2RSVA

Solution structure of human full-length vaccinia related kinase 1 (vrk1)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
GSSGSSGMPRVKAAQAGRQSSAKRHLAEQFAVGEIITDMAKKEWKVGLPIGQGGFGCIYLADMNSSESVGSDAPCVVKVEPSDNGPLFTELKFYQRAAKPEQIQKWIRTRKLKYLGVPKYWGSGLHDKNGKSYRFMIMDRFGSDLQKIYEANAKRFSRKTVLQLSLRILDILEYIHEHEYVHGDIKASNLLLNYKNPDQVYLVDYGLAYRYCPEGVHKEYKEDPKRCHDGTIEFTSIDAHNGVAPSRRGDLEILGYCMIQWLTGHLPWEDNLKDPKYVRDSKIRYRENIASLMDKCFPEKNKPGEIAKYMETVKLLDYTEKPLYENLRDILLQGLKAIGSKDDGKLDLSVVENGGLKAKTITKKRKKEIEESKEPGVEDTEWSNTQTEEAIQTRSRTRKRVQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A strategy for structure determination of large molecular weight protein using isotope labeling methodology with cell-free protein systhesis: application to 45 kDa human vaccinia related kianse 1 (VRK1)
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase VRK1
total genus 60
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2rsvA00
1U5RA 4PV0A 3VUGA 2UW5A 2X9EA 2CLQA 3GU6A 3Q32A 4E26A 2ETKA 5HE3A 3RWQA 4RZVA 4E6AA 2VU3A 5AV4A 3A7JA 3D15A 2VV9A 3F82A 3FAAA 3UIMA 1CM8A 3COIA 3UE4A 2FSMX 4CFVA 2VTPA 3SDJA 4KIPA 4NIFA 4GFGA 3WI6A 3ZONA 2Z7SA 2Z60A 2UW6A 1M14A 3P7AA 3DB6A 1PXJA 2P2HA 3BYVA 4M15A 4BDEA 2EUFB 2CMWA 3OG7A 3PY1A 3PP1A 3QCYA 4IVBA 4RWJA 4S30A 4MH7A 3UYTA 1H1QA 3QC9A 3IGGA 4FKQA 2QVSE 2XK3A 2G2HA 5CLPA 1KV2A 1YOLA 4L67A 5AEPA 4FSWA 5BVDA 4FYNA 5HIBA 4FUXA 3D2KA 2JBOA 1H25A 3LM5A 4P90A 4R8QA 4YLJA 1ZYCA 1RE8A 3QRUA 5IMEA 2WTCA 1XH4A 2V7OA 5AUTA 4KS7A 3GT8A 1LR4A 4EK6A 5FEEA 1UV5A 4AGCA 4ARKA 4MTAA 1B38A 4FT0A 4MXXA 4W8DA 3QQGA 3KKVA 5D7VA 4FV7A 5I0BA 4P2KA 1VR2A 2ZV2A 4FKWA 3RZFA 3KL8A 1PMUA 5K3YA 4C4IA 3KMWA 5JK3A 3BELA 3ORZA 4FT9A 4PMTA 2C3KA 1Y6BA 3QX2A 1OKWA 2IVUA 1GNGA 4TKSA 2CSNA 4EQMA 2O2UA 4UXQA 4QTCA 5E8SA 4F0GA 2GNGA 2QD9A 3B2TA 3FBVA 4JL9A 5AV0A 2R0IA 3W1FA 2OJIA 4RJ3A 4X2KA 2FB8A 2ITYA 2QKWB 3OHTA 4FTUA 2J7TA 5DPVA 3O96A 4XHKB 2CCHA 5J5TA 5G6VA 1YHSA 2EXEA 5JGAA 3TCPA 5M51A 3R00A 4Q2AA 1QPCA 4CSVA 3A99A 3SXRA 3QRKA 4BYJA 5HU3A 4RLLA 5EYCA 1YVJA 3QYWA 3TKUA 3R6XA 3SOAA 2EXMA 2E9UA 1MUOA 5EDPA 1WBSA 4AZEA 4GK4A 5AR3A 3QF9A 3ZZWA 5CYIA 4ITHA 3EFJA 2XM8A 3PJCA 3OCSA 3F61A 4Y5HA 2XRUA 3NNVA 2WTKC 5DOSA 1PHKA 3IW6A 2PVKA 2HWOA 2WXVA 3CPBA 5EM6A 4L01A 3OEZA 1H00A 3O50A 3ZYAA 4AX8A 3NAYA 2UW0A 2DWBA 5HVJA 5HI2A 4XOYA 2A1AB 3HL7A 3HV4A 1Y57A 4TY1A 4L46A 5CU3A 4CV8A 2QOKA 5IUHA 1CKJA 2OJJA 4MF0A 4NW6A 5KMKA 3NNXA 4D2SA 5LWMA 4RVMA 4E5BA 2C4GA 3ENMA 4PNIA 3T3VA 3CD8A 2XP2A 3R02A 5TO8A 1OPKA 2XYNA 3VBQA 4FTAA 2ITXA 5I9WA 2VNWA 4A4LA 2VTAA 3IO7A 5BX0A 4CV9A 4EHVA 2QR8A 3DFAA 3MI9A 4ZK5A 3W2OA 3HNGA 1WBNA 4ZTRA 3L8VA 3PPZA 4EORA 2X39A 3QQFA 3QRJA 1Q61A 1W0XC 3UP2A 4C02A 3UODA 4UBAA 5JFSA 2I0VA 1ZLTA 3S1HA 2RL5A 3GC8A 5A4QA 4MNEA 3R73A 4BIBA 2J0MB 2XF0A 2ZDTA 5B2MA 3U4UA 3R9OA 5H9BA 3D0EA 1LEZA 3SVVA 4WHZA 2VAGA 3AD4A 4C38A 2BRMA 2JKMA 4KD1A 4BZOA 3MH1A 2UZOA 1M7NA 4ZY6A 4FX3A 3VWAA 3BU5A 3O71A 3G0FA 5L6PA 4GU9A 5DRDA 2CGXA 2OIDA 1VJYA 4BDDA 4BIEA 4K1BA 1PYXA 4HCTA 4K18A 4BKJA 4F4PA 2ONLA 5EOBA 3BE9A 3O51A 4G3GA 4TYIA 5EHLA 3TJCA 4UN0C 4D4VA 5LXMA 5HG7A 5IUIA 4RWIA 3ETAA 4Q5EA 4O0TA 4KRCA 1ZY4A 2YM5A 3EMGA 4FK3A 4GUBA 2QOHA 4FNWA 4EQUA 2J0JA 4O0SA 4AQCA 5HNIX 1G3NA 3V5JA 2PVNA 4M0ZA 1Q99A 5KMNA 2BHHA 4RJ7A 5GJGA 4JBOA 3UIXA 4F70A 4I0RA 2C5XA 3FZTA 3MIYA 4UEUA 3FXZA 4XOZA 1Y91A 3EL8A 3R2YA 5GZ9A 2GS2A 3IDBA 3V8TA 4AOJA 5FBOA 4YTHA 5HD4A 3NDMA 1GZ8A 3QTRA 2BDJA 2JDVA 3PY0A 4QP9A 3OCTA 5IZFA 3ANRA 3P08A 4Z55A 5F20A 3GP0A 2OXDA 5AP7A 5LVPA 3FQSA 2OF2A 5J7HA 5BMSA 3UYSA 5LMKC 3BGZA 1Q4LA 5DT0A 4IM3A 3D9VA 3DB8A 4FTOA 4U42A 2PE1A 4UZDA 3QKMA 4QRCA 4M0YA 4EH2A 2NRUA 4O1OA 4FYOA 4LYNA 1SNXA 3C50A 2GHLA 5HU9A 1SZMA 4ACMA 5DR2A 4FV3A 2QR7A 4EYMA 2RG6A 3KF7A 3U51A 4YSJA 5H2UA 4RIOA 4F9CA 5C26A 3OY1A 4FKUA 2WMSA 3CQWA 3KCFA 3QTXA 1TQPA 4MD9E 5AUYA 2AYPA 3VS3A 2ETRA 4CTBA 3MW1A 2CGVA 3DOGA 4YJPA 1CMKE 4CCBA 5B0XA 3S95A 3POOA 1LPUA 1TQMA 3WE8A 4NZWB 4JAJA 4L44A 4I23A 5AP2A 3ZEPA 4C2WA 3M11A 3MVLA 4D5KA 1U54A 1YW2A 1H08A 3R7OA 2PMIA 3O2MA 2C69A 2WEIA 4RJ5A 3RBWA 3NYOA 5FXSA 1XH5A 2Y4IC 3LLTA 5TF9A 4G3CA 2V22A 1XJDA 3CJFA 3AXWA 4DINA 3E3BX 3ZLYA 3M42A 4EYJA 2JFMA 5JGBA 4LQMA 2IW8A 3DBQA 4UYNA 3MY1A 4ZY4A 3PG1A 2YAAA 3BEAA 4FTJA 2FUMA 4FC0A 2W4JA 2JKOA 4IC7A 3NWWA 1SVHA 3F3ZA 5IDPA 2Y4IB 3SRVA 2XIZA 3BYOA 4KS8A 4CFXA 4GMYA 3EFKA 5DEWA 3ZXTA 4BDKA 3KA0A 4FMQA 2DQ7X 1KE8A 3GQLA 4EL9A 4R6VA 4DEHA 1JSVA 3QZIA 2VD5A 3RP9A 3W8QA 4ZZOA 5A4TA 5KKRB 2Z7LA 4XH6A 1E1VA 2R3IA 3F5XA 2VTJA 3DV3A 1ZARA 1P4OA 3I7CA 2PZYA 4RX8A 4C61A 3MDYA 4KIKA 2PZPA 4WRSA 4CRLA 1L3RE 2PSQA 3A4PA 3Q4TA 2VTHA 3GQIA 3KRRA 4USEA 5KO1A 4JBVA 2XZSA 4C57A 4JX7A 5HKMA 2C3LA 4YHJA 5AIKA 2G9XA 5DNRA 3UIUA 4D2WA 2GDOA 3TUDA 1WBTA 5AM6A 5FG8A 5H8EA 2G01A 5CT0A 2YABA 2HWPA 3PJ1A 1DS5A 3NYNA 2GCDA 4ACCA 3CLYA 4KSPA 4GCJA 5EHOA 3ZXZA 5CQWA 4F1OA 2QC6A 4YP8A 3ZRMA 5G1XA 3AGMA 2YIWA 5AWMA 4C33A 4IBMA 2C3JA 4FKPA 4NJ3A 4O22A 4Y73A 3UIBA 3CCNA 5FTQA 3D4QA 4IXPA 1OUKA 1R1WA 4IX5A 2C5NA 4FZFB 5E91A 3BYUA 2FGIA 2QOQA 3NYVA 4P4CA 1JKKA 2A2AA 3O8PA 4D2PA 4F08A 5EFQA 4Y95A 1PXIA 5IDNA 3UQFA 4FIGA 4ZSLA 4AN2A 3LFCA 3AC1A 4RG0A 2WMXA 4FOCA 2Y9QA 3I6WA 4PP9A 3DFCB 3ORNA 3OS3A 3IQ7A 3I60A 3F69A 2BDFA 3AMAA 3DKFA 2C6EA 4U97A 3LCOA 3FPQA 2WMQA 5C27A 3DLZA 4G3FA 3R04A 1YXUA 4U6RA 5K4JA 2GU8A 3BU6A 3RPRA 4EK8A 5CSWA 3DNDA 4FL3A 4IANA 3JS2A 3BCEA 5K0KA 4O0UA 2J0LA 2YIRA 5CTPA 1F3MC 5HTIA 1O6KA 5E1SA 3DBCA 4OT5A 3B8RA 3ZC6A 4F6SA 3AMBA 2HXLA 1EH4A 5C8MA 4CZYB 1H1SA 4JI9A 4D1ZA 4YBJA 3OCBA 2VNYA 2B53A 3R7YA 3G0EA 3RTPA 1FVTA 3FDNA 5BYYA 3D83A 4OR5A 5AUXA 4GSBA 5CEMA 4TYJA 4G3EA 5HO7A 3W2PA 2CDZA 1SNUA 3PJ3A 2C5YA 3V5WA 3L9PA 5HBEA 1KSWA 4ZXTA 3EFWA 3VUIA 4FSTA 1WVXA 2YCQA 5AMNA 5FGKA 2HOGA 3POZA 3UC4A 3FV8A 3NAXA 1J91A 2WOUA 3PVWA 2C1AA 3TZ7A 2ITPA 2OK1A 2Y8OA 4AFJA 2VWWA 3TT0A 3E92A 3OWJA 4S2ZA 2Z8CA 3GC7A 4FIFA 4DBNA 2BCJA 4ALVA 1OIYA 2X7GA 1PXNA 3ZU7A 4BFMA 4F9AA 4EUUA 3QD4A 2YZAA 2YWPA 1OL7A 4WBBB 3TNQB 5FEDA 4AGUA 3WF6A 1FMKA 4J98A 3FKNA 4YJQA 1WVWA 4D28A 4RIWB 2XKFA 4IIRA 4G31A 4QMSA 4OBQA 3W10A 4FL2A 4OGRA 3OUNB 3PXRA 1XH8A 3VBTA 1PJKA 2X2LA 3H0ZA 4EOIA 3OFMA 3RK9A 2GFSA 1Q41A 5AA8A 2DYLA 2HAKA 3DJ7A 4JG6A 4EOOA 5TE0A 4ZZNA 2JAMA 3VS5A 2UW7A 4MXCA 4UWCA 3E63A 4XUFA 4EH9A 2WTIA 3FZOA 4WKQA 3HMMA 2H34A 5F94A 4YJUA 2OG8A 5C8NA 4OT6A 4UWYA 4RX5A 3PRIA 4QQJA 3RM6A 4DG2E 2FVDA 2BRNA 2EVAA 1OPLA 4KKGA 5TT7A 2WMVA 4ZIMA 4WD5A 2JIVA 4HGSA 4CT2A 1O9UA 4FTLA 3SXSA 5I9UA 4F9BA 4DH3A 3NZ0A 5EM7A 2WAJA 4X2GA 4JR7A 4OLIA 4EKKA 4FKLA 5E7RA 3KULB 4CEGA 2XEZA 3P0MA 2DUVA 2ITQA 3NNWA 3PP0A 4PPCA 1YHWA 4LI5A 5ETCA 3FC2A 3SA0A 4D1XA 3BHVA 2OZOA 3LM0A 2XB7A 3BV2A 5ETAA 2W1IA 5D41A 4EHEA 4F0IA 2IZRA 1Q97A 3QQLA 5EYKA 2R3PA 5HG8A 1UVRA 2E9VA 4A4XA 1KE6A 3OBJA 2CN8A 4NUSA 2YDIA 1Q8ZA 4KKEA 3PJ2A 2ZYBA 4CKRA 5ANOA 1OIQA 1Q62A 1H4LA 3N51A 5E8XA 5H8GA 3FQHA 3BV3A 3EQCA 4V0GA 5A46A 4BGQA 4CFUA 4WSYA 5KMMA 1CDKA 1U4DA 4N70A 2B9HA 1Q3WA 4RVTA 1O6YA 3KFAA 3FSKA 1HOWA 1PY5A 2X4FA 3PA4A 4F6WA 3DU8A 3QAME 3VBYA 1Y6AA 1QL6A 4HPUE 5HBHA 4BBFA 3DQXA 2G1TA 3MS9A 1WBOA 3FLZA 3QXPA 3BYSA 5JH6A 5FQDC 2W1CA 4I3ZA 3V6RA 1M52A 5A6NA 2GTMA 3FMKA 1MRVA 4JDJA 3UJGA 2JEDA 3MA3A 4W4WA 3DXNA 2RSVA 2OZAA 5HG5A 3DBDA 4DEIA 4HYUA 4WT6A 5L3AA 2QOOA 3MVMA 3PXQA 2OXYA 3ZEWA 5BQ0A 2PVLA 4CKJA 4IB3A 4F1MA 4NK9A 2RIOA 3RAHA 4YTIA 2OH4A 5E8ZA 2F9GA 3QQUA 5IISA 2BALA 1UU9A 3BLHA 3PPJA 4Y8DA 2W1GA 3ZBFA 3G51A 3MVHA 4YUQA 3ENHA 4J71A 3UTOA 3ZO2A 3I1AA 1F5QA 5B2LA 3PIYA 2R3MA 4H3PA 2QCSA 3DA6A 3QQKA 4L3LA 4IVCA 4IWOA 4TYEA 3FY2A 2IZUA 4GT3A 3WF9A 1IRKA 3B8QA 1P2AA 4JJRA 4FI1A 3EQPA 3WOWA 3S00A 4DFXE 2YM4A 4FK6A 5IH6A 1H27A 2QQ7A 3REPA 4IM2A 3PLSA 2GSFA 4R3PA 3ZSGA 2RG5A 5A4CA 3KRWA 5CEPA 1Y8YA 5DEYA 2J5FA 2C6KA 2BFXA 3IW5A 5BVKA 3ZCLA 4ANQA 2W4OA 4J99A 2GTNA 5KZIA 5M56A 1PKGA 4M69B 5A54A 2OW3A 3GCPA 4RC2A 3NIEA 3UVPA 1QPDA 4PWNA 4MKCA 5ICPA 4IM0A 4W4YA 4F09A 4I20A 2VWZA 3CKXA 5J8IA 2WQMA 3FI4A 4BCKA 5LMBA 3QKKA 4PMPA 2VWBA 4X3FC 4OBOA 4E1ZA 3E8NA 3DDPA 4HVHA 5HIEA 4AZSA 4KBCA 2C0OA 3FE3A 3GBZA 4PMMA 4O6EA 5K5XA 1XQZA 4EOJA 4AAAA 5K0XA 4L6QA 5AP5A 3O8TA 3MVJA 5DRBA 2BHEA 2QOLA 4QMPA 4QOXA 3FLWA 4RX9A 2E2BA 3ZO4A 3BHYA 2BILB 4YLLA 4X3FB 1W7HA 2YIQA 3QA8A 4PRJA 4BTJA 4QTAA 4MF1A 4I4FA 4M97A 1MQ4A 5EOLA 3RZBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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