1Z5MA

Crystal structure of n1-[3-[[5-bromo-2-[[3-[(1-pyrrolidinylcarbonyl)amino]phenyl]amino]-4-pyrimidinyl]amino]propyl]-2,2-dimethylpropanediamide complexed with human pdk1
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
286
structure length
275
Chain Sequence
PRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel small molecule inhibitors of 3-phosphoinositide-dependent kinase-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide dependent protein kinase-1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 75
structure length 275
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2005-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 1z5mA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 1z5mA01
2Q83A 4FKQA 4GUBA 2ERZE 5CI7A 1M52A 5KE0A 5IQGA 4O82A 3DGKA 3HVCA 2JBOA 1FINA 4R1VA 1Y6BA 4RRVA 4FZ6A 3RPRA 4AAAA 2IZTA 4M14A 3I5NA 1OM1A 4JAIA 5A4TA 2NRUA 4BTFA 3U9CA 4DCAA 5A4LA 1PMUA 3VNTA 5CS6A 5J87A 4HCUA 3AT3A 4ZY6A 4BI2A 4D1ZA 3EFKA 3FZ1A 4U3ZA 3VS2A 3V04A 4CG9A 1G8SA 4DH1A 4O7YA 3LFNA 5JN2A 3D9VA 3SVVA 3NUNA 2WOTA 2GS7A 3ZRKA 3NUUA 4BDHA 2J7TA 2A0CX 2IZRA 2VN9A 4IW0A 3RZBA 4G2FA 4D9TA 5DNRA 2XM8A 3QA8A 2XK4A 4ACDA 2OG8A 1XBCA 3W2RA 4YZNA 4U81A 3GFWA 5FBOA 2YM4A 3AXWA 2OK1A 4JAJA 3VBWA 4B7TA 3UGCA 5FD2A 3C0HA 4EH3A 4EK3A 3ZM9A 4CG8A 4MXZA 3BU5A 2YERA 4AOIA 3ROCA 5F95A 5LXMA 1GY3A 5M4CA 3B2WA 3GU6A 4AUAA 1KOBA 4DEGA 1PMVA 4LV8A 4FK3A 2PVKA 2X6DA 3RPSA 4LG4A 4HVIA 2EVAA 4R3RA 3GC8A 4QNYA 4EQUA 4O1OA 4QYYA 4F7JA 5BYZA 2BIYA 3D5VA 2J0LA 4FT9A 5A9UA 2VWBA 3QCYA 2QOLA 3NVKI 1OKVA 5I9WA 2FSMX 3LHJA 4F6UA 2RF9A 3LE6A 4FIEA 1H26A 4FE2A 1MRYA 2WQBA 4CRLA 3W2SA 3MH0A 2ZYBA 3ZUVA 2UV2A 2XM9A 2XNNA 3ZSHA 3C5IA 3OFMA 3LXPA 3MI9A 3NW5A 1YHVA 4X2GA 3R8PA 2XVDA 3A7FA 4F64A 4I0TA 1OPLA 4C37A 3PRFA 3ZDIA 1WBNA 4C58A 4YJOA 4UBAA 3FJQE 5ANIA 3PXFA 4BIDA 3H4JA 4R77A 3FMNA 3C51A 3TG1A 3QWKA 4HYUA 3TACA 2UZUE 3BBWA 3KN5A 2WD1A 3MIYA 4IM2A 4NJ3A 4O0TA 4O27B 4AQCA 3LIJA 2PPQA 5AAFA 4FT5A 1Q5KA 3DBDA 5AV2A 4BI1A 4XBRA 2YJRA 1XWSA 4NZWB 1Y6AA 4MXOA 3ERKA 4EH5A 1OBGA 4MF1A 3NCZA 2JC6A 4I5HA 3V8SA 3UYSA 5CQUA 1ZARA 4YJRA 4KIOA 4BIBA 3V5LA 3FI4A 5E1EA 4NH1A 5CYIA 5EW8A 1SVGA 2C5OA 5FUTA 5IQAA 4BYIA 4ZJIA 5IQFA 4NM7A 1OUKA 4UEUA 3R6XA 2ZM3A 2J51A 3KMMA 4YHFA 3P08A 4WT6A 2VTJA 3QQJA 4QMMA 2W96B 4XH6A 2W7XA 4NJDA 4DEHA 3RINA 4MK0A 5IA1A 2I0VA 4YJNA 4QTCA 3KCKA 3KRXA 4FA2A 2OZOA 3RBWA 3ZS5A 4I6HA 3ZM4A 3N4UA 4L01A 4C4GA 4FBXA 4UMQA 5CT0A 5FEDA 3AOXA 1MRUA 5LARA 4RX7A 4ZTSA 3U6HA 4FV4A 3P7BA 1S9JA 2JKKA 3VBQA 3VBYA 1KE9A 3H9FA 1OL6A 2XUUA 4K1BA 4MNEB 4O7WA 3MFUA 1RW8A 4JBPA 5C01A 5EOBA 4L46A 4BCFA 3V6SA 4NM3A 3U55A 1J7UA 1IAJA 3NAYA 3QZFA 4FC0A 4HNFA 4FKRA 4ZSJA 4FV3A 2BR1A 1PMEA 3N51A 4F1OA 4MYGA 4ZS0A 3QQGA 4L7SA 5CWZA 3AC5A 3HZTA 3PIYA 3LXKA 2Y4PA 4V0GB 4C4FA 4CFNA 4CXAA 4EWHA 2CKPA 5CVFA 2JLDA 1MQBA 1O9UA 2CDZA 4XRLA 5HZNA 4IHPA 2JIUA 3W1FA 4AZEA 1H24A 3QQHA 2C3KA 4FSTA 2X9FA 2PZYA 1ZXEA 4QMSA 4XV1A 1FPUA 3QTQA 3FKLA 1L8TA 3ANRA 3TJCA 5IEYA 3MBLA 4XBUA 5FP6A 2QOHA 2VTLA 4FR4A 3F7WA 3D7TA 3QD2B 3PA4A 4AXAA 2ESMA 4O91A 3CY2A 3F3ZA 2JDTA 3DKGA 2VTTA 1H0WA 1WVYA 4R8QA 2YIQA 3FE3A 4ZY4A 4FIIA 2E2BA 1YXXA 4ID7A 2VWZA 4GU9A 3LMGA 4YTCA 4HCVA 2W5HA 5KMOA 3EN5A 1GIHA 5LMBA 2QKRA 2QC6A 2C47A 2R3LA 3LFQA 4CLIA 2C5VA 4YO4A 4ZSAA 2BVAA 4J98A 4K18A 4XLVA 4JT3A 2B9HA 3HRCA 4GL9A 4PMTA 3RHXA 4ZTMA 1PXJA 5FEEA 3HDMA 3NUSA 3JYAA 3FI8A 3OTUA 1R0PA 1Q99A 3QCQA 4AOJA 5LCJA 5IQHA 1BLXA 3OC1A 3R2BA 3ALNA 2YDJA 1VZOA 4F7SA 4FEWA 3LQ3A 4ACMA 2C6MA 4K77A 4LUDA 3LJ0A 3PPZA 4FL1A 4RFMA 3MDYA 4IVDA 3VWAA 1YOMA 1FOTA 3IW5A 2ITUA 3IGOA 1ZYCA 2C6IA 3DA6A 3PSBA 4FTQA 2QI8A 4NFMA 3ANQA 5K0KA 3ZYAA 4D55A 4DG0E 3F5XA 3P7CA 4G34A 5EW9A 4O0YA 5I9ZA 2HK5A 3L8SA 2BRMA 3P1AA 1Z5MA 3K54A 3RMFA 2JKOA 4P5ZA 4DGMA 4C4IA 2KTYA 3L1SA 3LCOA 4H3BA 3WILA 2Q0BA 3B2TA 4AACA 3MJ1A 3NYNA 3ORMA 4YJSA 3ZSGA 1J7LA 3VS4A 2CCIA 4FSZA 5CSPA 4PMMA 3R2YA 4QPAA 3DY7A 3LFFA 2F4JA 3DFCB 4DEBA 3SA0A 2W4OA 2BRNA 3M42A 4G9CA 4MX9A 1LR4A 1QL6A 4V05A 3GI3A 3RTPA 3NGAA 5EH0A 3SV0A 3H9OA 3SGCA 4PDPA 2G2HA 2X4ZA 4QPSA 3O8TA 4FYOA 3S0OA 1GJOA 1LUFA 3EL7A 4IAAA 3QD0A 4S2ZA 5FXSA 3I4BA 2XBAA 3JXWA 4U3YA 4BGHA 5JFSA 3VF8A 2C5NA 4Z9LA 3NMUF 3ACJA 4KKEA 3SG9A 2OJ9A 2VTNA 3PYYA 4K0YA 3Q3BA 5C4LA 3U4WA 1PYXA 1XHAA 2AYPA 2I40A 4D5HA 4RFYA 3KY2A 4AT5A 5IG1A 5DBXA 3VQUA 1YDRE 2GNHA 4NEUA 3RCJA 3MB7A 4S33A 2XYNA 1QCFA 3E7VA 3VS6A 3NW7A 1Q61A 3NNXA 4GS6A 4R5SA 3U6IA 4H05A 3ROYA 4P5QA 4CYJA 4OTHA 5DVRA 2G2IA 2PL0A 5E91A 2EWAA 4YNEA 4AT4A 2QHMA 5KUPA 4AA0A 5EKOA 5TO8A 3AC2A 3JPVA 3L8VA 1BMKA 3R7IA 3SRVA 4E1ZA 4OAUC 2O5KA 4DH8A 3GC0A 2WTWA 1NVRA 1OKWA 1U5QA 5CSXA 2VTOA 4L68A 2C6EA 3BYOA 2W0JA 2PHKA 2FB8A 3NCGA 4UZDA 3V3VA 4JDHA 5D9HA 3EB0A 4QP6A 3BLRA 2YCRA 3AGMA 3DTCA 4N6ZA 1JOWB 3ORXA 4M0ZA 5EM8A 4ANNA 4XP3A 4X0MA 3F69A 4ITJA 1O6LA 4ZEGA 3HEGA 4J53A 4BDEA 3DKFA 3SLSA 3JY9A 4JDIA 1KE7A 4IE9A 4TWNA 3PXKA 1RE8A 2YM3A 3OTVA 3EOCA 3AGLA 1PXOA 3EQBA 4RIXA 5CZHA 3T3VA 4DF3A 4IMYA 4DTKA 1NVSA 4AZTA 4BI0A 3QQUA 3QD4A 4FSQA 2CKEA 4O6LA 3C9WA 3Q04A 4GIHA 4A4LA 4MQ1A 3IG7A 4YLLA 2JGZA 2VTPA 3FQEA 3MA6A 2GQSA 3VN9A 3W2OA 4BTKA 2P3GX 4J95A 4U79A 1WBPA 4Q2AA 4ZTRA 4ZSGA 5AUUA 4E93A 3TUCA 4F6SA 3UNZA 4U41A 5CVHA 2ITNA 3TZMA 3MIAA 5KMMA 3NW6A 3MVHA 5F20A 2CPKE 4EH2A 4CV9A 1U59A 2R3FA 4FL2A 4DG2E 3EH9A 4XG2A 4OAVB 3DBQA 1SVHA 5DRBA 4F65A 2CLXA 2XP2A 2H6DA 4FG7A 3K5UA 4V01A 4BDJA 4HNIA 4BDBA 3E93A 2EB3A 3F2NA 2CGVA 2E9VA 4NU1A 3KMWA 4E6CA 4FKSA 4H58A 3GOPA 3QKMA 3ELJA 1U54B 3FZOA 1VYZA 4O6EA 4D1SA 5M57A 2CLQA 3EQPA 2IPXA 4KB8A 4EOJA 4OTPA 4L3LA 4EC9A 3SC1A 4CMUA 4X3FA 4WNPA 5AWMA 3IKAA 4J8NA 2GFCA 5LVNA 1URWA 4GV1A 3R7YA 1FVTA 3BZ3A 3Q32A 4FIHA 4S31A 4I0SA 2R7BA 4BDAA 3EHAA 4J1RA 2WQOA 2WMVA 3OEZA 3RAHA 5HTIA 3LKMA 3PFQA 5AV4A 2YABA 3QQLA 4FSMA 3CQWA 5FG8A 3VIDA 2A19B 3E3BX 4K9YA 5DHJA 2YFXA 5HVJA 3LMHA 2G9XA 2UZOA 2VRXA 5EI6A 5HHWA 4G16A 1WBVA 4O0VA 3D7TB 1GZNA 2VGPA 4XJ0A 5KZ0A 3UPXA 2OF2A 5M07A 4HVGA 3DLSA 2HW6A 3QTUA 5LCKA 2UZLA 3RZFA 4YBKA 4G5PA 4CQEA 4RJ8A 5JFWA 2ZV9A 4OTIA 4FYNA 4QPMA 5T6KA 3WIKA 3HMMA 3PY1A 1Y57A 2YWPA 4W4XA 4BCPA 1GIIA 1OL1A 3PLAE 3R7OA 4M12A 3W2CA 4DH7A 4C2WA 3COHA 1NT2A 4F9WA 1IASA 3KRJA 1DI9A 4BGGA 4CZUA 3BCEA 3F5GA 2DYLA 1KUTA 3JVSA 1Q24A 4D58A 4CV8A 4D28A 4DLIA 4RC4A 3GC7A 1Q8UA 3NR9A 2ZMCA 3NIEA 5EYKA 3VHEA 4QYHA 3TI1A 2XIKA 4ACGA 5H2UA 1B6CB 4QQJA 5JK3A 4FNXA 4MXCA 5HU9A 1FBNA 2J50A 3S2PA 2WQNA 4C34A 3LVPA 3NUXA 3UC4A 4JI9A 4PF4A 4DHFA 4JQEA 3PJ8A 1X8BA 4FUYA 4QP7A 3A4PA 2AC3A 5AAEA 3P86A 1WCCA 1IRKA 3ZFMA 1OL7A 3C50A 2PK9A 1W83A 2PE1A 4TWCA 3V5TA 3FI3A 3LFDA 2IN6A 3FHRA 5E8YA 3ZDUA 3DXPA 3P5KA 5EQYA 3QRJA 2JDRA 3CJGA 1XH6A 5EOLA 2J0KA 3V5PA 4CFMA 4AX8A 3DK3A 4X2NA 4C3RA 2C30A 4WRGA 5I9YA 3DJ6A 2ITVA 3QBNA 3OWJA 5DEYA 2QQ7A 3L8PA 3QX4A 3VS3A 4OW8A 4D4RA 5DEWA 4A9YA 1KWPA 5BQ0A 1Q3WA 2JD5A 4ITHA 4LGGA 4LV5A 3PY3A 2F57A 2G01A 4FIFA 4ZTLA 4U45A 4V04A 2WQEA 2W1CA 2CCHA 3QC4A 3FXZA 2VX0A 4DBXA 3Q9ZA 2NNWB 3GCSA 2VWXA 3DCVA 3O23A 2CN5A 3TWJA 3OBJA 1G5SA 2VWVA 3F3VA 4XMOA 2GFSA 5E1SA 5HESA 4ERKA 1M7NA 3LFEA 1O6KA 2YEXA 4AZVA 5ANOA 4IADA 5CU2A 5TE0A 5TKDA 3UNJA 5HU3A 2ZB0A 3RNYA 3SG8A 4PY1A 4X3FC 4Y8DA 2XJ1A 3ZBFA 4DG3E 2VAGA 5AFVA 1VR2A 3R00A 5DA3A 4LQMA 4H3PA 4F9AA 4BBEA 4ZP5A 5GHVA 3LJ2A 3QGWA 4HZRA 3V5QA 3L8XA 3PPKA 5DR9A 3UVQA 2A2AA 4TZRA 5KZIA 3FZPA 4PTCA 2JDVA 3SOCA 4AE9A 5AP2A 4O0RA 1J1BA 3A8WA 4JR3A 3V5JA 2J6MA 3N4VA 3KVWA 2Z8CA 2W99B 4IJ9A 2QHNA 1P2AA 3DFAA 4S32A 4W9XA 3SDJA 4IWDA 3VBTA 2CNUA 4I4EA 3FPMA 5A14A 5AIRA 5E7RA 1WFCA 4XX9A 5HBJA 2BKKA 2VZ6A 4UYAA 4RX5A 3PE1A 3EZRA 5FGKA 5FTOA 2YIXA 5ANEA 3BPRA 1JWHA 2R3PA 3CKWA 3ENMA 2UW8A 3KVXA 4HYIA 3ORNA 3PVBA 4LL0A 3ACKA 5ANGA 4BYJA 4R7BA 2WNTA 2VO0A 4O81A 2BUJA 4YJTA 2WZJA 4JVGA 5M08A 3KK8A 2WELA 3FBVA 4PTEA 5GZ9A 4B8MA 3BGQA 2IG7A 4YP8A 3CSVA 3R1QA 1E1XA 4K11A 3UDBA 2OJFE 3HA8A 4RA5A 4CKJA 2XNPA 3VF9A 1URCA 3FC2A 3MTFA 3V51A 3V8WA 3ZLSA 3H3CA 4IFGA 3FLNC 1Z9XA 4RIXB 4PPBA 1Q8TA 4BCGA 3BLHA 5E8VA 2GNLA 4DT9A 5EW3A 5HO7A 2HZ0A 4Q9ZA 1JSTA 5HIBA 4UMPA 4CYIA 2GTMA 4J71A 3DOGA 3W16A 1DAYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4ASE A;  1AQ1 A;  3OP5 A;  4X3F B;  3HAV A;  2VTI A;  5IQC A;  2HW7 A;  4L53 A;  4CNH A;  3EQG A;  2CSN A;  4EYM A;  1XBB A;  2BFY A;  1OL2 A;  3HMO A;  4DC2 A;  4RVM A;  5CEM A;  4JQ7 A;  4IDV A;  2FO0 A;  3R7E A;  2PU8 A;  2RGP A;  1Q4L A;  2XKD A;  4FSR A;  4ZOG A;  3KXM A;  5BVF A;  2FST X;  2VO3 A;  4C59 A;  3UQC A;  5C8M A;  3TL8 A;  2PMO X;  3ENH A;  1P5E A;  4QTB A;  5FM2 A;  3RJC A;  3KMU A;  2PUU A;  4EI4 A;  5L2Q A;  4MVF A;  1M14 A;  1R1W A;  3L9L A;  4GJ3 A;  5IH6 A;  2Y4I C;  2VUW A;  2LAV A;  3EQH A;  2A27 A;  5AM6 A;  2WTK C;  4IBM A;  5AUV A;  3RVG A;  5IA4 A;  4F1M A;  3ZC6 A;  5FXQ A;  4AW2 A;  4JG6 A;  1H0V A;  3PJ3 A;  4PPC A;  5GZ8 A;  3EN9 A;  4KRD A;  4PP7 A;  4BY9 E;  3KB7 A;  3BYS A;  3OZ6 A;  3RP9 A;  4FEX A;  1OL5 A;  3TTJ A;  1OIY A;  3D0E A;  2PVH A;  2BZJ A;  3LOK A;  2IVS A;  3E8C A;  3W10 A;  4Y83 A;  2Z7L A;  2W5A A;  3AD6 A;  5DIA A;  4BIC A;  1FVR A;  2XIY A;  3C13 A;  3R9H A;  4CZY B;  4DEE A;  5EQE A;  1Q8W A;  3WZK A;  3C7Q A;  3OOM A;  4YC8 A;  3A2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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