3R28A

Cdk2 in complex with inhibitor kvr-1-140
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
298
structure length
294
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRTEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-guided optimization of novel CDK2 inhibitors discovered by high-throughput screening
rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 2
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 80
structure length 294
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2011-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3r28A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3r28A01
4AGDA 2PSQA 3R8LA 4QP6A 4EK3A 2OSCA 2XS0A 5IZFA 4QPAA 5AJQA 4C61A 3P23A 4QYEA 5AP1A 4BICA 3FQSA 4TW9A 4X2GA 3S3IA 4A9TA 1Y91A 4FKPA 4IWQA 1SNUA 4JBQA 2OZOA 4ZJVA 4OBOA 4CYJA 4LUDA 2J6MA 1MP8A 2YFXA 1IRKA 4ANSA 3QCXA 4F7LA 2W05A 1JKSA 4ID7A 3UOKA 3OS3A 2VWIA 2BKKA 4BDKA 2NNWB 4L3PA 2A1AB 4OTWA 4UZDA 4FEQA 5I9VA 4IAZA 4W4WA 2ZV7A 4KD1A 1WBWA 3WIGA 3GQLA 3NX8A 2VGOA 3MI9A 1H1RA 2EUFB 4JQEA 2ITOA 3L9PA 3LJ0A 4IHPA 1XH9A 1REJA 3QZFA 3E63A 5AUTA 3SW7A 4V0GA 4IVAA 2HXLA 3IQ7A 5EOLA 4FT0A 4E5BA 4DT9A 2C5OA 3I5NA 2OH0E 5HLPA 3IOPA 5DEWA 4RFYA 3QTSA 4AZFA 3DCVA 3ORNA 3VBYA 1SVGA 4ANNA 3M2WA 1JKKA 4AUAA 4MD8E 4YJTA 4AP7A 4BCPA 2W5AA 4HPTE 3UQFA 4GIHA 1WBOA 3G51A 4FT9A 3R7VA 2CKQA 3MGYA 4RWJA 5DR6A 4G6NA 4CG9A 4B99A 4V05A 3A62A 4CCUA 5E8ZA 2YN8A 3O50A 4HCTA 5HIDA 3MVHA 4Y8DA 4OBQA 2VTOA 1Z57A 4DYMA 4Z3VA 4WD5A 4D9UA 1Y8GA 1U5QA 3OG7A 3LAUA 4FR4A 4JX7A 5AUZA 3WF8A 4L8MA 5JGBA 2OZAA 3GCSA 1GNGA 4AF3A 3PVWA 5E8YA 3DTWA 2QKWB 3E3BX 3MVJA 4PNKA 2CMWA 3DKCA 1O9UA 4RWKA 2V62A 3W2QA 3ZDUA 4DA5A 5CNNA 1Q99A 2VTHA 4O27B 5TT7A 3O8PA 2FYSA 3BEGA 4WRSA 4AW5A 2XMYA 4G6OA 1BL7A 3H9FA 2WD1A 3R02A 5HO7A 1PXMA 2WMAA 4IB0A 4C58A 1GY3A 1XO2B 1OGUA 5A4CA 4OLIA 4IX6A 5FBOA 3AOXA 3PY0A 1Q4LA 2OO8X 4F9CA 2BZIB 2F7ZE 3PXZA 4K11A 5HBEA 2HZ4A 2XUUA 4XG8A 1W8CA 2X8IA 5G1XA 5HQ0A 4DH3A 5DMZA 1SNXA 1H01A 5ETFA 3VBVA 4CCBA 2RL5A 4F64A 4ANOA 4QQ5A 1SZMA 1UWHA 4MXYA 4KBCA 5BYZA 3EWHA 4XG6A 5F95A 3UIUA 4FL3A 1XH4A 3V5QA 5EH0A 2VTIA 3IONA 4QYFA 2UZWE 5C4KA 5T6KA 3FEGA 4DGOA 3V5WA 2V22A 3CGOA 4HVIA 4KIOA 5HI2A 3VUMA 3DGKA 4BKJA 5DA3A 3TEIA 4BVUA 4IFCA 3VHEA 2OJFE 3DBQA 4YTIA 3GU6A 4S34A 1XKKA 2YCFA 5DRBA 5IA1A 5DBXA 5EHYA 3EN7A 3D5VA 4E1ZA 4EH7A 4EK5A 4FGRA 5EK7A 2YAKA 4XCUA 5HG5A 2OI4X 1PKDA 3W32A 4NU1A 3WYXA 3VAPA 1P5EA 5I9XA 4OTPA 5FDXA 3KULA 5TF9A 3OT8A 5JQ5A 4ORKA 1AGWA 2BAKA 4RIWB 2VZ6A 3U8WA 4FEVA 4HOKA 3D15A 4L52A 1O6YA 3OUKA 4FV8A 4E6AA 5M4IA 4RC3A 3DBDA 3LOKA 3QF9A 4MF0A 5KHXA 4YTHA 5HO8A 5IMXA 4D58A 4UMRA 5KX8A 4EYMA 4PP9A 4YC8A 3VS7A 4PTGA 3ZFXA 5IA4A 5KNJA 3EHAA 2XVDA 4AGCA 1ZOGA 2RSVA 1JVPP 2JDOA 3E8NA 3FV8A 3PUPA 2UW6A 4YLKA 3U4UA 3JVSA 5HE0A 3IO7A 2QODA 3FSKA 5FEDA 3DK6A 3FMNA 4YHTA 1MQ4A 4XEYA 4N70A 4LMNA 3NUUA 5GZ9A 2C6TA 2A0CX 2F57A 5L2QA 3FHRA 3LXLA 5J7BA 1PRYA 2C6LA 4FIGA 4OW8A 4P90A 5B2KA 3UQGA 4WG5A 5ANEA 4D1SA 4M69A 4ZSGA 1YI4A 2VN9A 4JVGA 4JNWA 5B2MA 5FEQA 3ZSIA 3CJGA 3SXFA 3HV4A 5TE0A 5HOAA 2IW6A 4G16A 1QPDA 3KFAA 4G31A 4BB4A 2B0QA 3UMWA 3VUDA 3DB8A 2YDKA 3R71A 1UKIA 5AX9A 4M13A 2C3JA 3QXPA 2C6MA 4KKHA 1PXIA 4YZMA 5BYYA 3LCDA 2RFEA 3ZXZA 2BCJA 5JGAA 1ND4A 5JKGA 1APME 3MFSA 5D1JA 4C34A 2XP2A 4X6QC 2R3QA 5E8VA 2Z60A 2OJIA 3HA6A 3R7GA 4U8ZA 3BQCA 2CN5A 3VBXA 3C4WA 1ZAOA 3PE2A 5C01A 3ETAA 2XK7A 3FSFA 5C1QB 3DJ7A 2J4ZA 4H58A 5CSXA 4RWLA 2XIXA 5BQ0A 2R4BA 5EHOA 3UE4A 5J9ZA 3PA3A 1YHSA 3WF7A 3BHTA 4BTMA 1FBNA 3LFBA 5EYCA 4J52A 2CLQA 3ZFMA 5HNIX 4QMOA 4KB8A 4NZWB 4KRCA 1CTPE 4YZNA 4FV7A 4BCGA 4O0TA 3ZXTA 4F7SA 3OWPA 3MN3A 4ZZOA 4GS6A 5KKRC 1NA7A 3NSZA 4F9YA 3HEGA 3A4OX 4A4XA 2IW8A 4G9RA 4FOBA 5DOSA 3PIXA 3LVPA 5D12A 3BELA 4RX7A 3C4CA 5IA5A 3TG1A 1STCE 2BZJA 3DT1A 3OROA 4D5KA 3GVUA 3KCFA 3LCSA 3UZTA 4ZTMA 3DXPA 3A7HA 4CLJA 2WTKC 5I0BA 2CN8A 2WMBA 3LFSA 4M15A 1PMEA 3KXZA 4JG6A 2JAMA 5AUUA 2Y4IC 3BBTB 2YIWA 3FAAA 4KKGA 3DQXA 5EI8A 5LVLA 3UQCA 3U9CA 2BROA 2VWYA 5CSVA 1R0PA 3EN6A 5GJGA 4BZDA 5L8JA 3TN8A 1LP4A 3JS2A 4RX9A 3NEWA 3U4WA 5DH3A 3MDYA 1NT2A 5HBJA 4BTJA 3CC6A 4GK4A 4USEA 1IA9A 2C0TA 4NIFB 4NW5A 3ZHPC 4JG8A 4XV9A 4DEHA 5M57A 4O0SA 4PL3A 3QZHA 5BVEA 3MA6A 3RTPA 3PWYA 4Y85A 3Q4ZA 4I0SA 2CDZA 4PPCA 5DWRA 4JT3A 4OTIA 4CZYB 4FTCA 2QO7A 5D10A 4I6HA 1YQJA 4RJ3A 2P4IA 4ZLZA 1OMWA 3I0OA 3AT3A 2QLQA 4RIYB 2WTKB 1M7NA 1BLXA 3R8UA 3COHA 2C4GA 4FKTA 3NW6A 4EORA 1F0QA 3HMMA 1IASA 3NW7A 3R21A 2Y4IB 3HV7A 4JQ7A 3ZSHA 3TNIA 5FRIA 4UB7A 3LE6A 3ZO4A 4C59A 4XG9A 3COMA 5AUWA 4GK2A 2PWLA 1FINA 5CEQA 1OPKA 5M56A 3L8PA 3FUPA 3NCGA 3RAKA 4FTLA 4DHFA 3A7JA 2OK1A 4JR7A 4CV9A 4MQ2A 3MW1A 4FI1A 4XX9A 5CS6A 4LG4A 5B0XA 5IQHA 5GJFA 2YDJA 3C7QA 4CMUA 4MTAA 3EQRA 4GFOA 1R3CA 3TTIA 3V3VA 5LVMA 3II5A 4BWXA 3QYZA 3QRIA 1K9AA 3ZH8A 3N51A 1KWPA 4O7NA 1Q8TA 1W83A 3PIYA 4D2PA 4K77A 4F6UA 2R3HA 4RVTA 4U5JA 3FI2A 4G34A 4C36A 4XHKB 4OTDA 2IZSA 5L4QA 5LMBA 2UUEA 2ONLC 2PPQA 4O7LA 5DVRA 4TT7A 1H27A 4MF1A 2CGXA 3KXHA 3Q6UA 4ITIA 4KIQA 1TQPA 5EI2A 4HVGA 4L9IA 5HCYA 3W10A 1JBPE 1OPJA 3ORKA 5CSPA 4QTDA 1QCFA 3FMEA 4UBAA 4ZSLA 3QX2A 5L6PA 4RJ6A 2IZRA 3CY2A 2C0IA 3H10A 2C6IA 5M08A 3VHKA 2O5KA 3JYAA 4FUYA 3VIDA 3POOA 1W0XC 3P7CA 4TNDA 3ORMA 2VWXA 5KUPA 1V0OA 3QTXA 1Z5MA 2QU6A 4FT7A 3OBJA 4M0ZA 3WIKA 4YJPA 2YM4A 3CBLA 2GNIA 4JS8A 2IO6A 5CAUA 4BYJA 5H8GA 2Y6OA 2QQ7A 5HG8A 3FMKA 4XG2A 5FBNC 5C8MA 5BVNA 3DDPA 4M12A 2BTRA 3QTIA 4W8EA 4DEAA 5EM7A 1BX6A 4E5WA 4FK3A 3OOGA 3IW4A 2B54A 3MJ1A 4J96A 2QOLA 4N6ZA 5A4QA 5CEKA 4R7BA 2Z2WA 5M44A 3RCJA 1ZYJA 3C5IA 1H1WA 3Q32A 4F1OA 4DFLA 4R1YA 1OBDA 3DK3A 1B39A 5GINE 4O91A 3FYKX 3QD2B 5HESA 4AOJA 3CY3A 4IZYA 2HY0A 1KE7A 3R7UA 2PVHA 5I9YA 5IF1A 5J95A 3UIBA 3A4PA 4EH3A 3MPMA 3Q3BA 4BRXA 1UWJA 3P0MA 4FTUA 4PMTA 4AU8A 3NLBA 4QMYA 3U54A 3FXXA 4F9BA 2HOGA 2BRGA 3R22A 3ALNA 5IDPA 3R1YA 2WHBA 2I0YA 5K4IA 4H05A 4DC2A 4A9RA 4C8BA 4I92A 2KULA 1P4FA 5D7AA 4RJ7A 3NNXA 3EQPA 4ACGA 4NWMA 3WE8A 2BPMA 3FL4A 4FV1A 2CJMA 3GU7A 1R1WA 2C0OA 2CKEA 3R7IA 2ZMCA 4CT2A 4K2RA 3ORIA 4GYGA 2HIWA 5JFXA 5DYJA 4FBXA 3E62A 3LW0A 1CDKA 4Z16A 5H8EA 2X8EA 3FHIA 3KKVA 4GV1A 5AP7A 1JAMA 3LHJA 4FG7A 1BI8A 4O0RA 2IW9A 4DCAA 5AIRA 2ESMA 4ZK5A 3LKMA 4IC8A 4MXOA 4IAIA 4W4VA 3Q4CA 3KL8A 2WTIA 2C5NA 3MFRA 3OBGA 4X3FC 5ACBC 4RPVA 4F09A 4I3ZA 5FEEA 3D5XA 5LVPA 1QPCA 1OKVA 2W1HA 5IISA 4L6QA 2CPKE 4IXPA 4UX9A 3ZO1A 3QU0A 4UN0C 2SRCA 4Y5QA 3LFFA 3CKXA 4PTEA 2ERKA 4A06A 3ZM4A 3GOKA 4UWCA 5IH4A 5KBQA 5CZHA 5A14A 3RZFA 3RPYA 5JSMA 2EU9A 4G9CA 4X2KA 4IB3A 3A99A 5EKNA 2GNHA 4DGNA 4JOAA 4QMPA 3F3VA 3VRZA 4BDJA 3LQ3A 4FTIA 3UZRA 2V5QA 2HELA 3QHWA 1PXKA 3HV6A 3OW4A 4A9YA 3V6RA 3O2MA 2OW3A 3QKKA 4QP8A 4EHZA 4ZAUA 5DIAA 5IU2A 3HAMA 1VJYA 2OWBA 3PPJA 5AUXA 4RVMA 3ZUVA 1SM2A 3Q96A 4TWOA 1H1QA 1ZWSA 3CS9A 4XV3A 4GL9A 4J1RA 4O0XA 2XCHA 4PX6A 3HUBA 2P2IA 2UW0A 5M4FA 4BHNA 1IG1A 4GG5A 2I0VA 3VBWA 3GC9A 4E26A 3ORTA 4BC6A 1PMNA 5CI6A 3LFQA 2PUIA 3ZM9A 2WIPA 5HE1A 3FY2A 4B6LA 4AN3A 2QU5A 2F49A 4FTAA 4FV6A 3Q9XA 1MRYA 3SC1A 1O6KA 3TDVA 1M52A 4R1VA 3D14A 2PZ5A 2YISA 3TV6A 4NTTA 4CKIA 3PPKA 4NKAA 4IZ5A 5L2IA 5FTGA 5E7RA 4CFMA 5IH6A 2NP8A 3EKNA 4WO5A 3CQWA 4I23A 4JQ8A 2OXYA 2C5YA 1Y6AA 3MPAA 4XNEA 3G6GA 4QMUA 2O64A 5CNOA 4EL9A 2WMXA 3F3UA 3DJ5A 3UTOA 2RFNA 4JG7A 3FLQA 3KRXA 2GHLA 5I9WA 5M55A 4O7YA 2BRNA 2I0HA 3NS9A 2Y7JA 4TN6A 4J8MA 4UWBA 3PA5A 4WSYA 4WOVA 2OJGA 2YJRA 4UMQA 1RE8A 2AC5A 3KK8A 4V0GB 3GEQA 4LGDA 4ASZA 1YDTE 2VO6A 1OKZA 2W99B 1LEZA 1Q8ZA 3DLSA 3LZBA 3OCBA 3RAHA 4M8TA 2GFCA 3AD5A 2W9ZB 2VU3A 4K0YA 5DNRA 4R3CA 4MWIA 2WMUA 1WBVA 2W17A 1PF8A 2X2KA 4HYSA 3ITZA 3RK5A 3NUNA 3BPRA 4CSVA 4G3CA 4JR3A 2O65A 4MWHA 3ZDIA 1UNHA 1J1CA 4DFNA 4F0FA 3EMGA 4FZFB 5AAGA 3GCVA 4FTMA 3FKLA 1FOTA 2FGIA 3UODA 1ATPE 4DLIA 2WQOA 5HCZA 5IQIA 4GT5A 5DGZA 2DS1A 3V5LA 4EUUA 3U55A 4N6YA 5A3XA 4DG2E 4OTHA 5C03A 5LMAA 2C6EA 3FKOA 4R6VA 1YXTA 2WTWA 3QLGA 4AZEA 2UZTA 5AUYA 5KCVA 3K5VA 3C4EA 3HMIA 4FTOA 2BVAA 5AX3A 3DFCB 1I44A 3BCEA 5JFWA 3R8PA 1W98A 4JAJA 4F6WA 3S0OA 2XYNA 4MNFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AGD A;  2PSQ A;  3R8L A;  4QP6 A;  4EK3 A;  2OSC A;  2XS0 A;  5IZF A;  4QPA A;  5AJQ A;  4C61 A;  3P23 A;  4QYE A;  5AP1 A;  4BIC A;  3FQS A;  4TW9 A;  4X2G A;  3S3I A;  4A9T A;  1ST4 A;  3PFY A;  1Y91 A;  4FKP A;  4IWQ A;  1SNU A;  4JBQ A;  2OZO A;  4ZJV A;  4OBO A;  4CYJ A;  4LUD A;  2J6M A;  1MP8 A;  2YFX A;  1IRK A;  4ANS A;  3QCX A;  4F7L A;  2W05 A;  1JKS A;  4ID7 A;  3UOK A;  3OS3 A;  2VWI A;  2BKK A;  4BDK A;  2NNW B;  4L3P A;  2A1A B;  4OTW A;  4UZD A;  4FEQ A;  5I9V A;  4IAZ A;  4W4W A;  2ZV7 A;  4KD1 A;  1WBW A;  3WIG A;  3GQL A;  3NX8 A;  2VGO A;  3MI9 A;  1H1R A;  2EUF B;  4JQE A;  2ITO A;  3L9P A;  3LJ0 A;  4IHP A;  1XH9 A;  1REJ A;  3QZF A;  3E63 A;  5AUT A;  3SW7 A;  4V0G A;  4IVA A;  2HXL A;  3IQ7 A;  5EOL A;  4FT0 A;  4E5B A;  4DT9 A;  2C5O A;  3I5N A;  2OH0 E;  5HLP A;  3IOP A;  5DEW A;  4RFY A;  3QTS A;  4AZF A;  3DCV A;  3ORN A;  3VBY A;  1SVG A;  4ANN A;  3M2W A;  1JKK A;  4AUA A;  4MD8 E;  4YJT A;  4AP7 A;  4BCP A;  2W5A A;  4HPT E;  3UQF A;  3W0R A;  4GIH A;  1WBO A; 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