The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
383
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structure length |
354
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Chain Sequence |
GLPGKLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGLSSQEVATLITALGRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIALDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKEQHGSQWKFDVHTNALFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A domain insertion in Escherichia coli GyrB adopts a novel fold that plays a critical role in gyrase function.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA gyrase subunit A
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| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
92
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| structure length |
354
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| sequence length |
383
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| ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
| pdb deposition date | 2010-07-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00986 | DNA_gyraseB_C | DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus |
| B | PF01751 | Toprim | Toprim domain |
| B | PF18053 | GyrB_insert | DNA gyrase B subunit insert domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globin-like | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NUH B; 4TMA B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VRA B; 1BUW A; 4AE0 A; 1P7E A; 5HY8 A; 1ZPS A; 1LXD A; 3MYM A; 1O1P A; 1HBI A; 3EU1 A; 1FIQ A; 1XO3 A; 1URV A; 2C7K A; 4NK1 A; 1A6N A; 1E90 A; 1SWM A; 5B13 A; 1Y8I B; 1H4R A; 1L6U A; 1YFF A; 5CN7 A; 1ITH A; 5BMI A; 1Y0D B; 2O2V B; 4MAX A; 2D07 B; 2DAF A; 2JSV X; 2O6V D; 1BZR A; 2CR5 A; 4N59 A; 2C9W B; 1X1M A; 1DO7 A; 5KER A; 3MJW A; 1Y01 B; 2HHD A; 1HBR A; 3SU8 X; 3UGY A; 2HBE A; 1KLG D; 3WCW C; 5TSS A; 4Q2J A; 2X49 A; 1WXS A; 1T5X D; 1YIH A; 1HZ6 A; 2G0R A; 1TU9 A; 1DTM A; 2J0K A; 1YD8 U; 4HH0 A; 4MEM A; 2XKI A; 1BAB A; 3IT6 B; 2D3A A; 3NL7 B; 2YEP B; 2EKT A; 4GLS C; 1RPS A; 1MLL A; 1VZ6 A; 3PRE A; 3R3M A; 2JL9 A; 4GN1 A; 1H8C A; 2D2M D; 1HV4 B; 3D1K B; 1FO4 A; 3RJ6 A; 2KDM A; 2M6Z B; 1PBX B; 4ESA B; 1XF5 L; 1YEV B; 3QJC A; 2MBE A; 3ZJU A; 4B4Y A; 1JZK A; 2BWF A; 1OJ6 A; 4N8T A; 3L08 A; 4H2A A; 2BKF A; 1SGK A; 3L4P A; 3IA3 B; 4OF9 A; 4YSZ B; 1GH0 A; 3ARJ A; 4HKZ E; 1WJN A; 3UHG A; 1V86 A; 1IWH B; 1BZ0 A; 4USA A; 4E74 A; 4HVB A; 4MQH A; 2BVC A; 1WFY A; 3ECZ A; 3A9K B; 4HXD A; 1O1M B; 2Z8A A; 2WXL A; 2DZM A; 1ZUD 2; 1VXB A; 4N6E B; 3W5V B; 4NJC A; 3NZ3 A; 3H7S A; 3A2G A; 1RRB A; 5EV5 A; 1MOC A; 3Q8B A; 3DHI C; 1MLM A; 1FDH G; 2AUR A; 2JXT A; 2DN1 B; 3S65 B; 2K5P A; 3N1Y C; 2VZK B; 1V8C A; 1NS6 A; 2RPQ A; 5D7G A; 2N7J A; 4RMP A; 1WGH A; 3GE8 C; 2O5O X; 3UHV A; 3NJT A; 2ZS0 A; 1DO3 A; 4US9 A; 2HHE A; 1YGF A; 2MGB A; 3PT7 B; 3ZYY X; 2K8C A; 3E5O A; 3MC9 A; 2M19 A; 2WXI A; 1TOX A; 4RNA A; 2X38 A; 1JML A; 1GB4 A; 2IO3 B; 1KR7 A; 2RR9 A; 4TV3 A; 2FUH B; 3HIZ A; 4W9C A; 2X4A A; 3RZF A; 3T8M A; 3QQ8 B; 2L0F A; 1XQ5 B; 2DYO A; 3ETR A; 4XE0 A; 1XZ2 A; 2DKA A; 3CIU A; 3AV8 A; 2FRK X; 1NYR A; 5MBN A; 2HJ1 A; 3PHW B; 1HBA A; 1TBE A; 1O1K B; 2IJ0 A; 2MGE A; 2R4W A; 4F6D A; 4ANW A; 5JXV A; 4XXI A; 3T3N A; 1A4F B; 2EVK A; 3LJ3 A; 2C7J B; 2V1E A; 1RQ3 A; 1XZV B; 3WCU D; 3ZNG C; 1CO8 A; 1C7D B; 1YHU D; 1L0V B; 1MYF A; 2UU7 A; 1FNW A; 3BY4 B; 2RDB C; 3P5Q B; 1JWM D; 4UZV A; 2MGF A; 1CG5 A; 1JWU D; 1UVN A; 1QOF A; 1XYE A; 3SR6 A; 5CN9 A; 2VML B; 105M A; 2LEK A; 2MGK A; 1MLJ A; 5JDO F; 1JWA D; 1TKE A; 1YOH A; 5D94 A; 4CHK A; 3GOU A; 5CHF A; 3WAM A; 1LM8 B; 2C7L B; 3FIL A; 1NBF C; 5C1Z A; 1EO6 A; 2IZV B; 3DWG C; 1CMX B; 3MN0 A; 1NEJ A; 1OR4 A; 3ZOM A; 1L6V A; 1HGB A; 3LB2 A; 1ZDV A; 1S69 A; 2MYA A; 1QXD B; 2M0X A; 1KTK A; 3OG5 A; 1VWT B; 2D5X A; 2QMT A; 3KLS X; 4C0N A; 3QHT A; 3D17 B; 5JZE B; 3U7Z A; 1HDB A; 1O1J A; 1FSX B; 1R7S A; 1LH7 A; 5FVB A; 1BVC A; 1Y5J B; 2KQ4 X; 1GG3 A; 5LLI A; 1QOG A; 3W4U A; 4R3D A; 1DGJ A; 2KD0 A; 3WCV D; 1K8R B; 3URY A; 1LGR A; 3JYU A; 2PVG C; 1HXY D; 4XC2 A; 1HHT P; 1O1I A; 3LB4 A; 1MNH A; 3NFE B; 5HU6 B; 5KDQ B; 5HLU A; 3GKV A; 3ECX A; 4N7O B; 4MDK E; 4WJN A; 4MQC A; 3CST A; 3V6E B; 4ZVA A; 5CHQ A; 3PEL A; 4YU3 B; 4MXL A; 2L83 A; 3NMM A; 2ZW0 A; 4YU4 A; 3DBJ A; 1Y4F B; 4JPS A; 2JVC A; 2LHD A; 1J3F A; 2UUN B; 2NRM A; 1OQQ A; 5IKS A; 2YEP F; 1DM1 A; 4FWZ A; 3R5I A; 4GDK A; 1YOG A; 2N9E B; 4KIK B; 4L7Y A; 2RPV A; 5D3I B; 4QAU A; 3P42 A; 1C9F A; 1B33 B; 1G09 B; 5E6E A; 1R4N B; 4ODC A; 4N7N A; 1Y8K B; 1N60 A; 3VRE A; 2EKE C; 4WCH D; 1MDT A; 2MGD A; 3WCT B; 4EE2 A; 1YZI B; 1YDZ A; 3VRF A; 3WI8 A; 5HLQ A; 3PI1 A; 2Y3A A; 4WWM A; 1D5M C; 1HHO A; 3UHZ A; 1IDR A; 1NI3 A; 1LFL B; 3B9J A; 3DQV A; 2KNB A; 4LNK A; 5SW7 B; 3HRW B; 4XDC A; 4C56 C; 5ILE A; 3NS1 A; 2G0S A; 3WAL A; 1Q1O A; 3R66 C; 4EZL A; 1DOX A; 1SDL B; 2WDT B; 4NAW A; 1NPF A; 4TMA B; 2DHZ A; 2D2M C; 1SF0 A; 1F9J A; 3M3A A; 3M63 B; 2JZ3 B; 2QSS A; 1RVW A; 1TS4 A; 2L1A A; 3HEP A; 1I35 A; 4AP4 C; 3ZUN A; 4MBN A; 2NVU I; 1L7Y A; 1VRF A; 1JWS D; 1G0B A; 4NXC A; 1ASH A; 106M A; 1JWB D; 3A0G A; 1J7A A; 3NY5 A; 2HBD B; 3UI0 A; 4MQJ A; 1XZ5 A; 1T0Y A; 4MQI B; 2W72 B; 2MGG A; 4MQK B; 1NZ4 A; 1MWC A; 1RH1 A; 1CJE A; 1EYX A; 2KFK B; 2WXQ A; 1YMB A; 4K3C A; 3KYC D; 1JL6 A; 3VUX A; 2LJ5 A; 3W2D A; 4OZA A; 2DZI A; 5AZH A; 1T1N A; 2EVP A; 112M A; 1V07 A; 2D5Z A; 2G11 A; 4B02 A; 1V4U A; 4DDI D; 1EBC A; 3ALB A; 2YVC A; 1OBM A; 3GP7 A; 5L95 C; 1PHN A; 3SDL C; 1UUP A; 1DXU A; 2QSD A; 1I4G A; 3RN9 C; 3I9V 1; 3S66 A; 1MOB A; 1UF0 A; 3WFX A; 1Y8H A; 3OO5 A; 4ZOH C; 2K22 A; 4WWO A; 3AU4 A; 2M4N A; 4K7U A; 3W1Y A; 1ON7 B; 3OJ3 A; 1UVK A; 1B0B A; 1F99 A; 3HHB B; 2GBM A; 2KYW A; 1Q10 A; 3OLM D; 4LCD E; 2RAO B; 2NPT B; 4WH4 A; 1BIJ B; 1R4M B; 4BZA A; 4BKS D; 4C7Y A; 2BNL A; 2YRS B; 5JGG B; 5E6O A; 3L0W B; 5B84 A; 1R1X B; 3GQG B; 3V57 A; 2VH1 A; 2JQR B; 1RM6 C; 2E6X A; 2H8D A; 2N9L A; 5BYQ A; 2MGC A; 1XCT L; 2BYV E; 2EB8 A; 1TS5 A; 4SDH A; 2CJN A; 3Q8C A; 3GKT A; 4MGY E; 1OQR A; 3Q3O C; 4DXF A; 4U8U A; 3NG0 A; 2IY1 B; 3IAS 1; 3A9J A; 2ZSO A; 2D2N D; 3IG3 A; 4PS8 A; 1Y5F B; 2RD0 A; 3VVW B; 5H8Y E; 3PT8 B; 3UBC A; 4G3X B; 2OHA A; 3OO4 A; 3MYN A; 1BUW B; 1A3N A; 1CLS B; 2R50 A; 3FEW X; 2X8X X; 3WHM A; 4ILZ A; 1GDI A; 3WCU C; 1EF5 A; 3EU1 B; 3TEY A; 1XD3 B; 2DC3 A; 1YHU C; 2WXK A; 3P4S B; 2ZLX B; 1MTJ A; 1ET9 A; 1VXH A; 4JE3 B; 1T0S C; 3N20 C; 1UNS A; 1S61 A; 3D7O A; 1YN3 A; 1B8D B; 2ZS1 D; 3GDJ B; 1LFV A; 1OUT A; 1Y85 A; 4F6F A; 1YQ4 B; 3KUN A; 2CU1 A; 1MLU A; 1FXI A; 2KTR B; 4GXE A; 4XDI A; 2N9P C; 2EKU A; 2G3H A; 4XXK A; 1PUT A; 1WXQ A; 4NQL B; 4L1B A; 1LHT A; 3GOE A; 2LH6 A; 5KER B; 1DYQ A; 1XCQ L; 4IM2 A; 3V3X A; 1VXA A; 2DNF A; 4RMA A; 2HE7 A; 4NI0 A; 2GRI A; 2JRI B; 4O1T A; 5CHW A; 3ZO5 B; 1YIH B; 2WDR B; 1WGD A; 1Y7Z B; 5LXH A; 1IRC A; 1RTE A; 1BAB B; 1YVQ B; 1MOH A; 2D3C A; 3M95 A; 2Z85 A; 1FRD A; 2LJI A; 2N9K A; 4O2G A; 1R4N I; 1Y0D A; 2O2V A; 3QWZ B; 2SPO A; 2BW9 M; 1RWS A; 1MNK A; 3KMF A; 2J53 A; 2MGL A; 3A1Q B; 2JHO A; 2AUO A; 3WCV C; 1NVI D; 1S3S G; 1Q0W B; 2QLS B; 2M8S A; 3QJC B; 4NNJ B; 1KM7 A; 1MOD A; 2GTL D; 4M02 A; 3O7N A; 1ZE3 D; 4DHJ D; 1NS9 B; 1X9F D; 1GNU A; 1Z2M A; 2JU6 X; 1VZ7 A; 1JBO B; 2DN2 A; 2VJR B; 2A4Z A; 4H07 A; 2FCQ A; 1OUU A; 2H35 B; 4H0B A; 2ZNV B; 1GH0 B; 4MJS B; 4WJO A; 4ZHP A; 4XDD A; 3DPD A; 2ZFO D; 1UVI A; 1J7W A; 3UHD A; 4ROL B; 2JZZ A; 3U52 E; 1VRA B; 1HV4 A; 1NZ3 A; 1MPE A; 3D1K A; 4OVU A; 4WQO B; 2O5T X; 2M6Z A; 4A8X C; 1PBX A; 2GL3 A; 1K52 A; 1YEV A; 3VQI A; 1TGZ B; 1J41 B; 2MGM A; 3QJZ A; 1A9W A; 3H9D A; 1ZW7 A; 4AJW A; 1Y4B B; 4A90 A; 3UHQ A; 4JWS C; 3DWM A; 3VRG B; 4PO5 B; 5D5R A; 1KLV A; 4N58 A; 4F6G A; 4FJY A; 4GGQ A; 4I6P A; 1NQP B; 1GBV B; 1YEN B; 4TQ1 A; 2ZSN A; 1JAL A; 4DC8 A; 1NS6 B; 1LO5 D; 2G9H D; 1IWH A; 2G4S A; 1EU3 A; 1FFV A; 3QAR A; 1O1M A; 1YGF B; 3V2V A; 5DPW A; 5AQD M; 1SGH A; 1X3K A; 3QJB B; 1N62 A; 4GY3 B; 2KKC A; 1S0H B; 2KMC A; 4EZJ A; 2DZK A; 1V5T A; 4FAD A; 110M A; 3M62 B; 1KTP B; 3UHY A; 2QDF A; 2ZWJ A; 3R0G A; 4MT5 A; 1J3Z A; 3S65 A; 1EBT A; 3VR9 B; 3WCP B; 1XZ2 B; 3LQD B; 1R4M I; 4RH6 A; 3ZNH B; 2DEN B; 2K9X A; 2BK9 A; 1WMH B; 2JUO A; 3RJN B; 1SIJ A; 4GIV A; 4HJG E; 1IBX B; 4F7Z A; 5JH5 C; 2IO0 B; 1EM7 A; 2M0A A; 2HBC B; 2JRH A; 3PT7 A; 2CJO A; 2HZ1 A; 1RQ3 B; 3AXC A; 4TYX A; 1TS2 A; 2PEA A; 3UGB B; 1IGC A; 2GLS A; 4ZVB A; 2V1Y A; 5AZQ A; 3OVU C; 1XQ5 A; 1IUE A; 2ONQ A; 3W1S C; 3VTU A; 1U7R A; 1PFD A; 2C7H A; 5I4D A; 2ZLT B; 3MJ5 A; 2BWE S; 1A01 A; 3PPA A; 2ICI A; 3GOU B; 5HBI A; 3NHE B; 5GXG B; 3SFE B; 4L2Y A; 3WFW A; 1O1K A; 2HHB B; 1KFR A; 3ED9 A; 1CH3 A; 1TKY A; 3R7R A; 3I3T B; 1A4F A; 1WWT A; 1NEJ B; 2C7J A; 2JT4 B; 5CNC A; 1GBU B; 1UBQ A; 3N30 A; 2FAL A; 2L00 B; 4K3B A; 3UF8 A; 2E3T A; 4G11 A; 1G9V B; 3P5Q A; 2KWD A; 2D5X B; 5MPO A; 4ZIZ B; 4PS7 A; 3DCG A; 2AX5 A; 3MTN B; 1HDB B; 1O1J B; 4MPM A; 3BA2 A; 3TEZ A; 4N9F 4; 1T6B X; 1AN8 A; 1G08 A; 1UGJ A; 4NZL B; 4TWV A; 2MB5 A; 1Y45 B; 2LXA A; 2IN4 A; 1QZE A; 3G4V A; 3DHG C; 1UWM A; 3WCW D; 2WXM A; 1ABS A; 2ZLV B; 1QXD A; 2BLI A; 1E7V A; 3DBR B; 1Y0C B; 2WHI A; 3D17 A; 3TCA A; 3NMM B; 1WE6 A; 4YU4 B; 2JYE A; 3VR8 B; 2LH5 A; 3T9L A; 2WGS A; 2ZVO A; 3GE3 C; 5F2A A; 1ZDX A; 3R5I B; 3APC A; 2ZS1 C; 4L7Y B; 4LTU A; 3ZXV A; 3HYU B; 2LGS A; 4MSQ B; 104M A; 1J40 A; 5E6E B; 4ODC B; 4N7N B; 3MJU A; 2MJ3 A; 3B08 A; 3N1X C; 3NFE A; 5HU6 A; 3E9S A; 5KDQ A; 1SE4 A; 2ZPY A; 4S0R A; 1YDZ B; 3VRF B; 2AL3 A; 1V9Q A; 4N7O A; 2JXX A; 1Y0A B; 4PK1 A; 4P1B C; 1WXV A; 1IT3 A; 1XDT T; 2V1H A; 4OVV A; 4KZC A; 4YU3 A; 3QK0 A; 2XKG A; 1KJT A; 1UC3 A; 1FNU A; 3H58 A; 2Z0E B; 3RNE C; 1FN3 B; 1A0U B; 1MYM A; 2UUN A; 5CN4 A; 4KIK A; 2KQ7 A; 2ZT0 A; 1KN1 B; 1B33 A; 1F77 A; 3MJP A; 1G09 A; 5C3J B; 4EFO A; 3GYS A; 2EF2 A; 3AEB B; 1WJU A; 4TUU A; 2QSS B; 3ECI A; 1G6J A; 2JZP A; 2C5L C; 3C0R B; 3ZJI A; 1MNJ A; 1L4Z B; 1YZI A; 3PLV A; 1D4B A; 1BT0 A; 2FCN A; 4IOI E; 3D1A B; 1C4C A; 1X9F C; 1M4V A; 2QIL A; 3A0G B; 3AEE B; 3LYY A; 1YQB A; 5SW7 A; 1CG8 B; 2CHX A; 4XWT A; 2FRF A; 3GQP B; 1SDL A; 2A5U A; 1EYX B; 2DN3 A; 2DKD A; 1VHB A; 3ZJL A; 2KHW B; 3EC8 A; 2G45 B; 1UIW B; 2M56 B; 4GSW A; 3LHB A; 1D6E C; 1NEN B; 2SAK A; 3CMM B; 1I3D A; 3S66 B; 3OAW A; 1WY8 A; 2XKH A; 3PSE B; 1A00 A; 1HDA B; 1Y8H B; 3OO5 B; 3UHH A; 4B3W A; 3FC4 A; 1F65 A; 2HBF B; 1MZ0 A; 1V49 A; 2HBD A; 4KN3 A; 4MQI A; 4W9L A; 3AT5 A; 2D60 B; 2KFK A; 1HA7 A; 1DXC A; 1NAZ A; 2HBG A; 2BS3 B; 1FXA A; 1N6Z A; 5HHD G; 3RCZ A; 3ORD A; 3WCT C; 1JZL A; 2VJT B; 1JRU A; 3RI7 C; 2DZJ A; 2AYO B; 5AUK A; 2NBV B; 2ZT2 A; 2H8D B; 3ZOL A; 3Q3M C; 4E71 A; 1HI1 A; 1JW8 A; 2R4Y A; 2ZS0 D; 3FAH A; 1JCK B; 4W9K A; 3EOK B; 5CHR A; 3TBL D; 2QCZ A; 5CN8 A; 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