT6 A; 5EE1 A; 1LO5 D; 1VRA B; 4K7W A; 4MEL A; 3TEW A; 5HI1 A; 4XYC A; 1JWS D; 2L83 A; 4REZ A; 3IXS A; 4MSM A; 1T0R C; 2KWV B; 1ZE3 D; 2KAN A; 1NCQ D; 2RDH A; 3L54 A; 2WU5 B; 3TEZ A; 1ISN A; 2I2Y A; 3GE3 C; 4LJO B; 3GOE A; 1WH3 A; 3VUX A; 4XDD A; 2JVC A; 2D11 A; 1GAQ B; 1SBB B; 1FCL A; 2RMU 4; 1NBF C; 3OLM D; 2KAJ A; 3NOB A; 4AS1 A; 2KJ6 A; 2BW2 A; 1TS2 A; 2WXO A; 1IP9 A; 4HPL B; 1XQQ A; 4NJC A; 4O8X A; 1PYW D; 2V4L A; 4GDK B; 4S17 A; 1D5X C; 1ZXH A; 3PRM B; 2J53 A; 5D3D A; 2MP2 B; 2N7D A; 3V6C B; 2KKC A; 2ZVO A; 2FCM A; 3NVW A; 4E3C A; 1RHI 4; 3WAP A; 3DBR B; 3Q3O C; 3SDL C; 4ZRI A; 2C7N B; 2WHI A; 3BYT B; 4JQW C; 4MM3 A; 1HTO A; 1I7H A; 2W55 A; 1A5R A; 2Z0E B; 2X38 A; 1S1Q B; 2KX0 A; 3AMZ A; 2GBN A; 1QF6 A; 1HXY D; 4NZL B; 5FR6 A; 3P4Q B; 4A3O A; 2VH1 A; 3AEC B; 2LJ5 A; 2ONQ A; 2Z3G A; 2GBK A; 2KQ7 A; 4FUL A; 4TUU A; 5E6N A; 2R7F A; 2W4L A; 1EAH 4; 2QIE B; 4EE2 A; 4Q4W 4; 3RZF A; 1T5X D; 2NS5 A; 1FRR A; 1WX7 A; 3RN9 C; 3UF8 A; 2QEJ C; 1EWY C; 1QQR A; 2IU0 A; 1XD3 B; 2B76 B; 2K0P A; 4G11 A; 2O6V B; 3U8Z A; 1V1O A; 3ZYY X; 3VH3 B; 1V86 A; 2B1I A; 1MVK A; 4WQM A; 3AN1 A; 4FJY A; 2X8X X; 4GGM X; 1XLO A; 3KVF B; 4N6E B; 2IZV B; 2ZNR A; 1C79 A; 1L6U A; 1XF5 L; 1PVC 4; 1YX6 B; 4USA A; 3ZJV A; 2INN E; 3SU8 X; 5CTR C; 1VBD 4; 1VBA 4; 4RHV 4; 1J0G A; 2LHD A; 1RUE 4; 3H6N A; 2JYE A; 4HJG E; 2MSE D; 4OVU A; 3RPF C; 2BF8 B; 4Q4Y 4; 5TR5 A; 3W1S A; 2L7R A; 1YD8 U; 4Q2J A; 2DAJ A; 5C1Z A; 4LD4 A; 1N5W A; 4TKN A; 3Q14 C; 1YSD A; 1WY8 A; 2YLM A; 2KZR A; 2PVG C; 4M0W A; 1P7E A; 3QC8 B; 3WCQ A; 2KHW B; 1T0Y A; 2KX3 A; 2I1K A; 2DX5 B; 1HEZ E; 1EUV B; 2PW9 A; 2ZW1 A; 3Q6B A; 4HK2 A; 2A4Z A; 1D3Z A; 1FIQ A; 3PLV A; 3Q8B A; 1Z3A A; 2JRH A; 1OQQ A; 2WDV B; 1WJ4 A; 1TYG B; 1PDX A; 3U7D A; 4MT5 A; 1KF6 A; 5T8I A; 1E5W A; 1F2R C; 3AH7 A; 4AQ7 A; 3PRP B; 5L95 C; 5IN7 A; 4MEM A; 4QAY A; 4XE0 A; 1ZDX A; 1E7P B; 3ZRF A; 2DEN B; 1OI0 A; 3Q8A A; 2PLP A; 2QDF A; 1B1Z A; 2L32 A; 1VR9 A; 4OCN A; 2LVQ A; 2AEH A; 4ACF A; 2H89 A; 1SB3 C; 2PPH A; 2MBE A; 1ROE A; 3O13 A; 4MSD A; 4KZC A; 2WXI A; 4E71 A; 3LJ3 A; 4J6I A; 2WNM A; 1E8W A; 2FBW B; 1RFK A; 1K5M D; 4WAA A; 2VH2 A; 2TSS A; 2KVZ A; 3P1M A; 1N63 A; 1ZDV A; 2WXF A; 1L2N A; 2Z3J A; 2D07 B; 1C76 A; 4KZ0 A; 4CQN A; 2KKS A; 3TMP B; 1J8C A; 4IDI A; 2QIL A; 2QLC A; 4RGT A; 2R2Q A; 2K22 A; 1WI0 A; 1AL2 4; 2JXT A; 4P9D A; 4C4V A; 3B9J A; 2H89 B; 2V0G A; 2JZ3 B; 1KLU D; 1E8Y A; 5D6J B; 4MJS B; 2LVP A; 3RZU A; 3RCZ A; 4IM3 A; 4W9G A; 2KWU B; 3RYT A; 4FBJ B; 1QLB B; 1TY2 A; 5HG2 A; 2N9E B; 3HHM A; 2NTT A; 2OJR A; 4A90 A; 5EE0 A; 1FM0 D; 2CKH B; 2CHX A; 4ZRJ A; 3ZNH B; 1ACC A; 2AL6 A; 1VQ2 A; 4TQ0 A; 1AN8 A; 1JW9 D; 2IBI B; 2KMM A; 4K3B A; 5GXG B; 3R3M A; 3EFC A; 4DBG A; 5IAA C; 1XHZ A; 1EV1 4; 1SE3 A; 3QJZ A; 1E9M A; 1CJE A; 1WR1 A; 3M63 B; 5EE3 A; 3ZKJ C; 1HZ5 A; 2J4X A; 2LEK A; 4W9K A; 4MGZ E; 4GOC A; 2H88 A; 2UU7 A; 2KQ4 X; 1JRO A; 1KTK A; 1R5T A; 1YNT E; 1N61 A; 4GSW A; 3AE7 A; 2MBB B; 1CZP A; 3J9C A; 4G0N B; 1I4R A; 1WJ6 A; 2N4F A; 2LMC A; 3AE3 A; 5IP4 D; 3PTF C; 2WDQ A; 1WZ0 A; 1H8C A; 2KQS A; 1ZP0 B; 1KRH A; 2SAK A; 5KHO A; 1EO6 A; 2KT7 A; 1DOX A; 2JXX A; 1OQR A; 3AEG A; 1GNU A; 1ZUD 2; 3R2N A; 5CHV C; 1K51 A; 3DWM A; 3MP9 A; 1VLB A; 2RR1 4; 5M59 B; 1BT0 A; 3RZW C; 3AE4 B; 5D3I B; 4HRO A; 2O96 A; 4YSY B; 1ET9 A; 1L0Y B; 1C4P A; 2WYQ A; 3MTN B; 2L0T A; 4LCD E; 2KWC A; 3B1L X; 4BOS C; 2OHF A; 2EMS A; 3ZDM C; 4F1S A; 1QIL A; 1UBI A; 4BGD C; 2RMM A; 4ZRQ A; 5C23 A; 3GP7 A; 1OZ0 A; 4YTM B; 3EUB 2; 2MA9 B; 1MHX A; 3AEE A; 5LNK 1; 3CIR B; 2HJ8 A; 1NEN B; 2GBM A; 1TIY A; 1KFY A; 1FNW A; 3W9C B; 1WRD B; 1RUG 4; 1I4P A; 4MH0 E; 2WP9 B; 1L4D B; 3HM6 X; 2RPZ A; 4LNN A; 2NBW B; 4W9H A; 1FEH A; 4ASW C; 3IAS 1; 4OWP A; 4ITK A; 3OCQ A; 1PIV 4; 4ZFR A; 2BS3 B; 1QT9 A; 4URK A; 1R4M I; 2AQ1 B; 3ML9 A; 1QOG A; 1UEL A; 2WXQ A; 4D10 F; 3Q69 A; 2JUO A; 2M17 A; 2C7H A; 4NQK E; 1WR6 E; 2J0K A; 4KDI C; 3EHV A; 1F77 A; 3SFD B; 3QIJ A; 1LXD A; 1TKG A; 3U52 E; 3I57 A; 2FUH B; 4OW0 A; 1P98 A; 3VHT C; 4OCM B; 3UIN B; 2O95 A; 4W9L A; 3TIX A; 1U4A A; 3WIM A; 3URY A; 4AJW A; 2QJL A; 2RR9 A; 3ZPC A; 3V62 A; 1RRB A; 1ALN A; 3ZPG A; 3RUL A; 4W9J A; 4NNJ B; 4NAM A; 3L0W B; 3LB8 C; 1N60 A; 2ZEQ A; 1TJE A; 2KNB A; 3TEY A; 1UZX B; 2G45 B; 1IBX B; 3HRD D; 4QFT A; 4NAW A; 4TQ1 A; 4YSX A; 4ZRK A; 2KMA A; 3AXC A; 4CO7 A; 1VCB A; 1TIF A; 1OX7 A; 3AE5 A; 4ICU A; 3I63 C; 4WQO B; 2ACZ B; 1UWX A; 3L17 A; 4HRW A; 4S0R A; 2IND C; 2J7Q B; 3RFZ B; 4FHJ A; 1E90 A; 1CK1 A; 2K5P A; 4GGQ A; 5DPT A; 2V4I B; 1FNU A; 2A8N A; 2ZPN A; 1RYJ A; 3H1U A; 1VJK A; 2JF5 A; 1MFW A; 1J7C A; 4MGK E; 4AOF A; 4OHJ A; 4P1B C; 4EZL A; 1L6V A; 4YL8 A; 3GQK A; 4A8X C; 4RGO S; 4IM0 A; 5FR3 A; 4ARI A; 3KH0 A; 4NPN A; 4DXA B; 1P6O A; 3AEA A; 3EEC A; 2MBO A; 4YT0 A; 2EKE C; 2GLS A; 3VR8 A; 4FN2 A; 1L0V B; 3HIZ A; 2NTS A; 4CHK A; 3MC0 B; 3QWZ B; 1WN6 A; 4FJV B; 4RFB A; 3ZNZ B; 3AE9 B; 3N1X C; 2INC C; 1XI1 A; 2ZVN A; 1QOF A; 3A9K A; 3TUO A; 3A33 B; 2BTE A; 2LZ6 A; 2IGG A; 2M1M A; 1CTT A; 2YEP B; 5AUK A; 4A9A A; 4G3M A; 4W9D A; 3H7P A; 5C3J B; 2GB1 A; 4RCO A; 1WFY A; 1XT9 B; 2R06 4; 2M56 B; 3ZUN A; 2G84 A; 3L4P A; 2LRW A; 2G4D B; 5CX3 A; 4WWN A; 3R7R A; 3W1S C; 1MPE A; 2KLG A; 4HRS A; 1R4N B; 1I35 A; 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