4K2DA

Crystal structure of burkholderia pseudomallei dsba
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
191
structure length
191
Chain Sequence
SPSAPVAGKDFEVMKSPQPVSAPAGKVEVIEFFWYGCPHCYEFEPTIEAWVKKQGDKIAFKRVPVAFRDDFVPHSKLFYALAALGVSEKVTPAVFNAIHKEKNYLLTPQAQADFLATQGVDKKKFLDAYNSFSVQGQVKQSAELLKNYNIDGVPTIVVQGKYKTGPAYTNSLEGTAQVLDFLVKQVQDKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein
publication title Disarming Burkholderia pseudomallei: Structural and Functional Characterization of a Disulfide Oxidoreductase (DsbA) Required for Virulence In Vivo.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 60
structure length 191
sequence length 191
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k2dA00
2FLSA 1B8XA 2PUKC 5CRGA 5HR0A 3C1RA 2R5GA 4WBRD 1Z6MA 3US3A 3EVIA 5DALA 1BX9A 2DBCA 2GZPA 3H8QA 5A5KA 6GSUA 3D22A 1XZOA 4IHUA 3IV4A 4Q5NA 1SD9A 1MDKA 3KXOA 4HDEA 2VCXA 3GX0A 2EIQA 4O7HA 2H30A 3A2XA 5HFIA 2IFQA 5B8BA 3EU4A 3IHQA 4G9HA 1PSQA 1Q4JA 1K0MA 4LMVA 1UVZA 4F9ZA 1QUWA 4ECBA 1QQ2A 1BJXA 2KOKA 4TXOB 2H70A 4OD7A 1G7OA 3H4KA 2DMMA 2QKEA 1TRSA 2AV4A 2GLRA 1X9MB 1J08A 1TDIA 4V2LA 3ISOA 2ZNMA 2B3SA 4IP6A 3QFAC 4NAXA 1SK1A 1ERWA 1Q98A 2I9HA 3GKMA 2YWIA 2PN8A 4MP4A 1ZYEA 2IWTA 3F6DA 2JADA 2GGTA 2IMIA 5ECIB 2H8LA 3TOTA 2IMEA 4MJCA 5DQYA 4P3YB 2R37A 2RUEA 3C73A 4ZL9A 2LNTA 3HVVA 3UBKA 3LJRA 2YJ7A 3KD0A 1EEJA 4ULXA 2XBQA 3GH6A 3VWXA 3VPTA 4MPGA 3I6AA 5J3RA 1VF3A 1XFLA 2JU5A 3IOSA 1K3YA 4X43A 5D96A 4OMVA 3NOFA 1F3AA 4LLRA 1AXDA 3TKPA 2G0FA 4KNDA 3M3MA 3GSSA 3HVSA 3F9UA 3K8NA 4I97A 4HZ2A 4AJ7A 1Z5YE 3CSHA 2PWJA 2GVPA 4KCEA 2LQQA 2O89A 5GSSA 3HKRA 4IJIA 2X8HA 2YJHA 4GCIA 3BBYA 1X0RA 5IMVA 3TCOA 2LRNA 1M9AA 3GKNA 4L0UA 3TJGA 10GSA 2LV3A 2LJAA 5G2ZA 4HOJA 2EC4A 2L5LA 2GZZA 3KM6A 5L71A 2X64A 3EINA 1XVWA 4EC0A 5J4UA 4NXIA 2L59A 2CAQA 4DEJA 1LU4A 3GL5A 2A2RA 2OA7A 2OADA 3FKFA 5HQPA 2IMFA 1W89A 5HR3A 5KEJA 1AAZA 3RAZA 3IDVA 2H0HA 2HSHA 3APSA 1EWXA 5ECSA 4MF5A 4MCUA 2P0GA 2VM1A 2KHPA 2ZUPA 2BMXA 1F2EA 5DDLA 2WS2A 5CRWA 4GF0A 3IK7A 3L0HA 3RBTA 3ERGA 3MSZA 4ECCA 1KNGA 3DWVA 3BOAA 1QK8A 1MDIA 1OE8A 2KLXA 1K3LA 1URMA 2K18A 3IE3A 2VCTA 4FH8A 4MZCA 2YN1A 1SL1B 1J0FA 2VL2A 1AW9A 3BJ5A 3KH7A 4HQZA 3IR4A 4XIHA 4N0ZA 4MMMA 1PRXA 3GIXA 2JZTA 5ECKB 1EOHA 2LEGA 2E2MA 1PN9A 1V57A 4YQUA 3ZVJD 1PKZA 3KGKA 4PQIA 3LYKA 1YKAA 3ZIVA 4YAPA 3LQ7A 5IIZA 3IRAA 1SJIA 2V41A 4OCFA 1ST9A 2DLXA 4Q5QA 1F6MC 1SJ6A 1OVNA 1TKDB 3APQA 4CW9A 1Z9HA 4TRXA 1N2AA 2NDOA 2Z9SA 1EV9A 3BCKA 1JZWA 4AGSA 2YPMA 4NPBA 2JZRA 1BYEA 4RQRA 4HJ2A 2DIZA 2WRTA 4NMUA 3DVXA 1GSYA 2LJKA 5G30A 1YF1A 1TRUA 1WMJA 2M80A 3GTUB 2IL3A 4KSOA 1WP0A 3FZ9A 3FYGA 2RM5A 1UC7A 5ENUA 2GSQA 3UEMA 4K1FA 3D6IA 4IGJA 1A2JA 1JZRA 5DCHA 4RI7A 4K9ZA 2OE0A 3L9UA 3LXZA 1AIUA 2HFDA 2REMA 2VD0A 2B1KA 4H86A 2VL2C 1EEMA 5A4WA 3TKQA 3BD2A 3CRUA 2E0QA 2PMTA 5E4WA 5EL8A 3VWWA 3TJFA 3E9JB 4BVXA 1ZGNA 4TR1B 3ZTLA 4DSQA 3VFIA 1F37A 3S9FA 1YF0A 2OE3A 5D9TA 1U6TA 4ZBAA 1M0UA 2DJ3A 3ZZXA 3PGTA 3L9SA 4KSMA 4J57E 4XRAA 5GZZB 2WJUA 2TIRA 2IPAA 4K7OA 3TDGA 3GNJA 3ZVJA 5G5FA 2DIYA 1CQHA 2MYGA 2H1AA 4NV2A 1VGLA 1GSDA 1PMTA 1ZL9A 2I4AA 4I2TA 3QDNA 2HXKA 1GSUA 3TRQA 3C7MA 3GYKA 1PD21 2H0IA 2FD3A 1SJZA 2CX3A 1PA3A 3IA1A 3BCIA 3W8JA 4N0VA 3FW2A 2JACA 2KP1A 4WF4A 1RW1A 1SYXA 4IP1A 1GTUA 5ECLB 3QD9A 2A4VA 2VLUA 6GSYA 2RLIA 1V2AA 2YNXA 4BPYA 1V9WA 1K0CA 1USBA 2C0FA 3UIWA 4G19A 2HSYA 4IQ1A 4EUYA 2CZ3A 4HZ4A 4MABA 1SL0B 5IO0A 2AYTA 3TUEA 1GSFA 3DD3A 2FNOA 1EOGA 4ID0A 2IN3A 1FVJA 1A0FA 1TRWA 1YEXA 1NSWA 4F0CA 2KUCA 1GP1A 2H01A 3TKRA 3HYPA 2LTKA 2GQLA 5GAND 4QL7A 1EP8A 1J9BA 1F3BA 3VWUA 1YEPA 2CZ2A 3FHKA 4ML6A 17GSA 2VCVA 2PVOC 3GURA 4HUAA 4X0XA 4PQHA 2FWGA 3CYNA 3HVXA 1GUHA 1AUCA 3HDCA 1WWJA 1I9DA 3IC4A 3FK8A 4KUNA 3PR8A 3ZLPA 3QCPA 2VO4A 5CAXA 2YZUA 4PNFA 1XWBA 2V32A 2F3MA 3FY7A 3Q19A 5ID2B 4FO5A 3ZFLA 1G7EA 4Q5FA 3QAWA 3D5JA 1H75A 3EU3A 1YZXA 1QXHA 2WULA 5INYA 1OAZA 3ED3A 2C80A 2DC5A 5CNWA 4FIWA 4PGTA 5AIXA 4XS4B 2HNLA 2VCWA 4TR1A 4V1Ag 4GRFA 3TKSA 2N5AA 2E2GA 2RIIA 3GUSA 5IOXA 2B5XA 4JR4A 1Z7RA 4K0GA 2ON7A 1XW9A 2GQKA 3HJPA 5IMDA 3VI5A 4KH7A 5F05A 1XWGA 2WFCA 3EE2A 4N30A 2J9HA 1SL2B 1XOAA 2QSIA 3TOUA 5F0GA 3ERWA 5KN2A 1TK5B 2H73A 2L6CA 4TOPA 1I5GA 4MK3A 1M2AA 2PVQA 1OC8A 4TKYA 2J23A 1ZCPA 1JZOA 3AY8A 3LXTA 1MEKA 2F51A 5FT3A 5D93A 1XCCA 2WCIA 1YKCA 1HYUA 4HS1A 4K7IA 6GSSA 1GH2A 1LBKA 2OE1A 2CVBA 2AB6A 2C3TA 2AUVA 1TI1A 2VL9A 3QPMA 2PGTA 2H75A 1SKWB 2CA8A 4DSRA 3GA4A 4F2IA 4YH2A 3A5WA 5AN1A 4TR3A 1UN2A 2YWNA 1NHYA 4AJ6A 13GSA 3F3RA 3FRCA 3CBUA 1A0RP 5ABRA 3UOMA 1THOA 5HFKA 1HNBA 5IMZA 4TR0A 5EVOA 2LKUA 1XBSA 1NHOA 4BA7A 1X9SB 1EP7A 5AGYA 3WGDA 3DVWA 16GSA 3HHVA 2C3NA 3O6TA 3GHAA 5IOWA 3TKSC 9GSSA 2JSZA 1QMVA 3CTFA 3G9BA 2RM6A 1U3IA 4JRRA 4HEA2 5E59A 2MMNA 2DJ2A 3M1GA 3RHBA 5DAKB 3KTBA 1MD3A 1PX7A 4POBA 4ZILA 2VD1A 4ZB8A 1SKRB 3DRNA 4EO3A 4LL1B 3LG6A 2VM2A 1T8EB 3RPNA 3FZAA 2OACA 1QGVA 1VRSD 2X8GA 4FYCA 6GSWA 4GSSA 1WJKA 3DGQA 3NZNA 4POMA 5ID2A 1TRVA 2HE3A 2X99A 4ECJA 5JWQB 1TU8A 1BAYA 1ZMAA 4IW9A 1K0OA 1BQ7A 3E3EA 2LQOA 3LEFA 3UAPA 1V58A 2JL4A 3J7Yb 1JZDA 4F82A 1FHEA 3KCMA 3LYPA 4GWRA 3QMXA 1K3OA 3GV1A 3M9JA 3F4TA 2GZYA 2C0GA 5G5EA 1A24A 4KW6A 2LRCA 3GKKA 1E2YA 4GSTA 2XC2A 4MLYA 4PXOA 3G7JA 4XS4A 1RK4A 1ML6A 2H6YA 3OR5A 4WR4A 4PUFC 4N10A 3QFBC 3FZ5A 4QL9A 1MTCA 3UBLA 1ERUA 4JZQA 1XWCA 2FGXA 3DIEA 4K6XA 4V2MA 2CV4A 2IIYA 1VF1A 4N11A 1KEBA 2PPTA 5KN0A 2FWFA 4TXOA 3WYWA 1A23A 1JFUA 2M46A 5GAPD 5HR1A 1BEDA 3HA9A 12GSA 18GSA 5D9XA 2NBSA 5IO2A 4MF7A 4BWSA 3EMPA 1GNEA 1HNCA 1SK0A 1K0NA 1X5DA 4XS6A 3TKSE 1ZOFA 3ZFBA 4JR6A 1IYIA 3RHCA 2LSTA 4V1Ap 3L9VA 3A2VA 1TU7A 2C4JA 3FR6A 3P8WA 1Z3EA 4KA0A 1O7UA 1GUKA 1O8WA 3EYTA 3WGXA 4EDYA 3Q74A 4O32A 4TXVA 2V6KA 1DUGA 1PL2A 2GSRA 2OBKA 1B4QA 1DBYA 2FWEA 3GKXA 4G10A 3DMLA 1WIKA 3FR9A 2DJ0A 3U6VA 2H74A 2FWHA 2C0EA 2M72A 22GSA 4HU7A 3HD5A 3ERFA 3LORA 1BG5A 5IQYA 4ISDA 5CO3A 1LJRA 3F0IA 3EMXA 2FUG2 4WETA 3UVHA 2PBJA 4IS0A 1VF4A 5CRDA 2H6ZA 3ZYWA 2GQMA 1O73A 4G2EA 1WOUA 1XWAA 2JZSA 5LCZA 2DJ1A 2HRFA 1KTEA 1KBNA 3CMIA 14GSA 2MBSA 6GSVA 4L5LA 2H19A 5B8AA 4AF2A 2DJJA 2C8UA 2MBTA 3LSZA 4J2FA 5DAKA 4ZBBA 4IKHA 5DCGA 2OBIA 2HYXA 1A8YA 2TRCP 1WRYA 5COHA 3W8SA 4GTUA 3PINA 4KAEA 5DALB 3GMFA 1ABAA 1TP9A 3C1SA 1JHBA 5JWRB 3ZRDA 3QAGA 4MJBA 1FVKA 2HLSA 5LD0A 4OFMA 2B6MA 3D4TA 5JWOB 4MPFA 3GFKA 4AJ8A 5G1KA 2N5BA 1AC1A 2O87A 5JCWA 5ECRB 2H71A 5FWGA 2V6OA 3QAVA 3JCML 1T4ZA 2DMLA 2I3YA 2B5EA 2IFQB 3P2AA 4IVFA 2H72A 1HD2A 2CT6A 1UA5A 2YWMA 2ON5A 2WB9A 4OFNA 3ZMLA 4WXTA 1GLPA 3Q6OA 3GSTA 1EZKA 4BL7A 2CAIA 4DSSB 3KH9A 2GSSA 1XW6A 5IPGA 5D73A 4OO4A 2XPEA 1XWKA 5KN1A 3APOA 2IMKA 4BWQA 11GSA 4ACSA 3IPZA 2VIMA 3NIVA 4OO5A 1OC3A 2V1MA 1GSSA 4EXJA 2WGRA 3CRTA 1GNWA 3KZQA 3TRXA 5HR2A 2KP2A 2P5QA 3GX8A 4XS1A 1ERVA 3VURA 2HZFA 2RUFA 4I2UA 1U88A 2R2JA 1Z7PA 1X5EA 2IJYA 1A8LA 1NM3A 4KGIA 1GWCA 3CTGA 4YQMA 3H1NA 8GSSA 19GSA 4TVEA 4L8EA 3WD6A 1K0AA 3IAM2 5JCUA 5DVBA 5J9BA 1ILOA 2XHFA 5KN3A 1PGTA 2N5FA 2VL3A 2FA4A 5C04A 2HI7A 3A2WA 3HJMA 4D73B 1WPIA 4PUAA 4MA9A 5GSTA 2MZCA 1EGRA 4PNGA 4LL4B 4RUVA 3SWLA 4Q5RA 1YJ6A 1TK0B 3N9JA 1PX6A 3M9KA 2OKAA 3KIJA 4MJEA 2H66A 3GTUA 2YV7A 4ILFA 4MF6A 1PL1A 1OC9B 1FB0A 2EIRA 4KE3A 1HNAA 4MJAA 4EF0A 1GLQA 2LS5A 1PQNA 4IBPA 3TJJA 1ACVA 4KB3A 4XHMA 1M2DA 1TTZA 4POKA 2H1DA 1B4PA 5C00A 2C3QA 2R3XA 1GL8A 2XBIA 3EWLA 4IQAA 5IPHA 3C71A 3IK9A 4MZBA 2QGVA 5B6NA 4O92A 4YQVA 5F06A 1G0TA 4XCSA 5J5NA 5CP1A 3TB2A 3D4MA 1E6BA 3KJYA 3D0ZA 3H79A 3MNGA 1XW5A 1Y25A 3E0UA 1TK8B 5D9VA 4JBBA 2YP6A 2MMOA 3IBHA 4RQXA 1XOBA 4IJ3A 5G31A 1EGOA 2L57A 5J9CA 3KP9A 5J41A 2B7KA 1B9YC 1T4YA 5ECMB 4K7NA 1GRXA 4KDYA 4DSSA 4Z7XA 3D21A 2DJKA 3QR6A 4E8EA 5DJLA 1XIYA 1ZYQB 1TJDA 4GQCA 3KTLA 5IM9A 3WGEA 4OWYA 3VK9A 2L5OA 1B48A 4EL1A 2CVKA 2FCHA 1T00A 2K8VA 2H76A 3P7XA 2FY6A 1U3AA 3O3TA 4KDUA 5FHIA 1S3AA 2H6XA 1FOVA 1FAAA 2PERA 3LWAA 2H0GA 1DE1A 2EIOA 1K0DA 4GXZA 3TJKA 1OYJA 5G1LA 2ALBA 2YZHA 3R2QA 5D9WA 2NPBA 2CVDA 3J7Yk 4TR4A 2ZCTA 2AHEA 3P90A 3UJ1A 4WR5A 3F4SA 2F8AA 2L4QA 2O85A 1MDJA 2X8CA 3A3TA 1NW2A 3VPQA 2R4VA 4D73A 3HJOA 1S3CA 2V2GA 2F9SA 4HU9A 4JEDA 3GN3A 2FHEA 1F9MA 4GSNA 4OFTA 3FEUA 1SK2A 4F03A 4TW5A 1YDKA 3GL3A 1GTIA 4E8HA 2LJRA 1OC9A 1TOFA 3HZ8A 1DE2A 3EURA 2YV9A 3F3QA 4V2NA 3KMNA 2BTOT 2HZEB 5DQSA 3FZ4A 3HZ4A 5H5RA 1H4OA 3EC3A 5AISA 4OCEA 2AAWA 5ELAA 1OE7A 1A2LA 4I8BA 7GSSA 4FYBA 3RPPA 2L6DA 3GRXA 3ME7A 3DKSA 3I9V2 3ME8A 3Q18A 1B9XC 4IELA 1FG4A 1TXXA 2G2QA 5CRHA 1AQXA 4EVMA 5B6MA 1R5PA 3IAS2 4NHWA 2YCDA 1T3BA 5DBQA 1XVQA 1AQWA 3MWHA 3UMAA 1G6YA 3W6GA 1A2MA 1YY7A 4WEYA 5AIVA 1GTBA 2LUSA 2VAFA 4FYUA 1VF2A 2YANA 3VWVA 1FW1A 2HT9A 4MH3A 1RQMA 4GLTA 2P31A 4ML1A 1N8JA 1MD4A 4L5OA 4YAVA 1IYHA 1AQVA 2I1UA 1GUMA 1Y6EA 4NWYA 3V1WA 4ZB6A 3M8NA 1G6WA 1DSBA 3ZMKA 4CHSA 5F07A 5CYYA 1OKDA 2OJLA 2GT6A 1JLWA 2A2SA 3DXBA 2C0DA 4QQ7A 2GS3A 5A4VA 4WF5A 2HRNA 2VCZA 2VCQA 5IMFA 1GTAA 3C8EA 4NV5A 5ECNB 2VLTA 3U5RE 3F6FA 1O85A 1R26A 3RDWA 4WKWA 4PX1A 1R5AA 3DEXA 3HY2A 3CSIA 2JSYA 1TI3A 3FR3A 1GSEA 3L4NA 2CX4A 2P5RA 1SU9A 2WZ9A 3TGZA 1GSQA 1QFNA 1SKSB 4X1UA 3H93A 4ZXGA 3G7YA 4I5QA 2CQ9A 2PU9C 4GQFA 20GSA 3UL3A 4CDOA 5ELGA 3CSJA 1ZZYA 4XRDA 4WBJA 4BVYA 1R4WA 5ECQB 3LFLA 1V40A 2H1GA 4ZL8A 4O5RA 4EDZA 2DSAA 1R7HA 4ZB9A 1K0BA 2IMDA 1TW9A 2K6VA 5EY6A 2O7KA 1M9BA 3KMOA 1GULA 1M2BA 2L4CA 4ZIJA 2QC7A 4L0WA 4RI6A 3HCZA 1OKTA 1O6JA 2LNSA 4ZBDA 1PKWA 3CXGA 4DVCA 4PURA 3SBCA 3F4RA 1O8XA 5IMCA 1SD8A 3O76A 4KDXA 3WT1A 1THXA 2GT5A 1JLVA 1T7PB 5DJMA 1FO5A 2HZEA 2VLVA 4KCAA 5H5QA 1X5CA 1ON4A 4MH2A 5B7CA 2B5YA 3UARA 5LNKe 2GSTA 5ECOB 5F8BA 4EKZA 3WT2A 1FB6A 3L78A 1Z6NA 2B7JA 4JU5A 3ZL5A 2K9FA 2LRTA 4PQ1A 3G7IA 2AJQB 3QOUA 5CREA 4HQSA 1SYRA 2NVLA 3VI7A 2R6KA 3MDKA 1C72A 4K8MA 1WE0A 3GH9A 1EV4A 3MAKA 3TJBA 3UVTA 1V98A 3ZITA 4F0BA 3VLNA 4J56E 5ECHB 1T1VA 1W4VA 4K0NA 4K2DA 2C1YA 4I6XA 5ECPB 2K8SA 4HJMA 5D8IA 4JE1A 2VOCA 2D2ZA 4ZL7A 2VUPA 2WDUA 4MDCA 3F63A 3LGCA 2XPDA 4NHZA 4HI7A 4LMWA 2NTOA 4EE0A 2O8VB 1M7TA 2YOIA 5IMAA 1HQOA 6GSXA 2MMAA 2I81A 1ERTA 3ZIJA 1M99A 1XXUA 2F8FA 5HFGA 5JCGA 2B1LA 1SENA 1XPVA 5EPFA 1U87A 3ZREA 3I69A 3N5OA 4IN0A 4ECIA 3HXSA 3KEBA 2E7PA 1YQ1A 2GTUA 1CQGA 3KP8A 5A4UA 2YWOA 3F8UA 4TN8A 2BJXA 2MMZA 2H1BA 3TRPA 1O81A 3IXRA 2ES7A 2FA8A 2GDRA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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