The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
208
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sequence length |
578
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structure length |
521
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Chain Sequence |
LSDQEFDEKYLELSEELKQSEKHKGTLDQGASQFLNAIEFVLRVYRQTEVIYVYAHLKNDQDTGNTDYQALYARASSLFSKVSEAVSWFEPEILQLSDDQIWQYFKEEPKLEVYRHYIQQIVDNRAHVLSAEQESLLAGAGEIFDASSDTFAVLNNADLVFPTIEGENGEIVQLSHGVYGQLLESTDRRVREAAFKGLYSVYEQFRNTFASTLGTHIKGHNFKAKVRNYSSAREASLSNNHIPESVYDTLVDVVNKHLPLLHRYMELRKRLLEVEKLHMYDLYTPVLGEAPIEAKEKALEALKPMGEEYMAITLDQLFTLVHEMGHSVHSYFTIFLAEIASTTNENILTEYLLETEKDPRVRAYVLNHYLDGFKGTVFRQTQFAEFEHFMHTEDEKGVPLTSEYLSDSYGKLNAKYYGPAVEEDPEIKFEWSRIPHFYYNYYVFQYSTGFSAASALAKKILNQEPEALENYLAYLKAGNSDYPVEVMKKAGVDMTQAAYIEDAMSMFEQRLNELEELIDRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium.
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Enterococcus faecium
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| molecule keywords |
Peptidase M3B, oligoendopeptidase F
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| total genus |
208
|
| structure length |
521
|
| sequence length |
578
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | putative peptidase helix hairpin domain like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CE2 A; 2QR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AG3 B; 1OCZ C; 3CJH B; 2ZAF A; 4XDJ A; 1G4Y B; 5C8Y A; 3U10 A; 4YHH O; 4HKR A; 2Q8F A; 2P4V A; 2YYM A; 2YID A; 3BCC H; 1IBK O; 5CBH A; 3OTF A; 3D6B A; 1KU9 A; 4YIO A; 3LSU A; 3CCQ V; 4O4L A; 2IU0 A; 3L9D A; 1Q5O A; 1NKD A; 2P90 A; 4TV9 A; 1YTF D; 2KKW A; 1M93 A; 2CJ8 A; 4QE9 A; 1IDS A; 4QE7 A; 3SF6 A; 3ASO C; 1AI6 A; 4P30 A; 4LP8 A; 4PI0 A; 3QTC A; 1R3K C; 5M4N A; 5JJN B; 1AP6 A; 3KZI Z; 4YJ3 A; 4GYC B; 4NKG B; 4B7E A; 4GT1 A; 1H2S B; 2P7T C; 3LGQ A; 3N2G B; 2EIJ C; 1J95 A; 5K3J A; 4GKJ O; 2IJI A; 2IW5 A; 5LYJ A; 3ABT A; 3J81 N; 2AZE A; 5KHI A; 2A1T A; 1Y8O A; 1I0H A; 3NR7 A; 1OAH A; 1X59 A; 4RWU A; 3VQV A; 3CME V; 2LGQ A; 4UVB A; 2GHY A; 1K8A W; 4EKW A; 5IWA O; 2M6Y A; 3E35 A; 1M57 C; 2D3O W; 4MVS A; 2KQX A; 1JA8 A; 3BRC A; 3AEI A; 2WA3 A; 3TXS A; 1AP5 A; 3K04 A; 4G2K A; 1N34 B; 1GO3 F; 1KMI Z; 5AG2 A; 3ZMT A; 2RDC A; 4U7N A; 3CWB H; 5EIB D; 2CJ4 A; 4DV0 B; 3LSS A; 4YHH B; 3G80 A; 4RUE A; 1Q7Y W; 4B3R O; 4H37 A; 4WFB V; 5LHH A; 3K9S A; 2Y48 A; 3HB3 B; 1IBK B; 4P79 A; 1O9G A; 4CZZ A; 3N0R A; 4U83 A; 2A3Q A; 5FPO A; 1XMO O; 4G28 B; 3WU2 Z; 3AG7 A; 3JAW B; 3B8N A; 1UPG A; 3D2R A; 1NQT A; 2QM7 A; 4N21 A; 2JBR A; 3VKG A; 1EM1 A; 4MTO A; 2Y4U A; 4LFC O; 2JVD A; 5B1A C; 1SQG A; 2ZIO A; 2A9H A; 1XNR B; 3X29 A; 1WP7 A; 1DF4 A; 4NTW A; 4PI2 A; 3UT5 B; 2QM8 A; 2E5L O; 2XS8 A; 2HLD G; 4GX5 A; 4PEL A; 2HFE C; 4DV4 O; 1BS3 A; 5LA6 A; 2DE0 X; 1J5E O; 2ZDX A; 5M4P A; 1SA0 A; 2XAF A; 2Y0P A; 3OE7 G; 4H85 A; 1ZLZ A; 4UVC A; 4JAU A; 4AHC A; 4PDM A; 3H1J H; 2CTQ A; 5JVD B; 2B1I A; 3SJB C; 3K06 A; 2FL4 A; 1Y6X A; 3RW0 A; 4W4L A; 4RO2 A; 4X1I B; 5IWA B; 1K9M W; 2R70 A; 5TIS Z; 1D5N A; 1XFW A; 1COW G; 4UCT A; 2WPD G; 1AI5 A; 1P84 F; 1H2L A; 2P22 C; 2EIK B; 2JS3 A; 3JD4 A; 5B1N A; 3DTU B; 4KSA A; 3K5O A; 2XAH A; 5L3G A; 3AK2 A; 5J71 A; 2C0U A; 1TUB B; 1CPY A; 5CA1 A; 1K3E A; 2QWO B; 1WPB A; 5M4M A; 1T5E A; 3HKE A; 5K3I A; 1YF2 A; 1XMO B; 3E8G A; 3N2K B; 3CE2 A; 2Q68 A; 4FXY P; 1S72 V; 5B66 Z; 4H0L B; 2QA4 V; 4LFC B; 4ICG A; 4KHP O; 2RF7 A; 1EFR G; 4HYO A; 4WFH A; 1VQM V; 4O2B A; 2PZS A; 3EOM A; 5KX5 B; 3B4S A; 3P30 A; 2DWE C; 4FLV A; 2E5L B; 2DMX A; 2EIM C; 4DV4 B; 3UBR A; 1XMQ B; 1FS8 A; 1I5Y A; 1JCH A; 3K0D A; 4LFA O; 3IC7 A; 2OYQ A; 4XDK A; 3BFR A; 4BW5 A; 4ZHQ B; 4UFZ A; 1IBM B; 1XNQ O; 3OM3 B; 1NVP D; 1X91 A; 4IIJ B; 2A06 H; 2IBZ H; 2AZ0 A; 3Q0A A; 1P4R A; 3R65 A; 3DC6 A; 4U3J A; 5EK0 A; 2VF1 A; 4UCU A; 3Q24 A; 5H2F Z; 3ZRS A; 5KA6 A; 2JS5 A; 4X65 B; 4DR2 B; 3CC7 V; 4DUZ O; 4O4J B; 4X1Y B; 1I08 A; 3SPJ A; 4F6E A; 5JCO A; 2QKC A; 1IVS A; 3IC9 A; 1VQL V; 3SR2 C; 4WF9 V; 3BAA A; 3CRC A; 4FLT A; 1EZV H; 4TT3 G; 5IJ9 B; 3JAL A; 2R0M A; 1GTO A; 1WB7 A; 3K9A A; 1PD3 A; 2XAQ A; 5E3X A; 3T4Z A; 2HEP A; 4QPJ A; 2WSS G; 3TJT A; 1EGE A; 1ZAU A; 2CJ6 A; 4O4I A; 3DGE A; 1GN6 A; 3AHN A; 5IE9 A; 3I5D A; 1K4D C; 5LHG A; 3D3I A; 1N8R W; 2K1E A; 4N5F A; 4KHP B; 3SDL A; 1ZWI C; 1V54 C; 5IYB O; 5EYP B; 1GKZ A; 3IGA C; 2DQ0 A; 3MAQ A; 4H7Q A; 1UFI A; 4MVU A; 3E2E A; 3ZRX A; 2LJ2 A; 3JAS A; 1H2N A; 2ADP A; 3KG2 A; 1ZX3 A; 3TXQ A; 3W7X A; 2BSK A; 3MDS A; 1O9H A; 3CCL V; 1XNQ B; 4TQF A; 2A0L A; 4QNH B; 2OEV A; 3SYO A; 5H9C A; 1H8H G; 4AKH A; 4PA6 A; 4DV7 B; 3BNH A; 5M4K A; 3ABM B; 4KUM A; 2XHB A; 4MT8 A; 3D36 A; 1QR8 A; 2K9P A; 4KSF A; 3K03 A; 4UV9 A; 1SIQ A; 1FFT B; 4JV5 O; 3W7U A; 1NS1 A; 2IX6 A; 2D29 A; 5LXT B; 4BIU A; 1WAZ A; 1SC5 B; 5E79 Z; 1M90 W; 5FPR A; 2DYR B; 2E75 B; 4JYC A; 4MW8 A; 3E22 A; 1VQ8 V; 5CN0 A; 2EJR A; 2NN4 A; 3D9E A; 2ARH A; 4UXN A; 2ZIM A; 3MDD A; 3WG7 C; 3VBB A; 2UUB O; 4DR6 B; 1FKA O; 1HW7 A; 2WLI A; 2R0N A; 2B1G A; 4PA3 A; 1GAX A; 2A7W A; 3C3T A; 4RAI A; 2Q8H A; 2W6I G; 4U7O A; 2XOK G; 3A0R A; 4UV8 A; 2Q9L A; 2QE7 G; 1GKF A; 1W0J G; 5J2U B; 4X28 A; 3MD0 A; 3CX5 F; 3JAT A; 1ZUQ A; 5L3B A; 1WS9 A; 3SYP A; 1YIT V; 3SJA C; 5HFL A; 3ASN B; 4MW3 A; 4TQD A; 1K7D A; 1N32 O; 2BTZ A; 3BY6 A; 4PD4 F; 3RWR D; 2P67 A; 1U97 A; 4EB6 B; 4JI7 O; 3OR7 C; 3K58 A; 3CD6 V; 1Q8I A; 5CBG A; 4U3F H; 1OZ0 A; 3HKC B; 2XQR B; 1OCR B; 1A32 A; 1YJ9 V; 5B6B A; 3CSX A; 4WFG A; 2VQE O; 3O65 A; 4J7J A; 4F6R B; 4JI0 B; 1RX0 A; 5KHJ A; 2X6B A; 4FF4 A; 3X2Q C; 2Y0I A; 1V55 C; 4DR7 O; 3E8F A; 2CJ5 A; 2AHZ A; 5KA5 A; 5L3D A; 4DR1 O; 2JJ1 G; 4JV5 B; 3ETG A; 5B3S C; 3SCE A; 5IYZ B; 4DV5 O; 3H9V A; 3APO A; 1VQP V; 3AG1 C; 1KKC A; 1XOU A; 4MTX A; 1RP3 A; 2AO2 A; 5GON A; 3PJS K; 3VQX A; 4X66 O; 3HWC A; 2UUB B; 1F4N A; 2R03 A; 4IYH A; 2XAG A; 4DR3 O; 1R2J A; 1XL6 A; 3ZRV A; 2Z1Q A; 1OCC C; 2ODM A; 1Y76 A; 2WLN A; 1NJI W; 1I94 O; 4L3Y A; 5LMN O; 2O3E A; 1KP2 A; 4YXW G; 5EBL C; 5KAI Z; 2Q8V A; 2GBB A; 4GUN A; 1QNM A; 1MNG A; 4J80 A; 1N32 B; 2PG0 A; 2QJ1 A; 3D9F A; 2YYK A; 3OUS A; 3TCU A; 2B9Z A; 3GVM A; 2ZKO A; 3VAD A; 3SPI A; 4TV8 B; 3H1H H; 1PI1 A; 3OMI B; 1N36 O; 4HZ3 A; 4JI7 B; 5C93 A; 1MG1 A; 2ZXW C; 4JEK A; 2OIE A; 1FJG B; 5K3H A; 4LWS A; 1Z5W A; 4FLW A; 3KCY A; 3BAB A; 3JAR A; 2ZDY A; 2Q8I A; 4I5S A; 4AKG A; 4I4T A; 3VKH A; 2VQE B; 4I55 A; 5EC2 C; 2OR0 A; 5ITZ A; 4MS2 A; 2Q7G A; 1S5J A; 2YYI A; 3OUF A; 2CTP A; 1I5X A; 1XEQ A; 2PY5 A; 3AFE A; 4K0K O; 1IUR A; 5JWP A; 4GKK B; 3FAV B; 1V9P A; 5KUK A; 4DV5 B; 1AVM A; 2YXH A; 2RQ6 A; 2F95 B; 3CXC U; 3QO8 A; 2VS0 A; 4JPR A; 2YUA A; 2JIZ G; 3SJC C; 1CXZ B; 2CAZ C; 3JSN A; 3C3S A; 3OAA G; 1SF9 A; 3VQY A; 2H94 A; 3ZED A; 2HJD A; 1KBH A; 4RQF A; 4K8Z A; 1M9N A; 1KA2 A; 4DR3 B; 3H1I H; 1Q43 A; 1DF5 A; 4UB8 Z; 5JCO C; 4FM1 A; 5KMG B; 1L1F A; 4Z2W A; 2WAM A; 1FXK B; 1BE3 H; 3HPL C; 1I94 B; 2JGD A; 4GX2 A; 4CC5 A; 3SYA A; 1BHB A; 3RVY A; 1VP7 A; 2JDI G; 1JM6 A; 4MSW C; 3RYF A; 3BNG A; 2XS1 A; 3K57 A; 5J6A A; 1LVC A; 4IRN A; 3CCV V; 3J7A U; 4QJF B; 4PDV A; 3M99 B; 3ZBH A; 1N33 O; 2YXL A; 2ITD C; 2QKA A; 4WFE A; 1RJ4 A; 4X20 A; 2N74 A; 4LF5 O; 1KA4 A; 2QWP B; 1QQC A; 1RPR A; 5BZB A; 5KUM A; 3IJ4 A; 1FXV A; 5CBF A; 4LBE C; 3DXR B; 3E83 A; 4LNU B; 3MPI A; 1JQ0 A; 3AG4 B; 2DYS C; 1HWY A; 1YZB A; 3RYH B; 4DRX A; 3ZMS A; 2EIL C; 4K0K B; 4DZY A; 3JD1 A; 2DJV A; 2YDE A; 3STZ C; 1BGY H; 4CH5 A; 1FFX B; 2Q0A A; 5B5E Z; 3GQT A; 4DK0 A; 3SWO A; 4P2Z A; 5FNV A; 1Y74 A; 2CTR A; 2WBI A; 3OTO B; 2Q7H A; 4LFB O; 4EEQ A; 2Q73 A; 4O4H B; 2QTS A; 2E3C A; 2HJN A; 4XBF A; 4ZYJ A; 3D36 C; 3RGB A; 4G97 A; 4JIO A; 4D7S A; 3RYC A; 4UCO A; 2RCV A; 1VQ7 V; 2REH A; 4FZ4 A; 4FLY A; 4O4L B; 4BW9 A; 2AZ2 A; 4MPC A; 1SQB H; 3C3L A; 3ZHS A; 4LQS B; 1HNW O; 3RYI A; 3K08 A; 2R9I A; 2W0X A; 3PFD A; 4R8C A; 1RM1 B; 2RNB A; 4M9A A; 4LCU C; 1PL4 A; 1URF A; 1N33 B; 2Y69 B; 2F93 B; 1VQ9 V; 2KSD A; 5LBQ A; 3CJH A; 1LUV A; 1FS7 A; 1K97 A; 4WBN A; 2ZM6 O; 4X28 C; 4YJ2 A; 5KAF Z; 4AQY O; 3AG2 B; 2AHY A; 2EBH X; 1NH2 D; 3K5L A; 4CC6 A; 1XFU A; 5IJ0 B; 3T2M A; 3RKH A; 3SXQ A; 2Q4P A; 5B1B C; 3E86 A; 2EJ7 A; 4JI1 O; 2YGW A; 3CRL A; 2BE3 A; 3M9V A; 5IYD O; 4FLZ A; 2WLJ A; 5EC1 C; 2JEX A; 3K5M A; 4J1V A; 2HHH B; 2OCC B; 1HNX O; 1BUC A; 3K5N A; 1BQZ A; 2GTS A; 2A79 B; 1YSC A; 3E89 A; 3FFQ A; 5LOV A; 4GX0 A; 4QIW F; 4I50 A; 2XAJ A; 3AK3 A; 1U96 A; 4LFB B; 2HG5 C; 1Y8P A; 2V1D A; 2P6J A; 2F23 A; 2ZIN A; 1TVK A; 5CA0 A; 2ILM A; 1L0L H; 4JZG A; 4NXM O; 4OXS A; 3B2E E; 2Q0O C; 4JYA O; 1KEC A; 3WB0 A; 1AI4 A; 3OWA A; 4L8J A; 2P5O A; 2GUZ B; 1IS2 A; 5LGN A; 4O2A A; 4EFE A; 3RBZ A; 2YIC A; 1ZTE A; 4OPA A; 4DO2 A; 3X0X A; 3T4D A; 1JFF B; 1Y4M A; 1HNW B; 2LFS A; 2Q7E A; 5LA6 B; 1LUW A; 1XHX A; 4LF6 O; 2PO4 A; 3JD0 A; 1R3I C; 1EZJ A; 3T1Y O; 2EBA A; 1VIB A; 2EZP A; 3G67 A; 2ZM6 B; 4MPN A; 5A2Q N; 1EGC A; 1YJN V; 4RM7 A; 4GKJ B; 3ZN0 A; 1SZX A; 1NR7 A; 1XIL A; 3E8B A; 2BTQ A; 3TET A; 1VAR A; 1BZK A; 4I0X A; 3ABK B; 2UXB O; 4LF9 O; 1HNX B; 4QGP A; 4CS3 A; 1OCO B; 4DV6 O; 1H2G A; 3U0Z A; 2H1N A; 3LG1 A; 4JI3 O; 4BAY A; 1FPO A; 3UT5 A; 2GV9 A; 2ZO5 A; 4XDL A; 4B08 A; 1BCC H; 2FP2 A; 4B3T O; 1LR1 A; 1SES A; 2X7R B; 3TZ5 A; 3JAM N; 3ML0 A; 5J2T B; 3CEI A; 4DW0 A; 4LF4 O; 5CA1 B; 4MVR A; 3HKB A; 2F43 G; 5B1O A; 1EN6 A; 2ZE6 A; 1WPX A; 1JX9 A; 4DYL A; 4JI8 O; 4B3R B; 5JVD A; 1LNQ A; 2XT9 A; 3A0H Z; 3C46 A; 1Q6H A; 1R3L C; 4P13 A; 2JBS A; 4CBC A; 1CP9 A; 4JTC B; 3EVK A; 2O57 A; 1UJW B; 5BMV B; 3W7S A; 2FP1 A; 3ABL C; 4FVM A; 1NT2 B; 4QPK A; 1QLE B; 3LSQ A; 1Q90 D; 1L0N H; 2FTK A; 4B3S O; 1MZE A; 4C7U A; 2IX5 A; 1N0N A; 3L73 H; 4P9O A; 3BEH A; 3SYQ A; 5LMU O; 1IXM A; 4LF6 B; 1E79 G; 2QKS A; 3W7W A; 1XL4 A; 5IY5 C; 4FLU A; 1ARO P; 2F4V O; 3K79 A; 4LH7 A; 1AB3 A; 2UXC O; 1J5E B; 4Q1O A; 3T1Y B; 3CXH F; 3TK1 A; 2VQF O; 1JMK C; 2EIN C; 4DR5 O; 2Q8G A; 1GN3 A; 2YSU B; 1PM9 A; 3FB5 C; 1XG2 B; 3BA9 A; 4UCR A; 1HNZ O; 3DC5 A; 3HOA A; 2UXB B; 4W9U A; 3H1K H; 1VEW A; 2IJJ A; 1GMG A; 3TTB A; 1GN4 A; 1AR5 A; 4HNA B; 3JAL B; 2XTA A; 2KG7 A; 4B3T B; 5K1P A; 2QGN A; 4LF4 B; 1SK6 A; 3CB2 A; 4FZ1 A; 3L1T A; 1M4U A; 1JJO A; 1EGD A; 5LP6 C; 2YYG A; 1Q3E A; 2C2A A; 4FM0 A; 1KYO F; 4IIJ A; 2OTL V; 2RMK B; 3CCR V; 4BR6 A; 1F7Y A; 3EFF K; 2ADQ B; 1XFY A; 2B5U A; 1F4M A; 3SPH A; 2FON A; 3C90 A; 2JGU A; 5KHG A; 2KB1 A; 4JAS A; 4J9Y B; 4X1Y A; 5JH7 B; 3OMA B; 2WWW A; 5LMU B; 3JAS B; 2WLL B; 4X1K A; 2CH7 A; 1YDX A; 2RFQ A; 1G8M A; 1W2B U; 2CJ7 A; 3CS5 A; 4DUY O; 2Q6A A; 2F4V B; 2NR5 A; 2BSK B; 2MK3 A; 1RPO A; 3AFF A; 3D9D A; 4DR5 B; 1ZL8 B; 4LFA B; 1PP9 H; 2VRZ A; 2FB5 A; 4E01 A; 1N4C A; 5EIB C; 1IX9 A; 3MPJ A; 4FFB A; 1QBZ A; 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