4BCJA

Structure of cdk9 in complex with cyclin t and a 2-amino-4-heteroaryl- pyrimidine inhibitor
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
321
structure length
309
Chain Sequence
DSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/cell cycle
source organism Homo sapiens
publication title Comparative Structural and Functional Studies of 4-(Thiazol- 5-Yl)-2-(Phenylamino)Pyrimidine-5-Carbonitrile Cdk9 Inhibitors Suggest the Basis for Isotype Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYCLIN-DEPENDENT KINASE 9
total genus 83
structure length 309
sequence length 321
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4bcjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4bcjA01
2BCJA 3P79A 5CNNA 2OXDA 4GU6A 3ZDUA 1DI8A 4FEQA 2JDOA 3MBLA 4GRBA 4BCOA 4PQNA 4DH3A 2JC6A 3OXIA 4JR3A 4HVHA 4TWPA 3F9NA 3TIYA 4EOKA 3DTCA 3NNWA 3GFEA 4HVIA 5BVFA 3I6WA 4YPDA 5KNJA 3SW4A 4GUEA 4ENYA 1K2PA 4O86A 2VX3A 1Q3DA 2QQ7A 3PSCA 3AT4A 2E9VA 4MWHA 3F7WA 5DMZA 3QUPA 5HBEA 2PZRA 4CNHA 4DGLC 3RK9A 1Y8YA 3V04A 3TUDA 4AN2A 5DRBA 4HW7A 3A7FA 3UYTA 1Z57A 3FLYA 2GNLA 1OBGA 2Z8CA 3BYOA 3UQFA 4JT3A 2ITNA 4BI0A 4W9WA 4X6QC 3QCQA 3UJGA 5KBQA 2QG7A 1XBAA 2QR8A 3BGZA 4AW5A 3DA6A 4AWIA 1DAYA 4GT4A 4EYJA 4O7SA 1M7QA 3W16A 2EU9A 4GJ2A 3FDNA 5FLFA 1XJDA 2ZB1A 1H0VA 3FI4A 4DFZE 5FD2A 5FXRA 5CSVA 3R71A 5FG8A 3WF9A 2C6OA 2OFVA 1SVGA 4A9RA 3A7HA 2I0YA 2X0GA 4FV0A 4YHJA 3TT0A 1PKGA 1ZARA 5IQAA 3UP2A 5E8VA 1MRUA 4U45A 5DH3A 4EI4A 4MBJA 4KIKB 4DFBA 5F94A 2UZLA 4JDHA 2YM4A 4ZAUA 4GKHA 3R9HA 3OOGA 2JKKA 1DM2A 4UZDA 1H08A 4X2NA 3E7VA 1ZYJA 5DT0A 4CCUA 3KMMA 2I6LA 4E4XA 5D11A 4I20A 3WYXA 1Y8GA 3ZO4A 4CTBA 4NU1A 3FMJA 4EOIA 3LMIA 1Y6BA 3WZEA 3VNTA 4PMPA 4MXXA 2C5YA 5I3RA 4FTKA 3U55A 5M06A 4A4LA 3VF8A 3FQSA 3U6IA 1FBNA 3OXZA 3PG1A 1MQ4A 3IECA 4L53A 4C33A 1GIHA 4WHZA 2ZMCA 1YXUA 4QMXA 5EKNA 1H27A 4E93A 1YI4A 2C0TA 1ZMVA 3GCUA 3HGKA 3PE2A 3F82A 3QLFA 1JVPP 4QOXA 5LXMA 4F64A 4FSNA 1NVSA 3CY3A 4BY9E 3DZOA 5GZ9A 3MJ2A 4K8AA 3RAWA 4BTMA 3QKLA 3ZCLA 4K11A 2NP8A 1OM1A 3DK6A 4O7NA 1TQMA 1XH5A 1YWRA 4FIGA 4GUBA 4A4XA 4FSQA 3V6RA 4RFZA 2OJFE 3ZO2A 3H9FA 4FSMA 2JAMA 2WPAA 1OL7A 3EQHA 3FZPA 3IW7A 5AX9A 5L2SA 1XBBA 2R3RA 4LG4A 3GGFA 3ZRKA 3ZH8A 4IFCA 4DC2A 3V01A 5KCVA 4BDHA 4NSTA 2C5VA 4RT7A 3SV0A 3LZBA 5LVOA 2VU3A 5A4TA 3PWDA 5BVDA 2FVDA 3UNZA 3UNJA 3NSZA 2FH9A 4O2ZA 4WKQA 3QD3A 3VBQA 5A6OA 5IQHA 4JL9A 3MH2A 2C68A 4K33A 3UYSA 4IACA 2VN9A 4J8NA 1ZZLA 3CGFA 3VC4A 3W8QA 1W82A 5HU3A 2ERZE 4FV8A 4IB0A 4F7SA 3V8WA 3CD8A 4FV2A 2W99B 2YERA 4F1MA 3NVMB 4U40A 4X3FA 3MDYA 3P4KA 2J0MB 3NGAA 3OW4A 3POOA 4XG3A 2V7OA 2YWVA 3O2MA 2FSOX 4OR5A 3COMA 3KL8A 5KE0A 4F4PA 5A3XA 3KRJA 3R00A 3I7CA 4K6ZA 2GS2A 2YM8A 4IJ9A 3CE3A 4PV0A 3ZEWA 3DQWA 3ZLSA 4IB1A 2WTVA 3MSSA 2BAQA 2YM3A 4FSYA 3T9TA 3EFJA 4HGLA 4R6VA 5IUHA 1UV5A 4EQCA 4MXCA 4UV0A 4WNOA 3Q6UA 5E8TA 1OGUA 3JXWA 2PVJA 2YJSA 3NX8A 2R2PA 2XKCA 5LCKA 2C6EA 2ONLA 2QVSE 4RG0A 3COKA 4ZMEA 3R9NA 1YI6A 3VQUA 4XS2A 1PRYA 2IG7A 5JEBA 2BHHA 2JFLA 2X4ZA 4NYEA 4U3ZA 2R4BA 5IMXA 4PTEA 4L42A 4F65A 5AUVA 3RGFA 3F2RA 4RQVA 5A9UA 4O7TA 3ORLA 2BDJA 4RIXB 1XHAA 2ITUA 2OXXA 3JS2A 5DBXA 2SRCA 3NYVA 4YHFA 5CXHA 3ZMMA 5AAGA 5C26A 2XNGA 5TT7A 2OICA 4X7QA 5FM2A 4WBOA 4QYHA 1FMOE 4KNBA 4OTFA 3EOCA 3AD4A 4R5SA 2WMTA 3ZZWA 3ROCA 1JNKA 1Q24A 3S4QA 2G1TA 2HZIA 4QP3A 4AGCA 1UNHA 2WU7A 4YTIA 3JYAA 4G3FA 4Y72A 5KHWA 1YXXA 2E9PA 5FBOA 1YDSE 2WMXA 2B9HA 3ZFYA 4CSVA 3DDPA 4PPAA 3L8SA 5FEQA 3QTRA 2RKUA 3SXSA 4O96A 2BPMA 3TL8A 5AIRA 5EM6A 3KQ7A 3ENMA 3R21A 4FV5A 4IZ5A 4UZHA 2A27A 2WTWA 3SRVA 1XH8A 1JBPE 5H2UA 3VUIA 4AF3A 2QKRA 4BTJA 2F4JA 4HNIA 5A4CA 4YP8A 3DAKA 4BGHA 1MUOA 3D5WA 4KS7A 4O0VA 1GIIA 1O6KA 1XH9A 4FT7A 5K0KA 4QNYA 5T68A 4IXPA 2XK3A 1GZKA 4JJRA 4XG4A 5K3YA 3SHEA 2FSMX 3RALA 4EJ7A 3Q5ZA 2X39A 3BGQA 4QPMA 4HYUA 4FTOA 5DIAA 2GHMA 3LM0A 4L43A 3HUCA 1P14A 4V0GA 2C30A 4QP9A 5HOAA 4BFMA 1MQBA 3TTIA 5HLPA 2CLXA 2X1NA 3NRMA 3RPSA 2R3JA 4CV9A 1STCE 4ZS4A 3A7IA 5C8NA 3MA3A 1XWSA 4ZTSA 3UG2A 5HX8A 4FT5A 4P4CA 3F6XA 4R3RA 5IQIA 3L9MA 1WBWA 5JFXA 2JIIA 4G1WA 3FQHA 2XM9A 3HV5A 2XIZA 5H8GA 1R1WA 3KN6A 4PF4A 5IA0A 3DK7A 4NFMA 3DBDA 1YDRE 4FG8A 4W4VA 4WNKA 5ANEA 3VO3A 2VZ6A 2XYNA 3CY2A 2VO7A 1GIJA 2GQGA 3CR0A 4UMTA 3UO6A 1YOJA 3R0TA 4O7YA 2XNBA 1YQJA 3U87A 3OHTA 4JX7A 1ZAOA 4UMUA 4EQMA 3BELA 1ZOEA 2XK4A 1OMWA 2YCQA 2B9IA 4JDIA 4AGUA 5EW3A 2NRUA 4R3PA 4BB4A 3V3VA 1LEZA 3MJ1A 3Q9ZA 1PF8A 3ZRLA 4J99A 1QL6A 5FDXA 5AFVA 2YCSA 2FA2A 1BI8A 1SNXA 2UZEA 5EYCA 4NT4A 4PDOA 3CXWA 3FPQA 4AN3A 4CKJA 2CGUA 2QOCA 2HENA 3V5LA 3K54A 2BILB 4AN9A 4UBAA 5C9CA 4K18A 4UB7A 3JR1A 2BRBA 5KX8A 1CSNA 1OIRA 2BDWA 4ZZOA 3TM0A 4YLJA 4G9RA 1OKYA 3IGGA 3VUTA 4OTWA 3ZONA 4EHGA 3C0HA 1JKKA 5HIDA 2BAJA 3RK7A 3BWJA 4Y73A 2ZJWA 3W33A 2OJIA 4XG9A 4H39A 4DFLA 4BR3A 2HELA 3V5PA 2Q0NA 2YISA 3O96A 4V01A 5GZAA 3UIUA 5J95A 3JY0A 5A14A 5CAPA 4ZZMA 3HMNA 4AACA 3OS3A 4YC8A 5F9EA 3UO5A 2PMNX 3E3BX 3AMYA 3Q9WA 3E87A 2BROA 3IQ7A 4FT0A 1VJYA 2WQEA 4OTQA 3W32A 3IW6A 4D9UA 4BBEA 5AR7A 4C59A 2EB3A 3BHVA 4DE4A 2NPQA 2GTMA 3PJ8A 4WD5A 4U43A 4EZ7A 3CBLA 2V7AA 4Z9LA 4I41A 5L8KA 3HMPA 4TPTA 4D2TA 5BYLA 4ACCA 3VIDA 5DT4A 3RPOA 3GQIA 4EH6A 3BHHA 5AP4A 4BIEA 3F7ZA 3DAJA 3C4CA 5HIEA 1WMKA 4GT5A 1OKVA 3BHUA 3M42A 3MH0A 4DT9A 4F08A 2JIUA 4O7WA 2IVVA 2YAAA 5LCJA 4RIWB 3RCJA 1QPEA 2W1FA 3GU4A 3VUMA 2WIPA 4N57A 3DAEA 2FYSA 1J7UA 3CTHA 2PU8A 5HICA 1Q8YA 4DFUA 5J8IA 3IDPA 2H96A 5E8SA 3I79A 1OIYA 2BTSA 2C0IA 2G2HA 2JIVA 4I24A 4S2ZA 3TNQB 4BCQA 3UOKA 3AXWA 1ND4A 4RBLA 5E8UA 2W7XA 4RZVA 1ZWSA 3D5XA 4CFFA 2GHGA 2XNEA 3LPBA 3EL8A 4NL0A 3Q4CA 4QP6A 4JG7A 4MYGA 4KWPA 2I0VA 2CSNA 2QC6A 5GJFA 3MB7A 2WO6A 3P78A 4L3PA 4WBBB 3DDQA 4TNDA 4MD7E 4ZTNA 4FL3A 4BKYA 4MQ1A 4WSQA 5AX3A 1KOAA 3EQDA 1JAMA 4PRJA 3WIKA 4E4LA 4XBRA 3SGCA 2F7EE 4I93A 4ACGA 3VBWA 3LHJA 2ZM3A 2HWOA 5GJDA 2WB8A 3QUDA 4M13A 1FVTA 2W5HA 4FNXA 4FZDB 4O0XA 5AUTA 3FMDA 2YHVA 3LVPA 2HXLA 3UVRA 4EHZA 4XH6A 1QPDA 4KKGA 3PWYA 3EIDA 4LMUA 1JOWB 4RIYB 4FIHA 4M68A 4XX9A 4RVTA 4USFA 5KHXA 5KMKA 5D9HA 4PDPA 2H9VA 3OTUA 4QP1A 1WBSA 4QQTA 4FKJA 3IOKA 2W1EA 3AC3A 5IQGA 1WZYA 3PXQA 2XA4A 4LUEA 4BHZA 5HTIA 4C58A 2XKFA 3QQGA 3UZTA 2OGVA 2YAKA 3LLTA 4M15A 3UTOA 4RJ6A 3F5XA 2W4KA 4J53A 4F0FA 4FNWA 2CGVA 3NUYA 3UGCA 2X2LA 2JKQA 2WFYA 5L4QA 2XNPA 1WVYA 5ANOA 4U42A 3EB0A 3DV3A 3TWJA 3L8VA 1WBOA 3EN4A 3NNVA 3VBVA 4P90A 4ZS0A 5M08A 2X8IA 1GZNA 4CD0A 3MVJA 2QLQA 3GOKA 1UU8A 4KSPA 4BCNA 4UEUA 4FV9A 2A4LA 5I4NA 1U54A 4DTKA 4FV3A 5HG9A 3QTIA 3UZPA 3WBLA 2C1BA 2W4JA 3P7CA 3FMHA 4N4SA 4DYMA 4U3YA 2PK9A 4CT1A 2WTKC 3TNHA 3FMEA 3VUDA 4EC9A 4IC7A 3SG8A 5AV4A 3RNYA 2WTKB 4S30A 5EHLA 3QLGA 2X2KA 4QMPA 1BUHA 2AC3A 5AV3A 5JH6A 4AG8A 2YACA 2YDKA 1YVJA 3E3PA 5CI6A 4BF2A 2KULA 4OTGA 1R0EA 4OT5A 4LM5A 2PVLA 5HVJA 3UO4A 2HZ4A 3NMUF 2H6DA 4IZAA 3OUNB 4WG4A 3SD0A 4FICA 2P2HA 5L8LA 2PL0A 3N51A 2Y4IC 3FYKX 2HW7A 2Y4IB 1MRVA 1XR1A 2B1PA 3NAXA 4EK3A 4ENXA 3CCNA 4YJQA 2PVKA 3D83A 5AP3A 1RDQE 2W4OA 5J9YA 2XK6A 4G17A 4DFNA 5EI6A 5LJJA 2E2BA 3ZLWA 2QOKA 2R3PA 4DF3A 4QTEA 1W84A 4GFGA 4FYNA 5DR6A 3LAUA 2XCHA 3FLQA 5LQFA 3DBCA 4DLJA 2PUIA 4D2RA 3O71A 1X8BA 4X0MA 4P7EA 3DNEA 4DH8A 3BLHA 2C1AA 4FR4A 4TYJA 1IA8A 3HMMA 4FTIA 4RVKA 2ITOA 3DGKA 5ANDA 3TXOA 4CMOA 4F9YA 3ZYAA 2XMYA 4D2WA 3U6HA 1KUTA 3HLLA 1E1VA 1Q8WA 5H9BA 3QTZA 3IW5A 4I5CA 5HORA 2J0IA 4EEVA 4BDJA 4M97A 4FGBA 4FOBA 4GSBA 4QMLA 3UPXA 2VTOA 3QYZA 3FLZA 4I4EA 3AG9A 5CF6A 3O7LD 3ALNA 1B6CB 5A6NA 4KBCA 4LOQA 4F6WA 3RM6A 3ORPA 4WT6A 2J90A 1TQIA 4BCIA 3QRKA 4NM3A 5EM7A 5AR8A 2JDSA 3ETAA 3VBYA 2J9MA 2BFXA 1V0OA 2QODA 4G31A 4G3DA 1YOMA 4FOCA 4G9CA 3MTLA 2GFSA 4CFNA 1H8FA 5HEZA 5HNBA 3EN5A 4R1VA 2WMQA 4GL9A 5KMLA 3A4OX 3RAHA 2WKMA 4BWXA 2PE0A 4APCA 4I5PA 3LLAA 3R2BA 4G16A 4M0YA 3HA8A 5JQ8A 1TKIA 1BKXA 2A19B 2ONLC 2DUVA 3OWKA 4C0TA 3PJ2A 2WQNA 4EOQA 4FKUA 2XJ0A 3RNIA 3RMFA 2VTPA 3LFBA 5L3AA 4I1ZA 4B4LA 4FIIA 4PMMA 4QTDA 4S32A 5DRDA 5L2WA 5AM6A 1NVRA 4B99A 4C4FA 5KKRC 1OITA 1JKTA 2ZV7A 5HZNA 5KKRB 2VTRA 3AMBA 1Z9XA 5FUTA 3IDBA 2XCKA 2QLUA 5IZFA 3UOHA 3HP2A 3KULB 4M66A 3FHRA 3H10A 4QNAA 4PDYA 5E92A 5D10A 4YTCA 4AGDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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