4F70A

Crystal structure of human cdk8/cycc in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1h-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea)
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
360
structure length
327
Chain Sequence
KMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKALPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transcription/inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structure-kinetic relationship study of CDK8/CycC specific compounds.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
total genus 95
structure length 327
sequence length 360
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f70A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f70A01
5AV2A 1ZXEA 3AC2A 2EB3A 3KVWA 3MYGA 4ZTRA 1FBNA 4OTWA 3S95A 4IWQA 5E8SA 4EWHA 4GKIA 5DNRA 3CGFA 4DFNA 1PY5A 1WBTA 3UOKA 4W8EA 3BQRA 3C0HA 3C0IA 4QTBA 3UO4A 4BDGA 3QD4A 2XEYA 5AUXA 3WF5A 3GC0A 4PNIA 3SHEA 4YHFA 4TPTA 3G33A 3QTRA 2Z7RA 1XH6A 4Q9SA 3NUYA 3QUEA 5GJDA 3ZLWA 4AW5A 1A48A 3PXRA 4NM3A 4HNFA 4QQ5A 4LG4A 4UN0C 1UU9A 2CN8A 4R3PA 2X8DA 2F49A 3G6GA 4F7LA 1Q97A 5DA3A 4PY1A 4X3FA 4JT3A 1K9AA 4D4YA 1YDTE 4EJNA 1U5RA 4QMNA 4L3JA 1CDKA 2R3QA 4FG8A 5EHYA 3QTZA 4S2ZA 2XJ2A 4IX6A 1LUFA 2YCQA 3CPCA 3CTHA 4TYEA 3PY3A 2IN6A 4EH3A 3F2RA 5AP0A 3VS6A 4CKJA 3OWPA 3FKNA 2R3IA 4JBPA 3WZKA 5HCZA 4CFNA 3CJGA 4FKPA 4CTBA 2OH0E 3AQVA 5BVKA 1TQPA 4CFWA 5FEQA 5IUGA 5DR6A 2IW9A 4CYJA 3KU2A 4D2VA 5K4JA 4FNXA 5HG5A 4DBNA 3BGQA 3OCGA 3KY2A 4FGRA 1WBVA 3DLZA 4YLKA 3BX5A 1OKWA 2YN8A 1JSUA 4ZEGA 3QKMA 3FUPA 3BHTA 4Y83A 2A2AA 4YURA 5I4NA 4YO6A 2W1IA 5JSMA 1YQJA 2H34A 1W7HA 3WE8A 5C27A 3C4EA 1YXUA 3MFUA 3PTGA 4F08A 4QP7A 2YWVA 4BWXA 3RPSA 3VUMA 2WMWA 2R0UA 5HORA 5CAOA 2B9HA 4C62A 3MI9A 4L45A 4XJ0A 4HYSA 4RT7A 4WT6A 5LMKC 4IC7A 5DFPA 5L2TA 3BHHA 2YZLA 3ORXA 3QD3A 3ENHA 2YM5A 2JKOA 2XCKA 5EM6A 5CSPA 1SZMA 2REIA 4H3BA 3PY0A 1H8FA 4V05A 3A7HA 4RBLA 2JIIA 4OAVB 4DAWA 5BMMA 3ZH8A 2BZIB 4Q5HA 2FH9A 3NNWA 3OC1A 3KXXA 3H9RA 2WMRA 3QD0A 3L9MA 4ZY6A 3V04A 4F4PA 3BGZA 5A9UA 1H28A 2YAAA 4CGAA 4NH1A 2GTNA 3DY7A 3TN8A 3OCSA 4DTAA 2XK6A 3I6UA 3RHKA 4BCMA 3ZSHA 5FP6A 5A6NA 3H10A 3P79A 2W1HA 3A8XA 3NNXA 3MFTA 2VWZA 3PSCA 4TN6A 3LIJA 3VO3A 4NSTA 3LXNA 5CSWA 4JI9A 1JKSA 1T46A 2X8EA 3HA6A 3QUDA 5HVYA 2VO3A 5L6OA 2XRUA 5K9IA 3IW6A 2W7XA 3I5ZA 2VO0A 2P2IA 1NA7A 4K11A 1CM8A 1OKZA 1VYWA 3BHUA 4WG3A 4O0VA 4UYNA 4RLLA 4YBJA 3FZOA 4C2WA 4FKRA 3GCUA 4H05A 3L8VA 4YHTA 2PE0A 3FHRA 4GSBA 3W32A 2X2MA 3KL8A 4D0XA 4IB0A 4JIKA 4GRBA 4MF1A 4O82A 2HW7A 3RI1A 4NFMA 4IHPA 4CMTA 4L8MA 3RCJA 5DHJA 3DBQA 3LAUA 4NTTA 3QUPA 4FL1A 4RWIA 2P0CA 3AMAA 4MVFA 1YHSA 2Y6OA 2XK4A 1FPUA 4ZIMA 1YI3A 2CKOA 4KWPA 1OIUA 3OT8A 5KE0A 2WQBA 2R0IA 3NEWA 4FE2A 5KBRA 4Q5EA 1XH5A 4BDBA 2QOHA 5EM5A 3BV2A 1H1RA 4MD7E 2Q0NA 2W0JA 3AMYA 4I6FA 4YGAA 2C6MA 5ETAA 3R7EA 4GUEA 4AZEA 4F70A 1Q3DA 1OKVA 2I1MA 1H4LA 4EJ7A 3BZ3A 1OZ1A 4U80A 3F3UA 4EK6A 2WTKB 5EW8A 4J8MA 2C1AA 5CU2A 2FUMA 1Q5KA 1H1QA 4AUAA 3FKOA 3LM5A 4U6RA 2C1BA 1H25A 4DGOA 4AOJA 3DBEA 3R1QA 3V5LA 4TXCA 4CFXA 4LM5A 4YUQA 4B7TA 3GEQA 5FQDC 2DQ7X 3F5XA 3TL8A 1Z9XA 2PVLA 2XUUA 2R2PA 4HCVA 4NKAA 2J0LA 4AQCA 4JAJA 3KREA 2PMNX 4PTCA 2OIDA 4R3RA 3I79A 2CCHA 4FTJA 4FKJA 4YC6A 2ZB0A 3AC5A 3QHWA 2JBPA 2GU8A 4FV5A 4KIQA 1UWHA 5AR3A 2OJJA 2X1NA 3GFWA 3MIAA 5EYDA 2G9XA 4W9WA 3ZEPA 3WIKA 3G15A 3VJNA 2BAJA 5ANJA 3PP0A 4FSTA 3DQXA 4FKLA 4ALWA 2PHKA 2IO6A 3CD3A 4HPTE 5IDNA 4M15A 2PTKA 2WMQA 4DGMA 3KEXA 3NYVA 2C0IA 4F64A 4ZSEA 4EH9A 2EWAA 4BCGA 3GCVA 3W2RA 4HYHA 5HKMA 4A9TA 2OIBA 2YJRA 3E87A 3D9VA 4AW1A 3LCKA 3KXMA 2HY0A 4QYEA 3L9PA 1YRPA 3I7BA 5IQCA 1BYGA 2Y6MA 4CKRA 3BIZA 1XWSA 4OTDA 3QYZA 5J1VA 2QC6A 4OLIA 4C34A 4UB7A 4LYNA 2BRNA 3GXLA 2CMWA 3HMNA 1XBCA 4Q9ZA 1PHKA 3E62A 1E1XA 5IG1A 5AIRA 2R4BA 4I1ZA 1H01A 4F9BA 4D58A 3QX2A 4DH1A 3CD8A 4D5KA 1OUKA 4P90A 3C4WA 3Q6UA 4M0ZA 4E7WA 5ANOA 4U40A 3C50A 2YZAA 2R3KA 4RX7A 2QHMA 4C37A 4DFBA 3KULA 3A7JA 5JQ8A 1XO2B 3SAYA 1HCLA 4IB5A 4CG8A 3QCQA 2OZAA 4XG2A 4I3ZA 4HCUA 2W9ZB 3UZPA 4HJOA 3D15A 2WQEA 4I0RA 3T3VA 1FOTA 3UODA 4NM7A 4O7TA 3UTOA 4R7IA 5CEKA 2X7OA 3A4OX 5CXHA 1H1PA 2XM9A 1NVRA 3VWAA 2Y0AA 3P7CA 1OPLA 1Y91A 4RZWA 4C58A 3N4TA 2R7BA 4FL2A 3IW5A 3GU8A 4PPCA 4BDHA 3BI6A 4BL1A 5EQEA 3QQGA 1NXKA 4FT7A 4QYFA 3VS3A 4EOQA 4YU2A 5LWMA 4WUAA 3MBLA 5AIKA 4PF4A 5FTQA 4F6WA 4XG7A 3UDBA 4ANBA 4QPAA 3BYSA 5EK7A 5LWNA 2JDVA 3GOPA 4JG7A 2WMSA 3MWUA 5H9BA 3U6HA 4IB3A 1QPJA 2V5QA 1O9UA 4MX9A 4DG0E 1OIQA 4MBLA 3MN3A 2FO0A 1YWRA 4MKCA 1TQMA 2OJIA 5F4NA 4BKZA 4YZBA 2PY3A 1URCA 2UW7A 3CE3A 4FSUA 4IDTA 3TI1A 2P4IA 1YWVA 3HDNA 4EBWA 1FGIA 3IECA 5BQ0A 3TCPA 5I9UA 3VQUA 2B9JA 2NO3A 1Q3WA 4ASZA 5CTPA 3W8LA 5KMMA 5CQWA 5A46A 3N9XA 1H24A 4WKQA 2YCRA 4FTRA 3EIDA 3FE3A 4C4GA 4D9UA 5JMSA 3FY0A 3EZVA 3R1SA 4I6BA 3LZBA 4PX6A 2UZOA 4W4XA 5BYYA 1UWJA 5JFWA 2NRYA 5JGDA 5ANKA 4L44A 2WFYA 3CC6A 4IAAA 4X6QC 2C5NA 2QOKA 3D7TB 5ANDA 4AT3A 3ZM4A 3WYXA 3PWYA 4FNZA 4FIJA 4ZAUA 1JKTA 1SMHA 4V0GB 2ITZA 3R9RA 3Q9XA 3OXZA 5T6KA 3ZONA 4UMRA 4RJ3A 1ZY5A 1ZYLA 1YOLA 2EB2A 4W4YA 4IZ5A 3V5TA 3BYUA 3HX4A 4JDKA 4EORA 1XR1A 3PJ8A 4DT9A 3C5UA 4FNWA 4AFJA 1M14A 4RQKA 2CKPA 3A4PA 3D5XA 5M4UA 5DMZA 2GQSA 4FTMA 5JGBA 2EXMA 3E5AA 3QC9A 2VTLA 3RCDA 4PMTA 4W9XA 2E9PA 2FVDA 1VEBA 5DRDA 5J79A 4F7JA 1KUTA 4YC3A 1ATPE 3V51A 3SGCA 5AV1A 4FV6A 4FEWA 3QYWA 5M55A 1YXSA 5EDRA 5LMKA 5CNOA 5CVHA 4B8MA 1M17A 5E8XA 3CS9A 4FKSA 2Y8OA 3V5QA 5EM7A 5HLNA 3NYNA 2QO9A 4V01A 1V0OA 2BMCA 3M1SA 3QTSA 2W17A 4XOYA 3ZM9A 4I0TA 5ANGA 1WBSA 2QOBA 5FBNC 2YFXA 4BZDA 4AN3A 4ZSLA 3OROA 3R7UA 4XV2A 5HX6A 2A1AB 4IZYA 2XKEA 4LV5A 2X2LA 2XKCA 1O6YA 5EHOA 4EZ7A 1OL7A 3MPAA 5G1XA 4AN2A 4EUTA 4ZSAA 2W96B 4CYIA 2PVJA 3DAEA 4IACA 5CVFA 4EHGA 3FLWA 4QMOA 3M2WA 5HCXA 3ZUUA 4YHJA 2YLEA 3ROYA 4R7BA 4YZNA 3FMEA 2BRHA 2JKMA 3IDPA 4FKIA 1LEZA 1KSWA 4E6QA 2WOUA 4LGHA 3JS2A 3W2QA 4NW6A 4C36A 2GDOA 3DFCB 5CSVA 5HU3A 4BCOA 4CLJA 2QOCA 1YKRA 4PDSA 3OD6X 4WRSA 5TOZA 4O7VA 4MWIA 4XH6A 4GG7A 3PPKA 3DOGA 2RFEA 3EQFA 2ZV9A 4BYIA 5BUIA 5K5NA 2V62A 4LL5A 5CU6A 3FSFA 2WELA 3FAAA 4EC9A 4FEXA 2WIHA 3G9LX 4DF3A 4BY9E 4ANSA 1V1KA 1TKIA 4RVMA 4L7SA 3QWKA 3TZ8A 2WB8A 4HGTA 3SXSA 3ATSA 2R3MA 5L8JA 4L43A 1J7LA 3IOPA 4IWPA 4H3PA 1YXVA 3NCGA 2WKMA 3LCTA 4J98A 3OCBA 4EQMA 3AT2A 2IZRA 3L8SA 3P86A 1DM2A 3WILA 4RJ5A 4AS0A 4MXOA 4GK4A 5DYJA 1CKJA 4P2KA 5HX8A 1RJBA 3DDPA 3TZ9A 1V0PA 2B9IA 1PKGA 2GNIA 1Q4LA 2ITXA 4JVGA 2QQ7A 5EOBA 5EYKA 4BB4A 4QMLA 4WRGA 4XS2A 3UQFA 3F2NA 2BZKB 3LLAA 4AE9A 4M68A 3FXXA 3AD4A 4UY9A 4MXCA 2GNJA 2PMOX 4XV3A 2CCIA 1PYEA 3EFJA 2NNWB 3PRFA 5CXZA 2VTNA 1S9IA 4G9RA 4RFZA 5IEXA 2CGUA 5E8YA 2OFVA 2UZEA 4JAIA 4U3YA 3BWFA 2JITA 3V8SA 2PMLX 3RM6A 3GENA 3I7CA 5EKNA 4FV1A 1J3HA 2YM4A 5IKWA 4EH4A 4QYYA 4OR5A 2X39A 2YEXA 1OKYA 3LQ8A 1OITA 2OGVA 4FTQA 4J1RA 3IDBA 4S32A 5ANIA 2R3JA 3KCFA 5JN2A 2OIQA 3C5IA 5IH4A 4IVDA 2A27A 4H1JA 4PPAA 4EKKA 3GVUA 5D41A 4F0GA 5EQYA 5FXQA 2O2UA 5KHXA 4MHAA 4TWOA 3OTUA 3RNYA 3E8NA 3LOKA 1ZAOA 4GG5A 1REJA 5L6PA 2OW3A 3R2BA 4EH8A 5KX8A 3EN5A 4QD6A 5IDPA 2C6KA 4F9WA 5J9LA 2CLXA 2PULA 3WZUA 2XNBA 4ZLZA 5I5ZA 2WTCA 5E4HA 3KF7A 3QZGA 5KMJA 4FT9A 3JVSA 5CSXA 5LARA 3QQUA 2ZV8A 5DH3A 4EL9A 2HZNA 3TKIA 3ZXZA 4B4LA 4XLVA 1PXOA 3U8WA 4DGGA 3SRVB 3UYSA 4EH5A 2PVYA 3FZTA 4HZSA 5E92A 3ZOSA 5TKDA 5HTCA 5K4IA 3P4KA 4F6UA 1J1CA 2V0DA 2WPAA 4U81A 4EHZA 3OWLA 4PUZA 5M4FA 1Q8YA 3U87A 4BGHA 2ETKA 2VNWA 3VBQA 3OW4A 2G01A 4FZFB 3DPKA 4D4RA 3ZXTA 5BVOA 2JBOA 3EQBA 4ERWA 3UP7A 2Z2WA 2RIOA 2RL5A 5F9EA 4N70A 3BE2A 1Y8GA 3EZRA 2VWXA 4M67A 4WBOA 5EH0A 2RFDA 4EKLA 4C4IA 4PMPA 4Z55A 1YI6A 4CKIA 5I0BA 2JIUA 2QKWB 4UV0A 5E8TA 5I3OA 3R8VA 3CKWA 1J1BA 2WTVA 3PRIA 2NPQA 4HVGA 5AP3A 4XG4A 3UOJA 3R9HA 1JPAA 2GMXA 2JFMA 3TACA 4BC6A 5DLSA 2WMXA 3Q32A 4E26A 3EQPA 3G5DA 3LMIA 2ZDTA 1OBDA 5AP1A 5CAQA 2UUEA 3E64A 1SNUA 4YTFA 4YPSA 5AP4A 4Y85A 5LMBA 3IS5A 4BDJA 3M11A 5F20A 2YM3A 4RA4A 5AADA 3R00A 2F57A 3GU6A 4FTUA 4HYIA 4WOVA 3S00A 2BR1A 3CXWA 2PUPA 5HU9A 2Y4IC 1G8SA 3DK3A 4CVAA 4QP1A 3LCDA 5GIPE 5HVJA 3QLGA 4NIFA 2GHMA 3EL7A 3FMKA 2XNOA 3R9DA 3EQDA 3KRXA 3P0MA 3UZTA 3KXNA 3LFEA 3NDMA 3P08A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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