4IDTA

Crystal structure of nik with 11-bromo-5,6,7,8-tetrahydropyrimido[4',5':3,4]cyclohepta[1,2-b]indol-2-amine (t28)
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
343
structure length
334
Chain Sequence
VEEYLVHALQGSVSSGQAHSLTSLAKTWAARGSRSREPSPKTEDNEGVLLTEKLKPVDYEYREEVHWATHQLRLGRGSFGEVHRMEDKQTGFQCAVKKVRLEVFRAEELMACAGLTSPRIVPLYGAVREGPWVNIFMELLEGGSLGQLVKEQGCLPEDRALYYLGQALEGLEYLHSRRILHGDVKADNVLLSSDGSHAALCDFGHAVCLQTGDYIPGTETHMAPEVVLGRSCDAKVDVWSSCCMMLHMLNGCHPWTQFFRGPLCLKIASEPPPVREIPPSCAPLTAQAIQEGLRKEPIHRVSAAELGGKVNRALQQVGGLKSPWRGEYKEPRHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Inhibiting NF-KB-inducing kinase (NIK): Discovery, structure-based design, synthesis, structure activity relationship, and co-crystal structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 107
structure length 334
sequence length 343
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.25: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase.
pdb deposition date 2012-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4idtA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4idtA01
4G2FA 4YMJA 4YLLA 2GHMA 4ONAA 5CT0A 2R3RA 1JOWB 2V7OA 4AA0A 3QX4A 2BHHA 2PYWA 5CZHA 4UYAA 3BBWA 3ZZWA 1OKWA 4II5A 4S33A 4MEDA 3H30A 2B4SB 3R73A 3VBYA 3GCVA 2GTNA 4JLCA 4UMUA 4QMXA 2Q0BA 2PVFA 4FSUA 4KWPA 5M56A 3SGCA 1GIHA 5AADA 4F9YA 3HECA 4QMOA 2GS6A 5L4QA 1IAJA 1SMHA 3GC9A 5DMZA 5HLWA 3QFVA 4ZIMA 3U4WA 2ZV2A 5M09A 3SXFA 5AM7A 4UZDA 4S2ZA 5AA9A 4CKIA 2ITVA 2VO6A 3NX8A 3PPZA 4NCTC 4WRGA 3TACA 2B9JA 4R7HA 4ZOGA 5HKMA 2HENA 4DFNA 2B0QA 2F2CB 3TNWA 4DH3A 3S4QA 4BTJA 4EI4A 5CAQA 4G31A 4IAYA 4WG4A 4MVFA 5FWKK 4ANMA 2CLXA 4GJ3A 1U59A 2QC6A 2X9FA 4EOPA 4IVDA 4MKCA 4RT7A 2JDVA 4QP7A 4BZOA 5DT4A 4EHZA 1F3MC 1PMNA 1ZZ2A 3NCZA 2YJRA 5HG8A 4RG0A 4PTGA 3PZEA 3SDJA 5CALA 3G33A 3OMVA 3VUGA 4NUSA 4BKYA 3P86A 4PP7A 4D1XA 3DKCA 4C57A 1PMUA 2UW6A 3NLBA 3OCTA 4MXCA 4EOQA 2E9PA 2SRCA 4FV4A 2LGCA 2V55A 4HPTE 1X8BA 3E8NA 4UEUA 4QP2A 3UOLA 5HIDA 3KKVA 3VRYA 4CFVA 4DGOA 4GKHA 1P4FA 2Q0NA 2XF0A 3BU6A 3DNDA 3FLZA 4JT3A 4Q9SA 3MVMA 5TR6A 3UNKA 5HNIX 2BRMA 3AC8A 3GOPA 5JFSA 2BRHA 2YDKA 4F0IA 4F9AA 4ZTRA 3UMXA 3VBWA 3RALA 5A6OA 3UZTA 2QHNA 3DQXA 3RPSA 2PUIA 3OW4A 5DLSA 4MX9A 5EHOA 1YHSA 3MH2A 5EM5A 5HICA 5CEIA 1ZXEA 3R63A 2QR7A 3EZRA 4QQTA 5EKOA 2C0IA 3ZYAA 4KABA 2V5QA 4RQKA 5CEQA 2JD5A 3A7GA 3H9FA 3F2RA 5JRSA 2R3FA 2A27A 5F20A 5LVLA 3ZLXA 5ICPA 1L3RE 3R9DA 5JQ8A 4DA5A 1S9IA 3NIZA 2QG7A 2C5YA 4B6LA 3NVMB 3KRWA 2WMTA 4GT3A 3FLNC 3SX9A 2YHVA 4LOQA 4F9WA 4BTFA 1XJDA 1UNLA 4ANBA 5KNJA 1Q8WA 3R9OA 3UIUA 4FK3A 1B38A 1V0PA 5EW8A 2XNPA 3OY3A 4DFUA 3R04A 4MK0A 1M7NA 4CFWA 2C3IB 4W4VA 5H9BA 4DEHA 5AP2A 1Z9XA 3ZXZA 3BKBA 5A9UA 3O8UA 4M67A 4ALWA 4AZWA 4D5HA 4G6OA 1QPJA 3NVKI 1U54B 3QTZA 3FMDA 5CU0A 2ACXA 4XG7A 5EYMA 3EKKA 3KK9A 3CLYA 3D4QA 2QVSE 3H0ZA 4AZVA 5IQBA 3PP1A 1K3AA 3DKFA 3FMNA 5AUVA 3D5VA 3IW5A 5C4KA 4PPCA 4YJOA 2BIYA 4FKSA 3T3UA 4E7WA 3U9CA 5LOHA 4F70A 4HVGA 2ITUA 3DJ6A 3M2WA 5JSMA 1OUKA 4USDA 3V5TA 4EL9A 3OFMA 4BKZA 4JDIA 4F1TA 2VX3A 3KXZA 3N9XA 2C5XA 4M84A 1OGUA 5TO8A 1J91A 1B39A 3TN8A 3P23A 3RZFA 5EI6A 5AP7A 4QRCA 3DCVA 3MGYA 3FKOA 4DINA 2WEVA 3R01A 3U8WA 4EK3A 3QKMA 5HVKA 4HYSA 5CX9A 4M8TA 2IVSA 4UMQA 4DEAA 4LI5A 4I0SA 1H01A 2W06A 3OXIA 3RZBA 4UY9A 1F5QA 4PUZA 3BWFA 3VRZA 2OIQA 2BMCA 5CI7A 4A7CA 2VN9A 5CENA 4BGHA 3QCQA 1SYKA 2P3GX 4B9DA 3V5PA 3F3WA 4BWXA 4FBXA 4HZSA 2VTTA 3QKLA 4A07A 5KHXA 4C0TA 5DT0A 3O50A 2R3QA 3OY1A 1KE8A 1H26A 3G5DA 3GCQA 5C9CA 2J4ZA 3QRJA 2JDTA 3JVRA 2DUVA 3A99A 5E8YA 4O84A 5AA8A 2I0HA 2OFVA 3C9WA 5BYYA 3K3JA 4OBOA 4G9RA 5LARA 4DEBA 3IQ7A 2WGJA 3LVPA 5AV4A 4YTHA 2PL0A 4JAJA 3VW6A 1FQ1B 3RCJA 2XH5A 1ZLTA 4OTPA 4Y8DA 5H2UA 3TIZA 3R1NA 4U0IA 4JQ7A 4HNFA 2Z7QA 2CKOA 3OXTA 4WIHA 3WIKA 4AA4A 3F69A 4G3EA 5J7HA 1VR2A 5M4CA 2XBAA 2P4IA 2BAKA 4DH1A 1UKIA 3HA6A 2QOHA 2XMYA 4K11A 4XV2A 1OMWA 3BE9A 2WU7A 3FZTA 3KEXA 4ACMA 3R1SA 4ASDA 3ZSIA 1M2QA 4O2ZA 1BX6A 4FKUA 2XCHA 2EU9A 3E64A 5AJQA 4GH2A 3R8UA 2WMVA 5T68A 3RNYA 2YCFA 2BRNA 2R2PA 4FYOA 4AF3A 3ET7A 4FKWA 4GVJA 5HVJA 2VTLA 3F3UA 3TWJA 4FR4A 4IJ9A 4BZDA 4CXAA 4JRVA 3KY2A 1PXLA 3F82A 1MQBA 4QYHA 4YPSA 3DBCA 3ANQA 1H1PA 3F5GA 3Q4UA 4KBCA 2HWPA 3E92A 4EOLA 5JKGA 3GFWA 3CJGA 3TV7A 4DEDA 2VO7A 5I9XA 3OROA 4R5YA 3W55A 3QZFA 4AFEA 4NIFB 4NEUA 4RIXA 2UZWE 4AS0A 3UIBA 4U43A 3BV2A 4WSQA 3R7IA 2WKMA 3NPCA 5D11A 1OB3A 3UO4A 3R8PA 3GU4A 4M66A 5M07A 2O8YA 4R1VA 4RIWB 2BDFA 3SOCA 4M3QA 4U45A 5L2SA 3D2IA 3PIZA 4BY9E 2I0YA 2XNNA 2I40A 5DRDA 2GU8A 2W05A 3BI6A 1E1XA 2BRBA 2YM3A 3MH3A 4H1MA 4FKTA 5DN3A 2VO0A 1RQQA 5HLPA 3LFAA 2PTKA 2QLUA 3GOKA 5I9YA 1OKVA 1REKA 4AOIA 2BKKA 3TZ7A 3QRIA 4FKQA 2ZDTA 3C4EA 5CT7A 1E1VA 5CXHA 2XIRA 4XYFA 1Y57A 5AUYA 5J5TA 2OZOA 4LG4A 3VBVA 2ZB0A 4DLJA 2YZLA 2ETMA 4YPDA 2O64A 4RLLA 4NFNA 5CEPA 3PSBA 2REIA 3JXWA 4MAOA 4NM3A 5B2LA 3HMNA 3ZLSA 4XMOA 3CCNA 4RLKA 2Y0AA 3ZCLA 3DGKA 4DG0E 1PXMA 3E87A 4IHPA 1Q97A 4M14A 5FTGA 3FL5A 4KIKA 2WQMA 4FKLA 4L00A 3I0QA 4OBPA 4BI1A 3TNHA 4FEWA 4E6CA 3IGOA 3MYGA 4DLIA 4KS8A 2X4ZA 1KE7A 1OBGA 4W9XA 3PE2A 5L8JA 4FZDB 1WBOA 3C1XA 5TE0A 3LJ0A 4LV5A 4U81A 3P0MA 4PTCA 3FHRA 5E91A 2VX1A 4O6EA 4QP4A 2UV2A 4IZYA 4M97A 5HE3A 4E6DA 1SNXA 4TWOA 4J7BA 2BTSA 4E4LA 5DR2A 4YP8A 3ZUVA 3LAUA 2DS1A 4QMVA 1JKSA 4RMZA 2E9UA 2ITOA 3E3BX 2J7TA 3LQ8A 3MPMA 2Y7JA 4U44A 4R77A 4JJRA 4JDJA 4BDAA 1Y6AA 2XRUA 4ZSAA 2EXMA 3VS0A 4ASZA 4F9BA 4DEIA 2VTAA 3EQIA 3ZS5A 4NKSA 4FV3A 4QOXA 4BICA 3FBVA 4GVAA 3AT2A 3P78A 5HEZA 4D1ZA 1YWRA 3DDPA 5FRIA 4R3PA 4D4VA 3TNIA 1GIIA 2E9VA 3TNPC 5GZAA 4A9RA 4B7TA 5EFQA 1Q24A 1GIJA 3IDPA 1T45A 4DFLA 4EYJA 1M2PA 1BI8A 2C4GA 2PVMA 2QR8A 4RIYB 4UB7A 4P5QA 3PFQA 3LCDA 4J97A 3F66A 1BL6A 5E8ZA 2YJSA 3PXRA 3QGWA 5AUTA 1QL6A 4ZEGA 5C01A 4E20A 1SZMA 5JGDA 3BQRA 5E7RA 1UU9A 3NS9A 5C1QB 3QTIA 5E8WA 5AWMA 3R30A 4FV8A 4DCEA 5C26A 5JT2A 4BDHA 5HE1A 3SRVB 1KSWA 3BHHA 4G5PA 4YZMA 3QC9A 3ZSHA 5HBJA 1NW1A 2EWAA 1GAGA 3E5AA 3LXKA 4MBIA 3FC2A 4AOJA 4R3RA 3DA6A 3PVGA 1FGIA 3UNZA 4DBNA 1JNKA 5A4EA 5AUWA 3DJ5A 3VS7A 2R7IA 5EI8A 3P08A 4ZTQA 1H00A 4LFIA 3A60A 5HD7A 2RKUA 3HV4A 2NRUA 2HW7A 1BI7A 5HBHA 1UU3A 3R8MA 3Q60A 3CKWA 3NUPA 4IWQA 4CFNA 3KCFA 5HOAA 1ZWSA 4M15A 4S32A 4KKHA 5EQYA 3E7OA 4BF2A 4YSMA 5LWMA 3FQSA 2XZSA 4ZMEA 5EOLA 4L52A 2YIXA 4P5ZA 1W83A 3DT1A 2EB2A 4N57A 5GZ9A 5HD4A 4AGWA 3VIDA 4FTRA 5CSHA 1J1BA 3C5UA 4Z9LA 4F4PA 3ZRLA 5LCKA 2C47A 2VWWA 4S31A 4CYIA 3QWKA 3JVSA 1UWHA 3OT8A 4X3FA 3P7BA 3PP0A 5K0XA 3LQ3A 4FOBA 2YCRA 3TG1A 1MRYA 3OC1A 2QKWB 5CQWA 4RC4A 3AC1A 4J71A 3LXLA 3PJ2A 4EH7A 3N4VA 4CV9A 1YVJA 2PMLX 4C2VA 3QAME 4LGHA 4TYJA 3MTFA 5DHJA 1AQ1A 4USEA 3KU2A 2HWOA 4A4LA 2CN5A 5EI2A 2PZPA 4ARKA 2I6LA 4J98A 4E73A 4FICA 4DT8A 3TV6A 3BV3A 3PYYA 1CKPA 2BDWA 4QNYA 5J9LA 3ZO2A 2RFNA 3RI1A 5L6WL 4OTHA 4ACCA 1H0VA 3ELJA 3PY3A 4DTAA 4PP9A 3OUKA 3O0GA 3CP9A 4MBJA 4FNXA 1OI9A 4RWIA 3RPYA 4C02A 4MXZA 1REJA 2RF9A 2J0KA 3C4FA 3GQLA 3MVJA 4MNEB 4R7IA 5HO6A 4FV0A 2UZTA 4GK3A 3DQWA 2IVUA 2HY0A 5JQ5A 2VWIA 2XIXA 3PE1A 4O0WA 5E8SA 5JMSA 5TF9A 1W82A 3SXRA 2W1HA 5IDNA 2ZB1A 5DEWA 5AX3A 4FSWA 2IPXA 1JSUA 1YXTA 4L3LA 2PE2A 3G2FA 5CVFA 4AAAA 4ZY5A 3KFAA 2G01A 4UALA 5FLFA 3SOAA 3QQHA 4ZMFA 2YITA 4BI0A 5AEPA 3GUBA 3R0TA 2FO0A 3OCSA 4IE9A 5KZIA 1BYGA 4BTKA 5L6OA 1ERKA 4YJSA 1MP8A 3C0IA 3ORMA 3DXNA 3FHIA 1CSNA 3CTHA 4GIHA 5HORA 4X2JA 5BMMA 3LCSA 3RTPA 4O7ZA 4GS6A 5AMNA 2HELA 2W5HA 5A3XA 5HCZA 4C59A 2ONLA 4G34A 3P7AA 1OECA 3E93A 1Q62A 3LOKA 4NL0A 1YW2A 5IA3A 5IQCA 5KE0A 3NYOA 4QYGA 4CTBA 4HCUA 2CKPA 4ZTLA 1CTPE 3Q9ZA 4IWOA 4LGGA 5LVNA 2BILB 5ACBC 3LJ1A 3LM5A 4ANSA 4BZNA 4GT4A 2QO9A 3R28A 2BZHB 3EQRA 4FK6A 4Y46A 5I0BA 3JY0A 4DN5A 3U6HA 2YWVA 2J0IA 4WUNA 3LQ5A 4OTQA 3Q96A 5LVMA 2WNTA 1WVYA 5DR9A 3QD3A 3FE3A 3AT3A 3OCGA 1ZMUA 4C4FA 4CMUA 3UDBA 4ZY4A 2OH4A 3UE4A 3QXOA 2NRYA 4BCHA 3V6SA 4HVSA 2WHBA 3NYXA 3NYVA 1YRPA 3KULB 1MRUA 4YSJA 3F88A 5I5ZA 4TYIA 5A4QA 5H3QA 4X3FC 3VUMA 2R9SA 4CCBA 1LPUA 3AD4A 1ZAOA 4QTAA 4O1OA 2B52A 4K18A 3FV8A 3MPAA 4QMNA 3LCKA 4RJ3A 3E88A 1WBVA 1OL7A 2KULA 4GKIA 4C2WA 5HTCA 3VUKA 4I93A 2UVXA 4DTBA 3D5XA 2FSMX 5K4IA 3O7LB 4TYEA 4GG5A 3NAYA 3OG7A 4GG7A 5IMEA 2XJ0A 1U54A 4JVGA 4JR7A 5IUIA 3UODA 4U5JA 3DJ7A 3IG7A 4ZJIA 1Q8ZA 4A06A 3NNWA 3IW4A 3GT8A 4TNBA 4Y5QA 3OCBA 4L45A 4HYIA 5DOSA 3ULIA 2VU3A 3TKHA 5AV1A 4RPVA 1YOMA 1NVRA 2X7FA 5FDXA 5ETCA 4EZ3A 4ALUA 4IAIA 3LFFA 4QMMA 2WXVA 3RK7A 4QTBA 1SM2A 3TI1A 2W17A 3D14A 2C0TA 3FQEA 3FXXA 3QQKA 4TW9A 5IU2A 5M51A 3CSVA 3C5IA 3WF8A 5CTPA 1UNGA 4HOKA 1T46A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QRK A;  4Y83 A;  4NU1 A;  5AAE A;  4B4L A;  4ALV A;  4EBV A;  4XP3 A;  5C8M A;  2C3K A;  4ANO A;  1Q3W A;  5J79 A;  2UZU E;  2C5O A;  2OIC A;  2GSF A;  4NWM A;  3CIK A;  1H25 A;  4YO6 A;  4O38 A;  4G1W A;  5TKD A;  3D5U A;  3KXN A;  5FDP A;  1RE8 A;  4F63 A;  2Q83 A;  1STC E;  3KQ7 A;  3KXM A;  3CQW A;  2P2I A;  3LFD A;  4RX5 A;  1UVR A;  2ITT A;  2PVL A;  4XG8 A;  3S3I A;  1Q3D A;  1XH9 A;  4L7F A;  1KV1 A;  5AUX A;  2EXE A;  2WMR A;  3IW7 A;  3QYZ A;  2X2K A;  4RX7 A;  2PVJ A;  1FVT A;  3RPV A;  4MF0 A;  1BLX A;  2GS2 A;  2HZI A;  4DTK A;  2UW9 A;  5BX0 A;  2OJ9 A;  3CXW A;  4IAC A;  3RHK A;  4AN9 A;  4ZSJ A;  3EKN A;  3I7B A;  1OKY A;  3PXK A;  4YNO A;  4EOK A;  5BQ0 A;  3OBG A;  4F64 A;  4O7S A;  2Z7L A;  3I5N A;  3LFN A;  3V5W A;  1YHW A;  1H1R A;  4CTC A;  2JED A;  3NAX A;  3ZDU A;  1PY5 A;  1UWJ A;  3MY5 A;  4ZTN A;  4RWL A;  1KE5 A;  5I9W A;  4OLI A;  4UXQ A;  3E62 A;  5CU4 A;  1IG1 A;  2CGV A;  4JDK A;  3AQV A;  3QD2 B;  2VTS A;  2OXD A;  4BDF A;  2J5E A;  4PNK A;  5BUI A;  5IH5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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