The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
208
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sequence length |
578
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structure length |
521
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Chain Sequence |
LSDQEFDEKYLELSEELKQSEKHKGTLDQGASQFLNAIEFVLRVYRQTEVIYVYAHLKNDQDTGNTDYQALYARASSLFSKVSEAVSWFEPEILQLSDDQIWQYFKEEPKLEVYRHYIQQIVDNRAHVLSAEQESLLAGAGEIFDASSDTFAVLNNADLVFPTIEGENGEIVQLSHGVYGQLLESTDRRVREAAFKGLYSVYEQFRNTFASTLGTHIKGHNFKAKVRNYSSAREASLSNNHIPESVYDTLVDVVNKHLPLLHRYMELRKRLLEVEKLHMYDLYTPVLGEAPIEAKEKALEALKPMGEEYMAITLDQLFTLVHEMGHSVHSYFTIFLAEIASTTNENILTEYLLETEKDPRVRAYVLNHYLDGFKGTVFRQTQFAEFEHFMHTEDEKGVPLTSEYLSDSYGKLNAKYYGPAVEEDPEIKFEWSRIPHFYYNYYVFQYSTGFSAASALAKKILNQEPEALENYLAYLKAGNSDYPVEVMKKAGVDMTQAAYIEDAMSMFEQRLNELEELIDRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium.
rcsb |
| molecule keywords |
Peptidase M3B, oligoendopeptidase F
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Enterococcus faecium
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| total genus |
208
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| structure length |
521
|
| sequence length |
578
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | putative peptidase helix hairpin domain like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QR4 A; 3CE2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ABL B; 1FXV A; 2DJV A; 2GHY A; 1RPO A; 1BS3 A; 5L3F A; 1MAB G; 5IDJ A; 3NXS A; 2PYL A; 2A9H A; 3CWB H; 2ZIN A; 3MXL A; 1AI5 A; 4JI8 O; 2LQT A; 2HJF C; 4MP2 A; 1WS9 A; 3OGC C; 5EZY B; 2OEX A; 1HR0 B; 4E02 A; 1IVH A; 4DXW A; 4DR7 B; 4I7Z B; 3SPI A; 3FO3 A; 2Q6A A; 3ZRX A; 1WB7 A; 1TVK A; 4K3A A; 3G67 A; 1WJZ A; 3G6E V; 5E1A C; 4K8Z A; 1XEQ A; 2QE7 G; 2IU3 A; 4DK0 A; 5M4K A; 4C7U A; 2A3Q A; 1M4U A; 1K3E A; 3ABK C; 2R9A A; 2AHY A; 1LVC A; 3K0D A; 3DTU B; 2CJ7 A; 3Q23 A; 3CCL V; 2EIN C; 3Q4H B; 4R50 A; 2XAS A; 5KAF Z; 3OMN B; 1WA8 A; 2EC5 A; 3X0Y A; 5DM6 V; 2EBA A; 4R6Z A; 4DO2 A; 4DV1 O; 4DV5 B; 3JAW B; 3CRM A; 1FFT B; 4XVX A; 4O2B B; 4HKR A; 1M57 C; 2WLK A; 3FYE B; 3TXQ A; 2Y0I A; 2ETN A; 1GM7 A; 4BIU A; 3C3S A; 2Q68 A; 3RYI A; 1BHA A; 1XRE A; 4ZI7 B; 4NVP A; 3E86 A; 2BTZ A; 3D9D A; 1IBL O; 4X1Y A; 4ZKI A; 2WAM A; 1SC5 A; 2BOB C; 2JIZ G; 2UUB B; 5FPR A; 4AKH A; 4DV2 B; 1AVM A; 4DV6 O; 4TV8 A; 3Q24 A; 4NR1 A; 3OFN G; 4KA8 A; 3AFE A; 4PDL A; 2ZNJ A; 2RJZ A; 2UXW A; 2VS0 A; 4B3R B; 1O9H A; 3KCY A; 3AEI A; 2ZDY A; 1K5S A; 1XUQ A; 2E3C A; 2QKS A; 3RFR A; 4LF6 B; 2MW2 B; 5L3E A; 4U83 A; 4X66 B; 3AG1 C; 4LR3 A; 4MS2 A; 3CRL A; 3JAK B; 5LP6 C; 1AJQ A; 3I56 V; 5GJW E; 1B3Q A; 4ZHQ B; 1Y8O A; 3ZRV A; 3HKC B; 4CS3 A; 5IJ0 B; 2YDE A; 1GMG A; 3SGI A; 4NYK A; 5CA3 A; 2HEP A; 3E22 B; 3OUS A; 4TSF G; 1JVM A; 4PDM A; 1FAF A; 4AIL C; 1AIL A; 4DRX A; 2WLN A; 3HPL C; 1BQ0 A; 3T1Y B; 2WA3 A; 2GUZ B; 2DYR B; 3ICX A; 4J10 A; 1K7D A; 4FFB A; 4UCO A; 1S5H C; 4WBN B; 1W2B U; 1N34 O; 4B3S O; 1W07 A; 1AJN A; 4D7S A; 1QR9 A; 4KUM A; 5IY5 B; 1N32 O; 4X1I A; 3SYQ A; 3HQ2 A; 1YJW V; 5K3J A; 1MZF A; 5KA6 A; 1AP6 A; 4TT3 G; 3II9 A; 2IJI A; 1VIB A; 3APO A; 1Y8P A; 2FKX A; 3BNJ A; 4GUN A; 4KSA A; 1SK6 A; 2UXX A; 4MSW C; 3OUF A; 4O4J B; 3RYC B; 5IYZ A; 2DYR C; 5FNV A; 2UXB O; 2YEV B; 4FPP A; 1FXK A; 1KD1 W; 3OWM A; 5CBF A; 4JV5 B; 4JAU A; 3CSX A; 1AJP A; 4K35 A; 4X8A A; 3CX5 F; 1IBK O; 4LF7 O; 2EX3 A; 1OHH G; 3ZHT A; 3SDL A; 5H6R A; 5J2U A; 4JI5 O; 1E1R G; 4U7O A; 1OV9 A; 4GT1 A; 5B5E Z; 3SXQ A; 2ZDI A; 3N27 A; 3TGU H; 4LNU A; 3ASN B; 2VWK A; 1WPB A; 4KFM A; 2JK5 C; 4N21 A; 4J7Z A; 3EOM A; 4L1F A; 1VAR A; 4TQD A; 3A8T A; 1E79 G; 2IBZ H; 4PI0 A; 4H13 B; 5EBL C; 2EJR A; 4I0X B; 4YJ2 B; 4YY3 O; 5K3H A; 1J5E O; 3TZ5 A; 5BMV A; 5B66 Z; 4DR5 O; 1NT2 B; 1V55 B; 2E76 B; 2RDC A; 2FB5 A; 2VQF B; 1EZV H; 3QVN A; 3BA9 A; 2KKW A; 4MT8 A; 4U3J A; 2ITD C; 2H1N A; 2UXN A; 2F4V O; 2DWE C; 1RX0 A; 1SQX H; 3F5W C; 4JI6 O; 1B04 A; 2PY5 A; 3VQY A; 2DWD C; 2HFE C; 4HZ3 A; 3MD0 A; 4PEL A; 3BNH A; 4EB6 B; 3IC9 A; 3N2K B; 4XBF A; 5LGN A; 3AHO A; 4DV4 O; 2WSS G; 4QE7 A; 4PDR A; 2QWR B; 3ZN1 A; 4JTA B; 1TA8 A; 4D6T H; 3LDD A; 1VQN V; 3MPI A; 4J1V A; 4BR6 A; 4ZBM A; 2PI5 A; 2YI9 A; 4JI4 B; 2CH7 A; 1GM8 A; 3CMA V; 1GKF A; 2VQE O; 3D9E A; 3K59 A; 3TZ2 A; 2ZDX A; 5LOV A; 1FPO A; 2O36 A; 4YJ3 B; 5B1N A; 2F6L A; 2CTR A; 4LF4 B; 2K9P A; 2XTA A; 1NJI W; 4JF3 A; 3CEI A; 1NVP B; 5LMN O; 2ZIO A; 1FFX B; 4UB8 Z; 1P4R A; 2JEU A; 5C8Y A; 2BU8 A; 2IW5 A; 4DV0 B; 4X20 A; 1G6U A; 1DF5 A; 4DW1 A; 1JPX A; 2XAG A; 3B8N A; 3ZED A; 5K1P A; 4TV9 A; 3JD1 A; 1W0K G; 1VQ7 V; 1Z2G A; 3TOR A; 2XS8 A; 3B96 A; 2AW9 A; 1N0J A; 4PJ0 Z; 3ZHV A; 1FXK C; 3D8C A; 1HNX O; 4DR6 O; 1OCZ B; 4E01 A; 3L9D A; 1VQ4 V; 2X6A A; 4Z1V A; 2GBO A; 4H81 A; 1AI4 A; 3F7Y C; 5KLV H; 1MZE A; 3WB1 A; 2Q7E A; 4MVO A; 2WLI A; 2LJ2 A; 3RYH B; 2JGD A; 5J71 A; 1K5Q A; 1T5E A; 1N36 O; 3WU2 Z; 1GN3 A; 1R3L C; 2DE0 X; 2UUC B; 4JI1 O; 2DDH A; 3CRC A; 2ADP A; 2YYG A; 1AB3 A; 4X62 O; 2XND G; 1G4Y B; 4RUF A; 3RYF A; 1US6 A; 4RO2 A; 2DYS C; 4FK5 C; 2EJ7 A; 1PD3 A; 4KA7 A; 2E0A A; 4AQY B; 3D2R A; 2BU2 A; 4WF9 V; 1P84 F; 3RW0 A; 5IJ9 A; 3DC6 A; 2JJ1 G; 2IX5 A; 1SS3 A; 4MVQ A; 4CH6 A; 1QLE B; 2R03 A; 3E83 A; 5BXZ A; 5IYD O; 4LQQ B; 2Z3Y A; 4HAM A; 4NB5 A; 4O4I A; 1JJ2 U; 1YJ9 V; 4KXR A; 1NTZ H; 1XFZ A; 2UXD O; 3U11 A; 3B2E E; 4BAY A; 2WLM A; 4JYC A; 2VRZ A; 4JI0 O; 1IDS A; 2QKA A; 4ZOL A; 1PI1 A; 1BE3 H; 5HFM A; 4Z1M G; 3F29 A; 3JD4 A; 2R9I A; 3MPJ A; 2BE3 A; 4RAI A; 5H6Q A; 3D6B A; 4X28 C; 3T4Z A; 2HKO A; 4CS4 A; 2ZM6 B; 4D7T A; 1SQP H; 2EIL B; 3FX7 A; 3G80 A; 5EC2 C; 1HP8 A; 3C90 A; 5CN0 A; 5B3S C; 4X64 O; 4G5E A; 1ZLZ A; 4JYA B; 1JR9 A; 3K03 A; 3G6B A; 1HW7 A; 3RWR D; 5CA0 B; 1M1K W; 1FS7 A; 4LQS B; 3PFD A; 1KKC A; 1OCR B; 1DTO A; 5J2T B; 1B6Q A; 1N4C A; 3F7V C; 1Q7Y W; 2LO1 A; 3JAT A; 3K3W A; 3HKD B; 2CE4 A; 5IE9 A; 1FXH A; 1RJ4 A; 2IJK A; 5DEC A; 1THZ A; 1V54 B; 2BTQ B; 2PF4 E; 3FCJ A; 1NS1 A; 4JI7 B; 4JYB A; 1OJH A; 1W59 A; 4WFG A; 2UUA B; 1XHZ A; 2D29 A; 4HNA B; 1KA2 A; 1RFY A; 3MDD A; 4OX9 O; 3LNM B; 1PNL A; 5JVD B; 1PL0 A; 1COW G; 3SYC A; 4MVS A; 3LSU A; 4OPA A; 1OCR C; 4IHJ A; 3CRQ A; 2LW1 A; 1CPY A; 1CP9 A; 4H33 A; 1M56 C; 5CB4 B; 3ZRW A; 5KHJ A; 2RN9 A; 4G97 A; 2E75 B; 4UXN A; 1Q81 W; 4JPR A; 4IIJ B; 3SPC A; 2QEX V; 3EVK A; 4RQF A; 1OCC B; 4DUZ B; 4DR1 B; 2JEX A; 4DV7 O; 4L87 A; 1XMQ B; 3AG4 B; 3D9G A; 3H1H H; 4F0X A; 1QVF U; 5TIS Z; 2EIK B; 3N2G A; 3TZ4 A; 1RPR A; 3CCJ V; 4QGP A; 4JAS A; 4KSF A; 1M93 A; 1VF6 A; 4JI2 O; 2HHH B; 2R0N A; 3DWC A; 3D36 C; 4O4L B; 1WB8 A; 2BSK A; 2OCC C; 3HKB B; 1V9P A; 2W6J G; 3B40 A; 1S72 V; 4LFB B; 3MDE A; 3D3I A; 4J7K A; 3ZHR A; 1YTF D; 5LXT A; 3K79 A; 1Q43 A; 1I94 B; 2GTA A; 3TZ0 A; 4B08 A; 2ARH A; 4L38 A; 3ZIA G; 4I50 B; 3BVO A; 2PTM A; 4G27 B; 1Q8I A; 1K4D C; 1XL4 A; 2PUS A; 2QWP B; 3LDC A; 1ZUQ A; 4LF8 O; 3CXH F; 4Q4U A; 3NR7 A; 2OWO A; 1S5J A; 5CMU A; 4KCF A; 2ADQ B; 4H7Q A; 4UCS A; 2BU6 A; 3ZHU A; 2YIB D; 3B09 A; 3VKH A; 3OT7 A; 1LUW A; 2EIJ C; 4J41 A; 4B3T O; 4RQE A; 2YYK A; 2NLJ C; 3Q4H A; 5K3I A; 4DK1 A; 1F4M A; 4M9A A; 4JYY A; 5IWA O; 2D3O W; 1GKZ A; 2B5U A; 4XDK A; 4UVC A; 4X9Q A; 2AZ2 A; 4MPE A; 3U10 A; 3F5T A; 2ZD9 A; 3K5M A; 5L3D A; 2PZS A; 4O4H A; 4IRN A; 4JIZ A; 3SKS A; 3FAV B; 1EGD A; 2AHZ A; 2OT4 A; 1EGC A; 5CBH A; 4NKG B; 1D2D A; 1R73 A; 3S3W A; 4LF5 O; 4ZI7 A; 1K8A W; 3ABK B; 4B3M O; 3E8G A; 3L75 H; 4K0K O; 1AI7 A; 2EIN B; 1H8E G; 2ZE6 A; 1RSO A; 1TUB B; 3OMA B; 3LNN A; 4H44 B; 4ABM A; 4FM1 A; 1SF9 A; 3JAL A; 2R70 A; 5D5Q A; 1KMI Z; 3VBB A; 2UXC O; 2ODM A; 1BCC H; 2IJJ A; 2QKC A; 4MTF A; 3LSQ A; 4J42 A; 3OW2 U; 2IJH A; 1XMO B; 1JM6 A; 1M57 B; 1SZT A; 2E74 B; 4P30 A; 2ITC C; 4Q20 A; 3VOU A; 1IBL B; 1PV0 A; 2EZO A; 4I5S A; 3CB2 A; 3N0R A; 1AR1 B; 3SJQ C; 1LR1 A; 1YXB A; 5LGT A; 1Y74 B; 2CJ8 A; 1XFU A; 1OCO B; 1LNQ A; 4O2A A; 2J7A A; 3Q22 A; 3J80 N; 2CTW A; 3JAK A; 4FLY A; 2OIG A; 4FJC C; 5B1B C; 1VQK V; 5GON B; 1AP5 A; 1J95 A; 3HKC A; 1VF5 B; 1YVW A; 2Q0O C; 4RUE A; 5JJE B; 4NXM O; 1IS2 A; 1Y76 B; 5L43 A; 3K04 A; 4IV6 A; 4I4T B; 2RNB A; 4P79 A; 3TJT A; 4PV1 B; 1QHT A; 1R3B A; 3JAS B; 1GTO A; 3GWO A; 2QA4 V; 2ZXW B; 4FIP C; 3CHX A; 1PK0 A; 4P9P A; 1WAZ A; 3W7W A; 3CJH A; 3H1K H; 2XT9 A; 3FB5 C; 4W4K A; 4E00 A; 2QJ1 A; 1OCO C; 3O9O A; 1KUQ A; 3AG1 B; 4LFC O; 4Q6G A; 5LP6 B; 1HR0 O; 1E1Q G; 1EFR G; 1EN6 A; 4DR7 O; 2HJD A; 1BMF G; 3ZHQ A; 2ZT9 B; 4R7C A; 1ZX3 A; 1XL6 A; 1RP3 A; 3ZMV A; 4GLX A; 2CGN A; 4WFE A; 4GZR B; 2M7W A; 3UM7 A; 4Q5C A; 4DR3 O; 1BSM A; 5EYP A; 5JH7 A; 5IYB O; 4MW8 A; 1QCE A; 2BU5 A; 1XBL A; 1YIJ V; 3CCR V; 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1K9X A; 4V25 A; 1LUV A; 5KX5 A; 1HNW O; 3TTB A; 1RJ1 A; 3R7K A; 4UV9 A; 3IGA C; 4QIW F; 3VQW A; 1NKD A; 2F4V B; 4DZY A; 3A0R A; 3S7W A; 1MA1 A; 4MTG A; 3T1Y O; 2PNR A; 1L0L H; 3BNG A; 3RBZ A; 2B1G A; 1FS9 A; 3WG7 B; 1JA8 A; 4WFA V; 3JAR A; 3LUT B; 2JIF A; 2QM4 A; 2R9R B; 3HKE B; 2K1E A; 3L71 H; 5M4P A; 1JFF B; 5JJN B; 3AK3 A; 2A7W A; 3ZS8 C; 4CBC A; 3CC4 V; 1Q86 W; 1Y8N A; 4I9Q A; 3SYP A; 1R3J C; 3GVM A; 2XUM A; 1HNZ B; 4FLX A; 3BAA A; 5LHH A; 4JAA A; 4L8J A; 2F23 A; 2KG7 A; 2YGW A; 1IXM A; 3E35 A; 3CRR A; 1XG2 B; 1Z5V A; 3H1J H; 4I9W A; 1IZ3 A; 3ZMZ A; 4DR4 B; 3WG7 C; 3BHP A; 4X1I B; 4RM7 A; 1PNM A; 4JV5 O; 2W0F C; 3G71 V; 2ZE8 A; 2XQR B; 3PJS K; 4Q0T A; 2P4K A; 2CTQ A; 4W9U A; 3UT5 A; 4PA4 A; 1SRY A; 5LHI A; 2AZ0 A; 3BPZ A; 3JD3 A; 4PDV A; 5FNV B; 1X91 A; 4JZ2 A; 3O65 A; 1FXK B; 5JCO C; 2QM7 A; 2DQ0 A; 3CCU V; 4KTO A; 3RVZ A; 4FXY P; 3FB8 C; 4P2Z A; 4IL6 Z; 1N36 B; 1T9G A; 1I1I P; 1H2G A; 1FS0 G; 4X65 O; 4IGG A; 1JMK C; 4JI1 B; 4WCE V; 5J2U B; 2QR4 A; 2WWW A; 3E2E A; 1SQQ H; 4X62 B; 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