3J7Yb

Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
148
structure length
148
Chain Sequence
TARGTPSRFLASVLHNGLGRYVQQLQRLSFSVSRDGASSRGAREFVEREVIDFARRNPGVVIYVNSRPCCVPRVVAEYLNGAVREESIHCKSVEEISTLVQKLADQSGLDVIRIRKPFHTDNPSIQGQWHPFTNKPTTFRGLRPREVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords 16S rRNA
publication title Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
total genus 24
structure length 148
sequence length 148
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
b PF05047 L51_S25_CI-B8 Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3j7yb00
2L5OA 4D73B 3G7YA 1OKTA 1F3AA 3GTUA 1I9DA 2H70A 1URMA 1SYXA 2PBJA 4YAPA 1HNBA 4KDUA 1HQOA 1A8YA 4ILFA 3CTFA 1TKDB 1GULA 1XWGA 3FZ5A 1ZOFA 1JZOA 1HYUA 2PVOC 5ENUA 5B6NA 2R5GA 4AF2A 2H6XA 5LD0A 4MJEA 2LNSA 2GQMA 2OE1A 2E0QA 4DSQA 2R37A 1MDIA 1K0AA 1PX6A 1R26A 2YOIA 3EINA 3QR6A 4TR4A 3RBTA 1HNCA 3WYWA 1U87A 4GRFA 4MK3A 1ACVA 1YQ1A 4EC0A 2QKEA 4QL9A 1Y6EA 4L5LA 1FOVA 5COHA 2LQOA 2MMOA 2I4AA 2F51A 4DSSB 3IK9A 2G2QA 1R7HA 1VRSD 2KP2A 4WXTA 1TRVA 3F4SA 3KIJA 1EP7A 2C0FA 4NV5A 2L4CA 3QMXA 2JZSA 3GH9A 1QMVA 3F3QA 2M72A 4F2IA 3LJRA 2P5RA 4HEA2 1MDKA 1O73A 1TK0B 1TRWA 1Z6MA 12GSA 2VM2A 4BVXA 2H6YA 4YAVA 5ABRA 4EKZA 1A8LA 5J9CA 1V40A 4EUYA 1G6YA 4MJCA 3NOFA 2JZRA 1B4QA 1WMJA 1T4ZA 3GRXA 4G2EA 1PSQA 2IN3A 4NAXA 4LL4B 2FHEA 2VOCA 3PR8A 1H4OA 3TKRA 4CW9A 5ECIB 4E8EA 4TR1A 2XBQA 2P31A 3EURA 1SJ6A 1V98A 3MAKA 2FD3A 1K0BA 3G9BA 2LS5A 14GSA 1WRYA 1TRSA 4MPFA 5AN1A 3F8UA 1BG5A 3LXZA 3KMNA 2K8VA 2V6OA 3GNJA 1AC1A 4O7HA 3HHVA 4J56E 3O3TA 3GX8A 3TJKA 3ZIVA 2DSAA 1G6WA 1WPIA 5GSTA 3UVHA 4N30A 4AJ6A 2YZUA 4WF5A 1PL2A 1JFUA 1XXUA 4WKWA 4G9HA 5CRDA 4IP1A 2NBSA 4D73A 2PMTA 5JWRB 1ST9A 1KNGA 4JEDA 5FHIA 4GTUA 1O8WA 1EV4A 2JSZA 2L5LA 2VO4A 2OACA 1XVQA 3GV1A 3TRPA 1SENA 4FYCA 3KTLA 4LMWA 3GSTA 4TVEA 5CO3A 2LRCA 5IOXA 2PUKC 4FYUA 4MF7A 1Y25A 2WJUA 1AXDA 5A5KA 4Q5QA 2IIYA 1OYJA 1MD4A 1OC9B 3W6GA 6GSTA 3SWLA 3GYKA 3VWUA 1DBYA 4GF0A 2HI7A 4JE1A 1GSFA 2VCZA 1SJIA 2VCWA 1OE8A 4DSSA 2VCXA 2GQLA 3LXTA 2C3QA 3UBKA 3TRQA 4N0VA 2XHFA 2HZFA 1GUHA 2AJQB 2C8UA 3LFLA 2L6DA 5F06A 1W4VA 4GCIA 2P0GA 2LRTA 4V1Ag 4ZIJA 1XVWA 3VI7A 3EWLA 3H8QA 3TDGA 1C72A 3FR3A 3U6VA 2B7JA 2ZUPA 4F82A 1NHOA 1PGTA 1HNAA 4O5RA 2ZCTA 3ZVJA 3FRCA 4GSTA 3KXOA 1M9BA 1GTAA 1QGVA 2EC4A 2H30A 3IAM2 4MA9A 2JU5A 2CVDA 5HFIA 4WBJA 2CVKA 3ZTLA 1TP9A 3KM6A 3HJMA 2L57A 3FW2A 2ON7A 2C0DA 5JWQB 4K7IA 1K3YA 1N8JA 2LSTA 1F2EA 2B1KA 4L8EA 2FUG2 1EEMA 2YWNA 3M1GA 3VFIA 3SBCA 5FWGA 1GSEA 5G5EA 1AQWA 2C3TA 1T3BA 2HXKA 4PQIA 3LORA 2M46A 5B8AA 2ZNMA 3CSJA 6GSXA 4FYBA 5G2ZA 2B1LA 3R2QA 3FKFA 1XW6A 11GSA 3TJGA 4GQFA 2B5XA 1XZOA 2A4VA 1GRXA 2LKUA 4WF4A 2MMZA 2DJ0A 5D93A 6GSWA 2DJ3A 2H6ZA 2H1BA 5IMZA 3GTUB 5ECKB 2I81A 4LMVA 4KNDA 3TJBA 1BEDA 4EF0A 2WS2A 3CMIA 3UOMA 2FA4A 4I97A 1GTIA 2H0HA 5KEJA 2PERA 1ERWA 1K0OA 5J41A 1YKAA 5EY6A 5ECPB 4ISDA 7GSSA 3HVSA 4QL7A 3KCMA 3L9SA 2GSSA 3VPQA 3UAPA 1V57A 4I8BA 1XFLA 4Z7XA 2YWMA 3E9JB 2N5BA 1M9AA 4OFNA 1FVKA 2IMDA 1GSUA 2GVPA 3CSIA 3LSZA 2JADA 2VAFA 2HRFA 2CVBA 3CBUA 1EWXA 5E59A 4OFMA 3FZAA 3DIEA 4MLYA 1GSQA 3ERGA 2C3NA 3W8SA 1OC9A 4EL1A 4HDEA 5AIXA 4ECBA 4MABA 1YY7A 1SKRB 3Q74A 1PN9A 3HDCA 3KMOA 3ZVJD 1O6JA 5C00A 4ZXGA 2LQQA 2FLSA 3UL3A 3VWVA 3F63A 4PURA 4NPBA 5IPGA 3UIWA 4AJ8A 3G7IA 3L9VA 4BA7A 5B6MA 1T8EB 4F9ZA 1V2AA 5GZZB 3DD3A 4XS1A 4KAEA 1JHBA 2TRCP 2I1UA 18GSA 3TB2A 2YWIA 3N9JA 1THOA 2TIRA 1JLWA 1QXHA 5A4WA 3E0UA 20GSA 3UBLA 1I5GA 4ID0A 2NPBA 2QSIA 3BCKA 4ZL7A 1GLQA 3HVXA 1G0TA 3DVWA 5CNWA 4EO3A 4EVMA 4TN8A 3A5WA 1BAYA 3S9FA 1EP8A 3EE2A 1DE2A 1SL1B 3VWXA 2HE3A 3EYTA 1TOFA 2GSQA 2YWOA 2IWTA 2VCQA 3BJ5A 2KLXA 3H93A 4OO4A 3VI5A 3KEBA 1OC8A 16GSA 4HJMA 2XC2A 2OBIA 3HVVA 1XWKA 2MMAA 2CX3A 3QAGA 1NHYA 4KB3A 2XPEA 3IOSA 1M7TA 5KN1A 3I6AA 2R4VA 1GH2A 5GSSA 5ID2A 1AIUA 1XOBA 4Q5NA 1GTUA 5F0GA 5DBQA 3MNGA 4N11A 1MEKA 1EOHA 5FT3A 3A2WA 3DMLA 1U3AA 3ERFA 3L78A 2RUFA 2H8LA 1G7EA 4WEYA 1SK2A 3FR9A 3ZREA 3HXSA 5IO0A 3D21A 2YCDA 2C1YA 2O7KA 3GKXA 2O85A 3F6FA 1GL8A 1SK0A 2E7PA 2R2JA 5HR1A 1DE1A 4OCFA 2DIZA 4MCUA 3ZFBA 3Q6OA 3CYNA 2FWHA 2LJRA 2V2GA 4XS4B 2DIYA 1SU9A 1W89A 1WOUA 1PA3A 5B7CA 1SK1A 1VF3A 5AIVA 1FW1A 4TXVA 2WZ9A 3NIVA 2OA7A 2IL3A 3F3RA 3GMFA 2GDRA 2M80A 3TGZA 2XPDA 4IJ3A 1TJDA 3L0HA 1T4YA 4CHSA 2GZPA 4RI6A 5A4VA 2HSHA 2A2SA 1YEPA 1A2MA 1LJRA 4RI7A 1H75A 2VLUA 2FWGA 5H5SA 2OKAA 4ZILA 1JZWA 4ZB9A 3KJYA 4JU5A 4PGTA 1B8XA 1FO5A 3P8WA 3VPTA 6GSVA 3DKSA 1A2JA 1ON4A 4OWYA 1TXXA 2VIMA 4HOJA 4WBRD 3HZ8A 1BX9A 3FEUA 1F9MA 3M9KA 4BWSA 1PMTA 4K8MA 4IGJA 2QC7A 1EZKA 4JR4A 2O8VB 4X1UA 1J9BA 3M3MA 4OMVA 2F3MA 4O92A 5J5NA 1B48A 2WRTA 3IAS2 4MF6A 2L6CA 5LNKe 1K0MA 3APQA 1WE0A 4PXOA 2D2ZA 3P2AA 1USBA 2H74A 2BMXA 2H1AA 3C8EA 1AAZA 3D4TA 2GSTA 4RUVA 5ELGA 2IMEA 5DAKB 2GTUA 4KDYA 5EPFA 4ZL8A 1AUCA 1M0UA 4CDOA 3CRUA 3EMXA 3GSSA 5J3RA 3GL5A 3LEFA 4K6XA 2RLIA 1AW9A 5CRHA 3IC4A 4OO5A 1T00A 1X9SB 1GSDA 3IE3A 1J0FA 1IYHA 3WGXA 4HI7A 2K18A 2FY6A 5F07A 1EOGA 3MDKA 3PH9A 4GSNA 4P3YB 1B4PA 4IJIA 2GT6A 5ECRB 1T7PB 4XRDA 4MJBA 2HNLA 3GH6A 3NZNA 2BTOT 4ZL9A 1YDKA 3C71A 17GSA 1TI1A 2HZEB 2MMNA 3WT1A 5A4UA 4E8HA 4IELA 4YH2A 2O87A 5ELAA 2FCHA 2MBTA 2C0GA 2TRXA 3H79A 1UA5A 2K8SA 4XS4A 19GSA 3QOUA 1WWJA 4ECCA 3BBYA 1TTZA 4AJ7A 5HR0A 2DJ1A 4HZ2A 1MDJA 3Q19A 2N5AA 4NHZA 2WFCA 2L4QA 4N10A 2GZZA 5ECOB 3H1NA 2CQ9A 3HY2A 4NHWA 4DSRA 2E2GA 2C0EA 3CXGA 5H5QA 1X0RA 2CZ2A 3ZMKA 2MZCA 3HA9A 5D9VA 3ZLPA 4POKA 9GSSA 2VCVA 4I6XA 2VUPA 2WDUA 3GHAA 2NDOA 1RW1A 1F37A 5F8BA 3A2VA 3FK8A 2H66A 2H72A 4FIWA 2CA8A 2LUSA 1THXA 10GSA 2IMIA 2H19A 4F0BA 1SD9A 3QD9A 4PUFC 5DVBA 4TXOB 4K1FA 4PUAA 5HQPA 1QFNA 3KH7A 5LCZA 3IRAA 4IVFA 2CAQA 1M99A 1U6TA 2VCTA 4I2TA 1YZXA 2LNTA 3UMAA 2KUCA 2GS3A 2XBIA 2CX4A 1U3IA 2G0FA 1U88A 2MBSA 4O32A 4XHMA 4IKHA 3F4RA 2DJKA 3ZZXA 5DAKA 4MH3A 3G7JA 5ID2B 4PNFA 5INYA 3F4TA 5G31A 5KN2A 4KGIA 4I2UA 4MH2A 3HD5A 2PPTA 3ZYWA 2KP1A 4EDYA 1MD3A 4KX4A 2YZHA 3C1RA 4L0UA 2O89A 4YQVA 3LYKA 2X64A 4HS1A 1A0FA 1ZCPA 4KCEA 4TOPA 3K8NA 5EVOA 4HJ2A 4K7OA 1XOAA 4BPYA 1O85A 2HZEA 2L59A 3TKSE 4ML6A 5IMVA 3FZ9A 4JZQA 3MSZA 3I9V2 3DGQA 3P7XA 2NTOA 3MWHA 4HU7A 2CZ3A 4DVCA 1FG4A 3HZ4A 2WULA 3L9UA 1ZYEA 1TI3A 5AISA 3QPMA 1UC7A 3O76A 1PKWA 4HU9A 2F8FA 3TRXA 1K0CA 4KA0A 3ISOA 4POLA 1AQVA 2OADA 1VF1A 1YEXA 1TU7A 3BCIA 4KSMA 1SKSB 3ZIJA 4MDCA 1ILOA 2R6KA 1GTBA 4KE3A 4POBA 1BJXA 3FYGA 4L0WA 3D5JA 2HT9A 1X9MB 4KH7A 1SKWB 1CQHA 1XW5A 4XS6A 2REMA 4K2DA 4WR5A 4ZB6A 1SYRA 5G30A 4JBBA 2JACA 5ECLB 5D9TA 2GQKA 3TOUA 3W8JA 1XBSA 1V9WA 2LRNA 4GXZA 1UN2A 5AGYA 3J7Yb 4Q5RA 3WGEA 1TRUA 1PQNA 2J9HA 5ECNB 4PQ1A 4TXOA 4V1Ap 5HFKA 1EGRA 4HQZA 3RHBA 4FH8A 5KN0A 5HR3A 1RK4A 22GSA 2H0GA 2OE3A 4X0XA 1IYIA 5L71A 3HYPA 4V2MA 4POMA 1ZGNA 5D96A 2IMFA 4HQSA 5ECMB 3BOAA 1ERTA 5D73A 3C73A 1YF0A 2YN1A 2H76A 2V6KA 2YJHA 4KUNA 4GSSA 2CT6A 4YQUA 3JCML 4TRXA 2HYXA 4MMMA 4X43A 3GL3A 1AQXA 3FY7A 2K9FA 4WR4A 2H71A 1X9WB 4OD7A 2VL2C 1F3BA 3QFBC 2VD1A 2WGRA 1PKZA 6GSYA 1Z7RA 3A3TA 5E4WA 3QFAC 2B3SA 1KEBA 4TKYA 1SD8A 1R4WA 2H75A 3IA1A 1YJ6A 2X8CA 3ME7A 5DQSA 1OVNA 2LV3A 3Q18A 2KHPA 2HLSA 1TU8A 1M2DA 3LWAA 2NVLA 1Z3EA 3KD0A 2V32A 2K6VA 3D0ZA 1OE7A 2ON5A 1Z9HA 4IQAA 1S3AA 13GSA 4J57E 3DEXA 3DRNA 3ED3A 1NW2A 2JL4A 1FB0A 2YANA 4EXJA 2YJ7A 3RPPA 4GQCA 4LLRA 2H01A 1ZYQB 4ACSA 1CQGA 1S3CA 3ME8A 2FGXA 1TW9A 5IMCA 3QCPA 3IXRA 4ML1A 3ERWA 3TJJA 1XIYA 1ZL9A 5GAND 2Z9SA 1MTCA 5G5FA 4V2NA 5DDLA 2GGTA 1VF4A 4BWQA 2LJKA 4F03A 3FR6A 5ECSA 4KW6A 2ALBA 3WGDA 5G1KA 1KBNA 1YF1A 2V41A 3VURA 1OAZA 1SL0B 4MZCA 3GKMA 3IHQA 5D8IA 3IV4A 5JCWA 4MZBA 4KDXA 4MJAA 2DLXA 1XW9A 5HFGA 5H5RA 2OJLA 2DJJA 4GWRA 1G7OA 1XPVA 3DXBA 2EIOA 3VWWA 4XCSA 2ES7A 3CSHA 4Q5FA 2LJAA 4ZBBA 1TK8B 6GSSA 4XRAA 4NV2A 3V1WA 2I9HA 4TR0A 2LTKA 2H73A 1PRXA 2IFQB 3PGTA 4ULXA 4KCAA 2YNXA 1V58A 1XCCA 4V2LA 1LU4A 2GSRA 2C4JA 4I5QA 4PX1A 1ZMAA 1X5CA 2B6MA 4ECIA 1ERUA 1DUGA 5J9BA 1E6BA 2PN8A 4L5OA 4ZBDA 3APOA 5ECHB 1X5DA 2HRNA 2X99A 2V1MA 3ZL5A 3TKPA 1ERVA 4LL1B 1J08A 1NM3A 3I69A 5DJLA 1QK8A 1GUKA 2N5FA 3EMPA 3F0IA 2HSYA 4MP4A 1KTEA 5DCGA 1T1VA 1A0RP 1R5PA 1GSYA 4RQRA 1RQMA 1GLPA 1ABAA 1EV9A 1XWBA 3GN3A 3J7Yk 2VL3A 1Z6NA 5IQYA 5CRGA 2WB9A 3D4MA 3EU3A 3F6DA 2OBKA 1Q98A 3E3EA 3GIXA 2P5QA 3PINA 5KN3A 1YKCA 3DVXA 2F9SA 3IBHA 2AHEA 3M0FA 5GAPD 5IPHA 5JCGA 4NMUA 4QQ7A 1FAAA 1E2YA 3UEMA 1PL1A 1OKDA 2R3XA 3GKNA 3KTBA 4TR3A 4ECJA 5IOWA 3ZFLA 2VL2A 1SL2B 1B9XC 3LQ7A 1JLVA 3LGCA 1VF2A 5CAXA 1WJKA 3TKSC 1X5EA 2RM6A 2RM5A 3WT2A 5CP1A 1LBKA 2VL9A 1EGOA 4F0CA 2AUVA 3RHCA 2B5EA 3QDNA 3FZ4A 4IN0A 1A24A 5JWOB 2KOKA 5DALB 2FA8A 3HJOA 3GKKA 1UVZA 1GWCA 1SJZA 1JZRA 1VGLA 1K0NA 1JZDA 3VK9A 2PWJA 3KZQA 5C04A 4PNGA 3KP9A 1GUMA 5IM9A 4KSOA 4JRRA 1EEJA 3TOTA 2BJXA 3U5RE 1B9YC 4LA1A 5ECQB 5IMAA 3OR5A 2FWEA 4HZ4A 4XTSA 4XIHA 1O81A 3EU4A 4OCEA 1K0DA 2GT5A 5CYYA 3F9UA 2GLRA 1M2BA 3AY8A 1WIKA 4TW5A 3M8NA 3GUSA 6GSUA 3KH9A 5J4UA 2PGTA 3KP8A 5IIZA 2VLVA 4IQ1A 1XWCA 2IFQA 1Q4JA 3O6TA 3LG6A 1BYEA 2X8GA 1M2AA 1GNWA 3UJ1A 4JR6A 1XWAA 1PD21 2DJ2A 2VM1A 1N2AA 4ZBAA 3GFKA 3US3A 1O8XA 4K9ZA 3TUEA 2EIRA 5D9WA 1F6MC 2PU9C 1O7UA 4PQHA 2YV7A 3QAVA 1TK5B 5D9XA 3L4NA 4NXIA 3A2XA 4IHUA 3EC3A 4ZB8A 3ZITA 2FNOA 3IDVA 4H86A 5EL8A 3RPNA 1FVJA 3GX0A 2IMKA 1DSBA 1S3DA 1NSWA 3CTGA 3HCZA 4FO5A 3M9JA 1GNEA 2JSYA 3N5OA 1A2LA 2CAIA 4J2FA 1K3LA 3HJPA 5CREA 2JZTA 2DMMA 3TCOA 3BD2A 1OC3A 3P90A 4EDZA 5CRWA 2X8HA 2YPMA 2IPAA 2I3YA 2YP6A 3RDWA 3ZMLA 3HKRA 3QAWA 4MPGA 8GSSA 4WETA 5F05A 5HR2A 2OE0A 3IPZA 3D6IA 4DEJA 1FHEA 5IMFA 2PVQA 2YV9A 3CRTA 2B7KA 1R5AA 2DBCA 2E2MA 3EVIA 3DYRA 4IS0A 2LEGA 2AYTA 1K3OA 1QQ2A 2WCIA 3UVTA 1Z5YE 1PX7A 5DCHA 3IR4A 4IP6A 1A23A 4K0NA 5DALA 5JCUA 4OFTA 1WP0A 4G19A 4K7NA 3D22A 4EE0A 5IO2A 1GSSA 4IBPA 2AV4A 4HUAA 5IMDA 3WD6A 3IK7A 3C7MA 2QGVA 3H4KA 2MYGA 4NWYA 2VD0A 1BQ7A 2H0IA 2J23A 2AB6A 2RUEA 2H1GA 4TR1B 2DC5A 2HFDA 4MZWA 4YQMA 2AAWA 2FWFA 4K0GA 1Z7PA 3C1SA 4RQXA 5DJMA 3TKSA 2F8AA 3GA4A 4G10A 2DMLA 3UARA 1QUWA 4BL7A 3KGKA 2EIQA 3TKQA 4GLTA 5B8BA 2A2RA 4N0ZA 2C80A 1HD2A 1FB6A 1ZZYA 2B5YA 2H1DA 3RAZA 3FHKA 3GURA 3LYPA 4IW9A 3APSA 3TJFA 3DWVA 5DQYA 4MF5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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