The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
378
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structure length |
374
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Chain Sequence |
KLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVYDKMLSSQEVATLITALGCGIGRDEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIALDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKEQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Direct control of type IIA topoisomerase activity by a chromosomally encoded regulatory protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase/isomerase inhibitor
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
DNA gyrase subunit A
|
| total genus |
92
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| structure length |
374
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| sequence length |
378
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| chains with identical sequence |
D, F, H
|
| ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
| pdb deposition date | 2014-05-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globin-like | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NUH B; 4TMA B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3WHM B; 4IM2 A; 2HHE A; 1JF3 A; 1U7R A; 3VTV A; 5JDO E; 1DYQ A; 4ETV A; 3S1I A; 2RD0 A; 3LQ9 A; 5EV5 A; 3LYY A; 3L17 A; 2Z8L A; 3EGR A; 3DBL B; 2D60 A; 3CIU A; 4N7N B; 5JOM A; 5LLI A; 3PZ7 A; 3WR1 B; 1JL6 A; 1GB1 A; 3LJ3 A; 4BKG A; 2L76 A; 3MYN A; 3GQP A; 3HVZ A; 1RQ4 A; 1XF6 C; 2PW9 A; 3H7S A; 5HKH A; 2YEP F; 1TS4 A; 2WXG A; 1J7S B; 2SEB D; 5IOI A; 1URV A; 1AJG A; 1Q1F A; 4MPM A; 3A9J A; 1TS3 A; 2HE7 A; 5H92 C; 1HCO B; 5CNB A; 1YHE A; 1Y46 B; 1Y83 B; 2GKN A; 4F4O A; 3DCG A; 3ZXV A; 2WNM A; 1FXI A; 2JXT A; 4DXA B; 3MWN A; 2MB5 A; 1AJ9 A; 3R66 C; 4PS7 A; 2C0K A; 3GYS B; 1GLI B; 4BKT A; 1MYJ A; 1JAL A; 6HBW A; 1DXU A; 1SHR B; 1FPY A; 3RZW C; 4B95 A; 2L3Z A; 1Y4V A; 2C7L B; 1WMH B; 2NCN A; 2M0A A; 1FXA A; 3RGK A; 2XKH A; 4A55 A; 4KIK B; 5AQD M; 2OLP A; 3ONZ B; 3QIJ A; 4MJS A; 1JL7 A; 3AG0 A; 1IGC A; 3R7Q A; 2CU1 A; 4OZC A; 1FXT B; 1X9F C; 4ANW A; 1MYG A; 2HBE A; 4CQN A; 1PHN A; 2HBD A; 4DHJ D; 1V81 A; 1HA5 A; 3SDH A; 1YH9 B; 1EU3 A; 3HEP A; 2N4F A; 1CBL A; 1F5O A; 2GBR A; 3KYD D; 4KJT A; 1VXB A; 3PI9 A; 5FR6 A; 4AWJ A; 2MSE D; 1IGD A; 2V1I A; 1VWT A; 2WWZ A; 4REZ A; 1YG5 B; 1V5O A; 1P98 A; 1R4M B; 2B7H A; 1EYX A; 4NI1 B; 1A9W A; 1ABY A; 2GTL A; 2UUL B; 1VR9 A; 4G51 A; 111M A; 3QHT A; 1DXV A; 3IXF A; 3DBR B; 5FR3 A; 2LH1 A; 1V1P B; 1B8D B; 2YRS A; 1RVW A; 1LFV A; 2W3S A; 1QF6 A; 3P42 A; 4ZVA A; 2V9H A; 1QXE B; 2RAO B; 1OBM A; 101M A; 1CPC B; 2FID A; 1SDL B; 2O5B X; 1G9V A; 3BJ3 A; 4WWP A; 3WCT A; 1L6U A; 4MEM A; 2K39 A; 2FIF A; 2IPK D; 1BXT A; 1NZ4 A; 1A6G A; 2WXL A; 4L1E B; 1S69 A; 2W6V A; 4NI0 B; 1G0A B; 1WMU B; 1FCC C; 2Y3A A; 4K3C A; 1RSE A; 3S1J A; 2KMC A; 4M0W A; 2MGB A; 112M A; 3FH9 B; 3B75 B; 4NZL B; 4Q70 A; 2MJD A; 5FVB A; 3W4U B; 1E7U A; 2R1H B; 4XYC A; 1O1O B; 1EF1 A; 3HHB B; 4GXE A; 3CIR B; 1B33 A; 1C4P A; 2C7K B; 4IRO A; 3JW0 X; 2B76 B; 3WCV D; 2TSS A; 3WFT A; 3AN1 A; 1UC3 A; 2VYW A; 2ZNV C; 1YIE A; 2C9W B; 1VZ8 A; 3L4P A; 1MYH A; 4GZG A; 3ONS A; 3M3A A; 1Y5J B; 1R1Y B; 1JCK B; 4A8O A; 3TLD A; 1YVQ B; 3BII D; 3FEW X; 3ORD A; 1JML A; 3FS4 B; 1XD3 B; 2RDH A; 1NEJ B; 2FCM A; 2Z6S A; 2KAC A; 4OVZ A; 1HV4 B; 3G46 A; 1Y35 B; 5AZQ A; 4ROM A; 1JBO B; 3VRG B; 5B85 A; 1Q1O A; 1UUP A; 2H8D A; 2ZS1 B; 1HBH A; 1MBI A; 2ZLW A; 4HRT B; 1Y4P A; 1Y22 B; 1WE6 A; 3DQV A; 1CO8 A; 3E5I A; 1VRF A; 1XZV B; 2ZLX A; 4FC3 B; 1JRU A; 5AQD A; 2ON8 A; 4CYE A; 3D7O A; 1YFF B; 1C7C A; 1FD6 A; 1Y7D B; 3TIX A; 3W1S A; 1KOT A; 1V75 B; 3PT8 B; 1Y4R B; 2K22 A; 1G08 A; 1A6M A; 3BVM A; 4ILZ A; 1Y0W A; 2KN5 A; 1N5X A; 1WGG A; 3WAM A; 2MGM A; 5HU6 A; 1QQR A; 1FDH A; 3MJU B; 2VH2 A; 1XY0 B; 2D3C A; 4MBA A; 2FUG 1; 3QWZ B; 1JEB B; 1YHU C; 4RGT A; 5IAA C; 1C7B A; 1SIF A; 1XYE B; 1JWB D; 3V60 A; 3ZDT A; 1LH6 A; 4DXG A; 1IRD B; 2KHW B; 3JSV A; 2QC8 A; 2VEB A; 4YU4 A; 2PIA A; 3AMZ A; 3QAR A; 1NS6 B; 4MAC A; 4NJ6 A; 1L7Y A; 3WA0 A; 3O2C A; 3ZH0 A; 3UHR A; 4D2K A; 2BV8 A; 2MP2 B; 2OH8 A; 4OHJ A; 2GNV A; 1YHR B; 4LLG M; 3UBV A; 4A8K A; 1Y7G B; 2LXA A; 3EU1 A; 2GTL D; 1QT9 A; 3EDA A; 4FWZ A; 3G53 A; 4NK2 A; 5EYS A; 2N1W A; 3B9J A; 2NBW B; 1O1N B; 5E6J A; 1Y8K B; 3R0G A; 2C7N B; 2WHI A; 4IT8 A; 4PO5 A; 3NG6 B; 3DDC B; 1T6B X; 1LHT A; 1S61 A; 3HEN A; 1W92 A; 3ED9 A; 1UVJ A; 3QJZ A; 2QLS B; 2QRW A; 3WCT D; 5E83 B; 4GOC A; 3VR8 B; 2IDY A; 4DC8 A; 2JPH A; 4DXF A; 5BYQ A; 1HBA B; 1XLP A; 1IPG A; 1KN1 A; 3O89 A; 1MLG A; 3Q8A A; 2G0S A; 2H35 A; 5SW7 B; 3WAO A; 4GDK A; 2N9E B; 5EOH A; 1EWA A; 5IN7 A; 1MYT A; 1O1P A; 3FIL B; 4M8N A; 3DBJ A; 3NL7 A; 1JY7 A; 1FHJ B; 4ZRJ A; 1YX5 B; 3VH3 B; 2MX2 A; 3DBH B; 1FSL A; 1PDX A; 3K9P B; 3ZJL A; 3PI8 A; 5KKK A; 4MQH A; 4J6I A; 4LNO A; 4HPL B; 1Y0C B; 1V8C A; 1C4C A; 1XLN A; 1XXG A; 4OVV A; 4F69 A; 1YEU B; 2W72 A; 3A59 B; 2BWH A; 1HDA B; 1MOA A; 4LJO B; 5EE3 A; 2ZS0 D; 4P7I A; 4PYU A; 1DLY A; 2A5U A; 4MH8 A; 3Q3N C; 2O2V B; 1A3N A; 4K81 A; 1KLG D; 2KJH B; 1NQP A; 1IWH A; 4ESA B; 1XZ2 A; 1X9F B; 4N7O A; 5MBN A; 2JWU A; 5EE9 A; 1MLF A; 2VZK B; 3ARJ A; 1Y8W B; 3WI8 A; 2PE9 A; 1XZU A; 5HAV A; 2VML A; 3MC9 A; 4KGR A; 4URK A; 4ANU A; 2VJH A; 2KK8 A; 5HBI A; 3NMM B; 3TUO A; 2OHA A; 4N7P B; 1HE8 A; 1TKG A; 3ZVV A; 4RMP B; 5AUK A; 1FCL A; 3IC2 A; 2BS4 B; 2ASQ A; 3OO5 B; 4BAX A; 2BB5 A; 1E5W A; 1ALL A; 5E6N A; 4A6Q A; 3ZJT A; 1WYG A; 1I4Q A; 3RCZ A; 3VH4 B; 2K0P A; 4I6P A; 4CHK A; 1CQV A; 3UBC A; 2HBC B; 3DHR A; 1XT9 B; 1IDR A; 3TM3 A; 3AE3 B; 2XYK A; 1VXE A; 2G11 A; 1A0Z A; 1HDS B; 1UFP A; 3TSS A; 4OOD A; 1OFJ A; 1HQR D; 1TYG B; 1TJE A; 3QM5 A; 1M6C A; 1DXT B; 1UX8 A; 3PMC A; 3ZQ4 A; 3H9D A; 3R7R A; 1GCW B; 5DPW A; 1CG5 A; 4MQI B; 3IT6 B; 1J40 A; 1YX6 B; 1A01 B; 2WP9 B; 3MJP B; 2GLS A; 2BS2 B; 2M6Z A; 2D2N B; 4KKI A; 2KX0 A; 3QZX A; 2FNJ B; 1Y4G B; 2K9X A; 4IWQ A; 1L2N A; 3VRA B; 2AL6 A; 2BYE A; 1ON7 A; 2HDE A; 3PT7 B; 2DN3 A; 2LH3 A; 4YWG G; 1ET6 A; 5B13 G; 4XS0 A; 3UHZ A; 3V57 A; 1NZ5 A; 1QXD A; 1QPW B; 1FFU A; 2QIE B; 4FXC A; 1A00 A; 5F2A A; 4U8U C; 2MA9 B; 5D7G A; 1YEV A; 1UVM A; 2MBO A; 1F5P A; 1JW8 A; 1SDK A; 1C3T A; 3HRW B; 3A4R A; 2NX0 A; 1HGB A; 3EHV A; 1AN8 A; 5EUI B; 3GZN B; 3UHT A; 4NQK E; 1HBS B; 2ZFO D; 1ASH A; 1S5X B; 3MHZ A; 1FSX A; 2I1J A; 1BZ0 A; 1YVT B; 1WXQ A; 2IO0 B; 1YNT E; 1Y09 A; 1QSI B; 1HBB B; 3UHN A; 4ZRP A; 3KUC B; 1V97 A; 4WJQ A; 1I42 A; 3P4R B; 3V61 A; 1A0U B; 1WR1 A; 3AE5 B; 2X49 A; 4N8T B; 3NZ3 A; 3FAH A; 1YDZ B; 4KN3 A; 1HBI A; 1YOG A; 1C78 A; 1XCH A; 2LH7 A; 3PEL A; 5G2N A; 2K8B A; 3BYY B; 3D4X A; 4ODC B; 2ONQ A; 1ECA A; 3D1A B; 3W1Y A; 1HSY A; 1Q5W B; 4H2L B; 4O1T A; 4HCP B; 4G11 A; 1COH A; 1HJT A; 2MGE A; 1CIO A; 1NS9 A; 3UH3 A; 2K3U A; 4K7U A; 1LUE A; 3PGE A; 1LFY B; 1O1M A; 1VXA A; 3MC0 B; 2JRH A; 4MQJ A; 2AL3 A; 3RNB C; 3QCA A; 4MSQ B; 4GB9 A; 2LJI A; 3GUQ A; 1WVP A; 4C0N A; 3QM8 A; 3Q6B A; 1J0G A; 2BKM A; 2LHE A; 2I38 A; 2BS3 B; 3HRD D; 1NY9 A; 2EVP A; 1YQ3 B; 2ZLT B; 3GKV A; 1J7W B; 1KTP B; 1UD7 A; 2ZSO A; 1Y7C B; 3LQD A; 4F6G A; 3NUH B; 1ROE A; 3NZS A; 4MGY E; 1WGR A; 1YN5 A; 2HBS A; 1UWM A; 3RJ6 A; 4QAY A; 1GZX A; 3VRF A; 1XCT L; 1YHU B; 2MHB B; 5E29 B; 2JZP A; 1MLR A; 1E7P B; 3E4N A; 1T0R C; 4X0L A; 2LVP A; 4LMS B; 2ZSN A; 3UGB B; 1BZR A; 2MYC A; 1ZOY B; 3V05 A; 4BKS D; 2O6V A; 2O5Q X; 2DYO A; 4K3B A; 1FFV A; 1G0B A; 3R5I B; 5E6E A; 1TGZ B; 4YSZ B; 1OFK A; 3ZTD A; 2ZWJ A; 3LR7 A; 3ZRF A; 1DOX A; 1KD2 B; 2LI5 A; 5AUI A; 3M3J A; 3GOU A; 1FRD A; 4W9K A; 4MQC A; 4A8Q A; 2MYA A; 4EFO A; 1Y7Z A; 4KVG B; 2VLY A; 1UNS A; 1LH7 A; 2R80 B; 1LFZ A; 3EFC A; 1A3O A; 1EO6 A; 3NVZ A; 1CMY A; 2UUM B; 3MKB B; 1Y2Z A; 1Y8I B; 1G09 B; 2PEA A; 1CLS A; 1RQA A; 1JRP A; 1ITH A; 1C76 A; 4JWS C; 3APC A; 3U30 A; 2GB1 A; 3WHM A; 3OO4 A; 4XE0 A; 1LFD A; 1YOI A; 1TU9 A; 5KDQ B; 4MAX A; 2R4Y A; 1MJD A; 2D07 B; 5BYS A; 3RNA C; 4II3 B; 1A6N A; 1PGB A; 1D6E C; 3D17 B; 2OOB B; 4WH4 A; 4XDD A; 3ZJQ A; 1M6M A; 1TTN A; 2MYE A; 3WR1 A; 4TKN A; 3ETR A; 5LXH A; 1Y0D B; 4E71 A; 3FC4 A; 3BCQ B; 1RPS B; 3Q8E A; 3DHH C; 1MNI A; 2HD5 B; 2WQY B; 3A0G B; 2G4D B; 2K1F A; 3B08 A; 4W9D A; 1CIK A; 4I6L B; 2AQ3 B; 1HCO A; 1A6K A; 3G4R A; 1LXD A; 3Q2A C; 1MG4 A; 3BOM B; 2PVO D; 1Y83 A; 4R3D A; 4AUQ C; 4JYQ A; 2J4X A; 2DZJ A; 1F99 A; 4HH1 A; 1NEK B; 1O1I A; 1THB B; 2QMB B; 3GYS A; 1GLI A; 2G0R A; 3UHE A; 1LFT B; 2ZLU B; 2AQ1 B; 1MOB A; 4WIP A; 1X46 A; 1N6Z A; 4LNF A; 1ECD A; 1K0Y A; 1SHR A; 1WXV A; 4AVD A; 107M A; 3TEW A; 1QI8 B; 4M4B B; 4KKJ A; 2C7L A; 1TBE A; 5KER B; 1Q10 A; 1WMH A; 2JL9 A; 1WRD B; 3QJC B; 2DC3 A; 1R4N I; 5EE4 C; 4HPM B; 3ZJU A; 1GCV B; 4KIK A; 3B2F A; 2BYV E; 3PZ8 A; 2R50 A; 4MEL A; 1LO5 D; 3BZD B; 5AB8 A; 4CO7 A; 1XQ5 A; 4MXK A; 5DPR A; 2KTR B; 3KQ4 A; 2HCO A; 3M39 A; 4A8Y A; 2RMM A; 3HEO A; 2BPS A; 2DYM A; 3PRM B; 1YG5 A; 1SE9 A; 4LTU A; 1MTK A; 3NG0 A; 4B02 A; 4FHJ A; 4C4V A; 2UUL A; 1UVK A; 1Y31 B; 4GLS C; 1LIA A; 2KDM A; 1NIH A; 1A4F B; 3UHW A; 5EU2 A; 1V9Q A; 5IKS A; 4FHK A; 1B8D A; 3ZDM C; 4YTP B; 5D6J B; 1R1X B; 1OTR B; 1WX9 A; 1QXE A; 1MBC A; 2ZVO A; 1CPC A; 1ZE3 D; 4MGZ E; 2J0J A; 2GBK A; 2IO3 B; 1FRR A; 1KRH A; 2AUR A; 2DN1 B; 3AT6 B; 1ABS A; 3K8B B; 4K7S A; 4ZRK A; 1MCY A; 4A3O A; 2WDQ B; 4YL8 A; 2O6V D; 2KWD A; 3UHV A; 2OED A; 3NRZ A; 1H8C A; 4U8U B; 4L1E A; 4HSW A; 4UZV A; 4LDT D; 4GY3 A; 2WXM A; 4YTN B; 3UHY A; 4NI0 A; 2O5S X; 1B86 B; 1G0A A; 1NWI A; 1WMU A; 3ML9 A; 2W9N A; 4IC7 B; 1LFQ B; 4L2M A; 3JYU A; 5I4D A; 3AE9 B; 1TY0 A; 2D2Q A; 4DWT A; 3B75 A; 3CSF A; 1DM1 A; 1MLH A; 1TZO A; 3W4U A; 1BVD A; 2QSD A; 4O4T A; 3WAL A; 4A20 A; 2R1H A; 5ILM A; 3OVU C; 1J7B A; 5BYR A; 1FLP A; 3LR9 A; 3HHB A; 4FWX A; 4KDI C; 2W6X A; 4G0N B; 2SPN A; 5M3S A; 2BW2 A; 3A33 B; 1LH5 A; 2C7K A; 2KAN A; 4HK2 A; 1DUK A; 1S3S G; 110M A; 1IT2 A; 3M38 A; 1YMH E; 2QFK A; 3UF8 A; 1KFY B; 3OWE B; 2KC1 A; 3R8B A; 4HHB B; 1R7S A; 4N6S B; 4G3X B; 1XF5 L; 2QMT A; 2I2Y A; 2HJ1 A; 1S56 A; 3ZYY X; 1Y5J A; 1R1Y A; 3ZO5 B; 2JT4 B; 1YVQ A; 1L0X B; 1BUW A; 2FBW B; 2D2M B; 2JF5 A; 1LH1 A; 3FS4 A; 1NEJ A; 3SZK A; 3DOW A; 1HV4 A; 1OR4 A; 1XZ7 B; 4PQ6 A; 5AZR A; 1F9J A; 2UWQ A; 3HIZ A; 1Y35 A; 1PBX B; 3VRG A; 1PGX A; 2ZS1 A; 2EF2 A; 2I88 A; 4ERT A; 4HRT A; 2M1M A; 1UBQ A; 4LCD E; 2IZV B; 5CTR C; 1Y22 A; 2IJ0 A; 1MLK A; 2L52 A; 2SPL A; 1XZV A; 3S48 C; 4DDG D; 3ZTC A; 4US8 A; 2MBB B; 4BBN F; 1UEL A; 1UVX A; 1GBV A; 3U7Z A; 4A8S A; 3LB2 A; 3IA3 B; 1Y4R A; 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