1AAZA

The structure of oxidized bacteriophage t4 glutaredoxin (thioredoxin)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
87
structure length
87
Chain Sequence
MFKVYGYDSNIHKCVYCDNAKRLLTVKKQPFEFINIMPEKGVFDDEKIAELLTKLGRDTQIGLTMPQVFAPDGSHIGGFDQLREYFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of oxidized bacteriophage T4 glutaredoxin (thioredoxin). Refinement of native and mutant proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAREDOXIN
molecule tags Electron transport
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 19
structure length 87
sequence length 87
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1992-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1aazA00
2PMTA 1XXUA 2E7PA 1VF4A 5ENUA 4PUAA 1EOGA 3GX0A 2DBCA 1TP9A 6GSSA 1TK5B 4IS0A 1FO5A 5A4UA 2X8HA 2JADA 2CT6A 1KBNA 5ECHB 3C1RA 5J4UA 2LV3A 3CBUA 3IE3A 5F07A 4BVXA 3TKSA 3HVSA 3EYTA 2DJ2A 5A5KA 2GT6A 2IPAA 4GSSA 1GSEA 3M9KA 2VD0A 1S3DA 3EU3A 1YKCA 4Q5FA 1OAZA 2GSRA 2IMIA 2J23A 2VL2C 3TCOA 2VM1A 2F8AA 4H86A 2R4VA 2H71A 3LYKA 3EVIA 1QUWA 5EVOA 4KE3A 2WFCA 1MDKA 3ZREA 2FUG2 3LORA 2WS2A 16GSA 1XCCA 2B1LA 2V41A 4I8BA 4EL1A 4TR1A 3FRCA 1MTCA 4CDOA 2CQ9A 2V32A 3BCKA 2P5RA 1QFNA 2L6DA 1A0FA 1MEKA 1PGTA 1TW9A 3CSJA 1K3LA 4F0CA 4LLRA 2PN8A 2YZHA 5KN0A 3EU4A 1Q98A 1TXXA 1ZGNA 3FHKA 3DRNA 4O32A 1SYRA 2B1KA 3QAWA 5J9CA 4TR4A 2LRNA 5IMAA 9GSSA 1TU7A 4V1Ag 5CREA 3GUSA 2KP2A 5D96A 4CW9A 4WF4A 3HXSA 3UOMA 1DBYA 2H75A 1BX9A 4KCEA 1Z9HA 3M0FA 1TRUA 4HQZA 4KH7A 4TN8A 2C3NA 2DIZA 4IP1A 3IXRA 3GHAA 4J2FA 3O3TA 1BJXA 1GSDA 5IQYA 1HNBA 1Z6MA 1XWKA 1C72A 5A4VA 1ON4A 3G9BA 2G2QA 1OC3A 4K9ZA 2CAQA 2H8LA 3KCMA 3TDGA 5DCHA 4PQIA 1FW1A 2IMFA 2FCHA 3TRQA 3UMAA 4Q5QA 1ILOA 2AJQB 2XHFA 4EO3A 1KNGA 5A4WA 4KDUA 1J9BA 5DQSA 4N30A 1SJ6A 3HY2A 2JZRA 1UN2A 3GN3A 5D73A 4F9ZA 1DE2A 3IDVA 3QMXA 2PERA 3K8NA 2QC7A 3ISOA 2JZTA 3GKMA 2CV4A 2NTOA 1T4YA 4F82A 2FWEA 3I9V2 1O81A 3TRXA 5EL8A 2HSYA 1Y6EA 4MF5A 4TW5A 3DWVA 2WGRA 3APQA 2DSAA 2RM5A 1SL1B 1B48A 4OO4A 2VAFA 3IK9A 2VLTA 1WP0A 4X43A 4WEYA 2GQKA 1YDKA 18GSA 2MZCA 2I1UA 4MJEA 2PUKC 4GF0A 2OBIA 4EUYA 2L4CA 2DJKA 3VLNA 1Y25A 2VM2A 3GL3A 2GTUA 1N2AA 4MLYA 4AJ8A 4IGJA 1X5EA 3DEXA 2LSTA 2A2SA 3DXBA 1WJKA 2LNSA 4GSTA 6GSYA 1XW9A 1B4QA 3A2VA 3J7Yb 4XS6A 5DDLA 4FH8A 3RHCA 1H4OA 5IMDA 3BCIA 5ECRB 3FKFA 2YNXA 1TKDB 1GSUA 1WIKA 4K1FA 3W6GA 5DAKB 3CSHA 4IN0A 2GLRA 1GUHA 5JCUA 1XVQA 3GH6A 4HI7A 4DSQA 3US3A 5HFIA 5CYYA 5ECOB 2D2ZA 2B7JA 2H01A 3G7YA 4N0ZA 4YQVA 1XW5A 3RBTA 3M9JA 1YZXA 2HFDA 2HZEB 3KH7A 3LXZA 4MJAA 2H6YA 1JLVA 2OE1A 13GSA 1FB0A 1GWCA 3HZ8A 2K6VA 4K6XA 2VIMA 4MDCA 5E4WA 2F8FA 3TJKA 2CVKA 3KXOA 3L4NA 2KLXA 1X5CA 4OFMA 10GSA 2CVDA 3LXTA 3MAKA 4X1UA 5ELGA 3HA9A 1S3CA 1CQGA 1EOHA 4HUAA 3IR4A 2X8CA 3ZMKA 2JL4A 1R26A 2WZ9A 1AQVA 4DSRA 4TRXA 3E9JB 2FA8A 2DJ0A 3KMNA 1FB6A 2FHEA 1RW1A 4MCUA 4Z7XA 3GSSA 3ED3A 5COHA 3GMFA 2B5YA 1JHBA 1F3AA 5DAKA 3VWUA 3ZFBA 4NV2A 2TRXA 1XWCA 1SKWB 4ECJA 1GLPA 3QFAC 1X9MB 1A8YA 2LJRA 1GSQA 3TOTA 1R5AA 3D6IA 1K0BA 4O92A 3TKSC 4KUNA 3EMXA 1ERUA 5INYA 4MZBA 2GSTA 1G7OA 3L9UA 3ZL5A 3VFIA 5GSSA 4BWSA 1HNCA 2HZEA 1K0OA 2IFQB 3C73A 3RPPA 1ABAA 4PQ1A 5B8AA 2OACA 1TJDA 4KGIA 4HZ4A 3VI7A 4FYUA 3F63A 3D4MA 2H1AA 2DJ3A 4RQRA 1AUCA 2AHEA 4XRAA 3EMPA 5CRGA 3DD3A 3KIJA 3F4TA 2OBKA 2MMZA 3CTFA 4JEDA 4PURA 1GTAA 2B7KA 1AQXA 5D9WA 4IQAA 4FYCA 5IOXA 2OKAA 4BA7A 3HJOA 1R5PA 12GSA 4NWYA 4KDXA 1W4VA 2PPTA 1V57A 3GSTA 2GVPA 3A2WA 3PGTA 1YEXA 2H1GA 2P5QA 2R6KA 2C0DA 1NSWA 2H74A 4L0WA 5LNKe 4D73B 2RUEA 3TB2A 3LYPA 2H70A 2IMEA 4IW9A 2C3QA 2RM6A 20GSA 5HFKA 4HEA2 4GRFA 1USBA 4LL4B 3V1WA 1XOBA 19GSA 4N11A 3ZTLA 1PL1A 4GXZA 3ZMLA 4V2LA 5B6NA 4IJ3A 2YPMA 3ZYWA 3FZ5A 5DBQA 2L5LA 2MMAA 5IOWA 1EEJA 2IFQA 4GLTA 1JZWA 4E8EA 3ZITA 4HU9A 1JZRA 1ZCPA 4IVFA 1VRSD 4KW6A 3ZIJA 11GSA 3PINA 5DCGA 2C3TA 2PVOC 2L6CA 5H5QA 1NHOA 4NHZA 3H4KA 1U3IA 4BWQA 1GNWA 4WBJA 4L8EA 3MDKA 2ES7A 2M72A 1WPIA 3TKPA 3ERFA 2JSZA 2C8UA 3F3QA 3I43A 4JRRA 4POBA 2GSSA 2LJAA 3QPMA 4X0XA 4DVCA 1F6MC 1ERVA 2TIRA 2WJUA 3GX8A 1MD3A 4HQSA 2YJ7A 5ECNB 3UEMA 5IPHA 1EEMA 1TRVA 4QQ7A 2NDOA 4IJIA 4F2IA 4WR4A 2X99A 2NVLA 2IMKA 3IHQA 2REMA 2YWMA 1Z5YE 1XBSA 5ECLB 1HNAA 3NZNA 4E8HA 2MBTA 1T7PB 1A2MA 1V9WA 5G5FA 3GYKA 3RAZA 2C1YA 1J0FA 1ZMAA 4D73A 4ACSA 2ON5A 3F0IA 3H79A 3D0ZA 1U3AA 4ZBAA 4DEJA 3KM6A 1XFLA 1B4PA 4QL7A 4MZCA 2VCZA 1OVNA 4KB3A 3KEBA 5J5NA 1XIYA 1Z7PA 2XPDA 2H0IA 4O5RA 1K0CA 1F3BA 1K0MA 4K7IA 4LMVA 5HFGA 1PKWA 1G7EA 5B8BA 2RLIA 4XS1A 1TDIA 3KTLA 4MPFA 1SU9A 3UBKA 4TXOB 5GSTA 3E0UA 1ERWA 1GP1A 3KMOA 3J7Yk 4PXOA 5FT3A 1YF1A 2GZZA 2FWGA 4LMWA 3Q6OA 3F9UA 1VF3A 3APOA 2R3XA 2GS3A 3WD6A 4ZL9A 2YANA 1T1VA 2LRTA 1IYHA 1SK0A 5CP1A 4P3YB 1Z3EA 4EF0A 1LU4A 1TRWA 2K8SA 5F0GA 3U6VA 4F03A 5C04A 3GL5A 2LTKA 1T4ZA 2H72A 1OC8A 2P31A 1OYJA 3BBYA 2P0GA 3GH9A 3DYRA 5JWOB 2K9FA 2H1BA 3IRAA 2VCVA 3NIVA 8GSSA 2F3MA 1WMJA 3MSZA 4EDZA 4GQCA 3D21A 2QSIA 5DQYA 4LA1A 1WE0A 4ECBA 1G0TA 1HYUA 3M3MA 4N10A 3WT2A 2VL3A 1MD4A 2GGTA 3C1SA 1A2LA 3FZ9A 1EWXA 2IJYA 2BMXA 1LBKA 2IIYA 3TJFA 2FY6A 1GRXA 1SJZA 4HS1A 4TR3A 4MH3A 4WETA 3VK9A 4AF2A 2IN3A 4KX4A 4ECCA 3A5WA 3BJ5A 4V2NA 4TXOA 1YY7A 4EC0A 2M46A 3ERWA 4GSNA 2FA4A 2V2GA 3TJBA 5CNWA 4MH2A 2HLSA 4AJ7A 5GZZB 4I97A 5IMZA 3L0HA 1DE1A 4XCSA 1QQ2A 1U88A 2VLVA 3TKSE 2PU9C 6GSVA 1DUGA 1SL0B 5IO0A 3FW2A 5ABRA 2WRTA 2J9HA 5LD0A 3I69A 3HVVA 3F3RA 5HR1A 4JE1A 1XZOA 4ZB6A 4PGTA 6GSXA 1K0NA 1U87A 1TI1A 3VWWA 1EV4A 5E59A 5CRHA 4ZB9A 2H0GA 3Q19A 2YOIA 2O8VB 1PN9A 1XVWA 2LRCA 1MDJA 3TRPA 3H1NA 2F51A 1URMA 3FR3A 2VCQA 2L59A 4JR6A 4V1Ap 3KTBA 3GKNA 2N5AA 4NAXA 1NHYA 1QXHA 2V6KA 1THOA 1M0UA 1JFUA 3QDNA 3TUEA 1GSYA 1KEBA 4YH2A 2DMMA 2RUFA 1T00A 1TI3A 1RQMA 3TOUA 5KN2A 3FZ4A 4WXTA 3VI5A 4NHWA 3GNJA 3IAS2 4KAEA 1ZOFA 2HT9A 2H1DA 3KP9A 3IAM2 3DIEA 1PX6A 2BTOT 4ZIJA 4WF5A 3C8EA 4BVYA 2JSYA 2FGXA 4AGSA 3CSIA 1N8JA 1BYEA 1EV9A 2FD3A 5D9VA 1XWBA 2QGVA 3SBCA 1V40A 2AAWA 5G5EA 3LFLA 4KSMA 1PA3A 3GFKA 1SENA 4MABA 3RDWA 5EY6A 3FY7A 4XRDA 2HXKA 1X0RA 3IK7A 1XW6A 1MDIA 2XC2A 1TOFA 3WGDA 4ECIA 2H6ZA 1SD8A 3UJ1A 2LUSA 5D8IA 1AAZA 2YWNA 4BL7A 1A0RP 2XBIA 1GH2A 2I3YA 2YWIA 3QOUA 3GA4A 4FO5A 2DC5A 14GSA 2H66A 2B5XA 3Q18A 1DSBA 2NPBA 3VURA 4KNDA 2MMNA 17GSA 4MP4A 1VGLA 2XPEA 4NMUA 2TRCP 2JACA 3WT1A 4K8MA 2GQLA 1QK8A 1YQ1A 2DJ1A 5DALB 2YWOA 2LKUA 1OKTA 2PWJA 5AIXA 3TKRA 4MF6A 2V1MA 4ZXGA 6GSUA 1HQOA 4MA9A 3FEUA 1EGRA 1PKZA 2HRFA 2HRNA 4FIWA 1ZYQB 1U6TA 4IKHA 1QGVA 4TXVA 3ZFLA 3FR6A 2YZUA 4XIHA 4MK3A 2YN1A 3DVWA 2R2JA 2NBSA 5DVBA 2R37A 1PRXA 4IQ1A 3UAPA 4L5LA 1TK0B 5AISA 3QFBC 5KN1A 1G6YA 1OE8A 1BEDA 4TKYA 3GTUB 2I9HA 4N0VA 4MJCA 3ZZXA 1A2JA 3AY8A 2E0QA 4IBPA 1XOAA 1RK4A 3HJMA 3F4RA 1M99A 3CTGA 1PX7A 2OA7A 1F37A 4HDEA 4HJ2A 4MZWA 3ZVJA 4KDYA 3DGQA 4WBRD 4KCAA 4OFNA 4HU7A 3UIWA 4J57E 3C7MA 3N5OA 4YAPA 1LJRA 1AIUA 2A2RA 2GT5A 4GCIA 2YV7A 1ST9A 1AW9A 2LJKA 5ECPB 4YQUA 1FG4A 5DALA 1X9SB 3L9SA 1TRSA 1ZZYA 4K7NA 3A2XA 2HSHA 1GLQA 2YV9A 2KHPA 3HJPA 2HNLA 3EURA 3I6AA 1VF2A 2C0GA 3LEFA 2WB9A 1B9XC 4KSOA 2EIOA 2H0HA 2GDRA 1ZYEA 2FLSA 3FYGA 2EIRA 4EKZA 2VLUA 1OKDA 1YKAA 2C0EA 2Z9SA 3D4TA 5IMCA 4RUVA 1K3OA 2FWFA 3A3TA 2AYTA 4NPBA 1X9WB 1E6BA 1SK2A 1AXDA 2F9SA 1YJ6A 2A4VA 3BOAA 1ML6A 4CHSA 2MMOA 3GTUA 3KD0A 2DLXA 4XS4B 4K7OA 2KOKA 3P8WA 2LNTA 5HR3A 5ECQB 4EVMA 2I81A 4IELA 2H6XA 5LCZA 5J9BA 4BPYA 5JCWA 1FVJA 2X8GA 3LG6A 3VWVA 2YJHA 4Q5RA 4ULXA 2C4JA 2YCDA 4AJ6A 3LJRA 5JWQB 4OCEA 2CAIA 3UBLA 5ECMB 5IIZA 2LS5A 3MNGA 2AUVA 5JCGA 4JZQA 1VF1A 3EE2A 2ALBA 1V2AA 1SKSB 4O7HA 3W8JA 1X5DA 3CYNA 3LQ7A 2L4QA 3QD9A 4HJMA 3IBHA 3EWLA 1KTEA 1GSFA 5L71A 1PMTA 3TJGA 1I9DA 1M9BA 5D9TA 1SYXA 5IPGA 2N5BA 3VPTA 2AB6A 1JZOA 4I2TA 1M2BA 5G1KA 3HZ4A 4F0BA 1SKRB 4POLA 4XS4A 4EXJA 4OFTA 1V98A 3HYPA 5H5RA 1O8WA 3ME7A 3M1GA 2OJLA 3UVHA 2GZPA 2IWTA 1GL8A 2VCWA 2VO4A 4RI6A 1M2AA 4G9HA 4POMA 1EGOA 3ME8A 3WGXA 3CXGA 2IL3A 5KEJA 1A23A 5ID2B 4ML6A 1GUMA 1CQHA 4RQXA 3NOFA 2O85A 1ACVA 1SD9A 2CX4A 3MWHA 4NXIA 1YEPA 1Z6NA 1PQNA 4MMMA 2K18A 2RIIA 3SWLA 1EP8A 3L9VA 2M80A 1GTIA 3HD5A 2K8VA 3R2QA 3TJJA 5H5SA 3TKQA 1JZDA 2QKEA 4L0UA 4ISDA 3G7JA 1GTUA 3O76A 4I2UA 3JCML 2L57A 4WKWA 2OADA 3IOSA 5AIVA 1SK1A 5KN3A 1UC7A 1T3BA 2H19A 4I5QA 2CX3A 2CZ2A 3QCPA 1GTBA 4OD7A 1SJIA 2R5GA 2H73A 4GQFA 4JR4A 1R7HA 1UVZA 4QL9A 3H93A 1EZKA 4XHMA 2BJXA 3HKRA 5G31A 3IV4A 3GKKA 2ON7A 4J56E 2VL2A 2VD1A 5DJLA 5HR0A 3FR9A 3BD2A 4ZL7A 1O73A 4ZILA 5J3RA 3VWXA 3IPZA 1GSSA 4EE0A 3PR8A 4GWRA 2FWHA 3CMIA 5EPFA 3IA1A 4G19A 5CAXA 2H30A 1GULA 3ERGA 3EC3A 4XTSA 1K0AA 5ID2A 2ZCTA 1AQWA 2N5FA 1GNEA 2HZFA 1PD21 1XWGA 4K0NA 1ZL9A 2O7KA 3RHBA 5CRDA 4I6XA 3LGCA 1ERTA 1M7TA 5HR2A 4KA0A 3UL3A 2ZNMA 1M2DA 2X64A 2LQOA 4IHUA 5D9XA 2WDUA 3QR6A 1I5GA 5G2ZA 2VL9A 2FNOA 3D22A 1Z7RA 2DMLA 3HVXA 2CZ3A 1THXA 3ZLPA 1E2YA 1B9YC 2B5EA 2V6OA 3QAVA 1W89A 2AV4A 3FZAA 5IMFA 1F9MA 3F6FA 2EIQA 4Q5NA 2ZUPA 5JWRB 1BAYA 1XPVA 1K3YA 2JZSA 2PVQA 1A24A 5ECIB 5C00A 4ZBBA 1J08A 2E2GA 1TK8B 2OE0A 2EC4A 2IMDA 5G30A 3RPNA 4POKA 3UARA 5IO2A 3P90A 1QMVA 1WWJA 3HCZA 2GSQA 2YP6A 4GTUA 1FOVA 3WYWA 5G1LA 4HZ2A 3DVXA 4G10A 3E3EA 2MYGA 4TVEA 4JBBA 22GSA 3QAGA 1WOUA 2JU5A 3FK8A 5GAPD 3P7XA 3UVTA 1O8XA 1OC9B 4OCFA 3IC4A 3TGZA 2WCIA 5HQPA 3F8UA 2DJJA 3OR5A 1IYIA 1O85A 4MF7A 2KUCA 1OE7A 4PUFC 4RI7A 3CRTA 2C0FA 4MPGA 3KZQA 3GKXA 3P2AA 2L5OA 5IMVA 1Q4JA 1NW2A 4L5OA 3DMLA 3F6DA 5ECKB 1UA5A 2HI7A 1B8XA 3APSA 2CVBA 2XBQA 5B6MA 3ZIVA 1GUKA 2MBSA 3W8SA 3L78A 4HOJA 4TOPA 2GZYA 5F06A 1AC1A 3HHVA 3KH9A 4YQMA 4LL1B 1M9AA 4ZBDA 3HDCA 2KP1A 5IM9A 4IP6A 2PBJA 1BQ7A 3DKSA 1NM3A 5B7CA 3N9JA 1K0DA 1SL2B 4PX1A 2VOCA 1HD2A 1JLWA 5FHIA 4DSSB 4NV5A 4WR5A 3GRXA 5AGYA 4ILFA 1EP7A 3KJYA 5J41A 2B3SA 3EINA 3H8QA 3ZVJD 4EDYA 5DJMA 4YAVA 3O6TA 4JU5A 1A8LA 3M8NA 2VUPA 1WRYA 3LSZA 3LWAA 1OC9A 2C80A 3GV1A 4TR0A 5F8BA 1PL2A 1H75A 7GSSA 4G2EA 2B6MA 3C71A 5FWGA 3CRUA 1FHEA 3D5JA 3F4SA 5D93A 4OMVA 1BG5A 4ZB8A 4FYBA 2PGTA 5CRWA 3WGEA 2E2MA 4V2MA 4PNFA 4K0GA 4OWYA 3GURA 4K2DA 1O7UA 2WULA 2LQQA 3Q74A 1O6JA 4ZL8A 1TTZA 5CO3A 1FVKA 2DIYA 5ECSA 2CA8A 1R4WA 5AN1A 4ID0A 2O87A 2H76A 3VPQA 2HYXA 2OE3A 1PSQA 5ELAA 1F2EA 4OO5A 1G6WA 2G0FA 3PH9A 6GSWA 3KP8A 1YF0A 3KGKA 3G7IA 1XWAA 2VCXA 3ZRDA 3GIXA 1V58A 1TU8A 3U5RE 2I4AA 2VCTA 2GQMA 4DSSA 4PNGA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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