3RTPA

Design and synthesis of brain penetrant selective jnk inhibitors with improved pharmacokinetic properties for the prevention of neurodegeneration
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
355
structure length
331
Chain Sequence
NQFYSVEVGDSTFTVLKRYQNLKPIGSGIVCAAYDAVLDRNVAIKKLSRPFQNQTHAKRAYRELVLMKCVNHKNIISLLNVFTPQKTLEEFQDVYLVMELMDANLCQVIQMELDHERMSYLLYQMLCGIKHLHSAGIIHRDLKPSNIVVKSDCTLKILDFGLTRYYRAPEVILGMGYKENVDIWSVGCIMGEMVRHKILFPGRDYIDQWNKVIEQLGTPCPEFMKKLQPTVRNYVENRPKYAGLTFPKLFPDSLFPADSEHNKLKASQARDLLSKMLVIDPAKRISVDDALQHPYINVWYDPAEVEAPPPLDEREHTIEEWKELIYKEVMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Design and synthesis of brain penetrant selective JNK inhibitors with improved pharmacokinetic properties for the prevention of neurodegeneration.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase 10
total genus 96
structure length 331
sequence length 355
ec nomenclature ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date 2011-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3rtpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3rtpA01
4P4CA 1Q61A 4I92A 3JPVA 2I0EA 1G8AA 5KCVA 3P08A 2VWXA 4ZS0A 3NUUA 4D1ZA 1TQIA 3ZXTA 4C2VA 4BCJA 1GZNA 2WFYA 4AAAA 2XIKA 4EOPA 2VTOA 3BI6A 5D41A 5AA9A 1OBGA 2UUEA 1H28A 2GTNA 4O6LA 5HZNA 2YDJA 3MYGA 4RIXA 5ANEA 3BU6A 3UOLA 2VTRA 3V5PA 5L6OA 1Y8GA 5IA0A 3C50A 2BZKB 2QOCA 1MQ4A 3NUNA 3FWQA 3LFNA 2O3PA 3LFDA 4QTDA 2YIYA 4GU9A 2OJFE 3FAAA 2OK1A 3SGCA 3ACJA 4YTIA 5FGKA 4F1OA 2XNMA 3EZRA 4ANLA 4O38A 4DH3A 4A9SA 4QYYA 3C51A 1Q8YA 2GTMA 4FZDB 3UZTA 4J96A 4L53A 3DV3A 5AUXA 3Q4ZA 4EOMA 4U41A 1FBNA 3HYHA 4AN9A 2NRUA 1R0EA 2YACA 4U43A 5CS6A 1QMZA 2WTVA 5HG5A 3U55A 4E4LA 4UEUA 2ITOA 2XM8A 5A4LA 2ITXA 3CQWA 3GU6A 3V5WA 3S1HA 3R9RA 3SV0A 3NVMB 2RFDA 4NM3A 2IN6A 2V7AA 2W1FA 1Z57A 4DEAA 4U42A 3ZO1A 1BI8A 4ZJJA 4FKQA 3NRMA 3UC3A 4RZWA 4FV1A 1OIQA 5IQBA 1OGUA 3PFQA 3FMNA 4ZY4A 4KB8A 5CXZA 5GJGA 4XJ0A 2E9NA 2B54A 5CANA 5DH3A 5FXSA 4JS8A 3BU5A 2QOKA 3ROCA 2X8DA 3R7EA 4CKJA 1IR3A 3C0IA 3VAPA 4BF2A 5ETAA 4FT9A 1GZOA 4EORA 4D0WA 4ASEA 3E3PA 4LI5A 2BVAA 3C7QA 2YM7A 3EN5A 3GI3A 4HJOA 4YJVA 4O91A 3SXSA 4FTAA 4EC8A 4C34A 4LMNA 3R8UA 3L9NA 4OTIA 2YISA 2JKOA 2Y0AA 4M7IA 1ZYDA 4RX9A 4F1MA 4X2NA 1SZMA 3T3UA 3HUBA 1URWA 2YCRA 1OL5A 2B7AA 2PUIA 3CCNA 5LMAA 4XG2A 3RGFA 3ORKA 3RK9A 3QC4A 1MRVA 2JITA 4BFMA 1O6LA 2VWBA 2PPQA 2R3JA 3GENA 3HA6A 4UMPA 4I21A 4AN2A 3NX8A 4JX7A 3PXKA 4Q5EA 4OT5A 4ACMA 4L9IA 4YC3A 5A46A 4PDSA 4PNIA 1WBPA 3QTZA 4JDJA 1WVXA 5L8LA 3KREA 4F6SA 4DBNA 4MQ2A 4WT6A 5F94A 4C2WA 3ET7A 4TNDA 2OWBA 2O63A 3DK7A 3FC1X 5FD2A 3VUKA 4BHZA 5HNIX 4IJPA 5G6VA 1R39A 2Y6MA 4EEVA 3NAXA 2ZB1A 3FLQA 4AWIA 4PDOA 3EL8A 2W96B 4I5MA 1UNLA 5HI2A 1YXXA 3P1AA 5CT7A 3CIKA 3SDJA 1YXTA 5L3AA 4EQMA 5EK7A 4C58A 1R3CA 1ZYLA 1H0VA 2OSCA 5AIKA 2YCFA 3NS9A 5CY3A 4DH8A 5IQHA 3PJCA 2R3RA 3QCQA 3FMHA 5CAPA 4EUUA 1SM2A 3MN3A 4GIHA 4LFIA 1PYEA 2JD5A 5EM7A 2ITNA 2GS7A 4O6EA 4ZSEA 1JKSA 5JSMA 2BRHA 5J95A 4BDIA 2BRGA 3ORMA 2VTSA 4USFA 3FL4A 3EYGA 3N9XA 2IW8A 5EQYA 2WTWA 4E6DA 5LOHA 3EQFA 4U9AA 3A62A 4FC0A 2XJ0A 4FEQA 4WRGA 5C27A 1U46A 4MF0A 4BTKA 4BI2A 2P0CA 3PVWA 2EWAA 3EZVA 3U4WA 2JIIA 1UKIA 2WTCA 1E1VA 2FSOX 2C6TA 4H3BA 4E8AA 3QLGA 4RX5A 1JKKA 2CGUA 1UVRA 3VRZA 3DKGA 3PVBA 4F7SA 2WIPA 3SKCA 4FKIA 4U0IA 2C6MA 3PJ3A 3UC4A 3TUCA 3MJ1A 2VTHA 3E62A 3LXKA 4BICA 4ZTNA 4O7WA 3NUSA 4QMXA 3WYXA 4BKJA 3OTVA 2HZIA 3IDBA 4MWIA 5KNJA 3KRXA 4FZFB 4KUJA 3HA8A 4O1OA 2F7EE 1H1RA 2GNHA 3BYMA 3AMBA 2P3GX 4HPTE 3ZXZA 2PZIA 2C6DA 3R28A 2W1GA 4GEOA 3UNZA 4TPTA 2ZM1A 2XNPA 1XWSA 3K2LA 3ZRMA 5KMJA 1FVTA 5G1XA 3GC0A 4FICA 5M53A 2C5NA 3DU8A 3VNTA 2X4FA 2XNEA 1WBVA 3BHYA 3G9LX 1Q62A 4B8LA 3D0EA 5CF5A 1KE7A 4FSNA 3RCJA 5J5TA 4GW8A 3W1FA 2A1AB 2R3LA 2XK3A 3PRIA 3V04A 4F9AA 4GKHA 4II5A 5CSVA 1CSNA 4I5CA 4PX6A 4O7YA 1YXSA 4USEA 4FUXA 2CKOA 2WQBA 1OI9A 5H9BA 2HXLA 4GFOA 4XV3A 2V5QA 2I7QA 3QWKA 3PXFA 4TL0A 1E9HA 2C0OA 3A61A 2CGVA 3IW6A 4KABA 4BWPA 4J71A 3V8TA 2V62A 3F3VA 3KXHA 4QQJA 4CXAA 4D5HA 2BPMA 3IONA 4S30A 3VJNA 4C4IA 3KK8A 1NVRA 1SNUA 2W9ZB 2GS6A 3BHVA 2XJ1A 4R8QA 4AACA 3C0GA 1KUTA 2V7OA 1JSUA 4JG6A 3R2YA 3UG1A 4PMPA 4HW7A 3FMDA 2C68A 1GZKA 4Q9SA 4YSMA 4D1SA 3Q9WA 4C37A 1ZMWA 2XRUA 4JR3A 4BCIA 4DEEA 4FYNA 3G9NA 1URCA 4GCJA 5AM7A 4D4VA 4O96A 3VUGA 1HCLA 3GNIB 4F08A 3D7ZA 2YERA 2AC5A 1J1CA 3HMIA 3IO7A 3Q96A 2PVYA 4RC4A 4EUTA 1M7NA 4DEGA 4QYFA 2B9JA 4EOKA 1YKRA 2HZ4A 2UZTA 4RVKA 1QPEA 4X2FA 4F4PA 4Y5HA 2BAQA 3ORXA 3BEAA 5HIDA 2R3KA 4FKOA 2FSMX 2R0IA 1KV2A 1W98A 3VQUA 4YC6A 3M1SA 2WXVA 3OP5A 5HQ0A 5K0KA 4U97A 1W82A 3SOAA 3UIBA 3L9MA 2CKEA 3WZJA 4L67A 1YRPA 1Q8UA 4YZDA 4L00A 3KC3A 4FV6A 2PY3A 3BZ3A 3UVPA 2IW9A 3ZSIA 4RJ5A 3ZDUA 4A7CA 5C8NA 5KMIA 2OICA 3CSVA 2PMOX 3IGOA 4F64A 4G3CA 4NL0A 1KV1A 1V0PA 2PMIA 1FQ1B 2XUUA 4IADA 4NKAA 5CVFA 4IDVA 4CV9A 3FPMA 3PA5A 3A60A 4JQ8A 4BB4A 4EJNA 5ICPA 2XF0A 4R5SA 2O2UA 3TEIA 5TT7A 3QX2A 2C0IA 1IG1A 2OG8A 4EOLA 5AR3A 1Q5KA 3UBDA 4D58A 4LRMA 3AT2A 4KIKA 2XCKA 1CTPE 3IK3A 3LE6A 4FSRA 4I4EA 5E8XA 1XKKA 2RF9A 4NKSA 2ZV2A 2QOOA 3WF5A 5HE0A 4OBOA 3EWHA 3FQHA 4DH7A 3CC6A 5J9LA 4NW5A 4MTAA 3LIJA 4IMYA 5LWMA 2BALA 2BKKA 5AMNA 2F7XE 3G15A 4EZ7A 4HGTA 4PMTA 2CLXA 4O0UA 5HGIA 4E5AX 5CEKA 2JFLA 3QALE 5CX9A 4C57A 5FTOA 2XIRA 3UDBA 3FKOA 3PG3A 2P2HA 2YWVA 2J50A 4FNZA 4QMWA 2GCDA 2J90A 3AT3A 4D9UA 4I0TA 3WE8A 4DA5A 1OKVA 3IW8A 3MFTA 4Y95A 3EIDA 3VUDA 4U6RA 3QTWA 3KU2A 5D11A 4GS6A 4DEDA 4BDDA 4Q2AA 4AZEA 2JKMA 4PP7A 4D55A 5B7VA 5BYYA 5HNGA 4U3ZA 5M06A 4ZZNA 2PWLA 4ZSGA 2ZOQA 4D2TA 4UMTA 3N4TA 2J0IA 4KBCA 4X7QA 5BMSA 4OW8A 3NUAA 2I0HA 3OS3A 4YLKA 3O23A 1JBPE 4HGSA 5C26A 4BIBA 4FL3A 4RIWA 2QC6A 4YTCA 3KULB 5AA8A 3LXNA 3NPCA 5FLFA 4O7RA 2PSQA 2XNBA 4FBXA 4J52A 2FA2A 4WD5A 5F4NA 5CAUA 4CV8A 4FEVA 4CLJA 1PKDA 3QCYA 4BDJA 1XH9A 2JBOA 3UPXA 4ANSA 4F0FA 5ANIA 2PVKA 4O7SA 3BCEA 3ZFMA 4KKGA 4HNIA 3U51A 4I5PA 4G5PA 3OY3A 2YHVA 4FKWA 4WKQA 4X21A 3R7UA 4AP7A 4QMQA 5CAQA 5IEXA 4FEWA 4IACA 5HX8A 5LARA 5FM2A 2Y4IC 3VBVA 5JRQA 3E63A 1V1KA 4AW1A 2VGPA 2XK4A 4RX8A 3AD5A 5DWRA 4MXCA 4FV5A 4X3FB 3Q9YA 4O2ZA 4D9TA 2OH4A 3TJCA 4A9TA 2QOHA 5M56A 5D1JA 4TYGA 3ZFXA 4IHPA 3ZZWA 3QQKA 5D10A 1LR4A 5IEYA 3IW7A 3UTOA 4GK2A 2OLCA 3Q04A 4OBQA 3UJGA 3Q9XA 4AQCA 2OXYA 4YR8A 5IA3A 3LAUA 3BIZA 4YJUA 4L8MA 2X7GA 4QPMA 4N57A 3R7IA 4C4EA 3OHTA 4W9WA 4D2VA 4F9BA 1OUYA 4GV1A 1ZZ2A 3ANRA 4LUEA 2PYWA 3MPAA 4RRVA 2CGXA 2FGIA 3HDNA 3ZUVA 3F2NA 4J8MA 4AFEA 2E9PA 2R64A 4LOPA 4QNAA 4FNYA 4IDTA 4FTLA 5L8KA 4GKIA 3R8PA 4AT3A 4QP1A 3QFVA 1MQBA 2EU9A 3D5UA 3EMGA 2QOLA 3M42A 5CU4A 5HVYA 1H4LA 5H8GA 1PXNA 3UNJA 3D83A 2QO7A 2YM4A 4A4XA 4D0XA 5KE0A 4W8DA 1XBAA 2PVJA 2RG5A 4F7JA 4FTRA 4L6QA 4O7LA 2JDSA 2X2LA 4KKEA 4KRCA 2C3KA 3AXWA 4UB7A 3TKHA 2XRWA 1U54B 3KF4A 5KBQA 2G15A 1SMHA 4RBLA 4UXLA 3LFFA 4LL0A 2JLDA 5DRDA 4BIDA 4O86A 4GG7A 1SNXA 2HZNA 3FHIA 4G3FA 4RGJA 3UIXA 3D4QA 5E4HA 4W4XA 2BRMA 4DFUA 2BR1A 5KHWA 4KRDA 3GC9A 3TZ9A 3DJ6A 4UZHA 2J5EA 2XK9A 5CVGA 5I3OA 4M66A 3FXZA 3PVGA 4LOOA 4DITA 4EOJA 4CG9A 1YI4A 3CGOA 4O21A 5E92A 5AEPA 4DE4A 4EC9A 1AD5A 2WKMA 4RFZA 2BZIB 4QMLA 3ROYA 3ELJA 4IM2A 4DFYA 3PPJA 4NFNA 4D5KA 4Y83A 3EKKA 1QPJA 1WVYA 4UMQA 4ZP5A 3V8WA 2VTAA 3QA0A 2C3JA 2C6KA 2G01A 2OZAB 3ORPA 5I9XA 1KE6A 2F2CB 2XIYA 2QU5A 5CZHA 4G3EA 2YLEA 3QZFA 3F3WA 4IJ9A 5H3QA 4QYGA 3LQ5A 2JDTA 2O5KA 2VWIA 3Q52A 4DC2A 3QTXA 3ZCLA 4DH5A 4UN0C 5JGDA 4W8EA 4C3PA 3NNUA 3SX9A 3Q2JA 4KNBA 1OM1A 4R3PA 4I24A 1KWPA 2VRXA 3QZIA 4RFYA 4J95A 4DHFA 4G3DA 2B0QA 5DR9A 3VBWA 3VS4A 3O51A 4KIOA 5F9EA 5I9VA 4FVRA 2PHKA 2XYUA 4AFJA 5CYIA 5IPJA 4WA9A 2XH5A 3RCDA 3UP7A 1OKWA 4K11A 4M14A 4QT1A 5HIEA 4LG4A 3U4UA 2EB3A 4D2WA 3KY2A 3OWLA 1J1BA 3PSBA 3L8XA 3I0QA 3ZU7A 4EOOA 3GOPA 3TT0A 1H8FA 4R7BA 3DT1A 5F20A 5AJQA 3V51A 4ANNA 3SG9A 3OC1A 3RVGA 3BYUA 3MIAA 4IXPA 5DIAA 5HO6A 5C4KA 2QNJA 2VGOA 3C4ZA 3D15A 3ZC6A 3I5ZA 4RC2A 3ATTA 4HZRA 2XJ2A 3UOKA 2RFEA 4QP4A 3UP2A 3QTQA 2GNIA 2ETRA 3QKKA 1JKTA 3KN6A 5BVOA 4RC3A 3LMGA 2UVXA 2RGPA 4I6QA 4S31A 2GHMA 5KKRB 3DK3A 4R78A 3BRBA 3DFAA 2XK6A 3E3BX 2NO3A 4JI9A 3GGFA 4AOTA 4AZWA 3O8UA 3BGQA 3PXRA 3Q4TA 3O8TA 3TL8A 4L3LA 4YJNA 3SRVA 4BTFA 2C3IB 4FSZA 4BC6A 2CKPA 3L8PA 3TV6A 3QTSA 2HXQA 2XZSA 4C35A 4JQ7A 4CFMA 2R5TA 1UWHA 2WMAA 3R73A 1I44A 5E8UA 2IVVA 2GS2A 2VX3A 3R7VA 3W2RA 2W0JA 4PUZA 5IUHA 2VWYA 4IZAA 3JYAA 2ONLA 3PG1A 3Q6UA 3NYOA 4FNXA 5E8ZA 1O6KA 4G16A 1J7IA 3ANQA 3FHRA 5EOBA 3OXTA 5A9UA 4L3PA 2CN5A 2B52A 4L52A 4NH1A 3MV5A 5IG1A 3FZPA 4PF4A 5IEVA 4HYIA 3LCOA 3FI3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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