2E2GA

Crystal structure of archaeal peroxiredoxin, thioredoxin peroxidase from aeropyrum pernix k1 (pre-oxidation form)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
242
structure length
238
Chain Sequence
SIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVCTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Aeropyrum pernix
publication title Oxidation of archaeal peroxiredoxin involves a hypervalent sulfur intermediate
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable peroxiredoxin
total genus 76
structure length 238
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2006-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 2e2gA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2e2gA01
3IHQA 2WZ9A 2M46A 1OVNA 2Z9SA 3RBTA 1U88A 1ZL9A 3ZFBA 2DJKA 1VF2A 1ERUA 5D73A 5JWOB 3GL5A 1A2MA 4YAVA 2NPBA 4TN8A 2GVPA 2K18A 4DSSA 4POBA 2PPTA 4TW5A 2YZUA 4J57E 2C0EA 3IPZA 1FHEA 4MZWA 4EE0A 2VUPA 1G6YA 1YF1A 1K0DA 3C8EA 2EIRA 2PGTA 1DE1A 3GH6A 3EINA 3LG6A 5ECMB 5ID2B 1PX7A 5COHA 4ECJA 3UIWA 3KH9A 2CX4A 2GSQA 5H5RA 5D8IA 4YAPA 3BOAA 4IBPA 2DLXA 5INYA 3HCZA 1EEMA 4V2NA 3KM6A 4MP4A 2GSRA 2OE3A 2VCXA 1U6TA 5F0GA 3EYTA 1FOVA 2MMOA 4GQFA 5J3RA 1XOBA 1K0NA 3GRXA 4ACSA 1E2YA 4MJAA 5D93A 2HRNA 3UBKA 1PRXA 1H4OA 5G1KA 3CTGA 3A5WA 1ZMAA 2R37A 5D96A 2YJHA 3KGKA 3H1NA 2N5AA 3P2AA 2FWEA 2O85A 5ENUA 4GSSA 3KJYA 3KP8A 1GUMA 2B1LA 4XS6A 1AAZA 2VL9A 1PKWA 3TRPA 4MJCA 2PMTA 3CRUA 3EU3A 1EGRA 4IQAA 4Q5RA 1AXDA 3OR5A 2LNSA 2JL4A 3M0FA 3MSZA 2LJAA 4DEJA 2H1AA 1CQGA 2L4CA 4X43A 2PVQA 4O92A 1LJRA 4HU7A 2YZHA 2HYXA 2H6XA 1AIUA 3EWLA 2E7PA 4BWQA 4LMWA 3F4RA 2H8LA 2R6KA 3FR9A 3QAGA 4YH2A 2I4AA 1R7HA 3F3RA 5DAKB 3L9SA 4XS4A 3O3TA 4V1Ap 4KDYA 1EP7A 2O8VB 4K7OA 2O7KA 3GFKA 1DE2A 2IMKA 2VLVA 1A0RP 4TR1A 2IFQA 3GA4A 1T1VA 5ECOB 1YEPA 2WB9A 1GNWA 1R5AA 3C1SA 3UEMA 4JRRA 1HD2A 4NWYA 3KMOA 1SJZA 6GSVA 1F6MC 1WIKA 4Z7XA 2CX3A 2V6KA 2MYGA 2NDOA 3TJBA 3IE3A 1ZYQB 1PA3A 1GSDA 1A8YA 1NHYA 1YKAA 4AJ6A 2X64A 4MF7A 2L5OA 2PU9C 4XRAA 1M2AA 3S9FA 1XWBA 1PX6A 2OJLA 1G0TA 5C04A 2YJ7A 2FWHA 2VL2A 1JLVA 5IMZA 1MTCA 2H75A 4OCEA 2HE3A 4OFNA 4JBBA 1RQMA 3QDNA 1S3AA 3GUSA 1K3LA 1ACVA 2PWJA 4ZBBA 5IIZA 1SD8A 1PGTA 4EVMA 2XHFA 1PL2A 3GNJA 5CP1A 3SWLA 2C3QA 3GMFA 3LSZA 4ZL9A 3LXTA 1V98A 2V6OA 1Z6NA 4F0CA 5ID2A 1OC3A 1TI1A 1GUKA 3TJJA 3C71A 3E3EA 4NAXA 3VURA 2ZNMA 1SL2B 1V57A 1M0UA 1UC7A 3APQA 3F3QA 4L8EA 3EVIA 5DVBA 4LL1B 4K7NA 2YWOA 1AQWA 3D21A 1C72A 1PKZA 1YZXA 3TKRA 5JCGA 2KUCA 5ELGA 2LNTA 1O85A 1SJIA 3GIXA 1X9SB 4BVYA 1QUWA 1GLQA 2YN1A 3TJKA 1K3YA 4BA7A 6GSWA 2FWGA 4TR4A 1KEBA 1TK5B 4ZILA 5G5FA 3QMXA 4WKWA 3UL3A 1K0AA 1HYUA 4ZBDA 4O32A 4AJ8A 2YWMA 2F3MA 3P8WA 2LEGA 3D22A 2CVKA 4DSSB 4IP6A 3GKXA 5EL8A 2HI7A 1EOGA 1PSQA 4DVCA 2RM5A 1B48A 1N8JA 4NXIA 5IPGA 3MDKA 1K0BA 4GRFA 1ERTA 1AQVA 3F9UA 3TKSE 4I8BA 4EKZA 4F2IA 2WULA 4BL7A 1GWCA 3DIEA 1YDKA 9GSSA 1ERWA 3WYWA 2H19A 2FA4A 2H6ZA 4N11A 2M72A 2OA7A 1WWJA 2VM1A 4PX1A 2A4VA 5A4WA 1FG4A 2E2GA 1USBA 3ZFLA 2GQMA 1A0FA 5J41A 1G6WA 3LGCA 4DSRA 3TKSA 1X5DA 1TTZA 1XW6A 2R3XA 1V9WA 1SJ6A 2LJKA 2G2QA 4GSNA 6GSXA 1DUGA 1I9DA 2C3TA 2J9HA 1CQHA 1TU8A 1EOHA 4G19A 1H75A 1TRUA 5F05A 2HNLA 2AB6A 5IMFA 2KLXA 3Q18A 4EDZA 3VPQA 4KX4A 1ZOFA 2MBSA 4ZBAA 2H30A 3KD0A 5H5SA 4GTUA 1WE0A 1TK8B 1A23A 2YWIA 4GXZA 2XC2A 3FKFA 4EC0A 2AAWA 1VGLA 5DQSA 5F06A 4HU9A 4TOPA 3DGQA 4MABA 2CT6A 4GQCA 4MJBA 3PH9A 3GSTA 4HUAA 3LWAA 2IN3A 2DJ0A 3TRXA 2HSYA 2X8HA 4ZB9A 3LYPA 4AGSA 3I9V2 2JADA 3QOUA 2XPDA 5CRHA 2P31A 2V2GA 3ISOA 1RW1A 1XWCA 4HZ4A 2OE0A 3FZ9A 2TRCP 2IWTA 1QMVA 5CRDA 4ZXGA 1BEDA 1WRYA 4K0GA 2KHPA 2JSYA 1V2AA 2L59A 4MF5A 2P5RA 1K3OA 3FZAA 3UARA 1FAAA 5HQPA 1KBNA 4RQXA 3KEBA 2VLUA 4KSOA 4LA1A 1Q98A 3TKQA 2PVOC 2H1GA 4FO5A 2H66A 2PUKC 2IMDA 1B8XA 2IIYA 3KP9A 2REMA 5B8AA 1B9XC 2OADA 3KH7A 5GSSA 4IKHA 3IDVA 5DJMA 3ZL5A 4KNDA 4MDCA 3VFIA 5B7CA 1J9BA 3KTBA 1AW9A 4FH8A 1B4PA 4WF5A 7GSSA 1ERVA 5J9BA 1XVQA 3F4TA 3KZQA 4X0XA 3VWUA 1SD9A 4JR6A 4DSQA 1XXUA 1YKCA 1HNAA 4POKA 3HZ8A 2GSSA 2YP6A 2CAIA 2JACA 2IMIA 2C80A 4OO4A 4IW9A 2RIIA 5JWRB 4HQSA 1MD4A 2WJUA 3TOUA 5AIVA 1T8EB 1EP8A 1QFNA 1GP1A 2V32A 5A5KA 1F3AA 4F03A 1KNGA 5KN1A 3WD6A 3UMAA 1VRSD 5G31A 3CMIA 1TJDA 3HVSA 4IP1A 3FW2A 3IC4A 4BVXA 2H73A 1ABAA 3ZZXA 3UJ1A 5DBQA 2JZSA 1TI3A 1ON4A 3HDCA 1SYRA 1GSSA 3GSSA 4PQHA 3FY7A 5A4VA 1BJXA 3GTUB 1BQ7A 4IJIA 1FW1A 3F8UA 5HR2A 2GDRA 4G10A 2VL2C 4L5LA 1TXXA 2DJ1A 3ERGA 2VIMA 4QL7A 4EXJA 4NV5A 4GF0A 1Y25A 4PUFC 2R2JA 4XTSA 4EDYA 2GLRA 2H76A 1T4ZA 3CSIA 3ZTLA 2H74A 5ECPB 4IQ1A 2H70A 2NVLA 1MDJA 1OYJA 2PN8A 1J08A 3IV4A 4KDXA 2YV7A 1GSUA 4TR3A 2V41A 3WGEA 1MDKA 5IQYA 4NMUA 1ST9A 4KE3A 2VCWA 1TP9A 2FY6A 2F51A 5CREA 1GULA 2V1MA 2LS5A 4H86A 1SKSB 3MAKA 3KXOA 4MZCA 4CDOA 1EWXA 5EY6A 1HNBA 4RI6A 4NV2A 4Q5QA 1G7OA 3MWHA 2C0GA 1TKDB 3F4SA 3BJ5A 4KCEA 4L0WA 4I6XA 3APOA 4IHUA 1MEKA 3GKKA 4TR0A 2RUFA 4ZB8A 5GAPD 4WXTA 3UVHA 4N10A 1T4YA 1U87A 4XS1A 1A8LA 3IOSA 1OE8A 2LKUA 4J2FA 4N30A 1IYIA 5LCZA 1EGOA 3ZYWA 5IO2A 4J56E 8GSSA 1GTUA 1I5GA 3D4MA 4JE1A 1JHBA 2VAFA 1DBYA 4MA9A 3FR6A 3RPPA 3A2VA 4ILFA 2VLTA 3UAPA 3M8NA 1PMTA 4F9ZA 3TDGA 3CTFA 2LRCA 5KN3A 19GSA 4PUAA 4TXOA 5GZZB 1HNCA 2XBQA 5IMDA 4POMA 3M3MA 1T7PB 4V2MA 2H01A 4OD7A 5ECRB 1TRSA 3ZREA 1QQ2A 1YY7A 4RI7A 2K8VA 2TIRA 1M2BA 3ZIJA 4WEYA 2C3NA 1YQ1A 3ME8A 4TXVA 4XCSA 3E0UA 3WGDA 3TKSC 1AUCA 5HR3A 20GSA 3IAS2 3P7XA 1NW2A 2XPEA 4ECIA 4TKYA 1GTAA 4K0NA 17GSA 1JZDA 3TJGA 2MMNA 4LLRA 5DDLA 16GSA 3LEFA 4HDEA 2B5YA 3HJPA 1TDIA 1ZGNA 2GT6A 2H0HA 3VI7A 2FNOA 3Q6OA 2FHEA 2PBJA 3VPTA 1K0MA 1BYEA 3I69A 2B3SA 2ES7A 1THXA 4D73B 1X5CA 1K0OA 3CBUA 2AYTA 3DRNA 3GL3A 4IJ3A 1NSWA 3GTUA 2IMFA 3QAWA 4ZL8A 2GTUA 3IK9A 2DIZA 1YEXA 1Z6MA 3G9BA 2YANA 1W89A 3D0ZA 5CRGA 1TRVA 4HJMA 1Z7RA 5ECNB 1GSYA 4PNFA 3BBYA 3CXGA 1ZYEA 3ZITA 3EMXA 5HR0A 2DC5A 1OC8A 2LTKA 5B6MA 2O87A 11GSA 2B5XA 1F37A 2P5QA 5CO3A 1DSBA 4N0ZA 2KP2A 4WR4A 3V1WA 4HI7A 3IRAA 3QFBC 2K9FA 1NM3A 4MH2A 2TRXA 2VCZA 1GTBA 1MDIA 2F9SA 3GX8A 5LNKe 5LD0A 3F0IA 3KIJA 3DMLA 2QKEA 3H93A 4IVFA 2H1BA 5F07A 2IMEA 5J5NA 1SENA 1JZRA 5FWGA 1PL1A 2LQQA 1Z9HA 4AF2A 2YV9A 5AIXA 3TB2A 3ME7A 5D9VA 1GSQA 3EU4A 2C8UA 3I6AA 3KTLA 5DCHA 1F2EA 3IBHA 3LYKA 3BCKA 6GSYA 3I43A 5D9WA 2OACA 3ERFA 2R4VA 1XZOA 3LQ7A 2ALBA 4GCIA 2A2SA 1WMJA 2HSHA 1OC9A 3KCMA 2RM6A 3QAVA 5G1LA 1T00A 4K6XA 3J7Yb 5CRWA 1MD3A 3D5JA 5ECKB 1PQNA 2OE1A 2FWFA 2IJYA 3EE2A 3TGZA 3HVXA 13GSA 3GKNA 2WCIA 2YOIA 2LRNA 2LV3A 4POLA 4MPFA 5EPFA 1J0FA 2L5LA 2JZTA 3GN3A 4MK3A 3DKSA 3H4KA 4P3YB 5ECQB 1M2DA 2WGRA 4PQ1A 3LORA 3DVXA 1M99A 4O5RA 1EEJA 3W8SA 4F82A 2LSTA 3PINA 5J4UA 2C0DA 3M9JA 3SBCA 2B7KA 3QPMA 1GL8A 4JZQA 2HZEA 3US3A 5C00A 1VF4A 1ML6A 2I1UA 6GSSA 5JWQB 1QGVA 2YWNA 4ECCA 4MLYA 2B1KA 4WETA 2O89A 4QL9A 3IXRA 1VF1A 3GHAA 1EV9A 1THOA 2H0IA 2PERA 22GSA 3LJRA 4NHZA 4D73A 1PD21 2HT9A 3FR3A 1WJKA 2CAQA 4JU5A 4YQMA 5D9TA 5HFIA 2L57A 5G30A 3BD2A 4GWRA 1SK1A 1XWAA 2NTOA 4FIWA 4MJEA 4ZL7A 1LU4A 3PGTA 3O6TA 2YNXA 2ON5A 3DEXA 1BAYA 3C1RA 4TXOB 4XRDA 3BCIA 3H79A 1E6BA 2CVBA 1A2LA 4K7IA 3IAM2 4ZB6A 3TKPA 1WOUA 3U5RE 2QC7A 3CSJA 4MMMA 2BMXA 5AN1A 1VF3A 1YF0A 1UA5A 4TVEA 2DBCA 1SYXA 4IELA 2VOCA 2GZZA 1Z3EA 3NOFA 2WS2A 5KN2A 4RQRA 1BG5A 2ON7A 1Y6EA 1JZOA 3FRCA 5AGYA 1B9YC 1TOFA 4MPGA 4ISDA 18GSA 3FK8A 2GQLA 2E2MA 2CA8A 4G2EA 1EZKA 2QSIA 3WT2A 1OKTA 3IA1A 4ECBA 2HFDA 1EV4A 2JZRA 3R2QA 3N9JA 2HLSA 2HZFA 2F8AA 1O6JA 3WGXA 1GSEA 3H8QA 3ZVJD 5E4WA 5L71A 5D9XA 2GZYA 4X1UA 3EURA 4ID0A 3F6DA 2MZCA 5CNWA 1WPIA 3Q74A 1URMA 3K8NA 3DXBA 2BJXA 3HA9A 4XIHA 2N5BA 2EIOA 1JFUA 1R26A 2M80A 2I3YA 2MMZA 1SK0A 3DD3A 5G2ZA 1QK8A 2DJ2A 4QQ7A 5FT3A 5IMAA 1UN2A 3ZIVA 1X9MB 2K8SA 4EO3A 2HXKA 5CAXA 4KGIA 1N2AA 4EF0A 2AHEA 4EUYA 2FA8A 5B8BA 2FD3A 2MBTA 3RHBA 4KA0A 1FVKA 3WT1A 2I81A 1O7UA 4OFMA 3HKRA 5KN0A 4LMVA 3F63A 5ECIB 2J23A 5J9CA 3HYPA 5ECHB 2GZPA 4WF4A 2FGXA 14GSA 1GLPA 2GQKA 4WBJA 2DJ3A 1HQOA 2AV4A 3J7Yk 3ZLPA 2VCTA 1V40A 2LUSA 1S3CA 1XW5A 3CRTA 3C73A 4IS0A 3RPNA 1XVWA 5A4UA 4KH7A 5EVOA 3ZMKA 4JEDA 3HD5A 2IL3A 4OMVA 2C1YA 2R5GA 4RUVA 3TJFA 1KTEA 2WRTA 2GGTA 1AQXA 4K9ZA 4MZBA 1G7EA 3ED3A 2D2ZA 1M9AA 4OO5A 1O73A 2KOKA 3E9JB 5IOXA 5IM9A 2XBIA 2X8GA 5IMVA 3NZNA 2I9HA 1OC9B 1TK0B 3U6VA 2CV4A 3GH9A 2CZ3A 4I2TA 5IO0A 2VD0A 2VL3A 3L78A 1X5EA 2EC4A 1ZCPA 1XWKA 1F3BA 2EIQA 2H0GA 2CZ2A 5DALA 4F0BA 1M9BA 2ZUPA 2H6YA 2X99A 3A3TA 5B6NA 1O8XA 10GSA 3VWXA 1ILOA 2LJRA 4L0UA 2G0FA 4CW9A 3LXZA 4KAEA 3HZ4A 2C4JA 1T3BA 3W8JA 5DQYA 1XWGA 3PR8A 2YPMA 1GSFA 4PQIA 2N5FA 1JLWA 2CVDA 4K8MA 3EMPA 5DCGA 2FUG2 4NPBA 5GSTA 4PURA 2LQOA 2KP1A 2HZEB 3A2WA 2E0QA 2LRTA 3QD9A 3RHCA 2OBKA 4AJ7A 4ML1A 3GURA 3D6IA 1OKDA 3GV1A 1FVJA 1FB6A 4LL4B 2JSZA 4Q5NA 1FB0A 3HVVA 1O81A 1GTIA 5GAND 2GT5A 1Q4JA 5ECLB 5ECSA 3IK7A 3QR6A 4KCAA 2HRFA 3M1GA 1BX9A 4FYBA 4Q5FA 5ELAA 2DIYA 2B7JA 2FLSA 1PN9A 4MH3A 1B4QA 1XPVA 4HZ2A 5FHIA 1GRXA 3NIVA 4PNGA 4WBRD 1Z7PA 4KW6A 3ZRDA 3A2XA 1R5PA 4WR5A 2VO4A 3G7JA 1A24A 4YQVA 3N5OA 4G9HA 3W6GA 3F6FA 4PXOA 4K1FA 4KSMA 2JU5A 3HY2A 2QGVA 2A2RA 3FYGA 2L6CA 3DWVA 4HOJA 3ZVJA 1OAZA 2OKAA 2B5EA 3VI5A 1A2JA 1XFLA 4CHSA 3CSHA 2IPAA 6GSUA 3UVTA 1TU7A 1U3AA 4ML6A 4BPYA 3FEUA 5JCUA 5CYYA 3L9UA 3LFLA 2P0GA 1YJ6A 1LBKA 3HJMA 4O7HA 4KUNA 5H5QA 1O8WA 1R4WA 3DYRA 3VLNA 4MCUA 4JR4A 5HR1A 2ZCTA 2VCQA 1UVZA 4OCFA 2GSTA 1FO5A 3GX0A 3C7MA 4GSTA 1U3IA 1V58A 1X0RA 4E8EA 1NHOA 2X8CA 4V1Ag 2H71A 3IR4A 3VK9A 4OFTA 2BTOT 5E59A 2GS3A 3CYNA 4IGJA 6GSTA 1SL0B 2WFCA 1IYHA 3L0HA 5DAKA 3GYKA 4N0VA 2DSAA 1X9WB 2FCHA 4PGTA 1OE7A 4KDUA 2AUVA 3TRQA 4HQZA 4L5OA 3AY8A 2YCDA 4OWYA 2L6DA 3KMNA 2WDUA 5DJLA 4NHWA 1W4VA 5KEJA 3HJOA 2DMMA 1RK4A 3FZ5A 1M7TA 3JCML 2NBSA 4IN0A 1F9MA 3UOMA 1SK2A 1XCCA 3QFAC 3O76A 2C0FA 5IOWA 1GUHA 2VCVA 1XBSA 3TOTA 3EC3A 1SL1B 2H1DA 3QCPA 5ABRA 2B6MA 4K2DA 3FHKA 4TRXA 4XHMA 3ERWA 4GLTA 3G7YA 3TUEA 1XIYA 3HXSA 3UBLA 4EL1A 2L4QA 1Z5YE 3GKMA 1S3DA 4MF6A 1K0CA 4YQUA 4ZIJA 3G7IA 3M9KA 4FYCA 4HEA2 2VD1A 1SKWB 5F8BA 5JCWA 2MMAA 1JZWA 5HFKA 2H72A 3RAZA 2RLIA 3DVWA 5AISA 4HS1A 1TW9A 4E8HA 4XS4B 4HJ2A 5IMCA 1SU9A 1GH2A 1XOAA 2RUEA 3APSA 5HFGA 2OBIA 3MNGA 3VWVA 3Q19A 3FZ4A 4ULXA 4I2UA 3TCOA 4V2LA 3ZMLA 4FYUA 5G5EA 4KB3A 1ZZYA 3D4TA 3P90A 3L4NA 4TR1B 1AC1A 2DMLA 2IFQB 1GNEA 12GSA 1TRWA 2DJJA 5IPHA 3L9VA 4I97A 5DALB 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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