The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
195
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structure length |
188
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Chain Sequence |
DDKWERFLVPYRQAVEELKVKLKGIRTLYEDDHSPIEFVTGRVKPVASILEKARRKSIPLHEIETMQDIAGLRIMCQFVDDIQIVKEMLFARKDFTVVDQRDYIAGYRSYHLVVLYPLQTVSGEKHVLVEIQIRTLAMNFWATIEHSLNYKYSGNIPEKVKLRLQRASEAASRLDEEMSEIRGEVQEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Catalytic mechanism and allosteric regulation of an oligomeric (p)ppGpp synthetase by an alarmone.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Bacillus subtilis (strain 168)
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| molecule keywords |
GTP pyrophosphokinase YjbM
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| total genus |
64
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| structure length |
188
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| sequence length |
195
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.7.6.5: GTP diphosphokinase. |
| pdb deposition date | 2015-08-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04607 | RelA_SpoT | Region found in RelA / SpoT proteins |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Nucleotidyltransferase | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3H37 A; 4MF8 A; 1WOT A; 3RJF A; 3OVB A; 4X5V A; 1ZQQ A; 3ISC A; 4NLK A; 4AT7 B; 1BPE A; 5J0R A; 4AT8 A; 3C5F A; 4TUQ A; 5J2A A; 2BCR A; 4RPY A; 1ZQC A; 1UET A; 5J0S A; 2M2U A; 3JYY A; 8ICP A; 4XQ8 A; 3AQL A; 5HHI A; 3JPP A; 4UAZ A; 5J2B A; 4XQ7 A; 3AU6 A; 1ZQF A; 4O5C A; 4WBZ A; 1Q79 A; 2ZH6 A; 9ICJ A; 2FMS A; 5DDY A; 3JPR A; 2VAN A; 2ZH2 A; 2HHP A; 9ICM A; 4PGQ A; 7ICE A; 4NY8 A; 8ICH A; 1XSN A; 1ZQI A; 4I2H A; 9ICC A; 4WC1 A; 8ICS A; 4KLO A; 9ICX A; 4NLZ A; 1ZQO A; 3JPS A; 1HUZ A; 8ICT A; 4PHD A; 4FHV A; 4X4V A; 1PX5 A; 4RQ4 A; 3HJ4 A; 2BPG A; 1HUO A; 1R89 A; 4UB2 A; 5IIN A; 3MGI A; 3JZ0 A; 9ICF A; 5J0P A; 4RT3 A; 9ICT A; 4FH5 A; 2ZHA A; 5F2V O; 1JQR A; 2ISO A; 4M9G A; 7ICH A; 5DEC A; 1ZQK A; 1MQ3 A; 2W9M A; 4FHX A; 3RJI A; 1ZQE A; 4PHA A; 4GXI A; 4QZH A; 3AQK A; 4M5D A; 4P4O A; 4X0B A; 4I2F A; 4O5E A; 7ICV A; 1FA0 A; 3ISD A; 1TFW A; 2NRK A; 1XSL A; 3V7J A; 1V4A A; 4UD5 A; 4QZG A; 4X4N A; 4I2J A; 8ICB A; 4IG8 A; 7ICF A; 4NM1 A; 3OUY A; 4UB4 A; 3OV7 A; 4R63 A; 8ICQ A; 1KEJ A; 3HW8 A; 4I28 A; 9ICR A; 3HIY A; 1ZQM A; 1ZQT A; 4I29 A; 4F5P A; 1BPX A; 4Z6D A; 4YD1 A; 2Q66 A; 9ICO A; 5HC9 A; 4ATB A; 4S3N A; 9ICH A; 4RQ7 A; 8ICR A; 4NKU A; 4QZE A; 4M04 A; 5CJ7 A; 3H38 A; 5J0Q A; 2M2T A; 4UBB A; 5DB7 A; 3B0Y A; 2ZH8 A; 1XSP A; 4M47 A; 4PPX A; 9ICN A; 5IIJ A; 3PNC A; 5J2I A; 1RPL A; 2BCQ A; 5J0T A; 8ICG A; 2ID1 A; 7ICT A; 4QZ8 A; 5HRI A; 5J0U A; 8ICU A; 2DR5 A; 9ICA A; 1RZT A; 9ICI A; 5DBA A; 5IIM A; 3C2L A; 3RJG A; 1KNY A; 9ICB A; 1UEV A; 4IQU A; 4KLQ A; 1ZQD A; 1TFY A; 3LQC B; 4JWM A; 4KLD A; 4K4G A; 5CP2 A; 8ICY A; 4X4Q A; 4QZA A; 4XUS A; 2O1P A; 1OU5 A; 3HJ1 A; 4RQ0 A; 4WC3 A; 4RQ6 A; 4DOA A; 5IIO A; 3HWT A; 9ICW A; 4KLT A; 7ICS A; 4KLI A; 4M9N A; 1JAJ A; 5J2E A; 3OGU A; 4IQT A; 5TZV A; 4F5Q A; 5J2J A; 4UAY A; 5D4B A; 7ICI A; 4QZC A; 4KLJ A; 4X4O A; 1MIV A; 4JWN A; 4WCW A; 4FH3 A; 8ICN A; 4WC6 A; 4R66 A; 1ZQY A; 3UXO A; 4M9L A; 3OUY B; 2ZH5 A; 2RFF A; 8ICV A; 4KLG A; 2DR9 A; 4F5O A; 4I2C A; 8ICJ A; 4KLM A; 3H3A A; 4MFF A; 5HRH A; 1ZQV A; 9ICE A; 4ATB B; 1TVA A; 2PFP A; 4IQW A; 4I2B A; 7ICU A; 3C2M A; 4UB5 A; 1ZQP A; 3HX0 A; 1ZQJ A; 4PGX A; 4YMO A; 2DVI A; 3UQ2 A; 4UB1 A; 4I2G A; 4X4S A; 3WFR E; 4TUP A; 3PMN A; 5HRL A; 5J2H A; 5CR0 A; 7ICM A; 3UPS A; 1Q78 A; 7ICR A; 4I2A A; 4PHE A; 1ZQX A; 3C5G A; 4M2Y A; 5HRG A; 1MIW A; 2PXI A; 3MDC A; 4YD2 A; 1ZQZ A; 4Z6C A; 4LT6 A; 3TFR A; 4P2H A; 2DRA A; 5DB9 A; 4X4T A; 3JPO A; 4K4H A; 4RWP A; 2DR8 A; 3C66 A; 4LZD A; 1VJ7 A; 4K4I A; 9ICS A; 3UXN A; 4WC2 A; 2ZH7 A; 2ZH9 A; 2PFQ A; 3RJH A; 4WC7 A; 8ICF A; 9ICL A; 7ICL A; 5J0O A; 7ICQ A; 4Z6E A; 4RWN A; 5CB1 A; 7ICJ A; 4GXK A; 4O9M A; 5J0W A; 3L9D A; 4KLF A; 1ZJN A; 2PFN A; 2PFO A; 4X4R A; 4X4U A; 5III A; 5IIK A; 4R65 A; 3ISB A; 1JMS A; 3MDA A; 4KLL A; 2P66 A; 4P4M A; 7ICG A; 5J29 A; 4UB3 A; 2IHM A; 4MF2 A; 4TUR A; 3OVA A; 8ICM A; 2BPC A; 5DB8 A; 1UEU A; 4EP7 A; 7ICP A; 2BCU A; 3WFQ E; 4RQ3 A; 1ZQG A; 1ZQS A; 4GXJ A; 1MIY A; 3WFO A; 3NYB A; 5CHG A; 1VFG A; 4RPZ A; 4QZD A; 2I9G A; 5DBC A; 8ICA A; 3JPN A; 3MBY A; 2ZH3 A; 4YN4 A; 4AT9 A; 3AQN A; 3AUO A; 4UBC A; 1ZQW A; 8ICC A; 2DR7 A; 1NO5 A; 8ICE A; 3TFS A; 4EBK A; 4RWQ A; 4WBY A; 4TUS A; 5HRF A; 8ICL A; 2BE3 A; 1ZQH A; 3B0X A; 1F5A A; 1BPB A; 8ICW A; 4NXZ A; 4F5N A; 4LZG A; 8ICO A; 5J2F A; 5HRB A; 5J2D A; 5D46 A; 3WFP A; 4FHY A; 1R8C A; 5J2C A; 4E80 A; 4QZ9 A; 5D49 A; 3UPQ A; 2BPF A; 4FHP A; 5BPC A; 9ICV A; 4P4P A; 4I2D A; 4KLS A; 4PGY A; 4MFA A; 3AQM A; 2ZH4 A; 5DED A; 2M2W A; 4RT2 A; 4RWO A; 3GDX A; 5BOL A; 5BOM A; 2M2V A; 7ICN A; 5J0X A; 4XA5 A; 5HR9 A; 4QZI A; 3JPQ A; 4RQ2 A; 4I2I A; 5J2K A; 1ZQA A; 5HRD A; 3C18 A; 4X4P A; 2FMP A; 4DO9 A; 4FHW A; 5DDM A; 5DKW A; 1ZQL A; 4I27 A; 1BPD A; 4YCX A; 5J0Y A; 2ISP A; 4MFC A; 5HRK A; 3RH4 A; 3V72 A; 7ICO A; 9ICQ A; 3V7L A; 4DOB A; 4E7X A; 4M0A A; 5IIL A; 5DBB A; 2BCV A; 4WC0 A; 4KLH A; 4I2E A; 1NOM A; 4M9J A; 4NM2 A; 1ZQB A; 1ZQN A; 8ICI A; 2FMQ A; 4AT9 B; 1R8A A; 4EBJ A; 4FO6 A; 1JN3 A; 7ICK A; 4AT7 A; 3MGH A; 4O5K A; 9ICU A; 4UD4 A; 4IQV A; 2O5A A; 4QZB A; 3RJJ A; 3LK9 A; 1BPY A; 5HRE A; 2ZH1 A; 4NKT A; 3V7K A; 3RH6 A; 4KLE A; 3WFS C; 8ICZ A; 4E8F A; 3PML A; 1TV9 A; 3H39 A; 1KDH A; 4RQ1 A; 4R64 A; 4WC4 A; 5EOZ A; 2PBE A; 1R8B A; 4AT8 B; 2BCS A; 1ZQR A; 9ICP A; 5DB6 A; 3RJE A; 4WC5 A; 3JPT A; 9ICK A; 2DRB A; 9ICG A; 1MQ2 A; 2GWS A; 4RQ5 A; 4PH5 A; 3OVS A; 4QZF A; 4YMM A; 4RPX A; 1BPZ A; 3UQ0 A; 4M9H A; 3AU2 A; 4UAW A; 3RH5 A; 8ICK A; 2ZHB A; 5HHH A; 4RQ8 A; 4PHP A; 1ZJM A; 4F5R A; 4NLN A; 3K75 D; 4X0A A; 8ICX A; 3RJK A; 1YLQ A; 1ZQU A; 4XRH A; 5CWR A; 4Z6F A; 4KLU A; 5CA7 A; 3C2K A; 4DOC A; 4YMN A; 3UXP A; 4LVS A; 5J2G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NH2 B; 1XMQ B; 4DV1 O; 1JCH A; 1GAX A; 5IT9 N; 2GV9 A; 2YXL A; 3NR7 A; 1VF6 A; 2P4V A; 1WOT A; 3MDS A; 3RJF A; 1K97 A; 4LF7 B; 3SGI A; 1YIT V; 3CD6 V; 2YI8 A; 3C3T A; 4LNU A; 4UVB A; 2EWR A; 2B4V A; 4O69 A; 2ZR2 A; 2JGD B; 4NTX A; 4PA6 A; 1LUW A; 4CZZ A; 4RPY A; 1ZQC A; 5KAF Z; 1S77 D; 1R3L C; 2AZ0 A; 2VQF O; 3OW2 U; 3OGC C; 3JPP A; 5J2B A; 3AU6 A; 1ZQF A; 3N2G B; 3ZRW B; 4X9Q A; 2WPD G; 4JV5 B; 1F51 A; 4FFK A; 5J2T B; 3ETD A; 4O4L A; 4O4I B; 3RW0 A; 1R6N A; 1VQN V; 9ICM A; 1ENV A; 1MG1 A; 4JYB A; 1YSC A; 4MW8 A; 1EN4 A; 1K3E A; 2VWK A; 1THZ A; 3D3Q A; 4PDR A; 4WFE A; 4NR1 A; 4DR2 B; 1Q82 W; 1F4M A; 4PDV A; 3VQX A; 4K8Z A; 1Q8I A; 2ZE8 A; 5D63 A; 1JQ0 A; 1HUZ A; 4FO1 A; 4PHD A; 1N36 B; 3UKM A; 3CC7 V; 4FZ1 A; 2H8P C; 2OCH A; 2OCC C; 5CB4 A; 4UB2 A; 5IIN A; 1P7B A; 2X7R B; 4X1Y A; 1A32 A; 4RT3 A; 4TQF A; 5D5Q A; 4U3F H; 1Q6H A; 4DYL A; 3CC4 V; 3E86 A; 2UXC O; 2ETN A; 2ISO A; 3RBZ A; 4OAF A; 2EJR A; 1M56 C; 7ICH A; 3APQ A; 4WFG A; 4FHX A; 1EN6 A; 4X66 B; 1K92 A; 3CK6 A; 3AQK A; 5ITZ A; 1LUV A; 4JI4 O; 1R73 A; 4UCU A; 4X65 O; 5IYB O; 4NB5 A; 1TFW A; 1XSL A; 4LH7 A; 3OGI B; 4QZG A; 4I2J A; 1QLE C; 2ZXW B; 8ICB A; 2PY5 A; 4FM2 A; 4NM1 A; 1ZL8 A; 1DK1 A; 4B3M O; 3OV7 A; 4J11 A; 2NN4 A; 1Y67 A; 1N33 O; 3L74 H; 2UU9 B; 3CXC U; 2RN9 A; 1JA8 A; 1K33 A; 4O4H A; 1BPX A; 4Z6D A; 4ATB A; 1OJH A; 3TCU A; 1GMG A; 3H1H H; 4RQ7 A; 4BIO A; 9ICH A; 5EIB D; 4I55 A; 2FCL A; 4P9P A; 2ZT9 B; 1H8H G; 5J0Q A; 5DB7 A; 2ZIN A; 4CS4 A; 2ZH8 A; 1XSP A; 3W7X A; 3U10 A; 4M47 A; 4PPX A; 4QNH B; 4FVM A; 5E1A C; 4FJC C; 4DUY B; 1HNW B; 2IUB A; 4MVU A; 5J0T A; 1DGS A; 4O68 A; 3AG1 B; 5D61 A; 4GX1 A; 4QZ8 A; 5LGU A; 4DR6 O; 1PPJ H; 1W59 A; 3NVO A; 1AR1 B; 1P7G A; 1B6Q A; 5IIM A; 1WB8 A; 1UPG A; 5CB4 B; 3EVK A; 2EIK C; 3SPJ A; 4KLQ A; 2L6L A; 4GX0 A; 1TFY A; 1XL6 A; 4KLD A; 4XUS A; 3CCV V; 3K0D A; 4DK0 A; 4X1I B; 1OU5 A; 1VQK V; 3HJ1 A; 4MVS A; 4DOA A; 4RAI A; 9ICW A; 2VQF B; 1GM8 A; 1JAJ A; 3P3N A; 4QE7 A; 5ITZ B; 3OGU A; 4IQT A; 4LF4 O; 3AG4 C; 5IWA O; 1KC8 W; 1KKC A; 4JWN A; 4JLX A; 4UVC A; 8ICN A; 2A0L A; 4DV5 B; 4R66 A; 4JPR A; 1HNX O; 5HFL A; 3DC6 A; 2CH7 A; 3CRM A; 2RFF A; 4KLG A; 2WAM A; 4R6Z A; 1HWY A; 1YHQ V; 2Q7E A; 4KLM A; 3OMI B; 3CRC A; 4I9W A; 3AG7 A; 1PKX A; 1JFF A; 2ADQ B; 3P30 A; 2HG5 C; 4O4H B; 2Q6A A; 5IY5 B; 1SRY A; 1S0V A; 3OAA G; 3SYC A; 4ATB B; 1H8E G; 2WLI A; 4I55 B; 4WQK A; 4RQE A; 1VF7 A; 1ZQJ A; 2BOC C; 4G2K A; 1FXK A; 1HR0 O; 4PGX A; 4I0U A; 1AIL A; 2D3O W; 2QSA A; 3O65 A; 3CRA A; 2UXC B; 1NU1 H; 4P30 A; 3QNE A; 1ORQ C; 2ZIO A; 3UPS A; 1GN3 A; 3ZHU A; 2P4K A; 4I2A A; 4PHE A; 4FLY A; 3C5G A; 3TET A; 5HRG A; 1JJO A; 4PV1 B; 4JI4 B; 4LT6 A; 4HNA A; 2QTS A; 4X65 B; 1Y6X A; 5DB9 A; 4K4H A; 4UV9 A; 5CA1 A; 3WB0 A; 1I0H A; 3OE7 G; 4RO2 A; 5EYP A; 1K34 A; 1BMF G; 2JS5 A; 2P06 A; 2YXY A; 3HKB B; 3J80 N; 3G4S V; 8ICF A; 4PDL A; 3L72 H; 3OTO O; 9ICL A; 1N33 B; 5J0O A; 1VAR A; 3W7T A; 7ICQ A; 3JYC A; 4ZOL A; 3MHS C; 3SDL A; 3CHX A; 1E1R G; 4MTX A; 4HBN A; 4AHC A; 4X8A A; 4J9Y B; 2E5L O; 2Y48 A; 2O57 A; 5H6R A; 3A2F A; 2AHZ A; 2PFN A; 4YXW G; 4EKW A; 2EIM B; 4RWU A; 2CH7 B; 1MAB G; 4JAA A; 5IIK A; 3QVN A; 1K73 W; 1JMS A; 5IJ9 A; 1JFF B; 1TUE B; 1JMK C; 3JSN A; 3JD2 A; 3GVM A; 4DR6 B; 4JZ2 A; 3K0G A; 2BCU A; 5C93 A; 1U97 A; 1ZQS A; 4GXJ A; 1VF6 C; 1MIY A; 3WFO A; 4W4K A; 1FXK B; 3ZS8 C; 3ZHT A; 4K99 A; 3NYB A; 5CHG A; 1X59 A; 2DOS A; 4LF9 O; 1ARO P; 1XNR B; 2ZXW C; 5DBC A; 5CA0 A; 2P7T C; 2EIN B; 2GHY A; 4O6A A; 3E8B A; 1NQT A; 1SZX A; 3D3I A; 2LGW A; 3JPN A; 3W7S A; 1AJQ A; 2XUM A; 4UBC A; 4N7R A; 3AUO A; 3APO A; 4LF4 B; 3AG2 B; 3FB5 C; 2DR7 A; 1NO5 A; 1GM9 A; 3HKD A; 3CC2 V; 2ZIM A; 3TXQ A; 1M93 A; 5CA1 B; 1FFX A; 3KCY A; 1KKD A; 4MW3 A; 5HRF A; 4XDJ A; 1HNX B; 1BQZ A; 2GTA A; 3T2M A; 2A3Q A; 1QR9 A; 1K7D A; 3N27 A; 2LGQ A; 5B1B B; 1IX9 A; 4IYH A; 4ZOL B; 3STZ C; 5EC1 C; 5J2D A; 3AG1 C; 4LFA O; 2YID A; 3T1C A; 4FHY A; 5J2C A; 4YJ2 A; 4QZ9 A; 5D49 A; 3ZRS A; 4P4P A; 1MZF A; 4MFA A; 1XI1 A; 3FYI B; 4FK5 C; 3AQM A; 3J81 N; 2E3C A; 2Y0P A; 3UQ8 A; 4FLX A; 4RWO A; 5IJ9 B; 3GDX A; 3ABM B; 5BOM A; 4EFE A; 5J0X A; 4QZI A; 3JPQ A; 3F5W C; 5LL6 Y; 1RM1 B; 5D5P A; 5LHH A; 4I2I A; 5J2K A; 4X4P A; 4FPP A; 4K0K O; 1JOY A; 1E1Q G; 1ZQL A; 4NYK A; 2XAF A; 3V7L A; 2WLJ A; 1MNG A; 3OTO B; 4WC0 A; 4I2E A; 2CAZ C; 1Q6U A; 4EBJ A; 2HHH O; 4ZBM A; 1COW G; 4D7T A; 2NR5 A; 2EIJ B; 3CCM V; 4FO6 A; 5IY5 C; 7ICK A; 4AT7 A; 3MGH A; 2E5L B; 4OAH A; 9ICU A; 1NKD A; 4UXN A; 1BPY A; 3V7K A; 3WFS C; 3B8M A; 1GK9 A; 2WA3 A; 3PML A; 4R50 A; 1DF4 A; 5L3G A; 1KDH A; 2P90 A; 3K5O A; 4WC4 A; 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