1J08A

Crystal structure of glutaredoxin-like protein from pyrococcus horikoshii
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
225
structure length
225
Chain Sequence
GLISEEDKRIIKEEFFSKMVNPVKLIVFIGKEHCQYCDQLKQLVQELSELTDKLSYEIVDFDTPEGKELAEKYRIDRAPATTITQDGKDFGVRYFGIPAGHEFAAFLEDIVDVSKGDTDLMQDSKEEVSKIDKDVRILIFVTPTCPYCPLAVRMAHKFAIENTKAGKGKILGDMVEAIEYPEWADQYNVMAVPKIVIQVNGEDKVQFEGAYPEKMFLEKLLSALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein disulfide isomerase from hyperthermophile as an additives of refolding of an immunoglobulin-folded protein
rcsb
molecule keywords glutaredoxin-like protein
molecule tags Isomerase
source organism Pyrococcus horikoshii
total genus 80
structure length 225
sequence length 225
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-11-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05768 DUF836 Glutaredoxin-like domain (DUF836)
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1j08A01
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1j08A02
4BA7A 4WKWA 2OE0A 4ZB8A 4PXOA 2FA8A 2ZNMA 5KEJA 3RHCA 3RBTA 1R5AA 4CW9A 5IPHA 3D22A 3WGEA 3ZLPA 2DLXA 3IBHA 2E2MA 2H19A 3IE3A 2H6XA 4WXTA 5IO2A 4ZIJA 5LCZA 1AQXA 3TRQA 2K9FA 2B5YA 1O73A 5DCHA 3P8WA 1HNAA 3LYPA 1QFNA 3GN3A 1Z9HA 3UBLA 3FZ9A 5COHA 4WR4A 5H5QA 3ZMLA 4I5QA 3KH7A 3QAVA 2KP1A 2MMOA 3E0UA 3TJGA 2VOCA 2I4AA 3CSHA 3DD3A 2LV3A 5E4WA 2HRFA 3CTGA 2V6KA 2FY6A 3VI7A 3MDKA 4N11A 5JCWA 3A5WA 2WFCA 4FYUA 1XW5A 5A4UA 2AJQB 3D4TA 2LRNA 14GSA 2H74A 5B7CA 1LU4A 3GL3A 1OYJA 4MPFA 1O8WA 2M80A 1EP8A 3TRPA 1W4VA 4TR1A 3GTUB 3KZQA 1FVJA 4NPBA 3DIEA 1YEPA 4IP6A 2DC5A 3RAZA 2NVLA 5HFKA 2H30A 2VIMA 18GSA 5DQSA 3QR6A 3HA9A 1NHOA 3RDWA 2YCDA 2H01A 3TJKA 3E3EA 3DYRA 4HEA2 3C1RA 1ON4A 4ZB9A 1YZXA 5B6NA 2CX3A 3LSZA 1AW9A 3L78A 5HFIA 2BTOT 4JE1A 3DEXA 3F63A 4X0XA 1XPVA 4I2UA 3GL5A 5CO3A 2H6ZA 5AN1A 3D6IA 2VCWA 4DSRA 2KUCA 1GUMA 2R2JA 5ECKB 1QUWA 2L5LA 3GV1A 1GWCA 1F2EA 5HR1A 4WBJA 2LNSA 1HNCA 5AISA 1K3LA 2K8VA 1Z3EA 2HZFA 1ZOFA 4J2FA 2NBSA 3GA4A 3DGQA 3IV4A 5G30A 2LRCA 2OBKA 1KBNA 2DMLA 2WZ9A 3A2WA 4TXVA 2MMAA 1MD4A 5DALB 19GSA 2IMEA 3IRAA 5IMDA 1PN9A 4PQIA 2G0FA 3ZRDA 4EF0A 5E59A 4MA9A 3WT1A 2NTOA 3DVWA 2KLXA 1GLQA 3A3TA 3HCZA 5D9VA 5EPFA 1PL1A 1Z6NA 5CP1A 3KP8A 3DRNA 3LFLA 4MMMA 1UN2A 2AAWA 2YJHA 3HJMA 4HJ2A 2CZ3A 2ALBA 3US3A 1SD9A 3NIVA 3ZREA 2I3YA 3ZL5A 3TOTA 2WB9A 3IHQA 3KMOA 3KP9A 1MTCA 5ENUA 3ERWA 2OBIA 12GSA 1V2AA 2OE1A 4XRAA 2H1GA 4BL7A 4EXJA 2WRTA 2YANA 3TKRA 1X5DA 3Q19A 2J23A 1N2AA 2FWHA 3ERFA 1M2AA 1U87A 1YKAA 1JZDA 3QAWA 1GH2A 1NHYA 3L9VA 2H1BA 2I9HA 3ZIVA 1JFUA 4L0WA 1EV9A 3F4SA 4MCUA 1WP0A 4IELA 3RHBA 1CQGA 3R2QA 3QFAC 3WT2A 4X1UA 2BMXA 4F0BA 4IBPA 1QMVA 3NOFA 1LBKA 1PL2A 3BOAA 2GSQA 3CSJA 4HQZA 1I5GA 5HFGA 2PVQA 2F8FA 4PX1A 2FLSA 3BCIA 1TJDA 1AQVA 11GSA 2YOIA 1ERTA 1JHBA 4OFMA 2DJKA 4TR0A 1ABAA 3TKQA 3GYKA 4CDOA 3VFIA 2WCIA 4G9HA 5LNKe 4G10A 3EURA 4TKYA 1XIYA 3APQA 4WBRD 4K7IA 2KOKA 3LYKA 3TCOA 2AB6A 1XBSA 1TK8B 1BQ7A 1RW1A 3M0FA 1K0DA 1E2YA 4O32A 1BJXA 4ZL7A 2WDUA 5DAKB 3IR4A 1V58A 4Q5NA 1M99A 1X9WB 3FEUA 1ERWA 3ZTLA 1M7TA 4QL9A 1A0RP 5D9XA 1T3BA 2PN8A 1OC8A 3HXSA 3H93A 2FNOA 3FKFA 1V40A 1A8LA 4PUFC 1USBA 2EC4A 1GSYA 1GUKA 4ZL8A 5D73A 2DJ3A 7GSSA 4YAPA 4JZQA 3JCML 5ECHB 3J7Yk 4KA0A 2AHEA 5CNWA 3S9FA 2V1MA 2WS2A 3IC4A 1SK0A 1CQHA 2R5GA 1O85A 5CRDA 1BAYA 1GSFA 5IMVA 4EKZA 1ZL9A 3HYPA 1GSSA 4WEYA 1FHEA 2LJKA 4YQMA 1F6MC 2M72A 2B5EA 1RK4A 1W89A 4IS0A 6GSYA 5J9CA 2IFQB 1K0BA 1K0NA 4ZBDA 2GT6A 4MDCA 1JZWA 1M2BA 1WJKA 1NSWA 2X8HA 4KUNA 1SJ6A 5L71A 3LEFA 1FW1A 2RUEA 2H1DA 2K6VA 2H0GA 2GTUA 3KGKA 2O87A 4KDUA 2VLUA 2LS5A 5A4WA 3GTUA 2K8SA 3HHVA 4KW6A 2JZSA 1URMA 6GSXA 2JZRA 4K7OA 4TN8A 4G19A 3F8UA 2MBTA 5AIXA 3UAPA 1ZCPA 4KX4A 1SJZA 2JZTA 1GULA 4CHSA 2LUSA 2IPAA 5ECLB 5INYA 3F3RA 4L5LA 3C73A 1SK2A 3G7IA 2C0FA 1O7UA 4ID0A 4J56E 4KSMA 2NPBA 3KTLA 4E8HA 5ELGA 1DSBA 2LRTA 1F9MA 3G7JA 5G5EA 4HI7A 2CX4A 1DUGA 1Z7PA 5GAND 1U88A 2P5RA 3UVHA 2H0HA 3F3QA 3UARA 2OA7A 4WF5A 1PQNA 1PSQA 4MH3A 1GUHA 1BYEA 3QD9A 2LEGA 4TR4A 3UIWA 5G5FA 4MH2A 3M3MA 4FH8A 3IDVA 2H72A 5AGYA 1DBYA 1OAZA 1T00A 2IMIA 2FWEA 1GL8A 4TR3A 2F8AA 4IP1A 2D2ZA 2H71A 5C04A 4ECJA 1IYHA 1TTZA 5DCGA 2VAFA 5ECQB 1PKWA 1AXDA 1KEBA 4GSNA 5DALA 3GMFA 3ERGA 3O76A 3I69A 2LSTA 1AIUA 3U6VA 1FVKA 1G0TA 3CXGA 3ZVJA 3WD6A 1B4PA 2RM5A 4OFNA 4OFTA 2YP6A 5G1LA 1OKDA 4Z7XA 4GQCA 1IYIA 3EMPA 3DVXA 4DEJA 4OCEA 3K8NA 4D73B 5CYYA 5JCUA 1A0FA 4ZB6A 3ZFLA 4Q5FA 5HR2A 5DJLA 4TW5A 4L5OA 1XW9A 2R37A 1XFLA 3TKPA 3TOUA 1PGTA 3J7Yb 5HR0A 4ECIA 4MJBA 1VRSD 2VD1A 5KN1A 2RM6A 2H76A 1FG4A 4ECCA 2E0QA 1A23A 4MLYA 5ID2B 1RQMA 1X5CA 3C8EA 5DDLA 3EE2A 5DVBA 4ZBBA 2LTKA 1ILOA 2MMZA 2HZEB 2XBQA 4KNDA 4KCEA 3D0ZA 5ECNB 2PGTA 4YAVA 2BJXA 2EIQA 2KHPA 4MPGA 2GLRA 4IJIA 4IJ3A 4KAEA 4ZL9A 2AV4A 2C4JA 3LGCA 2IMKA 4WF4A 4BWSA 1S3AA 3ISOA 4GSSA 2X8GA 1PX6A 1QK8A 4IVFA 2GS3A 1EWXA 1T4ZA 2LJAA 4MJEA 2H70A 3TB2A 1HNBA 4BWQA 1M9BA 1J9BA 4POBA 2GQKA 1U6TA 2GSTA 3UL3A 4WR5A 2DIZA 1EEJA 5IPGA 2YN1A 3UVTA 1Z6MA 1GSDA 5DAKA 3TRXA 1XWKA 4IKHA 1YY7A 2MZCA 5CRWA 3HD5A 1F3AA 2REMA 1Q4JA 5B8AA 4Q5RA 1GSQA 1TXXA 4LL1B 5CREA 1B9YC 3EYTA 3HDCA 1OC9B 1PRXA 4F0CA 2JL4A 2IJYA 4EE0A 3CSIA 2PERA 3FR3A 1TDIA 5IM9A 2MYGA 4GCIA 2V41A 3ZVJD 3P2AA 4K1FA 2XPEA 3VPTA 4IQAA 1OC3A 3DWVA 1DE1A 1DE2A 1SJIA 3QMXA 2VCTA 1SKWB 1EEMA 2C8UA 4OMVA 3EMXA 4PQHA 3FR9A 1THXA 3DXBA 4ZXGA 3VWVA 5FT3A 4EDZA 2GGTA 2X64A 3QFBC 2IFQA 3ZZXA 2JADA 2VCVA 4KB3A 1JLVA 2QSIA 4O7HA 1ZYQB 1H75A 4XTSA 4OO5A 1PX7A 1X9MB 1V98A 2R3XA 2NDOA 3VWWA 4JU5A 6GSVA 1TI3A 4AJ7A 2CA8A 3GSSA 2H0IA 4F03A 4XS6A 4IW9A 5A4VA 3FHKA 1WMJA 3GIXA 3M9JA 1YF0A 3VPQA 1YKCA 2CQ9A 4LA1A 1OVNA 4L8EA 1KNGA 4MZBA 3G7YA 4OO4A 3F9UA 2ES7A 5DJMA 3A2VA 3BCKA 3M9KA 2B7KA 1SENA 3GFKA 5IQYA 2PVOC 4MF5A 3N5OA 4AJ6A 2GZYA 1XWBA 3GHAA 1BEDA 4XHMA 1ZGNA 3GH6A 5ECOB 4ZBAA 2E2GA 4ILFA 4K8MA 2GT5A 5IMZA 3KCMA 4GF0A 1EOGA 3ZMKA 4EVMA 1SYRA 4XRDA 4I8BA 2IIYA 4MF7A 4NMUA 3CTFA 4N0ZA 1PA3A 2VCXA 4HUAA 2P0GA 4IN0A 2GQMA 1Q98A 5GSTA 1XWGA 3TDGA 1TW9A 1UA5A 3F6DA 4PUAA 5H5RA 1XOAA 2LNTA 5ECMB 2GSRA 5G2ZA 4EUYA 1G6WA 1K3YA 2WJUA 1FAAA 1UC7A 4MF6A 4NWYA 3Q74A 4IGJA 4MZCA 3L9SA 3HJPA 1V57A 2CV4A 4TOPA 2HFDA 5IO0A 5IMFA 2OE3A 3F6FA 1GLPA 2JU5A 3TJJA 3IOSA 4FYCA 3VI5A 2XBIA 4KE3A 2P5QA 4DSSA 3O3TA 4X43A 3GRXA 4LMWA 2OADA 4LLRA 4PNGA 3KEBA 1XVQA 2R6KA 1TP9A 2B6MA 4MK3A 2I1UA 4I2TA 5AIVA 1FOVA 4D73A 2AYTA 3BD2A 1TI1A 1AUCA 1OKTA 3HVVA 2FA4A 4KDYA 1AQWA 1ACVA 4F2IA 2E7PA 2C3TA 3FY7A 1HD2A 3UJ1A 4K0NA 2DMMA 1PD21 4OD7A 1XWAA 5C00A 3C7MA 2YJ7A 5A5KA 1SL0B 3IXRA 2HSHA 2XPDA 5ID2A 2LKUA 4IHUA 2PBJA 1AAZA 2ZCTA 2L59A 1ERUA 3ZYWA 1SD8A 3F4RA 1G7EA 2CVBA 2HZEA 2VM1A 2FCHA 1TRSA 2H66A 3LORA 5J5NA 3HKRA 3MNGA 2DIYA 4HU7A 2AUVA 2YZUA 2DJ2A 2M46A 5IIZA 5IMAA 2FWGA 4HU9A 3EU3A 2P31A 2B5XA 1SL1B 1B4QA 2B1KA 2L6CA 4I6XA 1K0CA 2K18A 3W8SA 4KH7A 3E9JB 4ZILA 4ECBA 1F3BA 3EU4A 5CRHA 1R4WA 1HQOA 3P90A 4EO3A 1ERVA 2L4CA 5F07A 6GSWA 2CAQA 2C1YA 3HZ8A 1GNEA 3UBKA 2L57A 4V2MA 1SKSB 3C1SA 1X5EA 3APOA 1B48A 3QPMA 1TKDB 1MDKA 4QQ7A 5F06A 1K0OA 3W6GA 4ULXA 2YV7A 4XS1A 2N5FA 5HR3A 1WRYA 3TUEA 10GSA 2IN3A 3BJ5A 1OC9A 2L4QA 3CRTA 1X0RA 5F05A 2GQLA 1ST9A 1YEXA 5GAPD 4V2LA 1H4OA 4PQ1A 4FIWA 5EL8A 4WETA 4RI6A 4H86A 22GSA 4HJMA 1G6YA 4DSQA 2WGRA 2B7JA 4PURA 2A2RA 2C0EA 5ECPB 2YPMA 2F51A 1T1VA 2FGXA 4V1Ag 2GSSA 3L0HA 3IPZA 5GZZB 4L0UA 5ELAA 3IK7A 2X8CA 4N30A 2I81A 2CZ2A 3GKNA 2VL9A 2V2GA 3LJRA 3WYWA 5LD0A 1SKRB 3KD0A 4DSSB 2VM2A 2O8VB 4HDEA 4O92A 4JEDA 4AGSA 4LMVA 1A2MA 1OE8A 1WWJA 3FK8A 4N10A 1TU7A 1EGRA 3NZNA 4I97A 1FB0A 5D9TA 5JWRB 2TRCP 4HQSA 1GSEA 1XVWA 5ECRB 2HLSA 3V1WA 3CYNA 2GZZA 4NV5A 1EV4A 2DSAA 3GH9A 4PNFA 3F0IA 2FWFA 1B9XC 3HVSA 4ML6A 4E8EA 1V9WA 4NV2A 3I9V2 3KH9A 2HI7A 4V1Ap 1ZYEA 4GWRA 3TJBA 4KCAA 2RLIA 1I9DA 3U5RE 2EIRA 3LWAA 3M8NA 4MABA 2O7KA 4FYBA 1VGLA 5FHIA 1O81A 2HT9A 5J4UA 4TXOA 2YWIA 3TGZA 1A2LA 5F8BA 1F37A 2YV9A 2KP2A 1G7OA 1K0MA 1U3AA 4FO5A 3RPPA 4GSTA 1MDJA 3HVXA 2MBSA 4JR6A 3KMNA 3TKSA 2TRXA 8GSSA 5IOWA 4HOJA 5EY6A 3GUSA 4MZWA 1HYUA 3H79A 3L4NA 20GSA 2J9HA 3F4TA 2FHEA 4EC0A 1VF3A 2L6DA 2ON5A 1OE7A 3HZ4A 3FZAA 3GSTA 1TK5B 1QGVA 4J57E 2B1LA 2WULA 1M9AA 3TKSE 1XZOA 3FW2A 5DQYA 4KGIA 3ME8A 5G1KA 1BG5A 2PMTA 4K6XA 1MEKA 1B8XA 5IOXA 1A2JA 4PGTA 3ZIJA 2H75A 3DKSA 1SU9A 3GKMA 6GSTA 4EL1A 2B3SA 3IAS2 3GKXA 1SL2B 4MP4A 4TRXA 3FR6A 4JRRA 2ON7A 2ZUPA 3VURA 1KTEA 2QKEA 1LJRA 1YDKA 1R7HA 1NM3A 1XCCA 2VLVA 1XW6A 1C72A 4GTUA 3RPNA 2YWMA 3QOUA 9GSSA 3KJYA 5D9WA 1J0FA 1GRXA 5J41A 4MJAA 4JR4A 2VD0A 2PUKC 2FD3A 2OKAA 1N8JA 4BVYA 4Q5QA 1JLWA 1QXHA 5B8BA 1WOUA 2XHFA 1S3CA 2VCQA 3GURA 2X99A 4RUVA 1R5PA 5G31A 4G2EA 1JZRA 3IAM2 2C3QA 3MAKA 2HE3A 3PINA 1EGOA 3KXOA 2VLTA 1QQ2A 2YZHA 4BPYA 1TK0B 3IK9A 3PR8A 2CAIA 3EC3A 5J9BA 2TIRA 1GTBA 3H4KA 1GNWA 3VK9A 2RUFA 2HSYA 2EIOA 1K0AA 3D5JA 2H8LA 4ML1A 3CBUA 6GSUA 5DBQA 2DBCA 3P7XA 2VL2A 4MJCA 4NHWA 2PWJA 2RIIA 2C0GA 5JWQB 5HQPA 3QAGA 3C71A 4EDYA 1AC1A 3HJOA 4XS4A 1GTIA 4HZ2A 1XWCA 4GXZA 3FRCA 2VO4A 2IL3A 3KTBA 4AF2A 2C3NA 5H5SA 1WE0A 2R4VA 2YWOA 2C0DA 3O6TA 5D8IA 3GX8A 4TXOB 4LL4B 5FWGA 2N5BA 4O5RA 2A2SA 2F3MA 3KM6A 4TR1B 4GQFA 2LJRA 3H8QA 1O8XA 1A24A 3WGDA 1M0UA 4K0GA 3L9UA 2V6OA 4ACSA 3AY8A 5CRGA 1M2DA 4NAXA 4P3YB 2Z9SA 5CAXA 5ECIB 1JZOA 2O85A 4HS1A 1MD3A 3N9JA 2OJLA 2H73A 4XIHA 5JCGA 3CRUA 3VWUA 1GTAA 1NW2A 4KDXA 1O6JA 2JSYA 4KSOA 3MWHA 2A4VA 2PPTA 3BBYA 1THOA 1XOBA 2GDRA 1VF2A 3EVIA 2VL3A 4TVEA 3VWXA 2DJJA 4GLTA 2QC7A 4F82A 1Z5YE 1WPIA 3CMIA 2DJ1A 4YH2A 1R26A 3WGXA 3UOMA 1K3OA 4V2NA 1TRUA 4AJ8A 3SWLA 3ZFBA 4IQ1A 16GSA 4F9ZA 1EP7A 1Y25A 3LG6A 2JSZA 2JACA 4RI7A 3HY2A 1ML6A 1T8EB 2H6YA 3IA1A 3FYGA 5D96A 2VCZA 3TJFA 2CVDA 1SK1A 3EINA 4JBBA 3TKSC 5ABRA 4GRFA 3Q18A 1PMTA 5KN3A 1J08A 2LQOA 3QDNA 2GVPA 1E6BA 3G9BA 1GP1A 1X9SB 2HYXA 2MMNA 3UMAA 5J3RA 4K2DA 4QL7A 2GZPA 2C80A 5JWOB 1YJ6A 2YWNA 3W8JA 4POLA 13GSA 1FO5A 1A8YA 4K9ZA 4NXIA 5KN0A 3I43A 1SYXA 1UVZA 1ZZYA 3DMLA 1T7PB 4N0VA 5EVOA 17GSA 3APSA 3LXTA 2G2QA 3LXZA 2QGVA 4RQRA 4YQVA 1BX9A 5IMCA 5B6MA 4XCSA 3MSZA 3A2XA 1YF1A 2IMFA 3FZ4A 4XS4B 4OCFA 1FB6A 2FUG2 2VUPA 4HZ4A 2OACA 3GKKA 3EWLA 1WIKA 3UEMA 3SBCA 1ZMAA 4DVCA 1TU8A 4BVXA 3PH9A 4OWYA 4NHZA 2HXKA 4ISDA 1TRVA 2CT6A 3PGTA 1MDIA 2PU9C 1Z7RA 3GX0A 2CVKA 4POMA 3ME7A 4POKA 6GSSA 1TRWA 2IMDA 2HRNA 2IWTA 2H1AA 3D4MA 3QCPA 3I6AA 3OR5A 3LQ7A 4RQXA 1EOHA 1GTUA 1U3IA 3M1GA 2O89A 2LQQA 1Y6EA 3Q6OA 3KIJA 2F9SA 2L5OA 2YNXA 2XC2A 5ECSA 1T4YA 1EZKA 1GSUA 5D93A 3H1NA 1VF4A 3GNJA 2HNLA 2N5AA 1XXUA 2V32A 3FZ5A 5F0GA 1YQ1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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