3CP9A

Crystal structure of the vegfr2 kinase domain in complex with a pyridone inhibitor
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
312
structure length
288
Chain Sequence
AERLPYDASKWEFPRDRLKLGKPLQVIEADAFGIDKTATCRTVAVKMLKEGATHSEHRALMSELKILIHIGHHLNVVNLLGACTKPGGPLMVITEFCKFGNLSTYLRSKRNEFVPYKVAPEDLYKDFLTLEHLICYSFQVAKGMEFLASRKCIHRDLAARNILLSEKNVVKICDFGLPLKWMAPETIFDRVYTIQSDVWSFGVLLWEIFSLGASPYPGVKIDEEFCRRLKEGTRMRAPDYTTPEMYQTMLDCWHGEPSQRPTFSELVEHLGNLLQANAQQDRHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Discovery of Aryl Aminoquinazoline Pyridones as Potent, Selective, and Orally Efficacious Inhibitors of Receptor Tyrosine Kinase c-Kit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Vascular endothelial growth factor receptor 2
total genus 96
structure length 288
sequence length 312
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2008-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3cp9A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3cp9A01
3GC8A 4FKWA 4AA5A 5CEKA 4JAJA 2IVTA 3EZVA 2OJIA 4GIIA 4XX9A 2HIWA 2XNGA 4CFFA 2WQEA 3FLNC 1FMOE 2CHLA 4IADA 5I5ZA 4GCJA 4MTAA 5A54A 4H1MA 4KS8A 4J1RA 4F09A 2VAGA 3A4PA 4C4JA 2UVZA 3NS9A 5AR8A 2X7GA 4IH8A 2YJRA 1UVRA 4R7HA 3ZLSA 4A7CA 2FSTX 2J0KA 3C4FA 3G9NA 4FSWA 4JX3A 4XOYA 5EHOA 5C9CA 4AE9A 4F6SA 3SW7A 4UEUA 4FV3A 5HI2A 4CRLA 4ZIMA 3TIYA 3UQFA 4XUFA 5JMSA 4FYOA 4B6LA 5FEDA 2X8EA 2XVDA 2YAKA 5JZNA 1H07A 2X1NA 3G33A 4PL3A 3QXOA 3N4TA 1REJA 3PLAE 3COIA 2OIBA 4TTHB 4BWPA 4D2SA 4NH1A 1RW8A 4FSZA 4YMJA 2Y6OA 3QCQA 3Q4TA 2WMWA 4BIEA 3VUDA 3QTXA 4LOQA 2YITA 4LGDA 3ANQA 3TTIA 3VS6A 3PVGA 5DOSA 4QTBA 3LZBA 3EHAA 5CEMA 3QA8A 3PA5A 1MQBA 2IW8A 3B8RA 3F82A 5CEQA 5CU0A 1V0OA 3MH1A 5HG9A 5HQ0A 5M4IA 1Q99A 5BVDA 3BQCA 1OECA 2W17A 1JSTA 4LRJA 2C3JA 3GXLA 3VF8A 4Y95A 3LXKA 3FZTA 3OD6X 2VGOA 1W98A 5IQFA 1WBTA 4K0YA 2J50A 5HCZA 2VTHA 3QL8A 2QONA 4DFNA 2W9FB 4PX6A 1IEPA 5CEPA 3SG8A 3T9IA 2AC3A 2E9NA 5CANA 4MKCA 4FBXA 3WF9A 3AMAA 2AUHA 1YXTA 1XBBA 1BX6A 4KKHA 3R1QA 3VRYA 4EH8A 2QI8A 3MY5A 3ZOSA 2W1CA 3PIXA 3QRKA 4NT4A 3DAEA 4GL9A 3CSVA 3BGQA 1OL1A 2WTDA 3BU3A 3QRUA 3QD4A 3QQUA 4FV4A 4K2RA 3GC0A 4D9UA 4R77A 3BEAA 5A46A 3C0HA 3U54A 3UBDA 4CCBA 2GS6A 1CKIA 3HUCA 1A48A 3WZEA 3BYMA 3GU7A 3K54A 5KKRC 3SXFA 2BILB 5IH5A 4BBMA 3QHWA 2W1FA 4O86A 4GW8A 3POZA 4I0RA 3LOKA 3LM5A 4IB1A 2E9PA 4FIHA 3OROA 5HG8A 3DTCA 4RQKA 3W2RA 5IA4A 4PMSA 1UKHA 4N4SA 3TL8A 4CXAA 5CAQA 4FIIA 2PU8A 1H4LA 2QOBA 3EJ1A 4C38A 5ANKA 4AOJA 4YTFA 2XCHA 5AR5A 4FV6A 1EH4A 3MVMA 4RMZA 2YM8A 2O64A 3KU2A 4E8AA 4XG7A 1YXSA 2NO3A 4ITHA 2WNTA 4O21A 5JGBA 5GJFA 2J4ZA 4I6QA 4WSQA 4G16A 3PIZA 1Q4LA 3O50A 5E92A 4G1WA 1KE8A 3Q5IA 2UW7A 4DFBA 2FVDA 4FKPA 1A06A 1Q24A 5HE1A 5AR7A 5ETAA 5F95A 4HCVA 3ULIA 3A7GA 3I7BA 4U7ZA 5LVOA 4A9SA 4S30A 3U55A 1WVXA 2BRBA 2IZSA 1APME 3F7ZA 1PMNA 4KIKA 2FB8A 4YBKA 2R3OA 3CD8A 3HV4A 4FKVA 4K33A 4QMZA 4D2WA 2R9SA 5DFPA 2UZWE 3L1SA 2O0UA 3R7UA 3F5PA 4UXLA 1YDSE 3QQKA 3VO3A 4JVGA 5CU4A 3A4OX 4KIOA 3PPJA 4NIFB 3QU0A 5CASA 1H1PA 1YVJA 3P08A 3ZYAA 3HMMA 5JT2A 1NA7A 3ZM9A 3GFEA 5CEOA 2WQNA 2UZTA 5DR2A 4YTCA 2PVNA 2VRXA 4ITIA 4XEYA 4PPCA 3UZTA 4EYJA 2EXMA 3W2PA 2RG5A 3QTRA 2XF0A 2Y6MA 4PTGA 5HGIA 3EQRA 1J1CA 1OPKA 1Q3DA 4Y72A 2AYPA 2QOIA 5AR2A 4DEEA 3UQCA 2HK5A 3BYOA 4HYIA 4BR3A 3KN5A 1H1QA 3C4EA 1OL5A 3NW6A 3O7LD 5F20A 5FXQA 4K6ZA 5LMAA 2QO9A 2BTRA 3UNZA 3DQXA 3VIDA 1W7HA 3LCDA 4QP3A 3KCFA 4G6LA 1OIQA 2RFNA 3ZO4A 3BPRA 3OOMA 4DCEA 4EI4A 4G2FA 3A7JA 3MIYA 5LARA 3OWKA 4GS6A 3WF7A 5M4CA 2YLEA 4DINA 1HOWA 3SX9A 3A61A 3F5UA 3TKHA 4F08A 5HX6A 5ACBC 3RK9A 5B2MA 2YA9A 3CC6A 2B0QA 2YDIA 3S2PA 4BCJA 2XKDA 3DDQA 4QMWA 2GHMA 3VS3A 4FV7A 2W0JA 3EQIA 4V0GA 5BVNA 2F4JA 5JFWA 5FUTA 4BFMA 1FBNA 4CGAA 4I22A 4YHTA 1FVTA 4R3CA 4JG8A 2VTSA 2YABA 1W83A 4U45A 4CLIA 3TM0A 4J99A 3OS3A 2C3IB 3E8CA 4ONAA 2YCFA 3V5JA 2C6TA 4CTCA 5ITAA 3O23A 3TNWA 3FQHA 4U40A 4IB0A 4DFZE 2W96B 3ZC6A 4BN1A 4J8MA 2BMCA 3LFFA 3MA3A 4LGGA 4YU2A 4GJ2A 3V8WA 1WBWA 2OZAB 2UZEA 2XCKA 5DT3A 3PRFA 2WQOA 5K4IA 4J7BA 3RM6A 4F9BA 1W82A 4NWMA 4MWIA 4D2TA 3EZRA 3Q4UA 3FSKA 4BDFA 4TY1A 2OKRA 3QTZA 4UXQA 4F9WA 5IA1A 1BL6A 1SZMA 4YGAA 3H0ZA 3KVXA 3WOWA 3NMUF 1SVEA 5TT7A 4S34A 4FV9A 2PUPA 4LM5A 3ELJA 4GKIA 3UQGA 2HWPA 5I9XA 1QCFA 2GNIA 3BGZA 3II5A 3CIKA 5IDNA 4D1ZA 1OIYA 5M4UA 1Q5KA 3DNEA 4FODA 5I9UA 5CZIA 3Q6WA 2WELA 5E91A 2VTMA 4ENXA 5DRDA 4ANNA 3QZGA 4XG9A 3O2MA 3LFSA 3FYKX 1A9UA 4XS2A 4W8DA 2XBAA 1WVYA 2J5FA 2VZ6A 4YJTA 3RPVA 2IJMA 2FUMA 3F3VA 4LQMA 4I6HA 3KMWA 3PJ2A 1CDKA 4TYHA 5FP6A 3ORZA 3O17A 3U9NA 4FSNA 3EQFA 5JGAA 4I20A 2WB8A 3NUUA 3RI1A 4GG5A 4GK3A 2VU3A 4I21A 4IWPA 4OAUC 2VWZA 3B8QA 4CKRA 3EYHA 1VR2A 2G01A 3OHTA 4L42A 2C5NA 2FGIA 2UW5A 4J71A 4R3PA 4CZTA 2EB3A 3S00A 3HDNA 4QMXA 3E88A 4GUEA 4B99A 5H9BA 4V05A 3F6XA 5CSPA 2YIXA 2CMWA 5AUVA 4RC2A 3VS5A 4DEGA 3Q9YA 3I6UA 2J7TA 2QHMA 1QPCA 4FSUA 4O0UA 3V8SA 4DH1A 3EYGA 4W8EA 5EHYA 3H9FA 4RQVA 1CKJA 2NPQA 2QODA 3KXMA 4YC3A 4AS0A 4TWPA 1H27A 4OLIA 1B38A 3QX4A 3PA3A 2BZHB 3NPCA 3IW5A 4RJ6A 5EQYA 5DWRA 3W2QA 1NVQA 4BTMA 1UU3A 4P2KA 4FV8A 5L2TA 2A2AA 4EOSA 1JKLA 2W5AA 3RCDA 3FMLA 4FNYA 3VQHA 4F9YA 3OEZA 3UOJA 2ITQA 4KKGA 3DXQA 3EFWA 3OBGA 3DY7A 1WBSA 4AGCA 5IQIA 3PA4A 4G3FA 3D5XA 1M7NA 3GCUA 4AFJA 5E8TA 4FTCA 4QMSA 4FL2A 4IAIA 3TZ9A 4FA2A 4RC4A 2CGXA 1DI8A 5EOLA 2XK7A 2RSVA 3FLZA 4ZLOA 2R3MA 3DBQA 3QZHA 2J0JA 5ETIA 2R7IA 4O7SA 3DFAA 3BQRA 3JVRA 5DT4A 3KF7A 1XH8A 3A60A 4EORA 2C68A 3H9OA 5M51A 4IDTA 2W1ZA 4U6RA 1FOTA 5HVJA 2OH4A 4A9UA 2YCRA 3ETAA 4KKEA 2ZM1A 3EN7A 2PUUA 4QTAA 3RHXA 2VTAA 3VS7A 4Z3VA 3FAAA 2W1HA 4XHKB 4S33A 3UPXA 3HL7A 4F9CA 2BVAA 5KKRB 3BYSA 4D1SA 3FLSA 3EN6A 3I5ZA 1W84A 4P5QA 3LIJA 4RIYB 5IQBA 2C6KA 5EHLA 2NP8A 4IMYA 4MQ2A 2R3KA 3RMFA 4OBPA 5ANIA 1G3NA 2BHEA 4L7FA 2ITNA 2WTKC 3CJGA 4MNFA 3MY0A 1IAHA 3CE3A 1Q3WA 2OIQA 2H9VA 2PHKA 5B0XA 4FV5A 2QVSE 4Y46A 4HYSA 3TNPC 5KX8A 2Z2WA 3TUCA 1FGKA 3PXRA 4LL0A 4RIXA 4W4VA 2H8HA 1WBPA 5DH3A 5DIAA 5E8VA 4G5PA 3C5IA 4MAOA 5TE0A 5BQ0A 3H4JA 1OUKA 4O7VA 3W33A 4F70A 2PWLA 2FA2A 3TJDA 3DTWA 3DJ7A 5F94A 1XBCA 5IEYA 3Q9XA 4DYMA 3HMOA 5M07A 2O2UA 3JS2A 3QKMA 3ZRLA 3KRRA 4MHAA 3OY3A 5BVEA 4AAAA 4Y83A 2WMXA 2Z02A 5HNIX 2ZMCA 4AW2A 3FWQA 3DAKA 3HMNA 5CI6A 2X4FA 2OWBA 3FZRA 3Q04A 4D0WA 3Q2MA 2BZKB 2WMAA 4ANLA 4EKLA 5HIDA 1PYEA 4EBWA 2ZVAA 3GVUA 2GU8A 3NRMA 3OT3A 1H0WA 2R3QA 2QOLA 3HA6A 4RWJA 5CI7A 4BYJA 1O6KA 4LFIA 3SC1A 1GZKA 3IK3A 2OJFE 3EKNA 4X2NA 5FEQA 5KMNA 1GY3A 3IONA 1JLUE 3ZUTA 4BGGA 4BDCA 4EEVA 5IA5A 4EOPA 2XNMA 4PDPA 2UVXA 3PG3A 4A4XA 3ZSGA 3Q6UA 4CYJA 4L44A 3NNVA 4P5ZA 2WOTA 3O8TA 4GYIA 4O7WA 4O91A 3V3VA 2Q0BA 4QQTA 2CPKE 1OL2A 4O7ZA 2VWYA 2OU7A 2ACXA 1PF8A 5KZ0A 3TNIA 1VYZA 2GHLA 3MBLA 4MXYA 1NY3A 4NEUA 4B4LA 2VO3A 2C6IA 5KMJA 1O9UA 2B55A 4JQEA 5JKGA 4CMOA 5DA3A 3FL4A 2HAKA 4BDDA 3DNDA 4O81A 5HBHA 4DCAA 3NWWA 5HLPA 2NRYA 2OIDA 3CLYA 3K3IA 4ANMA 4N0SA 4Q2AA 5GZ9A 2ZDUA 2ONLA 3EB0A 3V6RA 1JVPP 3RTPA 3VJNA 3QTUA 3WYXA 4EYMA 2P3GX 3DA6A 3V8TA 4D4SA 4M3QA 1GIIA 2G9XA 3Q3BA 3VQUA 4EZ7A 3R8ZA 4BF2A 2XRUA 5KNJA 1YHSA 1J7UA 1DS5A 3W10A 4GVJA 3F3UA 3MIAA 4D55A 2OJGA 4AA0A 1V0PA 2HXLA 4FZFB 4BGHA 2CNVA 2UW8A 3R7OA 4BTKA 4KAOA 1Q8UA 5J7BA 4PNIA 4H3QA 4F64A 5KO1A 1GZOA 2EVAA 3NYNA 4IW0A 3V5PA 2PULA 4XG8A 3WYYA 5ANOA 3PZEA 3IPHA 1RQQA 4FL3A 2ERKA 3RWPA 1XH9A 1AGWA 3ZO3A 1KV2A 2VGPA 2WTJA 2YISA 4WNOA 3U87A 3ENHA 4DAWA 1PHKA 3UOHA 4QMLA 2JDRA 4ZTSA 3PXFA 2PMIA 3HKOA 3F69A 3G9LX 4XG3A 3ORTA 5ETFA 1OL6A 5EW8A 2OI4X 3FZSA 4IVCA 2PMLX 3PZHA 4UZHA 1K3AA 3GCPA 3R83A 4YTHA 3H30A 4DGOA 1JSUA 3C7QA 4O1PA 4Y73A 5CXHA 5BYZA 4DGNA 4CFUA 4D4VA 3BLHA 3S1HA 1YDRE 3QTQA 1OKZA 2C1AA 4IDVA 4RIOA 1JQHA 3AD6A 3OF0A 3W1FA 4XH6A 4C36A 4OAVB 5IU2A 2OW3A 4EWHA 5GIOE 2B7AA 3ALNA 2WKMA 3KY2A 4J98A 4C02A 2XIYA 5K5NA 3LXLA 2ZV7A 1XKKA 3DLZA 3SLSA 2VTNA 1MQ4A 3ACJA 4FTUA 4KIKB 3QZFA 4L6QA 3DS6A 2OFUA 2XB7A 4QMMA 4QQJA 4RA5A 2QR7A 4QTEA 4IE9A 3NIEA 3TZMA 2FO0A 2GFCA 4AGDA 3WF6A 3E3PA 3TUBA 4FNZA 1QPEA 3QC9A 2CJMA 3DZQA 5FTQA 4FZ7A 4JXFA 3ZBXA 4BL1A 5IEVA 4M0YA 3W2SA 1ZYCA 4F4PA 3FKNA 4HYUA 5D1JA 5IA0A 2OO8X 5LCJA 1G8AA 2CGVA 2QG7A 5EQEA 4FSQA 3PIYA 1ZMVA 4OTFA 5IMEA 4PL4A 2G2HA 4C4GA 3EWHA 4NSTA 3NCZA 5BUIA 1U46A 4MXOA 4AZEA 5J5SA 3PY0A 3QQLA 3ZHPC 4ACCA 3OT8A 3DXPA 2O3PA 4LRMA 4B9DA 2PK9A 4Y5HA 2OXYA 5IKWA 5J9YA 3SV0A 4KB8A 2UW0A 5LWNA 4FTTA 3E93A 4IZYA 3UOKA 3SW4A 2W99B 3OUNB 4NJ3A 2QNJA 3CQEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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