1J08A

Crystal structure of glutaredoxin-like protein from pyrococcus horikoshii
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
225
structure length
225
Chain Sequence
GLISEEDKRIIKEEFFSKMVNPVKLIVFIGKEHCQYCDQLKQLVQELSELTDKLSYEIVDFDTPEGKELAEKYRIDRAPATTITQDGKDFGVRYFGIPAGHEFAAFLEDIVDVSKGDTDLMQDSKEEVSKIDKDVRILIFVTPTCPYCPLAVRMAHKFAIENTKAGKGKILGDMVEAIEYPEWADQYNVMAVPKIVIQVNGEDKVQFEGAYPEKMFLEKLLSALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protein disulfide isomerase from hyperthermophile as an additives of refolding of an immunoglobulin-folded protein
rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Pyrococcus horikoshii
molecule keywords glutaredoxin-like protein
total genus 80
structure length 225
sequence length 225
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05768 DUF836 Glutaredoxin-like domain (DUF836)
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1j08A01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1j08A02
5D9WA 2YNXA 1X5DA 1WP0A 4MDCA 2YWOA 3WT1A 1AQXA 1FAAA 4FYBA 2LKUA 3EC3A 4GF0A 4POBA 1PSQA 4JBBA 2DIYA 4IQAA 3TGZA 2DJ2A 1T00A 2CQ9A 3GN3A 2GDRA 2C0DA 3VI5A 3M9JA 4XIHA 2PMTA 3M1GA 5J41A 1ERTA 12GSA 4XTSA 1N8JA 3APOA 3FRCA 2M72A 3G9BA 4H86A 2LTKA 4YQMA 4L0UA 2O7KA 5ID2B 2NBSA 4IP1A 3IAM2 1GNEA 3F9UA 5DAKA 3GIXA 5JWQB 2V6OA 1GLPA 3W8SA 2DJJA 3A5WA 4V2LA 1MDKA 4WBJA 1SL0B 1USBA 3E9JB 1OVNA 2IN3A 1ML6A 4ISDA 4BPYA 2Z9SA 4V2MA 2FHEA 4MPGA 4V1Ap 3P7XA 2FLSA 4MK3A 6GSSA 3P90A 1UN2A 1Z3EA 4L5LA 5G5FA 1MD3A 4ML1A 2IMFA 2V6KA 1BG5A 1A2JA 4WR5A 4PQIA 4KE3A 2PGTA 2IJYA 1G7OA 2FA8A 3TKQA 2OACA 3UVTA 2N5BA 2VLUA 3VFIA 1T4ZA 1WPIA 4K7IA 4MJEA 4MZBA 3RPPA 3V1WA 2GT5A 1ACVA 5CRHA 1YDKA 3L78A 4KUNA 3GKXA 2BTOT 5KEJA 6GSWA 5AIXA 4BWQA 3HJMA 2DJ3A 3C8EA 4AJ7A 1B9XC 4MA9A 1ST9A 3I6AA 4CW9A 1B4QA 4GQCA 2TRCP 2XHFA 5B6NA 1K0MA 3TKRA 2CVDA 3IHQA 4MH2A 5HFIA 3EURA 4OCFA 2H66A 1EV4A 3IXRA 1GNWA 1Z7PA 4HUAA 5F05A 3EMXA 3VWVA 1SD8A 1BJXA 1OC8A 4BL7A 1Z7RA 1OYJA 3KIJA 1JFUA 2WJUA 4O5RA 1PX6A 3FKFA 2YWMA 4XS4B 1KEBA 4KDYA 1R7HA 3GSTA 3H1NA 1EV9A 1GL8A 4PX1A 4CDOA 14GSA 2CX4A 2GZZA 2CVKA 4TW5A 4KA0A 3CTFA 2I1UA 3ZTLA 2E2GA 1X9MB 1K3LA 1QQ2A 3DVXA 3IK9A 1V57A 2AJQB 3VWWA 2LRCA 1VF1A 3QAGA 4PUFC 5J9CA 4L5OA 2C3TA 2R5GA 2H1GA 2H19A 1DUGA 3O6TA 3HZ4A 2VL3A 3QAWA 5J5NA 4ECCA 4XRAA 3D21A 1WE0A 3IBHA 2V1MA 3H93A 4EUYA 1SKWB 4LMVA 4ZBDA 4MZWA 2OE1A 3GYKA 3GFKA 4POLA 2MYGA 4IKHA 20GSA 3JCML 2V2GA 4EXJA 5DBQA 1HNAA 2IWTA 4OO5A 3N5OA 3M9KA 3KP9A 4MJAA 1G6YA 1JLWA 5ECKB 1TJDA 3HVSA 3SBCA 2VL2A 4LLRA 3IOSA 1YF1A 5CAXA 4TR1A 3TB2A 3LGCA 2H71A 4IELA 4JEDA 5FWGA 5D93A 2YZHA 4YQVA 5IOWA 1XXUA 2HZEA 4ZXGA 5DCHA 2PN8A 4MF7A 1A0FA 5IM9A 1QXHA 3FEUA 4E8EA 3EWLA 1F9MA 1PGTA 3IE3A 5G1LA 2GZYA 2EIOA 2N5AA 3US3A 3ME8A 5DQYA 3DKSA 4HQZA 2GTUA 4TOPA 5GAND 1EZKA 2C0GA 1X5CA 1PD21 3FW2A 3G7YA 1JZWA 1H75A 3CSHA 2H6YA 4HQSA 1AQWA 1PL1A 3LQ7A 3ERWA 3F6FA 1MTCA 3QAVA 1VF3A 4EKZA 2GQMA 1XBSA 4KCAA 5DAKB 1VGLA 2GQKA 4NPBA 2VM2A 3GKKA 3IDVA 1M2BA 2P31A 1G7EA 1A8YA 4E8HA 3IPZA 3TKSC 5D8IA 1OC3A 1YKCA 4OCEA 3HHVA 4GXZA 4BVYA 3UEMA 5GSSA 3TJGA 3C1SA 2H30A 2GZPA 3GX0A 3U6VA 2L5LA 4TN8A 2X8CA 2IFQA 3L9UA 2LJRA 5DQSA 4O92A 5D9XA 2DBCA 5JWOB 2FUG2 5DJMA 3BCIA 2C0FA 1A2LA 2VD1A 3LEFA 2N5FA 1SD9A 2B5XA 1NW2A 1DE1A 2HFDA 3TOUA 2GSTA 2VCWA 2O87A 1TK8B 2HNLA 1F3AA 1I5GA 2MMAA 5CO3A 2VM1A 3HVVA 4GRFA 1H4OA 2YN1A 5G5EA 3A2XA 2QC7A 1WWJA 2QGVA 1EOGA 2G0FA 1V58A 3A2VA 1TOFA 4AF2A 4WBRD 3LORA 2C8UA 1ERUA 3NIVA 5B8BA 1B9YC 1J9BA 1FVJA 2F51A 5GAPD 2L6DA 5IMZA 2L59A 2VO4A 5CRWA 1LBKA 1M9AA 5F0GA 3S9FA 4PXOA 4ID0A 2VD0A 3D4TA 1M7TA 2L4CA 4GSNA 4ZB6A 4ZBBA 3TUEA 4RI7A 2C3QA 2L6CA 4MCUA 3KXOA 16GSA 3WT2A 11GSA 2P0GA 3KCMA 1AXDA 3L4NA 2V32A 2B5EA 1SENA 4PGTA 1Y25A 1KBNA 4FYCA 1R5PA 2K18A 4WEYA 2LQOA 5IMFA 1EP8A 1X0RA 2H72A 2I81A 4ZBAA 3UMAA 4KW6A 1TK0B 4OFNA 2ON5A 2AB6A 2PVQA 3ZL5A 2RUFA 4X0XA 2CA8A 4LL4B 1RW1A 4LMWA 5CP1A 4MZCA 4TVEA 2FY6A 3ERFA 2MMOA 4F03A 1UC7A 4PNFA 1SYRA 3ME7A 3FR6A 22GSA 4ZIJA 2FWGA 1VF4A 3D5JA 4KDXA 3FZAA 5AN1A 1LU4A 3KTBA 3ZFBA 1CQHA 4I97A 4TR1B 1PKZA 3RHCA 1RK4A 18GSA 2MBTA 2NPBA 2DSAA 1XWBA 2AHEA 2JU5A 2H8LA 5HR3A 2CAIA 2PERA 1K0BA 4HZ2A 2H6XA 1VRSD 3VLNA 4D73A 2CVBA 4RUVA 3R2QA 3I69A 2BJXA 2NDOA 4ZL8A 1MDJA 5DALA 2FWFA 2HZEB 2GS3A 5D9TA 2PU9C 2XPEA 3UAPA 2YOIA 4PNGA 2OE3A 3PGTA 2LNSA 1SL1B 5ECOB 4ILFA 4WF4A 1GWCA 5H5QA 2RIIA 1KTEA 4KGIA 4ZL9A 4MLYA 1EGRA 2YWNA 3RDWA 1T7PB 2F8FA 1GSSA 13GSA 1PL2A 3F8UA 3TKSA 3TJJA 1A8LA 2ZUPA 4HJMA 4I8BA 4X1UA 2R6KA 1TW9A 2VCTA 3LFLA 3D4MA 1TI3A 1TK5B 3J7Yk 1TXXA 2L57A 3L0HA 1PRXA 2YV9A 1GSQA 1O85A 5G31A 2H1AA 4RI6A 1B8XA 2VCQA 2DC5A 5ELAA 2XC2A 3QPMA 3MSZA 3ZVJA 3DD3A 2WB9A 2M46A 4POMA 1PMTA 2CZ3A 4HJ2A 1M2DA 1AW9A 1AQVA 3ZRDA 4FO5A 6GSUA 4IVFA 1Q98A 5AIVA 2IFQB 1V2AA 5A4WA 2LV3A 3TKPA 3CRTA 1AC1A 1GSDA 4K2DA 1T4YA 2OJLA 2NTOA 3HVXA 2YPMA 5IMAA 2I4AA 2L4QA 5EY6A 4LA1A 5B6MA 1EGOA 3WGXA 1T3BA 3RAZA 2OA7A 2H0HA 3L9SA 4EVMA 1F37A 1URMA 4GSTA 5J9BA 5HR1A 3W8JA 4HOJA 3C1RA 2I9HA 1S3AA 1BAYA 3I9V2 2J9HA 2AUVA 3MAKA 2FNOA 4ECBA 1SJ6A 4F82A 2B7JA 3G7IA 2FA4A 3VWUA 4YH2A 4FYUA 3VPQA 1GUKA 2DLXA 4NAXA 3C7MA 1U87A 4I5QA 2HSHA 4KSOA 4IN0A 3ERGA 1SKRB 4GTUA 4YQUA 5EPFA 4GWRA 4X43A 3UVHA 2ZNMA 1M99A 2YANA 4ZB8A 1A23A 3VURA 2BMXA 1XCCA 4KAEA 4DVCA 1B4PA 2JZTA 1SK1A 1V40A 3ZLPA 1Z6NA 3DMLA 3HCZA 2X99A 5CREA 3A3TA 1SK2A 4NHWA 3GL3A 3DRNA 4TXVA 4HU9A 1ZZYA 4KSMA 1EOHA 4EO3A 3ISOA 1FVKA 4IHUA 4TR4A 3M8NA 2LEGA 2LRNA 3VI7A 4ML6A 4Q5NA 1ZYQB 3EMPA 2H1DA 3NOFA 5KN0A 1UVZA 4IJ3A 1O73A 3GMFA 1F2EA 1NM3A 1TP9A 2R3XA 2V41A 3FR3A 1QUWA 2LRTA 3LSZA 2M80A 4GSSA 3QFBC 2IMKA 3O76A 3EE2A 2QKEA 4D73B 5KN2A 1XW6A 5CNWA 1A0RP 4MH3A 5DALB 5HR0A 1NHYA 4JR4A 4OMVA 5GZZB 5AISA 2IMEA 5DVBA 2NVLA 2LS5A 3HYPA 3C73A 4IJIA 1O8XA 1CQGA 5IQYA 4PURA 3ED3A 1FB6A 3HD5A 2IIYA 1FHEA 1GUHA 5F06A 1DSBA 4PQHA 4L8EA 2WGRA 4KDUA 1ZGNA 3TJFA 5J3RA 5LCZA 1EEMA 1JLVA 1OKDA 4NWYA 3CXGA 5FT3A 3F4SA 2F9SA 2B1KA 4HI7A 1R4WA 1ZYEA 3EYTA 3HA9A 1GRXA 3FR9A 3GV1A 2KHPA 4G9HA 2E0QA 1TKDB 5JCUA 2OADA 4K1FA 2DIZA 1GTAA 4EL1A 1TRSA 4K7OA 5IMDA 2H74A 1T8EB 3HY2A 3C71A 1PQNA 2OBIA 5AGYA 3G7JA 4O7HA 4K7NA 4NXIA 5IO2A 4OO4A 1YJ6A 3FZ4A 4QL7A 1GTIA 1UA5A 3KTLA 1MEKA 2A2SA 4JRRA 2CAQA 4EC0A 3GA4A 3HXSA 1E6BA 3DEXA 2GT6A 3TRQA 3GKMA 1ZL9A 6GSVA 3IK7A 2B1LA 4IBPA 1Z5YE 2YWIA 2C4JA 2DMMA 4IGJA 4J57E 1QMVA 3H8QA 5HFKA 1J0FA 2P5RA 3KH9A 3QD9A 3RPNA 2AAWA 4MP4A 2R2JA 1HYUA 4EDYA 3LJRA 2QSIA 2REMA 3IAS2 2YCDA 3M3MA 3KEBA 1YKAA 1PN9A 1FO5A 2PUKC 3E3EA 3CBUA 3UARA 2OE0A 1YZXA 2O85A 2K8SA 5C00A 4XS6A 4ZILA 2CV4A 2JACA 1HNCA 2CT6A 2C0EA 8GSSA 3UBLA 4TXOB 1AIUA 4HZ4A 4FH8A 4N0VA 5L71A 4YAVA 3ZIJA 2HZFA 5A5KA 3MDKA 4K0GA 1K0DA 1SKSB 3APQA 1N2AA 1NHOA 4FIWA 4HEA2 1ON4A 3KD0A 1K3OA 3EINA 4WETA 3LYPA 2C1YA 3DGQA 2H6ZA 5G2ZA 5E59A 4NV5A 2FWEA 4LL1B 4MJCA 2X8HA 3TOTA 3DXBA 3CRUA 2IL3A 2WS2A 1F3BA 2YP6A 6GSXA 5FHIA 3TKSE 3F63A 4POKA 1YEPA 3UJ1A 3TJKA 4TR0A 3GTUA 2I3YA 4NV2A 1W89A 4K0NA 4XHMA 3KZQA 1YEXA 1JZRA 3MWHA 3Q6OA 4MJBA 4WR4A 2HYXA 5E4WA 3KH7A 5CYYA 1Q4JA 2VOCA 4OFTA 10GSA 1R5AA 4AJ8A 3N9JA 5D9VA 1ZCPA 2A2RA 3QFAC 5D73A 1JZOA 3UOMA 4QL9A 2AYTA 4GQFA 2JL4A 9GSSA 2KOKA 4XS1A 4O32A 4J56E 1U88A 2MMZA 2K6VA 2XPDA 1A2MA 3LXZA 2WZ9A 5INYA 1E2YA 5ABRA 3QCPA 2VCXA 2VCZA 2PWJA 3WD6A 2KP2A 4DSQA 3HJPA 3QOUA 2H75A 3KMOA 5F07A 4N11A 3FZ9A 5ECLB 4DSRA 2P5QA 1GSYA 4HS1A 1TI1A 5KN3A 4V1Ag 3J7Yb 1QGVA 3ZMLA 2RLIA 3EVIA 2VCVA 3CTGA 4MMMA 4TRXA 1XWCA 5DJLA 2VL2C 3QDNA 2WCIA 2DJ0A 1K0OA 2G2QA 5LD0A 4ECJA 4OD7A 3VPTA 5ECNB 2GVPA 2LJAA 2TRXA 3FK8A 4ZB9A 3CYNA 2B3SA 3PH9A 1EWXA 5IO0A 4KX4A 1W4VA 4GLTA 1GULA 3MNGA 2E2MA 5A4UA 1M2AA 3ZREA 3F0IA 3L9VA 3SWLA 2VLTA 4I2UA 1SJIA 3D6IA 4OFMA 2EC4A 3LYKA 1SU9A 2PVOC 4F9ZA 2YZUA 1X9SB 3F3QA 1O6JA 5IMVA 4CHSA 1K0CA 3F4RA 3TRXA 1XWKA 5ECPB 3QR6A 5G1KA 2EIQA 4K9ZA 3ZYWA 3PINA 7GSSA 4PQ1A 4WKWA 4XCSA 3CMIA 2VL9A 4IQ1A 1IYHA 3DWVA 2KLXA 4DEJA 3WGEA 5ECHB 2LQQA 4P3YB 1GTUA 3HZ8A 5HFGA 2ON7A 3IR4A 1XPVA 2DJ1A 4DSSA 2WRTA 1X5EA 2FGXA 3IRAA 3PR8A 2JSYA 2B5YA 3GNJA 2F8AA 2LUSA 1XOBA 2K9FA 3P8WA 4NHZA 3TCOA 1M0UA 3H4KA 3AY8A 5H5RA 4TXOA 4IP6A 1VF2A 3ZZXA 1DE2A 4WXTA 2O8VB 3A2WA 2VAFA 4K8MA 2X64A 5ECMB 2PBJA 3GHAA 4MPFA 1YQ1A 3IV4A 2X8GA 3RHBA 2JSZA 3F4TA 2C80A 2ALBA 5KN1A 2ZCTA 3TDGA 5HQPA 3ZMKA 3GL5A 1SK0A 1TRUA 3Q19A 4K6XA 2VIMA 1TRVA 2JADA 2LJKA 3Q74A 3CSIA 3GSSA 3UL3A 2K8VA 3LXTA 1EP7A 4MF5A 4ULXA 3IC4A 5EVOA 2VUPA 2YJ7A 3GTUB 4JU5A 3DIEA 3GH9A 5A4VA 1OC9A 3FZ5A 4MF6A 4JZQA 4N30A 1X9WB 1A24A 2A4VA 1S3DA 2PPTA 4BVXA 1HD2A 3BJ5A 1GSEA 1LJRA 4G10A 3GKNA 1G6WA 2JZRA 3HKRA 2LNTA 4N10A 1Z9HA 2GQLA 4GCIA 2HI7A 4G2EA 2EIRA 5ENUA 19GSA 1XZOA 1Z6MA 1RQMA 1C72A 1WOUA 1XWAA 1THXA 1XOAA 2DMLA 1WRYA 1XFLA 5IIZA 1PX7A 1GP1A 2H76A 2O89A 1T1VA 1TRWA 3D0ZA 4XRDA 1M9BA 5CRDA 2GSQA 2RM5A 3H79A 2L5OA 2D2ZA 3E0UA 1ZOFA 3TRPA 1G0TA 1OE8A 4Z7XA 1SJZA 4TKYA 4F0BA 2OBKA 4RQRA 2IMDA 1ABAA 3P2AA 3WYWA 3F6DA 1KNGA 4ECIA 1HQOA 4AGSA 1BYEA 3EU3A 5ELGA 2LSTA 5ECQB 1SYXA 6GSTA 5IOXA 1XVQA 2H70A 4I6XA 3BCKA 3FHKA 1HNBA 1YF0A 1ZMAA 3ZITA 3ZVJD 4EDZA 5LNKe 5JCWA 4N0ZA 5JCGA 4IW9A 4HU7A 4MABA 2HE3A 5HR2A 2HXKA 2GSRA 2IMIA 4V2NA 3RBTA 5F8BA 2HRNA 2AV4A 3O3TA 1S3CA 1GTBA 4F2IA 1OKTA 2H73A 5G30A 3FY7A 4WF5A 3KMNA 1TTZA 1B48A 4RQXA 1V98A 3LWAA 4BWSA 3HDCA 5ID2A 1FB0A 1XIYA 1J08A 5B8AA 3UIWA 2GLRA 2YJHA 1EEJA 2OKAA 2FD3A 2HT9A 3LG6A 5IPHA 1FW1A 3M0FA 4NMUA 3KP8A 3TJBA 1BX9A 4OWYA 1F6MC 3CSJA 2ES7A 2VLVA 1FG4A 4PUAA 1BEDA 1AAZA 4EF0A 1O8WA 3HJOA 1WMJA 1K0AA 3I43A 2HRFA 3GRXA 1O81A 2XBIA 3W6GA 2R4VA 1IYIA 4QQ7A 2CX3A 4DSSB 1THOA 1GSFA 1V9WA 5CRGA 3KJYA 1FOVA 2R37A 4Q5QA 2HSYA 1K3YA 2MBSA 4TR3A 2MZCA 3U5RE 2HLSA 1GUMA 5GSTA 1TDIA 4G19A 1ERVA 2IPAA 2J23A 1AUCA 1TU8A 2CZ2A 1XVWA 1R26A 1DBYA 3GH6A 1XW5A 4KB3A 3DYRA 4AJ6A 4BA7A 2TIRA 1MDIA 5JWRB 1YY7A 3ZIVA 1NSWA 3KM6A 1SL2B 2FWHA 3K8NA 1QK8A 2KP1A 1MD4A 1PA3A 5DDLA 3D22A 1WIKA 3VK9A 1JHBA 5J4UA 3GURA 2XBQA 4F0CA 2JZSA 4EE0A 1JZDA 5IMCA 1XWGA 2C3NA 4JR6A 2FCHA 3Q18A 4XS4A 1ERWA 2RM6A 3FYGA 1OE7A 3BBYA 2WDUA 2RUEA 2WULA 2E7PA 1OC9B 3WGDA 2YV7A 1I9DA 3GX8A 4Q5RA 5B7CA 3GUSA 4IS0A 5IPGA 4HDEA 2GGTA 4L0WA 1GH2A 2H0GA 3KGKA 3ZFLA 3APSA 3NZNA 1U3AA 1GSUA 1U6TA 2H0IA 3BD2A 2MMNA 4JE1A 2B6MA 5ECRB 4ACSA 3VWXA 3DVWA 1GLQA 3IA1A 4ZL7A 4Q5FA 5D96A 3BOAA 1WJKA 2F3MA 5COHA 2WFCA 1Y6EA 1BQ7A 5EL8A 6GSYA 5ECSA 1ILOA 17GSA 2KUCA 4J2FA 3UBKA 1OAZA 5H5SA 4KNDA 1PKWA 2DJKA 1K0NA 1XW9A 2B7KA 5ECIB 1TU7A 5C04A 2GSSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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