The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
378
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structure length |
374
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Chain Sequence |
KLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVYDKMLSSQEVATLITALGCGIGRDEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIALDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKEQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Direct control of type IIA topoisomerase activity by a chromosomally encoded regulatory protein.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Isomerase/isomerase inhibitor
|
source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
DNA gyrase subunit A
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total genus |
92
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structure length |
374
|
sequence length |
378
|
chains with identical sequence |
D, F, H
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ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
pdb deposition date | 2014-05-31 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globin-like | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NUH B; 4TMA B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2O5T X; 2KMM A; 1N5X A; 1WR6 E; 4RMP A; 3A5A A; 2CHW A; 3DBH B; 3Q8B A; 3NVV A; 4HCN B; 2WTH A; 2ZT0 A; 2K25 A; 2YLM A; 5KKK A; 5AZG A; 4C56 C; 4FJY A; 4MXL A; 2KFK B; 3PI9 A; 1A3O A; 3UHG A; 3MJU A; 2DN3 B; 1CLS B; 2HHE B; 2N0S B; 3FS4 B; 4WWP A; 2H35 B; 1Y31 B; 1GDK A; 4PS8 A; 2AL3 A; 2BKM A; 4NZI A; 4WJN A; 1XZU B; 3KLS X; 5JH5 C; 2LI5 A; 2PW9 A; 2MBQ A; 5KDQ B; 1YOI A; 4LNK A; 1Y4F A; 2UUM A; 4YSZ B; 3U4E G; 3PGE A; 1GB4 A; 1BIJ A; 4O1N A; 1SBB B; 1Y8K B; 1WAC A; 1BZP A; 1DWS A; 1GCW B; 4H2L B; 4HPM B; 4M0W B; 1V49 A; 1G08 B; 2AX5 A; 2V3N A; 2GBN A; 1KH0 A; 4Q2J A; 3PLU A; 2WXM A; 2UUL B; 2ZSR A; 1RLF A; 1NIH A; 1Y8R C; 2W72 C; 1HCO B; 1Y22 A; 3I3T B; 3HXN A; 3KQ4 A; 1XXT A; 3L10 B; 2DKC A; 1NQP A; 2PEG B; 4S17 A; 4W9H A; 2MYE A; 3ZYY X; 1OR4 A; 4UIQ A; 5EOH A; 2GBR A; 1Y4Q A; 4ZDV A; 4LCD E; 3MHS D; 2ZT2 A; 1YEN A; 1CP5 A; 2ZVO A; 3ZJP A; 2LWP A; 1T0Q C; 1CMX B; 4YT0 B; 1Y2Z B; 3UHR A; 1YIW A; 2KZR A; 1GJZ A; 1LXD A; 2H8D B; 2ZSO A; 4F4O A; 4WJP A; 3P1M A; 2JF5 A; 3GUQ A; 2OIF A; 1YHR A; 1IDR A; 4F6J A; 1EF5 A; 1I4X A; 1GC6 A; 1YGF B; 2ZSZ A; 1YEU B; 4M8N A; 4PS7 A; 3WCU A; 3ENE A; 1Y09 A; 4N7O B; 2Z6S A; 1MLQ A; 3VRE B; 3BOM A; 2KDI A; 4AE1 A; 4G11 A; 1Y0D B; 4GN1 A; 1NS9 B; 1T0S C; 1NPG A; 4KZC A; 4ANW A; 4LMS B; 1MOD A; 1YH9 A; 2LH7 A; 1IBE B; 2I2Y A; 1MBA A; 3G52 A; 4DWU A; 1WWT A; 4W9D A; 3N20 C; 1SF0 A; 1NYR A; 2KWV B; 1MTI A; 2D5G A; 1I7Y A; 2GTL C; 4MQH B; 1V5T A; 1HI8 A; 4F6B A; 3M63 B; 2I1K A; 1UVN A; 1TOX A; 2BLI A; 4MQC B; 3NHE B; 1DOX A; 1UVM A; 3GOE A; 3RUL A; 3RJN B; 2WLB A; 3H8H A; 5CN7 A; 1HBR A; 3ZJL A; 2O6V A; 1DKE A; 2HZ2 A; 3L0F A; 3PI8 B; 2OOB B; 1C1Y B; 1MLN A; 1VDV A; 3K9O B; 1LHS A; 5EE1 A; 3AE2 B; 1QSI B; 2MGE A; 5IP4 D; 3Q3M C; 3NG0 A; 3PI1 A; 3D17 B; 2WXH A; 3D4X B; 1XO3 A; 1VLB A; 1OUU A; 3UHY A; 3TUO A; 1XDT T; 3ARJ A; 1WSP A; 1WMU B; 2XEW A; 1C4C A; 1WGD A; 3ZJH A; 3AEG B; 1Y7D A; 1GVH A; 2O58 X; 4NJC A; 1Y83 B; 1HDB A; 1DXC A; 3UGY A; 3ZJS A; 1GNU A; 3PI2 A; 1HBB A; 3MN0 A; 1T6B X; 1WY8 A; 2VJT A; 2KLC A; 3ECI A; 1FO4 A; 1C3T A; 1VR9 A; 3Q8A A; 1MNH A; 1C4A A; 1C7D B; 3ECZ A; 4NI0 B; 2HBG A; 5TR5 A; 3PPA A; 4O1T A; 1FAW B; 1MLF A; 2J0J A; 4JGH B; 2WXL A; 1WYG A; 4UUR A; 2JVC A; 1ABW A; 2N1W A; 4KVG B; 2MJD A; 2MYC A; 1WZ0 A; 2HBD B; 3FH9 A; 4DWT A; 3VRG A; 1IWH B; 3QJC B; 1HJT A; 2ZSX A; 1A3N B; 1RAX A; 1SXT A; 5DPS A; 3UIN B; 3UHQ A; 1LJW A; 1LFT A; 2KQ4 X; 1J7Y A; 1WGK A; 3WCT D; 1ZXI A; 3G53 A; 3ONS A; 1R1Y B; 5LXH A; 1GJN A; 1MZ0 A; 4HH0 A; 2FUH B; 2AA1 A; 2ZS1 B; 4LLG M; 3PZ7 A; 4L2Y A; 4KX6 B; 5CN9 A; 4HRO A; 2L8J A; 5EU2 A; 3T3O A; 4K7U A; 2ZLT A; 3N32 A; 3ZOM A; 2RDB C; 4NAM A; 3GYS A; 1E0Z A; 3NZS A; 1YHU B; 1NZ4 A; 1V4U A; 3GOU B; 4BKT A; 5JGG B; 3A9J B; 3TBL D; 4XWW A; 1WX7 A; 2EMT A; 3VXW A; 1QI8 B; 4XXK A; 3N30 A; 5IOI A; 4LM6 B; 1Y4R B; 4XS0 A; 3TEY A; 5B13 A; 1XXT B; 3UHV A; 3WHM A; 1X1M A; 1FN3 A; 2D2N D; 1AN8 A; 1XZV A; 1F65 A; 3H1U A; 1SDL A; 4RMP B; 4H2A A; 5AUI A; 4L7Y A; 1Y4V A; 2BS2 B; 2VRR B; 3P42 A; 1HGA B; 2MGJ A; 1FDH A; 2O5M X; 2VLX A; 4KGR A; 2IO0 B; 3L0W B; 1JZM A; 1RTE A; 4R3D A; 1J8C A; 2QC8 A; 3PI9 B; 1R1X A; 4TMA B; 4JWS C; 3UBV A; 1A3O B; 2QFK A; 2RDG A; 4DBG A; 3DVN V; 2HHD A; 2OJW A; 1KM7 A; 2EKI A; 2KJ6 A; 3A4S C; 2JZP A; 2NVU I; 1CH9 A; 1SIJ A; 1FSX A; 2W72 A; 3O2C A; 5G5H A; 1DTM A; 3VRF A; 2JRH A; 3OK5 A; 1Y4F B; 1WX9 A; 2UUM B; 1CH4 A; 4IM3 A; 2JUO A; 1C7B A; 3AQ7 A; 3QCA A; 4US8 A; 1BIJ B; 1HDA A; 1OFJ A; 4N58 A; 2N9K A; 2LXC A; 3OGB A; 1VXF A; 4LNN A; 3LQD B; 4A55 A; 1GH0 A; 2CR5 A; 2BLH A; 1VJK A; 2KMC A; 4DHZ E; 3PHX B; 3S2A A; 1CH5 A; 1FHJ A; 3DHR A; 2DBY A; 1NIH B; 2BB5 A; 2VJH A; 1Y7Z A; 1NEJ A; 4MQK A; 1Y22 B; 2DN1 A; 3HXN B; 2WCQ A; 1YOV B; 3QJE A; 1NVI D; 1NQP B; 3S48 C; 3KVS A; 101M A; 111M A; 4W9G A; 1K53 A; 1Y4Q B; 4MQG A; 4YXD B; 1M9P A; 1YD8 U; 1YEN B; 1MKO A; 5EYJ A; 2ZSY A; 1VXD A; 2R2Q A; 1A9W A; 1STE A; 3QJD A; 1E8Y A; 2JYE A; 3DQV A; 4O2G A; 5EV5 A; 3R66 C; 4OZB A; 2GOW A; 2FCS A; 1IRD A; 2SPL A; 4F4O B; 4OVZ A; 1QF6 A; 1XD3 B; 2D2M D; 1YHR B; 3PMD A; 5HFY A; 4P7I A; 2INC C; 1JP6 A; 2G0Z A; 1FCS A; 1MDT A; 3H58 A; 3WCU B; 5LLI A; 1Y09 B; 1I7H A; 3QZZ A; 2GTL A; 3BOM B; 5EUI A; 3KH0 A; 1MOA A; 4LJO B; 2C0K A; 2ZS0 D; 2HDE A; 2ZCB A; 2L0F A; 3OO4 A; 5JZE B; 2DYO A; 1HBA A; 3PO0 A; 2LVQ A; 1YH9 B; 3L16 A; 5G55 A; 3AED B; 3IAM 1; 1ACC A; 2D6C A; 2V1I A; 3LR9 A; 5FR6 A; 5DPR A; 1OEY A; 4GY3 A; 2MEK A; 1YEQ A; 3PI3 A; 4ANU A; 1N9I A; 3W1Y A; 2RAO B; 4H0B A; 4NXA A; 1EWY C; 3WCP A; 4ANX A; 1I7Y B; 2J0M A; 3TIX A; 2W3S A; 2IZV B; 2V3P A; 3SFD B; 2G9H D; 2Z8L A; 5SW7 A; 1X9F B; 1AAR A; 1HBR B; 2O6V B; 1DKE B; 2NRM A; 4AP4 C; 5MBA A; 3N1X C; 2VML A; 3EEC A; 1RQ4 A; 3PT7 A; 2G11 A; 3L54 A; 4A20 A; 2OLP A; 1A4F A; 4MAX A; 1V2Y A; 3ZQ4 A; 2C7L A; 1YQ3 B; 1J3Z A; 3QK0 A; 1KLG D; 2KAJ A; 1MFW A; 2NMQ A; 1OUU B; 3QQ8 B; 1IP9 A; 4WJG A; 2W6X A; 3SEB A; 5HLX A; 3G4R A; 3UHU A; 3RNF C; 3T9L A; 1I42 A; 4ROM A; 1OEY J; 4HDO A; 1TU9 A; 3ZIM A; 2Z0D B; 2AEH A; 1L4D B; 2JQR B; 1JBO A; 2MHB A; 3ETR A; 2MB5 A; 3FEW X; 3NL7 A; 4URK A; 2K8B A; 1HDB B; 1HBB B; 1D8U A; 2KTF A; 2VJT B; 3VHT C; 4AJY B; 1VRF A; 5C1Z A; 1HZ5 A; 1RFK A; 2R4X A; 3RZW C; 1QXD A; 3U8Z A; 1UFP A; 4SDH A; 3GQG A; 3PS6 A; 2ZFO D; 2OHF A; 3JSV A; 2D3C A; 1ABW B; 1N9H A; 4X57 B; 2IN4 A; 2UUM X; 1P7F A; 1OQR A; 2V8A A; 3FH9 B; 4ZHP A; 3VRG B; 1SGH A; 1M94 A; 2N1V A; 1LJW B; 1LFT B; 3ZTC A; 3GE3 C; 1J7Y B; 1CK1 A; 3WAO A; 110M A; 2ZWJ A; 3CF6 E; 1UUP A; 3ML8 A; 3PVL A; 3AE3 B; 2AA1 B; 1E7U A; 1J3F A; 1NGK A; 2KJR A; 2X4A A; 2LVO A; 2NCN A; 1BBB A; 2HBF A; 2C7K A; 3GS2 A; 3J9C A; 2ZLT B; 5AQD A; 3IA3 B; 3GYS B; 2ZJD A; 1FPY A; 2G4S A; 2K22 A; 3DBS A; 3AMZ A; 2EF2 A; 1V4U B; 2MYB A; 3LR7 A; 2LHE A; 1MG4 A; 2PJH A; 3FIL B; 3UHZ A; 3V57 A; 3PI4 A; 4MU5 A; 1WE7 A; 3PV1 A; 3V05 A; 1IOP A; 3KMF C; 5HLU A; 4XS0 B; 1XXG A; 2BW2 A; 3RN9 C; 4YU3 B; 2DWQ A; 4GGQ A; 3VNC A; 2HZ3 A; 3RQR A; 1FN3 B; 1HAB A; 2IY0 B; 2L32 A; 1XZV B; 4ICU A; 1VZ6 A; 1SDL B; 2WX0 A; 4GOC A; 4L7Y B; 1Y4V B; 3BYY B; 1XQ5 A; 1MGN A; 3GQP A; 5L83 A; 4HHB A; 1OFK A; 2QFN A; 3DWM A; 4FH7 A; 1LH3 A; 3SD5 A; 3SZK A; 3AXC A; 4WWM A; 2JX5 A; 2W54 A; 1JRU A; 4ZYS A; 1R1X B; 2VLZ A; 4WAF A; 3R7R A; 3KYD D; 4LDT D; 1O1M A; 2HHD B; 1HHO A; 4Q70 A; 1D5Z C; 3KWV A; 2GKN A; 1S69 A; 3D32 A; 4A3P A; 3MJP A; 1A6G A; 1JML A; 4I6N B; 2G12 A; 2WDT B; 1AWD A; 1G0A A; 1FSX B; 5HU6 A; 3GKT A; 1Y0W A; 3O2C B; 3VRF B; 2KSC A; 3O18 A; 1SE4 A; 2RGF A; 3AT5 A; 3AG0 A; 3QQQ A; 2W55 A; 3VQI A; 3M3A A; 1C7B B; 2V0G A; 4ZRJ A; 2GLN A; 1HDA B; 3EU1 A; 1L6V A; 1EO6 A; 1WJN A; 1F99 A; 4HPL B; 2M1M A; 1GDJ A; 3UF8 A; 1XEE A; 1GH0 B; 2WXK A; 3DDC B; 1B0B A; 1FLP A; 2OJR A; 1IBX B; 3URY A; 1YJ1 A; 1FHJ B; 3DHR B; 2WQY B; 1LTW A; 2VJH B; 2LMC A; 1Y7Z B; 1NEJ B; 4MQK B; 4N7N A; 4C80 A; 2DN1 B; 2PMV A; 2C7M B; 1HBG A; 4OZC A; 1SGK A; 5AEK B; 4L1E A; 1TES A; 3QJE B; 1NS6 A; 5AZQ A; 1UVX A; 4BAX A; 107M A; 3KVS B; 1YEV A; 3MYM A; 1KJT A; 1YJI A; 1GB1 A; 1MBD A; 2B76 B; 4RM9 A; 2WY4 A; 1EW6 A; 1S0H A; 4J6I A; 1COH A; 1DTI A; 4MQG B; 4C0N A; 1HTQ A; 3AV8 A; 4C4V A; 4XC2 A; 2N9X A; 3ZVV A; 1RPS A; 1XZ7 A; 1LUE A; 4A8X C; 1MKO B; 4IUM B; 5G5G A; 1VCB A; 2KN4 A; 3QJD B; 1TKG A; 4A90 A; 1V1P A; 3APD A; 4USA A; 1IRD B; 1PGA A; 1TS4 A; 2KX0 A; 2M6Z B; 3RD2 A; 3B08 A; 3Q8F A; 2MJ3 A; 4A6Q A; 3AT6 A; 2QEJ C; 3BII D; 1JWU D; 4N6S A; 1WGH A; 1ZP0 B; 4F0U A; 1MYZ A; 2JL9 A; 2GTL B; 2LGI A; 2WXR A; 2OH8 A; 5EUI B; 3ABV B; 1DUK A; 1GAQ B; 4FJZ A; 4GDL A; 5CHW A; 2J4X A; 2LH2 A; 2ZLV A; 5EE9 A; 3LQ9 A; 3OO4 B; 5CNE A; 1XT9 B; 4F7Z A; 1HBA B; 3LYY A; 5C23 A; 1ZPS A; 5KHQ A; 2WXQ A; 1YIE A; 4WJO A; 2V1J A; 4I6L B; 112M A; 4U8U A; 1E9M A; 1HLB A; 3ZHW A; 1YEQ B; 3W4U A; 2L7R A; 1W92 A; 3ZJN A; 2G1E A; 1HDS A; 3HEN A; 1WX8 A; 4DHJ D; 4ARI A; 3WCP B; 3AE5 B; 3G46 A; 3Q3O C; 4FC3 A; 4L23 A; 3QJB A; 4IWP A; 1ISN A; 3I63 C; 1OQY A; 3O7N A; 2BKR B; 3QAQ A; 5SW7 B; 1C79 A; 4B02 A; 5CTR C; 1A00 A; 2KDF B; 2CU1 A; 4HKQ A; 3Q8E A; 4P1B C; 4OOD A; 3NY5 A; 5T8I A; 1HGC A; 3DUT A; 1RQ4 B; 3PT7 B; 3HEP A; 5J2R A; 2YRS A; 4IWQ A; 2G0V A; 1A4F B; 4NJ6 A; 1MOB A; 4MQI A; 2JRI B; 3IT4 B; 1J7W A; 2D2N C; 4W9J A; 1J3Z B; 2EKE C; 2MH7 A; 3ZXV A; 3MC0 B; 1U7S A; 4YTN B; 4DDG D; 3AE1 B; 4ROM B; 2AL6 A; 1HI1 A; 1CQ2 A; 2C9W B; 2DZJ A; 4MM3 A; 1D3Z A; 2VM0 A; 1MCY A; 1JBO B; 2MHB B; 3KUN A; 3UHH A; 1SSN A; 1YX5 B; 2EB9 A; 2MRP A; 3IHP C; 3NL7 B; 4HRS A; 2R50 A; 1DWT A; 1I3D A; 2QSD A; 3ZGZ A; 3D1A A; 1SEB D; 1J3Y B; 2G0R A; 2LRW A; 1ZXH A; 2IBI B; 5G2N A; 3WCW D; 2KX3 A; 5JOM A; 2KWU B; 2Z6N A; 2SEB D; 2R4W A; 1QXD B; 2O5O X; 2IGH A; 2KNB A; 1JPB A; 3G4Q A; 1ALL A; 1LHT A; 3GQG B; 2K39 A; 2RI4 B; 2CHX A; 2KXJ A; 4JE3 B; 1FEH A; 1HEZ E; 1QOA A; 1TJE A; 2UUL D; 3JSV B; 4W9E A; 3IXF A; 3KUC B; 2VYY A; 2V8A B; 2PTL A; 3ED9 A; 1YGD A; 4K7S A; 1BZR A; 2FAL A; 1G09 A; 4HDQ A; 5J17 A; 2DLB A; 4XYC A; 1RM6 C; 1EYX A; 1UWM A; 2WWZ A; 3C0R B; 4IWO A; 4EUT A; 1YVT A; 1ECD A; 1ZDV A; 1YQB A; 4WCH D; 3EC8 A; 1M6C A; 5AQD M; 3GLN A; 5J18 A; 2MGF A; 3KMF A; 2N9E B; 4VHB A; 2DYB A; 1XZ4 A; 3NVW A; 3SDL C; 1BBB B; 2HBF B; 1YN3 A; 3A9M A; 1CBL A; 3A0G A; 3VR8 B; 1SPG A; 3AE9 B; 1MYT A; 2V4I B; 3MC9 A; 3NVZ A; 5IA7 A; 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