The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
144
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sequence length |
414
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structure length |
414
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Chain Sequence |
NICEITEVDSTLVERLGQRLLPWMDRLSQEQLNPSIYVGLRLSSLQAGAKEAHYLHSLKLSYQQSLLRPASNKDDNDSEAKPSMGQLALYLLALRANCEFIGGRKGDRLVSQLKRFLEDEKRAIGHNHQGHPRTSYYQYSLGILALCVHQKRVHDSVVGKLLYAVEHKPHLLQDHVSVDTMAMAGMAFSCLELSNLNPKQRNRINLALKRVQEKILKAQTPEGYFGNVYSTPLALQLLMGSLRPSVELGTACLKAKAALQASLQHKTFQNPLMISQLLPVLNQKSYVDLISPDCQAPRALLEPALETPPQAKVPKFIDVLLKVSGISPSYRHSVSVPAGSSLEDILKNAQEHGRFRFRTQASLSGPFLTSVLGRKAGEREFWQVLRDPDTPLQQGIADYRPKDGETIELRLVGW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for mammalian vitamin B12 transport by transcobalamin.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcobalamin II
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| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Bos taurus
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| total genus |
144
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| structure length |
414
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| sequence length |
414
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TNZ B; 3KSQ B; 3Q75 B; 4BOJ A; 1S63 B; 2PMV A; 4FXG B; 1H36 A; 1N4R B; 3E34 B; 2PN5 A; 1NI1 B; 1H37 A; 3E30 B; 2WII B; 1MZC B; 2R2L B; 3DSU B; 1N9A B; 2V8I A; 1TN8 B; 3DSV B; 3Q79 B; 1W6J A; 3D5S A; 4BOK A; 4D94 A; 3E33 B; 1LD7 B; 4GTV B; 4D4A A; 1JCQ B; 3Q73 B; 1NL4 B; 1H35 A; 4GTO B; 2WIN B; 3HXE B; 2ZIS B; 2V8J A; 2SQC A; 2WY7 A; 1TN7 B; 3DSW B; 4ZRP A; 5JPM B; 3HXD B; 4GTP B; 3HXB B; 1X81 B; 4ZRQ A; 1LD8 B; 2A73 B; 2H6I B; 2BBC A; 3EUV B; 2F0Y B; 3G6J B; 1C3D A; 2H6F B; 1GXN A; 4C1S A; 1O1R B; 1H3A A; 4ONT A; 2V3P A; 3DSX B; 1O6R A; 2ZIR B; 3PZ3 B; 1O5M B; 4GTQ B; 1N95 B; 2H6G B; 5FO7 B; 1FT1 B; 1D8D B; 3Q7F B; 2BB5 A; 5AGD A; 1N4S B; 4ZH1 A; 2V3N A; 1N94 B; 3SFY B; 4KKI A; 3PZ1 B; 1O6Q A; 4GTT B; 5FO8 B; 1QQF A; 4GTR B; 1GXO A; 1UMP A; 3Q7A B; 1HZF A; 4EHM B; 1SA5 B; 2WY8 A; 1O79 A; 1S64 B; 1O6H A; 4LNG B; 4GTM B; 2BB6 A; 2XQW A; 3DRA B; 1JCS B; 3EU5 B; 5FO9 B; 3C72 B; 1KZO B; 4YDE B; 1TNB B; 1N4Q B; 2I07 B; 4D4D A; 4D4C A; 3K7X A; 3KQ4 A; 1SQC A; 3OXU A; 1FT2 B; 2G0D A; 1GSZ A; 4M76 A; 2IEJ B; 4GTS B; 3DSS B; 1GHQ A; 1H3C A; 1R76 A; 2B39 A; 4FXK B; 3DST B; 4MU9 A; 4LNV A; 2V8K A; 4V1R A; 4LNB B; 3OED A; 1H39 A; 3E37 B; 3E32 B; 1KZP B; 4V1S A; 2G02 A; 1N4P B; 1DCE B; 1GXM A; 2XWB B; 1QBQ B; 3HXF B; 3U7Z A; 1TN6 B; 1W6K A; 1H3B A; 3PZ2 B; 3RJ3 A; 3PZ4 B; 2XWJ B; 1D8E B; 4MBG B; 1TNY B; 4D4B A; 3SFX B; 3D5R A; 1SA4 B; 2BED B; 3HXC B; 4YDO B; 3DPY B; 2GOX A; 5JPN B; 1LTX B; 1O1T B; 2NOJ A; 5FOB B; 1O1S B; 1TNO B; 1JCR B; 1QSJ A; 3CU7 A; 4L9P B; 4KKJ A; 3SQC A; 1FPP B; 2H6H B; 3Q78 B; 1TNU B; 3KLS A; 3KSL B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DZM A; 4N6E B; 1H36 A; 4LNO A; 2L83 A; 3DVG Y; 5FR6 A; 3DSU B; 2QDF A; 4HWI B; 3S4A A; 2J53 A; 4D94 A; 1FD6 A; 3LZ9 A; 3AU4 A; 4WVA A; 3A9J B; 4P7I A; 1PYW D; 2HDE A; 4EFO A; 4QAY A; 3PRE A; 1F9J A; 3R2I A; 1I4H A; 5AZG A; 4GTP B; 4FJV B; 2N7E A; 2I1K A; 4EZK A; 3PHX B; 1WFY A; 3PZD A; 2EAB A; 3U7D A; 4LNN A; 3RD2 A; 3QFY A; 3M71 A; 4KZC A; 1IS9 A; 3W7S A; 3E56 A; 4WAF A; 3PZ3 B; 2H6G B; 3OJ3 A; 1YQB A; 2WDQ B; 4B6W A; 2E24 A; 2N9P C; 4NJ7 A; 4CQN A; 2RDG A; 3G4D A; 1HZF A; 1SA5 B; 2DZJ A; 5CD2 A; 4G3X B; 4BBN C; 4ARC A; 2KWD A; 1F2R I; 3VH4 B; 2HE7 A; 3MC8 A; 1I4G A; 3LB8 C; 1UT9 A; 1TGZ B; 3KWV A; 3CIH A; 3RX5 A; 2DBY A; 3ZKJ C; 4YSX B; 1N62 A; 2Z59 B; 3AEC B; 3WAL A; 4LLG M; 4G50 A; 3DBH I; 1VJK A; 2FBA A; 2FV0 A; 3UF8 A; 1UH6 A; 1LM8 B; 1HA5 A; 3H7P A; 3ZNH B; 3AE9 B; 4DXG A; 1C79 A; 3U4E G; 4IG7 B; 3R7Q A; 3AB5 A; 3DPD A; 4GLS C; 3ZDT A; 1IGD A; 2KLC A; 3M76 A; 1TT5 B; 4V1S A; 1KKT A; 1WY8 A; 2DRQ A; 3A3V A; 3P2B A; 1D4B A; 4NJC A; 1VRA B; 2DNF A; 4US9 A; 3ABV B; 4HRO A; 5AUI A; 1D8E B; 1XF5 L; 2RR9 A; 2BED B; 4HVB A; 1WX8 A; 1ZGU B; 4AQ7 A; 3I9V 1; 3ZW3 A; 2J0K A; 1UWX A; 3V62 A; 2K6Q A; 3RN9 C; 4NY0 A; 1V1P A; 2KMM A; 5CX3 A; 2ZPN A; 1N7N A; 3Q75 B; 4DI5 A; 2HD5 B; 1S63 B; 3GB1 A; 3E34 B; 3BYY B; 1H37 A; 2WII B; 2XBB C; 3W5M A; 1WU6 A; 1J0N A; 3V6E B; 1D3Z A; 3WIQ A; 3Q8E A; 4M0W B; 4YT0 B; 1J0M A; 5EDS A; 1UWM A; 4RNQ A; 3H7L A; 4MM3 A; 3VR8 B; 3TJP A; 1F9O A; 1V80 A; 1ZXI A; 4RNA A; 4I6L B; 4GDL B; 1TN7 B; 3TEX A; 1HEZ E; 5IK0 A; 1NYQ A; 1WM2 A; 1Q10 A; 2GI9 A; 3RNB C; 5BMH A; 5H8Y E; 4MMH A; 4ONT A; 3SDR A; 2JWZ A; 3DWM A; 3ZVV A; 2KYW A; 2KVZ A; 1K8R B; 3K9O B; 3CIR B; 3VSN A; 3JVZ X; 3SFY B; 5D2M B; 4FAD A; 3VTU A; 5GXG B; 1H12 A; 1ACC A; 3QG0 A; 4GTR B; 3M3J A; 3SAE A; 3V61 A; 1IBX A; 3FKY A; 4GTM B; 3VXD A; 3ZRF A; 3BZD B; 1MI0 A; 1HZ6 A; 3M7E A; 2MBO A; 4NEI A; 3ZTC A; 5EAU A; 2PW9 A; 1PUT A; 2KK8 A; 2R61 A; 1JRO A; 2IEJ B; 4DHJ D; 3EFC A; 5T8I A; 1FNU A; 1ZW7 A; 4NQL B; 2BYE A; 1TF4 A; 2L3Z A; 5IL8 A; 5BMI A; 4AUQ C; 3QAQ A; 4MGK E; 1JWS D; 2WXQ A; 1DCE B; 3PRP B; 4W9E A; 3T33 A; 5ILY A; 2EKE C; 3DHH C; 2BT6 A; 2MBB B; 1E7V A; 2WXM A; 3VH3 B; 2BW2 A; 2FIF A; 1WH3 A; 3O13 A; 2MJD A; 3QXF A; 3M01 A; 3A1Q B; 1Q0W B; 2JF5 A; 2V1Y A; 2CU3 A; 3NVZ A; 3W1S C; 2AEH A; 3KSL B; 3H2W A; 3N0G A; 1TNZ B; 4GXB A; 4ZDV A; 3P1M A; 2D3C A; 5C2T B; 1R4N I; 3VDZ A; 3MTN B; 2X38 A; 1GAI A; 2I38 A; 3Q14 C; 3MJW A; 4OK4 A; 2INN E; 2JRI B; 3DBL I; 4KTP A; 1KWF A; 2AHG A; 4AJW A; 2OKX A; 2LJI A; 2WY7 A; 2LXA A; 2Z0E B; 2QEJ C; 2JUO A; 1FXT B; 4MDK E; 2C9W B; 5D6J B; 2MBH A; 2P0V A; 3G6J B; 3AEG B; 2NTT A; 3PRZ A; 2KTR A; 1TKY A; 3Q3O C; 2MP2 B; 1FFV A; 3PLU A; 4A90 A; 1BML C; 1EF1 A; 2GH4 A; 4F13 A; 3A9K A; 3VQI A; 2FUH B; 1TKG A; 1KOT A; 2WY8 A; 3RCZ A; 1TZ1 A; 1WXQ A; 5GY3 A; 4LNG B; 4XC2 A; 2KWV B; 5MEH A; 1NVI D; 3NS8 A; 2ICI A; 1WZ0 A; 3SDU A; 2V9H A; 1M4V A; 2WCO A; 1NI3 A; 2J4X A; 2CQS A; 1VR9 A; 2ONG A; 1EUV B; 3E6U A; 2GLS A; 1RWS A; 2BPS A; 1FM0 D; 3RPF C; 2SAK A; 2D11 A; 4HKQ A; 2CQT A; 2CHZ A; 2IPK D; 5BO4 B; 2LUE A; 2V0G A; 2A8Z A; 2C60 A; 4KGS A; 4V1R A; 4BOZ B; 2BRV X; 1GA2 A; 4BFR A; 2VRR B; 2DZK A; 1V7W A; 5LXH A; 4XWT A; 2FE8 A; 3PMM A; 3DHG C; 4ZHP A; 3WKF A; 3T9L A; 3PZ4 B; 1N5W A; 2NMQ A; 3MJ5 A; 5E6J A; 2V3S A; 2KJ6 A; 3U8Z A; 2LGD A; 1ZXH A; 2Y5B B; 3APF A; 1WJU A; 1I4R A; 4FA6 A; 4ASW C; 4HPL B; 2MX2 A; 5DGQ A; 3VW5 A; 3SQC A; 2GZ6 A; 5D3D A; 5HFY A; 3EQA A; 4RGT A; 3KSQ B; 1D5M C; 2G4S A; 3QX1 A; 1N4R B; 4ANV A; 2DYO A; 2R2L B; 2F6D A; 1TN8 B; 5DGR A; 1L4D B; 1HV6 A; 4E71 A; 5IA7 A; 5JHB A; 2WWZ A; 1CMX B; 3S9V A; 1YN4 A; 2MJ3 A; 3OJ4 B; 3URY A; 3S4B A; 3W5N A; 3EU8 A; 2QJL A; 4E1Y A; 1CK1 A; 1ET9 A; 2FUZ A; 3DHI C; 4S17 A; 5KHO A; 4KGR A; 1JAL A; 3B0A A; 3MP9 A; 3ZXV A; 4YTM B; 3GE3 C; 2ZZR A; 2GBJ A; 2KQ4 X; 1RQ5 A; 3PVL A; 4WJO A; 5BYR A; 2ZIR B; 5L83 A; 1ROE A; 3SDL C; 2SEB D; 3PZ1 B; 2N1W A; 1N6Z A; 3HHM A; 2YEP F; 2KD0 A; 2PIA A; 3P63 A; 3PRM B; 1KRF A; 1FO4 A; 4E74 A; 2IO0 B; 2AL6 A; 1GAH A; 3ZGZ A; 4F1S A; 1N63 A; 1X1H A; 2B3A A; 3IBE A; 1TNB B; 2LRW A; 1N4Q B; 4TXT A; 1A70 A; 3DBR B; 3ZTD A; 1VZ7 A; 2JYT A; 3PTF C; 2ZCC A; 1DOI A; 3SDQ A; 2PKO A; 4DHZ B; 3ZNI D; 5DCN A; 2ZNV B; 1KSD A; 1N7P A; 2WNM A; 4GDK B; 3EUB 2; 1H39 A; 1DL2 A; 4TMA B; 4ZRI A; 3RI7 C; 2KWU B; 5JH5 C; 3PZ2 B; 3RJ3 A; 1QOB A; 2HJ1 A; 1MHH E; 3Q3M C; 5EAS A; 2DX5 B; 2O6V D; 2KC1 A; 5TR5 A; 4USA A; 1K52 A; 1V8C A; 2R2Q A; 1D5Z C; 1FO3 A; 1MVK A; 2OED A; 4YSZ B; 1QKZ A; 3VFK A; 1HXC A; 4CE7 A; 4MAC A; 2FCS A; 1C76 A; 1WJ6 A; 1D5X C; 1G9J A; 1FNV A; 2UU7 A; 4WIP A; 1FAE A; 2PMV A; 4GMV A; 1TS4 A; 1C78 A; 5IM1 A; 2A4Z A; 1WYG A; 3H6N A; 4K7S A; 3DSV B; 2MEK A; 1W6J A; 1EM7 A; 3PO0 A; 5ILI A; 2JXX A; 1UEL A; 1FO2 A; 1CZP A; 1H35 A; 2H89 B; 2AHF A; 3KWL A; 3HXE B; 2GMI C; 3FAH A; 2X8X X; 4K81 A; 4ACF A; 1XQQ A; 4RH6 A; 3SHQ A; 1WX9 A; 3HXD B; 2ZCB A; 1K50 A; 4IKG A; 2LVO A; 3KUD B; 3QDE A; 1C3D A; 1L4Z B; 3A33 B; 3ZJV A; 1WZZ A; 1YMH E; 2LZ6 A; 4WWM A; 1J19 A; 1ZUD 2; 2KN5 A; 1IA6 A; 3U52 E; 1ISN A; 3NY5 A; 1CEM A; 1P1A A; 3SFD B; 4LDT D; 1OJO A; 2D2Q A; 1OTR B; 3AH7 A; 3AE3 B; 1XLN A; 2VZK D; 4CO7 A; 1N1B A; 3PYA A; 1QLB B; 1T6B X; 3GZN I; 1NEK B; 1V7X A; 3ZLZ A; 2FAZ A; 2L7R A; 2KOX A; 1AGM A; 4EE2 A; 5JMD A; 5DPT A; 4IWQ A; 3EU5 B; 3C72 B; 4YDE B; 3RZF A; 3B2F A; 3DQV A; 3QRY A; 2KT7 A; 5ILH A; 1CQV A; 2QCZ A; 2QNO A; 1X1M A; 5GW7 A; 2KAC A; 1FRD A; 3Q8A A; 1FT2 B; 2N7J A; 3ZYY X; 4EEW A; 4TQ1 A; 4M76 A; 1GHQ A; 4WVC A; 3DDC B; 1YOV B; 4DBG A; 3N3K B; 4K3C A; 3L0W B; 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1YQ4 B; 5BYS A; 3AM9 A; 1IA7 A; 1WJ4 A; 1T3Q A; 3UGB B; 2AQ2 B; 2G4D B; 2JSV X; 3I3T B; 2KFK A; 4MT5 A; 1YN3 A; 2BGF A; 4D4D A; 2X03 A; 2WDT B; 2K9X A; 3R8B A; 1GSZ A; 1E8W A; 3T8M A; 3RUL A; 2DRR A; 2HTH A; 2XNA C; 3LYY A; 1WGD A; 4LNK A; 4LNB B; 1Y56 A; 1LF9 A; 1NXC A; 1KZP B; 1XCT L; 2LAS A; 3Q3N C; 3ZDM C; 3AEF B; 2ZZP B; 4BVU C; 1IYF A; 2K5P A; 3RX7 A; 1GOZ A; 1OGW A; 4F10 A; 2MBQ A; 1EWC A; 1V5D A; 2ONH A; 2RPV A; 1LO5 D; 1V97 A; 1RFK A; 3P5P A; 1Q1O A; 4OVV A; 1LXK A; 4FHJ A; 2M17 A; 3ANI A; 2K8B A; 4MJS A; 3PLV A; 3DCG A; 2XEW A; 3ONS A; 1QT9 A; 2L00 B; 4M01 A; 3E30 B; 1VCB A; 4WUR A; 4KDI C; 4N59 A; 3P5R A; 2O6V A; 3KUZ A; 2KTR B; 2G45 B; 2WXL A; 2K8H A; 2G1E A; 1EU3 A; 1KRH A; 1ESF A; 3RNF C; 1SE2 A; 2WXN A; 2JVC A; 2INP E; 4N9F 4; 1GC7 A; 5DPW A; 1KH0 A; 3A9K B; 2WGS A; 3UIO B; 2RD0 A; 2ZNV C; 2BBC A; 4DK5 A; 1KM7 A; 3B2G A; 1TY2 A; 3IXS A; 4L2Y A; 2NPT B; 1SF0 A; 1O5M B; 2NBW B; 1N95 B; 1L2N A; 4IOI E; 3Q7F B; 4XUV A; 2BB5 A; 2QMT A; 3EFU A; 3KUC B; 1CB8 A; 2FNJ B; 4P1C C; 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