1F9MA

Crystal structure of thioredoxin f from spinach chloroplast (short form)
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MEAIVGKVTEVNKDTFWPIVKAAGDKPVVLDMFTQWCGPCKAMAPKYEKLAEEYLDVIFLKLDCNQENKTLAKELGIRVVPTFKILKENSVVGEVTGAKYDKLLEAIQAARS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two functionally different thioredoxins in spinach chloroplasts.
pubmed doi rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Spinacia oleracea
molecule keywords THIOREDOXIN F
total genus 30
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1f9mA00
1PRXA 1JZRA 3D4MA 3EU3A 5D8IA 5ID2A 4LL4B 4XS6A 3EU4A 5D93A 1SL2B 5J3RA 4HZ4A 1XWBA 1S3DA 2KOKA 5ECLB 4GSTA 5F0GA 1MDKA 2H6YA 3CYNA 1YJ6A 5ELGA 2JSYA 3ZREA 1J9BA 3HA9A 3LXZA 3VURA 1AW9A 2WCIA 4ILFA 5IMVA 2B5EA 4WBJA 3MSZA 1QFNA 1Q4JA 2VCXA 1SK2A 2NTOA 3W8SA 4XS1A 3VWWA 20GSA 2BMXA 2ES7A 2K8VA 3FW2A 3APQA 3KXOA 1PKZA 5LD0A 3M1GA 4K1FA 5D9XA 3D21A 2PMTA 4I97A 3F4TA 5HR3A 5IPGA 2VOCA 4KX4A 2MMOA 2DJ1A 1G7OA 3D5JA 1A0FA 3P90A 1TK5B 4I6XA 5A4WA 3TOUA 1E2YA 1SU9A 3UIWA 3M8NA 2HFDA 4ECCA 5DCHA 3GKXA 4MABA 4KDYA 3IXRA 3GTUA 2DMLA 1XZOA 2OE1A 1TDIA 1RW1A 2YZHA 4NPBA 4TR0A 2GZZA 2O7KA 2VM2A 1FB6A 4EO3A 3AY8A 3APOA 1GSYA 4WKWA 1ZYQB 2IMIA 1T7PB 2YJ7A 1GLPA 1OC8A 3GKMA 1T1VA 1G6WA 4EKZA 4L5OA 2YN1A 2CX3A 1K3OA 1F37A 2I81A 2BTOT 1AIUA 5CRHA 1PD21 1T4YA 4OMVA 4OCFA 3FKFA 4G10A 2IWTA 2FGXA 2LS5A 3H93A 1O8XA 5KN2A 3GA4A 5IMZA 5AIVA 1T8EB 4EVMA 4PNGA 4PUFC 4MF5A 5F05A 22GSA 5CNWA 1X9WB 3O3TA 1FB0A 1XWAA 5ID2B 3J7Yb 2R6KA 4EUYA 4LL1B 1TP9A 4I5QA 3LGCA 2FY6A 2LRTA 2VUPA 3M3MA 3FZ4A 3ZZXA 3GMFA 2H0HA 1XWCA 1EP8A 2DIZA 2WZ9A 2CVKA 2I9HA 3TOTA 4V2LA 5CRGA 2L6CA 2XHFA 2FA8A 3MNGA 2YWMA 5IIZA 5ELAA 5CRDA 3H4KA 3DRNA 3QCPA 4IQAA 1V2AA 3G7JA 4IP1A 5ECMB 4RUVA 2HT9A 2VL2C 2M46A 1GLQA 2LTKA 5CO3A 3US3A 4FYUA 4IHUA 4O32A 4HUAA 4TVEA 2H19A 4Q5NA 2H76A 1GSDA 3WT2A 2N5AA 3APSA 3IK9A 2CA8A 1PL2A 3E0UA 4ISDA 4DVCA 5ECSA 5J9CA 5JWOB 3RBTA 2H1GA 2C0EA 3TRXA 3HJMA 6GSVA 2CVDA 3VLNA 4ZL9A 2P0GA 1OVNA 3A2VA 3K8NA 3GTUB 1PGTA 4O5RA 5G30A 6GSUA 5H5SA 2YOIA 1FW1A 1VGLA 4OWYA 3KMNA 1DE2A 2HI7A 3U5RE 2IL3A 2YP6A 4MJCA 1WPIA 4IVFA 1O73A 3CMIA 3FEUA 1X5EA 2EC4A 4K2DA 3MDKA 3HKRA 1UC7A 2P31A 3BCIA 4KDXA 4MPGA 2REMA 1B4PA 1V9WA 1ZL9A 1KEBA 5HFKA 2RM5A 4K0GA 1BYEA 4IW9A 3KM6A 1GSSA 1TK0B 4HS1A 1FAAA 1F2EA 4N0ZA 4Q5QA 1VF2A 2G2QA 4F9ZA 3QAVA 1B4QA 3HVSA 3DEXA 2C4JA 4KDUA 1XCCA 4ZBAA 2VD0A 4MMMA 1ACVA 3A2WA 5B6NA 18GSA 4HEA2 4PXOA 1KNGA 1S3CA 3TJJA 1X9SB 1GRXA 3UMAA 4ZB6A 5IO2A 2C8UA 3V1WA 3F0IA 2F8FA 2YWNA 4OFTA 5ECPB 1TXXA 2C0FA 3UOMA 2MMNA 2AB6A 2FCHA 4LA1A 4BVXA 2C3NA 5IOWA 1ERVA 2O85A 2XPEA 1MDIA 1K3YA 3CSHA 1K0MA 1X5DA 4KW6A 1ZYEA 10GSA 3L4NA 3I9V2 4PQ1A 1QK8A 4I2UA 2B7KA 4V1Ap 3UVHA 1ERUA 2HRFA 2VM1A 4NAXA 3I6AA 1NM3A 2KP2A 2H73A 3DD3A 5ECKB 1XOBA 1T3BA 4EDZA 3ZVJD 2CZ3A 3FR3A 3F3RA 3BBYA 4YQMA 3D0ZA 5C00A 4JEDA 2PERA 3G9BA 2LSTA 1PA3A 3EMPA 3F4SA 3GL5A 5EPFA 1NHYA 4X1UA 1UA5A 3TKSE 1OC3A 1J0FA 4WR4A 1XW5A 2ZNMA 5D9VA 1DUGA 2KUCA 4PQIA 3G7YA 3GN3A 3FR9A 2DIYA 4BL7A 1A2MA 2OBKA 4L0UA 3EWLA 3KH7A 1YDKA 3QAWA 2VCVA 2J9HA 2VL3A 5J41A 1YEXA 4X0XA 3C1SA 4POBA 1S3AA 3D22A 1RQMA 2A2RA 4MZCA 2IFQA 1ML6A 5L71A 2KHPA 1GNEA 2JU5A 1IYHA 2H1DA 3TKSC 3TB2A 1Y6EA 1O8WA 1PSQA 4IP6A 2GS3A 1ILOA 4EE0A 2DJ2A 3GKNA 3HCZA 1GTUA 3KTBA 4L8EA 4NHZA 2FUG2 1TKDB 4D73A 1BEDA 1JFUA 4HQSA 4G9HA 4I2TA 1WRYA 5DJMA 3VFIA 5G5FA 4NV5A 5JCGA 1U3AA 2CQ9A 2MYGA 5INYA 2L57A 5HR1A 1TOFA 1Z9HA 1X0RA 1GULA 1K0DA 3ZTLA 3HD5A 3E9JB 3UBKA 1EOHA 3I69A 4V2MA 3F6DA 5G1LA 3KD0A 3IRAA 3IV4A 3NOFA 4TN8A 1XBSA 1X9MB 1K0NA 4DEJA 1Z6NA 2DJJA 3UARA 2WB9A 4TXOA 4GLTA 5DDLA 4O92A 1V98A 4EF0A 1QGVA 1R4WA 3LORA 3ZYWA 5HR0A 5AN1A 5F8BA 4DSSA 4KUNA 3HY2A 4G2EA 2B5YA 1A23A 2LUSA 2X64A 4F03A 2WGRA 4ZXGA 1WE0A 2EIOA 1GSEA 3WT1A 4MA9A 1MEKA 2A4VA 2HZFA 1OE7A 3TCOA 3GURA 2WRTA 3LWAA 1UN2A 4MF6A 5A5KA 6GSTA 2PU9C 3LSZA 1XWGA 3GUSA 1GL8A 1ON4A 5JWQB 1HD2A 2DC5A 4I8BA 1YF0A 4K6XA 1RK4A 4GF0A 5KN1A 19GSA 1DSBA 1SYXA 3KEBA 2X99A 4MP4A 4DSQA 3GSTA 1FVKA 1GWCA 4POMA 2JSZA 4TR1A 2QSIA 4FH8A 1B48A 1UVZA 1TRWA 1F6MC 5GZZB 3GH9A 1K0CA 2I3YA 4GRFA 4O7HA 4Q5FA 3S9FA 1Z7RA 2WDUA 4ZIJA 2JZTA 1U3IA 1AC1A 2IPAA 2JACA 4MH3A 2VO4A 2YJHA 4V1Ag 13GSA 2JZSA 5CAXA 3VI5A 1FG4A 1BAYA 2IFQB 3CTFA 2ON5A 3TDGA 1MD3A 2QC7A 4ZL8A 1MD4A 3G7IA 4IGJA 5DALB 2B7JA 1M2BA 3C71A 2MBTA 4IBPA 4ZILA 1KTEA 2VCWA 1JZDA 3HJOA 5GAND 2E2MA 3WGDA 4D73B 11GSA 5HR2A 5JCWA 2N5BA 4MZWA 4JU5A 2VLTA 4NWYA 1ABAA 4OD7A 2H75A 4GTUA 2HNLA 4AGSA 2GTUA 1XWKA 1NSWA 5DCGA 2LJAA 1Z3EA 4MLYA 1I9DA 2GSQA 4V2NA 1YKCA 2RLIA 2PPTA 2VIMA 2JADA 4TXOB 4KB3A 3ZIVA 3C73A 2CZ2A 1YY7A 5ECNB 1I5GA 4HU7A 2FWHA 5GSTA 1XOAA 3M9JA 4DSSB 2GZPA 1YZXA 1A24A 5IMDA 1OC9A 2E0QA 5KEJA 1PKWA 2AV4A 1PMTA 5LCZA 1M7TA 2H71A 3TJFA 1PN9A 3O6TA 2WJUA 5AGYA 4E8EA 2XBIA 1GTAA 1TU7A 1WP0A 3FRCA 2A2SA 4XIHA 3RPNA 1VF4A 2GVPA 1OYJA 1SK0A 3CSIA 4IELA 2PN8A 3IHQA 2VLUA 4XCSA 1QUWA 2XBQA 4XHMA 4PGTA 16GSA 4F0BA 1EGRA 1A0RP 2PGTA 2F3MA 2F8AA 3PH9A 4TR1B 5J5NA 5HFIA 2GDRA 1LJRA 3EINA 1TRVA 1BQ7A 1G7EA 2NPBA 2YCDA 3GSSA 4L5LA 2O89A 5AIXA 1XVWA 2L6DA 1HYUA 1YQ1A 4N0VA 3GYKA 1SD9A 3DIEA 2C80A 4N10A 2XPDA 2FHEA 1A2LA 1JLVA 1Z6MA 3JCML 3Q18A 3DWVA 3KP9A 5IQYA 4OO4A 3HZ4A 2PVQA 4HZ2A 4ZB8A 4CDOA 3W6GA 1LU4A 2H8LA 1N8JA 2E2GA 4KH7A 5C04A 1EOGA 2ON7A 4J57E 2R4VA 5DQSA 2DBCA 14GSA 4TRXA 1Y25A 5DAKA 3VK9A 4FYCA 3QPMA 4HU9A 1SJ6A 3QR6A 4WETA 3UVTA 5HFGA 3LYKA 2V6KA 5G5EA 1THXA 2GQKA 2HRNA 3SWLA 2FNOA 5CP1A 3IBHA 3UL3A 2HXKA 3C7MA 5AISA 3KIJA 5IMFA 4ML1A 5COHA 2GSSA 4OCEA 4ID0A 3GRXA 5E4WA 5ECRB 2DLXA 1OC9B 2C3TA 4ZL7A 3TRPA 1TW9A 3EVIA 2O87A 3HVVA 12GSA 1A2JA 4DSRA 3ERGA 2VCTA 1J08A 3I43A 4K8MA 2JL4A 1H75A 3MAKA 3DVWA 4KE3A 2RM6A 1SJZA 1GSQA 3CRTA 3NIVA 3CRUA 1ERTA 3ISOA 2CVBA 4F2IA 2VL2A 1O7UA 4GQFA 2LJRA 2LNSA 2B1KA 2H66A 1WWJA 3P2AA 3D6IA 2RUFA 5F07A 5IOXA 4AF2A 1O81A 2FWEA 1GUMA 5IO0A 2V41A 5B8AA 1EEJA 4NMUA 3DXBA 1M2DA 4K7NA 5IMAA 3ZFBA 2X8CA 5B7CA 5H5QA 1JLWA 5FT3A 2VCQA 4WR5A 1SKWB 5G2ZA 2B1LA 1W89A 2IN3A 3ME8A 4LLRA 1ZMAA 4ACSA 3P8WA 5GSSA 2YWIA 2B5XA 3U6VA 2DJ0A 3EC3A 4PURA 3QOUA 1GNWA 4KGIA 2H01A 3QDNA 4QQ7A 5ABRA 3ZRDA 1R5AA 1B9YC 1BJXA 2AUVA 2LNTA 2R5GA 4RI7A 1V57A 2C0DA 1K0AA 4IKHA 3KZQA 5J4UA 3ERFA 4YAPA 3GH6A 1HNCA 5A4UA 3F8UA 3HYPA 2H6XA 1URMA 5DAKB 4ECJA 4Z7XA 5DALA 1T00A 2V32A 3A3TA 1TTZA 4GCIA 1GP1A 4TOPA 4MK3A 1M0UA 4MH2A 3DMLA 2IMEA 3D4TA 3IK7A 4P3YB 1XW9A 3IAS2 1PX6A 3HVXA 2IMFA 5J9BA 3A2XA 1WJKA 1F3BA 1XVQA 3UJ1A 4QL9A 2PWJA 2CT6A 2H0GA 5DVBA 3J7Yk 2BJXA 1JZOA 1H4OA 3EE2A 1JHBA 4GSSA 4OFMA 2VD1A 2CAQA 2HE3A 1T4ZA 3GX8A 4AJ6A 3HXSA 2AHEA 2IMKA 2M72A 5ECOB 3IC4A 3QFBC 2I4AA 8GSSA 1FO5A 2YNXA 3TUEA 2QGVA 2H1BA 3KMOA 3KCMA 5KN0A 1IYIA 4F0CA 1F9MA 1X5CA 3PGTA 4GWRA 3EURA 3TKQA 1EWXA 4BWQA 2H72A 1ST9A 3RHBA 2J23A 2K9FA 2DMMA 1USBA 2ZCTA 3OR5A 1AAZA 3FZ5A 1GSFA 1OKDA 2YV7A 2NVLA 2B6MA 4PUAA 2OJLA 1G6YA 1ZZYA 5IPHA 5HQPA 2D2ZA 1LBKA 4MJBA 4HQZA 1AQVA 3P7XA 4KAEA 5DQYA 1CQGA 2P5QA 1R5PA 4YQVA 4XRDA 1E6BA 3WGXA 1SD8A 2C0GA 4ZBBA 2M80A 2H70A 3F4RA 4YQUA 2YZUA 4BA7A 3ZMKA 2FWFA 4ML6A 3GX0A 2CX4A 5D9WA 4MZBA 2LJKA 2OE0A 4OFNA 2LV3A 1AQXA 4LMWA 2L5OA 4EXJA 4PQHA 3TKSA 3F63A 3LYPA 4GXZA 4TR3A 2LRCA 1R26A 2R3XA 4K7OA 4IJIA 2FLSA 4KCAA 4K0NA 1ZCPA 3LG6A 3ME7A 2R37A 1HQOA 4HJMA 2MMAA 3W8JA 2K18A 4IS0A 1HNAA 1FOVA 4K9ZA 2EIQA 1TU8A 4WF5A 2YWOA 2LRNA 5G31A 3C8EA 1EV9A 1K0OA 1SJIA 5CYYA 1M9BA 1M2AA 2O8VB 4POLA 2AAWA 1SYRA 1XFLA 3HZ8A 4CW9A 1Z7PA 2GQLA 2X8HA 1SK1A 3EYTA 3QD9A 5A4VA 4WF4A 1OAZA 5DJLA 3CBUA 4MJAA 5D73A 3TRQA 4YH2A 2HSHA 4TW5A 3KTLA 3N5OA 4OO5A 3KGKA 4XTSA 4Q5RA 3MWHA 3GFKA 1VRSD 3IAM2 4E8HA 1TRUA 4QL7A 1XPVA 1GTBA 2FD3A 3A5WA 5EL8A 2GT5A 3ZMLA 1FVJA 3H8QA 5IMCA 1BX9A 4GSNA 1YEPA 3M9KA 1EGOA 3TJBA 3TKRA 4JE1A 1O6JA 3L9SA 2GSTA 2LQQA 1GUKA 2IMDA 2WULA 4LMVA 4WBRD 1ZGNA 4KCEA 3UAPA 1ERWA 1F3AA 2AJQB 1A8LA 4KA0A 4ECIA 1M99A 1U87A 3L78A 3NZNA 1TJDA 4ZBDA 3FHKA 4KNDA 1QXHA 2FA4A 5DBQA 5GAPD 1EV4A 6GSYA 4N11A 3F6FA 4BVYA 4EL1A 4EDYA 2OACA 4RI6A 3ZIJA 1VF3A 2V1MA 2GT6A 5JWRB 7GSSA 9GSSA 3CSJA 1PX7A 4WEYA 2LQOA 2H0IA 2GLRA 3ZL5A 2H6ZA 1A8YA 3IPZA 2C3QA 3HHVA 5E59A 3VWVA 1SENA 4H86A 4RQRA 2HZEA 3F9UA 2GZYA 3Q74A 3VWXA 5IM9A 2IIYA 3C1RA 2X8GA 1OE8A 3Q19A 4NXIA 1HNBA 4AJ8A 3IR4A 2ZUPA 4HDEA 1DE1A 1AUCA 2F9SA 6GSXA 4BWSA 2N5FA 2IJYA 2QKEA 3WGEA 1XXUA 2CV4A 3F3QA 1MDJA 2HYXA 3CXGA 1DBYA 3LXTA 2TRCP 3RPPA 2L4CA 3L9VA 4TR4A 5LNKe 2DSAA 2CAIA 1MTCA 1PQNA 3FZ9A 2YANA 1JZWA 4JZQA 5ECIB 3WYWA 3FYGA 2DJ3A 2AYTA 2MMZA 3BJ5A 3BCKA 4GQCA 1KBNA 3SBCA 4ECBA 2KLXA 4K7IA 1TRSA 4IN0A 1TK8B 5KN3A 3RHCA 5FHIA 2Z9SA 3GL3A 1R7HA 4JBBA 2PUKC 2KP1A 3WD6A 2HLSA 4CHSA 3PINA 3IE3A 4XS4A 3LJRA 5D96A 2GGTA 2F51A 1B8XA 5ECQB 2XC2A 2K8SA 5CRWA 1YKAA 3GHAA 3GIXA 4HOJA 2H30A 4G19A 1VF1A 2LKUA 2P5RA 3HJPA 2OKAA 1WIKA 4J2FA 3VWUA 2R2JA 1AQWA 3DYRA 2B3SA 2MZCA 3ERWA 5FWGA 3VPQA 2VAFA 5CREA 3TGZA 3IOSA 3IDVA 2MBSA 2L4QA 3H1NA 4FYBA 2K6VA 3KH9A 3LEFA 4EC0A 2V2GA 3BD2A 3QFAC 1C72A 3ZVJA 2WFCA 6GSSA 3QMXA 1EZKA 2OE3A 2TIRA 1EP7A 2L5LA 3TJKA 4BPYA 4RQXA 3M0FA 1M9AA 1GTIA 1OKTA 1XIYA 2HZEB 3FK8A 2WS2A 3CTGA 3H79A 2YPMA 3ZLPA 1B9XC 3GKKA 2OADA 2C1YA 4N30A 4MPFA 5ENUA 4ZB9A 1SKRB 1BG5A 1QQ2A 1XW6A 3BOAA 2HSYA 4MDCA 4PX1A 4XRAA 2PBJA 1U88A 3UEMA 2H74A 1SKSB 5B6MA 4MCUA 3FY7A 3ED3A 1ZOFA 2G0FA 1EEMA 3EMXA 3TJGA 2E7PA 2VLVA 3Q6OA 17GSA 1GUHA 4J56E 3ZITA 1G0TA 1TI3A 3LQ7A 5G1KA 1YF1A 5F06A 1GSUA 3UBLA 4WXTA 3L9UA 1NHOA 4TXVA 4L0WA 1O85A 5EY6A 3QAGA 2OBIA 3IA1A 1TI1A 4X43A 3N9JA 3DGQA 4HI7A 2L59A 3E3EA 1U6TA 2V6OA 2NDOA 4AJ7A 4JRRA 5B8BA 4XS4B 1W4VA 2OA7A 4HJ2A 6GSWA 1SL1B 2YV9A 4ULXA 3LFLA 4PNFA 4F82A 2JZRA 1K3LA 2I1UA 4JR4A 3VI7A 4FIWA 3PR8A 1K0BA 4JR6A 2FWGA 2VCZA 4POKA 3FZAA 5D9TA 2GQMA 1SL0B 3GV1A 4NHWA 2EIRA 3GNJA 5JCUA 3KJYA 4KSOA 4MF7A 2ALBA 2GSRA 3TKPA 3KP8A 3L0HA 3RAZA 2RIIA 3RDWA 1FHEA 2LEGA 4IQ1A 1AXDA 2PVOC 3DKSA 3DVXA 1CQHA 2TRXA 2NBSA 1QMVA 1V58A 1THOA 3FR6A 2VL9A 1WMJA 1PL1A 5EVOA 1WOUA 3O76A 4TKYA 5H5RA 1Q98A 4YAVA 3HDCA 1N2AA 4IJ3A 4MJEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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