4EKZA

Crystal structure of reduced hpdi (abb'xa')
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
476
structure length
469
Chain Sequence
HHSSGLEVLFQGPGSDAPEEEDHVLVLRKSNFAEALAAHKYLLVEFYAPWCGHCKALAPEYAKAAGKLKAEGSEIRLAKVDATEESDLAQQYGVRGYPTIKFFRNGDTASPKEYTAGREADDIVNWLKKRTGPAATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
publication title Structural insights into the redox-regulated dynamic conformations of human protein disulfide isomerase
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 123
structure length 469
sequence length 476
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2012-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA02
3IAS2 2YV7A 1OYJA 1PL2A 3D22A 1GUHA 4DSSB 1XOAA 5ECKB 2F8FA 1SK2A 5D9TA 3IAM2 1JZDA 2VCQA 5B8BA 1OC9B 2O87A 4L8EA 1ZCPA 2WCIA 4LMVA 1XCCA 2LNTA 9GSSA 3GIXA 1ERVA 4OCFA 5D9XA 1OC8A 2H73A 5D9VA 1IYIA 3MNGA 4ZL8A 5LCZA 4I2UA 2C0GA 3G7JA 2OE0A 5A4VA 2VCTA 3G7YA 3NOFA 2J23A 2G2QA 3ERWA 5DQSA 3HXSA 1DUGA 5E4WA 4PQHA 2LKUA 2N5AA 3CXGA 2A2RA 1FVKA 4OFNA 4ML1A 2P0GA 1R5PA 4ILFA 1VF1A 2CVKA 4K9ZA 1TRUA 2EIRA 4BWSA 2FY6A 1GUKA 4K2DA 1GNEA 5ID2A 2L57A 1TOFA 3D4MA 3ZIJA 3KP8A 1I5GA 2HRNA 5JCUA 2QKEA 4F2IA 1YKCA 3ZIVA 1BG5A 2AAWA 2G0FA 1GULA 3QR6A 2H72A 1FO5A 4ZILA 3LG6A 4XS1A 1K3YA 5IO0A 1QQ2A 5J5NA 4NMUA 2GZPA 2X8HA 2HLSA 2RM5A 3UBLA 5IM9A 3LJRA 1Q98A 2LRNA 4XS4A 3NIVA 2C3NA 3C7MA 1XBSA 3M3MA 1WIKA 1SK0A 11GSA 1SU9A 4HUAA 4WR4A 2H75A 2RUEA 1TK0B 5G5FA 4FYCA 4WF4A 2TRCP 5FT3A 3KM6A 5CO3A 5F0GA 3RAZA 3I9V2 3FZAA 3LWAA 4N11A 5KEJA 2DIZA 1PMTA 1V58A 1AIUA 3CTGA 4QL9A 3FRCA 1Z6NA 3D5JA 2M80A 5IQYA 2DBCA 2VLVA 4ML6A 1M9BA 3ZRDA 1TJDA 1EGRA 3F0IA 3EC3A 7GSSA 1Z7RA 4EE0A 4XS6A 6GSWA 3IE3A 2PGTA 3EMXA 4D73A 2GLRA 3HYPA 1M2DA 6GSXA 1USBA 2L5OA 4POBA 3M8NA 4IP6A 4ECIA 2CVDA 5IMCA 2PVQA 2PU9C 12GSA 1Y6EA 3UJ1A 1RQMA 4ZL9A 2K6VA 2R37A 3GA4A 5DJMA 4Q5NA 4EL1A 1T00A 2FWHA 2Z9SA 3GHAA 3IC4A 1OE7A 1VRSD 3L0HA 1LU4A 3UARA 4WETA 2PPTA 4L5OA 3TDGA 4G10A 4MP4A 3IDVA 1M0UA 2JU5A 3FZ5A 3M9JA 4O5RA 3UIWA 3IK7A 4PURA 4DVCA 2FWFA 1GP1A 13GSA 1XWGA 4QL7A 3UOMA 5G31A 2LRTA 2JACA 3KCMA 2GVPA 4XHMA 2NTOA 2C0EA 17GSA 2GGTA 3DRNA 3QPMA 5ECMB 3QDNA 3P8WA 1ACVA 2REMA 1G0TA 3KTLA 3PH9A 5COHA 4TR0A 1HNBA 3I6AA 5GAND 4KSMA 2BMXA 3A5WA 4TR1B 4JBBA 5IMFA 1W89A 1BJXA 4IELA 4HZ4A 5ELAA 4K1FA 2O8VB 14GSA 2DSAA 4OO4A 3GYKA 2H8LA 4ID0A 1KBNA 1GSQA 3IHQA 1HD2A 4YQUA 3S9FA 1O85A 1S3DA 3I43A 2TRXA 1AUCA 1F37A 3WGXA 3U5RE 1FB0A 1R7HA 3U6VA 2LQOA 4QQ7A 4V2LA 1ZL9A 3KIJA 5DAKA 2JZSA 5AGYA 4MF5A 2IL3A 5EVOA 1B48A 1RK4A 4ZB8A 2GQKA 1HQOA 3FR9A 3FEUA 4LL4B 1M2BA 1PL1A 1WWJA 2CAQA 2K9FA 2IFQB 3QAGA 6GSYA 5E59A 2ZNMA 4KW6A 2GSRA 4XIHA 3EMPA 3L78A 2IPAA 1OAZA 2C3TA 4GF0A 4TOPA 4MJCA 3TJJA 4OFMA 1V57A 4EDYA 4LMWA 1GTUA 3GSTA 1GSYA 4ACSA 3P90A 4KX4A 3EINA 5D96A 1K0DA 2F8AA 1WMJA 22GSA 2MYGA 1SKSB 3M1GA 5DVBA 2IMIA 5F05A 5CRHA 4GQFA 1K0OA 3TJFA 3VPTA 1BEDA 1U3AA 5F07A 3TJKA 3VI5A 3WD6A 1DSBA 4HJ2A 1QUWA 4EF0A 2CAIA 1ZYEA 3VURA 3HKRA 5A4UA 5CREA 2HSHA 1ERWA 2X99A 4OO5A 1TU7A 1UC7A 3LORA 3LFLA 2FHEA 4IJIA 5ECOB 2L6CA 4GSTA 1ZZYA 1XW6A 1T8EB 3N9JA 2P31A 1K0BA 1JLVA 2CZ3A 3WGDA 4F0CA 2KP2A 2FWGA 1FHEA 2KLXA 4JEDA 1W4VA 3PGTA 1SYXA 4RUVA 2EIQA 1SJ6A 4OFTA 4N30A 2LNSA 1VF2A 1C72A 5G1KA 4FYUA 3IR4A 5AISA 3QAWA 3F3RA 5IPHA 4ZB6A 1YEPA 1WPIA 3W8JA 1XXUA 4P3YB 2FCHA 3TOTA 2OJLA 1XW5A 3BCKA 2GZYA 1A8YA 5ECRB 1Z7PA 4O7HA 2CV4A 3Q18A 5G5EA 5ECIB 5GSTA 3F9UA 1QFNA 3GRXA 2P5QA 2J9HA 1DBYA 1TW9A 2HZEA 3ZVJD 3QOUA 2HRFA 3IOSA 3GKKA 4DSRA 1EP7A 5B6MA 4E8HA 2L5LA 1URMA 1PX6A 2LQQA 3O76A 3ME7A 2OE1A 4NPBA 3ZVJA 4E8EA 3EWLA 4K8MA 4J2FA 1HNCA 2OA7A 2VL9A 5DDLA 3LYPA 3VI7A 2JADA 1QK8A 4RI6A 3Q6OA 1ERUA 1PD21 4KCEA 4AJ8A 3KMOA 1ZOFA 4ZXGA 1YEXA 3APOA 3DKSA 2NPBA 3GMFA 2XPDA 1WOUA 1X9MB 1V9WA 4PUFC 1BQ7A 3GFKA 2H71A 2HE3A 4MJBA 2H1DA 2N5FA 4G2EA 1EP8A 1TI1A 1RW1A 5H5QA 5CAXA 3ZFLA 2BJXA 2LJRA 3F4TA 1J9BA 3HDCA 1PKWA 4TRXA 2ZCTA 1JHBA 2C1YA 3QD9A 2AJQB 2V41A 1M7TA 2H74A 3HA9A 4KA0A 5B8AA 2QC7A 3UMAA 4WBRD 3HZ4A 2GSSA 4J57E 2WZ9A 2B5XA 5ECPB 1YZXA 4Q5QA 3P2AA 1K0MA 2XBQA 4HOJA 2FA8A 4ECBA 2HNLA 4ZBBA 4GCIA 1GUMA 5HFKA 4EDZA 3QAVA 2GSTA 5DQYA 2C0FA 2WFCA 3LQ7A 1TRWA 3TKSA 2MBSA 3IK9A 1OC3A 4OMVA 1T7PB 2VO4A 2IMFA 1B4QA 1A23A 5ECNB 2AHEA 4RQXA 3DYRA 3US3A 1R26A 2YZHA 3A3TA 5DALA 1KEBA 1GSDA 3G9BA 4MZWA 1EEJA 1XPVA 2QSIA 3VWXA 1F3AA 1TKDB 1EOGA 4AJ7A 4DSSA 4X1UA 3DMLA 5FWGA 1N2AA 4YH2A 3GV1A 3UL3A 5DCHA 3H79A 16GSA 1FB6A 5FHIA 4IP1A 1K0NA 4NHZA 2B5YA 2DJ1A 4KDXA 1ML6A 1JZRA 1UVZA 2D2ZA 2AYTA 3BCIA 2K8VA 3QFBC 4DEJA 2RLIA 4TVEA 1XVWA 1EV9A 2XHFA 4NAXA 4X43A 1ST9A 4TXVA 3BJ5A 3JCML 5J3RA 3OR5A 1YF1A 3QCPA 2M72A 1T4ZA 2FD3A 2MMZA 4MK3A 1EWXA 4NHWA 3F63A 3GNJA 3D21A 1R5AA 2OBKA 4NV5A 4HDEA 2DJ3A 1O81A 2F51A 1ERTA 1O8XA 1OVNA 1XOBA 2PVOC 3A2VA 5J4UA 3KXOA 4YQMA 3TUEA 1K0AA 1B4PA 4L0UA 1A2JA 1IYHA 4KDUA 2B7KA 3I69A 4BA7A 3K8NA 4ZBAA 4YQVA 3APSA 5F06A 3DVWA 4MABA 5JCGA 3A2XA 4NV2A 2WS2A 4BVXA 4XRDA 3TRXA 3L9VA 3TJGA 3VPQA 2PWJA 2IN3A 2L6DA 4O32A 5CP1A 3IPZA 1PKZA 4KNDA 3GKNA 2F3MA 1V2AA 4V1Ag 3Q19A 2MZCA 1YF0A 4TW5A 5DCGA 4N10A 1U88A 4O92A 3M0FA 2OADA 1MDJA 2B7JA 2CA8A 3FW2A 2VD1A 4HQSA 1NM3A 1AQWA 3HY2A 4MZCA 3UEMA 3BOAA 3CSHA 2WJUA 4DSQA 1FG4A 2HSYA 4K7IA 3VFIA 2KHPA 4Z7XA 4XTSA 3CTFA 3GL5A 3L9UA 1M99A 4N0VA 2NDOA 3TKSC 1EGOA 4GQCA 3N5OA 2YCDA 5GSSA 1F3BA 4EVMA 1FW1A 2V2GA 1XIYA 2XPEA 4MPFA 3D4TA 5L71A 4KB3A 1GLQA 3J7Yk 2LRCA 3EU3A 3C71A 3ZFBA 1AC1A 4MDCA 3KEBA 5F8BA 2EIOA 2H76A 4WEYA 1MTCA 3HD5A 4J56E 2L59A 1GNWA 4HU9A 1PSQA 2H1BA 2VL2A 2KP1A 4OD7A 4TN8A 2H01A 4IS0A 20GSA 2PUKC 2B3SA 4G9HA 5HR1A 2X64A 2EC4A 4PUAA 4K6XA 5ELGA 1A2MA 1PA3A 5CRWA 4TXOA 3P7XA 5CYYA 2YN1A 1G7OA 3HZ8A 2GTUA 2GQLA 4IQAA 3M9KA 3KTBA 2XBIA 4IKHA 1B9YC 3TOUA 3R2QA 3TGZA 4KCAA 4F0BA 4FYBA 2E0QA 3EE2A 2WGRA 4PNFA 4F9ZA 2IIYA 2H6YA 2A4VA 3G7IA 4NXIA 1TK8B 2FLSA 2MMAA 2QGVA 1YDKA 3FYGA 2RM6A 5JWOB 1X5DA 5AN1A 3LYKA 2ON7A 4TR1A 3A2WA 3KH9A 5IMZA 1SK1A 2AV4A 2DJ0A 2HI7A 1GRXA 1ABAA 3IRAA 4OCEA 1OKTA 2IMKA 4I5QA 5IMVA 2V6KA 3FZ9A 2PN8A 1ZMAA 2MMNA 2YJ7A 4KH7A 3D0ZA 1THOA 1TDIA 3EYTA 2F9SA 1YKAA 4RQRA 4JU5A 4EUYA 2HZFA 5ECSA 1WP0A 8GSSA 3GTUB 2OBIA 19GSA 2WRTA 4TKYA 3O6TA 4ZIJA 1O73A 2VCXA 2DLXA 1SD8A 3DWVA 4MA9A 3L4NA 2E2MA 2OKAA 1H75A 2R4VA 3VWWA 2DJJA 1Y25A 4K7NA 2AUVA 4K7OA 2C80A 4V2NA 3KJYA 3MDKA 3HVXA 2R2JA 3W8SA 1PN9A 1CQHA 1GSFA 2ON5A 2HXKA 2VL2C 3H8QA 4PXOA 3ZTLA 2I81A 4WBJA 1WE0A 4PQ1A 4AF2A 2LS5A 3UVHA 5ECLB 5KN3A 2E2GA 4HQZA 1WRYA 3ZLPA 3UBKA 1GTAA 2WDUA 2KOKA 3GN3A 4FIWA 2V1MA 4EO3A 2VLUA 4EXJA 4ECCA 1Q4JA 3CYNA 3GL3A 5IIZA 3GX8A 4MF7A 2IMDA 3EURA 2JSYA 1PRXA 1ZGNA 2PMTA 1KNGA 3PR8A 3WYWA 1TK5B 1OKDA 1KTEA 4BVYA 1NSWA 1V40A 3KGKA 5EPFA 1SL0B 2I4AA 3LGCA 1THXA 3CMIA 3WGEA 2FUG2 3GKXA 1X9SB 3TRPA 4ZL7A 1Z3EA 1JLWA 2DJKA 2ALBA 4MF6A 3HVSA 1VF4A 4AGSA 4KUNA 2YWNA 1T3BA 4ISDA 3C1RA 1PGTA 1DE1A 1QGVA 3ZZXA 4F82A 1FOVA 3APQA 5EL8A 3PINA 2V6OA 2O85A 1FVJA 4BWQA 4I97A 1SYRA 1SKWB 2FGXA 1X9WB 4PGTA 2ES7A 1BYEA 5ABRA 5IOWA 2I9HA 2TIRA 3FHKA 1K3OA 1B8XA 4KSOA 3DEXA 1ON4A 1XFLA 5D73A 2MMOA 2C4JA 1S3CA 3SBCA 3ED3A 3LXTA 2B1KA 4X0XA 2YZUA 2FWEA 4MZBA 1EV4A 6GSUA 1F6MC 4ZB9A 1JZWA 1TRVA 3CRTA 3DXBA 2VCVA 3CSJA 3O3TA 1E6BA 3MWHA 1EEMA 4JRRA 4BL7A 5ID2B 1HNAA 3LSZA 5HQPA 1XWKA 4Q5RA 4IGJA 3H1NA 2CQ9A 5DBQA 3KH7A 5ENUA 4KGIA 2H6XA 2DJ2A 5B7CA 4N0ZA 1T1VA 5C00A 1UA5A 4HEA2 3KZQA 3DIEA 1AQXA 4YAPA 1Z5YE 2DMMA 3FK8A 4NWYA 3MSZA 2YPMA 1U87A 5D93A 4GTUA 10GSA 1M2AA 3C1SA 4Q5FA 4XS4B 4HZ2A 1GSEA 4WKWA 3QMXA 4MCUA 1GL8A 2YNXA 2CX4A 2LUSA 3ZL5A 1OC9A 3NZNA 4MPGA 4OWYA 2FNOA 1A8LA 1X5CA 3VWVA 3UVTA 3DVXA 1PX7A 5H5SA 2NBSA 1CQGA 3TB2A 5IMDA 4PQIA 4K0GA 4HI7A 2L4CA 1TI3A 2GT5A 5LNKe 2GS3A 3D6IA 1K3LA 3F8UA 4MH3A 3CBUA 3F6FA 3UAPA 3BBYA 3GURA 3IV4A 1E2YA 5JWQB 2C8UA 5AIVA 4D73B 1TRSA 1GSSA 1O7UA 2JL4A 3GH6A 2HT9A 3DGQA 2I3YA 4HU7A 1F2EA 3HCZA 4KDYA 2K8SA 5IMAA 1MD3A 1DE2A 3ZREA 2H0GA 1GLPA 3E0UA 3QFAC 1SJIA 2LJKA 5HFIA 3CRUA 4YAVA 3C73A 1SJZA 1Z9HA 2H70A 1JZOA 2IWTA 1XVQA 3GKMA 3ZYWA 1FAAA 4LLRA 4ULXA 1A24A 2OE3A 2CZ2A 4AJ6A 4WXTA 4WF5A 2GDRA 5CRGA 5GZZB 1XWAA 5ECHB 1S3AA 4BPYA 2YWIA 5G1LA 1U6TA 1R4WA 2YANA 1UN2A 5D9WA 4FH8A 4KAEA 3AY8A 2WB9A 4KE3A 2YV9A 3ERGA 1BX9A 3LEFA 4EC0A 1LJRA 4I2TA 2OACA 3W6GA 4LL1B 1AQVA 2H6ZA 2VD0A 4IBPA 1M9AA 3RDWA 4TXOB 3ERFA 4CHSA 3RPPA 2HFDA 4IHUA 2DMLA 5IOXA 4HJMA 4WR5A 2GQMA 5J9CA 5A4WA 1TTZA 2R3XA 5AIXA 4H86A 2B6MA 3H4KA 5DAKB 5IO2A 1GWCA 3GX0A 4MJEA 4RI7A 2YWMA 3ZMKA 3Q74A 4GSSA 4JE1A 3HJPA 2VIMA 3CSIA 2YP6A 3KD0A 4V2MA 1MDIA 5D8IA 5KN1A 3F6DA 4IN0A 2C0DA 3BD2A 3VK9A 4L0WA 5KN0A 1AAZA 1X5EA 2ZUPA 4PNGA 3ME8A 5CRDA 1YJ6A 2VLTA 1MDKA 1EZKA 3TJBA 4IQ1A 3DD3A 1H4OA 3C8EA 1Z6MA 2PERA 5GAPD 1EOHA 3HHVA 5H5RA 3L9SA 2M46A 1T4YA 3TRQA 4CDOA 4TR4A 4XCSA 2XC2A 4V1Ap 2FA4A 1NHYA 1B9XC 1GTIA 2B1LA 3HJOA 1V98A 2H0HA 3RPNA 4ZBDA 1AW9A 1J08A 2JSZA 3E3EA 4GWRA 5INYA 5KN2A 1VGLA 2E7PA 2B5EA 4CW9A 2P5RA 2H1AA 5LD0A 1SL1B 1ZYQB 2C3QA 5B6NA 4LA1A 1JFUA 1X0RA 3FKFA 1GSUA 3F4RA 1TXXA 2VCWA 2GT6A 4MH2A 5ECQB 2R5GA 3TCOA 3FY7A 1U3IA 5J9BA 1TU8A 4MMMA 4HS1A 1NW2A 3SWLA 3EU4A 2GZZA 1A0FA 1PQNA 5G2ZA 5HR0A 3LXZA 1OE8A 3TKQA 1I9DA 2IJYA 5A5KA 2IFQA 2PBJA 3ZITA 4MLYA 4I6XA 2NVLA 1G6WA 1G6YA 2CX3A 1O8WA 2DC5A 3F4SA 18GSA 3KMNA 2VAFA 3TKPA 5HR2A 2V32A 2VM1A 3TKRA 4GRFA 3IXRA 3RHCA 3IBHA 4IW9A 4L5LA 3VWUA 2H19A 3HJMA 4POLA 1A2LA 3FZ4A 1BAYA 1QXHA 1MEKA 1G7EA 3IA1A 4GLTA 1F9MA 1TP9A 2HZEB 1LBKA 4JZQA 4K0NA 1A0RP 1SD9A 6GSTA 5J41A 3RHBA 2CVBA 1WJKA 2YJHA 4MJAA 4POMA 1YQ1A 3VLNA 4JR6A 3V1WA 2H66A 3RBTA 2YWOA 4POKA 3GUSA 1K0CA 1XWBA 5JWRB 4EKZA 2IMEA 3ISOA 1NHOA 2A2SA 2R6KA 3GSSA 3GTUA 4PX1A 2RUFA 2K18A 4IVFA 1SENA 2HYXA 3FR3A 3F3QA 3WT1A 1GTBA 2BTOT 2VL3A 1HYUA 3TKSE 6GSVA 2LTKA 2LV3A 1GH2A 2RIIA 3E9JB 4FO5A 2VM2A 5HFGA 1XWCA 2LJAA 4G19A 6GSSA 5IPGA 5CNWA 2WULA 2VCZA 1SKRB 2MBTA 4I8BA 1MD4A 2H30A 4ECJA 4JR4A 4XRAA 2H1GA 2X8GA 3ZMLA 4F03A 5HR3A 1QMVA 1XZOA 2X8CA 3GH9A 4IJ3A 3MAKA 3HVVA 2O89A 4TR3A 5G30A 1N8JA 2H0IA 2LEGA 2N5BA 4GSNA 5C04A 2O7KA 5EY6A 2VUPA 2DIYA 1O6JA 2AB6A 1AXDA 3KP9A 1YY7A 2JZTA 3EVIA 1SL2B 2JZRA 2YOIA 2GSQA 3FR6A 5DJLA 2CT6A 1XW9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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