4OTPA

Crystal structure of the catalytic domain of the human riok1 atypical protein kinase in complex with adp/mg2+
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
268
structure length
235
Chain Sequence
DPRTRMILFKMLTRGIITEINGCISTGKEANVYHASTANGESRAIKIYKKTWAEKEMRNLIRLNTAEIPCPEPIMLRSHVLVMSFIGKDDMPAPLLKNVQLSESKARELYLQVIQYMRRMYQDARLVHADLSEFNMLYHGGGVYIIVSQSVEHDHPHALEFLRKDCANVNDFFMRHSVAVMTVRELFEFVTDPSITHENMDAYLSKAMEIASQRTKEERSSQDHVDEEVFKRAYI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Dominant Rio1 kinase/ATPase catalytic mutant induces trapping of late pre-40S biogenesis factors in 80S-like ribosomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase RIO1
total genus 66
structure length 235
sequence length 268
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2014-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01163 RIO1 RIO1 family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4otpA02
4KSQA 5C1QB 5EK7A 3MB7A 5AP0A 3VS5A 4F65A 2VN9A 3TN8A 5G6VA 3DCVA 4TYEA 3UO6A 2W1DA 3ZRMA 5JFSA 4YZCA 4DEIA 4JBVA 1AD5A 1MRYA 2Z60A 4G6NA 3LM0A 3IKAA 3RM6A 3P7AA 5HCZA 3RZFA 2B9JA 1WAKA 4OBPA 3VRYA 5HHWA 3DFCB 4BDEA 4J8MA 4EQMA 5A54A 5E8VA 4EH5A 3ZFYA 4KIOA 1FVTA 4A07A 1RQQA 4D0XA 3ZO4A 1BI8A 1PF8A 4N70A 3RPVA 5EDQA 3T3VA 3F61A 3TZ9A 1P5EA 3VHEA 1OKYA 4FTMA 4F9YA 5F94A 1YW2A 3TJDA 4RIXB 2VTJA 3EQGA 5C26A 1LPUA 4QNAA 2P55A 4IADA 3F5XA 4HYSA 3L9NA 2HWPA 4IAKA 1S9JA 5JH6A 1XH4A 3VF9A 2E9NA 1Q97A 2YACA 2KULA 2YDIA 3LJ2A 2BILB 4TWCA 2Y8OA 3RALA 3OWKA 5EOLA 4EYJA 1GIIA 2VRXA 3P9JA 2RF9A 2WD1A 3QUEA 4EZ5A 4ALWA 4C35A 2XRUA 5FDXA 4DBNA 2VTNA 1UU7A 4NWMA 4XBRA 4YO4A 1ZYDA 3UODA 5A4QA 5JMSA 3DBDA 4L52A 5BVKA 2B1PA 4IX4A 4YJQA 4HPUE 3UPXA 2VWXA 4D9TA 4YTFA 2JAVA 4IXPA 5M55A 3TNPC 1KV1A 2IZSA 1E1VA 3C4EA 3W2PA 1ZYLA 2W96B 2QOBA 5JEBA 4CD0A 2FSLX 5AUZA 4JX7A 4FKSA 4GW8A 5M4FA 2C69A 1ZYSA 4TT7A 1R1WA 5DMZA 4KRDA 2HW7A 5HOAA 3QLGA 5IA4A 4ZSJA 4XP2A 4JG7A 3NUXA 2J7TA 4QP2A 4I94A 3K3IA 3GC8A 4U43A 2WTCA 5TOZA 4RJ6A 3WIKA 3F66A 4UMUA 3LCDA 4G16A 5JQ5A 3MVJA 5BNJA 1Y57A 5AAGA 4IEBA 4CQGA 3F3UA 1F5QA 3A7GA 2C3IB 2WEIA 3FMMA 3C4ZA 2HZ4A 4IX3A 1Z9XA 4BBMA 4EK5A 3KRRA 4QTEA 3RBWA 3UZTA 3LMGA 4ERWA 4EBVA 5JFVA 2VX0A 4HCTA 2WELA 3GVUA 5FM3A 2LGCA 3EN5A 4RVMA 3V51A 4RFMA 4RFYA 3RAIA 1NXKA 3A4OX 3IDBA 4RGJA 4C3FA 2XJ2A 3DDQA 2PZ5A 5HTBA 4BHZA 1UVRA 2OGVA 4R5SA 3KCFA 4FKRA 2XEZA 2C6LA 3ORZA 4PTGA 3U6IA 3MYGA 3ZO1A 3ODZX 4IZ5A 1Q8ZA 2PUUA 2ZB1A 3BZ3A 3M11A 4AG8A 4XS2A 5A46A 3MA3A 1SZMA 4O38A 4XV9A 5AUXA 2JC6A 2QG5A 3ALNA 5DEYA 5DT3A 4QPAA 3DJ7A 4C8BA 3QKMA 4DFYA 3CQEA 5TT7A 4F0IA 4BWPA 2YDJA 3VWAA 2XYUA 2WIHA 5HBHA 3UQFA 3PZEA 5DVRA 1O6KA 1WVYA 5GZAA 4NZWB 4BWKA 2BKZA 3EZVA 3ZS5A 4QMNA 4YP8A 2X6DA 4K1BA 3ZSGA 5CI6A 2PMIA 2C5VA 1VZOA 2YERA 4AOJA 3Q4UA 5LARA 2OJIA 3RK5A 4ZAUA 5KMNA 5D41A 4U0IA 4C4FA 2C5XA 2VTIA 5EYCA 3IOKA 1M2PA 3E87A 3CPBA 1Q8TA 3VS2A 4BDKA 4FODA 3UNZA 1H8FA 4CNHA 2PVNA 3TUBA 5C8KA 2CKEA 3QC9A 2OZOA 2R4BA 4WNOA 1M7NA 5I9WA 5DR9A 1BLXA 4M84A 4P5ZA 3DJ5A 3ACJA 4CLIA 4O2PA 3QA8A 3RWPA 4I4EA 3DOGA 4KIKB 2ETKA 3C51A 2WTVA 2Y7JA 3MPMA 2OKRA 4UZHA 5E7RA 4CFUA 4F0GA 5J5TA 3F2AA 5LVPA 4OTFA 3AMBA 3ZUVA 4BDAA 3QQHA 2WMRA 3FKNA 2EWAA 2F7XE 4EC9A 2W05A 2X8IA 5DT0A 2I0YA 1OITA 2WMSA 3AC1A 5T3QA 2NRUA 3UVPA 1QPJA 1XH9A 5HQ0A 2YA9A 2RFEA 2R3JA 4XNEA 3ZLSA 4EWQA 2ITQA 4M0ZA 4I4FA 4PPCA 3WZDA 3FC2A 4E6DA 2W0JA 5ANDA 3MTFA 4E7WA 2VTMA 4P90A 4BCIA 3E8CA 2P0CA 3FXXA 5DEWA 2W1HA 4QMZA 2BVAA 4RC4A 3ACKA 4BC6A 1MUOA 4FGBA 2VTRA 1OPLA 3R83A 3EYGA 1O6LA 3L8PA 2F9GA 2UZVA 3GOPA 3R73A 5L6OA 3NW7A 5EM7A 3TNWA 4O0XA 3GQIA 1HCLA 3E63A 2ITZA 2VTOA 2R3PA 4X2JA 3PJ1A 3JY0A 4E4XA 3UYTA 2XK4A 1W8CA 3E7VA 2OIBA 1KWPA 5C8MA 4KB8A 3R00A 5L2QA 4AOTA 3FC1X 2ITWA 2BAKA 2JDOA 4W9XA 4A06A 4DG0E 2C47A 5A14A 1KSWA 4JBQA 4AF3A 3KULB 4FSQA 2JKOA 4JAJA 3FMEA 4MAOA 3BHYA 5AP3A 5HBJA 5DN3A 5CEMA 4JQEA 2WTIA 4AS0A 2C6TA 1K2PA 2IN6A 2RFNA 3CQWA 3DB8A 4AACA 5CU6A 5LWMA 2XNBA 3PG1A 1CKJA 2IZUA 2QU6A 3OOMA 1SNUA 4MXCA 4X3FC 3ORLA 1OB3A 2W4JA 1XH7A 2FSOX 4ANSA 1WZYA 1F0QA 4U41A 2XS0A 3U6JA 4X2FA 5CEIA 1B38A 4FOBA 4IWOA 4WKQA 4F6UA 4LMUA 3WZKA 4E4LA 1JAMA 3OCBA 3P23A 3QZFA 2YITA 3G6GA 2XKCA 4GK4A 2RG5A 3D7TB 1V1KA 4IM3A 5AP5A 4CMOA 2QURA 4IAIA 2PL0A 4CFWA 4FA2A 2HY81 4FOCA 4RIWB 4EKLA 2PZYA 4U79A 3IDPA 4F4PA 4DEAA 4JDHA 3RPRA 2CGUA 2PVJA 4TYJA 2J2IB 4FC0A 4XG6A 5G1XA 4AT4A 4RIXA 3TKUA 3VN9A 4CTCA 3UBDA 3GU5A 4QMQA 3QZGA 3Q4TA 3OMVA 4W4WA 3LAUA 3C7QA 5KE0A 2NO3A 5C01A 3WF8A 5FEEA 4HJOA 5CSWA 4ZY6A 3UQGA 1CKPA 4I6QA 4NUSA 2W5BA 3DKGA 5HNBA 2OH0E 4FX3A 4RA5A 4OLIA 4AXAA 4C4EA 2QQ7A 4JAIA 4JG8A 3FQSA 3VUTA 5DR6A 3D2KA 5IZFA 3QQLA 5L8LA 2WZJA 1OL6A 3DFAA 2WMBA 5AIKA 3ZRKA 2X1NA 1PXNA 1H1SA 2B9HA 4FUYA 2OXYA 1H01A 3QD2B 4LGDA 3TUDA 3GB2A 4A9SA 4F9CA 4JDIA 3T9IA 5AUYA 4EH2A 2GS2A 3LLTA 3LFAA 2XCHA 3IW7A 2WMQA 4DLIA 2IVUA 3F3ZA 3K3JA 5IG1A 2GFCA 3OWPA 5A4EA 4PPAA 3G6HA 3H3CA 4AWIA 4TW9A 1ZOGA 3QD4A 4WG3A 2BRGA 4ASXA 4DGGA 5I9ZA 1YXSA 1H0WA 1PXMA 5M53A 5IH4A 1FMKA 2QLUA 2QOIA 4RJ3A 1H1RA 3BYSA 4UB7A 4RRVA 1WVXA 2O64A 3C4XA 2RGPA 2B54A 4U9AA 3KC3A 3BHUA 2PE1A 2R7BA 4RQVA 4GT4A 4LL5A 4EOIA 2Z8CA 3DA6A 2GNGA 4G2FA 3ZMMA 4EYMA 2ZV8A 3UOJA 1KE9A 4HNIA 4OUCA 5M56A 5T6KA 4EQCA 4MF1A 3FMKA 3LCTA 1PXOA 5F1ZA 3PSCA 4IB3A 5CAPA 3HV5A 3LCOA 4OW8A 4EZ7A 4JNWA 3OXZA 5AUTA 2ONLC 3FI2A 4CFFA 1PXKA 5EYMA 1YHWA 3SOAA 3DAKA 5LMKA 5EDRA 4YR8A 2VWWA 3N9XA 4QT1A 3DK7A 4Y46A 2UW3A 4ANOA 4ASDA 4ZY4A 3TIYA 3SVVA 3RAKA 3TNQB 4KAOA 3OWLA 4J71A 4QQJA 3II5A 3BGPA 5EM6A 5AADA 5BX0A 4BIBA 5K0KA 4O6EA 2X2KA 3TZ8A 3O51A 3F3WA 3KVXA 3RKBA 2GNHA 4QP3A 5LVOA 3VAPA 5KX8A 3FLQA 3KA0A 3C5UA 4M66A 5J1WA 3KMMA 4NH1A 3NUNA 1V0PA 1ZWSA 1U46A 3COKA 4MXOA 1APME 3E8EA 3A8WA 2P2IA 3OW4A 3VO3A 4RZVA 4P2KA 3HV7A 5IUIA 5BMSA 1JNKA 3V8SA 2E9OA 4ZK5A 5AP7A 2WMAA 3QU0A 2GNFA 4GJ3A 4E5BA 2VGOA 2ACXA 3HRFA 3DBCA 4BTFA 4M67A 4PY1A 4CKJA 4ACGA 2ITPA 2YLEA 4KABA 3RHKA 5CNNA 4PL4A 1O6YA 1XQZA 3MSSA 5HCXA 4RQKA 4CYIA 3HX4A 2PK9A 4RWKA 5TE0A 4CRSA 3QD3A 2W1EA 4M3QA 3R9DA 3PXKA 3UIXA 3FZTA 4C38A 3ELJA 2EVAA 2FSTX 5E90A 4OTQA 3I79A 3ZTXA 1L3RE 3C9WA 1W84A 4FT0A 5JZNA 4ANMA 3QWJA 4XG2A 4DH1A 2YIYA 4KIKA 4LFIA 3F3VA 4R6VA 5IF1A 4EKKA 3DGKA 4LM5A 4Y85A 4HOKA 2XK7A 5CLPA 3R7YA 4IJ9A 4HVDA 4D28A 4BCOA 2HENA 3I81A 4K0YA 3JPVA 4PMTA 4XH6A 5H8GA 4FTLA 1DM2A 3UP7A 2HCKA 3GU8A 3B2TA 3LHJA 4Y72A 1U54B 2XM9A 3AXWA 4XV3A 1ERKA 1JPAA 2OJFE 4HZRA 4MKCA 4IWQA 5J1VA 3EKKA 1T46A 5J9LA 4L7SA 1H1PA 3KFAA 4PTCA 4AGCA 3LQ8A 4NJDA 1URWA 3NYNA 3QWKA 4IDVA 5T68A 5AX3A 3LXLA 4FVQA 1SNXA 5J8IA 4C2WA 4ITJA 4E93A 2IO6A 3QRTA 5I4NA 5AIRA 2IZTA 2A1AB 4FSRA 3EQCA 2W9ZB 4GUEA 4MBIA 5CU0A 4YJTA 4KIQA 1LUFA 2BRBA 3HGKA 3KB7A 4FI1A 4ITHA 1YOJA 4APCA 3NPCA 3PP1A 4HNFA 2R5TA 3PRFA 4PNIA 4BYIA 5JRSA 1LR4A 4WHZA 5CF8A 2JKKA 3IW5A 4FICA 3TWJA 2W4OA 3SX9A 4E6CA 2Z7LA 3HUBA 1AQ1A 4G3EA 3BQCA 4FTIA 3KULA 4LI5A 4YJUA 4EK4A 4F09A 4Z3VA 5B0XA 5AEPA 4BTKA 2XNNA 4Q5EA 4E5AX 4GVAA 3T8OA 4CT2A 3CJFA 4KBKA 2I0VA 4FSZA 3NNWA 1OZ1A 3R6XA 3SXRA 3RNYA 1Z5MA 3O2MA 3R1SA 2CGXA 1OGUA 1R3CA 4FV8A 4EC8A 2YIXA 4GFOA 1WBSA 1XH5A 4J8NA 4LRJA 1UU9A 3TUCA 4LRMA 4BCPA 2VTHA 1OL7A 2VTLA 2FYSA 4NM7A 3EQIA 3RNIA 4PMMA 4O0UA 4YLKA 2C5YA 2G15A 4L68A 4M68A 3W18A 1P4FA 5KO1A 3D7TA 3OT8A 3Q96A 2F49A 3IG7A 3OG7A 4NW6A 3ZBFA 4RIWA 1PXPA 3KCKA 4RC2A 3G0EA 1PXIA 1RW8A 4MNEB 3PE2A 4ONAA 2YIQA 3MFTA 4BDJA 4D0WA 4I5PA 3QHWA 1YXVA 2BMCA 5D9HA 3Q53A 3K54A 3Q2MA 3EOCA 5CT0A 2YM5A 5CNOA 3ZO3A 2YZAA 4CVAA 4PUZA 3ZSHA 2XVDA 1GZNA 3V5LA 4FV4A 3ZO2A 2XKDA 3NWWA 4WOVA 5CEPA 3VS3A 2VWIA 4V0GB 4Y5QA 4WSQA 4LGGA 1SMHA 3QUDA 3FXWA 5A3XA 1UU3A 3QC4A 3LW0A 5H9BA 3EQDA 3C0HA 5EW8A 3V5QA 3DT1A 2XNMA 1EH4A 3BQRA 3RP9A 3AT4A 5KKRC 4DFNA 4G9RA 4AUAA 1AGWA 4EHZA 3HP2A 4L00A 4WUNA 2GHGA 2WTKB 3QGYA 2ITYA 1Q5KA 3QHRA 3RAHA 2XNGA 3U9CA 2C0IA 5AR7A 3EFWA 4I5CA 3WBLA 3ZYAA 4G3GA 3QRKA 5GJDA 2JFLA 2OG8A 2VGPA 2BHHA 3VBTA 3QXPA 3GC9A 3VS4A 4U3YA 4O1OA 5FP6A 3MY0A 4BVUA 3DQWA 1YKRA 4WT6A 5TKDA 3UOHA 3LOKA 5IA5A 4ALUA 3P79A 3FXZA 1GZOA 4M69A 2Y6MA 3KXHA 4HGEA 5HG7A 1BX6A 4GFMA 3DLZA 3GFEA 3I0QA 4XMOA 3GI3A 4CXAA 2JDTA 3NSZA 2PVFA 4JX3A 3ZFXA 2RSVA 4BI1A 2QR7A 2Y4IB 5GZ8A 3FHRA 2RG6A 4DTKA 5LVMA 4RZWA 3ZC5A 1HOWA 4FVRA 3PY0A 4F70A 4DINA 1PW2A 4NCTC 4L44A 2XUUA 3OXTA 4O0YA 2C6KA 1UWHA 1YWRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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