5ICPA

Cdk8-cycc in complex with [(s)-2-(4-chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(5-methyl-imidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)-methanone
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
362
structure length
343
Chain Sequence
MDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLKVVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQESNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFLTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structure-Based Optimization of Potent, Selective, and Orally Bioavailable CDK8 Inhibitors Discovered by High-Throughput Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
total genus 104
structure length 343
sequence length 362
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2016-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5icpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5icpA01
4E93A 3L1SA 5LARA 4KBAA 5IZFA 3FEGA 4W4VA 4FR4A 4TZRA 4FV9A 5JFVA 4WO5A 5DHJA 2OG8A 2I40A 2WTIA 1E9HA 2YIWA 4I3ZA 4GUEA 3HV7A 2Z7QA 5DEYA 2WIHA 1QPEA 3ORZA 1OIRA 3E3PA 2WZJA 1MRUA 4I21A 2EU9A 4CQGA 4FV5A 4DG2E 2C5XA 3PFQA 4FKVA 5FEQA 4QMYA 1WBPA 3TTIA 3KCFA 3FAAA 3NCZA 4JOAA 4O22A 1YHSA 3GNIB 2GNJA 1R0PA 1SNUA 4XOYA 2R3NA 4PMTA 3E5AA 2HWOA 4IH8A 4UMRA 3Q4ZA 2BVAA 3E3BX 4IIRA 4IZAA 1A48A 2VTMA 3ENMA 4DEDA 2W4JA 3RNIA 3MVMA 3QAME 4J98A 4FEXA 1NVSA 3ROCA 2C6EA 3OZ6A 4EK5A 1ZYJA 4BHNA 4LRMA 5KBRA 4YLJA 3MIAA 4ANOA 5CEMA 4FOCA 2W5HA 2X81A 4FTJA 4QP9A 3T8OA 3OS3A 4XV9A 2CN8A 3U4WA 4ASDA 5EW8A 4BB4A 4G2FA 4R3PA 4X2JA 3S00A 4M0YA 5D7VA 3H0ZA 4HZSA 4NIFA 3RAKA 4RJ5A 4E6DA 4EKLA 3GC0A 3OW3A 4MYGA 3OXTA 1PMUA 4FV7A 4QO9A 3N9XA 4FTCA 4KB8A 3TXOA 4DA5A 4K0YA 4ALVA 4F1MA 3EQIA 3ZZEA 4I4EA 1SVGA 1MUOA 5M51A 1ND4A 4MXZA 3F2AA 2QR8A 4I0SA 1H27A 5I4NA 5IEXA 4A9SA 2B9HA 2WTKC 1GJOA 1MRVA 1XBAA 1KE9A 2VNWA 1ZMUA 3PXYA 1F0QA 4IC7A 4EH8A 3JXWA 4JDHA 4U40A 4QQTA 3O0GA 2GDOA 4U3ZA 4LRJA 4TYHA 3NNWA 4LI5A 4UV0A 5EKOA 1JBPE 3E8EA 2VGPA 4BI0A 3L8SA 3W2OA 3E7OA 2ETKA 5IQIA 1FQ1B 2YDJA 2UZOA 3F5XA 4USDA 5BVFA 2XM8A 2RFEA 2XIZA 2YERA 3P1AA 3Q9YA 3V8SA 2WO6A 4FUXA 4XG6A 4FKJA 1DAYA 4PPAA 2XK4A 4DGMA 4L67A 1OKZA 3ZDIA 3DDPA 4OLIA 4QMUA 5EM6A 4DTAA 4RPVA 3F3ZA 3DBCA 4BCMA 2O3PA 5KUPA 4XBRA 5LOHA 4BDGA 5FG8A 3Q32A 4HYIA 5CU3A 1RQQA 3RKBA 5M06A 1X8BA 4EHZA 3EB0A 3LPBA 3MSSA 3GOKA 3FSKA 5DYJA 3KMMA 4V04A 5ETFA 3PVGA 1PF8A 2NP8A 2BKZA 2WMXA 3F9NA 3I0OA 4FX3A 4Y5HA 5AP3A 1YXSA 2LGCA 2NO3A 2UVZA 3IKAA 5CS6A 3ZEPA 3F5UA 2F2CB 1UWJA 4AGCA 3GQLA 4C4EA 2XRUA 2XYUA 3A7HA 3R8PA 5LWNA 3HA8A 5ETCA 3QALE 4EWHA 3UO5A 3QZGA 2F7XE 4A4OA 1WVXA 4U81A 4CT1A 2IZSA 3QD0A 2ZB1A 2Z7RA 3IG7A 1VJYA 4F6WA 3QYZA 1STCE 4E5AX 2C5NA 3D0EA 3BGZA 1WBNA 3SQQA 3PXKA 5CANA 3VUDA 1FVVA 4GSBA 4Z55A 4FV3A 3QKMA 5CEQA 3AC3A 3F69A 2X7OA 3QTSA 4YNOA 1PHKA 3R30A 3R63A 5K4IA 3ZZWA 4MHAA 4MNEA 4AZFA 1Z57A 4GFOA 1QPJA 2CLQA 2XNMA 2X1NA 1JAMA 4ITJA 2XYNA 5E90A 3CKWA 2OO8X 3NPCA 5J9YA 3AD4A 2R3RA 5A4QA 2QOHA 2EB3A 4TYEA 4YHJA 4GEOA 3CXWA 5AIRA 4AN9A 3U54A 2PVJA 4XCUA 2F7EE 4W4YA 4Y73A 2RF9A 4O2ZA 4O0SA 4DH1A 5M4FA 4F4PA 4GKIA 5J7HA 3NVKI 4MXYA 3EN6A 2VTQA 5CX9A 3VBVA 4BN1A 3ZLSA 4DFNA 3NNUA 3UNZA 3LQ3A 3BU6A 3PZEA 4RLKA 3KXHA 4QYEA 3W1FA 3BELA 4DBNA 3THBA 1H1SA 4IM2A 4K8AA 3W10A 4IBMA 1XH9A 3MTFA 3R02A 4IWDA 5HCZA 5DE2A 3FHIA 3TZ9A 5L8JA 4MXXA 2PUUA 3OCGA 4EOKA 4DT8A 3I7BA 4U7ZA 3W32A 2C0IA 1UV5A 4EBVA 2HK5A 1PKGA 3WI6A 1P2AA 3BBWA 5CU6A 3VO3A 4BWXA 4JAJA 2PY3A 4QQ5A 3DTCA 2W1GA 2R7IA 3AT4A 2G2HA 4FEVA 3F7ZA 5DI1A 2DUVA 2DS1A 3OHTA 5HTCA 2Y6OA 3D9VA 4QMOA 5IA5A 5KZIA 4CKJA 3DU8A 4YO6A 1RE8A 3UZRA 3FMJA 2VX3A 1F5QA 3D5VA 3FMKA 3WF8A 5JRSA 3TZ8A 2BHEA 4YBKA 3QZHA 2ZDTA 3R8MA 3R04A 2PMNX 5EM8A 2UW6A 5AP2A 3TI1A 3ID6C 4BYIA 3CPCA 4L52A 2QO2A 3GGFA 2J0IA 1IASA 4IAIA 5J95A 4PUZA 4KIPA 5E8YA 3UVQA 3IO7A 3ZRLA 4CFVA 5HG7A 1R78A 4ERKA 5CU2A 5L2IA 3VW6A 3Q04A 4QMZA 4D4VA 4EZ7A 1S9IA 2J4ZA 3SW4A 4O7ZA 3ZOSA 2ESMA 1Q8UA 1OB3A 4CKRA 5HIEA 4Y72A 2XCHA 4DFLA 4EOIA 3QTIA 5HLPA 3IQ7A 4PRJA 4H05A 1H26A 2O5KA 3EN5A 3PTGA 4FODA 4UXLA 5CY3A 3RAHA 3WF5A 3C4FA 4PL3A 2IZRA 5BVEA 3D4QA 4J8NA 5CXHA 4FNZA 4NJDA 3G9NA 2XEYA 2BAJA 4XG9A 4D2PA 5AUXA 4EH5A 5K0XA 2R3MA 3DV3A 4TWOA 4FKQA 3ZH8A 2QVSE 4PP9A 1UU8A 5AP7A 4RIOA 4DTBA 2YIYA 4FTUA 1FOTA 4MVFA 5LVOA 3QC4A 3R00A 4UEUA 4BCNA 1BUHA 4PDOA 3VHKA 3UOLA 3ORNA 5IQCA 4NTSA 5C4LA 2YCRA 3PVUA 5AV0A 5A14A 4FV2A 3ZO4A 3FV8A 3F3VA 5GIPE 2JDSA 5FM2A 3CKXA 2JIIA 3FZOA 4E5WA 5ACKA 5CAUA 4E6CA 4PQNA 4AUAA 4UMUA 3KL8A 1J7LA 4O7VA 2BRHA 4XV2A 5CEKA 3FE3A 4RJ7A 4I41A 5GIOE 1U54A 1JWHA 1QPCA 3ZLYA 1BL7A 4F64A 3VBQA 4KRCA 1PXMA 4FNYA 3TUCA 1KE8A 2A4LA 4FIGA 4R1YA 2UVYA 3HX4A 4UBAA 3PYYA 2OJGA 4G9RA 5KMNA 4DINA 4M84A 1JKLA 4FEWA 5HBEA 1FVTA 4CTBA 3GCSA 3S4QA 1GNGA 4CG9A 2CCHA 3VBTA 4QP4A 4U42A 1ZARA 4FZFB 3U6IA 4IFCA 4JVGA 5AX3A 3NLBA 1LR4A 4AT5A 4L3LA 4RG0A 5IDNA 1JKSA 4RJ8A 3DB8A 2UZDA 3PJ3A 3COMA 4ACGA 4D5HA 3Q9WA 2F7ZE 3OT8A 2C3IB 4JXFA 5CVFA 4IAYA 1HCKA 3O51A 4YP8A 4WBBB 4RX9A 1TQMA 1HCLA 5CALA 3PJCA 4QMPA 2W05A 4PP7A 1XH4A 3QZFA 4BBFA 1XH5A 3GC8A 2PUPA 4I93A 4AXAA 1O6YA 2WXVA 4I5MA 4EK3A 3F5PA 4FSTA 2BRBA 5JZJA 3ZFXA 3OWLA 4I5CA 5DG5A 3FKLA 2ETRA 4MBIA 1OL5A 4ACHA 4DEHA 2ITVA 3DKOA 2G1TA 4UALA 5EHYA 3CEKA 3WZEA 1RJBA 4CNHA 3FLNC 4EQCA 5L6OA 3UYTA 2ZVAA 1YHVA 2C30A 3RZFA 5TKDA 4EH4A 4NCTC 4G16A 4YTCA 3C4CA 1MRYA 4HCTA 3HLLA 2VWBA 4P5QA 3RINA 2REIA 3MFRA 4GJ2A 3ZONA 4AQCA 4DEIA 3RVGA 1YDSE 2J5FA 2A1AB 4WSYA 4DLIA 3QWJA 4U79A 1O6LA 4ANBA 2I0YA 5FEDA 3EQRA 2QO9A 2YAKA 3JS2A 4EH7A 4NCTA 4WSQA 2Y9QA 2VWVA 3ZBXA 2WMVA 4UX9A 2E9PA 3B8QA 1YOJA 3LW0A 5IDPA 5AMNA 4HVSA 2WTDA 4RSSA 2C6KA 3R21A 3UNJA 3E8DA 4GK4A 3Q2MA 4KKGA 4AZWA 5KCVA 5HG9A 4BZDA 5DFPA 3TNIA 1KE5A 4ZJVA 2YCFA 3ANRA 4GK3A 3RAIA 4IAZA 2V7AA 4JS8A 2Z8CA 4O2PA 3OWJA 3PIZA 3ZEWA 1ATPE 3SOCA 5L4QA 3OCSA 3EFKA 4CG8A 3IPHA 1XBCA 3MY1A 2ZOQA 4BFMA 3RPOA 3OY3A 3G90X 2A2AA 3TDVA 2IW6A 4OTWA 3ZO2A 2W9ZB 3C4ZA 4AACA 4EORA 5HU3A 2QOCA 3D5UA 2HW6A 3KRJA 2QG5A 3QHWA 2VTLA 3RP9A 1DS5A 4FNWA 3LLAA 4QP1A 5EI2A 3BV2A 1FINA 4RIYA 4FIEA 3QCSA 4D2WA 4ZTMA 3EQHA 4FSWA 5KHWA 2HYYA 5C01A 4I4FA 3BE2A 3LQ8A 1UKIA 4QPAA 1A9UA 4S33A 2IO6A 5J1VA 1SNXA 4M12A 4L46A 3KKVA 2C47A 4AS0A 4FL3A 5BQ0A 2UW9A 4FT0A 2EVAA 5TT7A 4EK8A 2GNGA 3C5IA 4EBWA 2I0VA 3NRMA 3ZFMA 3CLYA 2FSLX 3PLSA 3R73A 1YI3A 5CLPA 3QUPA 3EN4A 3QLGA 2GNLA 4DEGA 5DEWA 1M2RA 2PUIA 4XV1A 3WYXA 2XNOA 4KRDA 5EFQA 2OZOA 3GT8A 2ZB0A 2E9UA 1KE7A 2YHVA 1QPDA 4QMWA 5DLSA 3SDJA 2WELA 4O0XA 4C2VA 4KIKA 2FYSA 2R9SA 5HKMA 4AZTA 4EQMA 1V0BA 5A4LA 3N4VA 4D9TA 5H2UA 4ZTQA 2VU3A 5L6WL 3VAPA 4C4HA 4FGRA 4Q5EA 3Q9XA 5HESA 4MX9A 4L3PA 3VF8A 1W83A 4JBPA 2V55A 1PYEA 3LFEA 3JVSA 3ZBFA 5HE3A 2RSVA 4A7CA 1PXOA 4XUFA 4NEUA 5AR5A 4KNBA 2QOQA 1WVYA 4XLVA 5LMAA 4USFA 4C35A 3DB6A 3FMMA 3MESA 3BU3A 4DN5A 4DEBA 3GBZA 2G2FA 4V0GB 3JY0A 4FV6A 3TNWA 4PTCA 4Y5QA 5I9YA 3QCQA 3AGMA 4QTCA 3VUMA 3DBQA 2XZSA 3P7AA 4L68A 5I3OA 3JVRA 3VNTA 2XIRA 1YWNA 3BEGA 3LQ5A 2PZYA 3CGFA 2IW9A 3R7OA 4ZZOA 3R6XA 2EB2A 1PMVA 5EM5A 2GQRA 3FDNA 1QMZA 2Z2WA 2X7FA 3PA4A 4Y85A 4C34A 1DI8A 1XKKA 1NW1A 3O7LD 4MAOA 3KULA 3Q6UA 4QMQA 3GENA 3E92A 5AR7A 5FXQA 2GHGA 3PXQA 4PDYA 2IJMA 3ELJA 2IWIA 4QMMA 4QRCA 5IH5A 4WHZA 3H9FA 1I09A 5DOSA 4FF8A 3BHVA 4KBKA 4M15A 3FLWA 3B8RA 1OIQA 4C4GA 1CKIA 4B8MA 2I7QA 3VBWA 2J90A 4J71A 4UZDA 2YZLA 2GS6A 5J5TA 3OXIA 2E2BA 1GOLA 1YI6A 4N4SA 3UG2A 5H8BA 2ZYBA 4BZOA 2YJSA 2EXMA 1PXPA 1M17A 4EUUA 1Q8ZA 4BKJA 2HZ0A 4ITHA 4X6QC 3T3VA 5F4NA 4C3RA 1L8TA 4IWQA 1OKYA 1W98A 3PY0A 5B0XA 2OLCA 4ZS4A 3UBDA 4YZMA 1UKHA 4M3QA 3VS2A 3IDPA 4BL1A 5CF8A 2ITTA 3LIJA 4BVUA 3QD3A 3LFFA 3AG9A 4QP6A 5IUHA 3LJ2A 3LM0A 4JRVA 4O96A 4F7SA 4M69B 5DR9A 2OK1A 1K2PA 1Q5KA 2XMYA 5EDQA 1OPJA 3QCYA 5EQEA 3NEWA 5C27A 4D2TA 3EKNA 4DTKA 5FQDC 2C6MA 3BPRA 5IMEA 4KABA 5T3QA 4E1ZA 4EWQA 3EQBA 3MJ2A 5L6PA 3D7TB 2VTRA 3PSCA 3G5DA 4ZTNA 5IA1A 4GIIA 4TTHB 4U3YA 3GFEA 3PJ2A 4F6UA 5AA9A 3MFUA 3D5XA 2GCDA 2UZUE 4YPDA 1Q62A 5BYZA 2GNFA 2QOOA 2XF0A 5TF9A 2XKDA 3NW6A 3IONA 4N70A 3AGLA 3L9LA 3SVVA 3L9NA 3KEXA 3QRJA 4QT1A 4TNBA 4ZSGA 4LOOA 4GMYA 4RA4A 4WRGA 5FEEA 5I3RA 3QFVA 2OZAB 2WOTA 3TUDA 3CS9A 4QMLA 3WE8A 4L8MA 4EQUA 2PMLX 4LYNA 2XIYA 1K9AA 1XWSA 5HI2A 3MYGA 4E3CA 5AUVA 3AT2A 4IEBA 4AT4A 1OIUA 3PIXA 3SKCA 3ZC6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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