3D5WA

Crystal structure of a phosphorylated polo-like kinase 1 (plk1) catalytic domain in complex with adp.
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
287
structure length
284
Chain Sequence
KEIPDVLVDPRTMKRYMRGRFLGKGGFAKCYEITDMDTKEVFAGKVVPKSMLPHQKEKMSTEIAIHKSLDNPHVVGFHGFFEDDDFVYVVLEICRRRSLLELHKRRKAVTEPEARYFMRQTIQGVQYLHNNRVIHRDLKLGNLFLNDDMDVKIGDFGLATKIEFDGERKKLCGTPNYIAPEVLCKKGHSFEVDIWSLGCILYTLLVGKPPFETSCLKETYIRIKKNEYSVPRHINPVASALIRRMLHADPTLRPSVAELLTDEFFTSGYAPMRLPTSCLTVPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Danio rerio
publication title Structures of the wild-type and activated catalytic domains of Brachydanio rerio Polo-like kinase 1 (Plk1): changes in the active-site conformation and interactions with ligands.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polo-like kinase 1
total genus 77
structure length 284
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.21: Polo kinase.
pdb deposition date 2008-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3d5wA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3d5wA01
3I7BA 4BWXA 3KKVA 4KIKA 3OCTA 4F1MA 2PULA 4F6UA 4F1TA 3MJ2A 5M07A 4F70A 3QBNA 5CF5A 4DGGA 4YSJA 1QPCA 4PDPA 3ZLSA 3C4EA 3MH1A 4FTIA 4X2NA 4FIJA 3QCQA 4GSBA 4ZTMA 2W5HA 2YM5A 5D10A 4MBLA 4F9BA 5AR2A 2ITPA 3KXGA 5BVFA 4DTAA 4L67A 3V8SA 3TUBA 4KIKB 2W1FA 5AAGA 3NW7A 2QR8A 3A4PA 4KRCA 5CANA 3P5KA 1OIUA 1IG1A 3KCKA 4E26A 3QYWA 4FZ7A 5CAPA 4FE2A 1ZYCA 2NRYA 3TCPA 3AT4A 4ZP5A 4BCJA 1XH7A 4J53A 3TV4A 4USFA 4NJDA 5F95A 4CQEA 5FXSA 3T3VA 2WKMA 4BWPA 3TACA 3KY2A 1YWVA 2PU8A 3P86A 4FSMA 3BKBA 5GHVA 1UKIA 3G0FA 5CU0A 3TNWA 2NRUA 3DU8A 5EI8A 1M17A 3OWJA 1H26A 3FC2A 3DKOA 4EYJA 3H0YA 2F7EE 3FWQA 4DEDA 2GFCA 5B2LA 4JG6A 1TQIA 3EZVA 4TL0A 5EOLA 3CD3A 5BQ0A 3VIDA 1WZYA 1YXTA 4FTTA 4RWIA 5GZ8A 4MD9E 5DFPA 5J87A 3DDPA 2WD1A 5HO8A 3U4UA 5CVGA 5HORA 3KGAA 4FEWA 4TWPA 4EK3A 3DS6A 3OF0A 4BCKA 2FA2A 5EYDA 3M42A 4BC6A 1Y8YA 4AFJA 1V1KA 4TYHA 3QWJA 3PXYA 3D5XA 4CZUA 3ID6C 3PPKA 5H9BA 3OXZA 1JKSA 4GYGA 5FQDC 1UNLA 2PL0A 3PTGA 2R3JA 4JQEA 4GUBA 5CEIA 4BDJA 3PP1A 4FIGA 3F5PA 4A06A 4TYHB 2R7IA 1YXSA 4BCNA 1LUFA 2VTIA 2CKEA 4FIIA 5FM3A 3ULZA 4MQ2A 2PMIA 4YZNA 3DBFA 3E8NA 5DH3A 4CLJA 1V0BA 2WQMA 4CT2A 4XV9A 1NY3A 3U87A 5A4EA 4AZWA 4UMPA 3Q4CA 5CAQA 2YM6A 2RFSA 5HTBA 4FX3A 1M2PA 3D7ZA 3SXRA 2JAMA 4CV9A 4F9AA 5BMSA 4UXQA 5I9UA 2CKQA 2ZMDA 4GRBA 3EFKA 3IG7A 3VS1A 4C37A 4D1SA 4YURA 1OB3A 3JPVA 4G3EA 1IR3A 3PFQA 4EOJA 3HV4A 1ZY5A 5C8NA 2IVSA 1Z5MA 2OXYA 3FL5A 3I79A 4QNAA 3IGGA 3PG3A 3PVWA 4GK3A 5JZNA 4TYJA 2CGXA 3MW1A 5KKRB 1YOMA 4IH8A 4A7CA 4C57A 3PDTA 4ZIMA 1OL2A 1R78A 4NKSA 4IIRA 5AIRA 2I7QA 2B1PA 3ZEPA 3TDWA 3PXRA 5DRBA 3I81A 3NCGA 5GINE 4E8AA 2HIWA 3E5AA 2HWPA 2WMVA 2W9ZB 4HNIA 4WD5A 2ERZE 2VWWA 1URWA 2JITA 2ZM1A 3ZO1A 5CF8A 2CJMA 4HCUA 4J7BA 5EK7A 3REPA 3W8QA 4GL9A 1WVYA 3HYHA 3FQHA 4FKGA 3R30A 3F69A 2O63A 3EKNA 3FLZA 4HGSA 1JVPP 2UVZA 2VTMA 5L2TA 2P2IA 1ZMUA 4GCJA 4DLJA 3CD8A 2A0CX 3ZUTA 2CDZA 2CCIA 2XNOA 2X4ZA 3DLZA 4F0IA 5DT4A 4AGCA 4EONA 4FI1A 4ASDA 4BBMA 4Z3VA 4BGQA 4X21A 5CI7A 2HZ4A 3D14A 4CFNA 5A9UA 3IECA 4I4FA 2BHEA 4HCTA 4WHZA 4EH9A 3NSZA 3I0QA 3FQSA 4QQ5A 2QURA 2VWVA 3F3WA 1CMKE 4IVDA 4YLLA 3E93A 3A7GA 4EK6A 3EQDA 4UYNA 3RCDA 3TEIA 3V5WA 2UVXA 2QVSE 1LR4A 5ANOA 4B8MA 4OLIA 4Y46A 3QQJA 2R64A 4O27B 4HZSA 3QA8A 4M15A 5AADA 1PW2A 1XJDA 3S1HA 3PWDA 2QOHA 3ORXA 4MCVA 3BYMA 3GCPA 4KBAA 4BHNA 3O2MA 4H3PA 3R8PA 2PE0A 4NM5A 2KTYA 3FKLA 4BR3A 4AA4A 3V01A 1ZARA 2YJRA 4RFZA 4XP3A 4DEGA 4YC6A 5EHLA 4ASEA 4DN5A 3O8TA 5ACKA 4ITIA 3I0OA 5KNJA 4GKHA 4FK6A 3GP0A 5FDXA 4KSQA 5GIOE 2XNGA 2GNHA 2GHGA 2H96A 4I6QA 4Z9LA 4NU1A 4OGRA 4IAIA 2B0QA 3E3BX 1E1VA 3NNXA 4FNXA 5E8XA 2P3GX 4QMOA 4EHEA 5HE3A 3OROA 3SX9A 5BVOA 4DT9A 2A4LA 5E8WA 5FBNC 3DGKA 3POOA 4NM7A 3HAMA 3FPMA 4E5AX 3C4FA 4BTKA 2JIUA 2F2UA 4RRVA 3VJOA 5FRIA 4J8NA 4ZOGA 3A7HA 3QRUA 2YAAA 3VBQA 4BCMA 4O22A 5F4NA 5AUYA 4O82A 2QLUA 5EM7A 4DINA 4U7ZA 3MA3A 4NFMA 3MPMA 4IB3A 4XNEA 3PJCA 2YEXA 4FTUA 2HY0A 4YJTA 2Z60A 3R22A 3UE4A 4BYJA 2XK4A 1SZMA 3AC5A 3NR9A 3ZTXA 4E20A 5IH5A 4Y83A 3DPKA 2YJSA 2OJFE 4WBOA 4HVDA 1H25A 2CKOA 4RWLA 3QTIA 4X2FA 1H24A 4CMUA 2WMSA 2WQBA 3C5IA 4CFMA 2GNGA 2JKKA 4JRVA 3BE2A 4A07A 4NJ3A 4C34A 3VS7A 4S2ZA 3P7CA 4KB8A 2QKRA 2A1AB 5FTOA 4EL9A 3KMMA 5FGKA 5FG8A 4U0IA 4ZTLA 4ZAUA 2VTRA 4FYOA 5EDQA 5JK3A 4QRCA 3HAVA 4RJ7A 4FEQA 3A62A 3NZ0A 3CIKA 3E87A 3Q52A 4DFYA 3BYUA 4L68A 4O7TA 4APPA 4ZK5A 2AC3A 5IQFA 2QU5A 3PIZA 3ULIA 2OF2A 3C51A 4K33A 1MP8A 4O7ZA 3TKHA 4FT9A 1B38A 3GI3A 2C0TA 4QMZA 5ACBC 2QU6A 1UNGA 4L3LA 5F20A 3DTCA 3MA6A 3OFMA 4RJ5A 3D4QA 4ZLOA 3QQGA 4NT4A 4AZFA 3K54A 3QTQA 5K0XA 4QMSA 4ZJJA 4V01A 3DJ5A 3I4BA 4A9SA 3G33A 3RK5A 2C6LA 4H1JA 1FBNA 3G9LX 3AC2A 4FZDB 3QXPA 2R7BA 4G5JA 4IVBA 5D11A 2VTAA 4OTWA 5D9HA 5EW8A 3IO7A 5J5TA 4BIBA 3QQUA 4EJ7A 1K9AA 1YVJA 3KRXA 4CXAA 5CEQA 4BHZA 4C38A 4H58A 3BV3A 1YI6A 5ANIA 1P4FA 3NIZA 2RFNA 5C01A 2Y9QA 5HICA 4MVFA 1LPUA 4D9UA 3QQFA 5HBEA 3P0MA 5AP0A 2YCSA 2C69A 1YDTE 3AQVA 4XYFA 4JR3A 5DG5A 4HVGA 4CFUA 1JQHA 3JXWA 3IW7A 3OBJA 2PVHA 3TTIA 2W0JA 4TXCA 5KHXA 2XYNA 4XP0A 3FQEA 3TZMA 4DHFA 5EM8A 3KXMA 2Z7SA 3Q4ZA 4BZOA 3OUNB 3MH0A 1PMNA 5EYCA 2ITTA 4NFNA 2OSCA 2E2BA 2Y4PA 3MV5A 4G6OA 3SGCA 2BIYA 5CY3A 1E9HA 4BL1A 3GCUA 3QTRA 3U9CA 2GPHA 3TV6A 3K3IA 4MBJA 3DJ7A 5AUWA 3VS5A 1H1QA 4PPCA 4RC4A 3RNIA 3TG1A 4NSTA 2VTHA 4A4OA 4CCBA 4OTGA 2UUEA 3CTJA 3FV8A 4FZFB 4LRJA 5AV1A 2YIRA 5AV0A 2OXDA 3ET7A 4HVSA 3QU0A 2F7ZE 4MD7E 4IX5A 3N4TA 2ONLA 1J1BA 3N4UA 2C5OA 3LFFA 1FGIA 1OPLA 4ZMFA 3D0EA 5E92A 3RCJA 2WMAA 2WB8A 4M69A 4RIWB 3QRIA 4XBUA 3RNYA 3LFBA 4ACCA 4YJPA 3TIYA 4J52A 3M1SA 3HECA 4WG4A 1APME 4B6LA 2VUWA 3Q9WA 2VWBA 3ORMA 2GQSA 4M69B 3MVLA 5AUVA 4C8BA 2ZVAA 4U43A 5EKNA 3OY1A 3F2AA 1HOWA 2OZAA 1Q8ZA 3S3IA 4E73A 3D83A 4FZ6A 2GFSA 2BRHA 4MX9A 1OKZA 1FVVA 3KXNA 2UZTA 4D4SA 3OCSA 3O0GA 5K5XA 2IZTA 4HOKA 4CSVA 2WQOA 1PF8A 4MNEA 1J7IA 2ZM4A 5GJGA 5HIDA 3ZBXA 1SYKA 4BWKA 1UWJA 3TNHA 1CKPA 4PMMA 3PY0A 4QMYA 5HZNA 2BRGA 4U8ZA 2RIOA 3ZONA 2OZAB 3ACKA 3HP5A 3MSSA 5DGZA 3KVXA 4NIFA 4Y72A 3LFAA 4CRSA 3QFVA 3KREA 2DUVA 4BDHA 4FKQA 3KFAA 4MNEB 5K3YA 4BI2A 2J51A 2JDVA 1UA2A 5FEQA 3R02A 4PL3A 2QOQA 4RSSA 4AZEA 2OJ9A 3HRFA 4FIEA 1M14A 5TOZA 4AG8A 4ERKA 4OBPA 4NIFB 4C4EA 4CYJA 4BDDA 4QP8A 2I0EA 3ROCA 3WZDA 3LMGA 2GCDA 2CLQA 3EH9A 1JLUE 4LRMA 5IH4A 3U54A 3MH3A 3Q2MA 4RX5A 2ESMA 5E8VA 4FTNA 3BGZA 4E6AA 1T45A 4JQ8A 4IWQA 3Q6UA 4N4SA 2W06A 4G3GA 3ORPA 4FV6A 2ETKA 4K18A 2OJGA 4YO4A 3QRKA 2FSMX 2VWYA 5EW3A 5IQGA 3VBTA 4A9TA 4PDOA 2HOGA 3SG9A 2OK1A 2ITQA 2G01A 4KSPA 4GS6A 3R8VA 3VVHA 5DRDA 4AWIA 5FUTA 5FXQA 3RHKA 4UALA 3I6WA 1LEWA 1YOJA 3G90X 4AOJA 4FOCA 5K4JA 3ANQA 1W98A 4RC2A 4NYEA 3MJ1A 4QMMA 3ZH8A 5AR7A 4CG8A 2PMNX 1OKVA 4HGEA 3F3ZA 5AA8A 5KBQA 4LOQA 4G16A 5DWRA 3E8EA 2FUMA 3FMLA 4JRNA 4WNOA 5DN3A 3R8UA 3R9OA 5E90A 4YU2A 3DZOA 4EZ3A 3D5VA 5AJQA 4NZWB 2QOLA 2QG5A 3PA4A 3VUTA 4EOMA 5IMEA 4LGDA 3LCSA 4E4LA 1IASA 3L9MA 1PKGA 4JQ7A 3R71A 5AV2A 3CQWA 4EUUA 4UN0C 4FEUA 4QTDA 4TNDA 2C30A 4AN2A 4FV1A 4UWCA 3TN8A 3BYVA 2W1DA 5L2WA 3FDNA 4DGLC 2AUHA 2Y6MA 3FAAA 5EI2A 2WOTA 1L8TA 3FI8A 4ZZOA 3HUBA 1JNKA 3UYSA 1OECA 5AIKA 5J79A 1FMOE 1WBWA 4FV3A 5CSVA 4UX9A 3BGPA 3NUXA 4QTAA 4RLLA 4IZ7A 2WMWA 5H8BA 3QTWA 2XRWA 2XK9A 4J95A 3NGAA 4JBQA 4BKJA 3CTQA 3CKXA 4ZTSA 3D5WA 3GB2A 4L00A 3QAME 4TPTA 4ZSAA 3TDVA 4BY9E 3FMKA 4BB4A 4IVAA 4F08A 3TKUA 3PJ2A 4TT7A 2GHMA 4I93A 4GMYA 4IX4A 4UXLA 5E8SA 4FNYA 5C9CA 3TJDA 2PVJA 2FGIA 4QYGA 4IFCA 5CXHA 3ZEWA 3V04A 3FUPA 4JDJA 1PXOA 4GK4A 3ZM9A 3ORLA 2YIXA 2WFYA 3CBLA 4QT1A 3MIAA 2ZV9A 3GNIB 4RJ6A 4ZY4A 3PIXA 4QP4A 4LOOA 4DCEA 4OAUC 3LMHA 2PVLA 2J0LA 4GFOA 4WA9A 4O7SA 4AGUA 5HLWA 2IZRA 3PA3A 3RZBA 3NPCA 5CSWA 3EFLA 5LVPA 3VW8A 4J8MA 2VNWA 3O96A 3C1XA 5HE1A 2E9UA 4FSYA 3PXKA 4U6RA 1OVEA 2ZDUA 2XK7A 4PMSA 5EYMA 1KUTA 3BHTA 3TT0A 5M4CA 3SOCA 3W55A 5IQCA 3MVHA 4N6YA 4NM3A 5LXMA 2XNBA 4YJQA 1H8FA 1H4LA 2CNVA 4USDA 2QQ7A 4FSRA 2YISA 3VBYA 2HK5A 3BE9A 5J7HA 5LVNA 1LP4A 2ONLC 2VNYA 2PHKA 3D7TA 2CNUA 4ANLA 3AD5A 1PYEA 3I1AA 4QP9A 4JBPA 1G8SA 1PXNA 2E9VA 2VO6A 2Z2WA 1VZOA 4QP1A 4B8LA 2BRNA 5IQBA 4PDYA 2PVFA 3A7JA 3PPZA 3C7QA 4MNFA 5FP6A 5LCKA 1Y6BA 2GNJA 4FTKA 4YJNA 3CTHA 5CU4A 3R8ZA 3ORNA 3THBA 3OG7A 1PXJA 3D7TB 3A60A 4I6HA 3RBWA 3RKBA 4FUXA 2GSFA 4GIIA 4I4EA 2C1BA 1BX6A 2BTSA 2UZBA 3VC4A 1Q97A 4Y85A 3NIEA 4LFIA 3QUDA 5ANEA 2XEYA 3UPZA 3BLHA 3V5QA 1OUKA 4EH4A 2X0GA 4BBFA 4N6ZA 3W2SA 2BILB 3QQKA 3W33A 4UZDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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