The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
130
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sequence length |
409
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structure length |
400
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Chain Sequence |
EMCEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPSIYVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGCQGKPSMGQLALYLLALRANCEFVRGHKGDRLVSQLKWFLEDEKRAIGHDHKGHPHTSYYQYGLGILALCLHQKRVHDSVVDKLLYAVEPFHQGHHSVDTAAMAGLAFTCLKRSNFNPGRRQRITMAIRTVQEEILKAQTPEGHFGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDGAFQNALMISQLLPVLNHKTYIDLIFPDCLAPRVMLEPAAETIPQTQEIISVTLQVLSLLPPYRQSISVLAGSTVEDVLKKAHELGGFTYETQASLSGPYLTSVMGKAAGEREFWQLLRDPNTPLLQGIADYRPKDGETIELRLVSW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of transcobalamin recognition by human CD320 receptor.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcobalamin-2
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
130
|
| structure length |
400
|
| sequence length |
409
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14478 | DUF4430 | Domain of unknown function (DUF4430) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LNB B; 3G6J B; 4GTO B; 2BED B; 2I07 B; 3SQC A; 1H3C A; 2H6F B; 2H6G B; 2SQC A; 4D4B A; 5FO9 B; 4LNV A; 2BB5 A; 2IEJ B; 5FO8 B; 2XQW A; 3D5S A; 4D4D A; 3EUV B; 1D8D B; 2WIN B; 3DSW B; 3E33 B; 1O1R B; 3KQ4 A; 2BBC A; 2B39 A; 4GTR B; 4KKJ A; 1N95 B; 3EU5 B; 3HXB B; 2R2L B; 3E30 B; 2PN5 A; 2V3P A; 1H36 A; 4D94 A; 1N9A B; 2GOX A; 4GTT B; 1N4R B; 1O79 A; 3KLS A; 3Q79 B; 3Q7A B; 1FT2 B; 1SA4 B; 5FO7 B; 2A73 B; 4C1S A; 1HZF A; 1TNO B; 4ZRP A; 1H39 A; 4ONT A; 2ZIR B; 3E34 B; 3E32 B; 3E37 B; 4FXG B; 1NI1 B; 1W6K A; 3C72 B; 2WII B; 3CU7 A; 1TNZ B; 1QSJ A; 3OED A; 4GTM B; 1KZP B; 1TN8 B; 1W6J A; 3DSU B; 3Q75 B; 2G0D A; 1N4P B; 1LD8 B; 4MU9 A; 1H3A A; 1N4S B; 3PZ2 B; 3OXU A; 3KSL B; 4V1R A; 1GSZ A; 1GXN A; 5FOB B; 2V3N A; 5JPN B; 1X81 B; 3HXC B; 3DST B; 4LNG B; 3U7Z A; 4YDE B; 1UMP A; 3SFX B; 1O6R A; 1TN7 B; 1KZO B; 2XWB B; 1TNU B; 3Q7F B; 5JPM B; 1TNY B; 1QBQ B; 3DSX B; 3KSQ B; 1H3B A; 1GXO A; 1TN6 B; 1N94 B; 4FXK B; 2ZIS B; 4ZH1 A; 1S63 B; 1NL4 B; 4GTP B; 2G02 A; 1QQF A; 5AGD A; 2WY8 A; 1LTX B; 3RJ3 A; 1FT1 B; 2H6H B; 1JCQ B; 4KKI A; 3Q78 B; 4GTS B; 4D4A A; 2F0Y B; 1LD7 B; 1SA5 B; 1C3D A; 1H37 A; 1MZC B; 1R76 A; 3DSS B; 3SFY B; 1S64 B; 3DPY B; 2NOJ A; 1N4Q B; 4L9P B; 3HXD B; 1D8E B; 3DRA B; 4EHM B; 1SQC A; 3PZ3 B; 3Q73 B; 2XWJ B; 2V8I A; 2BB6 A; 3PZ4 B; 3DSV B; 1TNB B; 3D5R A; 3PZ1 B; 1O6Q A; 4GTQ B; 2PMV A; 2WY7 A; 1O5M B; 1JCS B; 2H6I B; 3HXF B; 4M76 A; 4D4C A; 3HXE B; 2V8J A; 4ZRQ A; 1O6H A; 2V8K A; 1GXM A; 1GHQ A; 1DCE B; 4MBG B; 1H35 A; 4BOK A; 4BOJ A; 1JCR B; 3K7X A; 1FPP B; 4GTV B; 1O1T B; 4YDO B; 1O1S B; 4V1S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZOY B; 3TL5 A; 2MEK A; 1YN3 A; 3E56 A; 4HEA 1; 4M0W B; 1FCE A; 3VFK A; 3M01 A; 4EKU A; 2Y5B B; 3OAW A; 4PS7 A; 2IEJ B; 4AJY B; 3QAQ A; 4YXD B; 4KDL B; 2KJ6 A; 2K39 A; 2WDA A; 1N1Z A; 3QJZ A; 5FR6 A; 3EUV B; 5BYS A; 3KQ4 A; 4GTR B; 4ZDV A; 3WKG A; 4ZH5 A; 3H7P B; 1FFU A; 2ZW1 A; 4D94 A; 1SF0 A; 3V05 A; 1HTO A; 2LVQ A; 2MW5 A; 2AQ3 B; 4F1S A; 2WS3 B; 1R4N I; 3Q69 A; 3ZTC A; 4NEI A; 2BRP A; 4NQK E; 3VR8 B; 3TMP B; 4KTP A; 2LAS A; 3OED A; 3AEB B; 5AUK A; 3PS6 A; 1WZZ A; 2Y5P A; 1FP3 A; 1FM0 D; 3KSL B; 1FBW A; 3ABV B; 5CA3 A; 1WWT A; 3E73 A; 4PK1 A; 2GH4 A; 2K6Q A; 2ONH A; 2ZBL A; 1I42 A; 1ZP0 B; 1IGD A; 3AED B; 1DYQ A; 2LHD A; 3AM9 A; 3H2W A; 2K25 A; 1QOF A; 4BVU C; 4USA A; 5ILH A; 2BF8 B; 2OJW A; 5HI1 A; 4C80 A; 4CQN A; 4GAX A; 1WZ0 A; 2D3B A; 2ZZP B; 1L2N A; 5EAS A; 2YEP F; 3C0R B; 3ML8 A; 2IPK D; 2JXT A; 2HTH A; 2D5G A; 1JCQ B; 3N32 A; 3Q78 B; 2INP E; 5D6J B; 4CHK A; 3A4S C; 2JQR B; 4M0W A; 4OZW A; 1LD7 B; 1UWX A; 2QSD A; 1H4R A; 4KVG B; 3SAE A; 2J0J A; 4A90 A; 1N4Q B; 1T0R C; 1Q5W B; 2AWT A; 2KYW A; 1L6U A; 1LOH A; 2W3R A; 1YOV B; 4WWP A; 1TZO A; 4A55 A; 4HJK A; 3PVL A; 1V5C A; 2BKR B; 1C4A A; 4HXD A; 2KN4 A; 3W5U B; 3B1L X; 4XE0 A; 2WXG A; 3WKF A; 4HRO A; 1UF0 A; 3PSE B; 1O1T B; 3BII D; 3RX8 A; 1C79 A; 5D7G A; 2EKI A; 3NRZ A; 5MPO A; 2W3S A; 4P1C C; 3PZ8 A; 3TEZ A; 4MH8 A; 5FO8 B; 1HXC A; 3OJ4 B; 4WQO B; 2KAC A; 2XK5 B; 3N20 C; 4ANU A; 1C82 A; 1YJ1 A; 1ZKH A; 3ACS A; 3EZ8 A; 2LVO A; 3L08 A; 4RMA A; 2KLG A; 1PGA A; 2ICI A; 2R2O A; 3B9J A; 4BBN C; 5BMH A; 2INN E; 4FJV B; 1TGZ B; 1RWC A; 1SA4 B; 2B4F A; 3DVG X; 1SIF A; 4WJO A; 4E71 A; 1IGC A; 4K7S A; 4XC2 A; 1MPE A; 2RDH A; 4IWQ A; 2LXA A; 3SFE B; 4HDO A; 1FNV A; 3QT9 A; 4MU9 A; 1ACC A; 3PZ2 B; 1EWY C; 4EZK A; 3DBR B; 2NMQ A; 5FK9 C; 3RMK C; 4RGO S; 2V3N A; 2Y3A A; 1WXS A; 1H54 A; 4F13 A; 3U2S C; 4F10 A; 2M56 B; 1GC7 A; 1KZO B; 3W1S C; 3W7S A; 1VZ8 A; 4JPS A; 1TNY B; 3CIR B; 3H7L A; 1H3B A; 1UGJ A; 2NBV B; 2JPH A; 5GMV A; 5H92 C; 4FJQ A; 3V6C B; 4AYR A; 1ZE3 D; 1NI2 A; 2DX5 B; 3ENE A; 1KJT A; 4M02 A; 2BPS A; 2KVZ A; 2B3A A; 2LJ5 A; 1RWG A; 1S3S G; 1FT1 B; 4D4A A; 4DQO C; 2HD5 B; 1K50 A; 2J0M A; 2JU6 X; 4WWN A; 4N59 A; 3VR9 B; 3LDZ E; 2MX2 A; 1MZC B; 4JGH B; 4JJJ A; 1PQS A; 3AE4 B; 4IM0 A; 2K5P A; 3KYD D; 1V97 A; 1G6J A; 4DXF A; 1N20 A; 4OZA A; 3PHX B; 3ACT A; 2IBI B; 2OKX A; 5G2N A; 3PRP B; 1V7X A; 1N5X A; 3HXE B; 4ZRQ A; 3E9S A; 5I4D A; 2LFI A; 3OLM D; 3UF8 A; 4RGM A; 5IL8 A; 3Q8C A; 2BWE S; 3GS2 A; 1IA7 A; 2ONQ A; 1FNW A; 3GT5 A; 1JAL A; 1U4A A; 2L1A A; 5BO4 B; 1OQY A; 1N61 A; 1RW9 A; 2BTE A; 4LLG M; 2KWD A; 3M63 B; 1RWH A; 4OW0 A; 1HTQ A; 1N7Q A; 1N22 A; 2PW9 A; 5DHK A; 5EE0 A; 3WA0 A; 3E30 B; 1N21 A; 4GL3 A; 1H36 A; 1ZPS A; 2MJE A; 2CQT A; 1F2R I; 2MSE D; 2BS3 B; 1XLP A; 1CB8 A; 2G9H D; 1VJK A; 1P98 A; 4HCP B; 3I63 C; 3JSV B; 1ET9 A; 1JRU A; 3QXF A; 3NZS A; 4CYE A; 1KH0 A; 1W6J A; 3V60 A; 4DDG D; 1J0G A; 2AL6 A; 3VUX A; 3OXU A; 1NEK B; 3AE8 B; 5HG2 A; 2LRU A; 1HQR D; 3UQB A; 3SU8 X; 2OED A; 3RT3 B; 4JWS C; 2KC2 A; 1MG4 A; 2WDQ B; 3P5R A; 1L0V B; 1IS9 A; 1TKG A; 1M94 A; 2I38 A; 4G3X B; 3SDT A; 1J0N A; 1CJE A; 1TYG B; 5TSS A; 3IFW B; 4ZYN A; 3ZXR A; 5ILK A; 4GTP B; 1RQ5 A; 5HKH A; 2NVU I; 2NTS A; 4BOZ B; 3TCA A; 1UWM A; 1XCQ L; 1JWB D; 1FO3 A; 5AEK B; 3T33 A; 4JL9 A; 1JRO A; 2TSS A; 2L32 A; 3Q3F A; 2DLB A; 2WNM A; 3MTN B; 2SAK A; 3Q8B A; 1S64 B; 2KMA A; 1L0Y B; 1F9G A; 3BVM A; 5G55 A; 2WDR B; 1SQC A; 3DSV B; 1K51 A; 1HMW A; 4WVA A; 1IUE A; 2I1J A; 3ZNH B; 3MJW A; 3WCQ A; 3KUC B; 2JG0 A; 1VZ6 A; 5IAA C; 3G4F A; 1SGH A; 1GPX A; 1GAI A; 3BVZ A; 1OJN A; 1GXM A; 2IDY A; 1V49 A; 3JSV A; 3H8H A; 2EEL A; 2BRV X; 4AYQ A; 3RRS A; 2KKC A; 1TJE A; 2C7H A; 4HVB A; 3M02 A; 4GDK B; 3O13 A; 2AEH A; 4WH4 A; 1D5X C; 4K7U A; 2D07 B; 2KJR A; 3PRZ A; 2RDB C; 3ECI A; 1WRI A; 2B39 A; 3HXB B; 1PGX A; 1UBI A; 4XZ4 A; 2PN5 A; 3BZD B; 2GOX A; 3ZDM C; 4MMI A; 3RD2 A; 1OJP A; 1NVI D; 3C8Y A; 3ALB A; 5DHI A; 2DYB A; 3DWG C; 4LNO A; 2MBE A; 4MH0 E; 4ZOH C; 1N23 A; 3A9J B; 5GXG B; 3LXF A; 1KLV A; 2WII B; 2O2V B; 3Q8F A; 5IK6 A; 3HIZ A; 1E8Y A; 3WIQ A; 2KMC A; 1HE8 A; 4V1R A; 1R4N B; 5JPN B; 4JE3 B; 3DBL I; 2XWB B; 1DOX A; 2DYM A; 2J5C A; 2CJO A; 4LJO B; 2WXJ A; 1FPY A; 3VXW A; 1V5D A; 2XBB C; 2MQJ A; 3O65 B; 5CTR C; 1NYR A; 1KS8 A; 1LTX B; 4ZHP A; 1C77 A; 2JUO A; 4LK0 M; 5AZF A; 1NYQ A; 4GDL B; 3VVW B; 1KFY B; 2L52 A; 4KIK B; 3K11 A; 4HPP A; 3VHT C; 1R7S A; 1STE A; 1XO3 A; 2GB1 A; 3QAR A; 1H37 A; 2WGS A; 3X23 A; 4DK5 A; 2IYD B; 5DPR A; 3ZTD A; 4NPN A; 2N9L A; 2FBA A; 2LEK A; 1D6E C; 3Q73 B; 1XT9 B; 2V8I A; 1WXV A; 3DOW A; 4L6X A; 1YJI A; 4B0M A; 3BK1 A; 3PZ1 B; 2KHW B; 1N5W A; 2X8X X; 3H3K A; 4NZL B; 2J53 A; 3MC0 B; 2D8L A; 2ACZ B; 2CHW A; 1QKZ A; 3N1X C; 2LGS A; 5C05 A; 5AZH A; 4LNK A; 5G5H A; 5J18 A; 3M7C A; 1I35 A; 3M73 A; 3X0W A; 1O1S B; 1P7F A; 2O2V A; 4GTO B; 4RM9 A; 1XLN A; 2KTR B; 2R2Q A; 1TKY A; 3ANI A; 4LCD E; 3PRM B; 1BML C; 4DXA B; 2NBW B; 2EAE A; 4CJ0 A; 1A5R A; 3ZNG C; 1EM7 A; 2AL3 A; 4O1N A; 1T0Y A; 2WXQ A; 2HE7 A; 1HEZ E; 3P5P A; 4D2K A; 4DOE A; 2C60 A; 1B1Z A; 3Q79 B; 3QXQ A; 1FT2 B; 1WU4 A; 3ZJU A; 2WQY B; 4P16 A; 2JF4 A; 2RDG A; 3EC8 A; 2BVC A; 3E37 B; 4FXG B; 5H8Y E; 1T0S C; 1NI1 B; 4GDL A; 2IY0 B; 2DZM A; 3QWT A; 1TN8 B; 1F9J A; 3AE6 B; 4KIK A; 2GBJ A; 1H3A A; 3M00 A; 2MWS B; 2YVC A; 3W7X A; 5ILD A; 2L05 A; 2L83 A; 3HHM A; 4N9F 4; 4AUQ C; 3ANK A; 3Q7F B; 3A33 B; 1UUP A; 2MJD A; 5LXH A; 4MT5 A; 2DBY A; 3TEX A; 2D3A A; 3W9C B; 3AEE B; 2ZIS B; 3GZN I; 3EFU A; 1VDV A; 2WXI A; 3DDC B; 1NBF C; 1Y8R C; 2KAN A; 2KT7 A; 5IP4 D; 2KTR A; 4QAY A; 4WUR A; 2DEN B; 1N63 A; 2JXX A; 2IGD A; 3L16 A; 2FCS A; 4HPM B; 1R76 A; 4DOD A; 2VZK D; 3A9K A; 5IO9 A; 2M4N A; 3CWI A; 1D8E B; 2KO3 A; 2BW2 A; 2X38 A; 2F6D A; 2E3T A; 4N6E B; 3FC4 A; 3VH3 B; 2LXC A; 4ZRK A; 1O5M B; 2D2Q A; 2FIF A; 4FA6 A; 5EE9 A; 3GP7 A; 1QF6 A; 1WI0 A; 1JRP A; 4JLC A; 4NAW B; 2LGD A; 3K9O B; 3VXD A; 3A4R A; 3L13 A; 4W9C A; 3V62 A; 4II2 B; 4MGZ E; 2KK8 A; 4KV2 A; 4RFB A; 3EEC A; 4PYU A; 1OQR A; 1LF9 A; 2V3S A; 3VRB B; 5D3I B; 3VTU A; 5IM1 A; 1T0Q C; 2JZ3 B; 1IYF A; 3KVF B; 1UNS A; 2KQ4 X; 3JYU A; 4GTT B; 1N4R B; 1QAZ A; 2J7Q B; 1UBQ A; 2G4D B; 5IKA A; 1YX5 B; 2KQ7 A; 4WIP A; 2X03 A; 1N7R A; 2QIE B; 3A3V A; 5BYQ A; 3SD5 A; 1GOZ A; 4NNJ B; 1YQB A; 3GLY A; 1KZP B; 2K9X A; 3DQV A; 3I5J C; 3NFV A; 2N1V A; 4S17 A; 2GZ6 A; 1ESF A; 1E90 A; 1ZDX A; 3P4S B; 4BOS C; 2QMT A; 1IA6 A; 3HXC B; 3OG5 A; 4ANW A; 3KLS X; 1PUT A; 3W7W A; 3IAM 1; 3M3J A; 1SEB D; 1V1P A; 1KLU D; 2CU1 A; 5JPM B; 2N9E B; 3AI5 A; 3C19 A; 2N7J A; 2PPH A; 1GXO A; 2Z07 A; 1TN6 B; 1EUV B; 4K3B A; 3ZVV A; 2C5L C; 5IOI A; 3OJ3 A; 4E74 A; 4E3C A; 3AN1 A; 4MM3 B; 2FUH B; 5CZL A; 1X9D A; 1D5Z C; 2LRW A; 3NVV A; 2JYT A; 4B9K A; 1AN8 A; 2PJH A; 3M75 A; 3WAM A; 3IT6 B; 4LJP B; 4CJ1 A; 2WDT B; 2RPV A; 5DGR A; 4MSM B; 4L9P B; 4EHM B; 4US8 A; 4LDT D; 1KM7 A; 2KAJ A; 2HJ1 A; 3U30 A; 3LZ9 A; 3AEC B; 3PTF C; 3D5R A; 5E6N A; 1WXM A; 3SDU A; 2WX1 A; 2L76 A; 2WY7 A; 4A3O A; 1CZP A; 3QFZ A; 3W5V B; 2MP2 B; 1M4V A; 2RSU A; 1MHH E; 2DZJ A; 2W55 A; 2WU2 B; 1QLB B; 1ZXH A; 1E6E B; 1DOY A; 4KGT A; 4BZA A; 5E6P A; 2L0F A; 1QOG A; 1RYJ A; 2JWU A; 4MDK E; 4Q2J A; 1ZXI A; 3QC8 B; 5E2J A; 3PLV A; 2JVC A; 3RNE C; 1RRB A; 3H7P A; 3SDV A; 3NJT A; 2AQ1 B; 5KHO A; 3AUL A; 5AZG A; 4XDD A; 1YN5 A; 1V2Y A; 5J2R A; 1K53 A; 2KLC A; 3NS1 A; 4P7I A; 1ZW7 A; 3Q7A B; 2I1K A; 3QK0 A; 4E1Y A; 4G11 A; 4REZ A; 4NJC A; 2BYE A; 4HRS A; 1DOG A; 1HZF A; 1F0Z A; 1HZ5 A; 4XWT A; 4YTN B; 4KZC A; 1H12 A; 2C9W B; 3ZYY X; 1JWS D; 1MG8 A; 1QQR A; 5FR3 A; 3EUB 2; 3DSU B; 2CJN A; 4C4V B; 1QIL A; 5GY3 A; 4K1R B; 1GSZ A; 3R7R A; 3APD A; 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