2RSVA

Solution structure of human full-length vaccinia related kinase 1 (vrk1)
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
GSSGSSGMPRVKAAQAGRQSSAKRHLAEQFAVGEIITDMAKKEWKVGLPIGQGGFGCIYLADMNSSESVGSDAPCVVKVEPSDNGPLFTELKFYQRAAKPEQIQKWIRTRKLKYLGVPKYWGSGLHDKNGKSYRFMIMDRFGSDLQKIYEANAKRFSRKTVLQLSLRILDILEYIHEHEYVHGDIKASNLLLNYKNPDQVYLVDYGLAYRYCPEGVHKEYKEDPKRCHDGTIEFTSIDAHNGVAPSRRGDLEILGYCMIQWLTGHLPWEDNLKDPKYVRDSKIRYRENIASLMDKCFPEKNKPGEIAKYMETVKLLDYTEKPLYENLRDILLQGLKAIGSKDDGKLDLSVVENGGLKAKTITKKRKKEIEESKEPGVEDTEWSNTQTEEAIQTRSRTRKRVQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A strategy for structure determination of large molecular weight protein using isotope labeling methodology with cell-free protein systhesis: application to 45 kDa human vaccinia related kianse 1 (VRK1)
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase VRK1
total genus 60
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2rsvA00
3L8PA 3RAIA 2WMQA 3T3VA 4UMTA 1DAYA 3F7WA 3VS3A 4ASZA 4JT3A 4HW7A 4BIEA 4E5WA 2R9SA 3UVRA 3DGKA 3ZONA 2WTWA 2HW7A 4X2FA 3MWUA 4M69A 1PW2A 2XJ2A 4YC3A 4EOPA 2QURA 2P4IA 4TYHB 1PHKA 4NTSA 4EUTA 5GJFA 3D14A 1XH9A 4F1TA 4JAJA 4IX3A 1OPLA 2OJIA 2OW3A 2VTJA 5HI2A 3R9HA 4A7CA 4XG3A 4M0YA 3R1NA 2BMCA 4I23A 4RA5A 2Z7QA 3MY5A 3ZO3A 1YWRA 3MGYA 1PF8A 3HA6A 4RVTA 2NRUA 3GI3A 2XNGA 4Y83A 3HMOA 2WEIA 5HIDA 5E8ZA 4JX7A 3DBCA 2B4SB 3GOPA 4K8AA 3VUHA 4CZUA 3LJ0A 5HBEA 3D0EA 3SDJA 4FSUA 3IQ7A 4WHZA 3SRVA 3A4OX 2J0KA 3PPJA 2W7XA 3OUKA 5B0XA 4A4OA 2W17A 3DPKA 4FKRA 4Z9LA 2RF9A 1WBPA 1U54B 3UNJA 3KFAA 4Y5QA 3VQUA 3TZ9A 3FL4A 4OW8A 3V5JA 3LQ8A 2QHMA 2W4JA 4G3CA 4BGHA 4F64A 1OB3A 1YI6A 2B9FA 3I1AA 4P2KA 1WBVA 4QMSA 5DFPA 2YIRA 3CGOA 1R0PA 3C4ZA 3ORKA 4GIHA 4NCTC 3KVXA 3FZTA 2QLQA 3FHRA 3EQDA 3LIJA 3OWJA 5F20A 3W10A 3RALA 5E1EA 2XS0A 3MN3A 5DI1A 4NFMA 3V8TA 4AS0A 4D4SA 4EOKA 3DZQA 4HPTE 1KV2A 4AGUA 2C6TA 5JMSA 2OXDA 4H3PA 4B6LA 4IVCA 2R3KA 3EFJA 4D1SA 3DBEA 5KMKA 4GU9A 5JGDA 4FKVA 5CSHA 4O0RA 3Q96A 4O0SA 3TKUA 3N9XA 2XYUA 3ACJA 4IB5A 4L44A 4DAWA 4ERWA 2X9EA 4XP2A 4K33A 3OBJA 4BDIA 1CM8A 3PYYA 3HEGA 3FSKA 3RNIA 4FKTA 3W8QA 2YCFA 2WMTA 2X81A 3GB2A 2BROA 2UZEA 4C02A 3QTWA 4GVJA 3PIZA 3HLLA 4IWDA 3LFQA 5AM7A 2UVXA 3GQIA 4FV0A 5CVFA 2YA9A 2GNJA 1XR1A 2G2FA 1LP4A 1FQ1B 3PE2A 2YDIA 1RJBA 3MJ1A 4D1XA 1W82A 4YURA 4LV5A 4WSQA 2P3GX 3LCDA 3R2BA 3LM5A 1GIHA 2Q0BA 4YGAA 3ODYX 5EOBA 1OIRA 2QC6A 3NUXA 4N6ZA 3LFDA 1YHSA 3M2WA 4J99A 3PIXA 3SOCA 4BFMA 3KULB 2BRBA 3R1QA 4XMOA 1UWJA 3NNWA 4HYHA 3TZ8A 4Z7GA 4G3DA 4LGDA 4DFNA 4MAOA 3WARA 3ZDIA 3BPRA 1OIYA 5CSVA 4CFMA 3HZTA 1WZYA 1JKTA 3E64A 2J6MA 3PA4A 4YC8A 5EM7A 3RPYA 4XUFA 5CX9A 4FNYA 5JT2A 3BV2A 2F2UA 4W4YA 3FC2A 3E8DA 4ANBA 4OTHA 5FQDC 3QQLA 3NYNA 2UZVA 3WF8A 5IMEA 2OIBA 3LCOA 4NM3A 4LRMA 1OITA 4XV3A 5JRSA 3FXZA 4DFXE 3IONA 3A99A 5BX0A 4FKQA 2WQEA 3GU5A 3HV3A 2XKDA 4C2WA 3I5NA 4O38A 3HMNA 5IA3A 5CAOA 5L2QA 4YSMA 1YOLA 4CTBA 3QTUA 3QX2A 3MBLA 3Q4UA 4U9AA 4M66A 5EK7A 5HX6A 1FVTA 3NCZA 3MV5A 5ACBC 5FEEA 3ZFMA 5HX8A 2IW9A 3FZOA 2F9GA 3MVHA 2ZV2A 3NRMA 4PX6A 4XG4A 5J95A 4C34A 2CHLA 3FE3A 5L2TA 2OK1A 2XP2A 4BBMA 3FZPA 4YBKA 3ORLA 1GZKA 4NIFA 2IO6A 5AP0A 2Z8CA 3OXZA 5EDPA 5BVOA 5ANJA 5CY3A 2KTYA 1ZY4A 2UZOA 4AT4A 4TPTA 2X7FA 4FV9A 5J9YA 2NP8A 4QMLA 3PXFA 2XMYA 3I4BA 4FZFB 4EOLA 2XYNA 4CMTA 4ZJVA 4FZ7A 3MH0A 4FG7A 4XS2A 4IHPA 1WAKA 3QL8A 4XX9A 4PDPA 5HBHA 4UZDA 3D83A 5AV3A 5D1JA 4B8MA 3COMA 5AP4A 4TWOA 2BZHB 2X6DA 3CLYA 3PSCA 4BTFA 4DGLC 2YCQA 1A06A 1U5RA 3QTRA 3BYSA 3PIYA 4FT7A 3S0OA 1LUFA 1JSVA 4LYNA 3QC4A 3VS1A 4DTKA 4CV8A 3EZRA 2WB8A 1XH8A 1J1BA 3G0FA 4XG9A 4QRCA 2OXYA 3V5WA 2HELA 2C4GA 1UA2A 2GNFA 4UY9A 5DR6A 4A4XA 3TJDA 4LGHA 1GJOA 1VZOA 2C5XA 2BAQA 3R00A 3NGAA 2F49A 4AZWA 5IH6A 4D58A 5HG8A 3LXKA 1CKIA 4MBIA 5E91A 2HXLA 1ZY5A 2YLEA 3EQFA 2PE2A 5CU0A 4K2RA 3FKLA 4C4EA 3ZEPA 2UW4A 4FV6A 3REPA 3EFKA 3GC9A 4P5QA 5CYIA 4IXPA 4TT7A 4DGGA 2BHEA 5HVYA 3KF4A 2XNEA 3ZEWA 4WO5A 2QG5A 5FEDA 1YDTE 1CKPA 1JBPE 5HO6A 3VAPA 4D2TA 4L67A 3HDMA 5C26A 4RBLA 2ZMCA 4BCHA 3LZBA 3BV3A 1RE8A 4ZLZA 4RIXA 2BR1A 4GV1A 4X7QA 3U9CA 5GZAA 5JKGA 2W96B 2C68A 2VX1A 5JH6A 2CCIA 5CNNA 3D7TB 1Q24A 5GJGA 3A7FA 3QBNA 3LFSA 4DG0E 4D4VA 3VIDA 1KWPA 4AZVA 5LMBA 5L3AA 3H0YA 2G9XA 3FPQA 4LOPA 5AR4A 1V0PA 3C4FA 3C50A 4WBOA 5AUVA 3UJGA 3UG2A 3V8SA 2HOGA 2JC6A 3HX4A 4FKUA 5EOLA 4TWPA 1ZYDA 4O1PA 5E1SA 3R83A 2YEXA 4MXZA 4BB4A 2IW8A 2GMXA 1W8CA 3DLZA 2X8EA 5HIBA 3ROYA 3P4KA 3QZGA 3E62A 4IWPA 3QRKA 1GZNA 5EW3A 4M3QA 3F3WA 4UXQA 5CZIA 3QTXA 2JIIA 2F4JA 4LMNA 2JFMA 4EH4A 5HG5A 3L1SA 2PTKA 5EHYA 1T45A 4QP7A 2VO0A 4N70A 4YLLA 2QOCA 3G9NA 4GMYA 2VO3A 4EL9A 2O3PA 2QHNA 2C47A 3DZOA 3Q52A 2PZPA 3BGPA 4YO6A 1URWA 2XEZA 5HVKA 3R8VA 1H27A 2VTTA 4BDJA 2HY81 5M4UA 3ZO2A 2H34A 3LCSA 3KMWA 4QMZA 4ANLA 3IDCA 4O27B 3WF9A 5T3QA 4KIKB 2HW6A 1Y8GA 3OCGA 2WU7A 2XA4A 4JOAA 5IUIA 5AA8A 4GG5A 3RM6A 4L01A 1XKKA 4IEBA 5HORA 3C7QA 2JKMA 3UDBA 1T46A 4CQGA 4S34A 2KULA 3TIYA 2I1MA 1H1RA 5AJQA 3FZ1A 1TQMA 1FMOE 3CEKA 4GT4A 4TYHA 4F1MA 3HKOA 5JFXA 2WQBA 5KZIA 1H28A 4FSNA 4DLIA 3MIAA 2DWBA 2BRHA 3QQUA 5AUUA 2VD5A 4FVRA 4S30A 1OI9A 4S32A 4M67A 1XHAA 4R7HA 3HV6A 3LFBA 3KK8A 3V51A 4BDEA 3BU3A 4G31A 4M7IA 5KCVA 2R3HA 3BBTB 5C01A 3EN9A 3PY1A 4ZSEA 4GFMA 4XRLA 1OL1A 5TR6A 3RINA 3MI9A 4OTIA 4I0TA 1APME 5HLWA 2ETRA 5KUPA 3G5DA 2G2HA 2ITXA 4DC2A 4EWHA 3G6HA 4NWMA 4BDKA 5A4LA 4XOYA 2ITYA 4UYAA 4BZDA 4Y72A 4ACGA 4DFYA 5BUJA 2EWAA 4FSRA 3UOJA 4GYGA 3NLBA 3TL8A 4RZWA 1IG1A 2BPMA 4LL5A 3OZ6A 4P90A 1U54A 4ITJA 1VR2A 4RRVA 3EZVA 3OW3A 3FQHA 4X3FC 4YJOA 1OUKA 3OFMA 4NUSA 4F09A 2FYSA 4BTMA 1V0BA 1XH7A 3PG3A 1UU8A 3JVSA 3KC3A 4O96A 4D2RA 2QOBA 3CKXA 3DKOA 4WRGA 2YM8A 5EHOA 3AC2A 1OPJA 4M13A 3W2OA 4UALA 5EYDA 5HNBA 3R8LA 4CMOA 4CCBA 4QP4A 4V01A 3AMYA 4FF8A 3ZXZA 5EH0A 5AV1A 2W1ZA 4QOXA 5DMZA 5IDNA 5LCJA 5T68A 2YM4A 2BZKB 4YMJA 4USFA 2VUWA 4IVDA 2QVSE 2YCRA 1OZ1A 4EC8A 3IG7A 3SKCA 2R64A 3ZO1A 3NYXA 4E4NA 4W8EA 3AC1A 3MPMA 4ARKA 5AADA 4FSQA 3ZM4A 1UU9A 2XK9A 4U40A 3U8WA 3EKKA 5I9UA 1M17A 1O6YA 1U46A 2UW5A 2XNPA 3DAKA 3C4EA 3HUCA 5CSWA 4O6LA 5BVKA 3SW4A 1M7QA 2IZRA 4PDSA 4RX9A 4O21A 5L6WL 4C3FA 5F94A 1CSNA 4FSTA 4M8TA 4V05A 3LFEA 4RVMA 5HVJA 1NA7A 2GHLA 3ZDUA 4J8MA 1H26A 2XK3A 4KRDA 4YJVA 5G6VA 3Q3BA 3VUIA 1ZOHA 4R5SA 3ZH8A 4ANNA 5LOHA 3EN7A 3LW0A 4G3FA 3PTGA 4QMNA 4I92A 5J1WA 4O2ZA 4I22A 4X21A 3RAKA 5DE2A 3SHEA 3VUTA 4HVSA 3MH2A 4BDBA 3D15A 4IBMA 4Q5EA 2GQGA 3ZS5A 3ZZWA 1E1XA 4BL1A 4XHKB 2RFSA 2B9JA 2UUEA 4DH8A 3WZUA 4AT5A 2FSLX 2OH0E 3P79A 4A07A 4J7BA 3EQGA 3KRXA 5A4EA 3V5LA 2QOLA 4FNZA 2A1AB 2FSOX 1Y6BA 2WMUA 4M84A 3O50A 4S31A 2XIYA 4HGLA 4ZZNA 1BUHA 4BCJA 3CQWA 3F61A 3TWJA 2ZDUA 3IGOA 3CR0A 2Y8OA 3EH9A 3FMLA 4G3EA 4RX7A 3Q4TA 4G5PA 3EFLA 3BHHA 1W7HA 1YVJA 3AC8A 3VS2A 2UVZA 5ITAA 4YTFA 1JPAA 4X2NA 4EH2A 2GCDA 4ITIA 5BMSA 3GQLA 1O6KA 4FV8A 3HRBA 5C27A 3D4QA 2QQ7A 4AZEA 4Z7HA 4ONAA 5CI7A 4DEGA 5AR8A 4AG8A 4ZTQA 3QA0A 3FMEA 3JS2A 2CCHA 4F7LA 5TF9A 3UZPA 3R02A 4XP0A 4PRJA 4MQ2A 3UPZA 4I0RA 2O2UA 3OTUA 4XOZA 2ESMA 3QTQA 3E7VA 4IX4A 3W2RA 3ZXTA 5FG8A 4QTEA 4AWIA 4U45A 4ANOA 4CFFA 2ZM4A 2PVMA 4PTCA 5M4IA 2OFUA 4FYNA 3Q32A 4JQ7A 3ZOSA 2W5BA 4RWIA 3A7HA 4MF1A 5DVRA 3H0ZA 3SD0A 5ICPA 3FPMA 4L45A 3JYAA 3G0EA 5DN3A 2W9FB 2J90A 3CTHA 4OT5A 4E6QA 1I44A 3RAHA 4J97A 3G2FA 3KA0A 4QMUA 3DBDA 4NW6A 4XG6A 2JITA 3GFWA 4UZHA 2X0GA 3RKBA 4IX6A 2FH9A 3PPZA 2CN8A 3HGKA 4ZZMA 5A46A 4BCPA 4LG4A 5CVGA 4YP8A 2VWUA 3C5UA 3AC3A 4PP7A 5KMIA 2YN8A 4DG3E 3HDNA 4H3QA 3F5GA 3ORPA 4CD0A 4NIFB 3PVWA 4QT1A 4RJ3A 2W1DA 3QRTA 4CYJA 5IEVA 4F65A 3UYTA 2O65A 3A60A 3ZRMA 2C3KA 4I5HA 2WMBA 2Y4IB 3OHTA 3TT0A 5JFSA 5CALA 5LVMA 3DJ7A 4IDTA 5CS6A 3COIA 5EDRA 2GNLA 3UQGA 4NK9A 2ZDTA 5JEBA 3HECA 3QD2B 3UVPA 4H1MA 4YPDA 4BDCA 2PVHA 1SM2A 2WTVA 4D28A 5HZNA 3GCSA 1Y6AA 5IZFA 4DBNA 4J71A 1SNUA 5CU3A 1XWSA 3WYXA 4F9CA 3UE4A 5K3YA 4FGBA 3MVMA 4MBJA 2OI4X 2FSMX 2X6EA 3WIGA 4L52A 1Q8TA 3R1SA 3IDBA 2OXXA 4L68A 3ROCA 5KMOA 2J4ZA 2H8HA 4RJ8A 3BYUA 4GT3A 5I3OA 4F9BA 2QKRA 3QUDA 4D9UA 3IECA 5KMJA 3R04A 4UMQA 3JVRA 3UPXA 1BYGA 1YWNA 2X4ZA 3DK7A 4J98A 4I6FA 2VNWA 1HCKA 4E20A 3G51A 3T9IA 3U6JA 5CAUA 4RQVA 2WFYA 1DAWA 2PMIA 3D7TA 2VAGA 1P2AA 4EYMA 2GSFA 3BEAA 4MKCA 5L2WA 4IIRA 4LQMA 4H36A 4OAVB 2BRMA 1J91A 2F2CB 2UZUE 3V8WA 1ZWSA 4WD5A 3ZCLA 5B2MA 2VV9A 4CLJA 1S9JA 5CU2A 3R8MA 5JK3A 3TV7A 4HZSA 5HLNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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