3QD0A

Phosphoinositide-dependent kinase-1 (pdk1) kinase domain with (2r,5s)-1-[2-amino-6-(3-amino-1h-indazol-6-yl)-4-pyrimidinyl]-6-methyl-n-phenyl-3-piperidinecarboxamide
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
286
structure length
274
Chain Sequence
QPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structure-Based Design of Potent and Selective 3-Phosphoinositide-Dependent Kinase-1 (PDK1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 89
structure length 274
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3qd0A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3qd0A01
4FIJA 2PZIA 5TO8A 5IISA 3SHEA 4JX3A 3IQ7A 3ZTXA 1KOBA 3KREA 3CD8A 5LVLA 3LHJA 3D2IA 4OGRA 4RX9A 3DJ6A 1Z5MA 4GIHA 1OITA 4LOOA 3TDVA 2ITZA 4MBLA 4FSQA 1KV1A 2YM5A 4PP7A 3UYTA 5FWKK 4XRLA 5BVNA 5AP6A 2B52A 5LCKA 4TYHB 5GZ8A 3PZHA 3R28A 4AP7A 5KMMA 2OXDA 4EOOA 4TN6A 2WTWA 4C62A 1JQHA 4YZ9A 3FE3A 3C4ZA 4QTCA 4XG3A 3SW7A 4XX9A 2I0VA 4BDIA 2C0IA 2EVAA 1DAWA 1WFCA 3OP5A 3FSFA 3AC3A 4MWHA 4RLKA 4WNKA 4E4LA 2GNLA 4GS6A 4AE6A 2C4GA 2WTCA 3HP5A 3Q5IA 5IKWA 3QD4A 1FBNA 2UZEA 3PE2A 3SDJA 4IWOA 4FTKA 2R64A 3L8SA 4FKPA 3FI2A 3MWUA 4DINA 4FZFB 4EH5A 1KE7A 4KBAA 1GAGA 2VWXA 4FT7A 4ANNA 3NNVA 1OL1A 4X6QC 4FV7A 4X3FB 5M51A 1Z9XA 3I0QA 4HCUA 3HDMA 4L46A 4MXOA 3H0YA 4ZOGA 5FG8A 4BWKA 2W05A 4JRVA 2EXEA 2E9PA 4FKWA 4P5ZA 4FV9A 4CFNA 3UOJA 4LOQA 1ZMUA 5CS6A 2ZM1A 4RWLA 1WBSA 3BELA 1FGIA 3BEAA 2X4FA 3FI4A 4G3GA 4ZJJA 1YOJA 2NRUA 3SG9A 4G9CA 2JDOA 4R77A 1FINA 4I93A 4DFBA 1WZYA 3FV8A 4ZTLA 3SV0A 4JNWA 2YM7A 3ETAA 5J7BA 2F9GA 2AYPA 4YJUA 3MB7A 5DE2A 4RVMA 2OU7A 2CN8A 3R21A 2J2IB 1K2PA 2XF0A 3OWJA 3ORXA 5KCVA 3W2CA 2G2IA 3QGWA 3GU5A 4IAZA 4XYFA 3CS9A 2XJ1A 4L00A 4WKQA 4R5YA 2J51A 3VWAA 3DY7A 4DH8A 3VF8A 5I9XA 3FQHA 3V04A 4ORKA 1H1SA 4QMVA 1W0XC 4DGNA 5KUPA 4YLKA 1FGKA 1M2RA 1KOAA 4YLJA 2XNGA 4U8ZA 4C3FA 3F82A 5JK3A 1OB3A 1NW1A 1CDKA 2P33A 5E8WA 3TNIA 4AFJA 5K4JA 4L8MA 2WTVA 3MVMA 3ZO3A 3CLYA 3Q4TA 3QHWA 4M3QA 5IMEA 3WIGA 4CFMA 2BTRA 2IO6A 3TEIA 3H9RA 5HO8A 4S30A 3MIAA 4AU8A 1DI8A 1JOWB 3Q3BA 5FEQA 5HLNA 3TZMA 4K2RA 1TQMA 5HCYA 3FLYA 4QMWA 2JGZA 3SQQA 3IDCA 4FL1A 4I6BA 1BI8A 4CFWA 2E9OA 5M09A 2RFNA 5DA3A 3UZTA 3FLQA 4F64A 2O8YA 1WCCA 3E7OA 5HBEA 3RNIA 3OROA 2UVYA 2Y7JA 1M17A 1PMEA 4DEIA 3QUDA 3HDNA 1OM1A 3ODYX 4Q5HA 2VUWA 4D5KA 2DQ7X 4IAAA 2XA4A 1YXSA 4OAVB 2EU9A 1Y6BA 2X7OA 3IPHA 3ZFXA 3C7QA 3R2YA 5FD2A 2X9EA 3DBFA 1F3MC 2JDRA 4BWXA 2YIYA 2V22A 4FKLA 3Q52A 4QOXA 4D55A 4IVDA 4ERKA 3QD0A 1W83A 3BGZA 2UZWE 5I9UA 1UKHA 3MW1A 3OBGA 5I0BA 1L8TA 3VS7A 4O84A 3L8XA 3PPZA 3FY0A 1UWJA 5H8EA 3WE4A 2ITQA 5DRBA 4FODA 5AP4A 2YJRA 2PSQA 3TKIA 3MTLA 4DLIA 5KO1A 3FEGA 4HGTA 3TM0A 2XK3A 3PUPA 2H9VA 3S3IA 4DG0E 2RFSA 3I4BA 3G9LX 4FZ6A 3NUAA 4I5MA 3FXXA 3FHRA 4ACGA 3UIMA 5CSXA 4LGHA 2QD9A 1IAHA 4KS7A 5KBQA 4ZAUA 4EZ7A 4MQ2A 3VBQA 4QP9A 3D5WA 4AGUA 2RSVA 3MJ2A 1PRYA 2XBJA 4PTCA 4DT8A 3V51A 4XBRA 3S1HA 3E87A 2A2AA 1IR3A 4BIEA 4BVUA 3DKOA 3DBEA 4ASXA 5L6WL 3JY9A 5C26A 3EMGA 3MN3A 2R3OA 4HCVA 4F9AA 2OJJA 2QNJA 2C6MA 3LLTA 1GZNA 3HX4A 2WQEA 4M15A 3KCKA 1OL7A 4XLVA 4AX8A 3QBNA 1GZKA 4TYJA 4D1SA 2WIHA 4NJDA 2WMUA 1PKDA 2YERA 4YUQA 1GIHA 2XBAA 1Q5KA 1GZOA 5M06A 2JLDA 3V5WA 4ZS0A 3ZM4A 4EH6A 3MFRA 2XK7A 3DOGA 4YSMA 4OUCA 4WSQA 3GC0A 5KNJA 4PNKA 3PLAE 2YIRA 3CD3A 5FTOA 4BCHA 3TUCA 4XV3A 5KMKA 4DEBA 3PY3A 1O6KA 4D2RA 3QTIA 4C3RA 5GZ9A 2NRYA 2PTKA 4KD1A 4M13A 4A4XA 3FMHA 3LCDA 2I0YA 1XHAA 2HW6A 3LW0A 2BAQA 1UWHA 3SG8A 1Q61A 5EHOA 5DG5A 5CX9A 2QR8A 4RLLA 3T8OA 5HEZA 1HCKA 4X2NA 4HVIA 3UPZA 4MXAA 4BIBA 4K6ZA 4AN2A 4CCUA 5GIOE 4F7LA 3P0MA 1YI4A 4GFGA 5AR3A 4FSMA 1QPDA 3KQ7A 4IAIA 3VHKA 4BGHA 2I0EA 3BE9A 5F1ZA 3ELJA 2R3GA 3FZ1A 2WD1A 3FI8A 5CQUA 2B1PA 3QTWA 4BYIA 3VS1A 4AA4A 2YZLA 3EKKA 3NAYA 3CPBA 3QRUA 2J4ZA 3T9TA 5KMJA 3EFKA 3FBVA 2J5FA 4FTQA 2VWYA 1PXIA 5TT7A 2CPKE 3R73A 4R7BA 4JAJA 4D58A 3QAME 4Z7GA 1NXKA 4RWJA 3OT3A 2QKRA 2JKKA 2CCHA 2GFCA 3FSKA 2X7GA 3F9NA 5IA5A 2NNWB 3LKMA 4O7WA 1AD5A 2BHHA 3BCEA 3IGOA 4L45A 4QMSA 4RWIA 4BBEA 2JD5A 1U59A 4FG8A 2JAMA 1TKIA 4XMOA 3LQ5A 5EFQA 4A4OA 4DG2E 3OZ6A 3QZHA 1BUHA 3U54A 1OVEA 5BVFA 4R3PA 4XV1A 3M2WA 5IQEA 5IA3A 1IRKA 4ZIMA 5CAOA 4I92A 2C6OA 4FV8A 3QTUA 4U45A 5F95A 4PF4A 2WMVA 3OXIA 5CAPA 4BR3A 2VO0A 5T68A 4LMUA 2IVVA 5CU4A 4IWPA 1ZMWA 4M8TA 3PA3A 4MF0A 2VX1A 3JXWA 4J8MA 5IEVA 3LPBA 4FIGA 4IHPA 5CU2A 1Z57A 2XNOA 3FLWA 4CLIA 1DI9A 2IPXA 3NNUA 3NYNA 4MAOA 4EH8A 3EN6A 3PVUA 4QQCA 3QQFA 3DKFA 4PV0A 5EM5A 5EYKA 1XBCA 5H2UA 1W84A 2X2MA 2J0LA 4GUBA 4GSBA 4IX3A 3GCSA 5ETIA 3GEQA 2HXQA 4LUDA 3ZYAA 3A61A 3FY2A 4WT6A 4YTFA 2IN6A 1J7UA 1T45A 4Y72A 3ATSA 3P7CA 3KXXA 4YJTA 2R0UA 3RBWA 5J5TA 2OH0E 1AGWA 2C6KA 4E20A 3HAMA 2B53A 3HEGA 5A4QA 3UQCA 3FLZA 2E9UA 4E4MA 3QLGA 1XR1A 3TJCA 4O96A 4BC6A 4GJ3A 4JQ7A 2R3RA 4IZYA 2OF4A 3KGAA 4MX9A 4L6QA 4LG4A 2OK1A 1M7NA 2C6TA 3ZSIA 3W8LA 1B39A 3EJ1A 4BKZA 4QQTA 4ANSA 4XNEA 4WRSA 3UOKA 3R30A 3R8VA 4U97A 3V3VA 4MEDA 1XH8A 4BCMA 5HNIX 3PIZA 3KXZA 3ZZWA 3BLQA 4UWCA 5DT3A 2VTQA 4FV5A 2WMTA 4R5SA 3R8MA 3R9DA 2W4KA 5E8ZA 3VBTA 5HQ0A 1YXXA 5IDNA 5LVMA 1OKWA 4FEQA 5LWNA 2VTTA 2WU7A 4IX5A 5E8YA 5HIEA 3ZFYA 1VEBA 3RVGA 5EKNA 4BHZA 2UW3A 4FTIA 4BF2A 4MYGA 4BDKA 1VR2A 3QKLA 4YURA 5L2QA 2F7XE 3Q6WA 4JJRA 4M0ZA 4NW5A 1H1WA 4YTIA 4NIFA 3ZC5A 4JR3A 3FZSA 4FOBA 4YNEA 2IJMA 4LL0A 2XK6A 4A4LA 4YHTA 3R1NA 3ATTA 1UKIA 3CJFA 4YO4A 3BYVA 3U4UA 4ANQA 2GQGA 3FMMA 3VQHA 1AQ1A 4QYGA 5EM6A 3UZRA 1P4OA 2WPAA 2HWOA 3FKLA 4CZTA 3VBVA 4H05A 2H34A 5CXZA 3I6WA 4E4NA 5I5ZA 2QOIA 3ENHA 4MXYA 4TYIA 4U81A 4HGEA 4G5JA 4K0YA 2VZ6A 4FV0A 3EQIA 1Q3WA 4DEEA 2VGPA 5E8UA 3GCUA 3OF0A 3Q32A 5M57A 3AC4A 5LWMA 1M7QA 4PTEA 3B2WA 2PU8A 5J9LA 3LXNA 3N4UA 4FNYA 3NW6A 1RDQE 3O0GA 5FXRA 4RGJA 4YU2A 3D15A 2G1TA 4FGBA 4YNOA 2QOHA 5CEQA 3AD4A 3W18A 3MPTA 3R8UA 1YHVA 1MUOA 5HG9A 3R2BA 2VTLA 4YO6A 4JQEA 4EWQA 2BROA 3MA3A 3ZRKA 4ASZA 4U44A 4B8MA 2XVDA 4DFYA 1UU9A 3EQDA 5L2IA 5BQ0A 3B8QA 2VTMA 3A7GA 2FYSA 2O65A 4A9SA 2PUNA 4ZJVA 2V5QA 4E6DA 5E8XA 2BMCA 1HCLA 3KVXA 1E1XA 4NK9A 4FTNA 5AUTA 5LMKA 3OEZA 2BZIB 3LCSA 2QONA 2BDFA 4M69B 2Y4IB 2BIYA 3KC3A 5F4NA 2IG7A 3CQWA 2GSFA 3MY5A 4IVCA 4J99A 4FZ7A 4PPBA 3IOPA 3ZUTA 4B8LA 5LMKC 4C4FA 3Q53A 2V62A 4A9UA 3DFCB 1XH5A 4BDAA 4GJ2A 3KRRA 3CY3A 4CEGA 3EZRA 2XNPA 3BHVA 4I6QA 4YJQA 3AG9A 2PUPA 3RPYA 4ZTNA 1JSUA 4CZUA 2FSTX 5HVJA 3QZGA 2C47A 5H3QA 3RTPA 2VWIA 2WOUA 5EHLA 3MPAA 4KRDA 4ZSAA 3EN4A 3O8PA 3FWQA 3ZDUA 4H1JA 4I4FA 1BKXA 4I0TA 1YRPA 3JPVA 2YAAA 3COMA 1NT2A 4NUSA 5DN3A 3DCVA 4JQ8A 2YHVA 3PRFA 3EQHA 2HELA 3VF9A 4RQVA 5CEIA 4FVPA 3B8RA 3GCVA 4LM5A 4EZ3A 4AT5A 4USFA 5ETAA 3LMHA 2X9FA 3VC4A 2JEDA 3QFVA 4BDEA 5HOAA 4LUEA 1OIQA 2VWZA 2OWBA 3FMEA 4IB5A 5IU2A 3RWQA 2BPMA 3B2TA 4EUTA 5AAEA 2Y6OA 2BDWA 3DK7A 3I5NA 4BCIA 3IOKA 4EUUA 2HZ4A 3FKOA 2WMRA 1H1QA 4M0YA 5FTQA 3W32A 4HJOA 3MV5A 5GJDA 3HRBA 5EDRA 3EL8A 2P55A 2PMOX 2PUUA 2XIZA 3EB0A 1H1RA 4CG8A 2UW5A 2CNQA 2C5VA 4Q2AA 3PG1A 5CI7A 2WNTA 4J96A 3VJNA 3ZFMA 3ORLA 2VTJA 1ZOHA 1OL5A 4FF8A 5CNNA 4O1PA 5HU3A 2BRHA 4JLCA 4U5JA 4Q5EA 4DFLA 4BTFA 3HMNA 3BYOA 4JBOA 3PLSA 2QHMA 1JNKA 1SM2A 1XBAA 3Q5ZA 2QOQA 2P2HA 3O2MA 4EOMA 3PJ1A 5DT0A 2G2HA 5HG8A 3FDNA 4FSRA 1LEZA 3TKHA 2GHLA 3R1YA 4UXQA 5ANKA 3F3VA 3F7ZA 4L3LA 5HCZA 5GZAA 3QTXA 4CZYB 4F65A 3LFNA 5DNRA 1QPCA 1H27A 3CJGA 2X2KA 3AC2A 2C1AA 3DTWA 4QP6A 4QPAA 1OPKA 4FE2A 2PZ5A 4QTDA 1OKVA 4UEUA 2XYNA 5IA0A 4O7SA 4C4IA 3O8TA 4DFNA 5CF5A 1R0PA 4NFMA 2CLQA 2HCKA 5DT4A 5EW3A 4UX9A 4RQKA 4X2GA 4U41A 4FSUA 5HE3A 1OIUA 2DWBA 1GJOA 3ORKA 5DR9A 5HE2A 3F66A 3K2LA 2XIYA 1UU7A 4M7IA 4JBPA 3R83A 5I3RA 4KIKA 3D7TA 2VX3A 3V5JA 3C1XA 4D2VA 4NM5A 5BYYA 5GJGA 4BGQA 5LVNA 3V8TA 5DH3A 2QOCA 2R4BA 3CCNA 4E5BA 3ACJA 2P2IA 1ZMVA 3A7FA 3DTCA 2ZV7A 3F3TA 4BCNA 3SD0A 3TN8A 3F2AA 2PPQA 1K3AA 1WBVA 2OJIA 5HU9A 3NVMB 4I0SA 5CTPA 3JYAA 3BPRA 1ZYDA 5F20A 3LM0A 4ZP5A 2J0IA 3F5XA 5JGBA 1UA2A 3VS4A 4KINA 2JDTA 1IAJA 4G3FA 1Q8UA 1BL7A 1RE8A 1Y57A 5GINE 3OCBA 4FV6A 1ZYCA 3HP2A 4PUZA 2HW7A 4YTCA 1MQ4A 2ITNA 4TTHB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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