2WFYA

Truncation and optimisation of peptide inhibitors of cdk2, cyclin a through structure guided design
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
295
structure length
295
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Truncation and Optimisation of Peptide Inhibitors of Cyclin-Dependent Kinase 2-Cyclin a Through Structure-Guided Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 80
structure length 295
sequence length 295
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2009-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2wfyA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2wfyA01
3DBCA 4HCUA 4G2FA 3N4TA 3VS2A 3UE4A 3E7VA 4UX9A 4Y5QA 4UMTA 3IGGA 2BPMA 3S95A 5HVJA 4MHAA 3EZRA 4O2ZA 2ITXA 2WEVA 3BPRA 4PPAA 3W55A 2XF0A 3BEAA 4EEVA 3KU2A 1OM1A 4BCQA 4Y73A 3QWKA 4DT9A 2JIVA 4RIXA 2VWZA 2I0YA 3LVPA 3MW1A 4MBIA 1Q3WA 2WMBA 4PPCA 4FVPA 2QO7A 2P2HA 1DI8A 1YOJA 3K3IA 4IZYA 4L9IA 5T68A 3THBA 5IDNA 1ZYSA 3KVWA 3QRIA 4M66A 4L43A 2QCSA 3QQHA 4AQCA 1HCLA 3EJ1A 3E87A 3JS2A 2EVAA 4U42A 4ZSLA 2W17A 3VBWA 4L01A 3MVLA 3FV8A 4GYGA 4FTRA 2ZV7A 3R2YA 2PZRA 1Q5KA 4BB4A 3MS9A 3OWLA 3IPHA 4J95A 3QQJA 2ZV8A 5JGDA 4IQ6A 2R0UA 2XJ2A 2PUIA 3ZUTA 3PXRA 4LQMA 2W1ZA 3U6HA 3UOJA 4QPSA 2YDIA 3SVVA 3BU5A 3RP9A 2CKEA 2F49A 4GSBA 3MVHA 5JFSA 2Q83A 1LUFA 3D4QA 3BLRA 4R7HA 4CQGA 2X4ZA 1EH4A 4M14A 4APCA 4LOQA 2W1IA 3V04A 4JDKA 5E1EA 5AR5A 2QG7A 4M84A 2X6DA 3HDMA 5BMSA 4AZSA 1JSTA 4JQEA 3UIXA 4O84A 2OIBA 3DB6A 2R4BA 1VEBA 3OBGA 5BMMA 3UQGA 4NSTA 4CV9A 3LCDA 3ACJA 1GIJA 5DR6A 3BHTA 4HVGA 3NNXA 2XKDA 4H39A 4KBAA 2AC5A 4WG4A 5KUPA 2Y6MA 3ZRMA 4KSQA 3NUNA 4PQNA 4RSSA 3HV5A 5CNNA 1ZYJA 5FTQA 1A06A 1LP4A 2G2FA 3U9CA 4C02A 4PRJA 2WTKC 3FI2A 3AC4A 3VHEA 3PIYA 2R5TA 4UMUA 5C8NA 1MUOA 4LI5A 4JR3A 4BDJA 3FKOA 4AAAA 1PKGA 5CF4A 3O7LB 4HVSA 4L7SA 3QTSA 2ITQA 1BL6A 5FP5A 4DHFA 2C30A 4O7NA 2YCFA 2HOGA 2W0JA 4FEUA 1F0QA 3GFWA 2C6IA 4EOLA 5M4IA 3DAKA 3PVWA 5A4EA 3FUPA 2R3KA 3K5UA 5A4QA 3LQ5A 3QZGA 2VX3A 3R63A 4II5A 4QYEA 1VJYA 2ITZA 2XBAA 3AT2A 3HDNA 4PF4A 3LMGA 5BVFA 2WIHA 3FI4A 5IQFA 2ONLA 3I7BA 3U4WA 5KCVA 5CASA 4RZVA 4Z9LA 3GT8A 2B9IA 5AWMA 3O50A 4EYMA 1Q4LA 3E93A 4V0GB 2ZM3A 4FKQA 5J5SA 2XNGA 3FZTA 3E8NA 3RK7A 4OTHA 3BYMA 4FSZA 2PULA 4ZMEA 3HEGA 1PXOA 2EWAA 2BHEA 2I7QA 1H1QA 4G34A 4L3JA 4MX9A 4MD7E 4EUTA 2GU8A 3IS5A 4AE9A 5T6KA 4DEIA 3RINA 3LFBA 1BLXA 4FEWA 5DGZA 1R39A 2BTRA 4XLIA 3E62A 3ZZWA 3FHIA 1ZY4A 3SQQA 1W98A 2WHBA 4UY9A 4UXLA 3TV7A 4IHPA 4U79A 2XIKA 3FLZA 2G1TA 4QPMA 2W4KA 1Y8YA 2ETMA 4JX3A 4NU1A 3R21A 2CNQA 4V01A 4CGAA 3ZONA 4WBOA 5AP6A 5EFQA 5IPJA 4TWNA 4FZFB 4AG8A 1JKKA 4W9XA 4IE9A 3FPQA 5IZFA 3TV6A 3NCZA 4E6QA 2VAGA 4FKGA 2XRUA 4BKZA 1ATPE 5HO8A 3R8MA 4QMYA 3V8TA 2FSOX 5LVNA 4D1ZA 3DQWA 2HENA 5DBXA 3NUXA 4DFYA 1TQMA 2FB8A 2H9VA 4MXAA 3GBZA 4XRJA 2QONA 2ITTA 2VTOA 4FKPA 2QU5A 3ZUUA 2XYUA 3HL7A 4CT1A 3A99A 4XCUA 2XRWA 3LJ0A 4AU8A 3PG3A 1M2RA 2WTWA 4WNMA 2VNWA 5E92A 3MH3A 5E91A 4ZZOA 2GHGA 5IQGA 3ZHPC 4ZS4A 4V05A 2WMQA 4CTCA 4O83A 3O8UA 4C59A 2WMVA 3W10A 4F64A 1SVEA 4WOVA 3MH2A 1IA9A 2O64A 2RSVA 3HA6A 3P78A 5K5XA 3SRVB 4KIOA 4N6YA 5C9CA 3R8ZA 3A7HA 4AZTA 3ANQA 3GC8A 5B2MA 4ALWA 3LPBA 2ITOA 4RQKA 4IX3A 4ACMA 2A0CX 4FSRA 5CS6A 4E4MA 3BX5A 2ITUA 4AW5A 4EZ7A 3DBDA 4CQEA 5TR6A 3TACA 3TIYA 4MWIA 3S00A 3TUCA 3ODZX 2C5NA 3SG9A 1PMVA 4BWXA 3ZLSA 3MFSA 1WZYA 3M1SA 3QX2A 4G6OA 3T8OA 4C2WA 2WMWA 3FYKX 2UW6A 3Q9XA 1UKHA 2YFXA 4RIWB 3R7YA 4CFVA 4EH4A 4JVGA 5CEMA 5EHLA 2XKFA 4TXCA 3UVQA 2W99B 4MNEB 3GU7A 1R0EA 4FV6A 3Q4CA 5CEOA 4BGQA 3HKOA 3EQRA 3DFCB 4FOBA 4I6BA 2RG5A 1YXSA 2XA4A 3KVXA 1SYKA 3ENMA 2JDOA 4FTCA 3G90X 3PXYA 3R28A 2CCHA 4NJDA 5HG7A 3H4JA 3R7VA 4EOSA 4RX5A 2YACA 3G6HA 1H1SA 1U5RA 3OVVA 3UMWA 1OPLA 3GP0A 4CEGA 4JT3A 3ID6C 2F57A 1PY5A 3CCNA 3CLYA 4N6ZA 3OEFX 5K0XA 3A8XA 4HVDA 5LVOA 4DT8A 3MWUA 1YHWA 2QLQA 3EYGA 2BAKA 4N70A 3OFMA 5DRBA 4ZZNA 5CI7A 5BVDA 4UEUA 3NUAA 4RMZA 3A7FA 4DG0E 2ERZE 5AP3A 1KV1A 3BE2A 4UZHA 3I81A 3KL8A 3ZS5A 4BWKA 4DH7A 2VN9A 4W4WA 3KCKA 1WCCA 1OECA 3DLZA 2PUPA 4JLCA 3U54A 3VVHA 4WUAA 1GJOA 2PVFA 4EOIA 3MV5A 5HG8A 5A4LA 2CDZA 2OF4A 5EW3A 5L2TA 2UZLA 1KE7A 4WBBB 4BWPA 4MCVA 2G01A 2X7OA 4P5ZA 4RWKA 5EM6A 4HGTA 5M4CA 4FKUA 3PE1A 5D11A 4CLIA 4H1MA 4W4XA 4OTGA 5TT7A 3TG1A 4O38A 4TYEA 5C4LA 2XK6A 1V0OA 2OH4A 3EQFA 3QYZA 2YEXA 4MYGA 2UZNA 2FSMX 3CJFA 2XYNA 4IC8A 2UVYA 4FL1A 3POZA 4IIRA 4PMPA 3TV4A 1PYEA 3EL8A 4O7TA 3DXQA 3C13A 3FI3A 4Z3VA 4ACCA 2XKCA 3WILA 3TEIA 2BRMA 5M51A 4GUEA 3FMMA 3Q96A 4BCNA 1CDKA 3CD8A 3TTJA 3VBVA 1FBNA 2HZ4A 1UA2A 3CIKA 3S0OA 5CYIA 2BDJA 3G9LX 5GNKA 4KS7A 4F9AA 4TWCA 4AFJA 4TW9A 5KBQA 4F99A 4C7TA 4CTBA 2OIDA 3JVRA 4I21A 4JDHA 3L9LA 3NAYA 4FSYA 4JOAA 4EBVA 1OKYA 3GCPA 4JRVA 4RT7A 2F7ZE 4F6WA 3MIYA 2H6DA 4IVBA 2ITPA 1IRKA 2IVUA 2OKRA 1YXUA 4KAOA 3BV3A 5DT4A 2WNTA 1QPCA 3QKKA 4MQ2A 3LW0A 4YJRA 3QTQA 1OITA 4HGSA 3FY0A 4HZSA 4D2TA 3Q4ZA 2YM7A 3OXTA 4ASZA 5I0BA 4O0YA 4PNIA 5BYZA 2GSFA 1U46A 2OJIA 4GU6A 4JAIA 3AD5A 3DBQA 3DK7A 5TO8A 3ZRKA 4YSJA 5LMBA 1P14A 3UJGA 4C37A 3QRJA 3VS3A 2B0QA 3BCEA 2BRHA 2OXXA 4BBFA 4ANMA 4RX9A 5F95A 5G6VA 3HMMA 5DVRA 4AGUA 1KOAA 2W1GA 2HW6A 1A48A 4MWHA 3KEXA 4BHZA 2WTCA 4I93A 4MKCA 1JKTA 1YI3A 2OBJA 4FNYA 4JBQA 3PVBA 1ZAOA 2C6KA 2OJ9A 2WIPA 3H3CA 2YLEA 5IMEA 2GQRA 2B54A 2PUUA 4KIKA 1JKSA 3VAPA 1H27A 1OPKA 1IASA 4QRCA 1XH6A 4FBXA 3AMBA 3KRWA 3BI6A 2WMAA 3D7TB 4QYYA 3OT8A 3GGFA 3NW7A 2E9NA 2YISA 3QUEA 4IB5A 5HBEA 4LM5A 5LARA 4FZAB 3VW8A 5KE0A 1UNLA 3E8EA 5GIPE 2CGVA 4OR5A 4YZ9A 5CZIA 5L3AA 5KMNA 2C4GA 5LCKA 4EH8A 2XMYA 2J0JA 4YPSA 5TKDA 2VWUA 3R83A 3BQCA 4C35A 1S9JA 3D2IA 2NRUA 5I9WA 2WMRA 5KHXA 2XNMA 3IKAA 3ORIA 4ALVA 4N57A 1W0XC 2J0MB 1KUTA 4RIOA 3QAME 2WQNA 4J99A 5CSXA 5K0KA 3W2RA 2JKKA 3DK3A 3OXIA 1IG1A 1QCFA 2O0UA 1PMNA 5IH4A 1DI9A 3HMPA 2E9VA 1JSVA 3B8QA 1RJBA 1XH5A 3OUNB 2Z7QA 4O7SA 5IG1A 2B55A 2J5FA 2W4JA 2ZB1A 3BRBA 3VUHA 4MXOA 3C50A 5JQ8A 3OCSA 4IWPA 5HIEA 3IW5A 3DK6A 4RVLA 3TJDA 2HY81 1NY3A 3P4KA 4QTAA 2Y8OA 2WGJA 3SOCA 1Q8TA 5ANDA 4KRDA 1G8SA 5EHYA 2IJMA 3MJ1A 4X2GA 3RGFA 4JS8A 2EXEA 1P2AA 2ZDUA 4IJPA 1H0WA 2CNUA 3NX8A 1S9IA 4M69B 2V5QA 4J1RA 3ATSA 4OBPA 1J7LA 4ZSJA 4ZY5A 5AUYA 2PMLX 4TN6A 2QHMA 3EMGA 3G6GA 2X0GA 2PVYA 4QP8A 5FBNC 3WZDA 4S2ZA 2C3IB 5EDRA 2PYWA 3SG8A 3ROCA 3NUSA 3QFVA 3FJQE 4BDEA 4FZ7A 3ZBFA 5E7RA 4OGRA 4PNKA 3OCBA 2C6DA 4NT4A 4FIIA 4ZLYA 5HLWA 3R8VA 3QRUA 4DF3A 4G9CA 1YDTE 1HCKA 4XYFA 3LIJA 3V5JA 1B39A 5AUVA 4DCEA 4ZAUA 5C01A 5B2KA 4JQ7A 3GQLA 4WSQA 4DFNA 5HBJA 1H0VA 2EUFB 2FSLX 3UPZA 2E2BA 2PMNX 1BUHA 4USEA 4FIJA 3RCDA 2YDJA 1OIQA 2JDRA 2PVRA 3AC3A 5GJDA 5I3OA 3MI9A 5D12A 2R2PA 1OPJA 4O6LA 3H10A 4RA4A 4WUNA 1NA7A 3RAKA 3TWJA 4BCPA 2RG6A 1UWHA 4LV8A 4RX7A 2GTMA 3UQCA 5B2LA 5M4FA 2VZ6A 2UW3A 3R01A 4AE6A 2VTLA 2XEYA 4A07A 2A1AB 4U97A 3SHEA 2WU7A 5IMXA 2B1PA 2XM9A 3GU4A 3WF6A 3A61A 2FVDA 4CMOA 5C27A 2QC6A 5I5ZA 4GH2A 2O8YA 1O6LA 3DOGA 3ZSGA 3CGFA 4BKYA 4NYEA 4FKJA 3MPAA 1QL6A 5J95A 4F09A 4E26A 5EDQA 3P86A 3DJ5A 3EB0A 4U7ZA 3S3IA 3TDVA 1BI8A 2JBOA 3P9JA 4S30A 1QPJA 2VTQA 4AOIA 3O51A 3U87A 4GT4A 1X8BA 3ZBXA 4YHTA 2OLCA 1MRVA 2ETKA 2R3PA 3BLQA 3TJCA 5CAPA 1YOMA 2PL0A 1Q97A 2SRCA 1JSUA 4U44A 4XBRA 5ETFA 4UMPA 3TNIA 5HD4A 3EQIA 4RJ4A 4FOCA 1JOWB 4UN0C 4DE4A 2QR8A 3LQ3A 4HYHA 5EM7A 5JFVA 3MVJA 4ZY4A 4G17A 5AV4A 3S2PA 3P7CA 5CLPA 3F66A 3WIKA 2HZ0A 5EH0A 4I3ZA 2G9XA 4A9UA 4UBAA 3TXOA 2GHLA 4RJ8A 4EC8A 4AUAA 2JLDA 4YZBA 5LQFA 4HYUA 4KBKA 3F5XA 3E5AA 4O1PA 3HV7A 2YERA 5J8IA 4GIIA 4AGDA 4W8DA 1OL5A 3R7UA 5GZAA 4CNHA 5EKNA 3R9RA 3I7CA 2J51A 3ZH8A 5HKMA 3R9OA 3CPBA 3QC9A 3VUDA 4E73A 5BNJA 3PJ1A 5I9VA 5K3YA 3BQRA 3OP5A 4JX7A 5AX3A 1W8CA 3G0EA 3QZHA 4E6AA 5EW8A 2VO0A 2JKOA 5M53A 5K5NA 3BHVA 3BGZA 4HW7A 2OSCA 3P5KA 5AUUA 5BX0A 3EOCA 3FMLA 5L8JA 2IZRA 5IUGA 3QCSA 1CMKE 4KIPA 3UP7A 3UO5A 5TE0A 4DTBA 4XUFA 5FDXA 2GNJA 4BVUA 1YOLA 3PRFA 2ITNA 4YJUA 4BBMA 3PXKA 4NJ3A 4GEOA 1XBAA 3F61A 2CLXA 4FTNA 3MB7A 5BQ0A 4BIBA 2C3KA 2Y7JA 5KHWA 1SM2A 2VTSA 4XP2A 5HU9A 4I20A 3I5NA 4UV0A 5HE2A 5J5TA 1Q24A 2C5OA 4EK3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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