1JOWB

Crystal structure of a complex of human cdk6 and a viral cyclin
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
291
structure length
277
Chain Sequence
DQQYECVYGKVFKARDLKNGGRFVALKRVRVQTGEEGMPLSTIREVAVLRHLETFEHPNVVRLFDVCTVSRTDRETKLTLVFEHVDQDLTTYLDKVPEPGVPTETIKDMMFQLLRGLDFLHSHRVVHRDLKPQNILVTSSGQIKLADFGLARIYSFQMALTSVVVTLWYRAPEVLLQSSYATPVDLWSVGCIFAEMFRRKPLFRGSSDVDQLGKILDVIGLPGEEDWPQAFHSKSAQPIEKFVTDIDELGKDLLLKCLTFNPAKRISAYSALSHPYF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for CDK6 activation by a virus-encoded cyclin.
pubmed rcsb
molecule keywords CYCLIN HOMOLOG
molecule tags Cell cycle/transferase
source organism Saimiriine herpesvirus 2
total genus 63
structure length 277
sequence length 291
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2001-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1jowB02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1jowB01
3MA6A 3TZ8A 3TN8A 3F7ZA 4EJ7A 4J97A 2VO0A 4E1ZA 1YI3A 3Q96A 2NP8A 5HD7A 2RG5A 5GZAA 2WFYA 4OTQA 4BIBA 3PVWA 2J0JA 4K1BA 2QOOA 1JAMA 3EIDA 3ZSHA 1WVYA 4ZAUA 2XNEA 3KQ7A 4BCMA 1WBOA 4PV0A 1YVJA 4A9YA 4FTNA 4KSQA 4U8ZA 2YITA 5HCXA 2UW4A 2W06A 3PVBA 1J7LA 3KXNA 4FKRA 4Z9LA 3W18A 2FB8A 3I5NA 4DINA 2V7AA 4HYIA 2G01A 4B0GA 4BY9E 5DRBA 2ZV8A 5FDPA 3DK7A 2P55A 5I9VA 5JQ8A 4GK2A 5FP5A 2W1IA 4M3QA 4APCA 4NIFB 5LVNA 3KCFA 3CTHA 4USDA 4F9BA 4WIHA 4BHNA 2CGVA 4HYUA 4CRLA 3A7IA 4RWJA 4NIFA 4NH1A 4FR4A 4FTLA 3FZ1A 3GC8A 3D5UA 2UW0A 3OT8A 3EOCA 4LGGA 2WD1A 4W4WA 3MPAA 5T3QA 4EK5A 4D1ZA 4FUXA 2VWUA 4DTAA 4DT9A 3NGAA 1H08A 2X8EA 5D9HA 3R2YA 5AP6A 1W83A 3NUYA 2XJ2A 4LL5A 4IBMA 5IDNA 4EH5A 2VNWA 4FZFB 3QF9A 4FSRA 4J96A 4PL4A 4BYIA 2IG7A 4RIWB 3LZBA 1OL6A 5I3OA 4BL1A 4M84A 4FA2A 1OKWA 4GYIA 1Y6BA 3VNTA 3KRJA 3UQGA 4RIWA 2XKEA 2WU7A 3HECA 2QLUA 4BI2A 2FGIA 4UMQA 5AP3A 3BQCA 5AAEA 4LQMA 3DAKA 2VV9A 4I5HA 5IEYA 3QRKA 3UVQA 3NS9A 4DG2E 1PJKA 2PVJA 4MTAA 4U5JA 4LRKA 4MX9A 2OXYA 3JS2A 3FUPA 4QTEA 2YERA 3CPCA 3DTWA 4AX8A 3Q53A 4GV1A 3BGPA 5BVWA 3GOKA 4C62A 5LCKA 4KB8A 2XIZA 5E8UA 4HYHA 3DBEA 2FSLX 3Q9YA 5ETAA 2IW9A 2BRNA 4ZSAA 3NCZA 4CG9A 2ITTA 3PPKA 3Q60A 5CEMA 3FJQE 5DR2A 3HV4A 1I44A 2FVDA 2UW8A 5IEXA 1JKKA 4CCBA 4FGBA 2CJMA 2R7BA 3HMOA 4NFMA 5TF9A 4C4FA 1URCA 4FIFA 2WTCA 5BQ0A 1ZYCA 2XEYA 5FXRA 2A19B 3JY9A 3VS5A 2C1AA 4LOOA 3LXKA 5IA3A 4IWOA 4EZ3A 4HPUE 2PVLA 2QKRA 4HNFA 3BE2A 5DFPA 4BCQA 4IQ6A 4AGCA 1H27A 3AGLA 4P2KA 3BYMA 4ITHA 4FKVA 5AUWA 4J8MA 1SVGA 4TY1A 4C7TA 4EH7A 3FQSA 2WTJA 4AN2A 2YEXA 4KNBA 2VWBA 4GKHA 5DLSA 1BYGA 4FT7A 1MUOA 5IA1A 2BILB 5FQDC 4RA4A 4WHZA 3C4XA 4M13A 1PMVA 4EH3A 4DBXA 4EOKA 4R7IA 4J1RA 3COKA 2C0TA 3ITZA 4RLLA 1NVRA 4BWXA 5I9WA 5CEKA 1HOWA 3U4UA 2JDVA 5AUTA 5CALA 2P0CA 5M53A 3BWFA 4AZTA 4G16A 3FPQA 1J1CA 4LGHA 4G31A 3R1SA 5C1QB 3NUXA 4IEBA 3TNPC 5J87A 4IX5A 3ZUTA 2WMAA 3FHRA 3WIKA 4F70A 2O8YA 4L68A 3FLWA 4YNOA 5JEBA 3QWKA 4EJNA 3UPZA 5AX9A 3GCVA 1FVTA 3RAWA 4QNAA 1J7UA 4YHJA 3H9OA 3UZPA 2WMRA 4A9UA 1URWA 3GCSA 4DH3A 1Q61A 1XBBA 3WILA 4ONAA 2XMYA 2X4ZA 2C68A 4GU6A 4QYGA 5DE2A 4ZJJA 1F3MC 3SXSA 3MN3A 3IO7A 4TN6A 4MXZA 4QTDA 5A6NA 2ITWA 4JJRA 3CTQA 3BLHA 4MXOA 5AA8A 4O0UA 3AD5A 5CS6A 2AUHA 4H36A 3NUAA 3ID6C 3D14A 4CKRA 4R5YA 2REIA 1E1XA 2WTVA 3FXZA 4C3FA 3K5UA 4G9CA 5JKGA 1BL6A 5JSMA 3G90X 2ETRA 3NIEA 1Q5KA 4NK9A 3NAYA 4ZLYA 3PY0A 2EXEA 5TE0A 2XVDA 1XWSA 5ANJA 2QR7A 5HICA 3CIKA 1ZYDA 4QP4A 3ULZA 2J0IA 1H1QA 5L2WA 2W1ZA 3V5QA 2CNQA 2PWLA 3IW6A 2IZRA 2OIDA 3DBQA 4JXFA 4C61A 2PMIA 5CU3A 3OMVA 2YISA 3C51A 2WMVA 2ONLA 3U4WA 4U6RA 3F6XA 3DFAA 3VRZA 3ZLSA 5CF4A 5CY3A 4UV0A 3LCKA 2HK5A 2UVXA 3OUNB 4TKSA 5KCVA 2R9SA 3KU2A 2UZBA 3UP7A 2WEVA 4WNMA 5CSPA 4QOXA 2C47A 2XK7A 3EFLA 4H58A 4QMSA 2X8DA 5E1EA 3UJGA 5K4JA 3PP1A 4L45A 4WBBB 4ZZOA 2HZNA 1U5QA 4B4LA 5L2IA 4B99A 5K4IA 2E9UA 3VS6A 2V55A 1UWHA 3FXWA 4P7EA 3O2MA 4FSNA 4LUDA 4A9TA 3CEKA 3E7OA 3KXHA 2QQ7A 2WXVA 3DPKA 4Y73A 5AX3A 2YWVA 1G5SA 1UVRA 3C0IA 2J0MB 2YCQA 3NYOA 3R8VA 3L1SA 4BDGA 3Q4CA 5CTPA 5EDRA 3GQIA 5E92A 2CLXA 1P4OA 4TZRA 4A06A 3FKLA 3V8SA 4YJTA 4YJSA 3KCKA 2R64A 3W16A 3BV2A 2QLQA 3R1QA 3NW7A 4ANOA 4BCIA 2FH9A 4FEXA 4UMTA 5EW9A 2BKKA 4DEDA 1DS5A 1Q41A 3IK3A 5KMJA 4C38A 1ZZ2A 4WG4A 3IW7A 2CSNA 3UZRA 4F64A 1M17A 4XRJA 2W1FA 2RL5A 3R00A 2YDJA 3R9HA 4D58A 5JFXA 1QMZA 1PXKA 4JOAA 4YJUA 4CLIA 2ZAZA 2JKMA 2I6LA 4KRCA 4L6QA 2UVYA 3BIZA 4YZCA 4C34A 1UNGA 3F2NA 4B8LA 2ZDTA 3TZ9A 1BI8A 3E8NA 2ONLC 5CSWA 3TV6A 4BICA 4BTJA 4LL0A 4N70A 4GT5A 5DG5A 2BPMA 4JIKA 1DI8A 4JT3A 4NJ3A 4BDFA 4O2ZA 2ERZE 2JAMA 1YDTE 2AYPA 4O0YA 5FG8A 3PFQA 3VUKA 3EFWA 3O51A 4EKKA 3F3WA 4XX9A 4YSJA 3SC1A 3C0HA 4BDCA 4BDHA 1J1BA 4KBCA 2OJGA 5GIPE 3EL7A 4NM3A 3SAYA 4IH8A 1ZYJA 2C6OA 3R73A 4RIOA 4WNOA 2P2IA 3ZHPC 4FKTA 4QMUA 4IB0A 5C8MA 3C50A 2JKKA 4KD1A 4BHZA 4WRSA 4L3PA 3ZBFA 2PSQA 3R71A 4X3FB 4ZTLA 1JSTA 3QX2A 3WZUA 3OEZA 3AC4A 3FI3A 5HX6A 3BYSA 3O8TA 4ACMA 3FPMA 4X3FA 3T3UA 3R04A 4WA9A 3RP9A 4EH8A 4I93A 5LQFA 3PSCA 2B54A 4MWIA 3BYVA 2A0CX 3F3ZA 4MXYA 5IU2A 4I5MA 2YIQA 3H0YA 4GVJA 5CSXA 2DS1A 4W8DA 4AE6A 3B2TA 2XCHA 2I0YA 3QRJA 5GZ9A 3UOKA 5M06A 2R0UA 4DLJA 2R3PA 3NIZA 4JDJA 4BWKA 3TWJA 3QD0A 4G6OA 5FM3A 1YHWA 4OR5A 4RFZA 5HVKA 2R3OA 3BHVA 3ZRMA 3QUPA 2Y6OA 3BGZA 3QQJA 2R3RA 2X2LA 2QC6A 1I09A 4IW0A 4FT9A 1STCE 4ERWA 3VQUA 5HIEA 3HP2A 2FA2A 3H0ZA 3P79A 5CSVA 4UMUA 5DYJA 4FTJA 4W9XA 3THBA 3CY2A 4LM5A 5FTOA 1OIUA 4OTIA 1PKDA 4OT5A 5ETCA 5HTCA 5M4FA 3LQ3A 3DT1A 2G15A 2FO0A 3E8EA 4U9AA 1OIYA 4Y46A 4L9IA 5HZNA 4CGAA 3KREA 1CMKE 3GENA 3R63A 4C33A 2J5EA 1YXSA 1FMKA 1YXUA 1YKRA 5C9CA 2W1CA 3F82A 5DH3A 4EYJA 4XJ0A 1YWRA 5HLPA 4DBNA 3L8SA 4F09A 3OHTA 1T45A 3TJCA 2UZWE 3F69A 2UZTA 4AP7A 5IA2A 3ZM9A 2EXCX 2FUMA 4CFUA 4RT7A 2GHLA 3A60A 3D7TA 3BU6A 2GFCA 2IZTA 1DM2A 2J7TA 3BCEA 4UXLA 4GKIA 3PLAE 4AE9A 4FSQA 2HWOA 3DCVA 4U81A 3B8QA 1RE8A 5HI2A 2WZJA 1CKPA 5K9IA 3ZUVA 3PE1A 3FBVA 3LCSA 5TO8A 2ERKA 4BI1A 4IMYA 4ITIA 2J2IB 3MIAA 3G0FA 3OCGA 4S31A 3W2SA 5D1JA 5JRQA 4CXAA 4X3FC 4ZOGA 3P9JA 5K3YA 2YACA 4HVDA 4I4EA 4MD7E 2OICA 5LMKA 4EK4A 4M7IA 5HU9A 2W5BA 3P0MA 3GFEA 3I5ZA 1PHKA 4YLJA 3ZFYA 2NPQA 4QMPA 4QNYA 5FEDA 4QMYA 3D83A 3IG7A 3F2RA 4X6QC 4FV2A 5IUHA 4R5SA 5E1SA 1BI7A 4BI0A 4R7BA 2WTKC 5CEQA 1M52A 4BFMA 4U42A 3W55A 3P7BA 4L01A 3JR1A 3N4TA 3W2CA 4F6UA 5EI8A 4RJ7A 1H4LA 2PUPA 3GU4A 4GG5A 1SM2A 3D4QA 2YIWA 3CQUA 4L52A 5AM7A 5JK3A 5BNJA 3OY1A 4RX9A 3NYNA 4B7TA 3N51A 3OG7A 3TKUA 2YLEA 4MBJA 1Q24A 1R78A 4CD0A 3D9VA 3IGGA 2JLDA 4L7FA 3VJNA 4DLIA 2QO9A 5EDQA 4EWQA 3ZOSA 4RX5A 3MIYA 3UOJA 1JSUA 2C3IB 3W2OA 3OOGA 2GDOA 3RJCA 1TQIA 2VWVA 3BZ3A 3RCJA 1H1SA 5CAUA 2A4LA 2OK1A 3DKCA 2J0LA 5AP0A 4D1XA 5KMOA 4ZSGA 4B8MA 5D10A 3Q9XA 5E91A 3MFTA 3BEAA 4ORKA 2JITA 3FI4A 2QVSE 3D2KA 1W82A 1WBSA 2GTNA 3G9NA 2YIXA 4G5JA 2E9PA 4BDAA 1KV1A 2NO3A 3I4BA 3QU0A 4W4XA 4ZIMA 3Q5ZA 4FNZA 4M67A 2PE1A 3QX4A 2BZJA 1QCFA 2Z7LA 4E4XA 1EH4A 4AACA 4BCNA 4QMNA 4FIHA 3L8VA 5CZHA 5E8TA 2R3HA 4D55A 2J5FA 5LMKC 4AN9A 3FZOA 4Y5HA 2E9NA 4CMUA 3D5VA 2C0OA 4FNYA 4M66A 1BX6A 2G9XA 4O0XA 3SXRA 3S95A 3FLZA 4WUAA 4QYYA 2CDZA 4FYNA 2QOFA 3UMXA 3PA5A 2QOHA 4FV0A 3R7IA 4NW5A 4O7WA 3RK7A 2I1MA 3E87A 4G17A 4U44A 4U3ZA 2YA9A 5JN2A 2YM3A 5B0XA 5HOAA 3TDVA 4LUEA 3PWDA 2CGWA 2HELA 3A7GA 1WVXA 4QYHA 4R7HA 3W10A 4ASZA 4EOJA 2J6MA 3U8WA 5DBXA 4IX3A 4IAKA 5H2UA 3WE4A 1Q8WA 3LFQA 4I20A 2WELA 3G0EA 5AP2A 3FY2A 5IH5A 3FC2A 1V0PA 2CGUA 3MH0A 3NCGA 2UZNA 3QXOA 2CN8A 4FZAB 3UQFA 2PTKA 4CFMA 5BYZA 4U7ZA 3VULA 5EQYA 3QWJA 1BLXA 3ACJA 4JQ8A 4O96A 4DEIA 3QXPA 2JEDA 4EONA 3O17A 2YCFA 3U6HA 3QUEA 3R8PA 4JX7A 4FI1A 5H3QA 5AUVA 4BCPA 1BMKA 2GQGA 4CFVA 4DCEA 4R1YA 5D12A 4MBIA 4F63A 5KZIA 3AMYA 3DS6A 5E90A 3PY1A 4FSZA 2QR8A 3L8XA 5GNKA 3WZKA 3MFRA 1PMEA 1Q8YA 2I0VA 4FV6A 5CU6A 3DTCA 4RC2A 4PUZA 2GU8A 4BCFA 3COMA 2JIUA 3EKKA 3ZEPA 2IVVA 4IZ7A 2XP2A 2W4KA 4WRGA 5IPJA 3EYGA 4O86A 2F7ZE 5K5XA 3DJ6A 1QPJA 2FYSA 3FDNA 4FTOA 4QTBA 3W2PA 3NSZA 4K8AA 3VBTA 4YO4A 1ZMUA 4ZXTA 3W33A 4FTAA 2WKMA 5AAGA 3R0TA 2GQRA 5FXSA 5D41A 4KBKA 5L6PA 4QPMA 1KSWA 3A4PA 2RGPA 3SKCA 4BCHA 4UX9A 1PYEA 2R3QA 5H8BA 5ACKA 5IQFA 5AP1A 2IW6A 2OKRA 4HOKA 4HGEA 2XK3A 3PG1A 4MK0A 4U3YA 1OI9A 1PXPA 2ZMCA 4FG8A 3TNQB 3IONA 2BDJA 2OG8A 4HVHA 2C6DA 3ANQA 4IDVA 4O82A 3VWAA 3PWYA 3ELJA 4QQJA 4QP1A 3AG9A 4C57A 2OFVA 2R3LA 1FBNA 4C4JA 1OUYA 4CFFA 2VTOA 4KAOA 3O0GA 5HNGA 3EQDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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