5L4Q | Genus

Total Genus 81

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	303
structure length	293
Chain Sequence	GYIGRVFGIGRQQVTVDEVLAEGGFAIVFLVRTSNGMKCALKRMFVNNEHDLQVCKREIQIMRDLSGHKNIVGYIDSSINNVSSGDVWEVLILMDFCRGGQVVNLMNQRLQTGFTENEVLQIFCDTCEAVARLHQCKTPIIHRDLKVENILLHDRGHYVLCDFGSATNKFQNPQTEGVNAVEDEIKKYTTLSYRAPEMVNLYSGKIITTKADIWALGCLLYKLCYFTLPFNFTIPDNSRYSQDMHCLIRYMLEPDPDKRPDIYQVSYFSFKLLKKECPIPNVQNSPIPAKLPE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__734971536859894__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__734971536859894__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5L4Q/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__734971536859894__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"734971536859894","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5L4Q/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__734971536859894__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure of Adaptor Protein 2 Associated Kinase 1 (AAK1) in Complex with LKB1 (AAK1 Dual Inhibitor) rcsb
molecule keywords	AP2-associated protein kinase 1
total genus	81
structure length	293
sequence length	303
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2016-05-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	5l4qA00

2R5TA 1YDRE 2PHKA 3QZGA 3GQLA 3CC6A 4J98A 4R3RA 2HZIA 1AQ1A 4EBWA 4BWKA 4A07A 3R1YA 5F94A 1JVPP 3FBVA 3PJ3A 5E7RA 5J95A 1BI8A 1KV1A 4LGHA 3OUKA 4R5SA 3W33A 3PZEA 3C4XA 3U9CA 3OMVA 4L3LA 3UG1A 5KBQA 2R7IA 2X39A 3VS4A 4OT5A 4WSYA 3R71A 3S1HA 3BBWA 5EW9A 5CI7A 4FTUA 3G9NA 5LARA 3E8CA 1B6CB 5LWNA 5J1VA 4AP7A 1KE6A 4MYGA 4TWOA 4FKWA 3REPA 4RWIA 2GS2A 3VW8A 3FHRA 3C0GA 3KN5A 5EOBA 1W7HA 4JJRA 3ZLSA 3TL8A 3JVSA 4B8LA 5CNNA 2IO6A 5I9VA 1V1KA 3GGFA 3ELJA 3UGCA 3O7LB 4FX3A 2GTMA 4F65A 3DOGA 2O5KA 3R1NA 4GG5A 4AZTA 5BVDA 3F3UA 4JG6A 2BIYA 4Y46A 2F4JA 3PY0A 4X3FA 5I9YA 3P79A 3TZMA 4KBAA 4ZTNA 4BGHA 3KY2A 1SZMA 5HICA 4F08A 3TV7A 4JBPA 3R7GA 2ITVA 5E8TA 3QALE 3BHHA 4G31A 3TZ9A 5AR3A 4E3CA 2ZM4A 1R0PA 5HBJA 2PVHA 4GFMA 2YITA 3L8XA 4ZAUA 1R0EA 3NYNA 2LAVA 4YHJA 2HXLA 4HGEA 3DQWA 3WZJA 3H9OA 4FNZA 4JDHA 3VO3A 4NM3A 4QYGA 2R3FA 4ZTMA 3BYMA 1B39A 5EI2A 3LFAA 2HAKA 3BGZA 3R7EA 1ZOHA 2I1MA 1Q97A 4U3YA 4E93A 3RGFA 4ONAA 5IA3A 3MPMA 1PHKA 5M51A 2OJIA 3OXTA 4FZDB 3SX9A 4PF4A 4D5HA 4FL3A 4H1MA 1JNKA 4KNBA 1Q4LA 4XNEA 4FKIA 2VO7A 5M4CA 4MNFA 4D28A 4QMXA 2BRHA 3SHEA 1PXJA 3MTFA 4D2SA 2VTLA 4NK9A 1J1CA 4E73A 5BVWA 2ITQA 3UO5A 4LOPA 5EW8A 2QNJA 3G33A 3R8MA 3WF6A 5JFWA 4TYGA 4NM0A 4ANMA 3Q6UA 1RJBA 5EYCA 4U44A 4D4RA 4OGRA 4LM5A 3KRRA 3AMYA 2VD5A 4OTDA 5E1EA 1CMKE 3ROCA 4O6EA 4FG8A 4O27B 4WNKA 1W83A 4KIPA 4MBIA 3VBVA 4MBJA 2A1AB 3LFFA 3NAYA 4X2GA 1CKJA 2B9HA 3FZRA 5AV3A 3EZRA 4QP7A 4CQEA 2A27A 1TQMA 2YM8A 5A14A 3UYTA 1JAMA 1TVOA 4DFNA 3R8VA 1PKDA 1KOAA 4QYYA 3EFKA 3FJQE 1XBBA 3GOPA 4HGLA 4W4VA 5JRQA 2W1EA 5KMNA 3VJNA 1FGKA 3EQIA 4GVAA 3D4QA 3GFWA 4U3ZA 2R4BA 4BDIA 5BNJA 3FLWA 3DJ6A 3QYWA 2C1AA 3RCJA 4P7EA 1BMKA 1O6YA 3EN7A 3FZPA 3Q04A 4DEDA 4CMOA 2GS7A 5HG7A 3WE4A 5HZNA 3DBEA 2FO0A 3DNDA 4C58A 3Q4TA 4FSUA 4WNPA 3LLTA 2RKUA 5HOAA 3LZBA 4UV0A 3R63A 4FV9A 1ZY5A 4RC2A 2XRUA 3EKNA 4RIXB 2NO3A 2UZDA 3OT3A 5HKMA 4J95A 3AC4A 4O91A 4WHZA 4FTIA 4IWDA 4O2PA 4FNWA 2WTIA 2W1CA 4L9IA 4U79A 4DEHA 4U5JA 5K3YA 4C7TA 1H08A 3D7TB 3HECA 4F09A 1Q99A 4I94A 2R2PA 4JS8A 3UODA 2UW9A 3DFCB 3VS0A 2VX0A 4FKSA 4X6QC 1GIJA 3E8EA 3BQCA 3FUPA 4PPBA 4QMSA 2ITXA 5L6WL 4GUEA 2WGJA 5FXSA 2PMLX 4QP8A 5KX8A 2XJ2A 5J7HA 2IW6A 3A60A 4RFZA 4U41A 5BUEA 1V0PA 4BB4A 4IX4A 2CPKE 2HZ0A 3K54A 1U59A 4QMVA 3BKBA 3OXZA 1Q24A 3IQ7A 4PTEA 4YPSA 1M52A 5LMKC 4A9YA 3NNXA 5CXHA 3PJ1A 5AP7A 1UNHA 5HNIX 1ATPE 3OD6X 5LWMA 2QD9A 2CN5A 3VC4A 3CQUA 3R9HA 2OJJA 4FK3A 5GJDA 4LYNA 4ZXTA 4AZSA 5E90A 3KXGA 3W16A 4RZWA 3EWHA 4MD7E 4YJNA 2J90A 4FTLA 5DRDA 4IAFA 4IM2A 3TUBA 5CSVA 2XIXA 2YA9A 3QCSA 1YQJA 4IAZA 4MAOA 1PKGA 4HCVA 4FL1A 4AFJA 2XCHA 4NKAA 4HYHA 3VW6A 4D4VA 4XV9A 2C6EA 3ZO3A 2Z7RA 2XNPA 2VX3A 4RJ6A 4E6CA 3QBNA 2YDJA 5EK7A 4G2FA 5GJFA 2BKZA 3A61A 2ZOQA 4CFVA 2YN8A 4RZVA 2CCIA 3GU4A 2JDVA 4I6FA 3QA8A 2XF0A 1FVTA 4M97A 2DQ7X 3F5UA 3HDNA 4AS0A 3OW4A 5JKGA 2P0CA 1Q41A 3KVWA 3Q3BA 5DBXA 3ZC5A 3ZEPA 4UYAA 3MIYA 4XOYA 2WHBA 3NIZA 4FKRA 3FI4A 2OF4A 2PVNA 4U40A 3QLFA 3LFBA 3DKFA 1OZ1A 2XP2A 5HBHA 4BBMA 4CMTA 4U45A 1O6LA 3RVGA 4QYEA 4DEEA 3LOKA 4D1SA 2RG6A 3ZUVA 5AP6A 4GU6A 2B53A 3QXPA 4QTAA 4YNEA 5AR5A 3EN6A 5I9ZA 5J9LA 3WF9A 1STCE 3POZA 2QOIA 5JFVA 3BGPA 3CCNA 3FSKA 3GC0A 3UVQA 3EN4A 4CTCA 2UZBA 3MJ1A 4Y8DA 4FKOA 5JT2A 5AIRA 2EUFB 2FYSA 3MY5A 4C3PA 1Q8ZA 3QHWA 2QODA 2OXXA 2G01A 4FMQA 4F0IA 3HMOA 4OR5A 1KOBA 5CSXA 1YDSE 2XK6A 3RM6A 3MVLA 4C4JA 2Y8OA 4PNIA 5LJJA 2UZWE 3R21A 4O0XA 4I0SA 4ARKA 2R3PA 2WB8A 4P2KA 3QYZA 3VHEA 4GK2A 2W4KA 3T9IA 2OICA 4RIWB 2IW8A 5IEVA 3ZS5A 4F9BA 2YIYA 3DK6A 4G3EA 2B54A 4C59A 4OAVB 1TQIA 3HV7A 3D0EA 4JOAA 1NXKA 3KA0A 4M69B 4ACMA 3P08A 1M17A 1DI9A 1Y8YA 4BCQA 2AUHA 4PTGA 2IWIA 2WQBA 5CTPA 2C47A 3DNEA 4UWBA 4FTOA 3FHIA 3QWKA 2V0DA 3QXOA 2VTMA 4UWCA 4RRVA 3MVMA 2F2UA 4YTIA 5DT3A 2IVVA 2O0UA 3BHYA 4JAIA 2ITZA 4U0IA 2JITA 4OAUC 5KZ0A 3FZSA 5I9UA 4R1YA 5CASA 3TKIA 4AT5A 3WF8A 4CYIA 1H1RA 4LMNA 4E20A 3OCGA 4C4FA 4YZBA 4LL0A 3VHKA 5BVOA 4H3QA 4I5HA 2X9FA 4CZTA 3NRMA 4F9YA 4ID7A 3PA4A 4C2VA 4QTDA 4B6LA 2ZV7A 4IBMA 3MH3A 3LAUA 4YUQA 4KSQA 2J51A 1GZOA 3K3JA 1CTPE 2HOGA 2YIRA 5ANDA 5J5TA 3JY0A 4IB1A 4TYHB 4FNYA 1URCA 4YJRA 2UZVA 3ZC6A 2BRBA 2C5OA 4CEGA 3B2TA 3UPZA 4CKRA 3KXHA 3L9LA 2HWPA 2ZV2A 3AC1A 4RC4A 4DGNA 5KBRA 1WBPA 1KE7A 3GU8A 2R64A 2XYUA 3PA5A 4AW2A 4XEYA 3I60A 4BL1A 5KHXA 4CTBA 5J87A 3QCXA 2FA2A 2VZ6A 4IX3A 4WO5A 5F20A 5CEOA 5GHVA 3W2CA 5CU2A 4PWNA 3QFVA 2ZDUA 3KULB 2PZIA 3BEGA 3K3IA 2OG8A 2C5NA 4N4SA 2FGIA 4FKPA 3KCKA 3PVWA 2RL5A 2Y6OA 4IZ7A 3KN6A 4Y73A 5E8XA 5DR9A 4DBNA 4JT3A 2WELA 2R0UA 4JBVA 5IEXA 1Z5MA 3G51A 3PXYA 2Z7SA 1Q8UA 5F1ZA 5IKWA 4MKCA 1PMUA 4M84A 4RC3A 1T45A 4YPDA 4KD1A 4BDHA 4BYIA 3COHA 4DTKA 3Q4UA 4CFWA 4IM3A 1OL1A 2GHGA 5M44A 2VUWA 5H3QA 3G0FA 2J50A 5GZAA 3DB6A 3UZTA 5IUIA 3D2IA 3NIEA 2PVJA 3TACA 4C37A 2ITNA 3FSFA 4BKZA 2BRMA 2I0YA 4ZSEA 4NW6A 3TG1A 3OOMA 3D2KA 3F69A 5I9XA 3GEQA 5ANIA 4D58A 3ZFYA 3FI3A 2B55A 3NCGA 1M7NA 2YM4A 4EZ5A 3H10A 4YZDA 5EHOA 3BX5A 5EI8A 4BDDA 1P4OA 2HY81 2BCJA 3QTSA 3LE6A 3RK9A 4QTEA 3GNIB 3I79A 2LGCA 4A9SA 1VZOA 2BR1A 2OBJA 3BLRA 4J99A 3V01A 1OIYA 3ZUTA 2Y0AA 4ANLA 4D0XA 5M4IA 4FUYA 5B0XA 4UZDA 5FM2A 2P2IA 4M3QA 3F5PA 3LCTA 4IC8A 2EU9A 1JBPE 4KKHA 4L53A 3V8SA 2JDRA 4I22A 5JZJA 4DINA 2YFXA 2IZTA 4OTQA 4FSYA 2JIVA 4N70A 3ZFMA 5AR4A 4ZZOA 4Q9SA 3R7OA 1DAYA 4F6WA 3Q5IA 1CM8A 4G3GA 4BI2A 4D55A 1OVEA 3C4WA 3GP0A 4O96A 3VQUA 3BCEA 4L52A 4W8EA 3TNIA 1FMKA 5J5SA 1UU8A 4MCVA 3GU5A 3D15A 1FQ1B 4XP0A 4PY1A 1MQ4A 4PQNA 4IIRA 4RT7A 5CEKA 5IA4A 4ZTHA 4EYMA 4BTKA 4YC6A 5KNJA 3S00A 2W1ZA 3HMMA 3NNVA 1ERKA 1Z57A 5C8MA 2Y6MA 2JDSA 4S30A 5ANGA 4A9TA 4I6HA 4GMYA 4L8MA 3T8OA 3L9MA 4FOBA 2H96A 2ITPA 4RIOA 3K5VA 1SYKA 5D11A 5BUJA 4N6YA 3F7ZA 4BDGA 5DR6A 3CJFA 5IA5A 2ZV9A 5EYMA 3K2LA 5HGIA 4ZS0A 3ZDUA 4XYFA 3FMNA 4L43A 1F5QA 4RMZA 1Q62A 4G6NA 3NS9A 1PXIA 3D5WA 2KULA 4YTHA 2W4OA 4CT2A 4QMUA 3OWJA 2W9ZB 1IA8A 1PXNA 3F6XA 3PE2A 4ANNA 2OKRA 3E5AA 3MJ2A 2VU3A 5AX9A 4EC8A 3ZUUA 4IH8A 2R3NA 3ANRA 3FMDA 4JX7A 3V5WA 1IG1A 1ZOGA 3A4PA 4MTAA 2R3IA 4RVLA 2HIWA 4UZHA 1PXLA 1PMNA 3RAHA 1KE9A 3QCYA 3WYXA 4DLJA 4IAKA 2GNJA 4E5BA 4UMUA 2ZMCA 4I23A 3NAXA 3OXIA 4D1ZA 3CKXA 5CAPA 5HVJA 4EQCA 3N51A 1NA7A 5A6OA 3HA8A 4DAWA 2XYNA 2VV9A 4YC3A 5EYDA 4AGDA 4KS8A 4CSVA 4HVSA 3ZO1A 3PTGA 3R00A 4ACGA 2YISA 2WMVA 4LV8A 4Q5EA 3FLZA 4YJUA 2C5XA 4PUZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5L4QA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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