4CYIA

Chaetomium thermophilum pan3
Total Genus 110

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
417
structure length
405
Chain Sequence
TYDFFMPQNLREDLQKKQFATLQVIPNSGLPQLEHWHSLVPLDTSNRKNTSCFGYPSWVYKAQNSRNGRHYALRRLEGYRLTNEKAILNVMKDWKKIKNASIVTIHEVFTTREFGDSSLIFAYDFHPLSKTLQEHHFQPIHGNRYRPPPAVPENTIWGYICQIANALKTIHSNRLAARCLEPSKIILTDINRIRLSACAILDVVQFGMNSRSVVELQQEDFVKFGKLILSLATGTLPAHLNNIPAALETLGNKYSANLKSAVNWLLDTSSGETKTIEHFMTGIASQMTTFFDLALQDNDEKLFHLAREVENGRIARSLMKLLTILERGDRYQLKLFRDYVFHRVDADGKPNLSIGHMLTCMSKLEAGVDENILLTSRDNETVFVLSYRELRQMYDRAFNELVKAS
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S2 (271-278)TI1 (215-218)EMPTYTVIII1 (221-224)TVIII2 (239-242)TI3 (264-267)TVIII3 (257-260)S3 (284-291)TIV1 (278-281)TIV2 (279-282)TVIII4 (295-298)AH2 (298-303)3H1 (304-307)TI6 (308-311)TI5 (307-310)TI7 (313-316)S4 (319-325)AH4 (367-387)S5 (332-337)AH3 (346-351)S6 (344-345)S7 (354-355)TIV3 (354-357)S8 (358-359)TVIII5 (391-394)AH1 (224-236)S1 (250-255)TI2 (247-250)TII1 (290-293)TI8 (326-329)TII2 (340-343)TI9 (395-398)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Chaetomium thermophilum
publication title Structural Basis for Pan3 Binding to Pan2 and its Function in Mrna Recruitment and Deadenylation
pubmed doi rcsb
molecule keywords PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN3-LIK
total genus 110
structure length 405
sequence length 417
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF18101 Pan3_PK Pan3 Pseudokinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4cyiA01
3I4BA 3DS6A 3ZZEA 4Q5EA 5I3OA 2PMLX 4FIFA 3MFRA 3VJOA 2WTWA 3R7IA 2ACXA 4APPA 1KE6A 3RCDA 2YM7A 5B7VA 1OL5A 5CSPA 3E7OA 4TTHB 3THBA 4RJ5A 3W55A 4L45A 4G31A 4N6YA 2R5TA 5J95A 4RWIA 3PJCA 5EG3A 3GU6A 4ZK5A 3TTIA 4ZTRA 3WZJA 4AOTA 1UU7A 2VGPA 2CJMA 2YEXA 2H9VA 4RZWA 3KC3A 3UNKA 4BWKA 5FGKA 4EOPA 4U43A 2C69A 4NFNA 3FI2A 3G6HA 3LFNA 3RNIA 4G3FA 4EHEA 2DUVA 4DH8A 1YRPA 2BDJA 1YWVA 2OXDA 2W7XA 2PWLA 1ZYSA 2VX0A 2Z60A 3BZ3A 2X8EA 2QOFA 4EK4A 4ZZOA 3MV5A 4KS8A 3FZSA 4L42A 1TVOA 4BDFA 3DAKA 2PMIA 3D5UA 4IMYA 3T9IA 4BWPA 4QP2A 4RJ4A 4UMTA 5CAUA 5AP4A 1ZAOA 3AD4A 2PY3A 4G5PA 5J9ZA 4RLKA 5IA3A 4RX9A 3LCSA 4TNBA 4LM5A 3OBGA 4J8NA 4DFZE 4ZY6A 2H6DA 1OL6A 4FKSA 5DGZA 4KAOA 4YTIA 3R6XA 3HMIA 2YDJA 1BI8A 1YXVA 4FG8A 4DGGA 2W1CA 4XEYA 5CU2A 4IAIA 3R22A 4FSWA 4ZTNA 2P0CA 2PVNA 4JAJA 3CD3A 2VO3A 4J95A 4I3ZA 3RM7A 3ZFMA 3JY9A 2VWZA 4KSQA 3KULB 4EQCA 4PMTA 2O63A 4UN0C 3PXRA 3AG9A 4K6ZA 2JDVA 2JDRA 3KMWA 3QD2B 2UW8A 2BRGA 1KE9A 3F3TA 3MS9A 4WIHA 5BPYA 2J0KA 4U7ZA 4ZIMA 1YI6A 4P5ZA 2WMUA 4X2NA 4GFOA 1JPAA 3VC4A 3R28A 3ELJA 5HTIA 1LUFA 4DEAA 4HNFA 1W84A 4X6RA 4FL1A 4RC2A 2HY0A 2XK9A 2XNOA 1APME 3PA5A 3TG1A 1WZYA 2IVVA 4KWPA 5D10A 1Y57A 5CVHA 4ASXA 4RIXB 1GIHA 3C13A 3FAAA 4U42A 3ZSHA 4D5KA 3EKKA 5AP2A 1H26A 1OIQA 3QQGA 5D7AA 3UGCA 2PHKA 3LCDA 4H39A 5CF5A 4AUAA 3RK5A 3F61A 5DA3A 3PJ8A 2OICA 3Q9WA 4XJ0A 3QTUA 4A4XA 1JKSA 2AC5A 5E8ZA 4BN1A 2XYUA 3ODZX 3VNTA 4D1SA 3BEAA 4QOXA 4FA2A 3VUHA 1MRUA 2F7XE 1M2QA 1CKJA 1DI8A 3EQDA 3PRFA 4JDIA 4BDCA 2XJ0A 4DCEA 3GU4A 2QQ7A 4LI5A 2JKKA 2OJIA 5HIBA 3QA0A 3MVMA 2BILB 2ZMDA 2J9MA 4F6WA 2R3RA 4F99A 3MYGA 4F0FA 4GSBA 4FTAA 3UIXA 1K9AA 2QO9A 3I6WA 5EDPA 3VS0A 3JPVA 2YABA 2VTJA 2EWAA 5EW8A 4FVPA 4F64A 3KVXA 3DB8A 3E63A 2ITXA 4G1WA 4BIEA 1HCLA 2YWPA 1XR1A 4A06A 2FSTX 4EOQA 3QRUA 2GFSA 2R7BA 4AACA 4ERWA 2XKEA 5BUJA 4AA4A 1YXUA 4EUTA 3WF6A 3H4JA 2C6MA 2BFXA 1H28A 1JKKA 2CPKE 3F7WA 3ORIA 4XV2A 2YM8A 5EI6A 4QYGA 5ETCA 5HG5A 4PY1A 4XOZA 4F9AA 3UC4A 2BZJA 3RAIA 2J51A 3NW5A 3FMKA 3UP2A 2YCSA 3D0EA 4BL1A 4CSVA 3KFAA 3NW7A 2GDOA 3R0TA 3AC8A 3GNIB 3HP2A 4MYGA 2UW4A 5EFQA 5H8GA 3QCYA 5IEXA 3LHJA 1OGUA 3CTHA 4DH3A 2XF0A 5KKRC 4KB8A 3MH1A 4MNEB 5HIDA 4Y73A 4LYNA 4JXFA 1YHWA 2WTIA 3A4OX 4I5HA 4Z55A 4Z9LA 4OTQA 5IA1A 1OKZA 5CU0A 1Q8UA 5ANJA 3DBFA 3TV4A 1P4FA 3MDYA 4ZY4A 5AADA 3W10A 4XG2A 2YITA 2HELA 4IM2A 5AR3A 4IB3A 1OIUA 2JC6A 2YCQA 4PDOA 5HO8A 5A9UA 2WD1A 3MY5A 2P2HA 4FV2A 4OTFA 4BHZA 4P4CA 2OO8X 3TNPC 5JGDA 5LVMA 2BHEA 4P7EA 3RWPA 2YN8A 3GI3A 3BGQA 3UIBA 5KMKA 4OT6A 4RX8A 4NM0A 3QXOA 3KN5A 2R3NA 1PXIA 4EUUA 4XLIA 4ZXTA 3II5A 4BTMA 2ZYBA 3DKOA 2ITZA 4RIYB 3EFKA 3O17A 4TWNA 4L7FA 2UZWE 4YJTA 3CPCA 2R9SA 4S30A 2HZNA 2R3PA 2Y0AA 4FT7A 4JBOA 4C02A 4OTPA 5L2WA 3C4WA 4PTCA 1P14A 3QAME 2JEDA 5M51A 1JLUE 4DN5A 3OD6X 2VTMA 4BCIA 5M44A 2R3KA 4RA5A 4DEHA 2Y7JA 1XBAA 4GVAA 2ZV7A 2VNWA 3E3PA 2QG5A 4J53A 3V5PA 3R9OA 2E9VA 3I7BA 4KBAA 3E7VA 4L3PA 3OWPA 3QHRA 1M7QA 4XS2A 3RHKA 2AYPA 3EOCA 3H30A 4O0VA 1OI9A 4ONAA 4TWPA 1XHAA 2WO6A 1R0PA 4D0WA 4AG8A 4PTGA 4I92A 4MAOA 5IA5A 4U5JA 3Q4UA 1URWA 3GC9A 4L44A 3UOJA 3LXLA 4IVDA 1B6CB 2P3GX 4K2RA 4FTKA 4IWDA 2XKCA 5CXHA 3FZ1A 4B8LA 3MJ2A 5K5XA 3RWQA 1JAMA 3KXXA 3GFEA 4O6LA 2PVJA 2E2BA 2HCKA 4IAKA 2UZLA 5CXZA 5DT0A 3FXWA 1Q8TA 1UKIA 3ZBFA 4CKRA 4AS0A 3PPJA 3NIZA 3QQJA 4FIIA 4MBJA 1WAKA 4GL9A 3ORLA 4BDJA 2Z7RA 3E64A 4BDHA 1LEZA 1BMKA 1V1KA 2UUEA 4AOIA 4TW9A 3BU3A 3N9XA 2VTQA 4F65A 2W1EA 2OH4A 3ENMA 5EM7A 5FM3A 4C3RA 2EXCX 3EIDA 3FSFA 4GS6A 3QLFA 4FV6A 2H8HA 5ANIA 4BDAA 4DGMA 3F5GA 3QTWA 1WBSA 4IC8A 5CENA 5LWNA 3OG7A 2GNLA 3CY2A 4FK6A 3EN9A 4AF3A 4MF0A 2XNMA 4ACMA 2QHNA 4ZEGA 5HE1A 3BLRA 5CSWA 1JWHA 3IW6A 3IDBA 3GQLA 1ZOEA 2KTYA 3U4UA 2YDIA 3EQGA 4BCNA 4BDGA 3D9VA 2IW8A 1UNLA 3BPRA 2LAVA 5AP7A 1IRKA 5LOHA 3FZPA 4YBKA 2XUUA 4Z7GA 4FZFB 2W1HA 4ZLOA 4BHNA 3P1AA 3GOKA 2FO0A 2WHBA 4PPCA 2JLDA 1KOAA 3W2OA 4C3FA 3RJCA 3COHA 4JI9A 4MNEA 2XVDA 1PYEA 5HBHA 4CMOA 5I9YA 5CNOA 5IPJA 3P7BA 2JFLA 4GW8A 3ULZA 3H0YA 3VJNA 1PXKA 3HRFA 2VX3A 4XV3A 3R1NA 2OU7A 2P55A 4C4FA 1PXNA 4FL3A 4PNIA 3BQCA 4WUAA 2G2HA 4GU6A 4RWJA 3PXFA 4PRJA 4MXCA 5D12A 5AM6A 4BCQA 5KZIA 2IZRA 3GQIA 3FZTA 3A62A 3Q4TA 5AAGA 3WF8A 3O50A 4FTQA 3QZFA 2BDWA 2UZTA 1W98A 4QYHA 4WRSA 5EDRA 2BZIB 4XG7A 4X3FA 4KS7A 4RBLA 2H96A 3TUCA 2QCSA 5C27A 4AA0A 1GZOA 2X7GA 4L01A 4XG9A 3RCJA 4EOLA 3HP5A 3JS2A 3OCTA 3HV7A 1REKA 3KCFA 5CF4A 4FTTA 1WBNA 4A9RA 5BVFA 3QYWA 4XYFA 3VUTA 4NKAA 3BE9A 3OP5A 4JAIA 2VTLA 5AIRA 1MQ4A 1ZMWA 2VTPA 3OY1A 1MRVA 2IWIA 5HICA 4QPAA 3B2WA 5B2MA 2JIVA 4CFWA 4HYUA 5IH6A 1YOLA 4FKUA 4MCVA 5AV3A 2IN6A 2OIDA 3M11A 2UW3A 2WELA 4RJ7A 2XRUA 3PG3A 2YM6A 3KK9A 2HOGA 3GC8A 2QI8A 4BCOA 5EHLA 5IUHA 5HCZA 4RA4A 2IW6A 4QMZA 4R5SA 1U54A 1U5QA 3KK8A 1H1WA 2P4IA 4QMSA 2BZKB 2Z7SA 4RWKA 3VS1A 5GZAA 5JFXA 4FTOA 3C0GA 5KHWA 4CCBA 4FSZA 1UVRA 3LLTA 4I94A 5BVKA 4UMRA 2PZPA 4MXXA 3U8WA 3KVWA 2R3GA 3GT8A 4YJRA 5EW3A 2QVSE 1UV5A 1FQ1B 2A2AA 3VQUA 2WQMA 4RVTA 4EBVA 3FMEA 2G01A 5ACKA 5CU6A 4OTDA 3LOKA 4GG5A 4RQVA 5AUTA 4M84A 2R3QA 2PZIA 2R0IA 2UW9A 4AFEA 5BVEA 4HGEA 3TIZA 4ITHA 1RE8A 4UX9A 3LCOA 3S3IA 3A4PA 4E26A 3B8QA 3KKVA 4KIKA 2BALA 4M68A 3VHKA 4FODA 4KKHA 4J7BA 3K3JA 2R3LA 4I6QA 3EYHA 2RFNA 4F70A 5HVJA 4HYHA 3LPBA 3OXZA 4RIWA 2Y6MA 2I40A 1VEBA 1YI3A 1PMEA 3OCGA 5TR6A 3CJFA 4TYGA 5AA8A 5GHVA 3HMOA 3OFMA 4KIOA 2XP2A 1F5QA 3M2WA 5L8KA 2B7AA 5LJJA 2WQEA 2FH9A 4ZOGA 3RP9A 3UG2A 4H3QA 5HE2A 3RI1A 5CAQA 1SVGA 2VWBA 5AV0A 2JBOA 4PDPA 4B9DA 3R04A 3Q53A 4XG3A 4YP8A 3VUDA 2EB3A 5FQDC 3FV8A 4O6EA 4K9YA 4C59A 4X6QC 1PW2A 4PPAA 5HNGA 3WE4A 5A4LA 2WEVA 2WIPA 2C0TA 4J99A 3IS5A 1YWRA 3LFCA 2ZDTA 3RPYA 4FT3A 5B0XA 3MVHA 4TN6A 3R71A 3ZRLA 3KF7A 2ITVA 3DQWA 5D1JA 1TQPA 2WTKC 4LRMA 3F3ZA 3WILA 3V8SA 4D0XA 5C9CA 4MQ1A 3QGYA 4IX4A 2LGCA 4F7NA 4G6OA 2XH5A 2VTRA 3FPMA 2ZVAA 3AMAA 3QA8A 4EC8A 5I9VA 3KEXA 2C5YA 4TKSA 2XMYA 5FBNC 3ZXTA 4FSYA 1Q24A 5KMLA 2VWXA 3BYSA 5CSHA 4I93A 3Q04A 4CFUA 3EWHA 1V0OA 3DJ7A 4DYMA 4BRXA 1WBTA 5AR2A 3VS7A 5AX3A 4DEIA 4W9XA 4FNZA 5M4CA 1WVWA 4U45A 3BHTA 3KY2A 5D9HA 3FLQA 5FP6A 4R3CA 2GPHA 2XB7A 1FVVA 4ZY5A 3EZRA 3FI3A 3GP0A 3HV6A 3NUXA 3SXSA 3ZS5A 3OW4A 5BVOA 5JT2A 3EL7A 1VR2A 4O38A 3FZOA 2WTVA 5C01A 3SXFA 5LVOA 3SAYA 3Q9YA 1OL2A 4FT5A 1ZZ2A 3NDMA 4K0YA 4B7TA 4FOBA 4FUYA 1R3CA 3IK3A 4JDKA 2X81A 1BLXA 3K5VA 2R3OA 5FRIA 4AU8A 4FYNA 2PVFA 3AC1A 5BYZA 2PZYA 5AEPA 4RRVA 1Q62A 3UMXA 1OL7A 3CC6A 3TZMA 1W7HA 4NM7A 2BFYA 3LAUA 4EBWA 3BELA 3COIA 3OWLA 4IWOA 4V01A 3ZFYA 2C5XA 3SVVA 4YO6A 4OAVB 3P7CA 5HNBA 2ZOQA 1X8BA 5I3RA 4O2PA 3EQFA 4D4VA 4TY1A 5DN3A 3VBXA 3O96A 2C47A 4WUNA 4Q2AA 3W16A 4C3PA 4EOSA 2B9HA 2GTNA 4NTSA 3WZUA 2QO2A 4ENXA 5KMIA 1B39A 4KRDA 1A9UA 4FKJA 5IA4A 1CKIA 5F4NA 5KHXA 4QMTA 1SNUA 4GIIA 3VRYA 4E6QA 4FV9A 4PF4A 5KNJA 3M42A 4JLCA 4QMYA 5GZ8A 1ZWSA 1QPEA 2VWVA 5EYCA 5DWRA 1MP8A 4MD7E 3VBWA 4FKRA 4S32A 4YZCA 4I5MA 2HAKA 4I6HA 5E1SA 3O0GA 4G6NA 4QTEA 3AT3A 4G9CA 2XA4A 3PFQA 1SZMA 3C9WA 4WNKA 1TQIA 3P86A 4YGAA 4ZSJA 4FV0A 3BU5A 4F9WA 4W4WA 4AW0A 2F7ZE 3MW1A 4G3DA 2W0JA 3RZFA 2ONLC 5FEDA 3PA4A 1E1XA 3IDPA 5AUXA 3KU2A 3ACKA 2CLQA 5HVYA 5M4UA 2BTSA 3CGOA 3LZBA 4D2TA 4WO5A 3S4QA 1Z9XA 2ETRA 2F49A 3CXWA 3FC2A 3PWDA 3Q4ZA 1OVEA 2OK1A 4HZRA 4ANNA 4O0RA 3KRWA 3OW3A 3ALOA 4AGUA 3IW4A 4YTCA 2V55A 1YOMA 5KO1A 5KX8A 3SD0A 5CALA 1ZLTA 3W33A 3VS4A 2GNJA 3KN6A 3UYTA 4ZTSA 1Q8YA 4D9TA 1PHKA 1CTPE 4BKZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2HZI A;  2YCF A;  4LV8 A;  5TO8 A;  4ACC A;  4C36 A;  4D2W A;  3BYV A;  5AMN A;  5HG8 A;  4KD1 A;  1Z5M A;  2UZN A;  5KMJ A;  5A4Q A;  4UMU A;  3QCQ A;  4C4J A;  4BIB A;  2QR8 A;  2F7E E;  2BTR A;  1YQJ A;  2CKE A;  2VNY A;  1KWP A;  3EQC A;  3L9N A;  3VO3 A;  3VS6 A;  2JDO A;  2PK9 A;  3W2C A;  3QF9 A;  4BZN A;  2GS7 A;  3KB7 A;  4UBA A;  4AE6 A;  4C37 A;  3MBL A;  1ERK A;  1V0B A;  2IVT A;  3DPK A;  5CQW A;  1MQB A;  4J97 A;  4ACH A;  2X6E A;  4WKQ A;  5BVN A;  4QMX A;  1BKX A;  3MN3 A;  2WMA A;  1YOJ A;  3PP1 A;  5IA0 A;  2CMW A;  2XKD A;  3ZOS A;  3R2Y A;  4BCF A;  4TWC A;  4FIJ A;  3R30 A;  3PLS A;  5CT0 A;  3FYK X;  4YPD A;  4FMQ A;  5KMN A;  5HQ0 A;  3BCE A;  2BCJ A;  4M3Q A;  3MFS A;  3VVH A;  1IAS A;  4S34 A;  5HD4 A;  4GMY A;  3JVS A;  3EN7 A;  1G5S A;  4JDJ A;  4R1Y A;  4RSS A;  1PXO A;  2OJ9 A;  4YJN A;  2VUW A;  2Y4I C;  5KCV A;  4AN3 A;  3DJ6 A;  3MY1 A;  4JOA A;  2JDT A;  2W05 A;  2P2I A;  3F5P A;  3GU7 A;  4I24 A;  4I0T A;  3DDQ A;  4WA9 A;  4AN2 A;  4PWN A;  1UU9 A;  3P79 A;  4ANQ A;  4DIT A;  4E1Z A;  1J91 A;  1SVE A;  4IJ9 A;  5CVG A;  3R9D A;  3UPX A;  5IME A;  4UMP A;  4JG6 A;  4EJN A;  4MF1 A;  5EW9 A;  4XRJ A;  1UNG A;  5CYI A;  3WZE A;  4L67 A;  5LWM A;  5I9Z A;  2OW3 A;  3QBN A;  1SNX A;  4D4R A;  2FB8 A;  3SA0 A;  3KQ7 A;  2V7O A;  4AAA A;  4FV1 A;  4EH8 A;  4XH6 A;  3QKM A;  2WFY A;  4KIP A;  5JRS A;  3V8T A;  3PY1 A;  4XP0 A;  2DYL A;  4X3F C;  4LMU A;  4QTA A;  3IQ7 A;  4LGG A;  2B54 A;  4JT3 A;  4UMQ A;  4Q5H A;  5HLN A;  3IW8 A;  2BHH A;  2C6E A;  3UBD A;  3ZXZ A;  3BWF A;  3NZ0 A;  5CF8 A;  3PIX A;  2WU7 A;  4WRG A;  4CD0 A;  1H1P A;  4AQC A;  2A27 A;  3VHE A;  5JFW A;  3C4E A;  4NFM A;  2VTS A;  3ZUT A;  4R8Q A;  1FVR A;  4IAY A;  4LL5 A;  3NIE A;  5HBJ A;  3G0E A;  1SVH A;  4MVF A;  5DRB A;  3UZT A;  2I0H A;  1W2F A;  3NX8 A;  3OWK A;  4WG5 A;  4D2P A;  2JKM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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