1OKVA

Cyclin a binding groove inhibitor h-arg-arg-leu-ile-phe-nh2
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
295
structure length
295
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights Into Cyclin Groove Recognition. Complex Crystal Structures and Inhibitor Design Through Ligand Exchange
pubmed doi rcsb
molecule keywords CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 79
structure length 295
sequence length 295
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2003-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1okvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1okvA01
3HP2A 3UDBA 4MH7A 4F08A 3MFSA 3LMGA 4C35A 3KKVA 4ZMEA 4LI5A 3W8QA 4C4JA 4ZAUA 1IG1A 2IJMA 3M1SA 3EQRA 3C51A 2WTVA 2JKOA 4FTIA 4PPBA 2RFEA 2YLFA 5HNBA 2FA2A 4FTJA 4FI1A 5CSXA 3W18A 1E9HA 3Q4UA 4TYHB 4FGRA 3SXFA 3G51A 3RHXA 3FDNA 4P5QA 4NJ3A 4DEEA 4NH1A 4WIHA 2EXMA 5EHLA 4FSRA 4AFJA 2WTJA 4RJ8A 4FL2A 2CCHA 2XKFA 4XLVA 3G9NA 4F9AA 4HVSA 2CNQA 2ZDTA 2XB7A 4D58A 3DAKA 3QXOA 2OZAA 4GIIA 5HG5A 3AQVA 3SGCA 2IZRA 4DGLC 4F7SA 3KK8A 4GRBA 3VWAA 1TVOA 2VWIA 4IX6A 5EKNA 3QWJA 4BBEA 3SQQA 4QMSA 3U51A 3QWKA 3KFAA 4UX9A 4FTQA 2AUHA 3GCUA 3UOKA 1PF8A 4QMUA 3UE4A 2GHMA 3DV3A 3D7TB 3E64A 3SXSA 4BCOA 4EORA 3HVCA 5EOBA 1BI7A 3TV6A 4PNIA 4EOMA 2ZB1A 1OZ1A 3L8PA 5CQUA 2GHGA 3Q4ZA 5CAVA 4R1YA 3NUUA 1WBWA 4X21A 4RVKA 3VS6A 4O38A 1ZOHA 3EQCA 3EZRA 5J1VA 3BCEA 5CASA 5FXSA 3R22A 4EJ7A 3VO3A 2PZRA 4GCJA 2QU5A 3PSBA 4FKSA 5AAFA 4DH3A 1J3HA 3GC7A 4UN0C 1GJOA 1VYZA 4JAIA 4UEUA 4XHKB 3ID6C 2C69A 3QKLA 1XJDA 4HZRA 4P2KA 1CDKA 4I5PA 1A9UA 4D2VA 1J1BA 4FIFA 4IBMA 4EC8A 4TL0A 4N70A 5I3OA 4O0UA 3P9JA 2XRWA 5I9UA 3ROCA 1H08A 4HCUA 4O6LA 5E8UA 4ZK5A 4HGEA 3N4UA 4TY1A 3F3WA 4PL4A 5HORA 3OY3A 5CENA 2QNJA 2YCRA 5CZHA 5CEIA 4NM5A 1K9AA 5J9ZA 5M4FA 2XUUA 4W4YA 4WG3A 4ZXTA 1WBSA 3KN5A 4XV9A 3TV4A 3ZZEA 4O1OA 4OAVB 4ASEA 2BDJA 2YERA 4DEGA 4DTBA 5IEXA 2OIQA 1AGWA 4NM3A 3ORIA 5C8NA 3LFAA 1U54A 1PMVA 4FSMA 4FTNA 2BIKB 4BBMA 3RI1A 3FLSA 4OBQA 3DAJA 1VEBA 3W2CA 3D4QA 4EBWA 3L8SA 1W98A 3QD4A 2XYUA 5M55A 5IQFA 5C26A 3FUPA 2UZWE 4RC2A 5EW8A 4IDVA 1XBCA 2QVSE 2YCFA 4C61A 4ERWA 4J71A 5IKWA 2B1PA 1OL6A 4RJ6A 3W2RA 4ASZA 1JPAA 2WAJA 4TWOA 2ZV2A 3R9DA 1IR3A 2G15A 4F99A 3P0MA 2C0TA 3UOHA 2X9EA 5FXQA 2G2HA 2OJGA 3ZZWA 4YTHA 1FVTA 5DT0A 4ZTRA 3WIGA 4XG9A 4RGJA 1XH6A 3FI8A 4FK6A 4KRCA 4C02A 2GS6A 4Y5QA 3R2BA 3DGKA 3EQIA 3IW7A 4ASDA 5A46A 2O5KA 5IDPA 3SW7A 4FSZA 3PZEA 4CFUA 1Q24A 3LXNA 4KS7A 5EW9A 1KE9A 2YACA 4O0WA 1XWSA 1H1PA 4OGRA 3A7IA 4YJPA 3GNIB 3ZXZA 4M66A 3G6GA 4H1JA 4FR4A 4EK6A 4HGSA 4AAAA 3RVGA 5A4EA 3VUMA 3RWQA 3B8RA 2JD5A 3NIEA 5GHVA 4FTMA 4XG8A 5JMSA 5HESA 4LFIA 5AP7A 2O8YA 2CPKE 4F0GA 4K18A 4KBKA 5DR6A 3QBNA 4HVDA 3TWJA 1GNGA 1YQJA 3TDWA 4F6UA 2G9XA 5BMMA 4DFXE 3OHTA 4C4FA 4EH3A 3QTSA 2W17A 3EKKA 3HL7A 2HELA 3W2PA 3OWKA 1DAYA 5KUPA 5M4CA 5AM6A 2RG6A 3IPHA 3LFCA 4CYIA 4BDDA 5AWMA 2XRUA 3NCZA 2UUEA 3TKIA 3QA8A 4KKEA 4RA5A 5F94A 4D2WA 5CAPA 4R3CA 3ZRKA 3LIJA 3RK5A 3D2KA 3AD5A 3QU0A 1YXXA 3K3JA 4MXYA 3DJ6A 4R6VA 3UPXA 3PPJA 3NDMA 4WG4A 4O0VA 4ZS0A 2HXLA 3ORXA 4XRLA 4NCTC 2XKCA 3PSDA 2JFMA 4CFVA 4N0SA 5HLWA 4FZAB 2WMVA 4JDKA 3ALOA 3BYVA 5FTOA 1KE5A 4CV9A 4L6QA 3AC3A 2QKRA 2BRGA 3POOA 3ZUUA 1U4DA 2BR1A 4F7JA 3F5GA 2GTNA 3CJFA 4U79A 4CMTA 5IQCA 4O91A 2HENA 1OITA 2ZV7A 3C7QA 3DLZA 3C5UA 3KRLA 5DNRA 3DQXA 2PL0A 3HMIA 5T6KA 2C6MA 3E3BX 3UYSA 3FHIA 4X2NA 3UQFA 5DRBA 5CSWA 4YJVA 4XRJA 4EH4A 5JSMA 3AMAA 4D0WA 1FMOE 5JK3A 4S34A 3D5VA 3DZOA 2JITA 1U59A 1CKJA 2OI4X 4O0YA 4Y85A 4KIQA 3T8OA 3VUIA 4ANOA 5IMXA 1JVPP 4IMYA 4TWPA 2R0IA 3HMOA 4YR8A 4O7RA 3V8TA 2V7OA 5IG1A 2B9IA 4BDHA 2WTWA 3GQLA 1W8CA 3HX4A 4U6RA 1V0OA 2FSOX 4V0GA 4CSVA 3VF9A 4H3QA 1JAMA 3FC2A 4JRNA 1OPKA 2YAAA 4EQCA 5K4IA 1Z5MA 3ALNA 4JOAA 4QTAA 3UMXA 2YZLA 3ATTA 2BRBA 2BZIB 3NSZA 4IWDA 3HRBA 5DIAA 3TZ9A 3FZSA 3HLLA 2W4JA 4FYNA 5JFWA 1ZMVA 5BYLA 4BR3A 4QOXA 3RTPA 4C33A 1OBGA 1M17A 4NFMA 5AR2A 3BGZA 4EOSA 4FNWA 5L3AA 4BHZA 3NNWA 1G3NA 4PDSA 4EEVA 3DTWA 4A9TA 5M56A 3VJNA 4YC8A 3TDVA 1PJKA 3Q5ZA 4BWKA 5DBXA 4E7WA 4FV2A 5EW3A 3P1AA 3SC1A 2G2IA 1ZY5A 4GV1A 4QMQA 2JDSA 4MBIA 4I6HA 5ANOA 2PWLA 1OL2A 4MQ1A 3VS0A 2XZSA 4FE2A 4U5JA 2UW9A 3TV7A 4AUAA 4XJ0A 3IS5A 4QQJA 5ANKA 1H07A 1YOMA 3ZBFA 3QRUA 4AACA 1WCCA 3NGAA 4C2WA 4AW0A 4AX8A 4I6BA 3OY1A 3O96A 4N57A 5LMBA 3PWYA 4O7TA 4IAYA 1YXUA 2W1IA 2I1MA 4H39A 4QQCA 3LMIA 2PVLA 3ZLYA 2HXQA 1UVRA 1Q97A 2VRXA 3B2TA 3OMVA 3BIZA 4AZWA 4NK9A 3QF9A 4DLJA 1VYWA 1Y8GA 2XM8A 2YEXA 4WOVA 4ASXA 4O7ZA 4UWCA 3R63A 2IZUA 2GNIA 2UZDA 2W5AA 2X2LA 3I1AA 4QD6A 5B2KA 2QONA 1PXNA 3O8PA 4RZWA 4BDFA 3TN8A 1ZYCA 1XHAA 3HYHA 3BYOA 3ZSIA 2BUJA 4J96A 3UYTA 2ZM3A 2WMBA 3M42A 1JLUE 2JGZA 2PZIA 3B2WA 3EQHA 4K6ZA 3LQ3A 5AM7A 3ZHPC 4M84A 2W1HA 3I0QA 3IGGA 5KMKA 2KTYA 4RBLA 4G5JA 3QTZA 4HGTA 5AR4A 3RKBA 2ERKA 1YWRA 5KX8A 2UZUE 3E3PA 1FQ1B 4M14A 4TNDA 4YJRA 1KUTA 2NPQA 4DAWA 5IUGA 3AC4A 4RJ4A 2VUWA 3N4VA 1WBPA 3H9OA 5M51A 1BYGA 3ZM4A 3RNYA 5HE1A 2WPAA 4L46A 4FV3A 3TNHA 5L2TA 3DOGA 3CQWA 3CTJA 4G3DA 3F3UA 1M7QA 2X81A 3EQGA 4TYGA 4WBOA 5KMMA 3PDTA 2PVYA 2J5EA 4IAIA 3HA8A 4QNYA 3RK9A 3WZJA 4LGDA 3TACA 5DYJA 4XS2A 5IA2A 3L1SA 3VN9A 4QMTA 5C4LA 4MF1A 2CKPA 3MJ1A 1UA2A 3O23A 2OZAB 2WO6A 4G9RA 4D1SA 4IAZA 4IFGA 2RFNA 3HNGA 4IZ5A 3E93A 4FKGA 4B99A 4YZNA 2JIUA 2QI8A 4QP6A 4EQMA 3KVWA 2PHKA 5JEBA 2Y4IC 5BX0A 3V5WA 5ETAA 4BF2A 4RC3A 1I09A 2CJMA 3FY0A 3R71A 3OWPA 1WVXA 2OJ9A 3F82A 4TYIA 5JRQA 4E4NA 1O6KA 2C3IB 2Z7QA 2PE2A 4IZYA 5DN3A 4IANA 3VC4A 4O2PA 4AZTA 5C01A 3QKMA 4XMOA 3SD0A 3VHEA 3E7VA 1M52A 3UJGA 3W1FA 3HV6A 1YHSA 2ZAZA 1ZYDA 2WMQA 3BBWA 4AOIA 3U55A 4FTCA 4PTGA 3GC0A 3QQFA 3UPZA 4GL9A 4MXOA 3CKWA 3GBZA 3JUHA 3FQSA 3I79A 3JYAA 2B7AA 5GJDA 4W9WA 4GFGA 4LOPA 4RLKA 2FSLX 3E63A 1PMUA 3JY9A 5CF5A 4G6LA 4XBUA 2REIA 3MY0A 4ZJJA 2YISA 3L9MA 1OBDA 2Y6OA 5EM8A 4E4XA 3HDMA 1OVEA 3QQJA 2ITTA 4P5ZA 1WBVA 3V6SA 3GOKA 3UZTA 1JKTA 5HD7A 3R9HA 4BZOA 4ITHA 4I21A 3BI6A 4MD9E 2GFCA 5BYYA 3SRVA 2X39A 3MY1A 4F9CA 4C58A 3BU3A 3F3VA 3GU6A 5IUIA 2PVMA 2YDJA 1U54B 3JY0A 2BHEA 4BI2A 3KF7A 2BPMA 3FMNA 4QMNA 3R0TA 2QURA 3DB6A 3VNTA 4X2KA 2WMXA 3FKNA 4E26A 1XQZA 3R21A 3C50A 3F7ZA 5BVKA 2F7XE 3ZO3A 4RWIA 5IA0A 4JQ7A 3LXKA 2JDRA 3BLRA 4L3LA 4PTEA 4S32A 4PNKA 4X3JA 1OKZA 2OBJA 3VUKA 3W55A 4FV5A 4ZSJA 4M13A 4KWPA 3DCVA 5H8BA 3MTLA 4FODA 2HOGA 5KMOA 5CTPA 4O7SA 4GU6A 2X6DA 5FG8A 2WIHA 4GFOA 3LE6A 3DBFA 3QRTA 3VVHA 2AC3A 4U97A 1WBOA 4MXXA 2VGPA 4FIJA 3MFRA 1UWHA 2XEZA 4ZZOA 4UALA 5IISA 1FGIA 1WBTA 3NUNA 1IAHA 5GIPE 5JZNA 3QYZA 5L6WL 3DXQA 4EOQA 4NUSA 2F7EE 3F61A 3FLYA 3FZRA 3UVRA 3FHRA 4F64A 3G33A 5IH6A 3TUCA 5IZFA 1RE8A 2B9HA 4FK3A 1GZKA 4FKRA 5LVMA 4FSQA 5FTGA 4Q9SA 2W5BA 2A27A 4ACMA 4OUCA 1LEZA 1UU9A 4QYYA 3W8LA 2J4ZA 3OP5A 4H1MA 5KHWA 4NFNA 5CI7A 2HYYA 4CXAA 3CE3A 1KV2A 3L9PA 3MTFA 5ACKA 4FZDB 5CEKA 2XH5A 5ANDA 4LRMA 5HVKA 1H0VA 3BYMA 2XIZA 4HYUA 3H10A 3QTIA 4EH8A 4L42A 4DFUA 2O0UA 3BQCA 2W1ZA 1YDRE 3PXYA 4DH7A 3ENMA 4GVAA 4IZ7A 4AGDA 3UO5A 2H34A 2OWBA 3R7OA 1JOWB 4NCTA 3P7CA 5FDXA 4AZSA 4E6AA 5CI6A 4Y73A 4W4VA 1BKXA 5AA8A 3UMWA 1W83A 1BLXA 2W4KA 4WNOA 4X6RA 1I44A 2XVDA 5AUWA 2XK8A 1NA7A 2W5HA 2C5VA 2YABA 4S2ZA 3V6RA 4B8MA 1PXPA 3PE2A 2XIXA 5HQ0A 5GJGA 2PK9A 2WHBA 3KU2A 5HNGA 5ACBC 3UZPA 3Q3BA 2YIYA 4XG6A 2JIIA 4WRGA 2BRMA 2PVJA 4Q5HA 5EQEA 3OBJA 4AF3A 4AXAA 3MS9A 4G6OA 2PVRA 5JN2A 4CGAA 3KEXA 2E9VA 3R7YA 4X6QC 3FLZA 2Y0AA 1PY5A 2C4GA 3B8QA 1PXMA 4G3CA 4F6WA 4G16A 4AOJA 1H24A 3NUYA 3IECA 4BDIA 4DGGA 5DR9A 2Z02A 2J5FA 4TXCA 4DC2A 4ENXA 1ZRZA 1PHKA 1QCFA 4ZTQA 3U6HA 4I1ZA 5KZ0A 1K3AA 2VGOA 3TTJA 5JRSA 2ZVAA 4BZDA 3ORKA 2VWUA 4G31A 3VW8A 3DNEA 4GT4A 3VF8A 2DWBA 3PXZA 3Q96A 2J0KA 4MHAA 1U46A 3FY2A 1FVRA 3U6JA 2BKKA 3ZSHA 4S31A 2X8IA 2GCDA 4AW2A 4EOOA 1UU3A 3FBVA 3E92A 3PRIA 3WZDA 4M15A 4L45A 1J7LA 4WD5A 4GU9A 4EK8A 1M14A 4V0GB 4EOKA 3P08A 4QMPA 3A61A 3IGOA 4YUQA 4FSNA 3P7AA 3TM0A 3KA0A 3SKCA 5JT2A 4FIEA 4MYGA 4QMZA 4PDYA 4R7BA 1GOLA 2FO0A 4EONA 3G6HA 3HMMA 5ETCA 3A8XA 3F5PA 2VTQA 2Y8OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3IDP A;  3RCJ A;  3F2R A;  2ITU A;  3MBL A;  3TUD A;  2VX3 A;  4WUA A;  4E8A A;  5CQW A;  4O81 A;  3ORN A;  3NEW A;  2ACX A;  2IWI A;  1SVH A;  4YTI A;  2ZV9 A;  4CKR A;  1DI8 A;  3C5I A;  3OBG A;  2FVD A;  4AW1 A;  5CEP A;  2WB8 A;  3ORT A;  4P4C A;  4I24 A;  4ARK A;  3I5N A;  2CGU A;  4GW8 A;  3R6X A;  5T3Q A;  4DF3 A;  3COK A;  1JSV A;  4QMO A;  2XYN A;  4NIF B;  2WIP A;  4ZP5 A;  4PRJ A;  2BAK A;  4FSW A;  5D9H A;  4CQG A;  3FZT A;  4U9A A;  1BL7 A;  4CEG A;  2OF4 A;  3I6W A;  3RZB A;  5L6O A;  5AP5 A;  4D4Y A;  2GHL A;  3IOK A;  5CF4 A;  4JIK A;  1YI6 A;  3V5P A;  2XK6 A;  4IX5 A;  5HIC A;  4J53 A;  4BCG A;  2CKQ A;  5GZ9 A;  1SZM A;  4IM3 A;  2VWB A;  3QCS A;  4EKK A;  2VWV A;  5CAO A;  2WKM A;  2WTK B;  5LQF A;  4USE A;  1H27 A;  3HRF A;  3FML A;  4USF A;  3OZ6 A;  5AX3 A;  5HTB A;  3ZFY A;  1JKK A;  3EN5 A;  4RFZ A;  4GT3 A;  2W7X A;  4EUU A;  5A9U A;  4MNF A;  5HO6 A;  3FPM A;  2PZP A;  4AN2 A;  3MV5 A;  3QZH A;  3VBX A;  4ALW A;  3F2A A;  5CF8 A;  2XF0 A;  2W05 A;  3P86 A;  4ZTS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HP2 A;  3UDB A;  4MH7 A;  4F08 A;  3MFS A;  3LMG A;  4C35 A;  3KKV A;  4ZME A;  4LI5 A;  3W8Q A;  4C4J A;  4ZAU A;  1IG1 A;  2IJM A;  3M1S A;  3EQR A;  3C51 A;  2WTV A;  2JKO A;  4FTI A;  4PPB A;  2RFE A;  2YLF A;  5HNB A;  2FA2 A;  4FTJ A;  4FI1 A;  5CSX A;  3W18 A;  1E9H A;  3Q4U A;  4TYH B;  4FGR A;  3SXF A;  3G51 A;  3RHX A;  3FDN A;  4P5Q A;  4NJ3 A;  4DEE A;  4NH1 A;  4WIH A;  2EXM A;  5EHL A;  4FSR A;  4AFJ A;  2WTJ A;  4RJ8 A;  4FL2 A;  2CCH A;  2XKF A;  4XLV A;  3G9N A;  4F9A A;  4HVS A;  2CNQ A;  2ZDT A;  2XB7 A;  4D58 A;  3DAK A;  3QXO A;  2OZA A;  4GII A;  5HG5 A;  3AQV A;  3SGC A;  2IZR A;  4DGL C;  4F7S A;  3KK8 A;  4GRB A;  3VWA A;  3W0Q A;  1TVO A;  2VWI A;  4IX6 A;  5EKN A;  3QWJ A;  4BBE A;  3SQQ A;  4QMS A;  3U51 A;  3QWK A;  3KFA A;  4UX9 A;  4FTQ A;  2AUH A;  3GCU A;  3UOK A;  1PF8 A;  4QMU A;  3UE4 A;  2GHM A;  3DV3 A;  3D7T B;  3E64 A;  3SXS A;  4BCO A;  4EOR A;  3HVC A;  5EOB A;  1BI7 A;  3TV6 A;  4PNI A;  4EOM A;  2ZB1 A;  1OZ1 A;  3L8P A;  5CQU A;  2GHG A;  3Q4Z A; 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