3MIAA

Crystal structure of hiv-1 tat complexed with atp-bound human p-tefb
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
333
structure length
324
Chain Sequence
VECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLSTHLTSMFEYLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding
source organism Homo sapiens
publication title Crystal structure of HIV-1 Tat complexed with human P-TEFb.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell division protein kinase 9
total genus 98
structure length 324
sequence length 333
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2010-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3miaA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3miaA01
3O51A 3FLYA 5J5TA 5BUIA 3MY5A 3BE2A 4QQ5A 4JQ8A 4DE4A 4I92A 5F95A 3W18A 4C4IA 3C7QA 4X3JA 3AC3A 5DE2A 1OL2A 2QOQA 1ZYLA 2ITNA 1URCA 2SRCA 1QPEA 2ITOA 3OZ6A 1OKVA 3PXQA 4NKAA 5E7RA 5KMMA 3GU8A 2XP2A 4MBJA 4LRKA 2BVAA 3GCVA 3NEWA 1AQ1A 3QLFA 3R00A 2J2IB 3R04A 3SD0A 4M68A 3PP0A 4FZ6A 4MAOA 2QD9A 5LVMA 1WVXA 4FZDB 5HLNA 1FOTA 1TQMA 1YDTE 3MN3A 3LMIA 2CKQA 3QQJA 3DLSA 2WZJA 4DEHA 4BI0A 4EC9A 1FVRA 2WTCA 4MQ2A 4ACGA 4AT5A 1MP8A 2R9SA 3AC2A 1VJYA 3RKBA 4CTBA 2C6IA 3DOGA 5DIAA 1FINA 1Z5MA 2R3JA 2UW8A 4RZWA 2WIPA 4MBLA 3NIZA 4BYIA 4FE2A 3MVMA 3PG3A 3CJGA 3PRIA 3GC0A 3FI3A 1UU8A 2O8YA 4U9AA 5CQUA 4RMZA 4C62A 3WE4A 1B6CB 2HZ0A 5EM6A 3L8PA 3MIYA 2XF0A 2HXLA 4O2PA 2ZM1A 4QTAA 3RP9A 4KIPA 4LG4A 3CTHA 4QMLA 2EXCX 3BWFA 4D28A 2UV2A 3R7OA 5AP1A 4LL5A 3TV4A 5HIEA 2JDOA 2YZLA 3FL5A 5J1WA 4QO9A 4X2KA 1OBDA 3FE3A 2J0JA 2C6KA 3G2FA 5C4KA 4KIOA 5DWRA 4J53A 3L1SA 3PA4A 2OICA 5DLSA 5IH6A 4AE9A 1YHWA 3OCTA 3COIA 4B6LA 4ZLZA 2CDZA 2P2HA 2WQBA 3FV8A 4QRCA 3CXWA 5IQGA 3R1YA 4QMQA 4Z16A 2P55A 4G6OA 4BDEA 3GGFA 4XH6A 5CNOA 2VTAA 4PDYA 5E8YA 1W83A 4YSMA 3WF6A 3MVLA 3IDBA 2Y8OA 4FIIA 3V5PA 1YXUA 2VTRA 3A61A 3NNUA 2YLFA 4XG4A 4I5MA 4BDGA 1DI8A 3QQFA 1PMEA 2XZSA 3QX4A 3F2AA 4AS0A 3UQCA 4L46A 3U9CA 4BDDA 2E9VA 4QT1A 4RFYA 5CZIA 4FODA 3RINA 3SRVA 3I0OA 3TUBA 2WTKB 3Q2MA 2JITA 2VO3A 3KVWA 4HZRA 2GSFA 4FKVA 3LM5A 2J6MA 2W06A 3Q5ZA 3RPSA 4EUTA 3FZPA 3KFAA 1IR3A 3PXYA 4KNBA 4DLJA 4G5JA 1V1KA 3KREA 5AIRA 4QYHA 3MPMA 3WOWA 2VWUA 2YM8A 4ZOGA 4C02A 1OECA 3N4VA 3QQGA 3Q60A 4QTBA 4QMXA 4UEUA 5HU9A 3S00A 5HG8A 4GIIA 3VULA 2VUWA 4L44A 4U43A 4BGGA 3BCEA 3OBGA 3F3ZA 3TACA 3GCSA 2FSTX 3AD4A 4DTBA 3COHA 2R3QA 1YOLA 2BDWA 3G15A 3WYXA 1M17A 4GK3A 5KMIA 2W0JA 5M53A 2UZLA 4RWLA 4B8LA 3LJ0A 3BEAA 3KQ7A 1XH7A 4D4SA 4F7SA 1M7QA 3ZBXA 5IISA 4O86A 5A4QA 3GP0A 3QUDA 3D14A 5FTGA 4C8BA 4R6VA 4EOPA 3LQ5A 3PIXA 5BVKA 4J95A 3EQBA 3W2SA 4D2VA 4I6HA 4AUAA 5FRIA 2HYYA 1TKIA 1W0XC 3K3IA 2HZNA 3ZONA 3E8EA 3ENMA 4MK0A 5FDPA 5LMAA 4BDKA 4PDOA 3W8QA 3LMHA 2OJJA 2O5KA 4GT3A 4RC4A 3P7BA 5HBJA 2XNEA 4V05A 2PVJA 3KK9A 3KKVA 4JIAA 4U80A 3VS0A 2R7IA 1RQQA 1B38A 3KCFA 4IDVA 4YZBA 5GJGA 4C3FA 3BHVA 1U54B 4G1WA 2C68A 1A06A 4YZCA 4RJ5A 4XBRA 1G8SA 5CU3A 5JN2A 2ZAZA 3Q9ZA 4XX9A 3ZUUA 4CLIA 3LFQA 4A06A 4OT6A 2PYWA 3SW4A 4RIYB 3PA5A 4TYHA 4BDFA 2YIWA 2C5YA 2A4LA 2JAMA 3RGFA 3BV3A 3P7AA 4CCBA 2FO0A 2W5HA 4FX3A 3UVQA 2QOCA 4UMTA 3VF9A 4BBMA 2ZMCA 4EHEA 3JVSA 3ZXZA 3PJ8A 5CF8A 3EQDA 4WRSA 4Y5HA 2KULA 3KXGA 3VRZA 3QRKA 4G31A 5CEPA 4RFMA 4V01A 1E1XA 3CLYA 5E90A 3M42A 2NP8A 5C9CA 4FVQA 1MRYA 2HELA 2HOGA 3V04A 2V7OA 3IO7A 5HBHA 2C6MA 5DT4A 2B52A 3F69A 5LARA 4E5AX 2JFMA 3BU5A 2JEDA 2VWWA 4I4FA 4U7ZA 4BCGA 5LCKA 3UO6A 5AR8A 5HX6A 4FTAA 4AXAA 4IC8A 4O84A 3F5PA 2FA2A 1OPJA 2WHBA 4EC8A 1H24A 1U54A 4FIGA 5BYLA 1VR2A 3O2MA 1DM2A 1OL5A 1Y57A 4WNMA 4D5HA 3C5UA 4OTWA 3ODZX 3PE1A 4II5A 4JQEA 4EHGA 4Z7HA 1KE7A 4L01A 3JVRA 4R7BA 1YWNA 5HG7A 4FV8A 2WQOA 4X0MA 3D2IA 4RIYA 3PXRA 3ZLWA 4FT3A 3E3BX 4E8AA 4I3ZA 3DNEA 3F7ZA 2B53A 1SYKA 3LFBA 4KB8A 2A2AA 4K8AA 2P4IA 4PL5A 4XYFA 2VRXA 5HEZA 3QUEA 5DRDA 5D9HA 1ATPE 2WTVA 3SC1A 4DH7A 3MFUA 2XCKA 5DR6A 4O0SA 5F4NA 3GC9A 2ITQA 3I6WA 4XG8A 4U40A 3DXQA 4UX9A 3ZU7A 4FG9A 4YC6A 3HV3A 2KTYA 3HZTA 3F61A 3OOMA 3IDPA 3Q9YA 2R3FA 3ETAA 4QMTA 1OIYA 3NW7A 5KKRC 4D4RA 3CD3A 2BTRA 4I5CA 4M69B 5KBQA 5KHXA 3OY3A 2C6TA 5AWMA 5ETIA 2VZ6A 5LWMA 2XA4A 3VW6A 4GMYA 3TNHA 3D83A 2C0OA 4AGWA 2C30A 2BZJA 4FTLA 4KAOA 2ZJWA 1KE5A 3AMBA 3RJCA 4KINA 4XV2A 5BVEA 4H3BA 1XHAA 2C4GA 4C3RA 3NUAA 2QU6A 4WA9A 4FZ7A 3WF8A 4DGOA 4PX6A 4ZS4A 4G3CA 4FF8A 5JFSA 1WMKA 2XVDA 5AJQA 3C4XA 2PPQA 1FVVA 3GVUA 2E2BA 2YCRA 3WIGA 3DXNA 3IGOA 3SOCA 1X8BA 1CKJA 5IMXA 3THBA 3KXNA 2Q0NA 4E6CA 2C47A 4YZDA 5CAPA 3GBZA 5M51A 5ACKA 2ZM4A 3CY2A 3V5TA 4F1MA 1BUHA 1OI9A 3M1SA 4IANA 5HVYA 4EWQA 4IVAA 4R3CA 1K3AA 4DG2E 4HVIA 2X8IA 2VTPA 4M69A 5AM6A 4FKRA 5JH6A 4RGJA 5I9WA 2B4SB 1M7NA 4AE6A 4RJ8A 4DYMA 2RG6A 4IIRA 3ALNA 1DAYA 3KVXA 3FLQA 3QZGA 5BUEA 2OIBA 1YI6A 2GHMA 3EN9A 1UWHA 2VTSA 4M7IA 4ZS0A 4BWXA 2IVSA 4ZZOA 3TXOA 4FSQA 3LFCA 4YP8A 4NL0A 2WQEA 3QA0A 5AMNA 3ZZEA 2VTQA 4IAFA 2HENA 2ITVA 5C8NA 3CKXA 2W5AA 5EHLA 4FMQA 4K1BA 1RJBA 2W4OA 3CCNA 1PXJA 1UU3A 5KUPA 5IQFA 4PV0A 1P4FA 4G16A 3D0EA 5BUJA 3R83A 3OXIA 2XNPA 4BDAA 3FKOA 1ZRZA 4FKQA 4FV1A 1YHSA 3KRRA 2X0GA 3GCUA 3MJ1A 5AP5A 4LM5A 4N70A 4EHZA 5I3RA 4BC6A 3KMWA 3ZBFA 3R6XA 3G90X 4OTHA 4WBBB 3EKKA 2IWIA 3P08A 4GU6A 4RBLA 3TZ8A 1GIHA 2C6EA 2HWPA 4K2RA 4CCUA 2E9UA 4H05A 2IZTA 4R1VA 3ENHA 5CY3A 4IZ7A 2WOTA 4EH3A 4ERKA 5M4IA 2OFVA 3QFVA 2G9XA 2WPAA 1VYZA 3NUUA 3U6HA 3EL7A 4E20A 2VTMA 3FMHA 1BL6A 1TQPA 1UNGA 5FD2A 3W10A 2OBJA 5DBXA 4E3CA 3D2KA 2I1MA 4S30A 5IA4A 3TM0A 1TVOA 3DJ6A 3G9LX 3HMPA 4BCMA 4YJNA 5EK7A 5L8JA 3EQPA 2BIKB 2PZIA 4IFGA 4IEBA 3HNGA 5CEOA 3OVVA 3UGCA 1I09A 3FHRA 4NM3A 3ZMMA 3N4UA 3DA6A 3DQWA 4LOPA 5H8GA 3R9HA 3A8XA 2R3LA 2CGWA 4F64A 1U4DA 3F7WA 3VUTA 2C3JA 3E92A 4RWKA 4M67A 3LFNA 2NPQA 4D9UA 4V04A 4IW0A 5J9ZA 3L8XA 4IB0A 4DEIA 4TPTA 2ZM3A 4A9UA 3Q96A 2CNQA 4MXAA 4MXCA 4C34A 4UYAA 3UNZA 4CRLA 3VQUA 4EK8A 3VBQA 2BRHA 3I7CA 3PRFA 5BYYA 4CFWA 1PMNA 2JDRA 3BIZA 3JUHA 2W96B 1MUOA 3FMEA 3QC4A 4DFYA 4IADA 4ZY5A 4I41A 4QD6A 2UVZA 3VN9A 4KUJA 4QMVA 5HBEA 4A4XA 2PVNA 2R5TA 2I0YA 4FNWA 3DT1A 3R7EA 4EH9A 4ZSEA 2X81A 1T45A 4NFNA 4AW2A 2PZYA 3C50A 3P79A 2ETRA 1NW1A 1YDRE 2CN5A 2BCJA 3GENA 4L8MA 4XLIA 2UW5A 2VTNA 4IHPA 4KWPA 2F2CB 2GNLA 4FIHA 4QYFA 3W2QA 4XP0A 4D1XA 4BTMA 2HWOA 2RG5A 2UZDA 2CGXA 3PLSA 4RIWB 2QR7A 3Q4UA 4AFEA 2B0QA 3IGGA 2XK4A 3BQCA 1MQBA 1OITA 3I4BA 5CAVA 2ERKA 5CT7A 3B8QA 4BCQA 3FYKX 4RA4A 4ZTLA 3TV6A 3T9IA 4K11A 2QOHA 4GKIA 3WILA 4FTUA 4PY1A 3OCBA 1REJA 5CSVA 3GUBA 4C4EA 4R78A 4FTRA 3KL8A 4ZXTA 3ALOA 3L8VA 5ANGA 1ZOEA 4XV1A 4F4PA 2R3HA 4J52A 2GS6A 3OTUA 4RT7A 4FT7A 4UWBA 5BMMA 4F9CA 4IC7A 3HVCA 4YMJA 2NO3A 4IAIA 5CU2A 3ID6C 4TN6A 2VTHA 5I9VA 1BLXA 1YOMA 3DB8A 3V5LA 2CSNA 4Y5QA 4L52A 3Q4ZA 5LVOA 1S9JA 5IG1A 2WXVA 4TWCA 5IZFA 3DAKA 2J0KA 1CKPA 3FI2A 5J87A 5JRSA 3U6IA 5JRQA 3BHYA 3VS7A 4IWOA 2F49A 4F9WA 3C5IA 1WBSA 4O0YA 4E7WA 2PMNX 4FEWA 2QLQA 4RVMA 1ZOGA 1M2RA 4HYUA 4J8MA 2WMQA 3UC3A 4FTMA 4H3QA 2OG8A 4HYIA 4JT3A 4RIWA 4KD1A 4H3PA 4U5JA 3F66A 4YGAA 4Z9LA 5GIPE 3SQQA 4CYJA 4UMPA 5J7HA 1P5EA 1Q97A 3I5NA 4Y46A 4RRVA 5M4UA 4R5YA 2XNNA 2X7OA 2PE2A 3HX4A 3LXPA 4HNIA 2B9IA 2HXQA 2IN6A 3BBWA 3GU4A 3KRLA 4KKGA 4AGCA 3C0GA 4OAVB 3FY0A 3HMMA 1J7LA 4FIFA 3H0YA 5T3QA 1LR4A 4HVHA 1OKYA 1ND4A 2JIIA 1JSUA 3TJDA 4F70A 3UZTA 1H1QA 3FAAA 4FUYA 3FKNA 3O7LB 3P23A 5CQWA 5ANJA 5E1EA 4EK6A 5BVDA 4DH8A 3F5UA 1AD5A 4ALUA 4ZTHA 3C0HA 3VUDA 4E6QA 3LXNA 2B7AA 2UZNA 1H1WA 5I0BA 3R0TA 4C57A 5EDQA 1AGWA 2BZKB 1XH9A 4GFGA 3E87A 5HLPA 4BCKA 1UKIA 4DH5A 3DAEA 4YURA 5IUIA 3PLAE 2RF9A 4J98A 3UZPA 3KK8A 3FLZA 2ESMA 5L6WL 4KS7A 3T8OA 2PVKA 3UP2A 5M07A 1NXKA 4WG3A 3RCJA 2HW6A 4JDIA 5IQBA 3LFEA 2WAJA 4FV2A 2XS0A 3NAXA 3RAIA 3PJCA 5EQYA 4XJ0A 2BKZA 5T68A 2EWAA 4XS2A 3QALE 2GHLA 3ZSGA 3MESA 2ONLC 3ORIA 4WIHA 5AM7A 3S0OA 3WF5A 4C59A 3MY1A 3PUPA 3WZDA 5HZNA 3R73A 2F9GA 3A62A 4YZMA 4BHZA 5TE0A 5M4CA 3SG9A 4QPMA 2JC6A 4YPSA 5T6KA 3UYTA 3VS3A 2OZOA 5D41A 1WVYA 2C5NA 5E8WA 3HAVA 3NZ0A 5I9UA 5BYZA 3MA6A 5A4EA 1M2PA 3QQLA 3R8ZA 3E5AA 3QX2A 3QRIA 3DAJA 5K5NA 1S9IA 2UW7A 4KIKA 3D7TB 2WQMA 3C1XA 4W4VA 2G01A 2Y7JA 4RX7A 4YLJA 2ZV2A 1E1VA 2XK3A 4OT5A 3KRJA 3DZQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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