4OTPA

Crystal structure of the catalytic domain of the human riok1 atypical protein kinase in complex with adp/mg2+
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
268
structure length
235
Chain Sequence
DPRTRMILFKMLTRGIITEINGCISTGKEANVYHASTANGESRAIKIYKKTWAEKEMRNLIRLNTAEIPCPEPIMLRSHVLVMSFIGKDDMPAPLLKNVQLSESKARELYLQVIQYMRRMYQDARLVHADLSEFNMLYHGGGVYIIVSQSVEHDHPHALEFLRKDCANVNDFFMRHSVAVMTVRELFEFVTDPSITHENMDAYLSKAMEIASQRTKEERSSQDHVDEEVFKRAYI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Dominant Rio1 kinase/ATPase catalytic mutant induces trapping of late pre-40S biogenesis factors in 80S-like ribosomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase RIO1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 235
sequence length 268
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2014-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01163 RIO1 RIO1 family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4otpA02
4L46A 4FZ6A 4G3FA 3TN8A 2CGXA 3W32A 4FL2A 3LFBA 2HELA 2ZM1A 5AR8A 2QOLA 3IKAA 4DINA 3UVPA 3GFWA 2PVHA 3HP2A 4J98A 1UWHA 3TNQB 1BUHA 5JK3A 1FOTA 1OL7A 3I0OA 4YJTA 3AXWA 4O0WA 4UMTA 4K6ZA 5CSHA 5JGAA 4BCKA 5M44A 3FPQA 3UVQA 4J7BA 1RW8A 2CJMA 1W0XC 2JKKA 4JX7A 3VUHA 4KNBA 5FP5A 5KBQA 4PNKA 4RJ4A 3POZA 4JQ8A 5J5TA 1G5SA 1FGKA 4IX6A 4I23A 4JT3A 3DB8A 3TCPA 3LCDA 4ANLA 2GNJA 2SRCA 4MQ1A 1OL2A 5KMIA 3KVXA 2YLFA 3MH0A 3K3IA 4Q5EA 3HA8A 2JIIA 4EZ5A 3EWHA 3OUKA 5DT0A 3MDYA 4S34A 2VTHA 1CSNA 1XH9A 5AV2A 5HLWA 4PDOA 3MIAA 3FJQE 2R3LA 3AC3A 2YJSA 5D1JA 1K3AA 2QHMA 3W16A 5TOZA 5EW9A 3MBLA 3N9XA 2QU5A 2X7GA 2C1AA 3GCVA 4LRMA 3MY1A 2R7BA 3IO7A 4BC6A 3LIJA 3SOCA 3AMYA 3UIXA 4YJPA 4DHFA 4CZUA 3ENMA 5BVEA 3V3VA 4D4SA 4QPMA 4F6UA 4R3CA 3KRWA 3GU8A 4X2KA 3UZPA 3F3VA 2RFSA 4IM0A 1DAWA 1VJYA 4O1OA 3UOJA 2WMSA 3MA3A 3EQPA 3BLQA 3QZIA 2XNNA 4EC8A 2W0JA 4MKCA 4ACHA 5AR2A 5BVWA 2GNIA 3AT4A 4X6QC 5EDQA 3H9OA 2R3FA 3CPBA 2R3JA 1X8BA 1WZYA 3G9LX 1PW2A 3R2BA 4MBIA 4RVTA 3Q4ZA 4MBJA 3QUDA 2EB2A 4EI4A 2JKMA 2VAGA 2VZ6A 3F5UA 1R78A 2QKRA 3VVHA 4EH5A 3FC1X 2JBOA 3VUKA 4ZS0A 4L7FA 2FSLX 3RPOA 3AD6A 1XH6A 2Y8OA 5J1WA 3BHTA 4EBVA 1JNKA 5CVFA 2VO6A 4CSVA 5IISA 1URCA 2WTKC 3SRVB 5HE0A 3E93A 1UVRA 5TKDA 3ZEWA 3BHUA 3QC9A 4FK6A 5L8KA 5FRIA 4ASZA 3R1NA 3DLSA 4RIWB 2YAAA 1PKDA 4GT3A 3FMNA 4OTPA 5ETCA 4V04A 4QMQA 2XH5A 4EOQA 3LFAA 2QNJA 4XG4A 2QO2A 5HBJA 2C3JA 3RJCA 3IOPA 3GGFA 3PWDA 4L3JA 4UYAA 3O50A 4TT7A 4RX7A 5DRBA 5CU6A 5EDPA 4UMRA 5L2QA 1YHVA 3S3IA 4BIEA 4C8BA 4C4JA 2W1FA 5KHWA 2I0VA 2HOGA 3A4PA 2R7IA 4IAKA 4M84A 1IG1A 3DNDA 4FSYA 2REIA 5HNIX 2EWAA 5I9ZA 1YHSA 3QD2B 3WI6A 5HZNA 2VX3A 3GEQA 1WVXA 2ITZA 4UMUA 3EQCA 2BDJA 4PDSA 2JKOA 1BMKA 5AWMA 3KF7A 4BF2A 5FXSA 3GOKA 2VV9A 3OXIA 1RJBA 4IH8A 5IG1A 3ZSHA 1WCCA 3IW6A 4UXQA 4RWIA 2UZTA 4TW9A 2PTKA 4RVKA 5M55A 3R8VA 3LOKA 2OI4X 4GMYA 2W96B 3F2AA 4M13A 5I5ZA 4CFFA 5A4LA 4AGUA 3P7CA 3BKBA 3Q3BA 4QP7A 2CKEA 1UU7A 2JAVA 3FMJA 4OGRA 3NCZA 3VJOA 4D4VA 5J5SA 4D0WA 4BTMA 4L45A 3EYHA 3ORZA 3C13A 4YNOA 3U9CA 3ZC6A 4L53A 4CT2A 2Y0AA 2CPKE 3EN7A 5D12A 4D2RA 4JDKA 5KO1A 5ANEA 4FG9A 2UZVA 4M12A 2BZJA 5HLPA 3ORMA 5EOBA 2IZTA 2P55A 4QMYA 4EZ7A 4FKIA 4QOXA 5HNGA 5K5NA 3EL8A 4FKVA 1YWNA 3WE4A 2V22A 3R7YA 2QODA 3DKCA 2GQGA 4Q2AA 3V04A 3GOPA 4MD7E 5E7RA 3EQRA 4QTBA 4YTCA 4UBAA 4BRXA 4GV1A 5HBHA 3V6RA 3COHA 4ZY4A 4N4SA 2PVNA 2XIRA 2OICA 3AC2A 3BQRA 2XKCA 3Q2MA 3QCXA 5HG9A 4BGHA 2X2LA 3UYSA 1UA2A 2XJ2A 3DQXA 3TZ7A 1YKRA 3CKWA 4I20A 1PXOA 4NT4A 4E20A 4FNYA 3I60A 4V0GB 5CSVA 3WYYA 3F66A 5AUXA 4AN3A 2YN8A 3MPMA 4AW1A 1W83A 2W1DA 2F7EE 3UC4A 1SVGA 2W7XA 4IWDA 5BYYA 4C57A 3NNXA 4W4XA 5ANKA 5JFXA 1OM1A 4PP9A 5E91A 4U97A 3GC0A 3HVCA 3MB7A 5CXZA 3VUTA 3CXWA 3OWLA 4KA3A 2I6LA 3VUIA 3Q4UA 4ZSAA 5H2UA 2ACXA 3KXZA 2BRGA 3PXYA 5LARA 5FG8A 3ZYAA 4U3ZA 3AG9A 2YERA 3CGFA 4ZTNA 4AN9A 4E5BA 2C69A 1YDSE 2BRNA 3BWJA 2R0IA 4EOIA 4F64A 4RIOA 3MVLA 3FLSA 4YMJA 3QD4A 1JKSA 4JI9A 4IAFA 4KB8A 5I9UA 5F1ZA 4UWBA 5HO8A 2B9FA 3DFAA 4JR7A 3R8PA 3L9LA 2ETMA 2QOQA 2XIYA 4EK8A 3EQBA 2WIHA 4FICA 4NTSA 1W82A 3AMBA 2ZDTA 4WNOA 4DFYA 4C2WA 2DQ7X 2G9XA 4FV3A 3PP1A 1ZZ2A 3LQ8A 3NUPA 3FMLA 4G2FA 2VTOA 4IWOA 5KZIA 5KE0A 3RHXA 3ZSIA 5EYKA 5GNKA 4IVCA 4M8TA 2XEYA 3UOKA 5ICPA 2BDWA 3MGYA 3JXWA 2QR7A 1TVOA 3ROYA 4WUNA 1TKIA 2JDSA 3BHVA 2GHGA 4FKGA 4R7HA 2E9UA 4APPA 2UZLA 3ORTA 4ZZOA 2WKMA 3GI3A 5HNBA 4D4RA 5E92A 2C3LA 4Y5QA 4BYIA 4EOLA 4ITJA 5IA3A 5A4QA 2OXDA 2R64A 3UO5A 3U51A 2X7FA 1O6LA 5BYZA 1EH4A 4JR3A 4EH4A 2ONLC 4C59A 4JS8A 4RJ8A 3RCDA 3LFDA 3R71A 2WIPA 3OW4A 3V5JA 4JLCA 3OW3A 3P5KA 4KKHA 2GSFA 4JG7A 5KZ0A 4UWCA 4ZLOA 3E3PA 3BELA 4C37A 2R0UA 5AAFA 4EHEA 1J91A 3BRBA 4JOAA 4P2KA 2PE1A 2PMIA 3CQUA 4DTKA 2Y9QA 5EHYA 3WARA 2HZNA 3RMFA 2YAKA 4YPSA 3FC2A 5ACKA 3UNZA 1XH8A 2WOUA 3VBQA 2VNYA 2E9VA 5DH3A 5DEYA 5DWRA 2IW8A 4ANQA 4RGJA 5AEPA 3HMNA 2QLUA 5C8NA 4K0YA 4RX8A 5IA2A 4USDA 5AV1A 4AN2A 2WQNA 5JSMA 4DN5A 5KKRC 4I6QA 4MEDA 2RSVA 1M52A 4OTRA 5A3XA 5I9XA 3KN5A 3QTWA 4GK2A 4KBAA 3QRUA 4GW8A 5DI1A 3CGOA 4GYIA 3C4WA 3VF8A 4USEA 1ZY5A 5AR5A 1WMKA 3ITZA 5BMMA 4D1XA 4NEUA 4CZTA 4G3DA 1P4OA 3R9NA 4HNIA 5JRQA 1JKLA 3CQWA 2W05A 2J0LA 2J0KA 4U79A 3UP2A 1Q3WA 1H8FA 5HE3A 2QOCA 2FA2A 5JT2A 4ZSLA 3IG7A 5CU2A 4C7TA 4K2RA 3E8CA 2XUUA 4WA9A 4LGHA 3UTOA 3MB6A 1BX6A 4E6AA 4CVAA 4AW0A 2CN8A 3E7OA 3V5PA 1CKPA 4AACA 3MYGA 2X81A 4FZFB 3B8RA 1WFCA 3DBQA 4ZIMA 4BTJA 3NCGA 3UC3A 4IDTA 2GS6A 2PMOX 1WBOA 2WXVA 2ZMCA 3BGQA 4FKJA 4M3QA 4BZOA 3ALNA 4YLJA 4DGGA 4OBPA 3SW4A 4AZFA 3DKGA 5HVKA 5JQ8A 3HV5A 5FXQA 5A54A 3QQGA 1SVHA 3PXZA 3JVSA 2C6OA 1L3RE 2WMAA 4BDEA 1LPUA 5HE2A 4ZK5A 3S1HA 2Z7SA 1UV5A 2PE2A 4MXOA 2UUEA 2HXQA 2G01A 3DQWA 2B9IA 4DFLA 3JYAA 2ERKA 2ZVAA 3LFCA 4XYFA 4ID7A 2XJ0A 4P90A 3P7BA 4FEQA 3RAWA 3G5DA 2YJRA 1YI4A 2WMBA 3NNWA 2XS0A 3R00A 3TNWA 1F3MC 4O2PA 4XNEA 1W84A 3D5XA 4D55A 4E4LA 3O7LB 2B9JA 5L6OA 2OH0E 2NPQA 2C6EA 2C6KA 5C03A 4NM5A 2VTPA 3IGOA 3CLYA 3MWUA 4CNHA 2BDFA 2VUWA 3K3JA 4A9SA 4EHZA 4QMNA 2OGVA 4LQMA 3FZSA 3S00A 4IW0A 3CP9A 4XG9A 2W99B 3PUPA 4AZVA 1Y57A 4QP6A 3ZU7A 4F1TA 4I3ZA 4AF3A 4FC0A 3FXWA 4JAIA 3LFSA 4CLIA 2B9HA 3S95A 3V8WA 2YIWA 5DN3A 3R7EA 1H28A 3HUCA 4R3PA 5D7VA 4E6CA 3ODZX 3EFWA 3KY2A 4HNFA 4WHZA 5AM7A 1S9IA 2ZV9A 2J5FA 3C51A 2R3KA 3UQGA 5EDRA 4J1RA 3RALA 3RZFA 4S33A 2UVXA 2UZWE 3UNJA 1SNXA 3QUEA 5IMEA 2JDOA 3MN3A 4OTQA 4H3PA 2XK9A 3QA8A 4KRDA 4U44A 3TG1A 3V5QA 2ITOA 4WG5A 4C02A 1W8CA 5DNRA 2BZIB 3FWQA 2ZMDA 4QP1A 4QYFA 4ANMA 2FB8A 2ZB0A 4D9TA 4XG8A 2Z2WA 3VS3A 4S31A 3MI9A 1Q24A 3EH9A 4QMTA 3KULA 4IAZA 3KXGA 5AP2A 2O65A 3QXOA 4I22A 4QYGA 5E1SA 3ZUTA 3OTVA 4PL5A 2R4BA 4IC7A 4TNDA 1O9UA 2NRUA 3AMAA 2YIQA 4LYNA 3PXQA 2IWIA 3FMMA 1OGUA 1ZXEA 4GIIA 2UW4A 4O91A 4BCQA 4E7WA 2DWBA 4EQMA 4NM3A 3R7VA 4IJPA 1H08A 2JGZA 2G2FA 3Q5ZA 4YR8A 2Y4PA 2XA4A 4BKZA 5BUIA 3R01A 4BI1A 4LOPA 5F9EA 5DE2A 3LXNA 4G9CA 3WF9A 5BVDA 3E63A 3VS2A 4EHVA 4F7JA 2WEIA 5HO7A 1OMWA 4DEBA 1JSVA 4N0SA 3DTWA 3PLSA 2V7AA 2NP8A 3GFEA 3QKKA 4GRBA 1UNLA 4G34A 2UZBA 2WU6A 4YZBA 1Z5MA 2EVAA 3AC8A 3OUNB 5DVRA 3ROCA 4K77A 3R73A 4IVBA 2A4LA 5K3YA 3ZM4A 3MIYA 1ZWSA 2GNFA 3QL8A 1XKKA 1ZOEA 2HWPA 3DBFA 5ACBC 2QOHA 3CR0A 3PVGA 5CAUA 2YM3A 5AIKA 2Q0NA 4I1ZA 3SHEA 4NKSA 1GIIA 1GNGA 4G5PA 2R3PA 3R9DA 1JBPE 2QG5A 5LVMA 3S2PA 3WF8A 3OCTA 3E8EA 4RG0A 1FINA 1PXMA 4YSMA 5C1QB 4M0YA 4YJOA 5AAGA 5J9ZA 3FZRA 1OL6A 2UZOA 3AC5A 4LG4A 3E8NA 5AP7A 4E5WA 5G6VA 3ZH8A 4HVDA 4NKAA 3D7TA 1HOWA 4FT7A 4J71A 4BDBA 1H01A 4D58A 4CLJA 2OJ9A 3UMWA 3WZJA 3ZBFA 4YO4A 3M11A 4PL3A 4C33A 3OXZA 3BYUA 3VS5A 4YHJA 2HY0A 2CHLA 3EB0A 1RQQA 3ORXA 4RSSA 4OTHA 4DLJA 2V7OA 4X21A 4OTGA 4UMQA 4AT5A 4ASDA 2BTRA 1IRKA 3DK6A 4D2PA 4EOPA 3IPHA 2CLXA 4XMOA 2QU6A 2YEXA 3KU2A 4S2ZA 1KWPA 4WRSA 3KMWA 2OFVA 3F3WA 4EQCA 2RF9A 2X0GA 3IDPA 5D10A 4GH2A 4CQEA 3QLFA 4EZ3A 3PIXA 2J5EA 4CCBA 4IB0A 4GK3A 2PVLA 4OT6A 4WOVA 4UEUA 2OFUA 4EUTA 1NVRA 4GJ2A 2J51A 5CQUA 3FSKA 2OG8A 3O17A 5AP5A 5ETAA 2WMXA 4CYJA 2V0DA 3TKHA 4I5MA 1E1VA 5BVOA 2VO7A 4U5JA 1OUKA 2OW3A 3ACKA 3FKNA 3SC1A 4F9AA 2HW7A 3VIDA 4BWKA 2YM6A 2JFMA 5JRSA 2P2IA 3ZFXA 3E7VA 4X3FB 2I0YA 2C5NA 4YZDA 4X3JA 2X39A 2GNLA 4CRLA 3MPTA 4YHFA 4JBVA 3UDBA 5E8ZA 1DAYA 3PE2A 3LZBA 5H8BA 3NSZA 1CTPE 4ZZNA 5IUGA 3UQCA 3C50A 3IW7A 3RPSA 4CRSA 5LOHA 4D5HA 3PY1A 2O63A 2HENA 5F95A 4BYJA 3JVRA 5EKNA 4AFJA 2ZV7A 3FMHA 4YZMA 3SXSA 4E8AA 4XCUA 4MX9A 5IEVA 4FV4A 1XBAA 3DAJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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