2B5EA

Crystal structure of yeast protein disulfide isomerase
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
483
structure length
483
Chain Sequence
MQQEAVAPEDSAVVKLATDSFNEYIQSHDLVLAEFFAPWCGHCKNMAPEYVKAAETLVEKNITLAQIDCTENQDLCMEHNIPGFPSLKIFKNSDVNNSIDYEGPRTAEAIVQFMIKQSQPAVAVVADLPAYLANETFVTPVIVQSGKIDADFNATFYSMANKHFNDYDFVSAENADDDFKLSIYLPSAMDEPVVYNGKKADIADADVFEKWLQVEALPYFGEIDGSVFAQYVESGLPLGYLFYNDEEELEEYKPLFTELAKKNRGLMNFVSIDARKFGRHAGNLNMKEQFPLFAIHDMTEDLKYGLPQLSEEAFDELSDKIVLESKAIESLVKDFLKGDASPIVKSQEIFENQDSSVFQLVGKNHDEIVNDPKKDVLVLYYAPWCGHCKRLAPTYQELADTYANATSDVLIAKLDHTENDVRGVVIEGYPTIVLYPGGKKSESVVYQGSRSLDSLFDFIKENGHFDVDGKALYEEAQEKAAEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
publication title The crystal structure of yeast protein disulfide isomerase suggests cooperativity between its active sites.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 132
structure length 483
sequence length 483
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2005-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b5eA02
4DSSA 2CT6A 3FW2A 2R4VA 1XVQA 3EU3A 3L9VA 3HHVA 2YOIA 2O87A 2CAIA 1TJDA 2V41A 3U5RE 1XPVA 3TOUA 1A2JA 1URMA 3UEMA 5IMCA 4GSTA 2GVPA 3FZ5A 3FEUA 1A8LA 2X8CA 3KEBA 2HZEA 5ID2B 1Z7RA 3GKKA 3WD6A 2FCHA 2L4QA 4MJBA 5COHA 1SK0A 2JADA 4IKHA 1JFUA 2C1YA 1JZDA 3D6IA 2IPAA 3UAPA 2EIOA 3ZFLA 2IN3A 4KSOA 4NAXA 2MBSA 4BPYA 2FHEA 2JL4A 4DSRA 2FLSA 1PX6A 5IMDA 1TK5B 3GSTA 4MP4A 3W6GA 1QGVA 1W89A 3GMFA 3ZVJD 2F8FA 3QOUA 2G0FA 3D0ZA 2V1MA 4KDUA 1HYUA 1NHYA 1B9XC 1C72A 2VIMA 3C1SA 5E4WA 2PUKC 5DDLA 5J3RA 1XWBA 2IWTA 5JWQB 1OE8A 5JWRB 2DJJA 4AJ8A 4F82A 1ST9A 3FZ4A 2PERA 5KN3A 1QK8A 1TK8B 2XHFA 1ZYEA 3ZMKA 3TJKA 1BG5A 4EKZA 1I9DA 2MMOA 4KA0A 4MABA 3TRPA 3TKSE 1NM3A 1SK1A 3ED3A 1K3OA 1BQ7A 3GL5A 3EYTA 3SBCA 5DQYA 3BJ5A 3PGTA 2LNSA 1GL8A 4MZBA 5ECKB 1H4OA 3QAVA 2B1LA 2E2GA 3F8UA 2CV4A 5EL8A 5CREA 1XIYA 3IAM2 2DJKA 3GNJA 3D21A 3ZREA 2GSQA 3DVWA 3F4SA 1Z3EA 3GSSA 2IL3A 5G1LA 4ZBBA 3L78A 1NHOA 2R3XA 1SKSB 2I1UA 5J4UA 4PX1A 5IMFA 3H4KA 2OBIA 1JLWA 3GTUB 2IMIA 2LJRA 1XWKA 4TR3A 10GSA 5EY6A 3FKFA 4TRXA 1ZMAA 1B8XA 1ML6A 2OBKA 1EP7A 1ERWA 1PN9A 4WF5A 4EVMA 4K9ZA 3ZITA 1YF0A 2OE0A 4IGJA 2HXKA 3H1NA 2VL2C 1Q98A 2E0QA 1T7PB 4JEDA 2H74A 2H1DA 2LJAA 1USBA 1O81A 4HDEA 5AISA 5HFIA 2TRCP 2LV3A 2M80A 4KUNA 5D9XA 1O7UA 20GSA 1DE2A 4GRFA 2C0GA 2VCZA 4K2DA 3HJOA 4CHSA 5HR3A 3PH9A 4TR4A 4ZB8A 3K8NA 4RI6A 4BVXA 1T1VA 4N0VA 3FR6A 4I2UA 1RW1A 1GSEA 1OAZA 3GKXA 3VPQA 4ECJA 1N8JA 2CX3A 1XWCA 3O6TA 2RUEA 4IQAA 1TI1A 1FVKA 2I4AA 1GRXA 2K18A 3DGQA 4POKA 3QPMA 3UJ1A 3R2QA 1BYEA 5ECLB 4AJ7A 4EL1A 5ECOB 2H73A 4NHWA 1MD4A 4DVCA 2VL9A 4JE1A 3KTLA 3ZRDA 3O3TA 1SYRA 1GWCA 2ON7A 3KTBA 2VCTA 3LYPA 5D9TA 2H8LA 1X9SB 3IXRA 2IFQA 2VO4A 1FB6A 1R7HA 1K0OA 2BTOT 3ZIJA 1VF3A 2DJ3A 2NVLA 1GSFA 1T3BA 4KCEA 6GSYA 5C00A 3AY8A 4YAPA 3CYNA 4F0CA 3DMLA 4V1Ag 1PKZA 2P31A 5F06A 6GSSA 14GSA 1M2AA 5A4WA 5LNKe 3L9UA 6GSXA 4WBJA 1XFLA 1A2MA 3O76A 3Q6OA 4NPBA 4CW9A 3IE3A 5JWOB 2AJQB 1U6TA 5A4VA 3BBYA 1EGRA 4K7IA 1H75A 5A4UA 3HZ4A 5CRHA 3ZZXA 1XZOA 3EC3A 4HZ2A 1VGLA 1IYIA 5F0GA 2YNXA 2GZZA 3HDCA 3APSA 4ZL9A 1QMVA 5JCGA 3TOTA 3DWVA 4EC0A 2LUSA 4TXOA 3TKSC 1MEKA 5HFKA 1WJKA 1FHEA 4HEA2 2H1BA 4KSMA 2TIRA 3FY7A 4ECCA 22GSA 4EE0A 3TGZA 3IRAA 1ZL9A 5DVBA 2PGTA 2JSYA 1PX7A 4IQ1A 2H72A 1HNAA 5DJMA 1G6YA 4DSQA 3GV1A 5CNWA 4X1UA 1GTIA 3N5OA 2QSIA 3F4TA 4GTUA 4FH8A 4TR1A 4O92A 3PINA 2X8GA 4G10A 2LEGA 1QXHA 1XCCA 4F9ZA 5CYYA 3TCOA 1TI3A 1KNGA 1QFNA 2XPEA 2H1GA 4EUYA 1GSSA 1THXA 3KXOA 5DAKA 1WMJA 3A5WA 2V6KA 5AIVA 1F3AA 1THOA 1LU4A 2FWGA 1Z6MA 1BAYA 4JR6A 2MMNA 1DSBA 4NHZA 5IPHA 3LGCA 3TJBA 1SKRB 2B5XA 1G7OA 4H86A 4YQMA 4TN8A 1SENA 2IMDA 2RM6A 1V40A 1WPIA 4K1FA 1V9WA 2OJLA 3KH7A 2L4CA 6GSVA 2C0DA 1K3YA 1BEDA 2YPMA 3MAKA 3M0FA 5J9BA 5CRWA 3QMXA 3CRUA 4WBRD 2A2RA 3C8EA 3VWVA 11GSA 2LKUA 1PGTA 4MH3A 1XW5A 2H30A 3CBUA 5JCUA 4XS4B 1T4ZA 2DMLA 2GT6A 4GF0A 4K7OA 1T00A 3J7Yb 2X8HA 3TJJA 4PQ1A 4EF0A 4KDXA 5IQYA 4V2MA 3CTGA 1GUMA 2PVOC 1SJZA 5ECNB 3C7MA 3HVSA 2F3MA 3IHQA 2AB6A 3F63A 1SD8A 3VI5A 2O8VB 5IO0A 1HD2A 4MJEA 3F9UA 3HYPA 4ML1A 2ALBA 6GSWA 2L59A 1TDIA 4IN0A 4G19A 5DALA 1EEJA 3E9JB 4K7NA 3GRXA 2AV4A 2RUFA 5IMVA 1B4QA 4MF5A 4EDYA 1O73A 3BOAA 1ZYQB 4F2IA 19GSA 4N10A 1A2LA 1LJRA 3LXZA 5ELGA 1XWGA 3UL3A 1GSYA 5C04A 4HQSA 2H71A 1M0UA 2C3NA 1SKWB 1G7EA 5IPGA 4J2FA 1V2AA 2K8VA 5CRDA 3CMIA 4D73A 1JZOA 1J08A 4TKYA 2B5YA 2M46A 2PWJA 1AQVA 1K0BA 5H5QA 1FAAA 1TRWA 1QUWA 3FYGA 3M9JA 2CZ2A 5G5EA 2C3TA 2CQ9A 5EPFA 5IOWA 1ZCPA 3EVIA 3GL3A 2JACA 2BJXA 5DQSA 2B7KA 3GA4A 4HU9A 3DKSA 3QD9A 3E3EA 5B7CA 5KN0A 3IA1A 5DBQA 3CRTA 2V32A 3G7JA 1Y6EA 3D22A 4O5RA 1PKWA 2IIYA 1B48A 2F9SA 1A8YA 1TXXA 3HVXA 5CO3A 3VWXA 4XS1A 4WR4A 1K0NA 5DJLA 1AXDA 5E59A 3EURA 3IPZA 2WFCA 4GWRA 2HSYA 4KDYA 4NXIA 2GSSA 3E0UA 5LCZA 4MZWA 6GSUA 1MTCA 2L5LA 2VCWA 1IYHA 5GZZB 1M2DA 2FUG2 3HY2A 1YF1A 2XBIA 4FYBA 2VAFA 2H75A 2KLXA 4IELA 1YEPA 5D93A 4OMVA 3UMAA 3GKMA 5G2ZA 2LS5A 2AAWA 3Q74A 2FWFA 2L5OA 3F6FA 1UN2A 5GAPD 1WWJA 1A0FA 2M72A 2H6YA 3QFBC 2H0GA 5L71A 1KBNA 4KCAA 1GNEA 4MLYA 3HJPA 3V1WA 4EXJA 3A2WA 2PBJA 5IMZA 1Y25A 4AGSA 3H8QA 2AUVA 2ON5A 2FNOA 1GULA 2C4JA 1SL2B 2VUPA 6GSTA 3KM6A 5ENUA 1UA5A 1GSDA 2GZPA 3BCIA 1OC8A 4RQXA 2GTUA 3RPNA 5GSSA 1O8XA 1X9MB 1OE7A 5D8IA 2IMEA 1ZZYA 3CTFA 2YV7A 3F0IA 7GSSA 2FY6A 2N5AA 2RLIA 4BA7A 5J9CA 3EU4A 3ZTLA 3ZIVA 4OFMA 2LSTA 2HRFA 4IBPA 4PURA 3VK9A 4P3YB 2VM2A 3DEXA 1GH2A 5FWGA 2CVDA 3ZFBA 1GLQA 1N2AA 2FA4A 3H93A 4BWQA 4QL9A 1MDKA 2OA7A 4MJAA 9GSSA 4X43A 4I8BA 2YWIA 1U3AA 1DBYA 2MBTA 4OWYA 2YWOA 3FK8A 2B5EA 3M3MA 3VWWA 3A3TA 1QQ2A 1OC9A 3C73A 5J5NA 4KH7A 4XHMA 2RM5A 5CRGA 3M9KA 1TTZA 1GLPA 4FO5A 4WR5A 2PN8A 3QAGA 1O6JA 4K6XA 4TXOB 1M99A 3TRQA 3GURA 5ECQB 3A2VA 5KN2A 4TXVA 4POMA 1WRYA 3TRXA 4E8EA 1TW9A 2GSRA 4XRDA 3QFAC 5G30A 3GH9A 4LLRA 1XW6A 4XS6A 2KUCA 3GN3A 4AF2A 1EP8A 2P5QA 4PXOA 1ERVA 3FHKA 3WGEA 2C0EA 2GS3A 1EWXA 4AJ6A 4ISDA 4ECBA 3IDVA 2IMFA 2OACA 2O89A 4HZ4A 1F37A 4MMMA 2VD0A 1ABAA 1AC1A 3Q18A 1J9BA 2KHPA 4L5OA 4LMVA 4WKWA 1AUCA 1TU7A 5DAKB 2ES7A 3M8NA 5ECHB 1TRVA 2KP1A 3IOSA 2LJKA 1TRSA 2XPDA 3GTUA 4MZCA 2N5BA 4MF7A 3KP8A 1R5AA 2WJUA 4Z7XA 3DRNA 1SL0B 3TDGA 1F2EA 2YWNA 2WGRA 3L0HA 1M9AA 4PNGA 1KEBA 1W4VA 4WETA 1X5DA 1F9MA 4JZQA 4ZB6A 3Q19A 1K0AA 4GXZA 5HFGA 4N30A 3TKPA 1XXUA 1R26A 3TUEA 3RHCA 3GX8A 12GSA 4DEJA 2CVBA 2PU9C 2YANA 1VF2A 1F3BA 3MDKA 4PGTA 4ULXA 1WIKA 3GUSA 4NMUA 4OCFA 4ZIJA 4LL1B 3MSZA 2XC2A 1PL1A 1YQ1A 3RAZA 1VF4A 3FR3A 4ML6A 2NBSA 1YKAA 4CDOA 5B8BA 1V58A 1MD3A 5ECSA 3S9FA 3RDWA 1DE1A 2MYGA 4PUAA 3BCKA 3SWLA 3UVHA 5H5SA 2I9HA 1AAZA 1XOAA 2O7KA 1EV4A 2FGXA 5DALB 5HR1A 4TW5A 4XCSA 2QGVA 2FWHA 1OKDA 2QC7A 4L5LA 3RPPA 4F0BA 3F3QA 3L4NA 5AN1A 5D9VA 4DSSB 4IP6A 3ZMLA 3KIJA 3UBKA 4Q5NA 3LORA 1EV9A 5F07A 2HZFA 3VI7A 3APOA 3N9JA 3KH9A 1YY7A 4PQIA 4BWSA 4XTSA 3ME8A 1ILOA 3HZ8A 3LFLA 1M9BA 3DD3A 2CX4A 2D2ZA 4HQZA 1YJ6A 2DJ1A 5ECIB 2HZEB 1UVZA 3GKNA 4Q5QA 3CSIA 1TP9A 1CQHA 4YH2A 4KB3A 4F03A 2FWEA 4WF4A 3KCMA 3I6AA 3UBLA 3KP9A 5FHIA 5ECRB 4FYCA 5CP1A 2XBQA 5GSTA 3ME7A 3US3A 2H19A 1X5EA 1F6MC 1A24A 1FW1A 4ACSA 3QDNA 4G9HA 1I5GA 1XOBA 2OE3A 2WDUA 3C1RA 4JR4A 2KP2A 4FYUA 1HNCA 1Z9HA 2PVQA 3TJFA 16GSA 2GQLA 1GNWA 2JZTA 1T4YA 5G1KA 1YKCA 3IK9A 4FIWA 1EOHA 3GIXA 4POBA 4MF6A 1OVNA 4MPGA 4RUVA 2DJ2A 3A2XA 3P8WA 2V2GA 1FVJA 2GLRA 2GSTA 3VLNA 3GHAA 1EGOA 2OKAA 3NOFA 2ZUPA 3ZYWA 2YP6A 4PUFC 5IM9A 5ABRA 4ZB9A 4OD7A 3EMPA 3D4TA 4J57E 2C8UA 2OADA 2MZCA 5AIXA 3TKSA 1NW2A 5HR0A 5LD0A 1AIUA 1GTBA 3D5JA 4ZILA 4E8HA 1HQOA 2YZUA 5H5RA 3LSZA 5F05A 3HVVA 2C3QA 4QL7A 4V1Ap 1SK2A 4BL7A 3HKRA 1MDJA 4KNDA 2F51A 3LJRA 4IS0A 2WB9A 2HNLA 1MDIA 4TR0A 4L0UA 2I3YA 1XWAA 3IV4A 1VRSD 2B3SA 2B7JA 2F8AA 1HNBA 4ECIA 1DUGA 3KMOA 1R5PA 5D9WA 2WCIA 4I6XA 3UOMA 1X9WB 2JSZA 1FOVA 3ZLPA 2VCVA 3FRCA 2A4VA 1JHBA 3EMXA 2HE3A 2OE1A 3UVTA 3TB2A 1B9YC 4TVEA 3OR5A 3HJMA 2DBCA 3P90A 3EINA 2GQMA 4XS4A 4EO3A 3WT1A 1G6WA 1CQGA 2P5RA 2YN1A 1A23A 1BX9A 2GZYA 4JBBA 3QCPA 2H6ZA 17GSA 2H1AA 3FZAA 4K0NA 1OC9B 1XW9A 3MWHA 2R6KA 1M7TA 2DSAA 2YCDA 1Z6NA 4I2TA 2PMTA 1FG4A 3DYRA 1Q4JA 2YZHA 5EVOA 3WGDA 4OCEA 1SL1B 3F6DA 4WXTA 2NPBA 1GTUA 3MNGA 1V98A 4PNFA 2K6VA 4MK3A 4OFNA 2CVKA 1TU8A 3KMNA 3EWLA 3JCML 4ZBDA 4IJ3A 1X0RA 3FZ9A 1FO5A 4YQUA 3NZNA 3VURA 2J23A 2NDOA 3PR8A 2K9FA 1M2BA 4BVYA 4HJMA 1S3CA 2IFQB 4K8MA 5IOXA 3NIVA 1EZKA 4XIHA 5D73A 2VL3A 2YJ7A 4MH2A 2I81A 4Q5FA 1GSQA 4QQ7A 5ID2A 4RI7A 3LXTA 2V6OA 3KGKA 1U3IA 1GUKA 1ERUA 4HI7A 1TOFA 3ERGA 5B6MA 4O32A 1SJ6A 1K3LA 2P0GA 5AGYA 2H66A 2FA8A 2C80A 3DXBA 1OKTA 3L9SA 3ZVJA 2WZ9A 2VOCA 3HD5A 1PA3A 4JRRA 2YJHA 4O7HA 5A5KA 3WYWA 3I43A 4XRAA 4NWYA 13GSA 3KJYA 2O85A 3RHBA 2YWMA 3U6VA 1EEMA 2DC5A 4L8EA 4IHUA 3G7IA 2QKEA 5JCWA 3LEFA 3LQ7A 3QR6A 4I5QA 1V57A 2E2MA 4YQVA 2MMAA 2H0IA 1E6BA 3HXSA 1S3AA 2A2SA 1SD9A 5HQPA 3J7Yk 1A0RP 2J9HA 1PSQA 4N11A 4LL4B 5DCGA 1ZOFA 4JU5A 3GH6A 2VCXA 3IC4A 3KD0A 1ZGNA 1SJIA 3IR4A 2L57A 3LYKA 3F3RA 2ZCTA 3I9V2 2FD3A 1K0DA 1WE0A 4NV2A 4KE3A 2K8SA 3GFKA 1FB0A 2HSHA 4KAEA 3GX0A 4YAVA 4OFTA 4TR1B 2DLXA 1JLVA 3VWUA 1EOGA 18GSA 2IMKA 4IJIA 2X64A 3QAWA 2WRTA 2LQOA 4GSSA 2C0FA 2WS2A 4KW6A 2LRTA 1G0TA 2YV9A 5F8BA 2H70A 1U87A 5G5FA 2TRXA 1XVWA 4ILFA 3CSJA 1LBKA 2HFDA 3HCZA 2VLVA 2R2JA 2LTKA 1Z5YE 4G2EA 1PL2A 4GQCA 3IAS2 2H6XA 2VLTA 1PQNA 4IW9A 4MDCA 1XBSA 1J0FA 2GDRA 2LNTA 1SYXA 4GQFA 2CAQA 2VM1A 2B1KA 2KOKA 3ISOA 1NSWA 4MPFA 5KN1A 4HOJA 2EIQA 1VF1A 2PPTA 1RK4A 1PD21 4HUAA 3LG6A 1GSUA 2L6DA 4OO4A 1GTAA 1OYJA 5B6NA 2VL2A 3ERFA 3G7YA 3TKRA 1YEXA 1OC3A 2H76A 1ON4A 2HYXA 1PRXA 2LQQA 3LWAA 2VCQA 3I69A 2LRCA 3P2AA 1JZWA 4ZL7A 2VLUA 1TK0B 4LMWA 2LRNA 3BD2A 1K0CA 3DVXA 2BMXA 2HRNA 4MCUA 1AQXA 3F4RA 5ELAA 1TRUA 2EC4A 4J56E 3IK7A 3TKQA 1S3DA 1B4PA 3UARA 1WOUA 1X5CA 4IP1A 1K0MA 2E7PA 4HU7A 3UIWA 1JZRA 1SU9A 2X99A 5IO2A 3IBHA 4HJ2A 4TOPA 3ZL5A 4K0GA 2B6MA 3WGXA 3GYKA 1PMTA 4ZXGA 3TJGA 1E2YA 4V2LA 5KEJA 1O8WA 5DCHA 3FR9A 3WT2A 1RQMA 3CSHA 2GQKA 1O85A 4MJCA 4L0WA 1BJXA 2GT5A 4D73B 2ZNMA 3HA9A 5INYA 5J41A 4GCIA 1AQWA 3RBTA 3C71A 1T8EB 1ACVA 5B8AA 1U88A 2DJ0A 4Q5RA 2MMZA 5CAXA 2Z9SA 4RQRA 4KGIA 5IMAA 4POLA 4EDZA 8GSSA 2AYTA 5ECPB 2AHEA 3VPTA 2NTOA 4KX4A 1AW9A 3W8JA 2JZRA 3CXGA 1GUHA 2H0HA 4GSNA 2G2QA 2HT9A 5ECMB 4WEYA 4GLTA 2JZSA 2IJYA 3D4MA 4MA9A 4X0XA 2DMMA 2HLSA 4IVFA 4OO5A 4ID0A 2HI7A 2RIIA 3ERWA 3VFIA 1Z7PA 4V2NA 1ERTA 3M1GA 4HS1A 3EE2A 5HR2A 4I97A 3H79A 3G9BA 4NV5A 1YDKA 1R4WA 3KZQA 2EIRA 1UC7A 2VD1A 2DIYA 3APQA 2N5FA 5G31A 2JU5A 1WP0A 1TKDB 1GP1A 4N0ZA 2H01A 4LA1A 2R5GA 5FT3A 4ZBAA 2REMA 5D96A 5GAND 2R37A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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