4BWPA

Structure of drosophila melanogaster pan3 pseudokinase
Total Genus 121
50100150200250300350020406080100120
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
409
structure length
386
Chain Sequence
PLEVENYHALYPLEPPAQPLHAKLTFPATTYRATHNTTGYKYCLRRIHGFRLQSTKCMTLVEMWKKLQHTNVVQLREVFTTKAFGDNSLVLVYDYHPGSQTLLAKYFTPAPRTSNGPLLPEATIWSIIMQLTAGLKAIHHAGLACKVLDPTKIIVTGKRVRFSSCCISDITQFDPNASNPLALVNMHQQDDLTALGRLVLALACRCLQSVQRDNVQSSIDMVTRNYSTDLRNFIVYLFTTNNRRSVTDLMPMIGARFYTQLDALQSKIDMQEDELAKEMENGRLYRILVKLNSINERPDFNLDCTWSETGDRYMLKLFRDYLFHSVTEDGRPWLDHAHIVQCLNKLDAGSIERVQLMSRDEQSVLIVSYAELKNCLENAFSELMSS
5010015020025030035035030025020015010050
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Gene regulation
source organism Drosophila melanogaster
publication title Structure of the Pan3 Pseudokinase Reveals the Basis for Interactions with the Pan2 Deadenylase and the Gw182 Proteins
pubmed doi rcsb
molecule keywords PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN-3
total genus 121
structure length 386
sequence length 409
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF18101 Pan3_PK Pan3 Pseudokinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4bwpA01
2UZUE 3RPYA 3C5UA 4PDSA 3RPOA 4HVSA 5IMEA 3QZGA 3DBFA 3ZUVA 5A4CA 3UNKA 1ZYSA 2B9FA 4G6LA 4ZS0A 4ZTQA 1OMWA 4BHZA 2YIRA 1DI8A 1QPEA 3MFTA 3NX8A 4HYSA 5IEVA 1Y57A 2C5XA 2WQNA 4A07A 5FTQA 3SHEA 2YN8A 3FYJX 2YIXA 3JYAA 3UNJA 2C30A 5HNIX 3KULB 4RC4A 2JAMA 3GC0A 4EORA 1O6KA 2R5TA 4ZSJA 3D7ZA 4WO5A 3DJ6A 5EYDA 2UZLA 3NLBA 4FL1A 3COIA 3CQEA 2BTRA 1PMEA 2WHBA 5DGZA 4DFZE 3JVSA 4AXAA 4IB1A 3NUXA 3G0EA 4PL5A 4YNEA 1R78A 3MPAA 5K3YA 3AD4A 3QBNA 5DFPA 2XYNA 3H30A 4CFXA 2QG5A 2J50A 2WTKC 4F0IA 2R0IA 4KD1A 4BVUA 1KOAA 3RPRA 1HCLA 2X7GA 4J7BA 2OFVA 5AWMA 5FXQA 5CASA 3FMDA 4MBJA 1BL6A 5C27A 3VIDA 5A3XA 3FSKA 3VQUA 4S34A 2CCHA 4JBOA 4O0VA 2XZSA 2PWLA 3Q6WA 4B99A 5EI6A 2ERZE 4QNYA 4CKJA 3FQHA 4O27B 3HDMA 1KE6A 2VTHA 3CLYA 4YJNA 4BCOA 4UMTA 3DA6A 4K0YA 2W9ZB 2W1HA 4MBIA 5ANGA 4BWXA 2JEDA 4ZY4A 4F6SA 2VTQA 1I44A 2G1TA 4NFMA 4RSSA 2C6IA 3S00A 4K11A 4YZ9A 3UG1A 3MA3A 4FNWA 2GNGA 3BYOA 3WZJA 4C38A 4H36A 4IWPA 1LEWA 2BHEA 4EK3A 2BRBA 3RPVA 3RZFA 1BMKA 3EN6A 3KRXA 4I23A 3DFAA 4F6WA 4BCQA 2YIQA 3AOXA 4JVGA 5I3OA 4F9WA 1XH6A 1PXOA 3PRIA 5A6OA 5K0KA 3VVHA 3SRVB 1LUFA 3SD0A 5AV1A 5BMSA 4FTJA 3RCJA 5M4CA 3L9LA 4EL9A 3NZ0A 4AA5A 3GUBA 3MTLA 2ZM3A 2BAJA 5TOZA 5A4LA 4GL9A 3O2MA 2GHGA 3LQ8A 1OB3A 5I4NA 2GQGA 2XBAA 3C50A 4TYIA 4DG0E 1I09A 2PVRA 4FVQA 2B9JA 3PVWA 5AJQA 3CKXA 3PE2A 5EG3A 4W8DA 5HICA 1W82A 4FKVA 3L1SA 4I4EA 1H1PA 4TW9A 1CDKA 4FC0A 1WBOA 4TRLA 4LMUA 1RW8A 3V8SA 3ZO3A 3U51A 2Z7SA 2FH9A 3TN8A 5AR8A 3C0HA 4N4SA 4HGSA 1H1WA 2RKUA 3RKBA 4FKUA 2F4JA 4O0UA 3O8PA 1JNKA 1VJYA 2XCHA 1M2PA 1FOTA 5HE2A 3VF8A 4BI1A 4YMJA 4AW1A 3GU6A 4EQMA 4P90A 5HHWA 2C0TA 3GCUA 4U7ZA 3WF9A 4LGHA 5ANDA 3ZBXA 2XIRA 4C35A 3UO6A 5KMIA 2ZMCA 1XHAA 4AX8A 4O96A 4YC3A 3A7IA 3FV8A 3KN6A 2JKOA 3OC1A 2JIVA 3FMNA 4CKRA 3RK5A 5CVGA 4D4RA 4JNWA 3BGZA 1YXTA 3Q6UA 3LVPA 3V5WA 3RWQA 2Z8CA 3SC1A 2GNHA 3KMMA 5DBXA 2OF4A 2R3LA 3AD5A 5HQ0A 3PSDA 3PTGA 5CI6A 3RHKA 1FGKA 4RC2A 4EH6A 2BRNA 4IX4A 4W4WA 3U9CA 5H9BA 4ASEA 4E4NA 4CFWA 4PPCA 5G1XA 2QC6A 4U6RA 5CI7A 1UVRA 3NDMA 4C3RA 2VTPA 3REPA 3I60A 4ZXTA 1LR4A 2P4IA 3D94A 2OH4A 2X9EA 3MJ1A 5CF6A 4RIYB 5JH6A 2PZRA 2DUVA 3FZPA 3GFEA 3F3UA 4MXZA 2VNYA 4RJ8A 3R7UA 3IW8A 3QRKA 4LUEA 3R02A 4BBEA 4W4XA 3ZO1A 3LFFA 4CYIA 3PJ2A 4F99A 2LAVA 5AMNA 3EH9A 2QONA 1QPJA 4CMUA 3QQKA 4U45A 4BTJA 2HELA 3E64A 2ZV2A 1FMOE 5CVFA 2UW8A 4D4VA 1LEZA 3LE6A 3IS5A 5AR5A 4YUQA 5HG5A 5B2MA 2YDJA 2WMWA 4JAJA 2HW6A 5E8UA 1OL2A 3E8EA 4EZ5A 5FBOA 4EK4A 4FT9A 2OICA 4I5HA 4YHTA 2Z7QA 2IW8A 3TCPA 3ORIA 4EBVA 3EZRA 4KIKA 2UVYA 4Y5HA 3CJGA 3IGGA 4K6ZA 2WEVA 3LFSA 4QMYA 4XHKB 2QU6A 3C0IA 4MF0A 1R39A 4AW0A 1QPCA 4ZLYA 4FTOA 3OMVA 2UZWE 4C58A 2EU9A 4G34A 3SQQA 2EXMA 2QOFA 3OCBA 3ZRMA 3ACKA 3OG7A 2A1AB 3LHJA 3FZRA 3I7BA 4GT4A 5DR2A 2BDFA 4ZZMA 4KB8A 4LGGA 4CFUA 4E20A 4YLJA 3TWJA 4EUTA 2CSNA 1W8CA 3UZPA 2WQMA 2IVVA 3OCGA 4BCNA 5A6NA 3ZXTA 4NZWB 2C1BA 1S9IA 1OKZA 2W1GA 3FZ1A 2UW4A 2BKZA 5BYZA 5HIEA 1CTPE 3HLLA 5TKDA 1PHKA 4ALVA 2O64A 5J7HA 1HOWA 3UPZA 5CT0A 2JGZA 4OGRA 5BX0A 5DH3A 3FUPA 1DAYA 3FWQA 2ZV8A 3BYUA 3W2OA 4XG3A 2I1MA 3IPHA 4ZSLA 2VO3A 4LRJA 4AOJA 2IVSA 5FM3A 3KVXA 2BHHA 2XIXA 4NK9A 1MP8A 1WFCA 2BIYA 2WU7A 2WFYA 4M69A 4H58A 4BKYA 3Q32A 3MFRA 3U6HA 1UU8A 4W4VA 3SOCA 3RAHA 3Q9WA 2ONLC 3HV7A 4Q5HA 5LXMA 3MVHA 2EVAA 2X2MA 3DZQA 4FKPA 3E8NA 3PIXA 2VO7A 3FMKA 1YOMA 3DNEA 2C4GA 3AGLA 4YC8A 1XO2B 1YI3A 3EQBA 3WF6A 1FMKA 5FEEA 4ZLOA 2J4ZA 3DCVA 2PVLA 1H00A 3QTUA 3P7BA 1UNLA 2YCRA 4IZAA 3C1XA 4ZTSA 1YWVA 3ZBFA 4DLIA 2X6EA 3GQIA 5JZJA 2QLUA 1O9UA 3AC2A 3D0EA 4FSWA 3QX4A 5L8KA 5IUIA 1V0BA 2XJ0A 2G2IA 1KOBA 3EFLA 1UU9A 3HMMA 3RTPA 5FLFA 2VRXA 4OAVB 2WU6A 4IB5A 4LUDA 4S32A 4BCJA 5IA0A 1Y8GA 3HV3A 1JVPP 4IAKA 5LWNA 2XEYA 4IZ7A 4FIFA 4XOYA 1PXMA 4PF4A 4DFXE 2GS7A 2C6KA 5EOBA 4MNFA 4FKWA 1WVYA 5D9HA 4AU8A 3GP0A 2JIIA 2LGCA 3BHTA 3QD4A 3F9NA 4BDAA 4CTBA 3OP5A 4FG7A 5HIDA 2Z7RA 2VWWA 3PIYA 4G31A 4FT3A 4LL5A 4GYIA 3V6SA 3H9OA 4EC8A 1AQ1A 2WTDA 3DKCA 2WKMA 3H9RA 2WEIA 4EWHA 4CCUA 5EKNA 2BUJA 2VWZA 3MV5A 2J0KA 4E4XA 1K9AA 3GU7A 3ORLA 3IW4A 4TZRA 5F20A 4J53A 1W83A 4DH1A 5IU2A 4YU2A 5CAVA 5CXHA 2V22A 3LOKA 1R0PA 4LQMA 4CQEA 5I5ZA 2IVTA 4W4YA 1H24A 4L8MA 5JFVA 5KMJA 3HZTA 2Z2WA 2Y0AA 2OGVA 2GNFA 2JDRA 3BKBA 3IDBA 1XBAA 4FSTA 5AP2A 3O96A 3VS0A 3V5LA 4GVAA 5HLPA 4YZNA 2R9SA 3ZC6A 3KGAA 4FNZA 1E1VA 4MQ1A 4PPAA 5CF4A 3BGPA 3R7GA 2ZVAA 4KA3A 5AP3A 1KWPA 5CSHA 4FL2A 3LJ2A 4N6ZA 3CGOA 5T6KA 2WAJA 2HW7A 4AW5A 4NWMA 3QRTA 2SRCA 3BGQA 4CSVA 4IW0A 2X81A 4Z16A 3P86A 2UZBA 5HVYA 4I22A 3UO5A 3CD3A 3KVWA 3R9OA 4FKGA 5J9ZA 3SV0A 3SXRA 4BKJA 1H07A 2VWYA 3IECA 1REJA 3LXKA 3EN7A 4A9SA 4USFA 4FSZA 1IRKA 1H1QA 4L7FA 4LI5A 2UUEA 4DEEA 3OY1A 2JLDA 3COMA 3MB7A 3WILA 4RJ4A 3Q9YA 5DWRA 3TV6A 4AZEA 3W1FA 4PMMA 4ZSAA 5CF8A 4AA0A 2CCIA 5ITAA 2PVYA 3POOA 3LCTA 1PXLA 1JBPE 1OL7A 4IDVA 5M51A 4GRBA 2GHLA 1WBTA 1ZMVA 3R00A 2J90A 1J3HA 2BFXA 1R1WA 3F2AA 4EYJA 2QI8A 5AUTA 3QQJA 2IZUA 3PXYA 4YTHA 4FODA 5LOHA 3L9NA 4RX5A 5JSMA 4E6DA 2C1AA 3WYYA 4H3PA 1GY3A 4FV4A 3SW4A 5M56A 3FLYA 5B7VA 1PYXA 4J98A 4E5WA 2CMWA 3BHVA 5G6VA 5AM6A 3PSBA 1UA2A 5IUHA 4JIKA 3P78A 4NU1A 2WMUA 2X2LA 3Q96A 4FKOA 1OIQA 4ITIA 4JDHA 3P5KA 3ZLXA 3DNDA 1JSUA 2YITA 1OECA 3E3PA 1UU3A 3AMYA 4BCFA 2QCSA 3CTQA 2XNPA 3GT8A 3MW1A 3DTWA 1SNXA 2XKEA 4JG6A 4JDJA 5GJGA 3WF7A 4MWHA 1KSWA 4CQGA 2ZV9A 3O7LB 4WOVA 5A14A 3QQLA 3I7CA 2EUFB 1G3NA 4WHZA 1H26A 3FJQE 3DAEA 3DBCA 4RVTA 4CYJA 4NW6A 3EFJA 1SNUA 5DEWA 2HCKA 4YLKA 1YKRA 3WYXA 5AEPA 4QMMA 2VTIA 1SVGA 3BE2A 4FKRA 4CFFA 2C6LA 3UIMA 2DQ7X 4D4YA 4HYIA 5LMAA 3PPJA 3R71A 4RJ7A 5DN3A 4L45A 4O22A 3UOKA 1MRYA 2YEXA 3AD6A 3HV5A 1UU7A 4IAIA 4C36A 4H39A 4DBNA 1YHWA 3PYYA 2PMOX 3VO3A 1BI7A 4F1MA 4I5PA 1FVTA 1H25A 1UKHA 4LRMA 3AT4A 3JS2A 4H1JA 2B55A 3ERKA 4ANLA 1GZNA 4WNPA 3QQUA 2WPAA 3E93A 4UX9A 4D2WA 3GVUA 5KBRA 3CCNA 4M97A 1JAMA 5TR6A 2WTVA 2VTJA 2YERA 3QWJA 3ZM4A 3PIZA 5KUPA 3VS2A 2HXQA 3KC3A 4GS6A 3KQ7A 3KA0A 5CU4A 4FTCA 3OXZA 4ANMA 5C8KA 2XS0A 3JY9A 3A4OX 3IOKA 2PUUA 4D2SA 1T46A 3MN3A 3CD8A 2XYUA 5LJJA 5CAQA 4IC7A 1YOJA 3V3VA 2WXVA 5BVNA 4LV5A 2GFCA 3NNUA 4YO6A 4HJOA 2ITUA 5IUGA 4I6FA 3ZU7A 2I0VA 3ZLWA 4JL9A 4M68A 4IBMA 1H01A 5FEDA 4BDCA 4F7SA 2R3MA 1V0PA 2PSQA 3DFCB 2WOUA 4UZHA 3UQFA 1AD5A 4ANNA 5I9ZA 3OEFX 1IEPA 3FQSA 2YWPA 4TWNA 4XV9A 5KMMA 3F5PA 5BVEA 5HNBA 3RVGA 4BDJA 4S33A 3R83A 5LQFA 3EIDA 2ITYA 5I9YA 4GG7A 2I6LA 3KKVA 1CMKE 4XCUA 2B7AA 5TT7A 3VBVA 4BDBA 3EZVA 4FK3A 4I93A 5DHJA 5CSPA 2XM9A 4LG4A 4ZK5A 3HVCA 4PL4A 5E8ZA 5TE0A 2JKQA 2JITA 1GIHA 5FD2A 4R7IA 1FQ1B 2UZTA 4O0SA 4IM2A 3U4UA 5EM5A 2E2BA 4R8QA 4XRLA 1H0VA 1K3AA 2E9PA 1FGIA 3VS6A 2BAQA 4GCJA 5JQ5A 5CANA 3HUCA 3OW4A 3QF9A 4FSNA 4V04A 3FL4A 4E93A 3FHIA 4RQVA 1GNGA 3W55A 2F2UA 3KXMA 4EWQA 2C5VA 3Q2MA 4KINA 3UGCA 4C59A 3A60A 3ENHA 3QRJA 4DH7A 4EEVA 2BMCA 3TG1A 4DEAA 2QU5A 3BEGA 5I9WA 2VX1A 3DBDA 2Y4IC 2BILB 4FV7A 4J95A 4CNHA 2OXDA 3KXXA 2UW6A 3PVBA 2HY0A 3L8XA 2VGOA 2YM6A 2E9VA 3U87A 4DTKA 4K77A 3PA5A 4F6UA 3C51A 3G9LX 4TYHA 5JZNA 4YHFA 3OTUA 2QKWB 4DH8A 3D5VA 4EOQA 5JT2A 4JRNA 2QURA 4R5SA 4BCKA 3QLGA 4MXYA 4NM0A 1Q99A 1ZY5A 4L7SA 5CNNA 4HNIA 3A61A 2OKRA 3BV3A 3FXXA 5AV3A 4AACA 2IZSA 4BDEA 2C6MA 2ITPA 3AT3A 3O71A 4DC2A 3G2FA 3KFAA 3ZMMA 4J52A 4RIWA 4FIEA 4BYJA 3NW5A 4H1MA 2HOGA 4AGCA 3CTHA 1ZYCA 4BDGA 4EONA 3E63A 4RX7A 4EZ3A 4UWBA 4EQUA 3DDPA 1WZYA 4NT4A 2V55A 4EH8A 4KAOA 3NYVA 2OWBA 4G5JA 3CIKA 3DQXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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