5AR7 | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	305
structure length	278
Chain Sequence	ICSALPTIPYHKLADLRYLSRGASGTVSSARHADWRVQVAVKHLHLDSERKDVLREAEILHKARFSYILPILGICNEPEFLGIVTEYMPNGSLNELLHRKTEYPDVAWPLRFRILHEIALGVNYLHNMTPPLLHHDLKTQNILLDNEFHVKIADFGLSKWRMTIIYMPPENYEASIKHDIYSYAVITWEVLSRKQPFEDVTNPLQIMYSVSQGHRPVINEESLPYDIPHRARMISLIESGWAQNPDERPSFLKCLIELEPVLRTFEEITFLEAVIQLK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1370415301552455__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1370415301552455__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5AR7/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1370415301552455__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1370415301552455","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5AR7/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1370415301552455__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structures of Human Rip2 Kinase Catalytic Domain Complexed with ATP-Competitive Inhibitors: Foundations for Understanding Inhibitor Selectivity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	RECEPTOR-INTERACTING SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 2
total genus	86
structure length	278
sequence length	305
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date	2015-09-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07714	Pkinase_Tyr	Protein tyrosine kinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	5ar7A00

4N6ZA 1YOMA 4FKVA 5EM5A 1M52A 2BAJA 4M3QA 4Q9SA 2YCFA 3GI3A 4E26A 2E9OA 4H58A 4QMTA 3UBDA 4JBPA 4CRLA 2XBAA 3WARA 5A6NA 1KSWA 3IW8A 3LM5A 3GU6A 3VO3A 4FTRA 3WI6A 3VVHA 5CSPA 4D1ZA 5L2TA 2BAKA 2YWPA 4O0TA 4XX9A 2ITWA 4FT9A 5GZAA 4TXCA 1OL2A 4HGLA 5H8BA 3E93A 1P2AA 5JQ5A 1WBSA 4LMNA 5JGBA 3Q9YA 2QODA 3EQHA 2OIQA 2ZVAA 3FKNA 4FTQA 4FV8A 3DLZA 4EOIA 2VWUA 3BU3A 3PVUA 4U9AA 4XNEA 3DCVA 3FMMA 4U3YA 5H3QA 3QKMA 5E91A 2J51A 2CGXA 3RAKA 5J9ZA 3POZA 4KS7A 1U54B 4L01A 4OGRA 5E8YA 4CKJA 1PKGA 4HYHA 4XEYA 2GDOA 4NEUA 2UW6A 2WIHA 5HICA 5HU9A 2B54A 3U6JA 3MIYA 1BLXA 4UY9A 5HLPA 2QG5A 2XNMA 4J8MA 3DA6A 3BI6A 2UVZA 4CVAA 3K2LA 3OWLA 4C2VA 4EC9A 3G0FA 4RX7A 4O0YA 1YOJA 4FV1A 4PPBA 4YZMA 5HX8A 2QHMA 1KOBA 5AMNA 4BDBA 3R73A 4BFMA 3FMJA 2QD9A 3I6UA 5CALA 1Q8TA 2WGJA 2C0OA 3RPRA 4YURA 1PHKA 4QMPA 3DTCA 4IJ9A 2C0IA 2BFYA 4HJOA 4YC6A 5LCJA 2OO8X 5HNBA 4BDIA 4HCUA 3PA5A 4RZWA 2OBJA 2XKFA 4QMUA 3ZMMA 3RGFA 2JDTA 3OC1A 2JKOA 2YDIA 1Q41A 4FSRA 4W9WA 4ZSLA 4BKYA 3HA6A 5EDQA 4H1MA 3S3IA 4F9AA 1UNGA 4H3BA 3DK7A 3ENHA 5CNNA 2C3KA 1UVRA 3FLQA 3GVUA 2X2KA 3IO7A 1P4OA 2W05A 4JAJA 1OKYA 2W5HA 4XG3A 3D14A 3GP0A 3ROYA 4DGNA 5E7RA 4EH2A 3LXLA 3G9NA 3OCTA 4C38A 4EKKA 2X7OA 3ZSIA 4H36A 3DK6A 2PVMA 4BCQA 3QRJA 5CI6A 2QKWB 2W0JA 1FOTA 4MYGA 4UYAA 4D58A 3ZLXA 3F3TA 2G01A 2XKEA 3Q6UA 4ZLOA 3MWUA 5F4NA 4YC3A 3TV7A 3BV2A 5CF4A 4KWPA 3ZUTA 3UOKA 4GT3A 3AD6A 4HPUE 3KRXA 3PIZA 1HOWA 2QQ7A 3EIDA 5EK7A 4EONA 3PJ2A 4K77A 3HP2A 1OL6A 4FEQA 2BUJA 3FI3A 4GK2A 4M97A 4ZTNA 4F1OA 3E3PA 1PXJA 4UXLA 1E1VA 2XK8A 4EYMA 5ETIA 4JAIA 4JG7A 5CY3A 4OTRA 1F0QA 4CFXA 4XRJA 5FTOA 4BI0A 1Q24A 4IH8A 3W18A 3SOCA 5LMBA 3NUXA 3V5QA 3R63A 2Z7SA 3C5UA 3SDJA 4FYNA 3BYVA 4Y72A 4WIHA 4YTCA 3PPZA 2X9EA 4U44A 3F88A 5KKRC 4OTPA 3FZ1A 4GV1A 3BYUA 4KINA 3QA8A 5DHJA 3VS0A 2OKRA 4G6NA 5ANEA 1FPUA 4TWOA 4BB4A 4IADA 3TZ7A 4JRNA 1TQMA 5AA8A 4QTCA 4KIOA 4P5ZA 4X0MA 3MW1A 4ANLA 4EK3A 5I9WA 3QTRA 3BWFA 2W9ZB 2O8YA 5CZIA 2YCRA 4O0RA 4UALA 4FG8A 3LCTA 4MEDA 1DM2A 4AW2A 1CSNA 3C4FA 3DS6A 3EQIA 4Z3VA 3E8DA 3EJ1A 4M68A 2WQOA 5FEDA 2J0KA 5AV2A 2HXLA 3GEQA 3E64A 4IAZA 2OW3A 1KE8A 1OL1A 3JXWA 5CAOA 4HW7A 3ZO2A 3R7IA 4OTGA 4GCJA 4ONAA 4PNKA 4AACA 4CXAA 5I9VA 1Q3DA 2H8HA 4IAFA 4QYHA 4D2PA 4GH2A 4C4HA 3UZPA 1PMVA 4BZNA 3OTVA 5K4JA 1OIQA 5HE1A 2X0GA 3VS7A 2VX3A 3BEGA 4NH1A 2ITQA 2VTSA 3PUPA 2YIYA 4FV5A 5KHXA 4TYHB 1Q4LA 1R3CA 2GTNA 2J0LA 3UQCA 2V7OA 3QFVA 2YHVA 1AGWA 3LCOA 4NT4A 3TV4A 4DH5A 2QR8A 4M69B 2W99B 4ZAUA 3V3VA 2FSTX 3U6IA 2EXEA 2RFDA 3ZDIA 3F5UA 4QOXA 5DR2A 3C0HA 3O7LB 3PPJA 3WZDA 1LR4A 1OZ1A 4MWHA 3TI1A 5IH6A 2JKKA 4EOMA 2O63A 4AN2A 3NYOA 3G51A 4I4EA 3WF7A 4XV3A 2PVKA 2X8IA 3SKCA 2WQMA 4EK8A 2XKCA 4FR4A 3DT1A 5BVOA 1PXOA 4IJPA 3A2CA 3G9LX 5EH0A 3EKKA 2F7ZE 3LCKA 4HVIA 2YDKA 2B9JA 4DGGA 3NUYA 3D7TB 4YJRA 3C4EA 1OM1A 4RIXA 3QX2A 3R9HA 3TV6A 3WIGA 5CF5A 3R1SA 1UKHA 3HEGA 5IH4A 2VO0A 5D41A 3RKBA 4GEOA 3W33A 4KS8A 3EH9A 4MXXA 2PMIA 1SVGA 4RIYA 2VGPA 4NJ3A 3VBYA 4WOVA 2QU5A 4D4RA 4EEVA 5JFVA 3G6GA 4M15A 3FSFA 2PMNX 4RC4A 3QGWA 1XH5A 4RWIA 4BTKA 3OROA 3QTZA 4QMLA 2XVDA 2LAVA 3FZPA 1JAMA 3PSBA 4BDAA 3OZ6A 4OAUC 4I0TA 5CAVA 2PVHA 3V5WA 1ZY4A 3UQFA 3C4WA 3V04A 4BDGA 4EBWA 2ERKA 3O96A 4MX9A 5AIKA 2CCHA 4U80A 5A4EA 4BDFA 2VWYA 4BIEA 4PWNA 4A4LA 4BYIA 5CTPA 3ODZX 3TJDA 3TKUA 4XOZA 4AGUA 3HV7A 5TO8A 1KE5A 1MRYA 4IFCA 4DH7A 1IA8A 4BCHA 4RLLA 4I6BA 4R1YA 1I44A 4BCKA 5HCYA 3PXQA 2JKMA 2YJSA 5CSHA 2YABA 4F9BA 1U5QA 2B9HA 2XRUA 5HGIA 4GJ2A 4Z7HA 2C4GA 2OFVA 4FV3A 3KGAA 4WNPA 3O50A 5TR6A 3HMMA 4FMQA 4RJ4A 4MAOA 2JKQA 5HU3A 4U81A 1YXXA 3Q5ZA 2IW6A 1SNXA 4JG6A 5F9EA 3ZEWA 1Z9XA 5IA4A 3T8OA 1K2PA 2CKEA 1OMWA 4DHFA 3QYZA 3BHTA 1PMEA 1UKIA 4PTEA 4TYGA 1UWJA 4HZSA 4RX8A 5BMMA 4LV5A 3VS2A 3WYXA 3DFAA 4EH5A 3TT0A 4QP8A 2DS1A 2OJIA 2X9FA 2E2BA 2ITPA 3A7IA 4J52A 2B9FA 4WA9A 3ZTXA 2XK7A 5GJFA 4Q9ZA 2C0TA 2F2UA 1V0PA 3CP9A 4V01A 2WMBA 4GL9A 1LEWA 1REJA 1SMHA 2OJJA 3BU5A 4W4YA 3QCXA 5DEWA 2R3OA 1KOAA 4M12A 5T68A 4G9CA 3TZ9A 4F09A 4RGJA 3DBFA 3C50A 1OITA 2OXXA 4UMTA 2Z2WA 4CMTA 4GFOA 4UZHA 4ASZA 4MNFA 4K11A 1OKZA 4QP7A 4FZAB 3ZOSA 1YXTA 1UA2A 3LIJA 5FTQA 1E1XA 3QUPA 3I5NA 3R2YA 4FKIA 4DGLC 4EBVA 2G1TA 2YERA 5BMSA 4EUUA 2I0YA 1BI8A 3W2SA 2IVVA 4OT6A 5CASA 3IOKA 3ORMA 3Q52A 3FLZA 3Q9XA 4BWKA 1QPEA 5E8WA 3HV3A 3D7ZA 3FJQE 4E5AX 4S30A 4YP8A 3ZBFA 1QMZA 4F7SA 2NP8A 3Q96A 3G2FA 4GVAA 4YLKA 3RJCA 4JX7A 4F08A 2BDFA 4FC0A 2VTNA 1X8BA 3QTQA 4L44A 2VWWA 2RFEA 4FSYA 2QOBA 2ZDTA 3HNGA 1G5SA 4C4JA 4FTOA 5CF6A 4UV0A 3MA6A 2WIPA 3DGKA 3ALOA 1Q8UA 3NRMA 1B39A 4FF8A 4EK4A 3AMBA 3QRIA 1H07A 3SQQA 3CE3A 3AC1A 2P2HA 4WUAA 3KY2A 4AA4A 5I9YA 1BX6A 2OJ9A 3F5PA 5GJDA 4XH6A 3ZONA 2WEVA 4X6RA 3UE4A 2BHEA 3OF0A 1B6CB 3GENA 3KXNA 3P1AA 4U45A 1Y91A 3A4OX 5ANIA 1B38A 1ERKA 5TKDA 2R3JA 3FMKA 5IDPA 5KHWA 2CLQA 3LFEA 1XH4A 4IC7A 4YSMA 3BWJA 3FMHA 3ORLA 3DU8A 4APPA 5KMMA 3NNUA 4LRJA 1OL7A 3E88A 4X7QA 3IS5A 2W1IA 4S2ZA 3NYNA 3DJ5A 4UX9A 1P14A 3ACKA 3F66A 3HUCA 4RFYA 4XYFA 2BKZA 4H1JA 5FXQA 3LJ1A 4C62A 3V6SA 3P0MA 4AW0A 5CQUA 1V0OA 2RG6A 2OJFE 3HRCA 4FTKA 5AR4A 3L9PA 1KWPA 5HLNA 4RIWB 1Q8WA 2ITYA 3RCJA 4XG2A 4KA3A 2VRXA 2Y0AA 4XP2A 4O38A 4CT1A 4AFJA 2Y8OA 3DJ6A 5HG9A 1WVYA 2BAQA 3F82A 4YGAA 4TZRA 5EFQA 3CIKA 2O2UA 5FG8A 4E6CA 2R3IA 3JY9A 2C6IA 2EB2A 3ITZA 3QKLA 1XBCA 1H01A 3CJGA 4LRMA 2ITOA 4ALWA 3AC5A 1FMOE 3S00A 3QZGA 5B2LA 3NUPA 2X6DA 5T3QA 2GMXA 4N0SA 4PDOA 2W1DA 3K5UA 3RM6A 3R7OA 4FG9A 4IB1A 2QVSE 3I7BA 2J5EA 1DS5A 4GFMA 3MIAA 2J7TA 3O51A 1GOLA 5BVKA 1H26A 2C47A 2VNWA 3D9VA 3OCGA 5A4QA 4GVJA 4M67A 2WMXA 3R02A 4EH3A 2WU6A 2X2LA 1W0XC 4WRGA 4RG0A 4GW8A 3R28A 3OW3A 5HCXA 4XG4A 3NLBA 2BZHB 4MH7A 4QYEA 3BHVA 4NJDA 4A9SA 1OUKA 4R7IA 4YJPA 2OZOA 5EDRA 1YDSE 4E73A 5JFXA 1ZARA 4RFZA 5G6VA 1U5RA 2VO3A 5B2KA 1VR2A 2QOCA 3R7YA 5CEIA 1UU3A 5HHWA 2E9UA 4KSPA 2BVAA 3KULA 4C34A 2VX1A 5LVLA 2ZAZA 3SRVB 1JSVA 3IK3A 4NFMA 3BV3A 3R2BA 2ZV8A 3Q4TA 3ALNA 1FINA 3F9NA 4PPAA 2IW9A 3TXOA 3FE3A 2V0DA 3II5A 5IEYA 4C8BA 3NZ0A 3OVVA 3BGZA 4CQEA 3GCSA 2RSVA 2CSNA 5ETAA 2H6DA 4XMOA 3T3VA 3UO5A 3ORKA 3WF8A 4BTJA 3BCEA 4UEUA 2WB8A 5D11A 3LM0A 3PE1A 3CKXA 4D2TA 4F1MA 3R01A 4HYUA 4GUBA 2IWIA 1YWVA 2FUMA 3EN4A 5HO7A 5DWRA 1IR3A 1YOLA 5AR3A 4FUYA 4IBMA 2BRMA 1R78A 2PVJA 4KD1A 4JNWA 3HZTA 3OFMA 3FAAA 2WTDA 5DH3A 4MD8E 2G2HA 4EH6A 3OWJA 4BZDA 2WMVA 5LQFA 4U40A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2HY8 1;  3FHR A;  3PSC A;  2UZT A;  3MTL A;  3PXR A;  3VF9 A;  3ION A;  3U9C A;  2WMQ A;  3RM7 A;  5DN3 A;  4CV8 A;  4D28 A;  4R1V A;  4EH9 A;  5KBR A;  3I79 A;  4BI1 A;  3C51 A;  3FHI A;  3FME A;  5BUE A;  4NIF A;  4EOO A;  2OGV A;  1H1W A;  1VYZ A;  3VS3 A;  1BI7 A;  1OVE A;  3DZO A;  1JPA A;  2HEN A;  3IG7 A;  3ORP A;  3Q9Z A;  4BWP A;  5HE3 A;  3B8Q A;  2XIZ A;  3HV4 A;  5CLP A;  4AF3 A;  3LFB A;  2CLX A;  5JMS A;  5L4Q A;  3HV6 A;  2GHL A;  1GII A;  4KRC A;  3ZFM A;  4ZZN A;  4RIO A;  4IM2 A;  3GB2 A;  2PZR A;  3R00 A;  4G3F A;  5ACB C;  3M11 A;  4CTB A;  2UW3 A;  4PTC A;  3BYM A;  3OW4 A;  5AM6 A;  1OKV A;  2GNG A;  2R4B A;  3C13 A;  4L46 A;  3R9O A;  5FD2 A;  3WZK A;  2JDV A;  1APM E;  4L6Q A;  3CY3 A;  2F7X E;  3RAH A;  3ZSG A;  5DPV A;  4FIE A;  5EHY A;  1STC E;  3FQE A;  2GFS A;  3ET7 A;  4YR8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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5AR7A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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