4K9ZA

Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from bacteroides vulgatus (target nysgrc-011676), space group p6222
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
141
structure length
141
Chain Sequence
ASKLLPGQPAIDFEMLDVEGNVKHLADFKGKVIYIDLWATWCGPCIQESPAFEALGKKYVGKDIVFLPVSTDTTTKPWLRYLDGHKKELTQYHSNDVALKESWAIMYIPRFILIDKDFNIVNAYAPRPSSEEIGTLIDSVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a putative thiol-disulfide oxidoreductase from Bacteroides vulgatus (target NYSGRC-011676), space group P6222
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacteroides vulgatus
molecule keywords Putative thiol-disulfide oxidoreductase
total genus 35
structure length 141
sequence length 141
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k9zA00
1PA3A 4OFMA 5AN1A 2H75A 1PGTA 5IMFA 3ZYWA 2DJ1A 2JZRA 3GFKA 3HVSA 3TDGA 2CA8A 5DALB 4K8MA 4XIHA 1FB6A 1Z5YE 2VM2A 1TK0B 2QC7A 3APSA 1Z9HA 1TXXA 1OC8A 2Z9SA 1SD9A 3L0HA 4XRDA 4MCUA 1GNWA 1ST9A 1WJKA 1WMJA 4GSNA 5KN3A 5HR2A 16GSA 4ID0A 4TOPA 5HR0A 3QPMA 4PURA 2WFCA 8GSSA 4Q5RA 5DQYA 3IBHA 2AAWA 4POKA 5HQPA 4X43A 3UARA 1Y6EA 4TVEA 2I9HA 3OR5A 14GSA 2IFQB 1TP9A 2X8CA 2K6VA 3EMPA 4IP6A 4JE1A 1XZOA 1H75A 3R2QA 4MJCA 2REMA 3DKSA 4NMUA 5ECRB 2OE0A 1XWCA 5GZZB 1FOVA 4D73A 2JZSA 2A2RA 2ON7A 4WR4A 1O6JA 4F0CA 2KHPA 2PUKC 2CZ3A 1B4QA 1N8JA 4IELA 3L78A 4KCEA 3GKNA 3TKPA 1H4OA 1DE1A 3GTUA 5IMDA 1GSYA 1SENA 2AYTA 3ZL5A 2R3XA 3GHAA 1G7OA 4ZIJA 1XW5A 3D6IA 3HCZA 5IQYA 1TRSA 2L4CA 3BCIA 2H30A 3HYPA 3HVXA 3UVTA 3H8QA 3F3RA 2LTKA 2H70A 5DBQA 1GLQA 4KCAA 1XVWA 1ZL9A 2JU5A 3LXTA 1VF2A 5A4WA 22GSA 4E8HA 1EEMA 4K9ZA 1A24A 4IJIA 3HY2A 1PQNA 3WGDA 3VI7A 1SKRB 1PMTA 1ZGNA 4YQVA 3RPNA 3M0FA 3VI5A 3G9BA 4V1Ag 4JBBA 5ABRA 3PR8A 1TU7A 1VRSD 2CZ2A 5H5RA 1T3BA 3ZFLA 2CAIA 1I9DA 4DVCA 2H6YA 4NV2A 2RM5A 1MTCA 5HFGA 1TRVA 1Y25A 1A8LA 1BAYA 3GTUB 1AXDA 2XHFA 4HU9A 1A0RP 4BPYA 5KN1A 2RLIA 4LMWA 5G2ZA 1GRXA 2MBTA 1MDIA 1Z7RA 4EL1A 4OCFA 4IJ3A 3TRQA 1J08A 1PX6A 4I2TA 3NIVA 3I9V2 5H5QA 4N11A 3FEUA 2HSHA 3F3QA 3NZNA 3D0ZA 2G2QA 3E3EA 1SL0B 4HQZA 2OE3A 1AC1A 4FO5A 4DSRA 1FW1A 3TKRA 3MNGA 4MH3A 2MBSA 11GSA 1MD3A 4EDZA 1KEBA 1TOFA 2O7KA 1AQVA 2LKUA 1SYXA 1XCCA 4MPFA 5F8BA 3WGXA 2GDRA 1OVNA 1TI3A 3BBYA 6GSSA 2HRNA 1R5PA 3ZREA 4IGJA 3GX8A 1GH2A 1PL2A 1NM3A 5H5SA 5CRHA 1E6BA 3MWHA 3F4SA 1PL1A 4RQXA 2VCTA 3HVVA 4K0NA 3UOMA 3BOAA 2H1GA 1MEKA 1YEPA 3CYNA 2CQ9A 2I81A 3IA1A 1B9XC 3D4MA 2WDUA 1EWXA 2LRNA 1OKTA 3TRXA 1ML6A 2EC4A 2RM6A 1JHBA 3W8JA 4H86A 4N0ZA 1HQOA 2VCZA 2NVLA 3ME7A 4XRAA 5DJLA 5C04A 2FY6A 2DIYA 1F3BA 1UVZA 4N10A 1PN9A 1B9YC 5AIVA 4V2MA 7GSSA 2HZEA 2YWIA 3TJBA 4ZL8A 3MDKA 1SJIA 4DSSB 2FWFA 3D22A 1LU4A 4FYUA 4MPGA 1SD8A 6GSVA 2B5EA 2LS5A 4HJMA 2KP1A 3FZ4A 2H01A 2IWTA 2H76A 3QAGA 1XOAA 1NSWA 3U6VA 3ERGA 3I6AA 4O7HA 3FK8A 2V32A 3UBLA 4ZL9A 2F8FA 5ELGA 4TXOB 1G7EA 3KTLA 3P8WA 3HJPA 3RPPA 1GUKA 3D5JA 2C3QA 2YZHA 5ELAA 4MF5A 2LJKA 4N30A 4ZB6A 5IIZA 3TUEA 3Q6OA 5GSTA 1RK4A 2GZYA 2VOCA 2K8SA 4GSSA 4XCSA 3PH9A 3DD3A 3MAKA 4CW9A 3HHVA 5A5KA 5J3RA 3CXGA 2C0FA 2BTOT 1YF0A 3LJRA 3ZIJA 3N5OA 4GF0A 2PPTA 2JZTA 2LJAA 1R5AA 2B5YA 5AGYA 4TXVA 5IPGA 5EVOA 2CVKA 2FD3A 3MSZA 2GSRA 1YF1A 2BJXA 3CSHA 2YN1A 3VWVA 3F9UA 1GTIA 5IPHA 4ZXGA 4NPBA 5J9BA 4KSOA 4QL9A 2WULA 3O76A 4AJ8A 1XW9A 1EV4A 1QFNA 3IK9A 1DUGA 2L6CA 3EU3A 4F2IA 2GZPA 5D93A 4POBA 4JRRA 4BA7A 4MF7A 2CVBA 5FT3A 1J9BA 1AIUA 1QGVA 2R6KA 4POMA 1K0CA 2EIRA 4TR1A 1X5DA 2H1AA 3A2VA 3GSTA 4WKWA 4NXIA 2F8AA 2HSYA 4MLYA 2DLXA 2FNOA 2TRXA 1V2AA 3WYWA 3VWUA 5A4UA 2YV9A 2C80A 2DJKA 1I5GA 3HZ4A 4OCEA 3UMAA 5DALA 4ZB9A 1A8YA 2O89A 3FKFA 2FA4A 1T4YA 2WJUA 3ZITA 2NTOA 1LBKA 3GYKA 2YANA 3H93A 2M72A 3KP9A 4G2EA 3CMIA 1GNEA 1LJRA 4P3YB 4MJEA 2J9HA 2X64A 2M46A 1QMVA 4TW5A 5CRDA 1XWBA 4GSTA 1ZYEA 5KEJA 2DJJA 2LNTA 3ME8A 3VURA 3IAM2 4J2FA 1M2DA 3QR6A 1X9MB 6GSTA 5CYYA 2V6OA 3LORA 1XWAA 3LGCA 5G5EA 5E4WA 4FH8A 2VLVA 3LEFA 1M0UA 2IIYA 3TCOA 3HJOA 2IFQA 2K9FA 4TR0A 2VL9A 3KCMA 4O5RA 2XC2A 1HYUA 3KJYA 1SK2A 2F9SA 4ECJA 3L9VA 2GSSA 2F3MA 4BWSA 3F6FA 4FYBA 4K7NA 3CTGA 3TB2A 3IPZA 2C4JA 3M9KA 1B48A 4KGIA 2H6XA 1SK0A 1ERUA 1EGOA 3WT1A 2GT5A 4WETA 2FCHA 2NBSA 3LXZA 3IE3A 3GV1A 2NPBA 4IBPA 4L0UA 4QL7A 1V9WA 1CQGA 3KZQA 3ZZXA 4POLA 2VD1A 5D9WA 1RW1A 4XS1A 2YOIA 5G1LA 4NHWA 4KUNA 2GQLA 2OACA 3KXOA 1VF3A 4AJ7A 1UA5A 3SBCA 5D73A 2DC5A 5D9XA 1ZZYA 2AUVA 4RUVA 3BJ5A 2LV3A 4V1Ap 4IN0A 4MZWA 3EWLA 4HDEA 3EVIA 1S3DA 3UBKA 3QOUA 2VCXA 1OE7A 4IQ1A 4IVFA 1U88A 1EV9A 1MD4A 3IDVA 5JWOB 4AF2A 4NWYA 2P5QA 2AB6A 2VLTA 2RUFA 2C3TA 3E9JB 18GSA 3CRUA 4XTSA 2XBQA 4EE0A 3BD2A 4MJAA 5INYA 2DJ3A 4GQCA 5CO3A 3ZVJA 1QK8A 2D2ZA 4HS1A 1RQMA 4K7OA 3AY8A 3KH7A 1AQXA 1A23A 4IW9A 4EDYA 3J7Yk 5G5FA 3IAS2 1HNCA 1ERWA 4WBJA 2RIIA 4GCIA 2FHEA 2YJ7A 3LG6A 2V2GA 3UVHA 1YKCA 2V1MA 2OE1A 4MMMA 1TU8A 5B8BA 1GSEA 1IYHA 2PU9C 2LEGA 5C00A 3A2WA 1PSQA 3ED3A 3TRPA 4RQRA 5J41A 1BEDA 5G31A 1MDJA 3CRTA 5JWRB 1OAZA 2WB9A 4TR3A 4HQSA 2YZUA 4G19A 2IMFA 3ZTLA 3EU4A 2E7PA 1TDIA 1YEXA 1K3YA 4EO3A 2H8LA 1SKWB 3HZ8A 1M2BA 5JCUA 5CNWA 3IXRA 3LYPA 1XPVA 4QQ7A 2DJ0A 3P90A 5CRWA 1XW6A 2H0HA 1NHOA 1S3CA 2GGTA 3CTFA 4L0WA 3M9JA 3K8NA 5GAND 2H72A 1B8XA 1T00A 3PINA 4WR5A 1FVJA 1JZOA 2FLSA 5IOXA 1TK5B 2AJQB 3VLNA 4F03A 1WOUA 1K0OA 3W8SA 4YAPA 3GIXA 3ERWA 4TKYA 2XPEA 2L59A 2B7KA 2WZ9A 1GTUA 6GSUA 2OA7A 2C0DA 5AIXA 4DSSA 2DMMA 3KD0A 2GS3A 5HFKA 2PN8A 1T7PB 2MMOA 1F3AA 4PXOA 6GSYA 4KH7A 4IS0A 2A2SA 5GAPD 4F82A 4AJ6A 1AUCA 3TKQA 3V1WA 2PERA 4X0XA 3ZLPA 1BYEA 2VO4A 3GL5A 1A2MA 4TXOA 3GSSA 1Z6NA 2I1UA 1XWGA 1F2EA 4TR4A 1NW2A 3TOTA 1ZYQB 4HZ2A 4O32A 3QAWA 2HT9A 3SWLA 3M1GA 3ZFBA 5IMVA 4FIWA 2HI7A 2GSTA 2L4QA 1WPIA 4ZBAA 3UIWA 2YNXA 1JFUA 5J9CA 1N2AA 3I69A 2X8HA 2LSTA 4ULXA 3APOA 2HE3A 2LNSA 4BWQA 4IP1A 5CRGA 3IRAA 3FHKA 4GLTA 2VAFA 3EYTA 2F51A 4XS6A 4DSQA 1EOHA 3GNJA 2ZCTA 1K0BA 1QXHA 3TKSA 4HI7A 3IK7A 4I8BA 3RAZA 4LMVA 4HU7A 4LLRA 1M9BA 3RHCA 3W6GA 3HD5A 2P0GA 3P2AA 2VLUA 4PUAA 1ILOA 3GRXA 3WGEA 4IQAA 4HUAA 4OFNA 1DBYA 2ES7A 3E0UA 2RUEA 2N5BA 3GH9A 1YY7A 5DCHA 1F9MA 10GSA 4KB3A 2C8UA 2PGTA 1YKAA 3US3A 3G7JA 1G6WA 1OC9B 2WS2A 3U5RE 5IMAA 5CP1A 2YWOA 1Q98A 2R5GA 4NAXA 1XFLA 3GN3A 5LD0A 1X5CA 2YCDA 3KM6A 4PNGA 2BMXA 2IJYA 1U87A 3KMNA 5B8AA 1KTEA 1YZXA 4ECCA 1FG4A 2AV4A 1GSDA 1Z6MA 2MYGA 1JLWA 3FYGA 4MF6A 4GWRA 2R2JA 2FWEA 4OWYA 2K8VA 1ON4A 2VUPA 4Q5QA 1R26A 4JR4A 3QCPA 2N5FA 1JLVA 4NHZA 2DIZA 4MK3A 5COHA 1F37A 4EUYA 4OO5A 3RBTA 2YV7A 5B7CA 2P5RA 2B5XA 5D9VA 2JSZA 1O81A 3G7YA 2YWMA 4PQHA 3FZ5A 1AQWA 2TRCP 4PGTA 1U3AA 2LRCA 2MMAA 1X5EA 2VL3A 4G9HA 3WT2A 4L5OA 2C3NA 3GURA 1M2AA 2GVPA 1ERVA 3VPQA 1T8EB 1K3LA 2PBJA 2N5AA 1O7UA 3I43A 3KMOA 4BVXA 4GXZA 3FY7A 5IM9A 3VWWA 3C8EA 2H66A 1AW9A 3C7MA 4HZ4A 1K0DA 1XIYA 3WD6A 3GKKA 4K1FA 2CVDA 2OKAA 5B6NA 2V41A 3F8UA 2OBIA 4ZBDA 4JEDA 1PRXA 4HEA2 4Q5NA 4YQMA 2QGVA 4PX1A 1TW9A 3UEMA 5DQSA 2JSYA 1OE8A 3DEXA 1USBA 1PKZA 2VL2A 4YAVA 3CSJA 2MMZA 1GP1A 1R7HA 5ECOB 3ZRDA 2WCIA 3TJGA 2LQOA 20GSA 5GSSA 3QFAC 1XOBA 1XWKA 5ID2A 5JCWA 4WF4A 5IOWA 1M99A 5DVBA 2CX4A 5AISA 2VL2C 3A5WA 2K18A 1X9WB 4KA0A 1GTAA 1FAAA 2WRTA 2KLXA 3D21A 1B4PA 2LQQA 2L57A 3FW2A 5EL8A 2GZZA 3IOSA 3HJMA 4F0BA 5HFIA 3FZAA 1ZOFA 1SL2B 1K0MA 3IR4A 1UC7A 1Z7PA 3RHBA 2MZCA 5EPFA 2WGRA 2E2GA 3HKRA 4YH2A 4LL4B 3Q74A 4KX4A 4XS4B 3DGQA 4ZILA 1XXUA 1Q4JA 3GX0A 2CV4A 3FR3A 1TK8B 3PGTA 1TTZA 3FZ9A 2NDOA 3GUSA 3VWXA 2PVOC 1V40A 5J5NA 3FRCA 1VF4A 1VF1A 3DWVA 1HNAA 1MDKA 2HRFA 3ZVJD 3Q19A 1TJDA 1WE0A 2HLSA 5ID2B 2HFDA 5CAXA 1V57A 2DBCA 5D96A 1T1VA 4MABA 2IL3A 4JU5A 2QKEA 3QAVA 3F4TA 3N9JA 3GKMA 3LSZA 3QMXA 5F07A 3M8NA 2H0GA 1KNGA 2PWJA 3BCKA 2O85A 2PVQA 5DAKB 4KW6A 3F6DA 2YJHA 1BG5A 3H79A 1FHEA 2KUCA 4E8EA 4EC0A 1NHYA 2I4AA 5ECHB 2H1BA 1CQHA 3APQA 2FWHA 2PMTA 3A3TA 2OJLA 5LCZA 5ECIB 2XBIA 5ECNB 4GTUA 3DMLA 4V2NA 1GSUA 3DIEA 3RDWA 4I2UA 5DJMA 3KGKA 1HD2A 1Z3EA 1EP7A 3F4RA 2QSIA 4O92A 1TRUA 1GL8A 1TI1A 1YQ1A 3HA9A 3LYKA 1K3OA 5ECPB 1ZCPA 4MP4A 3F63A 2O87A 3H4KA 4FYCA 3DYRA 4KE3A 2H6ZA 4OMVA 1JZDA 2V6KA 3GMFA 4HOJA 1K0NA 1BQ7A 3JCML 2JADA 3UL3A 3D4TA 3H1NA 4KSMA 6GSWA 4EF0A 4OO4A 3M3MA 1PX7A 1UN2A 3C71A 3A2XA 3EURA 2JACA 1OYJA 2R37A 2ON5A 1SJ6A 2ZNMA 5J4UA 1ACVA 1G6YA 1M7TA 1ZMAA 4AGSA 4N0VA 4ZB8A 3KEBA 3HDCA 1SYRA 3GL3A 3KIJA 4KNDA 2GTUA 2EIQA 4RI6A 2H1DA 2DMLA 4DEJA 1V58A 4K2DA 1EGRA 4KDXA 3J7Yb 2CT6A 3TGZA 4IKHA 1HNBA 5ECSA 1SJZA 4JZQA 4D73B 3O6TA 4EXJA 1KBNA 2YPMA 1O8XA 2H74A 4OFTA 3DXBA 1SKSB 3FR6A 1URMA 4ML1A 5F06A 2VM1A 1A2LA 4CHSA 1AAZA 1WWJA 4G10A 2LJRA 2X99A 2M80A 3EC3A 1ERTA 2XPDA 1QQ2A 4HJ2A 4KDYA 5EY6A 5E59A 1E2YA 1TKDB 2I3YA 3KH9A 4I97A 2FA8A 1YJ6A 1V98A 2CX3A 2L5OA 2GLRA 4ILFA 4YQUA 1QUWA 2GQMA 2ALBA 5ECQB 5B6MA 4X1UA 3ISOA 2HYXA 1SU9A 2P31A 3IHQA 3HXSA 3QD9A 4K7IA 2A4VA 5G30A 3ZIVA 5L71A 1WP0A 1K0AA 3TKSE 4RI7A 3TJJA 1OC9A 4ISDA 1IYIA 4J57E 5KN0A 3CBUA 13GSA 1X0RA 3C1RA 2B6MA 3Q18A 2IPAA 2HXKA 3TJFA 3TJKA 4F9ZA 3L9SA 4ECIA 3DVWA 2CAQA 4NV5A 1OKDA 5DDLA 1F6MC 1GSFA 2B7JA 2TIRA 1WIKA 1EP8A 5JWQB 4K0GA 3LFLA 2H73A 2H19A 5F0GA 3O3TA 2FUG2 4MA9A 4K6XA 4PQIA 4OD7A 4EVMA 2B1LA 4L5LA 1C72A 2H0IA 2AHEA 4I5QA 5KN2A 4XHMA 2DSAA 1O73A 3EMXA 3KP8A 3TKSC 4ACSA 1YDKA 5LNKe 2L6DA 4PNFA 1BX9A 4IHUA 3CSIA 2IMDA 2E0QA 1XBSA 2YWNA 2C0GA 2ZUPA 2L5LA 4ZBBA 5ECKB 3C1SA 2GSQA 3IC4A 3KTBA 1W4VA 3ZMLA 1U6TA 5CREA 19GSA 3GKXA 3VK9A 2MMNA 5HR3A 3F0IA 4MH2A 3UAPA 4MZCA 1EOGA 1GTBA 3IV4A 3FR9A 4CDOA 1A2JA 5G1KA 1EEJA 2X8GA 2O8VB 2VD0A 3NOFA 1GSSA 2C0EA 3VPTA 1J0FA 2HZEB 2G0FA 2VCVA 3VFIA 4J56E 4ML6A 2B1KA 2GT6A 2OADA 4PUFC 5FWGA 4L8EA 3GA4A 3UJ1A 1DE2A 2IMKA 1THOA 5DCGA 5ECLB 2C1YA 2FWGA 1SL1B 1PKWA 1EZKA 1TRWA 1W89A 3QFBC 5IMZA 4BVYA 1BJXA 1T4ZA 1G0TA 4MDCA 2HZFA 1WRYA 2LRTA 5IO2A 2KOKA 1O85A 2DJ2A 5IMCA 1DSBA 2OBKA 4Q5FA 1OC3A 2GQKA 1O8WA 4Z7XA 2B3SA 3C73A 1GWCA 3LQ7A 5ENUA 5HR1A 4KAEA 4WF5A 5A4VA 5D9TA 4EKZA 1XVQA 4WEYA 2E2MA 1PD21 1SK1A 3DVXA 1GUHA 5D8IA 2IN3A 1VGLA 4WXTA 1FVKA 4XS4A 1GSQA 3ZMKA 4I6XA 3DRNA 2IMIA 4WBRD 3GH6A 5JCGA 1GLPA 2VCWA 5F05A 4ZL7A 2VIMA 1JZWA 4PQ1A 9GSSA 1FO5A 1M9AA 3EE2A 3L9UA 3G7IA 4LA1A 3TOUA 4ECBA 1ABAA 2R4VA 4TN8A 3S9FA 2FGXA 1FB0A 1GUMA 5ECMB 4BL7A 3LWAA 2H71A 1GULA 3L4NA 2VCQA 1THXA 3ERFA 5IO0A 4KDUA 2IMEA 6GSXA 2YP6A 2J23A 4TRXA 5FHIA 4GRFA 1U3IA 12GSA 5DAKA 3QDNA 2EIOA 4MJBA 1X9SB 1S3AA 3P7XA 4V2LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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