4EKZA

Crystal structure of reduced hpdi (abb'xa')
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
476
structure length
469
Chain Sequence
HHSSGLEVLFQGPGSDAPEEEDHVLVLRKSNFAEALAAHKYLLVEFYAPWCGHCKALAPEYAKAAGKLKAEGSEIRLAKVDATEESDLAQQYGVRGYPTIKFFRNGDTASPKEYTAGREADDIVNWLKKRTGPAATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Structural insights into the redox-regulated dynamic conformations of human protein disulfide isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
total genus 123
structure length 469
sequence length 476
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2012-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ekzA02
4MCUA 3IDVA 2ZCTA 4GSNA 3GHAA 1AQVA 4RI7A 3DD3A 4NV2A 4WF5A 3CSJA 4J57E 1C72A 4PQHA 5H5RA 3HKRA 1N8JA 2V41A 5AIXA 5DJMA 2XPDA 2IJYA 1VGLA 1U3AA 1TK5B 3IAS2 4KAEA 1JLVA 5B6NA 1K0MA 3QPMA 2FCHA 2IMKA 5J41A 2B5XA 2RM5A 4GCIA 1SU9A 5ECSA 5H5QA 2HNLA 3Q6OA 5ECLB 1PKZA 1YKCA 1QMVA 2YP6A 2PMTA 2R37A 3GL5A 1TW9A 3D4TA 1M9BA 2DJ0A 3GNJA 4ZB9A 4KE3A 1K0NA 3PGTA 1SK1A 4Q5FA 4F03A 3UBLA 1W4VA 1F9MA 2J9HA 1O73A 2N5FA 1Q98A 1G7EA 4L5LA 4MJCA 5EVOA 1TI1A 3ERGA 2VM1A 3IC4A 1EWXA 4TRXA 4TXOA 2VL2A 3GSTA 4X1UA 2B3SA 1CQHA 1URMA 3IHQA 4L5OA 5DAKB 1XZOA 3TJJA 3F3RA 4OCFA 2JSYA 2OBIA 3ME7A 2NTOA 4N11A 1ZGNA 1A8YA 3C1RA 4TR0A 2Z9SA 5D96A 2YOIA 2X64A 4K6XA 5GZZB 3LG6A 4EF0A 2PPTA 4OO5A 3HY2A 3GH6A 5KN0A 1ZZYA 4RI6A 4YQVA 1RQMA 3HXSA 4OO4A 3CXGA 3GTUB 1ON4A 2F9SA 5EL8A 5DALB 3L4NA 2HLSA 4MF7A 1NSWA 4KB3A 3HYPA 2LRNA 1SL0B 3P2AA 5J4UA 2CZ2A 2N5BA 5E59A 5IO2A 2V32A 5IMDA 4GQFA 2DJ1A 1GTUA 14GSA 1WPIA 4NAXA 3A5WA 1PQNA 5CRGA 3QOUA 1BQ7A 2KUCA 4DSRA 2H0HA 1HD2A 3TKQA 4XRDA 5B8BA 4NV5A 3FR3A 2TRXA 2N5AA 1WE0A 1A0RP 3W6GA 5CRDA 1KNGA 2JL4A 3QAVA 1GLPA 2JZTA 2CV4A 5HR3A 4YQMA 1U88A 2IMIA 1Q4JA 2GDRA 3A2XA 5FHIA 2YZUA 3ERWA 2VCXA 4TOPA 1FHEA 4POMA 4TXVA 2IMEA 4HOJA 5GAPD 4K7IA 1BAYA 3TKRA 5DAKA 1ZL9A 1SL1B 3TRQA 3IV4A 2DSAA 3VWUA 2R6KA 4F0BA 2HT9A 2ON7A 3S9FA 3CTGA 3IK9A 3U5RE 2H8LA 1TRUA 4CW9A 1T4ZA 3UIWA 1YY7A 5ID2B 2GZZA 3UVHA 1T00A 5FWGA 3GTUA 3ERFA 4MMMA 1E6BA 4CDOA 5DALA 3GA4A 2A4VA 5EY6A 2LUSA 4OFTA 4WEYA 4WBRD 2RLIA 2VM2A 1O8XA 3M1GA 2C0GA 2VAFA 3GX8A 3HVVA 2E0QA 4O32A 2I1UA 1TRWA 2M80A 1ERTA 3TKSC 4EC0A 2WFCA 6GSTA 5C04A 2H1GA 5INYA 1F3AA 4ZXGA 1O8WA 1ZYQB 1WWJA 1QK8A 3J7Yb 1X9WB 3ED3A 3GV1A 2QKEA 3F6DA 4HZ4A 1EGRA 4XS1A 4L0WA 2HZEB 2B5EA 1TXXA 5G31A 4ECCA 3VFIA 1WRYA 1JHBA 3KD0A 1N2AA 3WT2A 2WGRA 3A2WA 2VL9A 3CRUA 3VPTA 1FVKA 5A5KA 1F2EA 2TIRA 3QFAC 4E8HA 1VRSD 3FEUA 2O87A 1MDKA 5IIZA 3KGKA 1O81A 4I2UA 3SBCA 3EWLA 3FR9A 3HZ8A 4DSQA 3CMIA 2X8GA 2YJ7A 3F4SA 1DE2A 1SYRA 3ZVJD 2YV9A 3G7YA 4RQXA 2IN3A 1V58A 3D6IA 1SD8A 6GSVA 1EV4A 2RUEA 2QC7A 4P3YB 3ZTLA 5JCUA 1RK4A 1G6YA 2C8UA 2YZHA 3GH9A 1UA5A 2RM6A 5F07A 4AJ7A 4MPGA 2IMDA 1X5CA 1PRXA 3FKFA 2C80A 1XOAA 2WZ9A 3WGEA 2NDOA 1B4QA 3ZYWA 2BTOT 4LL1B 5ID2A 1TOFA 2YJHA 3R2QA 3F3QA 1G6WA 4E8EA 4N30A 1OE7A 1FB0A 1YKAA 4PX1A 5IMCA 1QQ2A 3VK9A 4KH7A 3VURA 3WT1A 1NHYA 3H79A 1GULA 1O85A 2H1DA 2ON5A 1TP9A 4DVCA 4IQAA 1AQWA 3N9JA 4CHSA 4ZBBA 3RPNA 2JACA 3RHBA 5HQPA 1G7OA 2HZEA 2XBQA 1B4PA 1K3OA 2H66A 2A2SA 3CRTA 2MZCA 4IHUA 1YEXA 4KUNA 2A2RA 1SKRB 4GSSA 2X99A 2LNTA 3ZZXA 2H73A 4GTUA 2L6DA 3ZFLA 5EPFA 3NZNA 3QD9A 2E7PA 1A0FA 2P5QA 3LGCA 2YWOA 1OVNA 1A2JA 1EZKA 2OE1A 3HDCA 1AUCA 3DRNA 1TRVA 4LL4B 3QAGA 2IWTA 5JCWA 2H19A 1UVZA 3TUEA 5AISA 4KDXA 1RW1A 2LV3A 3HZ4A 2CX4A 2H30A 3FZ4A 4L8EA 4MPFA 4POBA 4ZB8A 5DJLA 2LS5A 1TK8B 1F3BA 1VF1A 1ACVA 2GLRA 3TRXA 1GSQA 1AW9A 2JSZA 1SK2A 3EINA 4G19A 2C0FA 2FHEA 1Z7PA 4PNFA 1GP1A 3IXRA 2YANA 2OJLA 5ELGA 1T7PB 2YNXA 4TN8A 3VWVA 2CAQA 2K8VA 4PUAA 4GSTA 1V57A 1AXDA 4X43A 5ECPB 3PH9A 1UC7A 2H72A 5G1LA 1U87A 1U6TA 2VO4A 4LMVA 1ERUA 3L9UA 4MJAA 2GSTA 2WJUA 2L59A 3IR4A 3WGDA 3TB2A 2FWGA 4LA1A 3Q74A 3RAZA 2GZPA 2O7KA 3DWVA 5IO0A 2FWHA 5A4UA 1Y6EA 4DSSB 4XS4B 4YQUA 2MMZA 4HJMA 3F8UA 3KXOA 4G2EA 1TU7A 1I5GA 3M9KA 4HZ2A 4J2FA 4WBJA 2JU5A 2GSQA 3PR8A 3CTFA 3O76A 1KEBA 4K7OA 1EOHA 2YN1A 1PN9A 2C1YA 2ALBA 3Q18A 4FIWA 1YF1A 2H6YA 1THOA 3TRPA 5IMVA 5J9CA 3IOSA 1ZYEA 3MNGA 4G10A 5AN1A 1O7UA 1ILOA 2H71A 5ECNB 2WRTA 1TJDA 1S3DA 2FY6A 2EIRA 10GSA 3HA9A 4XCSA 4HJ2A 3FZ5A 5D73A 5G1KA 2CVKA 1FW1A 5CP1A 3QDNA 2YWNA 2H01A 4EVMA 3GKXA 3UBKA 2OBKA 2FLSA 4I5QA 1XWAA 2FNOA 3MWHA 5DQSA 5D9XA 2AYTA 3MSZA 1GSFA 2VLUA 1QGVA 3CSIA 2DLXA 3H8QA 5HR1A 3LJRA 1V98A 2ES7A 1K0BA 3U6VA 1PGTA 3RDWA 5CYYA 3TKSE 1MEKA 4EXJA 5ECIB 4HS1A 3UL3A 1B9YC 1J9BA 2F8FA 2GVPA 4POLA 2PN8A 4WF4A 4MF5A 3EU3A 3MDKA 3C7MA 4K2DA 1HQOA 2CX3A 3HJMA 1TRSA 6GSXA 3NOFA 1NHOA 4IW9A 3CBUA 5JWQB 1ZOFA 2B7KA 5CAXA 2YPMA 4DSSA 4XS4A 1FO5A 4I97A 3TOUA 5LD0A 4ZILA 5ECQB 4LLRA 1VF3A 4WKWA 2VCZA 3TKPA 3ZMKA 1AAZA 1B9XC 3BOAA 4KSMA 4XRAA 4POKA 2I4AA 3WGXA 1BX9A 2GS3A 4ZL8A 2PERA 1OC8A 3RHCA 4Q5NA 3ZIJA 5ELAA 4RQRA 1GTAA 5DDLA 3TKSA 1K3YA 4XTSA 2B6MA 1HYUA 1OE8A 3I9V2 5KN1A 4WXTA 2H6XA 3F63A 3FZ9A 3LORA 2L5OA 2OADA 5HFGA 1GSUA 2LJRA 5G2ZA 4KDYA 4PNGA 1M7TA 1R26A 3D0ZA 3M8NA 4MABA 1JZOA 2HSYA 3D4MA 4ECJA 2IFQB 3L9VA 2AAWA 1AC1A 2WB9A 6GSYA 1K0AA 22GSA 4HU9A 5GSSA 2L4CA 1WOUA 1G0TA 1GSYA 5G5EA 4MZWA 4Q5RA 2IMFA 4TR3A 1LBKA 3HVSA 4KNDA 1FAAA 1V2AA 6GSUA 1XWGA 5LCZA 3LFLA 4D73A 4GF0A 1PD21 5AIVA 1SJ6A 4GQCA 4KSOA 1ML6A 2GQMA 2AUVA 5J3RA 2L4QA 4QL7A 4ZIJA 1AIUA 2H6ZA 4IVFA 1M2DA 2EIOA 3VI5A 1OKDA 4IN0A 1OC9B 5D9WA 4F82A 1X9MB 5KN3A 2VIMA 2XBIA 1R5AA 1BEDA 2KOKA 2HSHA 3FY7A 4MJEA 1YQ1A 2DJ3A 3KMNA 1TKDB 2QGVA 2K6VA 4TR1B 3GL3A 1H4OA 1B48A 1SD9A 2KP2A 3DMLA 3C71A 2OE3A 3APQA 1PX6A 2PWJA 1XIYA 2I9HA 3EC3A 2B1KA 2XHFA 5IQYA 1K0OA 1Y25A 3H1NA 3GN3A 1V40A 3GUSA 2V2GA 1R4WA 1B8XA 1GSEA 1S3CA 4PQ1A 4FYUA 4MDCA 2IFQA 5HR2A 3EU4A 4PQIA 20GSA 1OC3A 3LYPA 4Z7XA 2D2ZA 1A8LA 4N0ZA 2FA8A 2DJKA 4Q5QA 4MJBA 2LSTA 2H75A 4MZBA 2GQKA 1IYIA 2IL3A 1USBA 1K0DA 1XXUA 3HJOA 1TU8A 4PURA 2L6CA 2H74A 2MMOA 3GX0A 5CO3A 6GSSA 2HYXA 3KH7A 3UARA 3DEXA 5CRHA 2LQQA 2JADA 2G0FA 2H1BA 3W8JA 5C00A 4FYCA 3DXBA 1OC9A 2H1AA 2ZNMA 5DBQA 4GWRA 5JCGA 3HCZA 11GSA 2H70A 8GSSA 3VI7A 5B7CA 4NMUA 2NVLA 3H93A 1YZXA 4MA9A 2P31A 3TCOA 4FH8A 1XFLA 2V6KA 2ZUPA 2MMAA 1GTIA 3F4TA 3US3A 4AF2A 2HFDA 4OD7A 4AGSA 2PVOC 4ILFA 2NBSA 3GYKA 4I8BA 4TR1A 3KJYA 3RPPA 4IP1A 5IMFA 2KHPA 2VUPA 2HZFA 3D21A 2RUFA 3Q19A 5IPGA 4GXZA 2H0IA 1XW5A 4JR4A 1DUGA 5AGYA 3F9UA 1ERWA 3TJFA 3APSA 3WD6A 3FK8A 1EV9A 3APOA 1MD4A 3IK7A 4YAPA 1FOVA 3SWLA 3TJBA 4BL7A 1WJKA 1EEJA 1S3AA 2VCVA 2LJKA 3DIEA 2K9FA 4K1FA 2DJJA 3KCMA 3ZREA 4FO5A 4K7NA 3IRAA 3UOMA 1MDJA 2HXKA 4IP6A 5FT3A 2H0GA 2VCWA 2K18A 3UMAA 2VCTA 3BJ5A 4F9ZA 2X8CA 2MYGA 3LXTA 4V2LA 1XVWA 2WCIA 4KA0A 1PL1A 4N10A 1SKWB 3EE2A 4ACSA 1PA3A 5D9VA 4ZL7A 2F3MA 1PMTA 2V6OA 3UJ1A 1BYEA 3GKMA 3LEFA 3A3TA 4K9ZA 1ABAA 3ZIVA 1BJXA 4KCEA 17GSA 3D5JA 3A2VA 3GIXA 3KP8A 1F6MC 3F0IA 2LQOA 1R5PA 2LEGA 3ME8A 1M2AA 2OKAA 3I6AA 4JE1A 3G9BA 4OWYA 1MDIA 3UVTA 4ZBDA 2AB6A 1DBYA 1THXA 3VPQA 4KDUA 5IMAA 4AJ6A 3ZVJA 3AY8A 1Z3EA 2VD1A 3IBHA 1MTCA 2WULA 4GRFA 4IKHA 5GSTA 3NIVA 1ST9A 1UN2A 2PGTA 2M46A 2P0GA 1FG4A 1PL2A 1Z6NA 2AHEA 4IJ3A 3BBYA 1GLQA 5HR0A 1GH2A 4MLYA 3KIJA 2F51A 4PUFC 2BMXA 3H4KA 3CYNA 1MD3A 4GLTA 3WYWA 3KH9A 4JU5A 5DQYA 1R7HA 1X5EA 5IOWA 2XC2A 4ID0A 2CA8A 3DGQA 4JRRA 5DCGA 2CZ3A 3LWAA 4EUYA 4BWQA 4EDZA 3GKKA 4KCAA 4X0XA 5F0GA 2WS2A 3I69A 1YJ6A 4XS6A 1Z9HA 3EURA 2EC4A 3VWXA 5GAND 3HJPA 4HDEA 1SL2B 13GSA 5IMZA 5DVBA 3ZRDA 1Z7RA 4KW6A 5ECRB 4F0CA 1M9AA 2YWMA 2J23A 3FW2A 1QUWA 3L0HA 19GSA 3FHKA 4YH2A 5J9BA 1YEPA 1YF0A 4ZL9A 4ZBAA 4BPYA 3MAKA 5CREA 3V1WA 3IE3A 5KEJA 4D73B 3L78A 2YV7A 3M3MA 1XW6A 1OKTA 2L5LA 4NWYA 5LNKe 4EKZA 2R5GA 3BCKA 5G5FA 2KLXA 2LRTA 2C0DA 2GGTA 3GRXA 2JZSA 4HQZA 3C8EA 4I2TA 3UAPA 9GSSA 2DMMA 4O92A 1SJZA 5IOXA 3DYRA 3FR6A 5D9TA 2IPAA 1EEMA 1NM3A 1HNCA 2VCQA 3HD5A 4ML6A 5D93A 1GSSA 1ERVA 4H86A 3M0FA 2GQLA 1J08A 1PSQA 2DBCA 2FGXA 3TDGA 3HVXA 1A2LA 12GSA 4OCEA 4HEA2 2TRCP 4ECIA 4MZCA 5F05A 4EDYA 4ECBA 1GRXA 4MH2A 5B6MA 2FWFA 1SENA 1I9DA 2X8HA 2CVBA 3TOTA 3BCIA 2OACA 3E0UA 4N0VA 3ZL5A 1K0CA 2HE3A 2O8VB 1ZCPA 2VD0A 1GNWA 5G30A 2H76A 1SK0A 2VL2C 1XWCA 3FZAA 2V1MA 4JEDA 1GWCA 3F4RA 3JCML 3TGZA 2I3YA 3KTLA 5H5SA 2GT6A 2VLTA 3KTBA 3GSSA 3K8NA 3GURA 2R3XA 4JBBA 4K8MA 3IPZA 4HI7A 1NW2A 1XW9A 1IYHA 1TI3A 2YWIA 4HQSA 1OYJA 2DMLA 1T4YA 1HNBA 2HRNA 4YAVA 1WIKA 2FD3A 3G7JA 1VF2A 3E3EA 1QFNA 2LJAA 1XCCA 3LSZA 1TDIA 4KX4A 4F2IA 1SJIA 3M9JA 2PBJA 3IAM2 4WETA 2DIYA 2KP1A 3ZLPA 3ZMLA 5ECKB 1O6JA 4TKYA 4NHWA 2B5YA 5CNWA 3QAWA 3N5OA 2LTKA 4NXIA 2C3TA 4K0GA 2OE0A 2GZYA 1EGOA 1H75A 2GT5A 1AQXA 4XHMA 3PINA 3P7XA 3EMPA 5HFKA 2NPBA 4AJ8A 4ULXA 3VWWA 2REMA 4HUAA 2O85A 1SYXA 1W89A 1Z5YE 1T1VA 2PVQA 2FWEA 1T8EB 4J56E 4WR5A 5ENUA 1GUMA 2IIYA 2M72A 3ZITA 3EYTA 2B7JA 2VLVA 4IS0A 4IGJA 4V2MA 7GSSA 4WR4A 1LJRA 4EL1A 4PXOA 2MBSA 6GSWA 4V1Ag 3UEMA 1VF4A 5B8AA 3P90A 3FYGA 4OFMA 2C3QA 2O89A 3BD2A 4ML1A 3EMXA 1M99A 4G9HA 5ECOB 3KM6A 3P8WA 2LRCA 2FA4A 1GTBA 1BG5A 2DC5A 2L57A 4BVXA 1OAZA 1GNEA 1V9WA 2YCDA 3J7Yk 1GUKA 3D22A 4MF6A 5JWOB 1ZMAA 1LU4A 2PU9C 3CSHA 1K3LA 5L71A 4IELA 2HRFA 1U3IA 2I81A 2E2GA 2C0EA 1XOBA 5F06A 4MK3A 4DEJA 2VOCA 3QCPA 4TVEA 4IJIA 1XPVA 4MP4A 1A24A 1XWBA 4BA7A 4K0NA 5DCHA 2GSRA 3F6FA 2DIZA 1DSBA 1X0RA 4BVYA 3HHVA 1X5DA 5IPHA 2CT6A 4V1Ap 1GSDA 3C73A 1FB6A 1KBNA 2VL3A 3IA1A 3GMFA 1GL8A 4EE0A 4KGIA 2BJXA 1JZDA 5D8IA 4EO3A 3ZFBA 2WDUA 1JFUA 2CVDA 5COHA 5IM9A 2AJQB 1YDKA 5KN2A 3ISOA 1PKWA 2G2QA 3LYKA 2P5RA 3VLNA 3KP9A 4FYBA 1X9SB 4V2NA 2B1LA 3QR6A 5A4VA 2R2JA 1JZWA 2F8AA 4BWSA 5ABRA 4IBPA 2E2MA 2FUG2 5HFIA 2C4JA 1PX7A 3G7IA 4OMVA 4XIHA 5JWRB 1WMJA 1TTZA 4NHZA 3LQ7A 1HNAA 2R4VA 3W8SA 4ISDA 1QXHA 1JZRA 4QQ7A 4HU7A 1E2YA 1J0FA 3OR5A 3E9JB 4MH3A 4PGTA 1KTEA 5E4WA 3KZQA 1FVJA 4TW5A 1XWKA 3RBTA 18GSA 5ECMB 2AV4A 1M2BA 3KMOA 4JR6A 2HI7A 3FRCA 1A23A 3LXZA 2RIIA 3DVWA 3QMXA 4IQ1A 1CQGA 4RUVA 3GFKA 2GTUA 3TJKA 1M0UA 1DE1A 2GSSA 3KEBA 1XBSA 1EP7A 1EP8A 3TJGA 4OFNA 1XVQA 2LKUA 5A4WA 2OA7A 2LNSA 4ZB6A 5CRWA 4JZQA 1F37A 3DVXA 3GKNA 4O7HA 2C3NA 2CQ9A 4TR4A 16GSA 2DJ2A 1Z6MA 3C1SA 4LMWA 4I6XA 3O3TA 5ECHB 2QSIA 4O5RA 4TXOB 2PUKC 1GUHA 4QL9A 5J5NA 1EOGA 5F8BA 2JZRA 2MBTA 2K8SA 3DKSA 3I43A 4NPBA 1JLWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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