The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
144
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sequence length |
414
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structure length |
414
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Chain Sequence |
NICEITEVDSTLVERLGQRLLPWMDRLSQEQLNPSIYVGLRLSSLQAGAKEAHYLHSLKLSYQQSLLRPASNKDDNDSEAKPSMGQLALYLLALRANCEFIGGRKGDRLVSQLKRFLEDEKRAIGHNHQGHPRTSYYQYSLGILALCVHQKRVHDSVVGKLLYAVEHKPHLLQDHVSVDTMAMAGMAFSCLELSNLNPKQRNRINLALKRVQEKILKAQTPEGYFGNVYSTPLALQLLMGSLRPSVELGTACLKAKAALQASLQHKTFQNPLMISQLLPVLNQKSYVDLISPDCQAPRALLEPALETPPQAKVPKFIDVLLKVSGISPSYRHSVSVPAGSSLEDILKNAQEHGRFRFRTQASLSGPFLTSVLGRKAGEREFWQVLRDPDTPLQQGIADYRPKDGETIELRLVGW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for mammalian vitamin B12 transport by transcobalamin.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Bos taurus
|
| molecule keywords |
Transcobalamin II
|
| total genus |
144
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| structure length |
414
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| sequence length |
414
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TN6 B; 2V8I A; 3E37 B; 3PZ1 B; 4MU9 A; 4LNV A; 1TN8 B; 4D4C A; 1TNO B; 1TNB B; 4ZRQ A; 3DSV B; 1C3D A; 3SQC A; 5FO8 B; 3HXD B; 3PZ3 B; 2SQC A; 3RJ3 A; 3DSS B; 2V3P A; 1NL4 B; 3C72 B; 3PZ2 B; 3Q78 B; 4L9P B; 4V1R A; 2GOX A; 1O1S B; 3EU5 B; 5FO7 B; 1LD8 B; 2G0D A; 1SQC A; 1QBQ B; 4MBG B; 1H36 A; 4BOK A; 1NI1 B; 1W6K A; 1N4P B; 1O1R B; 2PMV A; 1N94 B; 3HXC B; 3DST B; 1UMP A; 3G6J B; 1JCQ B; 2G02 A; 1GXO A; 4YDO B; 2BBC A; 1JCR B; 3KSL B; 1DCE B; 3SFY B; 5JPM B; 3OXU A; 1D8E B; 1LD7 B; 4D94 A; 5FO9 B; 1O6Q A; 1QQF A; 3HXE B; 1O1T B; 2XQW A; 3EUV B; 1TNZ B; 3DSX B; 4GTO B; 4YDE B; 1H35 A; 3CU7 A; 1R76 A; 2H6F B; 2V8J A; 1MZC B; 2BB6 A; 4GTM B; 5JPN B; 1O79 A; 1GXM A; 3E34 B; 2F0Y B; 4GTT B; 1H3A A; 2H6I B; 2B39 A; 4D4B A; 1SA4 B; 2NOJ A; 3D5R A; 3KQ4 A; 3Q79 B; 1TNY B; 4FXK B; 1W6J A; 3E30 B; 4D4D A; 2WY7 A; 1O5M B; 1D8D B; 3Q73 B; 1H3C A; 2A73 B; 4GTP B; 3D5S A; 4C1S A; 5FOB B; 1QSJ A; 2XWJ B; 3KLS A; 5AGD A; 1N4S B; 1H39 A; 3U7Z A; 3Q7A B; 3E33 B; 2WII B; 1SA5 B; 1JCS B; 1TNU B; 1FT2 B; 1HZF A; 2BED B; 3PZ4 B; 2IEJ B; 1GXN A; 3DSU B; 3DPY B; 4ZRP A; 2XWB B; 3OED A; 2WY8 A; 3KSQ B; 1KZP B; 4BOJ A; 4FXG B; 2BB5 A; 2V3N A; 1O6R A; 3DSW B; 2H6H B; 3HXF B; 1H37 A; 3E32 B; 3HXB B; 4LNB B; 1GSZ A; 2WIN B; 1KZO B; 1S63 B; 3K7X A; 1X81 B; 4GTR B; 1N95 B; 4ZH1 A; 1FPP B; 4V1S A; 1N9A B; 4GTQ B; 4ONT A; 2PN5 A; 2ZIR B; 1FT1 B; 4D4A A; 2I07 B; 4GTS B; 1GHQ A; 2H6G B; 4EHM B; 1S64 B; 1H3B A; 2ZIS B; 4GTV B; 4M76 A; 2R2L B; 1N4Q B; 4LNG B; 2V8K A; 1LTX B; 1N4R B; 3Q7F B; 1TN7 B; 1O6H A; 3DRA B; 4KKJ A; 3SFX B; 3Q75 B; 4KKI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TN6 B; 3SDR A; 2JRI B; 3DHH C; 1TNO B; 1YQ3 B; 3BII D; 3QK0 A; 3R3M A; 1XXG A; 3GZN I; 5ILY A; 1L1Y A; 2PLP A; 1WJ6 A; 3DBS A; 4GDL B; 1K72 A; 2C60 A; 3IVF A; 4YTN B; 3A33 B; 3ZDM C; 1Q0W B; 2LJ5 A; 2M1M A; 2NPT A; 3CST A; 1O1R B; 2D11 A; 3IHP C; 1G87 A; 3G6J B; 2WXQ A; 4HJG E; 4AQ7 A; 2J0M A; 2WX1 A; 2RDG A; 1IA6 A; 1SF0 A; 2PVG C; 3MJW A; 2XK5 B; 2J52 A; 1LGR A; 5LNK 1; 2PVO D; 3ONS A; 3TCA A; 2MQJ A; 1MZC B; 4KVG B; 2W82 A; 2LXC A; 1EF5 A; 1ISN A; 3BK2 A; 2JY6 A; 1J0G A; 3I57 A; 1G6I A; 4LJO B; 3L17 A; 2NPT B; 2XFG A; 3FAH A; 3GZK A; 3P4S B; 1HZ5 A; 1H54 A; 1RWH A; 1STE A; 4TQ1 A; 2RD0 A; 1LO5 D; 4H2A A; 3VH3 B; 1KM7 A; 1J7B A; 3ZKJ C; 2KXJ A; 3N32 A; 1WE7 A; 3T9L A; 2J7Q B; 4P16 A; 3DBR B; 5DPT A; 5IOI A; 1OJM A; 2KX0 A; 2UYZ B; 2IEJ B; 4NNJ B; 3VSN A; 4LNF A; 2QSD A; 3A9K A; 3ZXR A; 3DSU B; 4DOE A; 2WXM A; 1WZ0 A; 1TS2 A; 4B0E A; 4AJW A; 1WH3 A; 4YTP B; 4RMA A; 3AED B; 4CYE A; 3DVN U; 1P7F A; 3WUX A; 1RRB A; 1H8C A; 1TS3 A; 3K7X A; 1TS5 A; 3QAQ A; 4BBN C; 3AI5 A; 4WJN A; 3BIN A; 3VTW A; 1N95 B; 2RI8 A; 5MEH A; 2FCQ A; 3RMK C; 2KLC A; 4EOY A; 2HD5 B; 5LXH A; 3N20 C; 2INP E; 4A3P A; 4GLS C; 1SE2 A; 4GTS B; 3NY5 A; 4OW0 A; 2KC2 A; 1W3Y A; 1FMI A; 4LNG B; 5D6J B; 1D5Z C; 3O65 B; 2KQS A; 3I9V 1; 4MEM A; 3BYT B; 3A9K B; 3GP7 A; 4ANX A; 4GGQ A; 1YX5 B; 1KFG A; 4DHZ B; 4Q88 A; 3TEZ A; 1JRP A; 3H6N A; 1BML C; 4KDI C; 5AZG A; 1D5X C; 3TMP B; 1GC6 A; 1WM2 A; 4LK0 M; 3WA0 A; 1HV6 A; 3G4F A; 2YEP B; 1CQV A; 4MMH A; 1F1S A; 1HXC A; 2HTM E; 2K8C A; 2DWQ A; 4MBG B; 1TF4 A; 2W54 A; 4MH8 A; 2MJD A; 3N1Y C; 1JCQ B; 3SD5 A; 1ZXH A; 4KZ0 A; 3DHG C; 3OXU A; 1V6E A; 1I7H A; 1ROE A; 1FCL A; 2V8J A; 4RF0 A; 4W9K A; 3I3T B; 2YIK A; 3A4S C; 5BMH A; 1UGJ A; 5JPN B; 4K7W A; 4W9E A; 3SDL C; 1QAZ A; 4MGY E; 1K51 A; 3ENE A; 3LXF A; 4D4D A; 2IY0 B; 2ZVO A; 5DGQ A; 1H3C A; 4XC2 A; 1S1Q B; 1V2Y A; 3ZO5 B; 5TR5 A; 2FCM A; 2ZJD A; 3FIL B; 1L5P A; 4RGT A; 3W1S C; 4FBJ B; 1L0X B; 1SA5 B; 2BED B; 5H92 C; 1J7A A; 4W9H A; 3HVZ A; 4TKN A; 5EE1 A; 4IM3 A; 3CIR B; 2IO0 B; 3CIH A; 1H4R A; 3ETR A; 1N21 A; 2Z07 A; 1LOH A; 3SEB A; 2LVQ A; 2KC1 A; 3LB8 C; 3QT9 A; 3GB1 A; 3VUX A; 3NRZ A; 3JSV A; 1UGM A; 4JE3 B; 1E7P B; 1WGH A; 4AP4 C; 4WAA A; 1IS9 A; 1F9D A; 3WIR A; 2ZIR B; 4GL3 A; 1N7N A; 2V3S A; 1J8C A; 2VZK D; 1WIA A; 4EZK A; 1JW9 D; 1EWC A; 4AWJ A; 4NZL B; 2V8K A; 2JZZ A; 4RM8 A; 3RYT A; 1TJE A; 2A5U A; 2KT7 A; 2B76 B; 2LI5 A; 5DPR A; 2KFK A; 3NG0 A; 3W5M A; 3PZ1 B; 4USA A; 3DQV A; 3GZN B; 3SQC A; 2K25 A; 2QIL A; 3JSV B; 1LD8 B; 3QA8 A; 2AL6 A; 3M71 A; 5C3J B; 2I2Y A; 3RNC C; 3RUI B; 3T8M A; 1FM0 D; 1E0Z A; 3SU8 X; 1VD5 A; 1OGW A; 3S2A A; 1JCR B; 3KSL B; 1UWM A; 2DLB A; 2WWZ A; 2AX5 A; 4ZRI A; 4JWU C; 4F1S A; 3R7Q A; 3TF4 A; 3AE3 B; 3N30 A; 2KFK B; 2J53 A; 1DL2 A; 4E3C A; 4QT9 A; 1UEL A; 4GOC A; 1UZX B; 2WU5 B; 2BB6 A; 2OHF A; 3NS1 A; 4IKG A; 2BKF A; 4XWT A; 5DHI A; 3KQ4 A; 3VHT C; 4II2 B; 1W6J A; 3MP9 A; 2V1Y A; 5D3D A; 2WGS A; 5GY3 A; 3RCZ A; 1SE3 A; 2VZK B; 1JWM D; 1PDX A; 2NVP A; 3KW5 B; 5CZL A; 2BKR B; 1OJN A; 2MHJ A; 1SE9 A; 1Q1O A; 1WX8 A; 5G2N A; 2CHW A; 1HZF A; 1X1J A; 3MTN B; 4WJO A; 4WVA A; 2HTH A; 2H88 B; 2Z59 B; 2XWB B; 1R4M B; 4BOJ A; 3B2G A; 5IKC M; 4KGR A; 4G0N B; 3QSP A; 4ZH5 A; 4RGN A; 4XGA B; 4WJP A; 2NBV B; 1XQQ A; 3X0W A; 3V05 A; 2RDB C; 1TT5 B; 2I38 A; 1X81 B; 5IP4 D; 2BPS A; 3OJ3 A; 4XZ4 A; 5BO4 B; 2ZEQ A; 2FBA A; 3W5V B; 5E2J A; 2PPH A; 1S64 B; 2LFI A; 3IXS A; 3U8Z A; 4CQN A; 3W1Y A; 5L83 A; 2C5L C; 4KKI A; 4KGT A; 5EAS A; 3VAW A; 2V8I A; 3M02 A; 1XF5 L; 2YLM A; 1E8Y A; 2BYT A; 4OZV A; 1WI0 A; 1FMA D; 2ZZP B; 2WQY B; 1T6B X; 1NYR A; 2J0K A; 3DBH I; 5HHD G; 1NEN B; 4ICV A; 2B3A A; 2NCN A; 1MHH E; 2AYO B; 1CK1 A; 1NI1 B; 2M8S A; 5AUI A; 3QRY A; 3ZNG C; 4FNV A; 5LXI B; 3EZ8 A; 3G4D A; 3T3O A; 2MJ3 A; 2WX0 A; 2CHX A; 1UNS A; 5FO9 B; 4MJS A; 1O1T B; 3EUV B; 3NUH B; 4MSQ B; 2WXR A; 2CU3 A; 4HKZ E; 2CJN A; 1DOG A; 1HMU A; 2EAD A; 2O2V A; 4ICU A; 1KSD A; 1N7Q A; 2IYD B; 5J2R A; 2KMA A; 2D3G A; 1F9O A; 3DBL I; 1WX7 A; 2H89 B; 2PE9 A; 5AZH A; 4B95 A; 2P0V A; 5CHV C; 5HKH A; 5FOB B; 1PYW D; 1JRU A; 3WIQ A; 2ONH A; 3C19 A; 3Q7A B; 3IFW B; 4K81 A; 4MJS B; 2ONG A; 5JHA A; 4PYZ A; 3T33 A; 1GNU A; 5HFY A; 5IAA C; 1XEE A; 3X23 A; 4DXG A; 1WJN A; 5E6O A; 1RLF A; 2O2V B; 2K8B A; 3NVW A; 4OJZ A; 3HXF B; 5D2M B; 1LF6 A; 4IDI A; 4XYC A; 3ZNZ B; 2WIN B; 3P63 A; 2KDI A; 2WLB A; 2L1A A; 1L2N A; 2GMI C; 2IO3 B; 4V1S A; 2AWT A; 4HPL B; 3L54 A; 4WVC A; 3NJT A; 3NZ3 A; 2R2L B; 3R66 C; 3WKH A; 3DVG Y; 1P98 A; 5J17 A; 2ZW1 A; 2G4S A; 2M56 B; 3NVZ A; 3HM6 X; 4NPN A; 4P7I A; 3SDU A; 3M75 A; 3ZRC A; 4HWI B; 1NI2 A; 3E37 B; 3M01 A; 3P4Q B; 1ZP0 B; 2BVC A; 4JQW C; 3T3N A; 1XLQ A; 2BTE A; 2J4X A; 3VUW A; 1T0Q C; 2F6D A; 1X9D A; 1E8Z A; 2KWC A; 2IZV B; 4L6X A; 4OK4 A; 4CJ0 A; 1H36 A; 5DGR A; 1Y8R C; 1KF6 B; 3NS8 A; 1EF1 A; 4G50 A; 2MBE A; 3JYU A; 1N1B A; 4RGO S; 4RNA A; 1QIL A; 3A9J A; 3VVW B; 3WKG A; 3PLV A; 4KZC A; 5AEK B; 1AAR A; 3W7W A; 5JHB A; 1I4P A; 1MG4 A; 3SR6 A; 1WGG A; 2KDM A; 4LJP B; 1X1M A; 2MCN B; 1LQB A; 4HPM B; 3VR8 B; 1ZDX A; 3CF6 E; 3VRA B; 3PHW B; 4D4B A; 1IUE A; 3D5R A; 1YQ4 B; 3ZTD A; 1RFA A; 4ZOH C; 4ZHO A; 3DOW A; 2GH4 A; 4RGM A; 2OOB B; 2KAJ A; 1KJT A; 4YT0 B; 5AGD A; 3URY A; 3AUL A; 3A9J B; 4HRO A; 5JZE B; 2D3B A; 1I4G A; 1VZ7 A; 3E33 B; 4KSL C; 4TSS A; 3RUL A; 2JWU A; 4YSZ B; 2KQ7 A; 3PMM A; 1V49 A; 2BYF A; 4AOF A; 4CHK A; 3OED A; 3KSQ B; 1VZ8 A; 3GE3 C; 5FR6 A; 2V4L A; 2IO2 B; 3DPD A; 3Q8E A; 1C4C A; 1IBX A; 4XWW A; 2W3S A; 3PRE A; 1M4V A; 1SB3 C; 1B9R A; 4RNQ A; 1UBQ A; 3N1X C; 3ANI A; 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4LNI A; 3PZD A; 1C77 A; 2KVR A; 3C0R B; 2PE6 B; 4LNN A; 1SIF A; 2N0S B; 2WCO A; 2NS5 A; 4LDT D; 3CSF A; 1O6R A; 3E9S A; 1H37 A; 3AV8 A; 1ZGU B; 2N9K A; 2L05 A; 4KTP A; 1PGX A; 2CR5 A; 3RN9 C; 2RDH A; 5JH5 C; 4W9J A; 2FID A; 5JMD A; 1N9A B; 3WC3 A; 3I5J C; 3Q3F A; 4ARI A; 2PN5 A; 2DAJ A; 2OJR A; 4II3 B; 2EKE C; 3J9C A; 2IO1 B; 5DPS A; 4F7Z A; 4M76 A; 1T0S C; 2INN E; 1WGY A; 1N4Q B; 1SSN A; 2MA9 B; 2PKO A; 1NDD A; 1N4R B; 2D3C A; 4D2K A; 1N7R A; 1SXT A; 4KKJ A; 5EE0 A; 1JAL A; 3QC8 B; 4TXT A; 1IA7 A; 1TNB B; 5AZF A; 5BMG A; 1QF6 A; 1HN0 A; 4N9F 4; 4OZA A; 4KTR A; 2FCN A; 5DPW A; 5E6J A; 3DSS B; 1B1Z A; 2GOX A; 5ILD A; 5FO7 B; 1JRO A; 4MGK E; 1P7E A; 3QWT A; 2ZNV C; 4AJY B; 2SAK A; 2PMV A; 3U2S C; 4JGH B; 2LMC A; 2FUQ A; 5FK9 C; 1DCE B; 2JVC A; 5CX3 A; 3PV1 A; 3HXE B; 3P5R A; 3ACS A; 4J5T A; 2IBI B; 1I4X A; 5JXV A; 3E56 A; 4LDT B; 2DZK A; 2KK8 A; 4DQO C; 1PUT A; 2KKC A; 1XO3 A; 3M7E A; 3S9V A; 2AQ2 B; 1XD3 B; 2M19 A; 3KVF B; 2F0Y B; 1QZE A; 1QKZ A; 5L95 C; 1QOG A; 1V9J A; 2X8X X; 4TV3 A; 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