1SKRB

T7 dna polymerase complexed to dna primer/template and ddatp
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
total genus 25
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1skrB00
2V32A 2YV9A 2TIRA 4HJMA 4OCFA 1UN2A 3JCML 1URMA 4GSTA 4TN8A 1TK0B 1HQOA 1XVWA 3W8JA 2GDRA 1ERWA 4HS1A 1SL2B 1ZGNA 2VO4A 1ACVA 4IN0A 1G6WA 2B7JA 1Z3EA 1KEBA 3M0FA 3QPMA 4HZ2A 2YOIA 2YZHA 3KZQA 4ZXGA 3ISOA 18GSA 2GT6A 1W89A 3TRXA 1MDIA 2OBIA 7GSSA 3O76A 1WIKA 4BWSA 2QGVA 4MZBA 3F6FA 1QXHA 4OWYA 3GX8A 4X1UA 5ECLB 1SKWB 2YJ7A 4TVEA 4NV5A 2L57A 4POKA 3A2XA 2OE3A 4GLTA 3M9JA 3GFKA 1SYXA 4JZQA 1XCCA 2VCXA 4FO5A 2WDUA 5G31A 1G0TA 1TU7A 1XOAA 3TJJA 2C0GA 3MNGA 4MA9A 1Q4JA 3KMNA 4DEJA 1YEPA 4KDXA 1M9BA 2IIYA 3FY7A 4IW9A 1T1VA 3CTGA 3IAS2 2MZCA 2LNTA 3FW2A 2IWTA 2VLUA 1GTBA 2GQKA 2YWMA 4WKWA 2AYTA 2V6KA 6GSTA 1A2LA 2FUG2 1XOBA 3KTBA 4MJCA 1JFUA 4K0GA 5D73A 1A8YA 2WULA 4GWRA 3QFAC 1K3OA 2L4CA 4O7HA 4ULXA 2B7KA 3WGEA 1YKCA 3HXSA 3HVSA 1E6BA 2H6XA 4V2LA 2KUCA 3CTFA 4DSSA 2HE3A 3DEXA 5AIXA 6GSVA 1Z9HA 5CAXA 1QFNA 3DVWA 3GL5A 4O92A 1S3AA 1MDKA 3VWWA 3VFIA 3VPTA 3ED3A 3C8EA 4DSSB 4NMUA 2PMTA 1IYHA 3LFLA 4IGJA 4K6XA 1GUKA 2WZ9A 5G1LA 1JZOA 3ZMKA 2KLXA 1EWXA 3FYGA 1TK5B 3D22A 4WXTA 5DBQA 2FWGA 4GSSA 1SJZA 1OVNA 2X99A 2AV4A 3RBTA 5J41A 4LMWA 3DYRA 2CAIA 1SKRB 2ES7A 2H1DA 4FYBA 5AIVA 3GX0A 2H6ZA 3VPQA 4ZILA 2F9SA 2FWEA 4Q5FA 4BA7A 3EYTA 2C0FA 4K7NA 2CQ9A 5G5FA 4HU7A 2DJ2A 2GSRA 1LU4A 1OE7A 3ZRDA 1BG5A 4HJ2A 3HD5A 1UC7A 3M9KA 1K0BA 2IFQB 2FY6A 2ZNMA 4JR6A 3WYWA 3WT1A 4I2UA 4PX1A 11GSA 4IELA 4TR3A 5CRWA 2E2MA 1K0CA 1V58A 3LQ7A 3TKSC 3ZIVA 4EXJA 2MMZA 5IMFA 1U88A 3DWVA 2HT9A 1EOGA 2CX4A 2HZFA 2O87A 4EE0A 4IP6A 2GQMA 4F9ZA 2B3SA 3GIXA 2AUVA 3FRCA 5COHA 4L0UA 2QSIA 2GLRA 4EVMA 5G5EA 6GSSA 1J08A 4PQHA 3PH9A 1SK0A 3KH9A 1W4VA 2RM5A 3TKPA 1AIUA 2YP6A 3C1RA 3IV4A 3DRNA 3NOFA 4EDYA 5L71A 4MCUA 2HSHA 1EEJA 1RW1A 2GTUA 3P7XA 5CP1A 4XTSA 5J9CA 1XIYA 1XW9A 5EL8A 4IQAA 4E8EA 2JL4A 3DXBA 4ISDA 5G2ZA 1OC9B 1XWGA 3DD3A 3D4TA 2ZCTA 1B9YC 1T4ZA 4TKYA 2HYXA 5IMCA 1U6TA 5KN0A 2LRTA 1O6JA 3L9SA 4NHWA 4ZIJA 5B7CA 4I8BA 1TDIA 1YEXA 3CRUA 1SL0B 2TRXA 2G2QA 2RUFA 4YQMA 3TGZA 5HR0A 4KSOA 2HRFA 4ZBBA 4OFMA 1K3LA 3F0IA 1PSQA 2H30A 4G2EA 4WF4A 2LQOA 1R7HA 1F3AA 2XHFA 1R5PA 2CZ3A 3HZ4A 4J2FA 1ZYEA 3DMLA 1HNAA 1XVQA 2H0HA 1SD8A 3HDCA 3ZYWA 4YH2A 1T7PB 4IP1A 3KM6A 3FZ9A 5HFGA 4Q5RA 4AJ6A 1QMVA 2OBKA 3TDGA 1V2AA 2X64A 2MMOA 2R5GA 4XCSA 1EZKA 1SD9A 1XPVA 2HRNA 5DCHA 5DJMA 2H71A 2LKUA 2DIZA 4OCEA 5KN3A 1A23A 3CXGA 4ILFA 1UA5A 2VCWA 3UVHA 1PKZA 4PURA 1FG4A 2FHEA 1CQHA 2DSAA 2ON5A 4MF6A 2PN8A 3UAPA 1SKSB 4IVFA 4ZB9A 5B6NA 5IPHA 1X9MB 1GTAA 3KP8A 2MBSA 2PUKC 4MJBA 1XWKA 2P0GA 3BOAA 19GSA 3LSZA 1X9SB 4J57E 2P5RA 4G10A 1BEDA 2H1BA 4F0BA 3C7MA 2YCDA 3RHCA 2I81A 5J3RA 5A5KA 1A2MA 1QK8A 3F4TA 1O7UA 1V9WA 2H76A 3W6GA 2DMMA 4MH2A 2IMKA 2BJXA 5A4UA 1T8EB 1XWCA 2GZZA 1WMJA 5CRDA 2PPTA 4XHMA 3QFBC 2IL3A 4GRFA 2YZUA 4ECIA 3FR6A 3US3A 5IMZA 8GSSA 1XWBA 3PINA 1PGTA 1G7OA 3LXZA 1KBNA 1LBKA 4PQIA 4IBPA 2GZYA 4BWQA 1FB6A 3APOA 3GKMA 3GL3A 1EP7A 1FVJA 5IM9A 1JLVA 1Z6NA 2H70A 3KIJA 2FNOA 5DVBA 3D21A 4ZBAA 1M2DA 1K3YA 1XWAA 1O73A 3LJRA 4XRAA 2FGXA 1ERUA 3IBHA 5JCUA 2GZPA 4JR4A 4RI6A 2VD0A 4ACSA 3QAWA 4JBBA 2VM2A 2FA8A 2H0GA 3TOTA 1GH2A 20GSA 1YJ6A 3P90A 1MEKA 3QMXA 3RPNA 4PUAA 3S9FA 5B8AA 4FYCA 2LS5A 1M7TA 4QQ7A 5DJLA 3BD2A 3Q19A 1ZL9A 1V57A 5C00A 4IQ1A 2VCTA 1M0UA 3WD6A 4L0WA 3EURA 4TR4A 1AXDA 1GL8A 4FYUA 3GH6A 4J56E 2VD1A 2L59A 3GA4A 4PXOA 3NIVA 4NXIA 2P5QA 4F82A 3C1SA 3H8QA 3IHQA 3QOUA 5ELGA 1A0FA 4K7OA 3UJ1A 4XS6A 1GUHA 3HY2A 1HYUA 3W8SA 4V2MA 1EGOA 3IOSA 3GRXA 3M8NA 4WEYA 1GLQA 2N5BA 4ML6A 6GSUA 3ZL5A 3AY8A 4JRRA 1YKAA 4POBA 1XW6A 3QD9A 1TI3A 2RUEA 5CREA 4V1Ag 3MAKA 4LL4B 2NTOA 3UIWA 5GSTA 1ZOFA 2O8VB 5F06A 1EV4A 3LG6A 4KB3A 2IJYA 1S3DA 3TJBA 3ERFA 3TKRA 4QL7A 3H93A 1TU8A 2XC2A 1A24A 1F2EA 4CDOA 3BCIA 4IJIA 5GAPD 2HZEA 5D9WA 1HD2A 1FOVA 1BQ7A 1G6YA 2XBIA 2B5EA 2QKEA 5GSSA 5E59A 2VL2A 4EUYA 5G1KA 2F51A 3H4KA 4FIWA 2EIOA 1Y25A 3MDKA 4LL1B 6GSWA 2RIIA 4F2IA 1A2JA 4MLYA 5EPFA 3KD0A 4K8MA 3F6DA 1ERVA 2X8HA 1BAYA 1R5AA 5H5SA 2H0IA 1Y6EA 2DBCA 4OD7A 1GTIA 1N8JA 4YAPA 4YQUA 2H1GA 2DJJA 1RQMA 5HR3A 4ECBA 1K0NA 4MJEA 1QQ2A 2GT5A 1UVZA 3GYKA 4WETA 5IIZA 3BJ5A 2LSTA 1H4OA 2V6OA 3CSIA 1T00A 4I6XA 4ECCA 3J7Yk 2X8GA 4MPFA 3FR3A 2YWIA 4HQSA 2XPDA 1EEMA 5EY6A 2NBSA 1AC1A 3IRAA 3I6AA 1F6MC 1I9DA 4L5OA 4EKZA 1T3BA 2VAFA 5IOXA 4GXZA 4I97A 1YQ1A 1EP8A 2I1UA 1ON4A 2X8CA 2C0EA 5ECOB 2VL9A 1K0AA 4O5RA 5CRHA 5D93A 1Z7RA 1KTEA 5A4WA 1X5EA 3M1GA 5HFIA 2J9HA 4HU9A 5DALA 3KMOA 1YDKA 3Q18A 1TW9A 1SL1B 3IA1A 2FCHA 1FHEA 2KHPA 4ID0A 1MD4A 4K0NA 1OAZA 2AJQB 4MJAA 2JADA 1U3IA 2OJLA 10GSA 1YY7A 4KDYA 2CT6A 1SK2A 2JZTA 1QGVA 1S3CA 3FKFA 3VWUA 3G7IA 1GNEA 3EINA 3FR9A 2G0FA 1VF2A 12GSA 1B8XA 4I2TA 1I5GA 4AGSA 4AJ8A 5F0GA 1PQNA 2A4VA 3ZFLA 2GSQA 4OMVA 2L6CA 3VK9A 5D9TA 3UOMA 2HLSA 2DIYA 4N10A 2LTKA 4IKHA 2VUPA 1Z6MA 1PX7A 3H1NA 2K9FA 5INYA 1YF0A 5GAND 5JWRB 1JHBA 3EVIA 3ME7A 2RLIA 4NV2A 2M72A 4F0CA 1PA3A 3F9UA 2N5FA 2Z9SA 4MH3A 1U87A 1WP0A 3UARA 5DCGA 2H66A 2JACA 1GSSA 3DIEA 4TR1A 2FWHA 4PQ1A 4K2DA 1V98A 2NVLA 4LMVA 5IMAA 1WJKA 3RPPA 4G19A 1WE0A 1BX9A 2MYGA 4HDEA 5LCZA 2PERA 4DSRA 3KEBA 1DE2A 1TI1A 2CAQA 2C3TA 4ZL8A 1FW1A 5ECIB 4WR4A 4EO3A 3ZREA 2L5OA 4HUAA 2HSYA 2AAWA 3GKXA 3O3TA 1A0RP 3BBYA 3GSSA 1TKDB 4TR0A 4K7IA 2IMDA 2L6DA 4X43A 4KE3A 1X9WB 3ZZXA 1QUWA 2O89A 1O8XA 1AQVA 5DDLA 3I9V2 2HFDA 3A2WA 2A2RA 3SBCA 1ZMAA 14GSA 4O32A 4GF0A 3TKSA 5CYYA 4XIHA 3MWHA 3N5OA 4WF5A 4HQZA 3E3EA 1Z5YE 4TXOA 1PX6A 2K18A 1SK1A 2A2SA 4JEDA 3HHVA 3GSTA 4NPBA 4ZB6A 3G7YA 2R3XA 5CNWA 3TJFA 4KNDA 1TK8B 3EMPA 4N0VA 5FT3A 2VCZA 2PVQA 3QCPA 2EIRA 5HR2A 3KH7A 1PMTA 5ID2A 1TJDA 1BYEA 2CVKA 3LEFA 2V41A 1VF1A 4BVYA 1ZZYA 5H5QA 1AUCA 4MDCA 4POLA 1ML6A 1X0RA 2LRNA 3FZAA 5ID2B 3APSA 1GULA 4OFTA 16GSA 3IAM2 1TXXA 1MTCA 2PVOC 3J7Yb 1NSWA 2YANA 3IPZA 5J5NA 2C4JA 1YF1A 3HCZA 5FWGA 1PRXA 4LLRA 3LXTA 1OKTA 2H75A 2F8AA 2D2ZA 4Q5NA 2H6YA 4E8HA 3KJYA 3UEMA 2LJRA 2REMA 1K0DA 3KXOA 1EGRA 3KTLA 4CHSA 4TXVA 2CVDA 3EMXA 3L0HA 4XRDA 5IPGA 17GSA 1GSUA 2VM1A 3A3TA 2C3QA 2VL3A 5LNKe 4KX4A 3ZLPA 5C04A 1SENA 1GTUA 2DLXA 2M80A 3RHBA 4KW6A 3ZIJA 1PL1A 1FB0A 4XS4A 4ZBDA 4K1FA 1H75A 3V1WA 3CMIA 2NPBA 2CZ2A 3CYNA 5J4UA 3HKRA 2B5YA 4MZWA 13GSA 1Q98A 4BPYA 1O8WA 5ECRB 2DJKA 1ERTA 4N30A 3L4NA 3RDWA 2LQQA 3EU3A 3N9JA 1NHYA 2RM6A 1GNWA 1TP9A 2QC7A 1LJRA 4Z7XA 2KP1A 2VIMA 1FO5A 4JE1A 2PGTA 3WT2A 2ZUPA 2DJ3A 2NDOA 3DGQA 1N2AA 4GSNA 5EVOA 1FVKA 3Q74A 2GS3A 4H86A 2FD3A 5F07A 3TJKA 3VWVA 3ZFBA 5D9XA 3FZ5A 1B4PA 5J9BA 1XBSA 1CQGA 4GQCA 5ELAA 1MDJA 4RQRA 3GMFA 4HEA2 4PGTA 4BL7A 3WGDA 3HZ8A 5ENUA 2M46A 2VOCA 4GTUA 4TW5A 3TOUA 2FWFA 3MSZA 3LYKA 5D8IA 4L8EA 2JZSA 1THOA 3LGCA 5ECHB 4IS0A 3VURA 1V40A 1RK4A 4EDZA 5G30A 5ECNB 4TRXA 1MD3A 1TRVA 2OADA 3EC3A 3GTUA 3C73A 1GP1A 1M99A 2IN3A 4JU5A 1EV9A 1FAAA 4ZB8A 2O85A 2WB9A 2I3YA 3RAZA 1XFLA 3GTUB 2E7PA 1F37A 22GSA 2TRCP 1B48A 3LORA 2B6MA 1O81A 4YAVA 1ABAA 5E4WA 2I4AA 3QAVA 3HJPA 3IK7A 3BCKA 5D9VA 3SWLA 3F4SA 3G7JA 3F63A 1SYRA 2GSTA 3GKNA 1GSDA 4OO5A 3TKQA 2F3MA 2ON7A 2HZEB 4L5LA 3UVTA 5ECKB 2C8UA 2BMXA 2ALBA 3CBUA 4RI7A 1DSBA 2OA7A 3L9UA 2E0QA 4NHZA 3HJOA 5JWQB 2WCIA 5DQYA 3UMAA 5B6MA 4G9HA 2J23A 3ZVJA 2LUSA 2YN1A 2WRTA 1U3AA 2O7KA 3TRQA 1GUMA 3GKKA 4IHUA 1OE8A 2LNSA 4ML1A 1GWCA 1TRSA 3DVXA 2EC4A 4PNFA 1F3BA 4Q5QA 3HVXA 3ZITA 1SJIA 1Z7PA 1PKWA 3HVVA 4PUFC 4I5QA 2H01A 4MK3A 5KN1A 3TRPA 2H1AA 4P3YB 2K8VA 4MF5A 5AGYA 1JZWA 2CA8A 3LYPA 3IK9A 4LA1A 1USBA 1VRSD 3UL3A 3GNJA 1JZDA 4DVCA 1M2AA 2YPMA 1KNGA 3F3RA 3APQA 1IYIA 3IDVA 3IR4A 3QAGA 1YZXA 2H19A 5JCWA 4DSQA 5ECPB 3KCMA 2YWOA 3IE3A 2WS2A 3GUSA 3GN3A 4WR5A 3TCOA 3A2VA 2YNXA 4N11A 1B9XC 1WWJA 1ZCPA 5DALB 4AJ7A 5IOWA 1T4YA 4MZCA 5LD0A 2IFQA 3L9VA 4MABA 2GGTA 3D0ZA 2WGRA 1GLPA 5DAKA 1J9BA 1JZRA 3K8NA 1ZYQB 1K0OA 1GSQA 3I69A 3CSJA 5GZZB 2OE0A 2C3NA 1NM3A 3FHKA 4K9ZA 5DAKB 2XPEA 1AAZA 3HYPA 3FZ4A 2B1KA 1E2YA 2CV4A 5JCGA 1G7EA 3F8UA 3ERGA 2PU9C 3F4RA 1TRWA 2XBQA 2N5AA 4RQXA 3TKSE 4X0XA 1R4WA 3D6IA 3HJMA 3EU4A 1GSYA 1A8LA 5F8BA 2LJAA 1NW2A 4IJ3A 4V2NA 3U6VA 3ZMLA 2DJ1A 3VI5A 3ZVJD 1M2BA 2EIQA 4NAXA 1GSEA 2IMFA 3VLNA 2I9HA 2R6KA 1X5DA 2C0DA 3D5JA 4D73A 4TR1B 1OC9A 2WJUA 3GH9A 3O6TA 5IMDA 1C72A 1TRUA 1AQWA 5AN1A 1K0MA 2DC5A 2H74A 3CRTA 4D73B 4FH8A 4CW9A 4EF0A 1OKDA 3FK8A 3WGXA 1AW9A 2V2GA 5HFKA 2YWNA 4TOPA 3TB2A 4WBRD 3TUEA 1XZOA 2HNLA 2LRCA 5HQPA 4WBJA 1HNBA 2KP2A 1M9AA 5IQYA 2B1LA 3L78A 3UBKA 5KEJA 2VLTA 2LJKA 1X5CA 4OFNA 5H5RA 2H72A 2FA4A 3GHAA 4OO4A 4POMA 3IC4A 1ILOA 3ERWA 5DQSA 1SU9A 1BJXA 3LWAA 4V1Ap 1O85A 4KGIA 2L5LA 3TJGA 3HA9A 5CRGA 1HNCA 1JLWA 5JWOB 5ABRA 3M3MA 2HXKA 4TXOB 4XS1A 3VI7A 1NHOA 4ZL7A 2V1MA 4HI7A 2JSYA 2VLVA 4KSMA 2C1YA 2FLSA 1VGLA 5IMVA 3DKSA 2MMNA 2C80A 4MPGA 2WFCA 2MMAA 2LEGA 4MF7A 4KCAA 3NZNA 5AISA 4AF2A 4HZ4A 1PL2A 1OYJA 1B4QA 3C71A 2AHEA 2K6VA 3ME8A 1PN9A 1DUGA 4ZL9A 1F9MA 2KOKA 2L4QA 1WRYA 3QDNA 5HR1A 3KP9A 4N0ZA 4QL9A 4PNGA 5FHIA 2OE1A 3E9JB 3IXRA 2HI7A 1PD21 3PGTA 4KH7A 2CVBA 4ECJA 4RUVA 2MBTA 4HOJA 2OACA 2R2JA 4YQVA 6GSYA 2IMEA 3QR6A 2GQLA 4MMMA 2DMLA 2OKAA 2PWJA 1THXA 3KGKA 2IMIA 4KA0A 1WPIA 2PBJA 2GVPA 2YV7A 3EWLA 5ECQB 4MP4A 1OC3A 5D96A 3G9BA 3R2QA 1OC8A 5ECMB 1VF4A 5KN2A 2GSSA 1DBYA 2AB6A 2CX3A 1XW5A 3I43A 3VWXA 9GSSA 5A4VA 1WOUA 3CSHA 4XS4B 3H79A 3P8WA 5F05A 2H8LA 4NWYA 3D4MA 1GRXA 3ZTLA 5B8BA 2P31A 4BVXA 2VCQA 3FEUA 3PR8A 1DE1A 2F8FA 4GCIA 3U5RE 2VCVA 4KAEA 1J0FA 3GV1A 4GQFA 4EC0A 3EE2A 5IO0A 1ST9A 2R4VA 2JSZA 4KDUA 4EL1A 5IO2A 1TOFA 2DJ0A 1TTZA 2H73A 5CO3A 1SJ6A 2IPAA 3GURA 3UBLA 1VF3A 2BTOT 2JU5A 2VL2C 6GSXA 2K8SA 2R37A 3Q6OA 4KUNA 3E0UA 3F3QA 2E2GA 4KCEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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