3K3JA

P38alpha bound to novel dfg-out compound pf-00416121
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
348
structure length
329
Chain Sequence
RPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGGSVCAAFDTKTGLRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFVATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLTQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title The Design, Synthesis and Potential Utility of Fluorescence Probes that Target DFG-out Conformation of p38alpha for High Throughput Screening Binding Assay.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase 14
total genus 107
structure length 329
sequence length 348
ec nomenclature ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date 2009-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3k3jA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3k3jA01
2RL5A 2X7FA 2FA2A 5HBJA 2R7BA 1ATPE 2PY3A 1FGIA 3GQLA 4HCVA 2R3LA 3QTIA 3PXFA 3V5WA 3KCFA 5CQWA 1WBNA 3SLSA 4PDPA 1W83A 3Q4ZA 3TZMA 3TACA 5AR2A 3S1HA 3FY2A 1R1WA 3ALNA 3SOAA 5BVFA 2QC6A 3FLZA 3HV6A 5DOSA 4M8TA 5BYYA 2XF0A 2ZB1A 3R83A 5AUUA 1A48A 1HCKA 2JD5A 4BGQA 4DTBA 3BU3A 3RK9A 1CM8A 3NAYA 5LVMA 3MVLA 2I7QA 3GU4A 5G6VA 4QQ5A 4FIIA 3NIEA 4MWIA 1T45A 3LIJA 2OFVA 3QUEA 3PLSA 3DQWA 2PMOX 5B2KA 1REJA 3PY1A 4BKJA 2UW7A 4CEGA 2HW7A 4KBKA 2UW4A 2PE1A 3VWAA 4RA5A 4OAVB 4YC6A 2VO6A 2EVAA 3TCPA 3WZEA 3ZLYA 1XH4A 3MN3A 5KMIA 3O50A 2CJMA 4GYGA 2QURA 5FTOA 4GV1A 5AMNA 1FBNA 4H05A 3FL4A 5AP6A 5EW9A 4E93A 4TYGA 1L3RE 5GIPE 2W99B 4RT7A 2UVZA 3NSZA 4KAOA 3VRYA 2R64A 5ANIA 5BVDA 4X2KA 4MNEB 4FTUA 3UZTA 3FLWA 4IFCA 3TIYA 3TG1A 2C1BA 4BDAA 2HY81 3HP2A 4USDA 2A2AA 2PVYA 3DDQA 4BGHA 1DS5A 1SZMA 5JGDA 4LV8A 4PTGA 3NUYA 2QOOA 3DLSA 4FV3A 4QQJA 2Y4IC 3DA6A 2NRYA 2REIA 2C69A 2XIKA 3S95A 4IJPA 3VULA 4QMVA 4UMUA 5KMOA 5KZIA 1YHWA 3AMYA 4OTQA 4GFGA 3AD5A 3ZC6A 5LVNA 4QYGA 4FSTA 4U41A 3DS6A 2OU7A 4FKTA 4R8QA 2BVAA 4M68A 3B8QA 3EFJA 3OC1A 4FIEA 5EOLA 4Q9ZA 4FV2A 5I9YA 4E5WA 4KUJA 3OG7A 4O22A 5IA0A 2WTKC 2X2MA 5IUGA 4MXCA 4OAUC 3MA6A 3O96A 4QP2A 1CKPA 5FD2A 3FSFA 5HESA 4BCIA 2WTCA 4M0YA 4PWNA 2ETKA 4RVTA 4A9TA 1OIUA 3L9MA 4R3RA 4BC6A 1FINA 4HVIA 3QCQA 5J87A 5J95A 5TOZA 5CQUA 2IZUA 3K5VA 5L8JA 3MJ2A 4YZMA 2EWAA 4A07A 5A4LA 3H9FA 4L3JA 5T68A 5GJFA 4IAAA 3R8LA 5A4EA 3MGYA 2YABA 2F49A 3JY9A 2WZJA 4GL9A 2OH0E 3O23A 1Z5MA 4ZTHA 3WI6A 3N9XA 1XBAA 4ALWA 4AX8A 4FEUA 3TKIA 5FBOA 4ID7A 3LAUA 1KE5A 3DJ7A 3LFDA 2OZAB 4O0YA 5IH6A 3EL7A 2R3KA 5K0KA 4A9RA 5JFSA 3HRCA 4BDCA 1SNXA 2PSQA 4HVHA 2JDSA 4O1OA 5CT0A 2HWPA 2QG7A 3U87A 3EIDA 1OB3A 3A62A 3COHA 3PPKA 3KMUA 3QD4A 2A0CX 1ZY4A 3RPSA 4EK6A 4EK8A 3ZRKA 4BTJA 2BPMA 2ZM4A 1U5QA 4BCKA 4GS6A 4YSMA 5CU0A 3F2RA 2GNFA 2X4FA 4AA5A 2YAAA 3QYZA 4C4IA 5LCJA 3KXMA 3Q4CA 2VWYA 3R9RA 4FSRA 4PDOA 4YP8A 3SD0A 3QKMA 1LP4A 3F7WA 3R1YA 2PK9A 4KSPA 5I0BA 2QO7A 5AUZA 2PUPA 5CU4A 4LYNA 4MH7A 3MBLA 2GCDA 4OTPA 5T3QA 4DH5A 2GNLA 4FL3A 4ZMEA 3IDPA 1JAMA 3MSSA 3NW7A 4X3FC 5TR6A 4O7SA 4YURA 5IZFA 3VBTA 5C03A 4GVJA 2GTNA 4FYNA 3TXOA 1LUFA 3LMGA 5CAUA 3HEGA 1FQ1B 5KHXA 1BLXA 1DAWA 2JKKA 3P23A 5F94A 3O7LD 3G2FA 4DYMA 3UMXA 5M06A 4XP0A 4HVGA 5ANGA 5IA1A 5IQIA 4KIPA 3FKNA 3QTRA 3VS2A 4MWHA 4P2KA 3KMWA 5HE3A 3V5TA 3CLYA 3QHRA 3T9IA 3NCZA 2YDKA 4IX5A 4B99A 3G9NA 4BIEA 3I0OA 2R3QA 5EM8A 1J7IA 2UUEA 5DT4A 4FTCA 4RFYA 4NZWB 1JSTA 2XKEA 2GS6A 1CSNA 3GOKA 2R3RA 4GH2A 1OMWA 3E8NA 3UIUA 2VWUA 3QTSA 5DE2A 5IUHA 5DR9A 3OW4A 5DG5A 3BWJA 3R9OA 4D2VA 3IW4A 2UW0A 1Q8WA 4UWBA 3BIZA 4S33A 3LLTA 2B9JA 2XBJA 2XM8A 3A8WA 3D7ZA 4FC0A 4AXAA 2W1HA 5GJGA 4BTMA 2BCJA 1ZY5A 2X8DA 3TZ8A 4FZ6A 3MDYA 3FMJA 4ZMFA 5ETFA 4AW2A 3SKCA 3RI1A 5CXZA 3NUAA 2O2UA 4V04A 4QO9A 4I20A 4ZLOA 1YI6A 4PDYA 1W7HA 4H1JA 2R3FA 4MBJA 2YCRA 5ETCA 3MY0A 4UWCA 3UE4A 4E7WA 4MXYA 5K5XA 3U6HA 2VUWA 1UKHA 2H8HA 4YGAA 5HICA 3VQUA 1U54B 3UGCA 5CAOA 2EUFB 4FT5A 5A6OA 4R77A 3D5XA 4K8AA 1H25A 4TZRA 3N4VA 4O1PA 4YTCA 4EWQA 3DPKA 3GBZA 3GU8A 4CGAA 3QZFA 2A19B 4D28A 3G6HA 4BDKA 4TL0A 2ITOA 3PWDA 3KU2A 3F5PA 3VNTA 2CLQA 3ZMMA 1BMKA 3QQFA 2OGVA 3DZQA 4ZTLA 4N57A 4FNYA 4QYHA 5CT7A 3P86A 2PZYA 3SQQA 5KBQA 2OWBA 3BHHA 3O8TA 3QYWA 4C2WA 4YJUA 4U3YA 3I6WA 1MQBA 4JRNA 3NAXA 2G15A 2PHKA 3KXHA 2HZ0A 5KUPA 4PF4A 3Q2JA 2CDZA 1YXXA 2E2BA 4CVAA 3E93A 3W2QA 3CTQA 3KRRA 5DEWA 5LVPA 3ZHPC 4FZDB 3D4QA 3R9HA 2Q0NA 3QCSA 4FG8A 4F9YA 4LUDA 1CMKE 1UWJA 3WE4A 3WF6A 3CP9A 2XCKA 3EWHA 3I4BA 2PVHA 4OR5A 5HD7A 3NS9A 1QMZA 3MH0A 4D2WA 3W8QA 3W8LA 2RFDA 3F88A 4JQ8A 4FV9A 4MBIA 3VUHA 2CKQA 5I9VA 5ANOA 2FSLX 4I5PA 1H1QA 4EH6A 5AM7A 4CFVA 1KOBA 1R78A 2NRUA 1ZMWA 4HGLA 1PXIA 4YZDA 5LXMA 4OTRA 4FV7A 2JDTA 1REKA 4F64A 2H96A 3RPRA 4ANBA 3SAYA 1QPJA 4DEIA 5KMLA 1UA2A 3GCUA 2A27A 3C4WA 3ZM4A 3R21A 3HA8A 5LQFA 3OFMA 1XQZA 1YDTE 4FSUA 4DEBA 3V5PA 3KN6A 4NT4A 1ZMVA 3Q9YA 4UEUA 4FYOA 4E4NA 4B8LA 4EOQA 3BYOA 3EQRA 5ETAA 2AUHA 2ITVA 3BE2A 4E3CA 4FTLA 4L68A 5EDPA 3PXZA 3GC7A 4KIQA 3ZEWA 4HGSA 3FQHA 3AC1A 3OEZA 4AWIA 4ACGA 5KKRB 4X21A 4CYIA 3TV7A 5EK7A 4L46A 3P4KA 2QCSA 4WSQA 4HCUA 1OUKA 2CNQA 5HNBA 2PUUA 5A4CA 4HYIA 3WF5A 4QT1A 3AT2A 4JQEA 4QD6A 3VUIA 1RJBA 4MF1A 5L6WL 2Z60A 3DU8A 1NT2A 4BIBA 2W9FB 4DLJA 1ZYCA 4GFMA 3ZONA 4BCMA 1GOLA 1KOAA 4AA0A 2WTWA 3OOMA 1ZYJA 4R3PA 3UG2A 4AAAA 1OUYA 4YTFA 3A2CA 1OECA 4FKQA 3I7CA 3H9RA 2BZJA 3BQRA 2UW6A 2BRHA 5FQDC 5L2SA 3UMWA 3R2BA 3F5XA 4U7ZA 3FZ1A 1T46A 4NFMA 5EYCA 4XYFA 5EYKA 3VBWA 4J7BA 4CQGA 4J1RA 3BLRA 3TUDA 4GRBA 5IEYA 4U40A 3FI2A 2XNEA 3F3UA 3G9LX 4MTAA 4MXOA 4Q9SA 2C6OA 2QLUA 3L1SA 1ZXEA 4ZY5A 3NRMA 4M69B 5JKGA 3F69A 4UYNA 4RQKA 2W1FA 5AP5A 3PJCA 2BR1A 1SVGA 2DUVA 5BVOA 2ERKA 3BGPA 4G16A 4F9WA 4YJPA 5JFXA 3QLGA 1R0PA 4EKKA 3OWJA 3M1SA 4ERWA 4IAKA 2X8EA 4XMOA 3EQFA 4TNBA 5DFPA 4USFA 3ZC5A 5HE2A 3E7OA 4JR7A 3U4WA 3V8SA 4K11A 4L7FA 4R7BA 4G6LA 4K77A 3KRJA 5FBNC 1RW8A 2I6LA 2WO6A 2UZUE 4KINA 3A7JA 5CF8A 2VX1A 3QX2A 3TKHA 5IG1A 5HNGA 4BKZA 1V0BA 5EKNA 2YCFA 1YI3A 4YJVA 4TWPA 3Q5IA 2B52A 3QXOA 1G8SA 4RIYA 2ZDUA 2BROA 1PKDA 2OSCA 5CU3A 4FIHA 4FGRA 3ORLA 4ZLZA 2UZTA 3Q04A 2QKRA 2QVSE 3LFNA 3NEWA 3R8MA 3ZO2A 4CXAA 2BILB 4MEDA 4L01A 4NYEA 2GFCA 3ORIA 2B9FA 3HV3A 5KX8A 4BWKA 4MVFA 3ZFXA 3MPAA 3MI9A 2OO8X 4JDHA 3BRBA 4L44A 4NJ3A 2ZV8A 1OZ1A 3E3BX 1H1SA 2Z7QA 3HKOA 4MQ2A 3P7CA 3VS1A 4A4LA 5GINE 5HIBA 4D2TA 5CLPA 5AR4A 1J7LA 3KULB 2QOHA 2VX0A 2FSOX 3EFWA 4IWDA 3IS5A 4PUZA 2LAVA 5BVNA 5KHWA 2HY0A 5IQFA 1Y91A 3ERKA 3ET7A 4JG7A 3F3WA 3FLYA 2X8IA 2F2UA 4NM7A 2ZJWA 3JY0A 4I22A 2R5TA 3GCPA 2PUNA 3U51A 5AUTA 3F9NA 4IB1A 4YUQA 5HU9A 4C3RA 3PFQA 4EQCA 2WTJA 1YDSE 5AP1A 1R39A 5HBHA 3VBVA 3VHKA 4EOJA 3WF8A 3FUPA 5IA2A 1O6KA 2XS0A 5EW3A 4HPUE 2WXVA 1Q5KA 2NO3A 3EFKA 4YNOA 4F1TA 4G6OA 4FV0A 4NUSA 4QYYA 5LMAA 4FT3A 4BTKA 4JG6A 1NW1A 3FEGA 4H1MA 3ZO1A 2BAQA 3AQVA 3IOPA 3S2PA 4D9UA 1WMKA 5FTQA 3D7TB 5IUIA 3ZDIA 5BYZA 4N6ZA 5BVWA 2YM7A 1PMEA 4WG5A 4MXXA 2BTRA 5B2LA 1U4DA 1VZOA 1CKIA 4LOPA 2EB3A 2CMWA 4DH1A 3RK5A 4YLKA 3VHEA 1XJDA 4ZTQA 4FEVA 4K18A 1YI4A 2JEDA 4PPAA 5CI6A 4I23A 3AG9A 4ASXA 2WMBA 2JKQA 3R63A 3GC9A 4I5CA 4U97A 3N4UA 4DH7A 2RFEA 3PP1A 4FTJA 4EHVA 4BDEA 2ZMDA 3HA6A 4MBLA 1GIJA 3E62A 2ZB0A 3RHKA 3OD6X 1ZOGA 4DG0E 4CMUA 2CGWA 2IJMA 4FVQA 3R6XA 5M4CA 1UV5A 2UZBA 3BKBA 2UZWE 4KNBA 4W9WA 3LQ8A 1GIIA 3V51A 4CKJA 2WAJA 3DAKA 1KV1A 3P5KA 5DR2A 5CANA 2DWBA 3C0GA 1OM1A 1Q62A 4BDHA 3FSKA 2HZNA 2EXCX 5LOHA 3A61A 3O8PA 4AUAA 2G2FA 2PVNA 2BDWA 2ZOQA 2W1IA 2J9MA 3I0QA 3MPMA 4K0YA 3TDWA 4D0WA 3OWLA 3QX4A 2XKFA 4BVUA 5M51A 2VGPA 3I60A 2XIXA 2O64A 3VJOA 3EQGA 3GEQA 1J1BA 4A4OA 3UOJA 5CNOA 3LQ3A 4YTIA 3ZBFA 2R9SA 5HVJA 2P2HA 3VW6A 3VN9A 3O7LB 3HDMA 2YDJA 2JKOA 4PV0A 3PIYA 3NUUA 3RNYA 4YJRA 5DWRA 3LQ5A 1YWVA 2O0UA 3LE6A 1K3AA 3FL5A 3PIXA 4YZ9A 3V6RA 4F7JA 4BY9E 4I21A 3HYHA 3DBQA 4BF2A 1WZYA 2P0CA 3DXQA 5CAPA 4AW0A 3PXQA 1JSVA 1YW2A 5CVHA 4TYHA 3CD3A 3QRTA 2IW9A 1WBSA 4OUCA 2BKKA 4RVLA 2CN8A 3GCSA 3F82A 3PA3A 4G3CA 4FKSA 3RGFA 3I7BA 1CDKA 2CGVA 1UU8A 4FEXA 4XOZA 2YISA 3PG3A 2OIDA 3TZ7A 2BKZA 5A4QA 3N51A 2R7IA 2OZOA 3IO7A 4ASDA 4ERKA 4RSSA 3QRIA 4PRJA 4FTNA 4W4WA 5ACBC 2JGZA 5M08A 3V6SA 3BPRA 4D4YA 5AV1A 2B55A 4FEQA 4J52A 5AAGA 2ETRA 2P3GX 3LFBA 4CYJA 1WBTA 4WNOA 3G0EA 2IWIA 4IM2A 4N4SA 5D12A 3SXSA 4KS7A 2CCHA 3F7ZA 1PKGA 3RAKA 4D4RA 1W82A 4GK3A 4ORKA 1VYWA 4MNEA 3OXZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2RL5 A;  2X7F A;  3O5A A;  2FA2 A;  5HBJ A;  2R7B A;  1ATP E;  2PY3 A;  1FGI A;  3GQL A;  4HCV A;  2R3L A;  3QTI A;  3PXF A;  3V5W A;  3KCF A;  5CQW A;  1WBN A;  3SLS A;  4PDP A;  1W83 A;  3Q4Z A;  3TZM A;  3TAC A;  5AR2 A;  3S1H A;  3FY2 A;  1R1W A;  3ALN A;  3SOA A;  5BVF A;  2QC6 A;  3FLZ A;  3HV6 A;  5DOS A;  4M8T A;  5BYY A;  2XF0 A;  2ZB1 A;  3R83 A;  5AUU A;  1A48 A;  1HCK A;  2JD5 A;  4BGQ A;  4DTB A;  3BU3 A;  3RK9 A;  1CM8 A;  3NAY A;  5LVM A;  3MVL A;  2I7Q A;  3GU4 A;  5G6V A;  4QQ5 A;  3AKJ A;  4FII A;  3NIE A;  4MWI A;  1T45 A;  3LIJ A;  2OFV A;  3QUE A;  3PLS A;  3DQW A;  2PMO X;  5B2K A;  1REJ A;  3PY1 A;  4BKJ A;  2UW7 A;  4CEG A;  2HW7 A;  4KBK A;  2UW4 A;  2PE1 A;  3VWA A;  4RA5 A;  4OAV B;  4YC6 A;  2VO6 A;  4DHZ A;  2EVA A;  3TCP A;  3WZE A;  3ZLY A;  1XH4 A;  3MN3 A;  5KMI A;  3O50 A;  2CJM A;  4GYG A;  2QUR A;  5FTO A;  4GV1 A;  5AMN A;  1FBN A;  4H05 A;  3FL4 A;  5AP6 A;  5EW9 A;  4E93 A;  4TYG A;  1L3R E;  5GIP E;  2W99 B;  4RT7 A;  2UVZ A;  3NSZ A;  4KAO A;  3VRY A; 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