The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
378
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structure length |
374
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Chain Sequence |
KLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVYDKMLSSQEVATLITALGCGIGRDEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIALDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKEQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Direct control of type IIA topoisomerase activity by a chromosomally encoded regulatory protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase/isomerase inhibitor
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
DNA gyrase subunit A
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| total genus |
92
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| structure length |
374
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| sequence length |
378
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| chains with identical sequence |
D, F, H
|
| ec nomenclature |
ec
5.99.1.3: Transferred entry: 5.6.2.3. |
| pdb deposition date | 2014-05-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globin-like | ||
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4TMA B; 3NUH B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JL6 A; 2L32 A; 1F63 A; 1YEQ A; 2GTL C; 1HQR D; 4Z8K A; 2JZ3 B; 2GBN A; 4OHJ A; 4OZB A; 1JEB A; 1L0Y B; 1FSX A; 1TY0 A; 1G09 B; 3LYY A; 2AV0 A; 3RCZ A; 5JGG A; 2BYT A; 4IM2 A; 2MLB A; 1YEN A; 4NZI A; 3AT5 A; 1R7S A; 1J7W A; 3QHT A; 4I6P A; 2GLN A; 2QMB B; 5TR5 A; 4EEW A; 1V5H A; 1HAB A; 1X1M A; 1OQR A; 1MOB A; 1EM7 A; 2ZPN A; 3NOB A; 2BYV E; 1UGJ A; 4L1B A; 4HWI B; 1ABW B; 1DWR A; 2UYZ B; 2J0K A; 3DQV A; 3FS4 B; 2BV8 B; 3G4V A; 1F0L A; 3UQA A; 1Y83 B; 1F52 A; 1PGA A; 1TJE A; 1L5P A; 1MZ0 A; 3QCA A; 3DWM A; 1FXI A; 1Y85 B; 3AEE B; 1LHT A; 1O1M B; 2MGF A; 2XKH A; 4AVD A; 3GOE A; 1C3T A; 3KMF C; 2HBE A; 1DOI A; 2PPH A; 4EZL A; 4C44 A; 2D60 B; 2ZLW B; 4MQJ B; 3PI9 B; 1YH9 A; 2R1H A; 2W82 A; 1NEJ B; 3D7O B; 2LH1 A; 1PHN B; 5EUI A; 3KVF B; 2KLG A; 1Y2Z A; 4GSW A; 4H07 A; 1SGK A; 1MYG A; 3BOM A; 2BB6 A; 2HE7 A; 3SFD B; 2DN1 A; 1QXD A; 3BJ2 A; 1PFD A; 1OGW A; 4OVV A; 3GKT A; 2WHI A; 4XGA B; 3UHT A; 1WVP A; 3AG0 A; 1I4P A; 1X9F D; 2J4X A; 4II2 B; 3SZK A; 5HLQ A; 1KH0 A; 4BOZ B; 2WXI A; 5CX3 A; 1C79 A; 1ITH A; 4N7P B; 1MYZ A; 1S56 A; 3ZW3 A; 2DN2 B; 2W72 A; 3UHB A; 1QSH B; 3HEO A; 4BAX A; 3WCT A; 3KLS X; 4KIK A; 2BS2 B; 3DHT B; 1O1I A; 2GKN A; 1CII A; 1CMX B; 2G9H D; 2BLH A; 1SB3 C; 1CLS A; 3M39 A; 5IN7 A; 2C7K B; 2VJR B; 2KN4 A; 4B6W A; 3PT8 B; 2KWV B; 1RFK A; 3QJC A; 3R2I A; 2R4Y A; 3K9Z A; 3VVW B; 3NS1 A; 3HRW B; 1VXE A; 1A0U B; 3ZKJ C; 1P98 A; 1Y22 A; 3W5V B; 3ZXR A; 1SE4 A; 1LH6 A; 1XZV A; 1BZZ A; 5EE4 D; 3LB4 A; 1GJZ A; 1ZKH A; 111M A; 1T5X D; 2HTM E; 1C40 B; 2PVO D; 2R80 A; 1O1O A; 1ACC A; 3APC A; 3GB1 A; 1URV A; 1MVK A; 3U2S C; 3UHN A; 4ZRJ A; 1GG3 A; 4WJG 1; 3SR6 A; 4HHB A; 3EOK A; 1NEN B; 1XZ7 B; 1LUE A; 4HH0 A; 4HBI A; 5B13 A; 6HBI A; 1TBE A; 3ARJ A; 2FUG 1; 1NPF A; 1VZ6 A; 1SXT A; 2KD0 A; 2ZLU A; 1STE A; 3TEW A; 4YT0 B; 1MDT A; 4YTP B; 5JXV A; 2DHZ A; 5CN9 A; 1R4M I; 3KYC D; 4C00 A; 3MJW A; 3NG0 A; 1MLJ A; 1HI8 A; 5EE1 A; 5G55 A; 1HDS B; 4ERV A; 1XEE A; 3P4Q B; 1VR9 A; 4F69 A; 2VYY A; 3DPD A; 3OZV A; 1Y0W B; 1WMH B; 3O65 B; 5FR3 A; 1J7Y B; 3VH3 B; 1Y7Z A; 1HXY D; 1OUU B; 2KFK B; 1E9M A; 1XZ4 A; 4XS0 A; 2GBM A; 3UH3 A; 5BO4 B; 2KTR A; 3DUT B; 5D7G A; 3ZXV A; 4PYU A; 102M A; 1MG8 A; 3KW5 B; 2ZSX A; 3Q8C A; 2EF2 A; 2GDM A; 1XLO A; 4FJY A; 2FCN A; 3B08 A; 3FH9 B; 3L54 A; 4P6V F; 1XCQ L; 4LNN A; 4NJ6 A; 3CY5 B; 1WJ4 A; 3UGZ A; 2VLZ A; 1XCH A; 2G0X A; 1F2R C; 1HAC B; 1CH4 A; 1A70 A; 2KJR A; 5KHO A; 1ON7 B; 4B0M A; 2VRY A; 4BS9 A; 1SDL A; 4A3O A; 5J2R A; 5MBN A; 2XEW A; 3GIO A; 2D2M B; 3P5Q A; 4YU3 A; 1U7S A; 3UHQ A; 1GBU A; 1YZI B; 1JF4 A; 2MWS B; 3HM3 A; 3BYT B; 1O1J B; 1UVJ A; 2IO3 B; 2LJ5 A; 3WAM A; 4W9J A; 4IWQ A; 2DKC A; 4IM0 A; 4KSL C; 2D5G A; 1IBX A; 1A0Z B; 1Y35 B; 4D2K A; 1BT0 A; 1GUA B; 4K7W A; 2Z8A A; 1R1X B; 3HHB B; 2X8X X; 1YDZ A; 2KDB A; 1NI2 A; 3B75 B; 2J0M A; 2WU5 B; 2H35 A; 1V4W B; 3LHB A; 3EDA A; 1E5W A; 3AE5 B; 1QKZ A; 3OZW A; 1GLI B; 4PQ6 A; 3IVF A; 2JLF A; 3S65 B; 4ZHO A; 1COH A; 4GY3 A; 1MHX A; 2W54 A; 4FC3 A; 4MGI E; 3RFZ B; 1Y56 A; 1J40 A; 1S1Q B; 3A1Q B; 2ZT3 A; 1UVM A; 4H2L A; 1EBT A; 3ZJH A; 1QQR A; 5D3D A; 1YVT B; 3WTG A; 1IWH B; 5F0B A; 3KWV A; 4O35 A; 2E2Y A; 4A55 A; 4A8K A; 4U8U A; 1NAZ A; 4NXC A; 2IY0 B; 4WH4 A; 4B0E A; 2VLX A; 1Y0D A; 3UI3 A; 5SW7 A; 1QI8 A; 1BZ1 B; 2W31 A; 4HCN B; 1UVX A; 4XXK A; 1C4A A; 1I4G A; 1QOF A; 4LLG M; 4M02 A; 4ZYS A; 4HJG E; 2ZLV A; 3A5G A; 1MWC A; 4WWP A; 1N62 A; 1C7D B; 2KTF A; 2LZ6 A; 3FIL A; 2FE8 A; 4A8O A; 4PK1 A; 1ISN A; 2HBD A; 1NZ3 A; 4K81 A; 3IXF A; 3OGB A; 4PT5 A; 1Y0T B; 1DLW A; 1V07 A; 3QJD A; 1FNV A; 4KZ0 A; 3OVU C; 1CIO A; 2WTH A; 3GQR A; 1RSE A; 2VHB A; 1MNO A; 3AEA B; 1K50 A; 1IRC A; 1I7Y B; 3R5I A; 3G4W A; 2ICI A; 2K0P A; 4KKJ A; 1S6A A; 1G0A B; 5FVB M; 4MM3 A; 1JZL A; 1MLG A; 1YE0 B; 1RAX A; 3UGB B; 2N4F A; 1MYJ A; 4HRS A; 5C3J B; 1LFT A; 3KUN A; 5KER B; 4OW0 A; 4BZA A; 1M94 A; 2J96 A; 3SFE B; 3OK5 A; 3NVZ A; 1G9V B; 2RD0 A; 1NQP A; 1G0B A; 2D5X A; 2D2M D; 4WQM A; 1UZX B; 1SPG B; 4HRR A; 2C5L C; 1XD3 B; 2Z6N A; 1B1Z A; 2QSP B; 1AYF A; 3VHB A; 1V97 A; 2LJI A; 3LXF A; 1E0Z A; 1FLP A; 3I9V 1; 1TS5 A; 2MQJ A; 1F2R I; 2BQQ A; 2NRL A; 2G1E A; 2BGF A; 3ASE A; 3UHU A; 3GE8 C; 1N6Z A; 2KMM A; 1NS9 B; 4FLH A; 4X0L B; 2ZS1 B; 1LFL B; 1PGX A; 5IA7 A; 1MKO A; 1TKG A; 2KDI A; 3P42 A; 4YU4 A; 2WP9 B; 3DR9 A; 3J9C A; 1YGD A; 3MJP A; 3ZDM C; 3V2V A; 2G4S A; 1FFU A; 1A4F B; 4KMW A; 1OEY A; 2WCQ A; 5AB8 A; 1MBN A; 4LDT B; 4MH0 E; 1YHE B; 2WXQ A; 2HBS A; 4G11 A; 4HRT B; 1OEY J; 4O2G A; 1YOH A; 4RH6 A; 3EA6 A; 3MN0 A; 5DCN A; 1HBI A; 4WAF A; 2O5O X; 2JU6 X; 1E8Y A; 3WCW C; 3HUI A; 3O13 A; 2NX0 A; 1N9X A; 4XWW A; 2KX3 A; 1XG0 C; 3MOU A; 4A8S A; 3LR9 A; 2I1J A; 2L05 A; 5JHB A; 2UUL C; 1DXU B; 1D4B A; 4YJJ A; 4A8M P; 2O2V A; 4L1E B; 1PMB A; 2HBG A; 3ARL A; 3GKV B; 1N9H A; 5HHD G; 1RQ3 B; 1TZO A; 5HY8 B; 3HRD D; 1DLY A; 5JDO F; 3D17 B; 1SI4 B; 4B02 A; 4W9E A; 1QOG A; 1C1Y B; 2MGA A; 4C4V B; 3PRP B; 3Q8F A; 3T8M A; 4MQI B; 1WZ0 A; 3AB5 A; 4DHJ B; 3ZNI D; 3UHE A; 4ESA B; 1CQX A; 3V2Z A; 2LHD A; 2NSS A; 3MJ5 A; 3NJT A; 3V60 A; 4MGZ E; 3D4X B; 1EMY A; 2FRF A; 1TT5 B; 4NK1 A; 5D3I B; 4A9A A; 2GNV A; 4HDO A; 3LB2 A; 3QX1 A; 1JBO B; 3K3U A; 4OOD A; 2HTH A; 4DXA B; 3DBJ A; 4XXI A; 4WWM A; 3WHM A; 4M4A B; 2VML B; 2D2N B; 3MVC A; 5HU6 A; 2DX5 B; 2DZI A; 2JT4 B; 2CJN A; 2WXR A; 4N6S B; 1Y8K A; 1UGM A; 1V49 A; 2HZ2 A; 3AMZ A; 3V6C B; 2M17 A; 2NPT A; 1WE7 A; 2KVZ A; 3GDJ B; 3IHP C; 4MSQ B; 3M38 A; 1DM1 A; 4W9F A; 101M A; 3A9M A; 3QM9 A; 1L2N A; 3SDN A; 1MTI A; 4ITK A; 3GP7 A; 2OLP A; 2HBC A; 1OFJ A; 5BMG A; 3TL5 A; 1CMY B; 2BYF A; 4TKN A; 4AE0 A; 3VR9 B; 3UHS A; 4O1T A; 1P1A A; 1UWM A; 4WWO A; 1MWB A; 3PI8 A; 1GDI A; 1Y4V B; 3NVY A; 4ANX A; 1CG8 B; 3RJN B; 2WDT B; 2LFI A; 2LWP A; 1F99 A; 5HLU A; 5EV5 A; 2NS5 A; 2G10 A; 1X9F A; 3NZU A; 2K6Q A; 2W3R A; 1XZ5 A; 3DBH B; 3NVV A; 4M8N A; 3BJ1 A; 2WS3 B; 5CNG A; 1BUI C; 4IW0 A; 1L0X B; 3E4N A; 2WWZ A; 5HBI A; 1FAW B; 4USA A; 4LDT D; 3CIR B; 3BCQ B; 2ZSY A; 1UVY A; 1UT0 A; 1BJE A; 2HHD B; 108M A; 1TU9 A; 2N1W A; 3ALB A; 4NQL B; 1ET9 A; 2LXC A; 4RMA A; 2AUQ A; 3EGR A; 3KUC B; 4ZHP A; 2UUM X; 3N32 A; 3PGE A; 2ZLX A; 2BVC A; 3DVN V; 2WX0 A; 4GB9 A; 1XYE A; 2BB5 A; 2LH6 A; 3NG6 B; 1DDT A; 1THB A; 3M3J A; 3LDZ E; 2NRM A; 4PYZ A; 3ZJJ A; 1Y0C B; 1DXV B; 4GXB A; 4M4B A; 4JE3 B; 5D5R A; 1Y31 B; 4IDI A; 1URY A; 3VTU A; 5CMV A; 1I4Q A; 4NY0 A; 4N7O A; 1TYG B; 4PS3 A; 2LH2 A; 1AJ9 A; 1KN1 B; 1NS6 A; 1LFY A; 2MGE A; 2O6V B; 1EYX A; 3AN1 A; 1J7A A; 5EE3 A; 2ZWJ A; 1HLM A; 3FAH A; 3Q2A C; 3H6N A; 3IT4 B; 4N7N A; 3ZGZ A; 3DVN U; 3MC0 B; 4HXD A; 4IWP A; 4DHJ D; 2ZS1 C; 2BBC A; 1Y7C A; 2N9X A; 1CP5 A; 2X38 A; 4TUU A; 4G3X B; 1G09 A; 1FSL A; 1HJT A; 2HDE A; 4GXE B; 2MJD A; 2PW9 A; 2IND C; 4A3P A; 1P7F A; 2QMB A; 1MBA A; 3QIJ A; 1FEH A; 1WGK A; 1FXA A; 2N7D A; 2CU3 A; 1YVQ B; 2ZZP B; 4LJO B; 5DPR A; 3RNE C; 1C4C A; 3H57 A; 3PI4 A; 4ROL B; 4WJG A; 3UHI A; 1Q5W B; 1ABW A; 3DDC B; 3UHV A; 4K1R B; 1MBI A; 1NZ5 A; 2D2N D; 1UVL A; 3CF6 E; 3LB1 A; 3FS4 A; 2BV8 A; 2UUN B; 6HBW A; 2EKE C; 1ALL A; 1YCB A; 1O1N A; 1WGY A; 2O5Q X; 3W2D A; 1KLV A; 3EHV A; 3Q8A A; 3NZ3 A; 2J42 A; 3VRG B; 5CHW A; 3HYU A; 1V1O A; 1Y85 A; 4NK2 A; 1O1M A; 5C1Z A; 1WR1 A; 3ZRF A; 1BZ6 A; 2BLJ M; 1L6V A; 1RFA A; 3UIO B; 2D60 A; 2GTL B; 4MQJ A; 4ZRP A; 4MQK B; 3PI9 A; 1RTX A; 1BXT A; 1WRI A; 2KDM A; 3A9K A; 4FWX A; 1MYM A; 1NEJ A; 1XLP A; 1YMB A; 5I4D A; 1A01 B; 1Y8H B; 1R4M B; 3VUX A; 5DPW A; 4MT5 A; 4ZVA A; 4NQK E; 1A3N B; 1BBB B; 4RM8 A; 1V2Y A; 2W55 A; 1LM8 B; 4DC8 A; 2IDY A; 3N30 A; 1ABS A; 2XYK A; 1QZE A; 4ANW A; 2VEE A; 1YNT E; 1YIE A; 2MJ3 A; 3AT6 B; 3WFW A; 1IT2 A; 2W9N A; 5CN4 A; 3ZVV A; 2DN2 A; 2MBO A; 2KC2 A; 1QSH A; 3AE7 B; 3AQ9 A; 3IC2 B; 3DHT A; 1XQQ A; 1J7C A; 105M A; 2NBU A; 1CK1 A; 2MGH A; 1YN4 A; 2GRF A; 5FR6 A; 2KQ4 X; 2R2O A; 1V1P B; 1RYJ A; 3MFG A; 2MGG A; 4JPS A; 2N7J A; 3PT8 A; 2M0X A; 3G52 A; 2K8H A; 2PGH A; 1ZOY B; 1TTN A; 5FVB A; 4EZJ A; 1J3F A; 3DHG C; 1MJD A; 3URY A; 3HRW A; 1U4A A; 1PQS A; 1A0U A; 1W92 A; 3GQP B; 1DXT B; 1V5O A; 1SHR B; 1HI0 P; 3AM9 A; 1SDK B; 4NAW B; 4AWJ A; 3O2C B; 1MNJ A; 4DC7 A; 3VR8 B; 4XX5 A; 1FN3 B; 1DTM A; 2DZK A; 2O6V D; 1BIJ B; 2L7R A; 1ZUD 2; 5CTR C; 1CG5 B; 2QLS B; 1XQ5 B; 1UBI A; 1DO7 A; 3PT7 B; 2MP2 B; 4LTU A; 1MPE A; 4KMV A; 1ZGU B; 4HK2 A; 3CSF A; 1RQ4 B; 3ZNZ B; 3DWG C; 2ZCC A; 4HRO A; 2V9H A; 1JRU A; 1WXM A; 4BFR A; 1MDN A; 1VXH A; 2D3G A; 2IZV B; 2AUR A; 1PUT A; 1C7B B; 1Y46 B; 4F6I A; 3A5B A; 4NZL B; 1YEV B; 5AEK B; 5G5H A; 1VZ8 A; 2UUN D; 4IKG A; 4FUL A; 2L0F A; 4Q70 B; 4S17 A; 4LNO A; 2MHJ A; 5FKA C; 1GBV A; 1HDS A; 2INP E; 1I7H A; 1Y8W A; 1A3O A; 2ZT1 A; 2W3S A; 1Y0W A; 1YOG A; 1T0S C; 1WMH A; 3VAW A; 3MHS D; 1Y4F B; 1J7Y A; 3AEF B; 4WJP A; 2WQY B; 1SE2 A; 1UF0 A; 1Q1F A; 4REZ A; 4DHZ B; 1OUU A; 2UU7 A; 3OG5 A; 2GTL D; 1WXV A; 2KFK A; 3S48 C; 1V86 A; 3A0G B; 2MSE D; 1YIH A; 1UD7 A; 5H8Y E; 2D5Z B; 3DUT A; 3IAS 1; 3RNA C; 1IDR A; 4BKS D; 2ZSN A; 1OJ6 A; 1O1P B; 1YJI A; 3PVL A; 1LFV B; 2LGD A; 3FH9 A; 2ZVN A; 4LCD E; 2K1F A; 3V05 A; 1Y7G B; 3CY5 A; 1ENF A; 2K8B A; 1HEZ E; 1KR7 A; 4PQC A; 3H7P B; 1HAC A; 2KHW B; 2PE9 A; 4KGR A; 3RN9 C; 1ON7 A; 2L1A A; 2BKR B; 2NTT A; 3WAO A; 2GL3 A; 1YG5 A; 1Y4R B; 3PO0 A; 4H0M A; 3UH7 A; 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