3J7Yb

Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
148
structure length
148
Chain Sequence
TARGTPSRFLASVLHNGLGRYVQQLQRLSFSVSRDGASSRGAREFVEREVIDFARRNPGVVIYVNSRPCCVPRVVAEYLNGAVREESIHCKSVEEISTLVQKLADQSGLDVIRIRKPFHTDNPSIQGQWHPFTNKPTTFRGLRPREVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
publication title Structure of the large ribosomal subunit from human mitochondria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 16S rRNA
total genus 24
structure length 148
sequence length 148
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
b PF05047 L51_S25_CI-B8 Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3j7yb00
4GRFA 4ZB9A 4TR3A 2MZCA 3AY8A 1XW6A 3PH9A 2O85A 2PWJA 2H19A 1N2AA 3QAWA 1YDKA 3BOAA 1B4QA 4BA7A 2L5LA 4HOJA 4OCFA 2GT6A 1A23A 4MK3A 3V1WA 1TI1A 2B6MA 1XCCA 5DALA 1NM3A 2HRNA 1IYHA 1GH2A 2HRFA 4IN0A 4X43A 2B5YA 2L4QA 1XVWA 1ERWA 4BVXA 5G30A 3ZIVA 1UA5A 2AB6A 1GTAA 1PN9A 3LSZA 1A2LA 5KN2A 4MLYA 5ECQB 1F2EA 4GQCA 4ISDA 3WGDA 2JZTA 2L5OA 1JLWA 5G1LA 2IMDA 2KHPA 4ECIA 1PL2A 1TJDA 1SJIA 4JR6A 1EOGA 4EKZA 1LU4A 2KP1A 2NVLA 5CRDA 2XPEA 1HQOA 3IAM2 1YF0A 2OA7A 2RUEA 3D0ZA 1GP1A 2PGTA 5IPGA 4NHZA 2H0GA 3W8JA 4F2IA 5ECIB 3O3TA 1G6YA 2B7JA 1FB0A 3FZ4A 2WZ9A 4RUVA 2HZEA 4E8EA 1OC3A 2VCVA 3ERFA 3GIXA 2O89A 1MD4A 1XWCA 1QUWA 1I9DA 5DAKA 3ME8A 3QOUA 3R2QA 3C7MA 1GTIA 2ES7A 2CAIA 5IPHA 4EE0A 5HR3A 1CQGA 4TOPA 4HS1A 4GLTA 2DMMA 1GNEA 4V2MA 5ECHB 5IMZA 1O6JA 2GVPA 3F6FA 1OC9A 4Q5QA 3KEBA 3APQA 2H0HA 1B9YC 3GN3A 4K7NA 3WD6A 2KP2A 4EDYA 2CAQA 1YJ6A 1FHEA 5CP1A 3ZRDA 4AJ6A 5J3RA 1J08A 4GF0A 1TDIA 5HR2A 2MMNA 4JZQA 4EXJA 5DALB 2H1BA 2H01A 3HZ4A 2LQQA 5AIXA 1WOUA 2K9FA 2PMTA 1K3YA 3ZTLA 1PRXA 2DJJA 2O87A 4FIWA 2LUSA 1V9WA 2CX3A 1XWBA 2B3SA 3HVVA 4MCUA 4K0NA 4ZB6A 4PUFC 2QKEA 4BL7A 5IM9A 2VL2C 1OAZA 5DDLA 3QAGA 3VWXA 2M80A 1SL0B 3Q18A 2N5FA 2DIZA 3FKFA 2CA8A 4WBRD 1NHYA 2OE3A 2G2QA 4POKA 1XFLA 3SWLA 2H71A 3VURA 2FY6A 1X9WB 1DBYA 4BPYA 3GV1A 4DSSA 4PGTA 1O7UA 2L59A 3KD0A 2HLSA 3IXRA 5EPFA 3VI7A 3F3QA 2EIQA 1PX7A 2HZEB 3APSA 4MDCA 2LJRA 5J5NA 4MZWA 4EF0A 2DIYA 1GRXA 14GSA 3C71A 3M3MA 1QGVA 3Q6OA 4NAXA 1MDKA 3FEUA 3FK8A 4KDYA 2KLXA 3MSZA 4TR1B 4MA9A 2HNLA 4ACSA 5CO3A 1SL1B 2DJ1A 9GSSA 4HQZA 2V41A 5EY6A 3I43A 3L9VA 3ZLPA 2YNXA 2LNSA 1TRSA 4FYCA 3IBHA 2AJQB 2X64A 1XW9A 4POBA 1EP8A 4TXOA 3VWWA 3M8NA 3VLNA 2JADA 3BD2A 2D2ZA 3WGEA 2VL2A 2YV7A 2GTUA 4F9ZA 4IGJA 3F4RA 4F03A 1G6WA 4YQUA 3CYNA 1SKRB 2MYGA 1W89A 1QXHA 3KXOA 3WGXA 4O5RA 2X8CA 3ZFLA 3HDCA 2H73A 2DJ3A 1URMA 3WT2A 3C1SA 4YH2A 1AXDA 2H0IA 4O92A 1XOBA 3ZVJA 2FCHA 2LKUA 1GSDA 3HVXA 2IMFA 5B6MA 3GKKA 2H74A 4KH7A 4HJ2A 6GSTA 2XPDA 2R5GA 4LMVA 3TKPA 4HU7A 4I5QA 3GL5A 2VLUA 4LMWA 2K18A 4XS4A 3FYGA 5CYYA 3A2WA 2LRNA 1KBNA 3KTBA 4EL1A 5ECOB 5JWRB 5ELAA 3UOMA 2VD1A 5B8AA 1HNCA 5FWGA 4F82A 3L78A 3TDGA 2VO4A 1XWGA 4IP6A 2XHFA 3KP8A 1OKTA 2JL4A 1SKSB 4K7OA 4ZXGA 2C0GA 1AUCA 3GNJA 4TXOB 3FZ9A 2PU9C 3UVHA 1FAAA 3EU3A 3GA4A 1O85A 5IMFA 3A5WA 1SYXA 10GSA 13GSA 2OBIA 1U87A 4X0XA 4MH3A 4K8MA 3WT1A 2RM5A 1SK0A 1K0OA 1AQXA 1YF1A 2CVKA 5HQPA 4F0BA 2I81A 2BMXA 2HZFA 1BYEA 2H1AA 2VOCA 4BVYA 3N5OA 4P3YB 1AAZA 4LL4B 1DE2A 2VD0A 4ZBDA 2ON7A 2GQKA 1F37A 1Y25A 2HI7A 5IMVA 2GSQA 1PQNA 3HA9A 2C3TA 1XPVA 2N5BA 3UBKA 3ZIJA 1VF1A 3IC4A 3I69A 4QQ7A 1M99A 2RUFA 6GSSA 1J9BA 1ACVA 3MDKA 4XS4B 2TRCP 1Z6MA 2IMIA 3DIEA 2H1DA 1Z5YE 5DCHA 3EU4A 2WRTA 5HFIA 5IIZA 2GSRA 1V40A 3KP9A 3TRPA 1TRVA 1TK8B 2I1UA 1KEBA 3VI5A 4OFMA 2YWNA 1K0MA 6GSYA 3TOUA 2K8SA 2VM2A 4I97A 3GH9A 5HR1A 2CV4A 5D9XA 4ZILA 1T3BA 4IELA 1XOAA 3KMNA 1V58A 2FWHA 16GSA 3CTGA 5FHIA 1EP7A 5D9TA 1JZDA 1IYIA 3JCML 1FOVA 1UN2A 4JE1A 2IJYA 3DRNA 3F8UA 1GSYA 3KCMA 2F3MA 4JR4A 3DVXA 2Z9SA 1SD8A 5F8BA 1Z3EA 1F9MA 2OACA 2JZRA 2YANA 3GH6A 2K8VA 2QSIA 5F0GA 20GSA 4JU5A 1SKWB 3HY2A 2YZHA 1YQ1A 3UMAA 1MDIA 3ED3A 4NPBA 3FR9A 4I2TA 3HD5A 5D96A 2P0GA 4RI6A 5CAXA 3M0FA 1VGLA 2GGTA 5EVOA 4IJ3A 3DMLA 2CVDA 1NSWA 3TKRA 3UL3A 4POLA 5CREA 2VL9A 5ID2A 1BG5A 1GUHA 4IP1A 4OD7A 2JSZA 5CRWA 3IE3A 2C80A 1BEDA 3HCZA 2VCXA 2FUG2 5ECNB 2E2MA 2NTOA 4ZL9A 2YWOA 1SJ6A 4HDEA 2L6CA 1YEPA 2DSAA 4MPGA 4BWQA 5A4UA 1QQ2A 1A24A 5KEJA 4J2FA 4KDUA 4PNFA 5G2ZA 5DQYA 1ZCPA 1TU8A 1OC8A 3HJPA 1EZKA 3QFBC 4Q5FA 2HXKA 1GUMA 2AHEA 2I3YA 1T00A 2L57A 1VF2A 1RW1A 3UEMA 4IJIA 5GAPD 2P5RA 1PD21 2VIMA 1U88A 2VAFA 4FH8A 1WRYA 4TRXA 4ZB8A 2WGRA 3Q74A 3L0HA 4MP4A 4FO5A 4DSQA 5ECKB 3CSHA 4GWRA 1HNAA 2VCWA 1DSBA 3RPNA 3ISOA 3DKSA 3KMOA 2YJHA 1Z9HA 2R2JA 2OE1A 5F07A 2FA4A 5GAND 4ID0A 3RPPA 1S3CA 1K3LA 1G7EA 2L4CA 1C72A 2WDUA 2E7PA 2LJAA 2I4AA 2CT6A 4FYBA 5ABRA 4F0CA 2OE0A 2B1LA 1GL8A 3FRCA 4LL1B 2M46A 3LFLA 3LQ7A 1AQWA 3CSJA 2C1YA 1X0RA 2C3QA 1FW1A 1ZL9A 2GQLA 3LG6A 5G5EA 5ID2B 3HYPA 1TW9A 2DLXA 1TI3A 4XIHA 1WJKA 4N0VA 2DJ0A 2OJLA 2P31A 2WFCA 2V6OA 3Q19A 5COHA 1Z7PA 2V2GA 3UJ1A 3IHQA 1SJZA 3RBTA 1R7HA 3G7IA 4H86A 2YN1A 3ERGA 4XTSA 5LCZA 1FO5A 5JCGA 1FG4A 3E0UA 2YOIA 4AJ8A 2V6KA 4Q5NA 2C4JA 2ON5A 5G5FA 1XXUA 2VCTA 3RDWA 4AF2A 1T1VA 5JCWA 1ERVA 4XRDA 3FHKA 3BBYA 1BX9A 4EO3A 1AW9A 3IV4A 2GSTA 1S3DA 1OKDA 1Y6EA 5EL8A 1FVKA 3DVWA 4CW9A 3FZAA 2AUVA 3GKMA 3J7Yb 5D9VA 2F8AA 2QC7A 3W6GA 4O32A 3VK9A 5IO2A 3DGQA 3DYRA 5DAKB 2KUCA 3GSSA 3D21A 1V2AA 4YQVA 1EEJA 1ML6A 3HJOA 1Z7RA 2GZYA 4DVCA 1A0RP 4MZCA 2GSSA 5H5SA 3IK7A 1OC9B 3MAKA 3TKSE 18GSA 4WXTA 1G7OA 1GSUA 3QMXA 1Q4JA 3O6TA 1TRUA 2PN8A 4XCSA 4V1Ap 3L4NA 4WEYA 3E9JB 3GTUA 4D73A 1ZYQB 4AGSA 3TJGA 4ZIJA 2EIOA 4G10A 4NXIA 5D73A 1U3IA 3P90A 3P2AA 3FY7A 5CRGA 5KN0A 1B9XC 2FLSA 3N9JA 3H79A 2AV4A 1X5CA 2H6ZA 2MMZA 4XHMA 4HUAA 3FZ5A 2HFDA 1T4YA 1GSEA 2HYXA 3TB2A 1O8WA 3EYTA 1GTUA 2FWEA 4KX4A 5HFGA 1K0DA 1WE0A 4ECJA 4LLRA 2A2RA 3IR4A 3LEFA 1A8YA 3L9SA 3TJJA 5G31A 3GX0A 4EVMA 1F3BA 5H5QA 3M1GA 3TRQA 1K0BA 3LYPA 3KH9A 2FHEA 1SENA 2DBCA 1SD9A 4DSSB 2B7KA 1U6TA 4K6XA 2FD3A 2PUKC 1EWXA 1VRSD 5C00A 5H5RA 2XBQA 3EINA 4ILFA 11GSA 3ZMLA 4KE3A 3S9FA 4MPFA 4EUYA 5KN1A 1AC1A 2FWGA 1TOFA 1PMTA 5CRHA 1N8JA 4J56E 2GZZA 4L5OA 3KZQA 1GWCA 5ELGA 2L6DA 1QFNA 3GURA 3ZL5A 4TW5A 1WMJA 3KIJA 5IOXA 2LNTA 5LD0A 1SYRA 1BQ7A 2EIRA 3KTLA 4KCEA 3NOFA 6GSXA 4OFNA 1GSFA 5AGYA 3GTUB 4D73B 1ST9A 1W4VA 1SU9A 4OO5A 2CZ3A 4FYUA 2YWMA 5CNWA 4DSRA 1GSSA 3IA1A 4KSMA 1USBA 3H4KA 2JSYA 1XVQA 4XS1A 1WWJA 1OE7A 5ECLB 3VFIA 1TKDB 1JHBA 2R37A 3ZFBA 4G9HA 3HVSA 1K0AA 5DVBA 4E8HA 3HHVA 5B7CA 4YAPA 1XW5A 2O8VB 1B4PA 1QK8A 4XS6A 2GZPA 1ZYEA 3C8EA 3KH7A 1GTBA 1ILOA 1O8XA 4TKYA 4O7HA 2OADA 1R5AA 1EGOA 2WS2A 1NW2A 3EURA 2CVBA 5L71A 1ZGNA 3TGZA 2H75A 1O73A 2H70A 3J7Yk 4KB3A 5A4VA 4IHUA 3CBUA 4NV2A 3APOA 4J57E 1M9BA 2IPAA 2LJKA 3RAZA 3LGCA 6GSUA 3ZYWA 1BJXA 5JWOB 4JBBA 1SL2B 4BWSA 2C8UA 3H8QA 2CX4A 4ULXA 2DMLA 1A2JA 3PGTA 4KAEA 1EOHA 1S3AA 3TOTA 5C04A 2JZSA 3QFAC 1GLPA 2K6VA 2VUPA 4V2NA 3A2VA 2NDOA 3VPTA 3TKSC 3BCKA 1EGRA 4L8EA 2GLRA 2MBSA 6GSWA 4K7IA 3NZNA 1YKAA 3TJBA 1T4ZA 2M72A 2O7KA 3HXSA 1YY7A 4K9ZA 1MDJA 1H4OA 2TRXA 2GDRA 3CXGA 4ZBAA 2HSHA 3DWVA 4QL9A 4TXVA 5ECMB 2H6YA 4PUAA 5ECRB 4HQSA 4KW6A 2H1GA 2AYTA 3E3EA 1TRWA 3GYKA 1MTCA 5GSTA 1FVJA 3SBCA 3D4TA 1K3OA 4K1FA 3EMPA 4PQ1A 3C73A 4HEA2 1EV9A 1GLQA 1JZWA 2B1KA 3QCPA 4MJCA 3F63A 5D8IA 1TK0B 2PPTA 4GSTA 4N0ZA 2N5AA 5ECPB 1A0FA 2YCDA 2C0EA 2R6KA 1VF3A 4IVFA 4HU9A 2E0QA 3ZZXA 1A8LA 1X9SB 1RK4A 2NBSA 1X5DA 4G2EA 4V2LA 8GSSA 4CHSA 4ZL7A 1DUGA 3H93A 2FA8A 2H72A 2LQOA 3HJMA 2BJXA 2FNOA 1PL1A 3QR6A 1XIYA 3P7XA 4PNGA 4NWYA 2ZCTA 4I6XA 6GSVA 2A4VA 3TJKA 3QD9A 1GULA 4MZBA 3W8SA 1V98A 3MNGA 4N11A 2WB9A 5IQYA 4K2DA 1O81A 3EVIA 3TRXA 5J4UA 3TKSA 2J23A 2DJ2A 3A2XA 2JU5A 4YAVA 5AIVA 1GSQA 1MD3A 5FT3A 1M0UA 2DC5A 1M9AA 2KOKA 3H1NA 2FWFA 3C1RA 3ZMKA 1GNWA 4MMMA 3K8NA 1F6MC 2VL3A 19GSA 3P8WA 1PKZA 2WCIA 2V32A 3FR6A 1HYUA 4KCAA 2MBTA 3GUSA 2WJUA 3EC3A 2LSTA 2YWIA 5F05A 4GSSA 3I9V2 1U3AA 2QGVA 4L0WA 2REMA 2IWTA 1YZXA 4GQFA 4G19A 4TR1A 2IFQA 5J41A 2ALBA 1OVNA 1K0CA 3CRUA 2VCZA 2R4VA 4GTUA 1KTEA 4NV5A 3ERWA 2GQMA 1JLVA 2J9HA 3LWAA 3A3TA 5IO0A 4ECCA 1ERUA 1A2MA 1ZOFA 2IIYA 1T7PB 2LRTA 2PVQA 3G9BA 1YEXA 1XWKA 2OBKA 1WP0A 3CRTA 3NIVA 4MJEA 3D6IA 1B48A 3CTFA 2JACA 2IN3A 1KNGA 2VCQA 2PERA 2C0FA 1RQMA 3IPZA 3LXTA 4IKHA 4ML6A 1X9MB 3GFKA 1XZOA 5A4WA 4MJAA 1PSQA 1B8XA 3OR5A 1Q98A 1THXA 3CMIA 2X8GA 1QMVA 1UC7A 4ML1A 3MWHA 2RM6A 2HT9A 1TTZA 5DQSA 4OCEA 4IBPA 2F51A 1E2YA 1LJRA 4JRRA 4ZBBA 1PGTA 1J0FA 4IW9A 1UVZA 1Z6NA 5E4WA 2LRCA 1G0TA 3GHAA 4JEDA 2B5EA 4GCIA 4XRAA 5INYA 3U6VA 4ECBA 1TK5B 3IOSA 3BJ5A 5ECSA 3M9KA 1GUKA 4GSNA 5JCUA 3GKNA 2OKAA 1M2DA 1TXXA 2XC2A 3F6DA 4KSOA 5D93A 3UVTA 3UARA 3D4MA 3PR8A 1ZZYA 2MMOA 2C3NA 4LA1A 3TKQA 4MF6A 2RIIA 3QPMA 4IS0A 4ZL8A 2YJ7A 4EC0A 2NPBA 3LYKA 2G0FA 4AJ7A 4RQXA 2IFQB 3F4SA 3WYWA 2A2SA 3LORA 3HZ8A 2C0DA 2H8LA 2V1MA 3L9UA 4WBJA 4WF4A 5HR0A 4HI7A 4WKWA 3VWVA 22GSA 4WR4A 1NHOA 1OYJA 4I8BA 2X8HA 3DEXA 2F9SA 4KA0A 3CSIA 2I9HA 17GSA 5B8BA 3GX8A 2ZNMA 5A5KA 4PQHA 2R3XA 1V57A 1X5EA 1YKCA 2LV3A 1XBSA 5B6NA 4TVEA 3ZVJD 1R5PA 2CQ9A 3F9UA 4KUNA 2VLVA 4X1UA 1SK2A 5KN3A 3EMXA 1MEKA 2H30A 4HJMA 3TUEA 1AQVA 3FR3A 2RLIA 1M7TA 1ERTA 2PBJA 5AN1A 3ZITA 4I2UA 7GSSA 4Z7XA 5AISA 1HNBA 4OO4A 4NHWA 2H66A 1THOA 1XWAA 3IAS2 4N30A 3GL3A 1PA3A 3UIWA 2ZUPA 4TN8A 1WPIA 3QAVA 5F06A 1EEMA 3DXBA 3LXZA 2TIRA 1ABAA 3ZREA 3TCOA 3GSTA 1BAYA 5DCGA 3UBLA 2YP6A 2LS5A 2XBIA 5GSSA 4MF7A 5E59A 4OMVA 4EDZA 4IQAA 1LBKA 3FW2A 12GSA 2H6XA 3D5JA 4PX1A 4TR0A 3I6AA 4K0GA 2PVOC 3BCIA 2IMEA 3DD3A 4L0UA 5IMCA 1PX6A 1PKWA 4CDOA 4HZ4A 3RHBA 3GMFA 3UAPA 1T8EB 4KGIA 2FGXA 2VLTA 1JZRA 4HZ2A 3TJFA 1JFUA 2P5QA 1DE1A 2CZ2A 3ME7A 4L5LA 3LJRA 3EE2A 3KJYA 1AIUA 4N10A 4NMUA 2GS3A 2E2GA 4QL7A 2DJKA 2H76A 1SK1A 5DBQA 3VWUA 3F4TA 3G7JA 4WF5A 4Q5RA 5IMAA 3M9JA 5ENUA 1H75A 2VM1A 1I5GA 3HKRA 4WETA 4DEJA 3GRXA 5GZZB 1K0NA 5J9BA 3PINA 3D22A 5HFKA 1OE8A 2F8FA 5IMDA 1ON4A 4V1Ag 3KGKA 2X99A 4PQIA 3F3RA 3RHCA 1R4WA 3IK9A 2GT5A 4IQ1A 3GKXA 2MMAA 2B5XA 4PXOA 1TU7A 1EV4A 1E6BA 2YV9A 4PURA 3F0IA 4RI7A 4WR5A 5JWQB 4MABA 1ZMAA 5G1KA 3QDNA 2IMKA 2IL3A 4RQRA 3IDVA 2YZUA 1FB6A 1CQHA 4KNDA 1R26A 2HSYA 3U5RE 4YQMA 1M2BA 5D9WA 1TP9A 3KM6A 5LNKe 5DJLA 4MH2A 2YPMA 4GXZA 5DJMA 5IOWA 3IRAA 2WULA 2LEGA 3O76A 4KDXA 2AAWA 2LTKA 1F3AA 4OWYA 4MJBA 1JZOA 1WIKA 5J9CA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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