The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
130
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sequence length |
409
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structure length |
400
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Chain Sequence |
EMCEIPEMDSHLVEKLGQHLLPWMDRLSLEHLNPSIYVGLRLSSLQAGTKEDLYLHSLKLGYQQCLLGCQGKPSMGQLALYLLALRANCEFVRGHKGDRLVSQLKWFLEDEKRAIGHDHKGHPHTSYYQYGLGILALCLHQKRVHDSVVDKLLYAVEPFHQGHHSVDTAAMAGLAFTCLKRSNFNPGRRQRITMAIRTVQEEILKAQTPEGHFGNVYSTPLALQFLMTSPMRGAELGTACLKARVALLASLQDGAFQNALMISQLLPVLNHKTYIDLIFPDCLAPRVMLEPAAETIPQTQEIISVTLQVLSLLPPYRQSISVLAGSTVEDVLKKAHELGGFTYETQASLSGPYLTSVMGKAAGEREFWQLLRDPNTPLLQGIADYRPKDGETIELRLVSW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transport protein
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| molecule keywords |
Transcobalamin-2
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| publication title |
Structural basis of transcobalamin recognition by human CD320 receptor.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
130
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| structure length |
400
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| sequence length |
409
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-05-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14478 | DUF4430 | Domain of unknown function (DUF4430) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O79 A; 3HXF B; 3DPY B; 1W6K A; 4ONT A; 2WIN B; 1TN8 B; 1JCR B; 3SFY B; 3KSL B; 4GTP B; 4YDE B; 3SFX B; 1D8D B; 2IEJ B; 3U7Z A; 1X81 B; 5FOB B; 3DST B; 1H3C A; 4GTM B; 2WII B; 1N4S B; 3D5S A; 2B39 A; 2WY7 A; 1O1T B; 1LD8 B; 3PZ2 B; 2GOX A; 2XWJ B; 3C72 B; 5JPM B; 1TN6 B; 1TNU B; 1TNZ B; 2BBC A; 1QSJ A; 5FO7 B; 4D4D A; 1D8E B; 3EU5 B; 1HZF A; 2XWB B; 3DSU B; 1H3B A; 2H6F B; 1KZO B; 1TNY B; 2V8K A; 1QBQ B; 3E34 B; 3OXU A; 3PZ1 B; 2V3P A; 1H36 A; 1JCQ B; 3HXD B; 1LTX B; 4GTS B; 4KKI A; 3OED A; 4LNV A; 3KQ4 A; 1SA5 B; 2ZIR B; 4LNG B; 1N94 B; 5JPN B; 1W6J A; 5AGD A; 1GHQ A; 1H35 A; 1KZP B; 4ZRP A; 3DSS B; 1QQF A; 3DRA B; 1UMP A; 3RJ3 A; 3Q79 B; 3G6J B; 1GXN A; 4GTQ B; 4ZH1 A; 1FT1 B; 1TN7 B; 3E30 B; 4EHM B; 4YDO B; 2V3N A; 2XQW A; 3HXB B; 1C3D A; 1DCE B; 1N9A B; 2BED B; 2H6I B; 1H39 A; 1O1R B; 2A73 B; 3PZ3 B; 4LNB B; 3Q75 B; 1O6Q A; 3HXC B; 3Q78 B; 4D4C A; 4MU9 A; 4GTT B; 4KKJ A; 2ZIS B; 3DSW B; 1SA4 B; 3DSV B; 5FO9 B; 4GTR B; 4MBG B; 3KSQ B; 2I07 B; 4GTO B; 3HXE B; 4C1S A; 1GSZ A; 3Q7F B; 2PMV A; 3DSX B; 2V8I A; 4D94 A; 1S64 B; 3E33 B; 1N4P B; 3CU7 A; 4M76 A; 1N4R B; 1NL4 B; 2SQC A; 2BB6 A; 1SQC A; 1TNB B; 2H6H B; 3K7X A; 3SQC A; 1LD7 B; 1MZC B; 1O6H A; 1FPP B; 5FO8 B; 3KLS A; 3Q73 B; 4ZRQ A; 4BOJ A; 1S63 B; 4V1R A; 2F0Y B; 3E32 B; 3Q7A B; 4L9P B; 2G02 A; 3D5R A; 1N95 B; 2WY8 A; 1FT2 B; 1O5M B; 4BOK A; 4V1S A; 2R2L B; 4FXK B; 2BB5 A; 2NOJ A; 3E37 B; 2G0D A; 1GXM A; 3PZ4 B; 1JCS B; 1H37 A; 1NI1 B; 4D4A A; 1TNO B; 4FXG B; 3EUV B; 2PN5 A; 2H6G B; 2V8J A; 4GTV B; 4D4B A; 1O6R A; 1N4Q B; 1O1S B; 1H3A A; 1GXO A; 1R76 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q5W B; 3IBE A; 4EEW A; 1W6K A; 2L52 A; 3BY4 B; 3PHX B; 4WWO A; 1HE8 A; 2FUQ A; 4ZH5 A; 3W1Y A; 3KSL B; 3Q8E A; 1FFV A; 3DST B; 3BII D; 4HJK A; 4AUQ C; 1WRD B; 3N1Y C; 4W9J A; 1LD8 B; 2PE9 A; 2BW2 A; 4C4V A; 2E3T A; 3PZ8 A; 1E6E B; 2VN7 A; 4GDK A; 4YT0 B; 4EKU A; 2KTR B; 1AW7 A; 3IXS A; 1C76 A; 1M4V A; 1RLF A; 3AH7 A; 3PTF C; 1ET9 A; 3EZ8 A; 4CJ0 A; 3DHI C; 2IGD A; 1SE3 A; 4WU0 A; 2QCZ A; 4OK2 A; 2EMT A; 3QQ8 B; 1W6J A; 1P98 A; 4BFR A; 2FCQ A; 4EZL A; 2KAN A; 1QQF A; 4LNI A; 3RFZ B; 1SIF A; 1Y8R C; 3DRA B; 4FJQ A; 4AS1 A; 2WXM A; 3G6J B; 4IM2 A; 1PGA A; 2V1Y A; 3CF6 E; 2KN4 A; 4B9K A; 3CSF A; 3SDV A; 2OJW A; 4YDO B; 3C8Y A; 3TJP A; 4YTP B; 4KGR A; 1ZE3 D; 5E6P A; 1N22 A; 2JUO A; 4TF4 A; 3Q78 B; 4MU9 A; 4DDG D; 1KF6 B; 3B9J A; 3A3V A; 1JRO A; 3IAS 1; 1FPY A; 2PMV A; 1J0G A; 4FXC A; 2IO1 B; 5AZH A; 1YJJ A; 1X9D A; 1NYQ A; 1JWM D; 3PYB A; 4LTU A; 5ILD A; 2PKO A; 3EEC A; 2Z0E B; 3Q7A B; 3PT2 B; 2DAF A; 4GSW A; 2N1V A; 1P9D U; 4LK0 M; 1O5M B; 2D11 A; 3RX8 A; 4II2 B; 4WAA A; 3L54 A; 3SDR A; 3AB5 A; 2O2V B; 2LAS A; 3VR9 B; 3NRZ A; 2DYO A; 3Q8C A; 2ZEQ A; 5CTR C; 5H8Y E; 1NI1 B; 2E22 A; 5FK9 C; 1F77 A; 1IP9 A; 2KT7 A; 1C78 A; 2KWU B; 1FP3 A; 4FNV A; 2WXR A; 4RGO S; 1L2A A; 3CIH A; 3H2W A; 2GI9 A; 3AFJ A; 2WCO A; 1E90 A; 3RZW C; 1LF9 A; 2LEK A; 3UF8 A; 1KLV A; 2MP2 B; 4ZRJ A; 4HWI B; 4KGS A; 1R4N I; 1TS3 A; 3C0R B; 3SFD B; 4B0E A; 4B95 A; 2FUT A; 1UUP A; 2FUZ A; 4DBG A; 1LXK A; 2WY7 A; 4HPP A; 2QDF A; 3W5V B; 1UBI A; 2J42 A; 4PS8 A; 5G2N A; 1BXT A; 1XQQ A; 3EU5 B; 2J0J A; 3MP9 A; 3PLV A; 1VDV A; 2DLB A; 1XT9 B; 3K11 A; 2JYE A; 1QAZ A; 3AEE B; 2FBW B; 3AE4 B; 1SJE D; 3VXW A; 2B4F A; 3WA0 A; 1SB3 C; 1WY8 A; 2ZIR B; 4WJQ A; 2C5L C; 4JPS A; 3RT3 B; 4OW0 A; 4DOE A; 2JT4 B; 2L76 A; 4GTQ B; 3SDU A; 1YQ3 B; 2O6V D; 1SSN A; 2N9L A; 1JML A; 1V5O A; 1HM3 A; 1LGR A; 2WXN A; 2WDQ B; 1HTQ A; 2KZR A; 2R2Q A; 1H39 A; 2WGS A; 1UZX B; 2INP E; 2BYV E; 2BKR B; 1H14 A; 5MPO A; 1E8W A; 2JG0 A; 3DSV B; 2FCS A; 1OJM A; 1XCQ L; 3S4B A; 4C1S A; 3A4S C; 1UGJ A; 5BMG A; 3R7Q A; 1GG3 A; 3E33 B; 3IVF A; 3KW5 B; 1F1S A; 2JSV X; 3QWZ B; 3KH0 A; 1FBO A; 2DWQ A; 1STE A; 4L1B A; 1E7V A; 4ARC A; 3M7E A; 1EO6 A; 1L6V A; 2IY1 B; 1O6H A; 4E71 A; 2GB1 A; 4KIK B; 2WXL A; 4DHJ B; 3E32 B; 2LUE A; 3PGE A; 3UIN B; 1WI0 A; 1TBE A; 2BS3 B; 2G1E A; 2RGF A; 3DQV A; 4MEL A; 1GXM A; 1VZ8 A; 2IPK D; 3AE1 B; 2RSU A; 3N1Z C; 2XK5 B; 2PN5 A; 1GUA B; 2FAZ A; 2KX0 A; 1EWC A; 1V6E A; 2WQY B; 4S0R A; 3NG0 A; 2KMA A; 2LJI A; 2BWE S; 1R76 A; 5IL8 A; 1N63 A; 1LOH A; 2LVP A; 4YSX B; 4DI5 A; 3EHV A; 1TN8 B; 1TGZ B; 1HMU A; 2BYE A; 2DYM A; 4TUU A; 4AJW A; 2CQT A; 1C82 A; 3AFL A; 1D8D B; 2KDE B; 2BRV X; 1LQB A; 4AYO A; 3RI7 C; 3FAH A; 4AYP A; 2N9E B; 4D4D A; 4NPN A; 2OKX A; 1KWF A; 3QA8 A; 2LXA A; 1A5R A; 3TF4 A; 3AU4 A; 4ZYN A; 5LXI B; 1XEE A; 3HXD B; 1I4H A; 1N7P A; 3P4P B; 4RGM A; 5DHI A; 1QT9 A; 4BKS D; 1AYX A; 1WYG A; 3DHH C; 1AYF A; 3TCA A; 4HDQ A; 2MCN B; 1WM2 A; 2H89 B; 4A90 A; 1KOT A; 2ONQ A; 2KC1 A; 3REN A; 2DRR A; 2DHZ A; 3RUL A; 3ZNI D; 1FRD A; 1ZXI A; 3E30 B; 3VRA B; 5CZL A; 2HTH A; 2XQW A; 3UGB B; 3U4E G; 2KVR A; 1H12 A; 2ZCB A; 4FLH A; 5KKB A; 1WF9 A; 5AZG A; 1LXD A; 4AQ7 A; 2FIF A; 4M02 A; 3HIZ A; 4HVB A; 3MHZ A; 2SEB D; 2NTS A; 4BKT A; 2Q1F A; 3ABV B; 5HFY A; 2SQC A; 5FR3 A; 5IA7 A; 1JW9 D; 5E6O A; 4L0G A; 1FNU A; 3AEB B; 2W82 A; 5E6J A; 2KX3 A; 3QX1 A; 4XWW A; 3WCQ A; 1SEB D; 1YX6 B; 4DXF A; 2KWD A; 1CQV A; 4NY0 A; 3GE8 C; 4M8N A; 1NEN B; 2KFK B; 1HM2 A; 1YJI A; 4K1R B; 2IBI B; 3W2D A; 3H7S A; 1O1S B; 4GAX A; 1R4M I; 4RF1 A; 5EAT A; 2L0F A; 2GBM A; 1KRH A; 3OG5 A; 3M7B A; 1GAI A; 4JX1 C; 2N4F A; 2KJ6 A; 3PZD A; 3V60 A; 1GB1 A; 1QOF A; 2A8Z A; 2IND C; 3N32 A; 4ITK A; 2CHZ A; 4DHJ D; 2YVC A; 1D8E B; 1NYR A; 1RYJ A; 2JRH A; 4NQK E; 3J9C A; 4OZA A; 1H3B A; 2IDY A; 2V3S A; 1DYQ A; 3BVG A; 2XFG A; 3VH4 B; 2JWZ A; 1G87 A; 1QBQ B; 3PZ1 B; 3E7J A; 3L10 B; 2G9H D; 5EE3 A; 1G9G A; 4CJ1 A; 3E80 A; 2JXT A; 3EUB 2; 4K81 A; 3GOE A; 3ZIM A; 4K7W A; 1TS4 A; 5CHW A; 3H6N A; 4LNG B; 2MHJ A; 1QOA A; 1UH6 A; 2W54 A; 4EZK A; 5AGD A; 2LUM A; 1GHQ A; 2ONH A; 2RMM A; 1SE2 A; 3BWU D; 5BYR A; 4F8C B; 1ZW7 A; 3EFU A; 4XGA B; 1OEY A; 2D2Q A; 4URK A; 4ZH1 A; 1YNT E; 3LDZ E; 4IKG A; 5E2J A; 1HTO A; 3PRE A; 3L16 A; 2KQ7 A; 5ILI A; 2V4I B; 1F9G A; 3ON6 A; 3AEA B; 3H7P A; 5GMV A; 5M7I A; 2PTL A; 1I35 A; 2H6I B; 2MQJ A; 4MH8 A; 2LRU A; 2KDM A; 1O6Q A; 2K8C A; 3HHM A; 2L8J A; 2DZJ A; 2RPQ A; 1QF6 A; 3ACS A; 3KSQ B; 1C9F A; 1DGJ A; 4W9L A; 1VLB A; 3S2A A; 1GB4 A; 1GSZ A; 1KS8 A; 4YCR A; 3S4C A; 3DSX B; 3R2T A; 2ZZR A; 3H3K A; 1B1Z A; 2LRW A; 3N9Y C; 4L23 A; 1RFA A; 5DPW A; 1KH0 A; 3KLS A; 1ULV A; 3LJ3 A; 2MWS B; 1K52 A; 3K9P B; 4WQO B; 2ZJD A; 1LFD A; 3A9J A; 3PV1 A; 3P2B A; 1D6E C; 1CK1 A; 4XDD A; 1H37 A; 3LXF A; 2CU1 A; 3ZNG C; 1G6J A; 1FMI A; 3SDQ A; 3R2I A; 3NUH B; 3DBL B; 4JLC A; 1QIL A; 1YX5 B; 3AED B; 3NJT A; 3Q3O C; 3HVZ A; 2AFA A; 1FFU A; 1E0Z A; 3MJW A; 1WGH A; 2MJE A; 4M00 A; 2L05 A; 3ENE A; 3DWG C; 1GC7 A; 3A4R A; 3TIX A; 2KFJ A; 1SBB B; 4MGY E; 3NVZ A; 3SHQ A; 4F13 A; 2BBC A; 2A4Z A; 1KLG D; 5D3D A; 4NAW A; 5EE9 A; 1H54 A; 2WXQ A; 1OJN A; 3ACT A; 2KC2 A; 3W5U B; 5GW7 A; 3N3K B; 3P42 A; 5D7G A; 1Q0W B; 2CS4 A; 3G4F A; 3ZXV A; 3W9C B; 5J2R A; 4JE3 B; 1WGK A; 1QKZ A; 4IWQ A; 3IAM 1; 1J0M A; 2GBN A; 3RCZ A; 3DBL I; 2CJO A; 1WIA A; 2AQ3 B; 1FO2 A; 1XO3 A; 4ZG8 A; 4KTP A; 3MC8 A; 3KLS X; 2QSD A; 3V62 A; 2J4X A; 3PO0 A; 2MLB A; 1XLP A; 3WAL A; 4G50 A; 1I7H A; 4F7Z A; 3PZ3 B; 3CIR B; 2ONG A; 2NPT B; 5DHK A; 2G3Q B; 5FO9 B; 4C4V B; 3SR6 A; 5DPT A; 1YN3 A; 3GZN B; 5FR6 A; 1T6B X; 3JVZ X; 3AUL A; 3FC4 A; 4GDK B; 4NJ6 A; 5JXV A; 2KDB A; 1WGD A; 5DPS A; 3CMM B; 4FUL A; 1RAX A; 1KTK A; 4KVG B; 3ZUN A; 2GOW A; 1NL4 B; 1FNW A; 2WX1 A; 1D5Z C; 5ILJ A; 5CA3 A; 3DBH B; 1WRI A; 2D8L A; 4FHK A; 3WKG A; 1Z2M A; 3WIM A; 1FMA D; 4XUV A; 3D32 A; 4BOK A; 1C4P A; 1UD7 A; 3ONS A; 2R2L B; 4YSY B; 3L17 A; 1ACC A; 3SFE B; 1RWG A; 4FJZ A; 4JIO U; 1R7S A; 3EU8 A; 1HN0 A; 1WJU A; 1YQB A; 4HLE A; 3P4S B; 3RPF C; 4GDL A; 1QQR A; 1KM7 A; 2K39 A; 4KV2 A; 3GLY A; 4YDE B; 4KGT A; 3RNF C; 1V7W A; 4OZC A; 2JJB A; 3EC8 A; 3U7Z A; 3GZN I; 4NEI A; 1ISN A; 3D5S A; 2WXI A; 2Z59 B; 3PVL A; 2NTT A; 1FO4 A; 4A20 A; 2FV0 A; 4C80 A; 2NBW B; 3NNB A; 4N59 A; 3ZYY X; 1EF5 A; 1WZZ A; 4M0W A; 1H36 A; 2F6D A; 3AN1 A; 1IBX A; 2OED A; 2RGK A; 1K51 A; 2KAC A; 3ZRC A; 3WC3 A; 2N0S B; 4WH4 A; 4YSZ B; 1TF4 A; 4Q2J A; 2C60 A; 2NPT A; 2PPH A; 2NBU A; 3E56 A; 3DSS B; 4JWS C; 3L4P A; 1VZ7 A; 3RJ3 A; 3JSV A; 3DVN U; 2M1M A; 5JMF A; 3Q3J A; 4ASW C; 3BYT B; 1X1I A; 1GXN A; 2PVO D; 1FT1 B; 3PYA A; 3I3T B; 2JVC A; 1JS4 A; 3W1S C; 3VAW A; 3U52 E; 3HXB B; 2ZBL A; 2JXX A; 2M19 A; 4KX6 B; 2M0A A; 1EWY C; 3WKH A; 4HRO A; 2WYQ A; 3WAP A; 1V1O A; 4MMI A; 5EAU A; 3Q75 B; 2WXO A; 1NEK B; 1OQY A; 3N1X C; 4KTR A; 4OZV A; 2MBH A; 1L0V B; 1ZP0 B; 2DX5 B; 2W3R A; 3B0A A; 3QC8 B; 5EAS A; 4AJY B; 2JQR B; 1TZ1 A; 3Q8A A; 1T0S C; 3MFG A; 3FKY A; 1GA2 A; 1OJP A; 1OQQ A; 1UWM A; 3P1M A; 3QXQ A; 2BS4 B; 2MBE A; 3O65 B; 5IK0 A; 2JZZ A; 3QSP A; 4V1R A; 1C79 A; 2D3C A; 4MGI E; 1HXG A; 4OK4 A; 4GOC A; 3U30 A; 3V6C B; 4LNF A; 1KFG A; 2BWF A; 1MHX A; 1R4N B; 4LNN A; 3WUX A; 1AN8 A; 1CB8 A; 2RI8 A; 3EFC A; 2RI9 A; 4PS3 A; 2CHX A; 4XZ4 A; 2BYF A; 2LXC A; 1E7U A; 5AEK B; 1EUV B; 3NY5 A; 1NC5 A; 4H2A A; 5IM1 A; 1M94 A; 5FOB B; 2B3A A; 2VZK B; 3M71 A; 1O1T B; 3AI5 A; 3P5P A; 2C9W B; 5DGQ A; 2HJ1 A; 3RD2 A; 1N62 A; 1QSJ A; 3Q6B A; 2A5U A; 3PPA A; 1L4D B; 2CKH B; 1P7F A; 4BZA A; 4CE7 A; 4IG7 B; 3RNG C; 5L83 A; 3E34 B; 3UIO B; 3QRY A; 1XW2 A; 2M56 B; 3NOB A; 3NFV A; 4PK1 A; 1E8X A; 3S9V A; 3W5M A; 4LJO B; 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