3VC4A

Exploitation of hydrogen bonding constraints and flat hydrophobic energy landscapes in pim-1 kinase needle screening and inhibitor design
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
274
structure length
274
Chain Sequence
PLESQYQVGPLLGSGGFGSVYSGIRVSDNLPVAIKHVEKDRISDWGELPNGTRVPMEVVLLKKVSSGFSGVIRLLDWFERPDSFVLILERPEPVQDLFDFITERGALQEELARSFFWQVLEAVRHCHNCGVLHRDIKDENILIDLNRGELKLIDFGSGALLKDTVYTDFDGTRVYSPPEWIRYHRYHGRSAAVWSLGILLYDMVCGDIPFEHDEEIIRGQVFFRQRVSSECQHLIRWCLALRPSDRPTFEEIQNHPWMQDVLLPQETAEIHLHS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Implications of promiscuous Pim-1 kinase fragment inhibitor hydrophobic interactions for fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase pim-1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 80
structure length 274
sequence length 274
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-01-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3vc4A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3vc4A01
1M2QA 2BDJA 2VTNA 1H08A 1KV1A 3LM5A 3RINA 4AWIA 4BI1A 5ACKA 4UALA 3HYHA 5J9YA 3SXRA 4QTDA 1Q62A 1KE6A 1M14A 3ZSGA 2PHKA 4W4WA 3MY1A 4FV8A 4AT5A 5K0KA 4DINA 4F9AA 3BBWA 4MHAA 3I6WA 3PXYA 3SXFA 3W8QA 3QQFA 4UEUA 4GSBA 4XCUA 2X39A 3HP5A 5DT4A 4CLIA 1YDRE 4DGGA 5GIPE 1H26A 4LI5A 3PSCA 3ZZEA 4IVCA 2WMVA 4YHTA 2NPQA 5BYLA 2JDTA 5D1JA 3ODYX 5CT7A 5LMKA 1J3HA 3R7VA 4FKJA 4UWCA 1Q24A 2PVLA 3D4QA 2WHBA 3LFDA 3MGYA 3NS9A 1ZMUA 2XCKA 1F0QA 4NK9A 3DZOA 4M69A 3UOLA 3DK3A 2OU7A 2E9OA 2VWUA 4YZCA 3SOAA 1AQ1A 4FSZA 4A9TA 3R1YA 4DA5A 3TZ7A 5KX8A 3QFVA 4PTGA 2C4GA 2VTPA 3FI2A 4EH4A 4BCJA 4DFXE 3S2PA 3ENMA 4DCAA 5FLFA 4LRJA 2C6KA 4PDYA 1IRKA 3OXZA 4RJ5A 1WCCA 4I6QA 1FINA 3O23A 1MUOA 4ARKA 3I79A 3DBEA 1DAWA 5HE0A 4IAFA 5HE1A 4IFCA 5HD7A 4D2PA 3FV8A 4F9BA 5B0XA 4XS2A 1ZYLA 4I6BA 2Y4IB 1OUYA 3QF9A 5F20A 4H3BA 5DH3A 3TV7A 4DFBA 4XH6A 4PNIA 3BYSA 1GNGA 2F7ZE 3NNVA 3UC3A 3P78A 4ACCA 4D2RA 5M4UA 5IH6A 5CS6A 4HVGA 1V0OA 4YJVA 3QCSA 1EH4A 1PJKA 3PPKA 3G5DA 4KBCA 5HU9A 4E4MA 4IWPA 3PRIA 5IMEA 2Y0AA 3EN9A 1P4FA 1YI6A 2X9EA 4I20A 2BTRA 3R83A 4ZTHA 5A4TA 3R9DA 4BDJA 5LMAA 3V51A 3ZLXA 4ACMA 1OKYA 4E5BA 1KOAA 4KRCA 2WMAA 5K3YA 2VO0A 4ANLA 1PMEA 3WYXA 3QCYA 2UW3A 4FV7A 1XH7A 3KRWA 4X21A 5HBJA 3KCKA 5IQDA 3PPJA 4Y5QA 4NW6A 3BE2A 4D2TA 1SNUA 2VX3A 4O7YA 3KXMA 4UB7A 4S34A 1Q8ZA 1ZY4A 2QKWB 4IJ9A 5EI2A 1O6LA 4AW0A 5HORA 4OR5A 4EKLA 3OBGA 3VS7A 4BKZA 4ZLZA 4DFZE 3QKLA 3R30A 4D4YA 4IH8A 4NCTC 4O0SA 3ZMMA 3OS3A 4PX6A 3NIZA 1GZOA 2HXQA 3MH2A 2R3HA 4I0SA 3TACA 1YI4A 4G6NA 2W5BA 2VNYA 3ZFXA 3BI6A 4ZXTA 1R3CA 3FLNC 2Y4PA 4BWKA 3BX5A 2WIPA 3EHAA 3QGWA 3H9RA 4ACHA 4FZ7A 4AW1A 5CSVA 4CFVA 1Q8TA 2JLDA 4KS7A 2C3JA 2ZB1A 3QTQA 4MEDA 3WI6A 5ITAA 3EQCA 3PZHA 4EBWA 4PQNA 4ZK5A 3T3UA 3LFAA 5JEBA 4K0YA 4TKSA 5C8MA 5BMMA 4U0IA 4MF0A 4YZ9A 4BDBA 2YCSA 2CKPA 5CT0A 4FV2A 5EYDA 5K4IA 5HLNA 2JKOA 4Y95A 5EI8A 3BWFA 2VWWA 4JBPA 3TWJA 3S00A 3VBQA 4DFYA 3L8PA 2Y6MA 4OTQA 3QHRA 4KKHA 4M8TA 3LMIA 4XG2A 5TR6A 1XBAA 5IA2A 3OCTA 3PG3A 3AC3A 3DFAA 3Q5IA 2VX1A 4Y85A 4BWPA 5IQEA 3A7JA 3LHJA 3NZ0A 3D14A 3FC2A 3MFTA 3MVJA 2P33A 5AUWA 4YR8A 5A4QA 5F9EA 5KUPA 3NVMB 4QQ5A 3PY1A 4R3RA 1XBBA 4FKQA 1NW1A 5EYCA 5CXZA 3LCDA 3GCUA 3K5UA 3RI1A 4IDVA 2XS0A 1FBNA 4V04A 3VS3A 2OW3A 2OJIA 5KMJA 3BHVA 5A54A 1PKDA 4QMQA 4AF3A 1REKA 3EL8A 4HGSA 5CI7A 3WIGA 3HUBA 2BALA 5GZ9A 3BKBA 4RC4A 1ZWSA 1KSWA 3TT0A 3PVUA 3P9JA 3AD6A 2UW6A 4YSMA 5IDNA 3GU8A 5G6VA 2C3LA 3A62A 3CJFA 4DE4A 3QTUA 5D41A 5L6PA 4KIKB 3F66A 5HLWA 4N4SA 4OTWA 4J8MA 1YI3A 3VUIA 2QODA 4V05A 2JKQA 5IA4A 3P0MA 4L8MA 5JQ5A 3ZO1A 3GGFA 5E8ZA 2R5TA 2UW4A 2DWBA 3WYYA 5M4CA 1QPCA 3EN4A 3KK8A 3HL7A 2VU3A 3Q60A 5E8UA 4OTHA 3ZUTA 3PDTA 3KVWA 3TKHA 2R2PA 3NW6A 5E1EA 3LAUA 2IO6A 3AXWA 3OF0A 3E64A 4YHFA 1UKIA 3A99A 4DG0E 3VS2A 3VN9A 4DITA 4ZTSA 1UVRA 4TPTA 3W33A 4MNFA 3JVSA 3VF8A 5AAEA 2QNJA 4U43A 3E88A 4XNEA 5H8EA 3LKMA 3GCPA 5AUUA 3UTOA 2B4SB 1H24A 4EL9A 4HCVA 4IC8A 2I1MA 3OY3A 4FIHA 1U54B 2XB7A 4M7IA 5AR2A 4CFXA 2WTJA 3VBXA 3LW0A 3R8PA 5DYJA 5BX0A 1X8BA 2R3FA 4RT7A 4A9UA 1M2RA 3P1AA 5I9WA 3DLSA 4CZYB 2BTSA 5IA5A 3BCEA 3EYHA 3U8WA 3U54A 4EYJA 4QMNA 4C62A 2QHMA 3I7BA 4USFA 3F3UA 4JAIA 4HVHA 1GIIA 3DT1A 3CCNA 4XV9A 4IVDA 3TEIA 4ANQA 5B2MA 2W96B 5AP1A 4DGOA 3BQRA 2VTTA 3P7BA 4Y73A 4KIPA 4CQEA 2GFCA 5M06A 2GSFA 3OWJA 4L7SA 1BLXA 5CSWA 4II5A 2V7OA 3A7FA 3NMUF 3IW7A 4CYJA 3BRBA 3DJ5A 4W4YA 4D28A 3OTVA 3DDPA 1PMUA 2PMIA 2J0MB 3BELA 3CC6A 4HJOA 4UN0C 3KMUA 2ZAZA 3KL8A 4ZJJA 1PRYA 4AW5A 2VWBA 2R0IA 4RC2A 3BV2A 3C7QA 2WAJA 4RA5A 2WXVA 5HICA 4WO5A 3EZVA 5K5XA 2W5HA 2XEZA 3O0GA 2VTOA 3GU4A 4CMTA 5EQEA 4XLIA 3II5A 1BKXA 4RC3A 5CWZA 5K0XA 2P2IA 2XKEA 3CPBA 4H3PA 4YC6A 4KABA 2BHEA 3QQUA 4DN5A 4J97A 3D7ZA 3EQFA 2FA2A 5I0BA 5L2SA 2QR7A 4JOAA 3TV4A 3R9HA 5J1VA 1Q97A 4U5JA 3QCQA 1YOJA 4YURA 4ZY5A 1TQPA 3JVRA 3HV5A 1NVSA 2PWLA 4GRBA 4D4RA 4J8NA 4ZAUA 2WQMA 3EL7A 3NLBA 2YIRA 5EH0A 1VZOA 2OJJA 4XG8A 3PIZA 5KMNA 2A0CX 4Q5HA 3L8XA 3LJ2A 2CDZA 2I0EA 4GJ3A 3ITZA 3RK5A 4AT3A 3Q32A 4EEVA 1TVOA 3IOKA 1KOBA 4GT5A 4O0TA 5CSPA 5L2TA 2CKQA 2GQSA 4DEHA 1O6YA 1OITA 2YM6A 3LFQA 4GIHA 1FVTA 4AGDA 3RGFA 2ZVAA 3E87A 3QZIA 5LWMA 4FI1A 4RIYA 2UW9A 3WZJA 4S32A 4EHEA 5BMSA 2BCJA 4BGQA 1Y8YA 5C4LA 3PSDA 1URCA 3FZPA 4FTIA 3L9LA 4IAIA 4RIWB 2XVDA 4QTBA 4OAVB 2NO3A 4QMYA 2QOLA 3GENA 1OL1A 4PTCA 4QMOA 4JQ7A 4PPAA 3D5WA 1H1PA 2Z8CA 3R2YA 3FLSA 1J91A 4C4HA 3DXNA 4R5YA 4IAZA 4LOOA 5EYKA 5DG5A 1B39A 3VO3A 4LGHA 4GL9A 1VR2A 5CVHA 4ZIMA 4I41A 4F4PA 3LMHA 1JSUA 4TZRA 3UPZA 5FP5A 2X4FA 4S31A 4ONAA 4IM3A 4GYGA 2VO7A 3PG1A 3NGAA 5GJFA 3DTWA 3MPAA 3OHTA 3OP5A 5L2WA 4MXAA 2CPKE 4IX5A 3EFWA 3QTZA 2GNFA 3AC5A 1P5EA 4TWPA 5CLPA 3UO4A 4EJNA 4C4IA 4E5WA 2GNGA 4MBIA 1G8AA 1WZYA 5EHLA 1K2PA 4LL0A 4TWOA 4CLJA 1Q8YA 2EXCX 4FL1A 2YM5A 4E1ZA 1Y91A 1ZYCA 2HZNA 1ZOEA 4O7SA 5FTQA 2CKEA 4O7VA 2VZ6A 3Q9YA 1ATPE 4FKUA 4JL9A 4X6RA 5HGIA 4FTMA 3T9IA 5AV4A 4CGAA 2G9XA 3QD4A 5CY3A 4EOQA 5JH6A 4ZTLA 1PKGA 3SGCA 2PVHA 3BPRA 3CD8A 2QONA 1JAMA 3UYSA 5IH5A 5HCZA 4J95A 1U5RA 5I3OA 5DEYA 4IEBA 3CR0A 5K4JA 4FNYA 4K8AA 2Q83A 4UV0A 4I6FA 3RALA 3PY3A 3Q6UA 3UZRA 4QP8A 3PA5A 3Q9ZA 3FC1X 4BICA 5BUJA 4O82A 3O17A 4FT9A 3C51A 2Q0NA 4IX6A 1KE5A 3KC3A 4K6ZA 3WE8A 2RL5A 3TTIA 2GTMA 4AT4A 5CEKA 2JFMA 3PWYA 2FSMX 3ZTXA 4NH1A 3IK3A 1Q8WA 3TZ8A 4GYIA 5ANDA 1LP4A 3ZOSA 4UX9A 4QP9A 4ZY4A 3NUXA 2RFSA 1XH4A 2YJSA 3C4XA 4MXZA 5DR9A 4GG5A 3RWQA 1G5SA 3QCXA 2AC3A 2OJFE 3UE4A 5CVFA 5E8VA 5A14A 3OEFX 2QCSA 4G9CA 2EU9A 2I0HA 4C7TA 1WMKA 4MQ2A 4MWHA 5LVMA 3NSZA 3DKOA 1P4OA 3O50A 5TOZA 4E4LA 4X3FC 2R64A 3L9MA 2JDVA 3CJGA 3R7IA 3R1QA 2O63A 4PP9A 4FZ6A 4QYEA 3OUNB 4XG4A 1GIJA 4TYGA 3TCPA 3MN3A 1NXKA 4DH3A 5F94A 2YZAA 4AGWA 3NUPA 2AYPA 4K18A 3PXZA 4AZTA 3MJ1A 3MA3A 1DI9A 3O2MA 4LOQA 4FZFB 3LFCA 3LLTA 5FRIA 5L8KA 2PU8A 4GT4A 4DFUA 4L3JA 2WTCA 3H0YA 2Z7QA 2C5OA 2JITA 4R8QA 2ITXA 3CQUA 3P4KA 2G2HA 3PA4A 3ZXTA 3BE9A 4CFWA 3AC1A 1MRUA 2R3KA 3ULIA 2UW8A 3VBVA 3Q2JA 4IWOA 4BCMA 4ANOA 3G0FA 4L00A 5AX3A 4M66A 4DLJA 4OBOA 5IUHA 4ZJIA 3GC0A 4PL3A 4D2WA 3OW3A 4FK6A 5CEOA 5FDPA 1H8FA 4IWDA 1K3AA 4C4JA 5LMKC 1GOLA 3MY5A 1WAKA 3VQHA 2ZB0A 4MD7E 5HO7A 2OO8X 1XH8A 5JZJA 4L53A 5B2LA 2XJ2A 4C0TA 4ZMEA 4R7BA 3O96A 2WQEA 3BYVA 2P55A 3GCVA 4GUEA 5A4EA 2A2AA 1OPJA 4MAOA 1ZMWA 4P5ZA 3T8OA 3ZM9A 5M08A 3FMNA 1OL6A 1HCKA 3R9NA 4C35A 2XJ0A 4H05A 2YIWA 4H3QA 3CD3A 4LRMA 3U4UA 1OIRA 3C9WA 4TY1A 3NIEA 1YXSA 2HIWA 4NUSA 2XEYA 4ANSA 4C2WA 4U9AA 3RK7A 4V0GB 4O81A 4ZSJA 5IUGA 2YABA 2ZV9A 3G0EA 4E20A 1OPLA 2V55A 5J9ZA 4RFMA 4CD0A 4EK8A 4JNWA 2YM8A 2WU6A 3FMDA 4RWKA 4RLKA 4DCEA 4HVDA 1WVXA 2GHGA 5IPJA 3FAAA 1Y6BA 2BVAA 2X8IA 2W0JA 5CSXA 3ZEWA 1G8SA 4CZUA 2WTVA 4MK0A 5C8KA 5T6KA 4F0IA 4DEGA 5H9BA 1IA8A 3DCVA 4A7CA 2W1EA 5AJQA 3UNZA 1YVJA 4L01A 4UY9A 5KE0A 4MQ1A 3A60A 4FYOA 3ZO4A 4P7EA 2JBOA 4JG8A 4E93A 4HNIA 3RMFA 4H1JA 3E92A 4QP3A 3E5AA 3COIA 4YJPA 3TZMA 4F6UA 5A46A 5L3AA 4GMYA 2CLXA 3QRKA 2VTQA 4FSNA 4MCVA 3PXRA 3R73A 3UODA 1XBCA 1HOWA 5BVDA 2XK7A 3AD5A 3BHUA 3E8EA 3H10A 1YW2A 3HAMA 3OZ6A 5IU2A 1SZMA 4N57A 2W4KA 4XP3A 3RNYA 2FSOX 3VRYA 3F3TA 2PYWA 2QD9A 4BCGA 4GVAA 1QMZA 4J1RA 4F63A 2QVSE 2Y9QA 1DI8A 1RW8A 2OGVA 3MIYA 5JFWA 1JKSA 2YA9A 3U6IA 5CNNA 2WMXA 3QX4A 5CNOA 3QZHA 4EZ7A 3EYGA 4FX3A 3MYGA 4Z9LA 3VUTA 3MESA 5HTCA 1OB3A 4FVQA 4JT3A 2PUUA 4JG7A 4KKEA 4NTTA 2WQNA 3LMGA 4U42A 2ZMDA 2GPHA 3TUBA 2YM4A 4G6LA 4JX7A 5I4NA 3V8SA 4K11A 4FV0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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