2RSVA

Solution structure of human full-length vaccinia related kinase 1 (vrk1)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
GSSGSSGMPRVKAAQAGRQSSAKRHLAEQFAVGEIITDMAKKEWKVGLPIGQGGFGCIYLADMNSSESVGSDAPCVVKVEPSDNGPLFTELKFYQRAAKPEQIQKWIRTRKLKYLGVPKYWGSGLHDKNGKSYRFMIMDRFGSDLQKIYEANAKRFSRKTVLQLSLRILDILEYIHEHEYVHGDIKASNLLLNYKNPDQVYLVDYGLAYRYCPEGVHKEYKEDPKRCHDGTIEFTSIDAHNGVAPSRRGDLEILGYCMIQWLTGHLPWEDNLKDPKYVRDSKIRYRENIASLMDKCFPEKNKPGEIAKYMETVKLLDYTEKPLYENLRDILLQGLKAIGSKDDGKLDLSVVENGGLKAKTITKKRKKEIEESKEPGVEDTEWSNTQTEEAIQTRSRTRKRVQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A strategy for structure determination of large molecular weight protein using isotope labeling methodology with cell-free protein systhesis: application to 45 kDa human vaccinia related kianse 1 (VRK1)
rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase VRK1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 60
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2rsvA00
1RW8A 2G2HA 2YIQA 3GU5A 3ORIA 4O38A 5K0KA 4X3FC 4F7LA 1M7NA 5JN2A 5HNIX 3EFKA 4XV9A 3MVJA 5C26A 2JFLA 5DH3A 3DBEA 5FM2A 4PP9A 1Q3WA 4KSQA 4CV9A 4TYGA 3NZ0A 2WKMA 2XIYA 3MB7A 3DJ7A 3NUSA 3A7IA 4FI1A 4IANA 3RAIA 4QMYA 2WTDA 4QQ5A 3VBWA 4GJ2A 1E1XA 2XCKA 3W55A 2GHMA 2XIKA 5EKOA 4DN5A 5IA1A 2VZ6A 4V0GA 4C3RA 2YA9A 4D4YA 4JG7A 5HU9A 5M4UA 4C4GA 2YFXA 5CAUA 4UWCA 4R7IA 4U80A 2PVJA 4B7TA 2HIWA 2WTIA 3BZ3A 3LIJA 3PY1A 4FKTA 4HYUA 5CI6A 2YAKA 5I3OA 2UZOA 4C57A 1GOLA 4FEQA 5FLFA 3KRRA 2HELA 4EL9A 5A4QA 3OTVA 2ITZA 5K5XA 2HW7A 2OKRA 3TKUA 4CFUA 4MH7A 4JRVA 2KTYA 3SDJA 3NLBA 2WAJA 4CTBA 2BZHB 3BPRA 4W4VA 3FZRA 4KABA 3W2OA 5I9VA 3ZLWA 4UWBA 3E7OA 3D83A 3QCYA 3D5VA 3D5XA 3OCGA 3FMJA 3PVBA 4L67A 1ZARA 3RJCA 3KFAA 5AAEA 4FIFA 2JIIA 4HZRA 2XK8A 1XH9A 3UZPA 5C8KA 3QF9A 3C0HA 3G9NA 3RALA 3RAKA 4LOOA 2OBJA 1JOWB 2ITVA 2WQEA 1IR3A 3IW8A 3NW6A 5HGIA 2QU6A 5EYMA 3B8RA 2QOLA 5KZ0A 2OIDA 4JJRA 4BDAA 4PPBA 4E3CA 3UPZA 3VS6A 2C6LA 2WTJA 1P4OA 4GG7A 4WO5A 2WFYA 4WT6A 4ACGA 4BBEA 5HQ0A 1KE7A 3E88A 5HG5A 3MH0A 2BMCA 3OD6X 5J8IA 4AN2A 3PFQA 2QOFA 5J95A 2JIVA 5E91A 2PMIA 4YUQA 4RJ6A 1OPLA 1WBNA 4Y83A 3W2CA 4FV0A 2XM8A 5KBQA 3TKIA 2B1PA 3R8ZA 2VTRA 3IG7A 2R2PA 2CLXA 3DPKA 3FLYA 4X2NA 4ZY4A 2Z8CA 3F7ZA 4EORA 4APCA 2YCRA 4EH6A 3CD8A 2WO6A 4JX3A 1MQ4A 3O51A 4QMZA 4TWPA 5ANKA 5L6WL 4D5HA 4OR5A 4Y5HA 4M3QA 3OT8A 1PKDA 3LJ2A 2F2CB 4F65A 4GG5A 2OXXA 4LYNA 4NH1A 3QD3A 4D28A 2WHBA 3A60A 4L45A 4C4FA 3FY0A 4D5KA 3LFEA 3TJCA 4PY1A 2CDZA 3D7TA 2UVZA 3O23A 1REJA 2ZM3A 5AR2A 3RM7A 4DHFA 2W5AA 3A7JA 3L9PA 2HW6A 3DKGA 5JEBA 5HLWA 3QLGA 2E2BA 1Z9XA 4FBXA 3HV5A 2C3LA 3WZKA 4ZS0A 4G34A 3KY2A 2C6MA 4H1MA 5HTIA 4BDGA 3UIUA 4FKIA 3AGMA 3E7VA 2J0JA 4YHFA 4ASZA 4CT1A 4E4MA 4Z16A 3N9XA 4BDKA 3FPMA 3EYHA 2XEZA 3ZSIA 3CJFA 3JVRA 4A9SA 2GPHA 2ESMA 3AT3A 3WF6A 4ZY5A 2OSCA 4YLLA 4AQCA 3U51A 4JR3A 3LFBA 1PXNA 4HGSA 4S31A 4Y95A 3FI4A 3QA8A 3C50A 3MB6A 4X2JA 5ACBC 3R9NA 4YC3A 2UZNA 4PTEA 4I5CA 4AOTA 4FIIA 3I0OA 4O22A 2BILB 2NP8A 4M66A 4OW8A 3ZSHA 4AW5A 4UMUA 4RA4A 3QTZA 4J98A 5D10A 4CQGA 4ENYA 1OVEA 2A2AA 1H1RA 2HZNA 3OXZA 1GIHA 4IB3A 5K3YA 1SVEA 4XH6A 4YZCA 5L8KA 5ACKA 3PA3A 3VBVA 3FHRA 4BTJA 4NCTC 1MUOA 4WRSA 3FQHA 1JKTA 3FMHA 4FA2A 3R8UA 4JLCA 1HOWA 1XH5A 4OBPA 4MD7E 4R7HA 5CLPA 4UV0A 4MBIA 1KOBA 3F6XA 2Z60A 4MD8E 3T9TA 3QGWA 2UUEA 3OT3A 4CXAA 2O0UA 4EYMA 3KVWA 4CTCA 4EC9A 2PVKA 2WMXA 2VGOA 4DGMA 4PNKA 3UYSA 3FXWA 5DN3A 3CQWA 3NNWA 3CPBA 2PL0A 3WARA 3AT4A 4UWYA 1K3AA 3F3WA 4RVKA 4EONA 1GZ8A 3G6GA 3EH9A 2BHEA 3GGFA 3OCBA 3OS3A 5E1SA 1G3NA 3RKBA 4N6YA 3HNGA 4IVCA 3PWYA 2I0EA 4I1ZA 3O71A 5HVKA 4JAIA 4RG0A 3PVGA 4FZFB 4LRMA 3SX9A 3Q96A 4EZ7A 2GNGA 3DZOA 2RIOA 4CLJA 5CENA 3GU4A 2R3JA 4WNPA 4TXCA 1V0PA 4RZVA 3PJ8A 3ZUTA 2GCDA 5HI2A 4G3FA 5HVYA 3RPOA 3H3CA 1JLUE 4IAZA 4MD9E 5IH5A 2HWPA 4BBFA 5T6KA 2ITXA 2C5XA 2RSVA 1SVHA 4BDFA 5JQ5A 4FSQA 3V04A 3COHA 2OFVA 4L68A 2B9JA 5DGZA 4AZFA 2JKOA 5CNNA 4YU2A 2HK5A 3PTGA 4O21A 2P33A 5IMEA 4ENXA 3RPYA 4CQEA 2BTRA 4IH8A 4RVLA 3S95A 4UX9A 5DG5A 1FMOE 5DRBA 3QQKA 4TT7A 4K1BA 3NCGA 3R73A 1R1WA 2QOHA 1NVRA 3C1XA 4FV2A 3TXOA 4R5YA 3V8WA 1ZMVA 2BIYA 2C6TA 1JKSA 4NM3A 4YZNA 3QQUA 3HUBA 4MEDA 4WNKA 2PZYA 2XRWA 3F3TA 3VN9A 4D9TA 3GCUA 1Y8GA 2XVDA 1K9AA 5D7VA 1UNLA 4F9YA 1DI8A 3D14A 4EKKA 2VX3A 4NWMA 2J7TA 4PDOA 3ZFXA 2HZ0A 4I41A 4XLIA 3IO7A 1BL7A 4TTHB 3V8TA 3MW1A 1WBTA 2W96B 4ARKA 5ICPA 4FSTA 4QTAA 3AD5A 5CAQA 5HO7A 2C6EA 4ZTSA 3MJ1A 3UOJA 2WMSA 4FNXA 4KIKB 4FNYA 3CGFA 4K8AA 3ZUUA 4FT3A 3QLFA 5ETIA 4EH5A 2YJRA 3QAME 4IDTA 3JYAA 2Y7JA 3UP7A 2RKUA 3OOGA 4FIGA 5BVDA 2YLFA 3LXLA 2BIKB 1E9HA 4EK4A 2YCFA 4GMYA 5HCYA 4EWHA 5LWNA 5D12A 4IZ7A 1M2QA 2IWIA 3KRXA 4RPVA 5A6NA 3CJGA 4YNEA 1AGWA 3EN9A 4Z3VA 1LPUA 4BIDA 4RVTA 2Z2WA 2OJ9A 3DTCA 3GU7A 4H39A 3TTIA 1VZOA 2I0HA 1OUKA 3ORNA 3R9HA 4Y85A 4BCPA 3RWQA 2BFXA 4P4CA 3NDMA 3OZ6A 4C4JA 1Q3DA 4CFXA 3HVCA 2A0CX 2J0MB 3QD0A 4BCJA 1YXTA 3L8XA 3JS2A 3P23A 3Q32A 4W9WA 3VUDA 3V6SA 3ZO3A 3VS5A 2F7EE 4YPSA 2W1CA 2PZRA 4LV5A 1CDKA 3LOKA 3WE8A 3MY1A 4IW0A 4L00A 2UZDA 2CHLA 1PMEA 2VX0A 5CU2A 1LEWA 3PXKA 4M69B 5HBHA 3V6RA 2IW8A 2OIQA 2WOTA 3CCNA 3QGYA 4DEGA 3GC0A 3F61A 5DR2A 4G2FA 4WUAA 3BX5A 3FMNA 5CWZA 3V5WA 4BHZA 3UMWA 3L9LA 4M0YA 3RK7A 4AT3A 4RWKA 4KA3A 3KEXA 4XV3A 1OM1A 3R71A 4FT9A 5IISA 4F99A 5CSPA 3GBZA 2X9EA 3VBTA 1OKYA 2QVSE 3UZTA 3SXFA 4U9AA 2W9FB 1WBPA 3PXFA 5TOZA 3NIZA 2C68A 4D2VA 3QHRA 3ANRA 3O0GA 3Q4UA 5JGAA 2XBJA 3ETAA 4QQCA 2G1TA 2JDRA 5LARA 3IW4A 4QTDA 5LWMA 2O2UA 5H2UA 3FKNA 2QQ7A 3C9WA 2WXVA 3BQRA 2WTVA 3BHYA 1Q5KA 4FKLA 5I0BA 4FG9A 3DZQA 4HW7A 1QCFA 2ITYA 3ZTXA 3D2KA 3RAWA 3RPVA 4BCGA 4X6QC 1Q8TA 3TUDA 4KRCA 3IS5A 3BCEA 4RWIA 4FVQA 3CKXA 5M55A 5HX8A 3LFNA 2HZ4A 4CYJA 4CKJA 2DQ7X 2OZAB 4DEHA 4FV9A 1H24A 4EKLA 2ZJWA 2RG6A 3RK9A 4MWHA 5AUUA 3FI3A 4E4XA 3QZHA 4XP0A 5GJFA 4II5A 2W0JA 4YTCA 5L8LA 4UMTA 3MVHA 3QA0A 4FSWA 2OJGA 5KMIA 3T9IA 1MP8A 3KQ7A 4I6BA 1PY5A 3C0IA 4ITIA 2ETKA 2R3RA 2B52A 4GT4A 3DDPA 3ANQA 3BYMA 1KE8A 2BRMA 2ETMA 4M13A 4MQ1A 4QP6A 1Q8YA 2ERKA 1YDRE 2XKEA 4U44A 3C4WA 5AUYA 3WIGA 3PLSA 3BHUA 3MN3A 3QQHA 3COIA 3VF8A 2PHKA 1APME 4J53A 4MAOA 4IIRA 2GTMA 4QMOA 2G9XA 3K3IA 2X8DA 4TYJA 3R02A 4QYYA 5FEEA 3TNWA 4C34A 4UMQA 2WD1A 3C4EA 3I7CA 4FIJA 3B2TA 1B38A 1Q8ZA 2EXCX 4KWPA 4AACA 5DA3A 3NX8A 4MXYA 2WQNA 4IACA 2JDVA 3OW4A 2VWXA 3CTHA 4C37A 3LFDA 2EWAA 2WU7A 4AGDA 4QPSA 4QMNA 1OPKA 2UW6A 3B8QA 4FTKA 4U42A 4EEVA 2Q0NA 4IMYA 2OZAA 3QQGA 3G90X 2HENA 4KB8A 4XOZA 4HGEA 3EFLA 3P86A 2Y6MA 4IZAA 2YIXA 3IW5A 4C02A 5D9HA 2XNMA 2QR7A 4C2WA 3QUEA 4RIOA 2X4ZA 4OTWA 4F7JA 4QMVA 4DLIA 3HV7A 4RT7A 3ZFYA 3A8WA 3V5QA 4E6DA 4YZDA 5GJGA 3O50A 2YM3A 4BVUA 4D0XA 5AV3A 3WZUA 4QP3A 3LLTA 3UVPA 4PTGA 3P78A 5HG9A 4FK3A 3F66A 3EQFA 4NW5A 5I9WA 2WMAA 4FNWA 1QPJA 5CXZA 4G6OA 3TNIA 4YBJA 4EK5A 2O5KA 4BFMA 1T45A 2HCKA 3FSFA 2R3LA 2XJ2A 3V5PA 5KCVA 1GZOA 1VR2A 2BPMA 4IB1A 3TTJA 1GIJA 4G9CA 1IG1A 3F2NA 3U6IA 4BYIA 3QCQA 3W8LA 3GI3A 2W1DA 2YM7A 4XBUA 4QMLA 4V01A 1CSNA 3ENMA 2YIRA 2GNHA 3IONA 3MV5A 1TQPA 2BRBA 2I0VA 3R8VA 4BCIA 4YMJA 2UW5A 2O3PA 3NGAA 3CQUA 1YWVA 4ZK5A 4HVIA 5CU0A 2CN5A 4HNIA 5HLPA 2W4JA 1GNGA 2R4BA 5E7RA 3VW8A 1M2PA 2C69A 2FSLX 4QMXA 3GP0A 2YDKA 4F7NA 2XIXA 3UP2A 3VHEA 4ANMA 2C6IA 3QKLA 3ET7A 5HNBA 4FG7A 3LM5A 3TV7A 3FQEA 2UW4A 4ID7A 3MY0A 4I93A 3CP9A 1H07A 3R8MA 3VBYA 3HEGA 5IZFA 1DAYA 4AW1A 2QHMA 2YABA 3IK3A 5ANJA 1SZMA 2F57A 3EQBA 5BUEA 5AJQA 4C58A 3Q9WA 4FV8A 4IVBA 3RTPA 4AOJA 4NT4A 2J50A 4ZTRA 3EZVA 1S9JA 3W2PA 1W7HA 2W4OA 5HBJA 4FKQA 4O0TA 2YM4A 4QPMA 3LFSA 1OL6A 3DFCB 3WF8A 2B9FA 4FL2A 3SAYA 1PKGA 4B4LA 4G5JA 5FBOA 3DFAA 4O1PA 1Y6BA 4FZDB 4I5MA 4WG3A 3QD4A 3VJOA 1HCKA 3D0EA 4K18A 3NNVA 2Y4IB 5ITAA 1DM2A 2QC6A 3BIZA 4KD1A 2VTPA 3GEQA 4RWLA 2UZWE 4S2ZA 3UPXA 3VUHA 4Z7HA 3ZO2A 4TKSA 4D4SA 4BCMA 4I6QA 3FLSA 4GV1A 4R3PA 1YI6A 3EQIA 3U9NA 4DFYA 4MWIA 5JQ8A 5CU4A 3HYHA 4BI2A 4CKIA 2WTKB 3BEGA 3SVVA 3SHEA 2WMBA 5EHLA 3ODYX 4IWQA 4MF1A 4TYHB 2GS6A 2VWIA 5CTPA 3F3UA 3F3ZA 2OU7A 3JY0A 4LOQA 4F0IA 1AQ1A 4L42A 5CNOA 4CFFA 3UC3A 3QTXA 4XG9A 4X3FA 3WIKA 3M11A 4L3LA 5FWKK 5CSWA 3O17A 3DGKA 4AA5A 4F1MA 4F63A 5CF5A 1R78A 4XG6A 2FSMX 3DT1A 4MYGA 5EI8A 5HESA 4DYMA 2XMYA 4EOOA 4F9BA 3QRTA 1WVXA 2C30A 5CU3A 2CJMA 2RF9A 4AUAA 2WEIA 2JDTA 3I60A 4Q5HA 4YURA 4FTQA 4WNMA 4RQKA 4D2RA 1O9UA 2XNBA 3A99A 3Q9ZA 3Q9XA 4GK2A 5C9CA 5IH6A 5TE0A 3FMDA 3E63A 1YKRA 4BI1A 3MJ2A 1PHKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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