5CAXA

Crystal structure of methanosarcina acetivorans methanoredoxin
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
96
structure length
96
Chain Sequence
KDTDKGKHVSGIDRGKIVMYGLSTCVWCKKTKKLLTDLGVDFEYVFVDLLEEEEKSNAIKQVSRFNPSVSFPTTILNDEKAIVGFKEKQIREALGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glutaredoxin
publication title Structural and Biochemical Characterizations of Methanoredoxin from Methanosarcina acetivorans, a Glutaredoxin-Like Enzyme with Coenzyme M-Dependent Protein Disulfide Reductase Activity.
pubmed doi rcsb
source organism Methanosarcina acetivorans (strain atcc 35395 / dsm 2834 / jcm 12185 / c2a)
molecule tags Oxidoreductase
total genus 25
structure length 96
sequence length 96
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5caxA00
4JEDA 5J9BA 2IN3A 1XWKA 4ZB8A 2MMZA 4H86A 2YWNA 2REMA 4GQFA 5F0GA 4LMWA 3HJOA 1EOGA 2H6ZA 3HXSA 2BJXA 2B5EA 1PA3A 2E7PA 2IMFA 1JLWA 4ZIJA 3DWVA 2H8LA 2V6KA 4OWYA 2O85A 3IDVA 1Z3EA 3BBYA 3IPZA 3ERFA 2KP1A 6GSYA 3CSJA 2AV4A 1SJZA 4IS0A 4YQVA 1YKCA 1U88A 3GHAA 14GSA 2GT6A 3F0IA 4I2UA 4DSQA 2H73A 1HQOA 3GH6A 4D73A 1GWCA 2PUKC 4ZL7A 4NAXA 3N9JA 4N30A 3FR6A 1RK4A 5DCGA 2H66A 3E9JB 1TP9A 5CAXA 3UL3A 3TRXA 1GTBA 5ECKB 2JACA 5KN1A 2O89A 3EINA 5FWGA 3GKKA 2YV7A 1A2MA 4PQ1A 3QOUA 4FYCA 3KD0A 4KX4A 1YY7A 2TIRA 3APSA 3ZRDA 1WP0A 2PN8A 3FK8A 3L0HA 1PD21 4O92A 4J57E 1PMTA 4HDEA 4KDUA 1T1VA 1JFUA 2H0IA 1UC7A 1XXUA 1V2AA 3UMAA 2B5XA 2RUFA 2VOCA 5ECNB 2B6MA 1TI3A 2XBQA 4IQAA 3HZ4A 3TRQA 4ECJA 1I9DA 1RQMA 4IP6A 5D96A 3F6DA 3TKQA 3ISOA 1DUGA 2H6YA 1MD3A 4ZXGA 1SU9A 1T00A 1V98A 4POBA 3KMNA 2LSTA 5G31A 1AC1A 1B4QA 1EOHA 4GSTA 3EYTA 1GSEA 2FLSA 2F8AA 4PGTA 4MH2A 3LJRA 3DXBA 5ELAA 3IRAA 5KN3A 4I97A 2LTKA 4EL1A 4K8MA 2YJHA 4HUAA 2FGXA 1ERUA 3FZAA 5FHIA 3IV4A 1GUKA 3C1RA 1PGTA 2HLSA 4NXIA 1M2BA 1X5DA 1ACVA 2EC4A 4K6XA 3GFKA 5HR1A 1HNAA 4IBPA 4BPYA 4MABA 1XZOA 3H79A 4KUNA 1GP1A 16GSA 2VLUA 3VPTA 1O6JA 2H01A 3GIXA 4K2DA 2CZ2A 3IK9A 4ID0A 4CHSA 1MDJA 4HI7A 2MBSA 5IMZA 5KN2A 3GTUA 1SJIA 2AYTA 5AIVA 1MDKA 1IYIA 1XOBA 2DC5A 4KAEA 1KEBA 4HQZA 1GSYA 4DSSB 3DIEA 4IGJA 4KE3A 3M9JA 5B6NA 4CDOA 2LJKA 3GRXA 3WGEA 4HZ2A 4F0CA 3H93A 1GSSA 5DQYA 2CT6A 3IOSA 5AGYA 2JL4A 3FEUA 3D6IA 3K8NA 4OMVA 2DJ3A 6GSTA 1KNGA 4OO4A 2GS3A 3HY2A 1O8XA 3MAKA 2OKAA 3G7IA 1M0UA 3TKPA 4JR6A 4FH8A 3EU4A 4JR4A 3DRNA 4OFTA 2VD1A 5D8IA 1PRXA 3S9FA 5G1LA 2GQLA 4IN0A 4KCAA 2FUG2 4BA7A 2GTUA 4JRRA 2LKUA 3L4NA 4MF7A 2LEGA 4BVYA 5J41A 5F05A 4AJ7A 1TRSA 2A2RA 3QAVA 2E0QA 1OC3A 1OE7A 1QFNA 1AAZA 2AHEA 3RBTA 2GGTA 2H71A 2IFQA 4BL7A 4BVXA 1NSWA 3U6VA 2QGVA 1GNWA 5DCHA 4GSNA 2GZPA 2H1DA 3CTFA 5CNWA 5CP1A 1WOUA 1FB0A 5DAKA 3BD2A 5L71A 3EC3A 2CZ3A 2V41A 4DSRA 3QFBC 2B1LA 2N5FA 1F37A 1K0MA 2FHEA 5DDLA 3F8UA 1VF2A 2L57A 7GSSA 4RUVA 3RHBA 3HVVA 5E59A 1FAAA 5CRDA 18GSA 5LD0A 3HHVA 4HQSA 4MJBA 4O32A 2YWOA 2QSIA 5JCUA 2CQ9A 1EP7A 3QFAC 3RPNA 1ABAA 3GKMA 3KM6A 4I6XA 5CREA 1EEJA 4ZBBA 1ON4A 4YAPA 3TKRA 4TOPA 2NDOA 4NHZA 4POMA 2HXKA 2E2GA 1TU7A 3LGCA 5G1KA 1EGOA 1YKAA 1Z9HA 3HVSA 4GXZA 5C00A 4IQ1A 1GTAA 1XW5A 2P0GA 3APQA 3DVWA 2CX4A 2IPAA 4WBJA 1Z6NA 2MBTA 3O6TA 4WR4A 2L6DA 4OO5A 1J9BA 1BG5A 1XVWA 1TK8B 1NHOA 3GSSA 1YF0A 2VM1A 2WULA 2YCDA 4HU9A 2DJ1A 5EVOA 3FYGA 3KP8A 4KSMA 2OE1A 2PWJA 5HFKA 4KH7A 4V1Ag 4TR0A 1TRUA 3LSZA 1G0TA 5GSSA 1TW9A 5IMDA 2V1MA 4G10A 2B3SA 3J7Yb 1MEKA 5IM9A 2XPDA 1BAYA 3BJ5A 3RPPA 4E8HA 2AB6A 5CYYA 4ECIA 2VO4A 1XPVA 3PR8A 1XWBA 1A2JA 2DBCA 2LUSA 3G9BA 2VIMA 1PSQA 1SK1A 2I1UA 4POKA 3LYKA 2M46A 2J23A 4NV2A 5EL8A 3KXOA 3DD3A 1GLPA 3N5OA 4EF0A 13GSA 4E8EA 1R5AA 3FHKA 3IXRA 1A0FA 1EV9A 3RDWA 1GSFA 1YEPA 4WF5A 2C3QA 5H5RA 1A23A 2HSHA 3SWLA 2JZRA 2N5AA 2OACA 3HA9A 3TRPA 4JU5A 2I4AA 4WR5A 3FY7A 4QL9A 1O85A 1YZXA 1YDKA 4L0WA 3KGKA 5G30A 3VWVA 2PMTA 4TKYA 2GQMA 4OCEA 1K0NA 4EUYA 2E2MA 1SKWB 4TVEA 3ZFLA 5HR0A 4F82A 4ECBA 2ON5A 1DSBA 2N5BA 3HVXA 4ULXA 3LORA 1NM3A 1MDIA 3EE2A 3RAZA 4YAVA 4KDYA 1Y6EA 3UIWA 4XS4B 8GSSA 1PL2A 1OYJA 12GSA 2ZUPA 4V2MA 2XPEA 2HT9A 4AJ8A 2K18A 2MMOA 3FZ4A 3GX0A 1VGLA 1CQHA 1QGVA 5B7CA 2NTOA 3D5JA 2QKEA 3CSIA 2C3NA 3QMXA 3FR9A 2R6KA 2CA8A 5HQPA 2PVOC 4IJ3A 3LEFA 3KP9A 1X5CA 2R37A 1G7EA 3UVTA 2B5YA 3KH9A 3VLNA 1USBA 3DEXA 1K0BA 4ZBDA 3DMLA 3A2WA 1BEDA 5GZZB 2C0FA 2HZEB 1QK8A 3TCOA 2TRCP 5LCZA 5GAND 5F07A 3UBKA 4RI7A 2IJYA 3IBHA 1ZOFA 5LNKe 1R5PA 1IYHA 2K8SA 3QDNA 1SD8A 3Q19A 2H75A 5A4VA 2H19A 1SK0A 6GSVA 1PL1A 1DE1A 2CV4A 1TJDA 1NHYA 2WB9A 1OVNA 1S3DA 5IQYA 4N10A 1GSUA 1MTCA 2J9HA 1I5GA 1YJ6A 3CMIA 1TXXA 5IMAA 3VK9A 5B6MA 2P31A 3ZIVA 2WJUA 1HD2A 5HR3A 3E3EA 3H4KA 3C8EA 3ZMLA 2L5LA 5ABRA 2X8HA 1T4YA 4HOJA 1BQ7A 5F06A 4O7HA 4TXOB 3CXGA 1J0FA 1ERWA 2CVKA 4JE1A 4DSSA 1VF4A 1A2LA 4HEA2 3I43A 4EXJA 1V9WA 1G6WA 4NHWA 1K3LA 3BCIA 1M99A 1XOAA 3GKXA 2B7JA 1AQXA 1MD4A 1Y25A 4O5RA 5HR2A 5ECHB 1AW9A 4HS1A 3ZITA 4Q5QA 3US3A 2LNTA 5DALB 1V57A 2FA8A 2IMDA 3E0UA 3WD6A 2H6XA 1A24A 4IJIA 1QQ2A 2AUVA 1PQNA 4F2IA 1XCCA 3C73A 5CRGA 4XCSA 2C0DA 2K9FA 3EMXA 1GUMA 1SYXA 3GSTA 2JSZA 2EIQA 3U5RE 5G2ZA 3D0ZA 5J9CA 2ZNMA 4P3YB 2MZCA 1SENA 4MMMA 3UBLA 2V2GA 3V1WA 3IC4A 5DQSA 3KMOA 3EMPA 3ZFBA 2FA4A 4MK3A 2OA7A 1B9YC 2L59A 3ERWA 5JWRB 3TJJA 2YJ7A 2LJAA 4F03A 5ECQB 2VCXA 4EKZA 2QC7A 1VF1A 3GL5A 3UARA 1EZKA 4GRFA 2I81A 1O8WA 4GWRA 4MH3A 1WPIA 4EO3A 3IA1A 3CRTA 1N8JA 5B8BA 1TU8A 2LJRA 3QCPA 2YNXA 2NVLA 2C0EA 5H5QA 2DJJA 3KJYA 1SD9A 4QL7A 1ZGNA 4K7OA 3DVXA 1N2AA 1XWAA 2DLXA 1GSDA 5H5SA 1ZYQB 3MDKA 3BCKA 4F0BA 1EP8A 1O81A 2GSQA 1PX6A 2C4JA 1Z5YE 2C80A 3PINA 4ISDA 4MLYA 4XIHA 3A2XA 3W6GA 1JZDA 3LXTA 4PQIA 4KA0A 1B8XA 2IMKA 2JZSA 4MCUA 2GVPA 1V58A 2K6VA 5IPHA 2C3TA 3OR5A 4Q5RA 2VCWA 3D22A 1X9WB 4K1FA 2NBSA 5EPFA 3EVIA 4FYUA 3TOUA 2IMIA 1HYUA 2GSTA 1GH2A 4DVCA 2V6OA 3QAWA 1SK2A 3HKRA 4K7NA 3WGDA 2GLRA 5JWQB 1B48A 2FWHA 2IWTA 2XC2A 4ZB6A 1GUHA 2VAFA 2X8CA 2VL3A 3FZ5A 4IHUA 1TKDB 4MPGA 3AY8A 4MDCA 2X8GA 2IIYA 4OFNA 3A2VA 5IMVA 2CAQA 2FWGA 1ST9A 2GDRA 3TJBA 3FR3A 4KSOA 2YN1A 1OAZA 1VF3A 3W8SA 2FNOA 3DKSA 3EURA 3G7YA 3PH9A 5GSTA 1X9SB 5IOWA 2RLIA 1SJ6A 1FG4A 2RM6A 2B7KA 3LG6A 1TK5B 3LYPA 2A2SA 19GSA 1JLVA 2H1AA 3ZMKA 3TDGA 3APOA 1EGRA 1YQ1A 1M2AA 4TR1B 5D9XA 1XW9A 4HZ4A 2XHFA 3Q74A 3ZYWA 1Z7PA 2KUCA 3GN3A 11GSA 4BWSA 4GCIA 2YZHA 1Q4JA 1E2YA 3ZVJA 2WRTA 3D4MA 1U3IA 3P8WA 3HDCA 2GZZA 2PVQA 4YQUA 5JCWA 1FHEA 2IL3A 3Q6OA 3QPMA 20GSA 4RI6A 4EC0A 2I9HA 1UA5A 1FVJA 3ZREA 3VFIA 4PUAA 4N0ZA 4Z7XA 3CSHA 5J3RA 1WJKA 2P5RA 4EVMA 2H30A 5KEJA 5ID2B 2YZUA 1Z7RA 2X64A 3GMFA 4FYBA 3VWUA 3GX8A 3WGXA 2CVDA 1GTIA 2PGTA 1SL1B 2DMMA 1M9BA 1LBKA 4XS4A 4ZB9A 2OBIA 3F4RA 1OC9B 2EIRA 3WT2A 1FOVA 3R2QA 4J56E 2M80A 2CVBA 2OE0A 4EE0A 2KOKA 4X1UA 5ECSA 4MJEA 1JZOA 4OCFA 5DJLA 4N0VA 3O3TA 2F9SA 1U87A 4I5QA 2VLTA 3H8QA 3F4SA 1AQWA 4MJAA 1M2DA 4N11A 2HRFA 1YF1A 4KNDA 1SL2B 4TXVA 1JZWA 2YOIA 3SBCA 2H70A 4HU7A 4PNFA 2VL2A 2OBKA 3GKNA 4MZBA 3ZLPA 3KH7A 1LJRA 2DIYA 1AQVA 4ILFA 2WS2A 3WT1A 2KP2A 5ECMB 2PPTA 5E4WA 1WIKA 5DBQA 2P5QA 1ZZYA 2G2QA 3ED3A 1OKTA 2HZEA 2O87A 2F3MA 3FZ9A 1LU4A 2LV3A 3EU3A 1FB6A 1T7PB 1ERVA 1OC8A 3WYWA 2TRXA 2DIZA 1CQGA 1B4PA 1ILOA 2H74A 3KIJA 5ENUA 2D2ZA 10GSA 4L5LA 4TRXA 2PBJA 3D4TA 5FT3A 2HFDA 1ZMAA 3CRUA 4MZWA 3FW2A 3IAM2 3G7JA 2F51A 3TB2A 3I6AA 1XWGA 4K0NA 1WMJA 2ES7A 3GNJA 2KHPA 4EDZA 1TI1A 2F8FA 3F4TA 2C1YA 5ECLB 4WETA 3C71A 3P2AA 2BMXA 1K0DA 1A0RP 3UOMA 1K0AA 2VCVA 5DVBA 2FY6A 2CX3A 4TXOA 1GULA 3GH9A 4MZCA 2LS5A 1BX9A 3P7XA 4XHMA 2JSYA 4ZL8A 4PQHA 1XFLA 2L4CA 2YANA 2L4QA 3IE3A 1THXA 2L6CA 3F6FA 4I2TA 3QR6A 2NPBA 3LQ7A 4G9HA 5A4WA 5IMFA 4LL1B 5DALA 1FO5A 3TKSE 1S3AA 5IO2A 4KGIA 5INYA 3NIVA 1R4WA 1K3YA 2YWIA 1XW6A 4MF6A 5ECRB 3ZZXA 2PERA 4XS1A 3KTBA 1AIUA 2FCHA 2VCQA 3GYKA 4RQXA 5ECIB 1G6YA 5IMCA 4TW5A 3TOTA 4GLTA 4ZL9A 2JZTA 1K3OA 1XBSA 2HI7A 4FIWA 5D73A 4AJ6A 4Q5FA 2IMEA 3HJMA 4HJMA 3HD5A 2MMNA 3RHCA 2Z9SA 5ECOB 4POLA 5G5FA 3F3QA 3A5WA 3VI7A 4IVFA 4PUFC 2OADA 3ERGA 1A8LA 4XRDA 4MF5A 4D73B 1UN2A 4K0GA 3W8JA 4FO5A 2WZ9A 2PU9C 2H0GA 2ALBA 4KB3A 1DE2A 5D9WA 1B9XC 4MA9A 5A5KA 1EV4A 2HYXA 4L8EA 2DSAA 2FWFA 1F2EA 3M3MA 4K9ZA 1FW1A 1RW1A 5J5NA 4YQMA 4QQ7A 1T8EB 5GAPD 3TUEA 6GSSA 4XTSA 1JZRA 3CYNA 1GRXA 4ZBAA 2ZCTA 4TR3A 3DYRA 4X0XA 2AJQB 3D21A 2VD0A 1WE0A 1PKZA 2MYGA 5IIZA 4JBBA 4NPBA 3DGQA 3QAGA 1HNBA 3ME8A 3KCMA 2DJ0A 2KLXA 2GT5A 3LXZA 1KTEA 1URMA 2LRTA 1PN9A 1HNCA 4WXTA 3PGTA 3O76A 2GQKA 5CO3A 3H1NA 3ZVJD 2OJLA 1QUWA 1ZYEA 4EDYA 3TGZA 6GSXA 2VCTA 5F8BA 4KDXA 1NW2A 4LA1A 1EWXA 1XWCA 4I8BA 4YH2A 1QMVA 2DJKA 4IKHA 4AF2A 5D9VA 3KEBA 3P90A 3IR4A 2BTOT 1H75A 3GTUB 2O8VB 1V40A 4HJ2A 3QD9A 5JCGA 4F9ZA 1GTUA 1SL0B 3HJPA 3MNGA 3TKSC 2RM5A 3GA4A 3M0FA 2A4VA 2R3XA 4KW6A 3VWXA 3ZIJA 4GQCA 1GSQA 4NMUA 1SKSB 5G5EA 1J08A 4CW9A 4KCEA 2WGRA 3UEMA 1R26A 1U3AA 2LRCA 4NWYA 1KBNA 1WWJA 2GSRA 1ERTA 4XRAA 1FVKA 4V1Ap 3GL3A 6GSUA 2LQQA 2VM2A 4G19A 2R2JA 1X5EA 1X0RA 2HNLA 2O7KA 3NOFA 1M9AA 5AIXA 4TR1A 2HZFA 2I3YA 5HFIA 2VUPA 3TKSA 2WFCA 3VWWA 3ZL5A 2HRNA 2YWMA 3MSZA 3IK7A 3J7Yk 5C04A 2H76A 3L9UA 2EIOA 1DBYA 4L5OA 1TK0B 2FD3A 3UAPA 2FWEA 4NV5A 2ON7A 1QXHA 3F63A 4OFMA 4MPFA 1U6TA 4ACSA 3I9V2 1K0OA 5AISA 1VRSD 4LMVA 1TOFA 1YEXA 3L9SA 5AN1A 2IFQB 2LQOA 4AGSA 4G2EA 3BOAA 2VCZA 2MMAA 5ID2A 5IPGA 5IOXA 2H1GA 2JADA 2HE3A 3F3RA 3LWAA 2G0FA 1O7UA 3EWLA 1K0CA 3VI5A 4V2NA 3M8NA 4BWQA 3VURA 3HYPA 3UVHA 2LRNA 2RIIA 2C0GA 2VL9A 4Q5NA 5DAKB 1Q98A 1OC9A 4WEYA 1M7TA 4X43A 1JHBA 4ML6A 5B8AA 2DJ2A 2L5OA 3NZNA 1OKDA 5D93A 3FKFA 1GNEA 3FRCA 1G7OA 5D9TA 2H1BA 4WBRD 2H72A 4L0UA 4XS6A 5CRWA 3IAS2 2AAWA 2B1KA 4PX1A 5JWOB 4TN8A 4ZILA 1UVZA 1S3CA 2WDUA 1ZL9A 2R5GA 4LL4B 1XIYA 3C7MA 4PURA 4K7IA 1X9MB 2K8VA 1C72A 17GSA 1A8YA 2OE3A 5ELGA 1GLQA 1SKRB 4GSSA 1R7HA 4GF0A 5KN0A 1E6BA 2GSSA 1TRWA 1H4OA 2LNSA 2VL2C 3L9VA 3I69A 2V32A 5HFGA 1ML6A 2YPMA 1PKWA 4ML1A 2VLVA 4GTUA 4RQRA 3CTGA 2M72A 3GUSA 6GSWA 3ME7A 3Q18A 3CBUA 1SYRA 5IO0A 3TJKA 5ECPB 4LLRA 3HCZA 3IHQA 4IP1A 2X99A 4ECCA 1EEMA 1AXDA 3C1SA 1BJXA 3JCML 2H0HA 3TJGA 1XVQA 1PX7A 1AUCA 4PXOA 3F9UA 1Z6MA 4OD7A 1W4VA 2YP6A 4J2FA 1WRYA 1TDIA 2JU5A 1F9MA 2WCIA 2XBIA 4IELA 3VPQA 4MP4A 3A3TA 2YV9A 1BYEA 1F3AA 4PNGA 2C8UA 4JZQA 1F3BA 4IW9A 1THOA 3HZ8A 3ZTLA 5A4UA 1TRVA 1OE8A 2CAIA 3LFLA 3KTLA 4TR4A 1T4ZA 3MWHA 9GSSA 3GV1A 5DJMA 3M9KA 4V2LA 1GL8A 1ZCPA 2HSYA 3M1GA 5CRHA 4WF4A 5EY6A 3TJFA 1TTZA 5COHA 1O73A 2GZYA 22GSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
How to cite