2B5EA

Crystal structure of yeast protein disulfide isomerase
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
MQQEAVAPEDSAVVKLATDSFNEYIQSHDLVLAEFFAPWCGHCKNMAPEYVKAAETLVEKNITLAQIDCTENQDLCMEHNIPGFPSLKIFKNSDVNNSIDYEGPRTAEAIVQFMIKQSQPAVAVVADLPAYLANETFVTPVIVQSGKIDADFNATFYSMANKHFNDYDFVSAENADDDFKLSIYLPSAMDEPVVYNGKKADIADADVFEKWLQVEALPYFGEIDGSVFAQYVESGLPLGYLFYNDEEELEEYKPLFTELAKKNRGLMNFVSIDARKFGRHAGNLNMKEQFPLFAIHDMTEDLKYGLPQLSEEAFDELSDKIVLESKAIESLVKDFLKGDASPIVKSQEIFENQDSSVFQLVGKNHDEIVNDPKKDVLVLYYAPWCGHCKRLAPTYQELADTYANATSDVLIAKLDHTENDVRGVVIEGYPTIVLYPGGKKSESVVYQGSRSLDSLFDFIKENGHFDVDGKALYEEAQEKAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title The crystal structure of yeast protein disulfide isomerase suggests cooperativity between its active sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
total genus 132
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2005-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA02
1TK8B 3TCOA 5FHIA 4XS1A 3L4NA 4WR4A 3MNGA 4KB3A 5AIVA 4HOJA 2NBSA 2O8VB 1B9YC 4IQAA 1QK8A 2VCZA 1O8XA 2C80A 2VL2A 1JZWA 1FW1A 2FY6A 5HR1A 3BOAA 4L0UA 5AGYA 11GSA 2E2GA 1ZZYA 4MPGA 1OC8A 4IP6A 2KP1A 4K2DA 3HCZA 4XHMA 12GSA 2GQMA 4J56E 4GQFA 3DWVA 3F3RA 1JHBA 1BYEA 3BCKA 2YNXA 2GZZA 1DE2A 1B9XC 1AC1A 1SKSB 5DCHA 3UOMA 5J5NA 1PL2A 3QDNA 22GSA 5IOWA 2HT9A 4IJIA 8GSSA 2VCTA 4KDXA 4IVFA 1F37A 2X8HA 1O81A 4PNFA 2VL9A 2ON5A 2AAWA 1LJRA 4WR5A 3U5RE 4KAEA 1TW9A 2DJ3A 2QKEA 3FR6A 5GSTA 2MZCA 2RUFA 1X5DA 2N5FA 2YWNA 4IJ3A 3RHCA 3US3A 1GNWA 2AHEA 1GSYA 4HI7A 5ECRB 4Q5FA 2OACA 4HU7A 4MABA 1YF0A 3KP9A 3ZVJD 5F0GA 1YDKA 1TP9A 2IMFA 1HYUA 2YWIA 4PXOA 1PGTA 4XRAA 3D6IA 2AJQB 4YH2A 3ZRDA 2X99A 1I5GA 2LUSA 3ZTLA 3DRNA 1M9AA 3VPTA 1O6JA 2PN8A 2IJYA 5COHA 1VF1A 4I8BA 1G7EA 2H19A 2I3YA 3DVWA 6GSUA 3ZFBA 5G30A 4V2MA 5ECQB 2LNTA 6GSVA 2XHFA 5DALA 3TJKA 3HA9A 2FA8A 1KBNA 1A0FA 3GKMA 1A8LA 1TJDA 2PGTA 3N5OA 1GTIA 2EIRA 3P90A 1B4QA 1PA3A 3CBUA 2M46A 3BJ5A 2H74A 4HJMA 3GHAA 4K8MA 2IIYA 3IAM2 3G7IA 3CSIA 5C04A 4XRDA 2J23A 5ECLB 2H8LA 1O85A 4POMA 5GZZB 3CMIA 4EE0A 1YEPA 2LRTA 5B8AA 3D0ZA 4GQCA 5CNWA 4RI7A 1TI3A 3HVSA 3DIEA 2E0QA 4TRXA 4G9HA 3QAGA 3G7JA 1QUWA 1THXA 5G5FA 5D9VA 3KJYA 4IS0A 4XS4A 1T4ZA 2FLSA 3EVIA 1ZYQB 5IO0A 3EC3A 4ZL8A 1C72A 1AQXA 2J9HA 1FAAA 2A4VA 2GSSA 2HI7A 4IP1A 2JACA 2GTUA 2VCXA 4TR1A 6GSSA 3I69A 1J9BA 3UMAA 4K7IA 4KA0A 1JZOA 3QFAC 2VAFA 3TRPA 4LL1B 2NVLA 5INYA 1XBSA 5JWQB 4QL9A 2R3XA 3L0HA 1HNAA 2WRTA 6GSXA 2PVQA 1GLPA 2G0FA 5J4UA 2LTKA 2VM2A 4EXJA 1ERVA 1U6TA 2C8UA 1ZGNA 1WPIA 2DJ0A 2XBQA 4HJ2A 1ML6A 1K0NA 2LNSA 4NV5A 1ABAA 2CV4A 5H5RA 2B7KA 3CSHA 3RPPA 4V2LA 1KEBA 4K1FA 4NHWA 1FVJA 1PN9A 5KN2A 1EP7A 5D93A 4L5LA 2FWEA 2K8VA 3FY7A 1X5CA 1PKWA 4POKA 3F8UA 3LYPA 3VI7A 3GV1A 3TGZA 4LL4B 3GA4A 3QCPA 1WJKA 3GRXA 16GSA 3KTBA 4GRFA 4F2IA 4L8EA 4OD7A 5GSSA 2I1UA 4POBA 5CP1A 2PVOC 5HFIA 2H1AA 2LKUA 3I43A 2KLXA 1OVNA 5DAKA 3Q74A 2VIMA 3TJJA 3ME7A 4TN8A 3GTUB 3FRCA 3MSZA 4O7HA 4EKZA 2RLIA 2H71A 3NIVA 1RQMA 3HKRA 3HJOA 5CAXA 5J3RA 2CVDA 4V2NA 3TKSC 2DJ2A 3DMLA 5A4WA 3C1SA 4Q5RA 4GTUA 4DSRA 4TXVA 1A2MA 2LJKA 1I9DA 4F9ZA 2VLTA 2CQ9A 3APOA 1GUMA 4KUNA 2C4JA 1M99A 4NV2A 3LORA 1PX7A 4MF5A 4N30A 4HS1A 4MA9A 2HSHA 3APQA 2L6DA 3WGXA 1QMVA 2GSQA 1X9SB 1M9BA 3IK7A 3I6AA 4X43A 5HR2A 5L71A 5B6NA 3KMOA 3ZIVA 2Z9SA 5IMVA 4TR4A 3C8EA 2K9FA 4MJEA 2B5EA 2VLUA 2L4CA 2VOCA 4Q5QA 1YKCA 3H93A 2OJLA 3M8NA 3VI5A 2KOKA 4PURA 3GKXA 3HZ8A 2JSZA 3C73A 1GH2A 5G2ZA 1GLQA 2JL4A 5ECSA 3VLNA 3M1GA 3KMNA 1TU7A 3FW2A 1H4OA 2IFQB 2X8CA 2DLXA 4LMWA 3PR8A 1GL8A 4JR4A 5ELAA 4ZBBA 3Q19A 5F8BA 5CO3A 4ECBA 4G2EA 3F6DA 1PMTA 3LG6A 3QPMA 3MDKA 1E2YA 3GN3A 1M0UA 3WD6A 4EUYA 3UIWA 4ID0A 1FO5A 1MEKA 5DQYA 1EGRA 4HQSA 1WRYA 3WGEA 1NM3A 4YQMA 2EC4A 3GSTA 4MPFA 5ECKB 3IA1A 5ECOB 2H30A 5H5QA 4F0CA 3GL3A 3FZ4A 4J2FA 1AAZA 2L57A 3QD9A 4KSOA 1F3AA 2RM5A 1K0CA 2GS3A 4CW9A 3TDGA 4JZQA 3LQ7A 1G6WA 3EU3A 4JBBA 3VWVA 5ID2A 2CVKA 3DGQA 1AQWA 2V6OA 5E4WA 3CTFA 4ZL7A 1ZOFA 5EL8A 4F82A 3UBKA 2HYXA 1SK1A 1WIKA 2H73A 3V1WA 2C0EA 3EMPA 1GP1A 3A2XA 5IOXA 3WYWA 3EU4A 4OFTA 3FKFA 2ZCTA 3LWAA 3LSZA 2IMKA 6GSTA 3O76A 1M7TA 4HZ2A 2KHPA 5IM9A 2B5YA 2H1BA 4L0WA 4ZB8A 4ULXA 2WJUA 1K0DA 1B8XA 2R4VA 3ERWA 3UEMA 3F4SA 3M3MA 3LEFA 5H5SA 1PQNA 2PUKC 5ABRA 1DE1A 1TRWA 3MWHA 3L9UA 4NHZA 3D21A 3IBHA 4EF0A 5CRWA 4ZXGA 3WT1A 4BA7A 3FHKA 6GSYA 5JWOB 3IDVA 3GMFA 1SU9A 1EV4A 5DAKB 3TB2A 2PBJA 3FZ9A 3D5JA 4AJ6A 2GQKA 2PPTA 1LU4A 20GSA 1ZL9A 3VFIA 1TI1A 2CVBA 2M80A 4KCAA 1PSQA 1SJ6A 3IXRA 5D96A 4V1Ap 4O5RA 2ZNMA 4LMVA 1USBA 1GSEA 1Z7RA 2LV3A 1R5AA 3WGDA 2ZUPA 3GYKA 3ZMKA 1YQ1A 2HLSA 4K9ZA 1EV9A 3IHQA 3UAPA 1DUGA 5G5EA 4MMMA 4XTSA 2H76A 3F9UA 5B8BA 4TOPA 2VLVA 3VWUA 2FA4A 3HDCA 4DSSB 4WXTA 4GSNA 2C0GA 2L6CA 1NSWA 3C7MA 4AGSA 4EVMA 2H6YA 2JADA 2YP6A 3TJFA 1GSFA 1EOHA 1F2EA 1CQGA 4QL7A 4WF4A 4PQ1A 1ERUA 1ST9A 1U88A 1QFNA 2MMAA 1Z7PA 1K0OA 1XWBA 2IMIA 2O85A 5DBQA 1JLWA 1K0MA 4KGIA 3GX8A 1F6MC 4D73A 5ECHB 5JCUA 4PUFC 2MBSA 3DEXA 5DDLA 2L59A 3LJRA 4IGJA 1G0TA 2GT5A 2BTOT 2MMOA 3RAZA 3VURA 3MAKA 2H1GA 4WBRD 5JCWA 1A8YA 2L4QA 2X64A 4DEJA 2C3TA 4OFMA 3TRQA 5ECIB 5HFKA 1HQOA 2BMXA 1AUCA 3UVHA 2F3MA 1R7HA 2R6KA 4IN0A 4K0GA 5KEJA 3KIJA 5B6MA 2XC2A 1HD2A 1GSUA 4RQXA 1SENA 2OE1A 3FR9A 4N10A 4KDYA 1XOAA 10GSA 3W8SA 2NTOA 2HFDA 4YAVA 3TKSA 5DVBA 1FOVA 4X0XA 4CHSA 4MZCA 2QGVA 4RUVA 2WCIA 2YJ7A 2N5AA 2VL2C 1HNBA 1OYJA 4HZ4A 2DJKA 2DMLA 3NOFA 1SL2B 4MJCA 4OCEA 3VPQA 1X9MB 2LQOA 2YCDA 2DJ1A 3ISOA 2K6VA 3BD2A 1W89A 2H6ZA 2OA7A 1K3YA 2VCQA 2HZEA 3DKSA 3RPNA 4MZBA 2VCVA 4F03A 4P3YB 1GRXA 4WKWA 2EIOA 3RDWA 3UARA 4BWQA 4L5OA 4JEDA 3TJGA 1V2AA 3GKKA 2XPDA 3GKNA 2JSYA 1MDKA 1SL1B 3KZQA 3D22A 1TOFA 3ZITA 2LQQA 3BCIA 3J7Yk 1TXXA 1TKDB 2FWHA 3WT2A 3G9BA 4MLYA 4Q5NA 3P2AA 4AJ7A 4ML1A 2WGRA 2PMTA 1XVWA 1EEJA 1PL1A 1EOGA 3FEUA 4HDEA 3HZ4A 4ZB6A 2B5XA 4K7NA 1Z5YE 1Y25A 1X9WB 2WS2A 1OE7A 1A23A 1RK4A 1U3IA 2GQLA 4E8HA 5ELGA 1XFLA 4OO4A 4BPYA 3HD5A 4HEA2 1MD3A 2VCWA 4IKHA 3GURA 1EZKA 2O7KA 1K3OA 1ERTA 2IMEA 3UJ1A 1XWGA 3F6FA 4ZILA 3DVXA 4KX4A 4NMUA 4NPBA 1GSSA 4NWYA 1K0AA 2FWFA 3HXSA 4ZBAA 4QQ7A 5DQSA 3KCMA 1JZDA 3APSA 3H4KA 5D8IA 3ZIJA 5HR0A 2R37A 2RIIA 3L78A 3E9JB 2DJJA 2B6MA 3KGKA 2CA8A 4GF0A 1M2BA 2YOIA 4WETA 4DSQA 1O8WA 1A2JA 2HE3A 1S3DA 2LJAA 2GSRA 1WOUA 5G1LA 4HQZA 4NAXA 5CRHA 4YAPA 4NXIA 2YV7A 3O3TA 4MZWA 4I6XA 2CAQA 3E3EA 4CDOA 2GLRA 4EDZA 4F0BA 3A5WA 1Y6EA 2I4AA 2P0GA 2LEGA 2DSAA 2HZFA 2LRCA 4O92A 5D9TA 5HQPA 4ML6A 5DALB 3M9JA 1OC9A 1T4YA 2H70A 2VL3A 4N0VA 1BAYA 1F3BA 4HUAA 1EWXA 4I2UA 2LS5A 4ECIA 1UN2A 4TW5A 3F4RA 4KH7A 4ILFA 1U3AA 5IPHA 3GSSA 3EE2A 14GSA 3PINA 5IIZA 3E0UA 3EWLA 5KN1A 1F9MA 1B4PA 4ECCA 1TTZA 2E7PA 2JZRA 3KM6A 3AY8A 1GULA 2YV9A 4EL1A 3IC4A 2FD3A 3ZVJA 1SD8A 1ZMAA 3ZYWA 2WDUA 4KNDA 4N11A 4XS4B 2P31A 3QR6A 3ZFLA 4RQRA 1SYRA 2OBKA 3TOTA 4OO5A 3IOSA 2C3QA 3UBLA 3TUEA 4EDYA 1BG5A 1AXDA 2K8SA 4TR1B 5J9CA 4TKYA 2CX4A 1A0RP 2H6XA 3P7XA 1JFUA 5DJMA 1J08A 1KTEA 2I9HA 1W4VA 1XOBA 5FWGA 5GAND 4HU9A 2JZTA 2YWMA 3Q18A 7GSSA 3KH9A 4OWYA 3D4TA 1TRSA 1QGVA 3PGTA 2TIRA 2O89A 3IPZA 4TXOA 2H0GA 4MH2A 4FIWA 4XIHA 5EPFA 3DXBA 1ILOA 1VRSD 1PKZA 2VD0A 2CAIA 1Z3EA 1XWAA 5A4UA 1T00A 1XWKA 3ZLPA 1TK5B 3HY2A 2NDOA 3KXOA 1AIUA 1E6BA 2L5LA 3J7Yb 3HJPA 5CYYA 4RI6A 2PU9C 1K0BA 4O32A 2YANA 3P8WA 4MJBA 1U87A 2FWGA 1MD4A 4LLRA 2O87A 3TRXA 3G7YA 2YJHA 3M0FA 2VO4A 1XZOA 3FZ5A 2DMMA 3KP8A 3IAS2 3KTLA 1TU8A 3F4TA 19GSA 5A5KA 1EGOA 3LGCA 4OFNA 1ZYEA 5DJLA 1X0RA 2CZ3A 2MMNA 2P5QA 5IQYA 1YJ6A 1GNEA 4BVXA 1T7PB 2P5RA 4PNGA 3Q6OA 4K6XA 2DIYA 1URMA 3VWWA 2FGXA 3IE3A 2HSYA 1YF1A 5CREA 1UA5A 5DCGA 1O7UA 1HNCA 1SYXA 3IK9A 2OKAA 2EIQA 2H0IA 3IR4A 3SBCA 2IPAA 2GVPA 2FNOA 5CRGA 4MJAA 4IBPA 2YN1A 3CTGA 2AB6A 1WWJA 1GSQA 1BQ7A 1BJXA 1SKRB 3BBYA 5ECMB 3GX0A 3QOUA 5J9BA 4BL7A 2X8GA 1DBYA 3ERGA 4PUAA 1ZCPA 3GTUA 5AN1A 4ZL9A 2V41A 4OMVA 1IYHA 3OR5A 4V1Ag 4I2TA 2L5OA 2H0HA 4AJ8A 1PX6A 1H75A 3F63A 3CRUA 4I5QA 3KH7A 4WBJA 1OC9B 1S3AA 1QQ2A 2V6KA 2DIZA 2B7JA 1FB0A 1Z6NA 1THOA 4H86A 3TKRA 2VUPA 3A3TA 2YZHA 4EC0A 4PQHA 5D73A 5D9WA 2NPBA 2IWTA 2OADA 3GH6A 2G2QA 3S9FA 3U6VA 3UVTA 3CSJA 3FZAA 2H72A 4FH8A 5KN0A 3HHVA 1TRVA 2V1MA 3HVXA 4ACSA 1XCCA 3H8QA 3H1NA 1T3BA 2RUEA 3GFKA 2F8AA 2KUCA 2MYGA 4FYUA 3ERFA 4WF5A 1PRXA 1XVQA 2QSIA 1R26A 2GT6A 3ME8A 4BWSA 1YKAA 5G1KA 2ES7A 1SL0B 1SK0A 3A2WA 2DC5A 3HYPA 1G7OA 5LNKe 2IFQA 5CRDA 1MDJA 1QXHA 1GWCA 2FCHA 1JLVA 3TJBA 4E8EA 5ID2B 3ED3A 4TR0A 2TRXA 1Z9HA 5ENUA 2OBIA 5JCGA 3H79A 3GIXA 1GUHA 4GCIA 1V58A 3TKQA 4TXOB 2GSTA 4XCSA 2LRNA 9GSSA 2CX3A 1VGLA 1XWCA 1V57A 2F8FA 1Q98A 2GZYA 2FUG2 1UVZA 2C3NA 3I9V2 4ZIJA 1EEMA 2REMA 2MBTA 1T8EB 4FYCA 1XW6A 3FK8A 4KSMA 2FHEA 1FG4A 2KP2A 2DBCA 1WMJA 2RM6A 1NHYA 4TR3A 1BX9A 4KCEA 5J41A 2N5BA 5B7CA 4ISDA 2C1YA 2XBIA 3LXTA 1GSDA 3HJMA 2LSTA 4JRRA 2AUVA 4JE1A 17GSA 1AW9A 1FB6A 1M2AA 4IW9A 13GSA 4YQVA 3GNJA 1GTAA 1DSBA 2I81A 5IPGA 1SD9A 3FR3A 1JZRA 5JWRB 4POLA 5C00A 1GTUA 3C1RA 3QMXA 2H1DA 2HRNA 2D2ZA 2XPEA 3EURA 5ECNB 3LFLA 1K3LA 1YZXA 2PWJA 1B48A 3L9VA 3W8JA 5A4VA 1SJIA 2HRFA 4FO5A 1XW5A 3C71A 3HVVA 1TRUA 3RHBA 2YZUA 3KEBA 1O73A 5LD0A 4MDCA 3VK9A 4KDUA 1FVKA 2GZPA 4I97A 2B1LA 3GL5A 2VM1A 3TKPA 3LXZA 5HR3A 3TOUA 4N0ZA 5HFGA 4AF2A 3A2VA 3EYTA 5EY6A 2WZ9A 2PERA 2A2RA 1R4WA 3QAWA 3CXGA 5IMFA 4BVYA 2C0DA 2C0FA 2GDRA 4MK3A 4G19A 2MMZA 4J57E 4KW6A 2A2SA 5IO2A 4GSTA 4ZB9A 5AIXA 5F07A 3KD0A 3SWLA 2ON7A 4PX1A 3O6TA 2OE3A 1A2LA 2OE0A 1BEDA 1X5EA 2H75A 1S3CA 3EMXA 1UC7A 5AISA 3LYKA 1OKDA 4D73B 2V32A 1TK0B 2M72A 1V98A 1YEXA 2WULA 3F3QA 3EINA 3IRAA 3DYRA 1M2DA 1OAZA 1Q4JA 5ECPB 2R5GA 4MH3A 1ON4A 1VF3A 3TKSE 1PD21 4PQIA 4DSSA 3W6GA 4Z7XA 2AV4A 5EVOA 1OC3A 2TRCP 2H01A 4MCUA 1XW9A 1N8JA 1OKTA 3K8NA 4GWRA 1XIYA 4IHUA 4JR6A 5F05A 2F9SA 4ECJA 3GH9A 1EP8A 3ZREA 2HXKA 2K18A 5GAPD 1VF2A 2GGTA 5IMCA 4MF7A 4GSSA 4G10A 5G31A 5IMAA 2WFCA 2AYTA 1YY7A 5IMDA 3M9KA 2YPMA 3DD3A 5E59A 1WE0A 3GUSA 1MTCA 2F51A 2R2JA 2IN3A 1GUKA 1G6YA 4ZBDA 3ZL5A 1KNGA 1SJZA 2ALBA 1A24A 18GSA 2LJRA 3ZZXA 6GSWA 2V2GA 1TDIA 3NZNA 1SK2A 2QC7A 3F0IA 1RW1A 1VF4A 3FYGA 1V40A 3CRTA 1OE8A 2YWOA 4JU5A 5LCZA 2VD1A 2HZEB 4KE3A 4WEYA 1NW2A 3QFBC 4OCFA 4TVEA 5IMZA 1J0FA 1LBKA 1XPVA 3JCML 4IQ1A 4XS6A 1N2AA 1T1VA 1V9WA 3QAVA 3IV4A 4LA1A 3VWXA 1R5PA 1MDIA 4DVCA 4K0NA 4MF6A 1Z6MA 4PGTA 1XXUA 2JZSA 3R2QA 1WP0A 3L9SA 4FYBA 4EO3A 2JU5A 2B1KA 4YQUA 2CT6A 2B3SA 2IL3A 3D4MA 4X1UA 2HNLA 4K7OA 2E2MA 1ERWA 2BJXA 3PH9A 1CQHA 3N9JA 4IELA 3ZMLA 3RBTA 2IMDA 5FT3A 1IYIA 3UL3A 5KN3A 2WB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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