4BWQA

Crystal structure of u5-15kd in a complex with pqbp1
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
134
structure length
134
Chain Sequence
MLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A
total genus 43
structure length 134
sequence length 134
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4bwqA00
3MDKA 1PX7A 4GTUA 1T8EB 4WBJA 1MDKA 1O8WA 1Z7RA 2VLUA 4V1Ag 1IYHA 4PUAA 5HFGA 4POBA 2B5XA 4BVYA 5GSSA 1TI3A 1M7TA 3DWVA 5IO0A 1QUWA 2VOCA 1GNWA 2N5BA 1JLWA 4XHMA 1XWGA 1ZYQB 4CDOA 3D0ZA 4JRRA 5CRHA 3GYKA 4CW9A 3IHQA 4GQFA 4LMWA 4TR4A 3I43A 4JE1A 4X43A 5DCHA 1ACVA 1TP9A 3CSHA 1B9YC 3TB2A 4MZBA 1SL2B 2A2RA 1PA3A 4MF7A 1JZOA 3H4KA 4GSSA 1GSYA 1YJ6A 1TDIA 4RQXA 4ECIA 3IE3A 5CAXA 2VM2A 4TR1B 4IP6A 2HNLA 2G0FA 1GSEA 3GH9A 3H8QA 1GSFA 1QMVA 2R37A 3GV1A 2V2GA 4GRFA 5DVBA 1PL2A 1DE2A 5JWOB 1PRXA 2YOIA 4K7IA 1GUKA 4IJ3A 1SU9A 1FB0A 2MYGA 3LQ7A 3LSZA 1WMJA 2H75A 4Q5QA 3EMXA 3HDCA 2MMNA 2WCIA 2FGXA 4K8MA 4IGJA 3KP9A 2I3YA 2VL9A 2AYTA 3IC4A 3DIEA 3ZL5A 3EC3A 1X0RA 3CMIA 4MF6A 4JR4A 5GAND 5DJMA 4XRDA 2IMFA 2AUVA 4PNGA 2D2ZA 1WPIA 1THOA 1F3AA 4HOJA 2YZHA 2JZSA 4O7HA 4OCEA 2L6DA 4Q5FA 4LA1A 2K8SA 1GTUA 2X8CA 3CYNA 1YEPA 3M0FA 3CRTA 4HJ2A 12GSA 4MPFA 5F06A 5A4UA 1SL0B 1QXHA 3E9JB 2M80A 4V2MA 5H5QA 5KN0A 3VURA 3TJFA 5ELAA 4BL7A 1FHEA 1GSSA 1S3AA 3UBKA 3WT1A 1GUMA 2VIMA 2O85A 3IBHA 2AV4A 3RPPA 3ZVJD 2R6KA 5JWRB 4RI7A 3W8SA 5FWGA 4ECJA 3FR9A 2CX4A 1SL1B 4HI7A 5H5RA 5D93A 2VL3A 1XOAA 2ZUPA 2VAFA 2RLIA 3D6IA 1LU4A 2V6KA 1A23A 1U3AA 4ZL8A 1RQMA 1PD21 2X64A 4KDYA 3ZIJA 4IELA 4K0NA 4I8BA 1RK4A 1XWAA 5DCGA 1AQVA 1XWBA 3KMOA 2H6XA 3CSJA 5J3RA 3N5OA 1TRSA 1XWCA 2A2SA 2GS3A 3RDWA 3WGEA 3G7JA 4L0UA 3Q18A 5GAPD 3ZMKA 3ZYWA 1EEMA 5G2ZA 5IMVA 1HYUA 1Y25A 4O32A 1ILOA 4N0ZA 2J9HA 5E4WA 2IL3A 2PGTA 1XBSA 2PVOC 3DMLA 2FA8A 3KIJA 3GL3A 3M9JA 5ELGA 1I9DA 4WKWA 3TDGA 1K0MA 1FVJA 1U88A 1ZZYA 3VI7A 2ES7A 3DGQA 3TKSA 2VL2C 4AF2A 5IQYA 1DBYA 4NWYA 1AC1A 1X5CA 2H1BA 1NM3A 3JCML 3SBCA 1G0TA 1F6MC 3IPZA 20GSA 5CREA 2FWGA 5EVOA 1XOBA 5AISA 2MBTA 1E2YA 3ISOA 1X9SB 6GSXA 3VWVA 1OC8A 3IR4A 3Q74A 4BA7A 3DRNA 1Z9HA 2C1YA 3KEBA 1GRXA 3EU3A 3KMNA 3KGKA 1YKCA 4EDYA 2PERA 1GLQA 4MZWA 2MMAA 1SYXA 3IV4A 3LWAA 1SD9A 1SYRA 3LYKA 1QGVA 1G6YA 1EEJA 1V9WA 3HVXA 3VPTA 3QAWA 4IS0A 2F8AA 2GZPA 4IJIA 1K0BA 4KGIA 3RPNA 2WDUA 4POLA 1ERVA 3UEMA 2WRTA 1V2AA 4J56E 3L0HA 1WP0A 3QR6A 3CTFA 3TCOA 1V40A 4DSSB 5J4UA 4ZBAA 3LORA 4EC0A 2YPMA 4ML1A 3KH7A 2DMMA 3TRQA 2DJ1A 1B4PA 1LJRA 4F82A 3EWLA 3VFIA 1TOFA 2DSAA 2YN1A 2XBIA 4I2UA 3EE2A 3G7IA 4POMA 2N5AA 5HFKA 1SKSB 2BTOT 2V41A 3PR8A 4TR0A 14GSA 2NBSA 3WD6A 1AAZA 2QKEA 2HFDA 1A2LA 2JU5A 3TJJA 1UA5A 3RHBA 4OO5A 5LNKe 3L4NA 2KOKA 1T00A 1GTAA 1GWCA 1TI1A 4NHZA 2FHEA 3LFLA 4MA9A 2GGTA 5C04A 2QC7A 3ZZXA 2B1KA 3GTUA 2FWHA 2AAWA 2I9HA 4HDEA 4XS4B 2LQQA 1GSDA 4IBPA 4KUNA 5LCZA 3FY7A 5AIVA 3GTUB 4V1Ap 2PU9C 3BJ5A 2YWMA 3A2XA 2CZ3A 3E3EA 4XS6A 3UL3A 1WRYA 3BD2A 3WGXA 4BWQA 3HVVA 3BOAA 3L9SA 1OE8A 2YV9A 2HYXA 4HQZA 3HA9A 2F51A 3HY2A 2JADA 2DJJA 4KAEA 1M2DA 1OAZA 1BX9A 4GCIA 3I69A 2OBIA 4GWRA 2IN3A 2MZCA 4TKYA 2L57A 6GSWA 5IPHA 1GNEA 2REMA 5G5EA 3TKQA 4OWYA 2QSIA 2H72A 3LXZA 4TR3A 4XRAA 2DBCA 1MTCA 2VD0A 5CYYA 3ZVJA 4BWSA 6GSSA 1ERUA 5KN1A 3F6DA 2XHFA 4I2TA 1JFUA 3DEXA 1HNBA 1M99A 3KM6A 4TXVA 3IK7A 4JU5A 2Z9SA 2H0IA 5HFIA 1HNCA 2JACA 4MJEA 4K6XA 4MCUA 2WGRA 1R5PA 3QD9A 2YWOA 2C0GA 3DVXA 4MF5A 2TRCP 2A4VA 1OKTA 5D73A 1N8JA 2I4AA 2LQOA 1ZL9A 1YZXA 3NZNA 3Q6OA 2GQKA 4EL1A 1Q98A 2I1UA 3TRXA 2LNTA 4I97A 4E8EA 5B7CA 4K0GA 2HSYA 1XIYA 5CRWA 4KCAA 3O6TA 2LKUA 2GQLA 4YQVA 1KNGA 2JZRA 5DBQA 3N9JA 3F3RA 2HT9A 1FVKA 2M46A 9GSSA 1C72A 5IOWA 4BVXA 3ERWA 1XWKA 4F0BA 5JCWA 2NTOA 1K0NA 2G2QA 1A2MA 2IMIA 1PL1A 3H93A 3PH9A 1UC7A 3TJBA 1R26A 2VCQA 1T4YA 4PNFA 4PUFC 1SK0A 1MDIA 1SJZA 4FYUA 2TRXA 3I6AA 2RUEA 2IJYA 5F8BA 3RBTA 2L5OA 2RM6A 2HRFA 5F07A 1JZDA 5IIZA 3GNJA 1T7PB 6GSYA 8GSSA 1W89A 2PPTA 1Z6MA 5AGYA 4ID0A 5ECHB 1PKZA 2N5FA 3GH6A 3HCZA 2PVQA 2FCHA 3KXOA 2BMXA 3P2AA 4HZ4A 2H70A 4ZXGA 3HD5A 1YF0A 1X5EA 1VF1A 4OFTA 2YV7A 4RUVA 2K6VA 2LRNA 5KN3A 4E8HA 5ECRB 2PN8A 1UVZA 4HZ2A 3F4RA 2GQMA 3VWWA 4OCFA 1VRSD 1EV4A 4G2EA 3ZRDA 2GSTA 5HR0A 4KDXA 3NOFA 2WZ9A 1Z5YE 4D73A 1URMA 2K9FA 2YWIA 4KH7A 3KH9A 4MP4A 5FT3A 3EU4A 1B48A 4D73B 2VCVA 4TRXA 1GLPA 3F4TA 4YAVA 2B6MA 2I81A 3ZTLA 2B5YA 4WR4A 1K3OA 3TKSC 4MH3A 4YQUA 3F9UA 4N10A 1ZCPA 2LJKA 5GSTA 4J57E 3HXSA 4K7OA 4MPGA 2V1MA 1XVQA 5ECNB 4NHWA 2WS2A 3MNGA 5DDLA 1GSUA 3HYPA 3OR5A 1MDJA 1MD4A 4NPBA 1FAAA 1GUHA 2YJHA 2PWJA 3GSTA 1N2AA 3QFBC 1K0DA 3A5WA 3C1RA 1X5DA 4JBBA 1YKAA 4KW6A 5ECOB 18GSA 4QL7A 3ERFA 1U87A 4X1UA 5IMAA 3GKNA 2ZCTA 1G6WA 13GSA 3C7MA 1O85A 1AQXA 3R2QA 3KZQA 1J9BA 4JEDA 4XTSA 4GSNA 2JZTA 4MK3A 3GIXA 5JCUA 1FG4A 2C3QA 2AJQB 4AJ7A 2PUKC 2ALBA 4HU7A 2LJRA 3QPMA 1ON4A 4L8EA 4EXJA 3I9V2 4AGSA 2R3XA 4KX4A 2H30A 2H1GA 3HJMA 2LJAA 3P90A 4KSOA 1T1VA 3DKSA 3D21A 3TKPA 4ULXA 1CQGA 3APQA 4K7NA 2GDRA 5COHA 2JSYA 3C73A 5ENUA 2CT6A 5H5SA 4GF0A 5A4VA 3GX8A 2DLXA 1NHOA 4G9HA 2VCWA 2H71A 3APOA 3H1NA 3H79A 1YDKA 2E2MA 2VCXA 3L9VA 2P0GA 2XPDA 3D4MA 2IWTA 1F3BA 3IK9A 1G7OA 1B4QA 4OFNA 4ZB8A 1M2BA 5J9BA 5LD0A 2B1LA 3UVHA 3F63A 4FYBA 3ZMLA 1BQ7A 4IHUA 5CP1A 5D9VA 1TK8B 2CVKA 3FZ4A 4L0WA 2LEGA 4K2DA 4HEA2 3KD0A 2C0DA 1SKRB 4YAPA 2C0FA 3C8EA 5KEJA 3KP8A 3FYGA 3UBLA 1HQOA 4EKZA 3WGDA 2OA7A 3M3MA 1SK2A 5FHIA 1OYJA 5IMFA 19GSA 4I6XA 4KSMA 4RQRA 3EVIA 1GH2A 4KB3A 1SJ6A 3FZ5A 4ECCA 3GHAA 2R4VA 2H0HA 3RHCA 1BYEA 1LBKA 1A2JA 2KP2A 1OC9A 4WR5A 2GZYA 1S3CA 5CRGA 3UAPA 3QFAC 2P5QA 5A5KA 3GMFA 2CVBA 1XFLA 2WJUA 3VI5A 4LL4B 5D9TA 1OC9B 1TRVA 1IYIA 2JSZA 2H8LA 5GZZB 2NDOA 3ZIVA 2YZUA 2L4QA 4EE0A 4V2NA 1TKDB 16GSA 3FZ9A 1NSWA 4OFMA 3MAKA 4FYCA 3UVTA 2BJXA 4HUAA 2CA8A 2ON5A 4XS1A 1R5AA 2B7KA 1PSQA 5HR3A 1GSQA 4EO3A 3KCMA 4TVEA 2LRTA 1CQHA 2C3NA 1XVWA 2FLSA 3F4SA 1QK8A 1A0RP 5CO3A 4RI6A 2HZFA 2EC4A 2JL4A 5ECMB 2F8FA 2E0QA 4G10A 3TOTA 5AN1A 5ECLB 2XC2A 1EZKA 4WETA 3HJOA 3CXGA 2E7PA 4MLYA 2IPAA 2CV4A 3HZ8A 2R2JA 1M9BA 1V98A 1GTBA 3GUSA 5ID2A 5KN2A 4IVFA 3ED3A 6GSVA 1XW5A 3DYRA 1DSBA 4L5OA 2F9SA 3ZLPA 5EY6A 3UIWA 5ID2B 5ECQB 4QQ7A 1U3IA 2EIOA 2YP6A 1XPVA 1ABAA 1QFNA 3ZFLA 10GSA 1Z6NA 4MMMA 4IKHA 2FWFA 5DAKA 4ZBBA 1EV9A 1ERWA 2CAIA 4TXOA 1YF1A 3U6VA 1QQ2A 5DAKB 2YWNA 4Z7XA 2H01A 3DD3A 3RAZA 2X8GA 5HR1A 2DJ0A 3TJGA 2VLVA 2WB9A 4JZQA 4ZB6A 1BG5A 1J08A 2VM1A 3L9UA 1TJDA 1ST9A 4X0XA 3J7Yb 4DVCA 1S3DA 3C71A 4HJMA 3DXBA 4IQAA 1HD2A 5D9XA 2WULA 4XIHA 5HR2A 1EGOA 3BCIA 4Q5NA 3QDNA 2V32A 3QOUA 3EYTA 2VCTA 2LNSA 5B8AA 3FRCA 1TK5B 2DJKA 3M1GA 2OE1A 1X9WB 1PKWA 4OMVA 3GRXA 1WJKA 3BCKA 2GTUA 1KBNA 2OE0A 3LYPA 4LMVA 5INYA 3ZFBA 4EUYA 5D9WA 17GSA 2H1DA 3HVSA 2HI7A 1GTIA 2DJ3A 1EGRA 4P3YB 3QAGA 11GSA 2KP1A 5A4WA 2IIYA 3CTGA 4G19A 4ZL9A 1ZYEA 1H4OA 2C3TA 4TN8A 2PMTA 3US3A 1EWXA 4WXTA 1HNAA 1M9AA 4FIWA 2VD1A 2GT5A 4GXZA 3FK8A 1UN2A 2ON7A 3G9BA 4IP1A 4K9ZA 2O89A 2HE3A 4AJ6A 3FR6A 4PQHA 3IOSA 4ECBA 4DSRA 4ZL7A 5ECPB 5J5NA 4Q5RA 2B7JA 3K8NA 1JZWA 1V57A 2CX3A 4NV5A 3IA1A 4KNDA 1B9XC 3ZREA 1F2EA 4F2IA 3MWHA 2K18A 2HXKA 4LLRA 3GKKA 3LXTA 1H75A 4TR1A 4BPYA 1K0CA 3KTLA 5E59A 2DC5A 3GKXA 3C1SA 2ZNMA 3TJKA 5ECKB 1XXUA 2X99A 3O3TA 5DQSA 5J9CA 1TW9A 3UJ1A 1YEXA 2AHEA 2L59A 3GKMA 2TIRA 4J2FA 2C80A 3P8WA 1T4ZA 1G7EA 3TRPA 4I5QA 1OKDA 3FZAA 3HJPA 3W8JA 3GFKA 2E2GA 3ME8A 3IRAA 1TRUA 3LJRA 2MMOA 4WEYA 4PURA 4XCSA 1AW9A 3F3QA 2FNOA 2H66A 1FW1A 1TK0B 5ABRA 4F9ZA 1TU7A 3F0IA 1M0UA 5C00A 5AIXA 5JWQB 1ZGNA 3P7XA 1KTEA 4HU9A 1FO5A 1PGTA 3GX0A 1EOGA 1XW9A 4DSQA 4L5LA 5HQPA 2EIRA 2LTKA 3DVWA 3M8NA 1A24A 2L5LA 2CZ2A 1MEKA 3L78A 4ZILA 4WF4A 5IMZA 1K3YA 4HQSA 1THXA 4ISDA 1SJIA 2H74A 4H86A 2O7KA 1PX6A 2H6YA 4NAXA 3PGTA 4EF0A 2C4JA 4ILFA 4V2LA 4DEJA 1A0FA 3FEUA 5D8IA 2YCDA 1SD8A 4JR6A 1I5GA 2LS5A 4OD7A 3FHKA 2H1AA 3AY8A 1TRWA 3CSIA 3S9FA 2RM5A 3WT2A 1MD3A 1K3LA 4EVMA 3GURA 1OVNA 3NIVA 5G1LA 1ML6A 2YJ7A 2P5RA 4YH2A 1Z7PA 2FY6A 2HLSA 1W4VA 4TW5A 2QGVA 3ERGA 4K1FA 5IMCA 4GSTA 4F03A 2DJ2A 3D5JA 2L6CA 2VO4A 3QMXA 5F05A 1EOHA 1DUGA 2H6ZA 2KUCA 1SKWB 3UMAA 1WIKA 2LV3A 1JZRA 2VCZA 4N30A 3APSA 4MDCA 1VF3A 4LL1B 2R5GA 1M2AA 1PN9A 1PQNA 1PMTA 3GA4A 1O8XA 1O73A 1DE1A 1FB6A 1GP1A 5CNWA 3ME7A 4CHSA 4ZIJA 2EIQA 2OACA 3IAS2 1AUCA 5B8BA 22GSA 5G5FA 1TU8A 1FOVA 1XCCA 3A3TA 3UARA 4PXOA 3BBYA 3D22A 3IDVA 3GL5A 3SWLA 1EP7A 5G1KA 3IAM2 4MJBA 3HZ4A 1WOUA 4OO4A 1VF4A 4ZBDA 5ECIB 2H73A 1Y6EA 5DQYA 4AJ8A 2IMKA 2CQ9A 2HSHA 3HHVA 2GLRA 4FH8A 5EL8A 4MJAA 3U5RE 2AB6A 3V1WA 3KJYA 2P31A 5DJLA 2M72A 4FO5A 5JCGA 1OC3A 2DMLA 3WYWA 1JLVA 3VLNA 1VGLA 4MJCA 2YANA 2MBSA 3VWXA 2IMEA 5B6NA 1ERTA 3E0UA 1TXXA 4WBRD 2KHPA 1U6TA 4PX1A 3EURA 1F37A 4KA0A 1NW2A 2XBQA 2FA4A 4PQ1A 3CBUA 2OADA 2GSRA 2HRNA 2B3SA 2OBKA 2RUFA 1XZOA 3LEFA 5D96A 5L71A 1JHBA 1O6JA 6GSUA 1O7UA 3W6GA 1GL8A 3TOUA 3F6FA 2FUG2 1R7HA 2DIZA 4KDUA 1GULA 1KEBA 4DSSA 2J23A 2K8VA 3F8UA 2B5EA 3MSZA 2OJLA 4ML6A 1AXDA 2PBJA 7GSSA 2F3MA 4N11A 4NV2A 2H0GA 5CRDA 5IO2A 3VPQA 4ZB9A 4TOPA 2NVLA 1F9MA 2XPEA 2O8VB 3TKSE 1Z3EA 4MZCA 2VL2A 1NHYA 3FW2A 4KCEA 4IN0A 5B6MA 2MMZA 3FKFA 4POKA 1AIUA 2GSSA 3IXRA 3TGZA 3O76A 1J0FA 1AQWA 4GLTA 2WFCA 3QAVA 1USBA 3UOMA 2VLTA 5DALA 4YQMA 4WF5A 3A2WA 1V58A 2GT6A 1SK1A 5DALB 1BJXA 4XS4A 3G7YA 1R4WA 2O87A 1T3BA 1YQ1A 3QCPA 1BEDA 4NXIA 4QL9A 3TKRA 4PGTA 1O81A 3ZITA 2RIIA 4N0VA 2NPBA 2GSQA 4O5RA 4ACSA 2IFQA 5IMDA 1K0AA 2H76A 4F0CA 2H19A 5G30A 3D4TA 2YNXA 2CVDA 4TXOB 2IFQB 3LG6A 4KE3A 2FD3A 5IM9A 5IPGA 2DIYA 1TTZA 1ZOFA 2CAQA 2C0EA 3VK9A 2LRCA 1EP8A 3A2VA 2VUPA 2GZZA 2IMDA 4PQIA 4EDZA 5EPFA 5IOXA 1A8YA 3Q19A 4IW9A 1X9MB 2V6OA 2X8HA 1E6BA 1K0OA 3PINA 4HS1A 1RW1A 3HKRA 2HZEA 2OE3A 5ECSA 1A8LA 3GSSA 1ZMAA 2LSTA 5J41A 3EMPA 2KLXA 4O92A 1SENA 3LGCA 3TUEA 2OKAA 4MH2A 2L4CA 2HZEB 5F0GA 2LUSA 4NMUA 4MABA 1VF2A 3KTBA 3EINA 1BAYA 1Q4JA 1WE0A 2C8UA 3J7Yk 3M9KA 1OE7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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