4K2DA

Crystal structure of burkholderia pseudomallei dsba
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
191
structure length
191
Chain Sequence
SPSAPVAGKDFEVMKSPQPVSAPAGKVEVIEFFWYGCPHCYEFEPTIEAWVKKQGDKIAFKRVPVAFRDDFVPHSKLFYALAALGVSEKVTPAVFNAIHKEKNYLLTPQAQADFLATQGVDKKKFLDAYNSFSVQGQVKQSAELLKNYNIDGVPTIVVQGKYKTGPAYTNSLEGTAQVLDFLVKQVQDKKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Disarming Burkholderia pseudomallei: Structural and Functional Characterization of a Disulfide Oxidoreductase (DsbA) Required for Virulence In Vivo.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol:disulfide interchange protein
molecule tags Oxidoreductase
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 60
structure length 191
sequence length 191
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k2dA00
3TJBA 4BVXA 1PN9A 4JZQA 4KW6A 5CRDA 1VF1A 5INYA 2HT9A 1AUCA 2R4VA 2VM2A 3ZRDA 2P5QA 3CTGA 5A4UA 1A2LA 2IMDA 1T00A 3G7IA 3H4KA 3ISOA 5IO0A 1SJZA 3IC4A 2LEGA 1ZGNA 4ECIA 1G7EA 1PMTA 4MF6A 3LFLA 3P7XA 1XFLA 4MABA 4NV2A 3GTUA 5KN0A 2H1GA 2NPBA 5EY6A 4MJAA 2CX3A 3LYKA 1NW2A 5D9XA 1FAAA 2FHEA 1F3AA 2LUSA 4NV5A 4AGSA 5G30A 1S3AA 2FGXA 2WDUA 1I5GA 2ALBA 3GKXA 5HR2A 1K3YA 1XCCA 2B1LA 3FEUA 4GWRA 2HSHA 5D93A 4MF5A 1OC9A 3TOUA 3F3RA 4XS6A 3DGQA 1K0DA 3PH9A 3VWUA 3SWLA 1GTIA 4MJEA 4QL9A 3IDVA 1TKDB 1WWJA 3GX8A 3QOUA 4KCEA 4GQFA 1TRUA 5J9BA 1OAZA 3UL3A 2FY6A 4G10A 5B6NA 4MF7A 1RW1A 4JEDA 2WULA 4XRDA 3GX0A 1GH2A 2QC7A 2VLUA 2MMAA 5FT3A 4J2FA 4K2DA 5A4WA 3ZIJA 4YAPA 1A2MA 5F06A 5CRHA 4TW5A 1SD8A 2RUEA 1M9BA 1HYUA 2GLRA 5A4VA 2HRNA 2MMZA 2V2GA 4LMWA 1E2YA 3L4NA 2M72A 1R5AA 3EU4A 4N30A 2H70A 2V41A 2B7JA 3KGKA 4K0GA 3A2WA 5IPHA 4IELA 2HFDA 1B48A 4QL7A 3EU3A 2WJUA 5D8IA 4KDUA 1DBYA 2H0IA 2MYGA 3TKPA 1R5PA 7GSSA 16GSA 1FG4A 4POLA 2VCVA 3F3QA 2O8VB 1EP8A 2VCTA 1MDKA 2DIYA 1O7UA 2MMNA 3HVVA 2QSIA 3LORA 1WPIA 2P31A 2OA7A 3TKSE 2V1MA 1MTCA 3ZLPA 3P2AA 2JACA 1ZCPA 4RI6A 4GSNA 3VWXA 4OD7A 2VL2C 3MSZA 3APOA 2V32A 2DJ0A 3D5JA 2H0HA 1M2BA 3NOFA 2L5LA 2C3NA 5EL8A 4XTSA 3IXRA 4ZBBA 3R2QA 3CMIA 1XIYA 2CZ2A 1M99A 3MAKA 2FA4A 2LNTA 5HFIA 3A2XA 1CQHA 2FA8A 1PL1A 3ED3A 1FO5A 2CAQA 4KNDA 2IFQB 3CBUA 1EP7A 4MDCA 1X5CA 1K0BA 3TKSC 2MBSA 2K8VA 3UVHA 2RLIA 3KMNA 3GUSA 4TN8A 3EMPA 3ZZXA 2MBTA 5IO2A 1SKSB 2PN8A 3APQA 4V2MA 1AQWA 1O81A 3ZMKA 3ZVJD 2R6KA 2VAFA 4TXOB 3L9SA 2DLXA 2HI7A 5JWOB 3FHKA 2C8UA 4PNFA 5IIZA 1EWXA 3M9KA 4WETA 1PA3A 1OC3A 1GSEA 1AC1A 5ELGA 2LNSA 2DMMA 1GP1A 2NDOA 4V1Ap 3D6IA 5KEJA 2CA8A 2DC5A 2GT6A 5DBQA 4KUNA 4JR4A 1CQGA 3GTUB 1XWGA 1OE7A 3UAPA 5HFGA 2B5XA 4OMVA 4HDEA 3BOAA 1A0RP 3FYGA 4MZWA 1EZKA 4WR4A 2KP2A 1FOVA 3A2VA 4O32A 5DQYA 2L5OA 5D9TA 4H86A 1Z9HA 1B4PA 2IWTA 3D21A 1THXA 2FUG2 3VPTA 1F2EA 2DJ2A 3ZIVA 4HQSA 1FW1A 3UEMA 5CP1A 5ECKB 1A0FA 1OC9B 2XBIA 4NAXA 3GRXA 2KP1A 1U3AA 3RDWA 3I9V2 1ST9A 4ZBAA 5ECIB 3U6VA 1Q4JA 2OJLA 1FB0A 2LS5A 2VLTA 4IN0A 5DALA 1UN2A 2GDRA 3GSSA 1SJIA 3KP8A 2EIQA 5GSTA 1ON4A 2OBKA 3LEFA 2CVDA 1T3BA 3ZMLA 5ID2A 4ZL7A 1TRSA 2HZFA 4BVYA 1C72A 1V98A 1PKWA 2DIZA 2EC4A 3GN3A 3MNGA 4JBBA 1PL2A 4MJBA 4ZILA 1H4OA 1AXDA 3CSJA 4TR4A 2B5EA 3G9BA 1G0TA 3VK9A 4O92A 3TOTA 5B8BA 2FWHA 2B1KA 1Z6NA 2F3MA 3KP9A 3QCPA 1V40A 3M0FA 5LD0A 5B7CA 4G19A 2BMXA 5ECMB 3UIWA 4WR5A 2B5YA 3L9VA 2IPAA 4YH2A 5ENUA 2AV4A 1XWCA 1SYXA 2F51A 4EL1A 4MLYA 3ERWA 6GSUA 3TJKA 4IS0A 3I6AA 1W89A 4MPFA 4EDYA 5IMCA 1AQVA 4ZL9A 3LXZA 3KCMA 2PERA 3EC3A 2C0EA 3KEBA 1XPVA 3FKFA 2A2RA 1WIKA 3FK8A 2WB9A 4MMMA 2HYXA 1OYJA 2NBSA 2YV9A 1SENA 5DCGA 5DDLA 2I4AA 5AIXA 3O3TA 4I5QA 1SYRA 2KHPA 4AF2A 4N0VA 2KUCA 4Q5FA 3ERFA 4KE3A 2G0FA 3LQ7A 1QMVA 2JZSA 2CVBA 3M9JA 1AAZA 5J9CA 3KTBA 3IOSA 5ECPB 4OCEA 4ID0A 5KN3A 2H8LA 5CYYA 1HNCA 1EOGA 5ECRB 1X9MB 1DSBA 4K7IA 4EDZA 4GQCA 1GLPA 2GQLA 1OKDA 4DEJA 4GSSA 2YZHA 2CQ9A 3H1NA 3GL3A 3GSTA 3WT2A 4MH2A 4KA0A 3DXBA 4BL7A 5F0GA 3HJOA 5IQYA 3I43A 4TR1B 4L0UA 4TXOA 4RQRA 1SKWB 1OC8A 1V9WA 3KJYA 3GKMA 1Y6EA 4N0ZA 3U5RE 2AB6A 3IK9A 2M80A 5GAND 2TIRA 4XIHA 3CSIA 1GL8A 4YAVA 2L6CA 3HDCA 2WCIA 2VLVA 2YWIA 4IGJA 4POKA 1TU7A 2MMOA 4ILFA 13GSA 3D4TA 3G7YA 3PR8A 4I97A 3IAM2 1F6MC 5KN1A 4I8BA 2GQMA 4ECBA 1O8WA 3C73A 3A3TA 5H5QA 2GSQA 3ME8A 2V6KA 1GTBA 3DD3A 4NHZA 1YQ1A 5C04A 1SL0B 3LWAA 4K1FA 2YOIA 4K7OA 3F4TA 1MD3A 2IN3A 4NWYA 4IJIA 5DALB 4XCSA 1VF2A 2P5RA 4HS1A 3F9UA 2GTUA 4IBPA 5DQSA 2IMFA 3GMFA 3WGEA 1U3IA 5IMDA 4V1Ag 1VGLA 3EINA 4BWSA 4NMUA 2YPMA 4F9ZA 5ID2B 5ECLB 4PX1A 3KXOA 5DAKA 1MDIA 1NSWA 1VRSD 3K8NA 4MH3A 2XC2A 1UVZA 2H73A 1YEPA 1A23A 3LGCA 1UA5A 4ZIJA 4K7NA 4POMA 1AIUA 4PUFC 4LLRA 1YF1A 4X1UA 4JU5A 2GZZA 3IV4A 1XWBA 2YWMA 2C3QA 2WRTA 2H66A 1XW5A 4YQVA 2FD3A 3O76A 3GA4A 2FNOA 3H79A 1IYHA 2LSTA 2ZCTA 1Q98A 4OFNA 4L5LA 3Q6OA 5E59A 2G2QA 2DJ1A 4KGIA 4TOPA 2FWEA 2H74A 5G5EA 3VLNA 2LJRA 3HVXA 4WKWA 2CVKA 3KD0A 3C7MA 1JHBA 3DVXA 4EVMA 3ZREA 1URMA 4V2NA 2JSYA 1UC7A 3OR5A 1ERTA 2B6MA 2CAIA 4LA1A 1LBKA 4Z7XA 1A24A 3F8UA 5ELAA 1PGTA 4ZB6A 1WP0A 1M2AA 3GKNA 5ABRA 1E6BA 3LYPA 1JZOA 2GT5A 4YQUA 3FR6A 2WS2A 1EOHA 2VCXA 3VPQA 3FR9A 1X0RA 4L0WA 1F37A 1YDKA 4WF5A 4G9HA 3HYPA 2H71A 3LXTA 1GSUA 4IHUA 1T7PB 4HUAA 1Z5YE 1TOFA 2AUVA 4KSMA 1ILOA 2J23A 3A5WA 4X0XA 5G1KA 4OFMA 5FWGA 2CV4A 1V2AA 2OADA 5E4WA 3WD6A 1ZYQB 3W8SA 2C0FA 1Y25A 3BCIA 3UARA 4AJ7A 2ZNMA 4PUAA 4JR6A 3TB2A 4ULXA 3G7JA 3HXSA 4OCFA 2H6ZA 2IMIA 4J56E 3WT1A 1LJRA 2OE3A 3UJ1A 1WRYA 2VCWA 4XRAA 3TRQA 4TR1A 5CAXA 4HEA2 3IAS2 1DE2A 5HR3A 4F0CA 2QGVA 1YJ6A 2N5FA 5IOWA 2OACA 5AIVA 3GNJA 3BBYA 4K6XA 1Z6MA 3DVWA 4JE1A 2AJQB 4ML1A 3IA1A 1ABAA 4JRRA 5F05A 1HNBA 6GSVA 4F0BA 2EIOA 2GZYA 3VWWA 2K9FA 1K0NA 2E7PA 4L8EA 5B6MA 4EE0A 5EVOA 1ERWA 3CTFA 5A5KA 4GSTA 4BPYA 5J3RA 1K0CA 2GSSA 2VL2A 2AYTA 1VF4A 2DSAA 2IMEA 5JCGA 4CDOA 3Q74A 3W8JA 3QAVA 5DJLA 5G2ZA 4IQAA 4TR0A 5J5NA 4KDYA 1SJ6A 2F8AA 1EGRA 5DAKB 4HI7A 2C0GA 3CRTA 8GSSA 1WE0A 2DJKA 4PNGA 1BAYA 5G1LA 4ACSA 1Z7RA 5H5SA 3CXGA 2C0DA 2R5GA 1GNEA 4I6XA 4LMVA 3Q18A 5IMVA 2FCHA 1T1VA 1ZOFA 2H6XA 3GYKA 2HZEA 1U88A 3D4MA 1R26A 4I2TA 2IMKA 4EKZA 22GSA 1N8JA 1J9BA 3P8WA 5IMZA 3UOMA 4PQ1A 2C80A 3TKSA 3IE3A 1F3BA 4FYUA 2A2SA 3N5OA 2GSRA 4GCIA 2I9HA 4FYCA 4EC0A 2BTOT 2IJYA 2X8GA 2M46A 1GTUA 1MD4A 3QAWA 3FY7A 2L6DA 4QQ7A 1JZDA 1EEJA 3S9FA 3UVTA 4PQHA 2HLSA 5CNWA 3TJGA 3HJMA 2I81A 2L4QA 1SK2A 2VCZA 2CZ3A 2L4CA 1M2DA 4IKHA 2VCQA 3FW2A 2JL4A 4WF4A 4HZ4A 1FVJA 3GV1A 4KSOA 1TU8A 1QQ2A 2JADA 3BCKA 5FHIA 3ZVJA 1BX9A 3IK7A 3VURA 1GTAA 1SU9A 3M3MA 2YN1A 3DMLA 4D73B 2YJ7A 3NIVA 3QAGA 2VL3A 5AN1A 1EV4A 1JLVA 3RAZA 4HU9A 2K18A 1TJDA 2F9SA 1FB6A 2AAWA 1BJXA 3FR3A 1TI3A 4AJ8A 5IMAA 2A4VA 2Z9SA 2F8FA 1QXHA 1LU4A 3M8NA 1TRWA 2TRXA 1HQOA 4GXZA 3HZ4A 1K0MA 4IP1A 4TKYA 3ME7A 4EXJA 4FIWA 2IIYA 3QDNA 1B8XA 5CRGA 3HKRA 2GQKA 19GSA 1ACVA 4BA7A 2CX4A 3GHAA 2K6VA 3FRCA 4RQXA 1FHEA 1OVNA 2DBCA 2PGTA 2J9HA 3CSHA 11GSA 1TK5B 4WXTA 1K0OA 3MWHA 1M9AA 6GSTA 1JLWA 2RM5A 1VF3A 2VO4A 2H72A 4RI7A 1GSDA 4LL1B 3DYRA 4ISDA 3DIEA 1O85A 5D96A 4TVEA 3P90A 1F9MA 2OE0A 4HOJA 1TK0B 1AQXA 3HJPA 2HSYA 5HR1A 4POBA 5GZZB 1PD21 3ERGA 2ZUPA 4F2IA 5HFKA 4XS4A 1S3CA 1SD9A 3TJFA 4RUVA 2B7KA 4YQMA 4DSRA 3E0UA 1R7HA 1DE1A 4WBJA 4K0NA 1SKRB 2BJXA 3N9JA 4V2LA 2H1AA 2LRCA 1K3OA 3FZ5A 1SL1B 3F0IA 3IPZA 5CREA 1NM3A 2YWOA 2L59A 2XBQA 5JWRB 1FVKA 3TRXA 1K3LA 3EE2A 3J7Yk 3FZ4A 6GSSA 4MZBA 3EWLA 4HQZA 5CRWA 2NTOA 1XWKA 4WBRD 3D22A 5GAPD 2R37A 4AJ6A 4MA9A 4MPGA 4OO4A 3ZFBA 3EMXA 3F6FA 1H75A 3GH9A 5HR0A 1NHOA 2PPTA 1SK0A 3KTLA 2LV3A 2C3TA 2I1UA 2GVPA 4F82A 1V57A 3TUEA 1BYEA 3TKQA 5ECOB 1B9XC 1ZYEA 1G6WA 2HZEB 3QFBC 2YV7A 4X43A 4IVFA 1QK8A 1PX7A 3MDKA 1ZL9A 1EGOA 2X64A 4DVCA 3F4SA 4L5OA 2C4JA 2PU9C 3M1GA 1I9DA 1TRVA 2N5AA 4FYBA 4PQIA 2OE1A 1PRXA 3RPPA 3DEXA 2PUKC 4FH8A 5DVBA 1J08A 2DMLA 4O7HA 4KX4A 3LSZA 3WYWA 3NZNA 2LQQA 3L9UA 10GSA 4CW9A 1RQMA 5D9WA 4K8MA 3VI7A 4NHWA 2NVLA 4KB3A 1BEDA 3HA9A 2GGTA 4IW9A 2JZRA 4XS1A 2HXKA 5G31A 2YZUA 1TP9A 1TK8B 2VIMA 2LJAA 3HCZA 1N2AA 2GSTA 3CYNA 3UMAA 3ZTLA 4DSQA 3DRNA 3F63A 4OWYA 1WMJA 5L71A 12GSA 2H6YA 1TI1A 3KMOA 5IM9A 3IR4A 1XVQA 4HZ2A 3JCML 1T4YA 1WOUA 1TW9A 2KLXA 4MP4A 2E0QA 4GRFA 1MDJA 4D73A 2JSZA 3GIXA 4NXIA 1MEKA 2YJHA 4G2EA 1PQNA 2X8CA 3HHVA 1M0UA 2DJ3A 3EYTA 3L0HA 3CRUA 2H1BA 3HVSA 2YANA 1TDIA 2H30A 3UBLA 2HE3A 1ZZYA 1KEBA 1ZMAA 5CO3A 5JWQB 1X9SB 4HU7A 2FWFA 1YKAA 1PX6A 5DCHA 2GZPA 3C1SA 1QUWA 2KOKA 2O89A 4EO3A 4LL4B 4O5RA 4Q5QA 2V6OA 1TXXA 1OKTA 1O8XA 1EV9A 2LQOA 2LRTA 5KN2A 1GSSA 2LTKA 3C8EA 4J57E 1QFNA 4WEYA 1PSQA 6GSXA 5ECQB 2LKUA 4P3YB 3WGXA 2H19A 3ZITA 2FWGA 1O73A 2YNXA 4MJCA 5DJMA 3GURA 3IHQA 5LCZA 3J7Yb 3DKSA 4TXVA 2EIRA 1J0FA 4IP6A 3GKKA 5B8AA 1DUGA 1XOAA 2CT6A 2GS3A 1NHYA 2O7KA 3WGDA 3TGZA 1K0AA 3VI5A 3TJJA 4DSSB 1GSFA 1S3DA 4PGTA 1Z7PA 1B4QA 1O6JA 5D73A 3E3EA 3KH7A 1JZWA 3FZ9A 3E9JB 2O87A 3QFAC 1U6TA 4XS4B 2C1YA 3W6GA 2LJKA 1GNWA 1GUMA 3AY8A 2QKEA 4E8HA 5IMFA 3RBTA 3D0ZA 4OFTA 1G6YA 4Q5NA 1RK4A 4N10A 5D9VA 6GSYA 1XW6A 1W4VA 4ZL8A 3GFKA 3BJ5A 3I69A 2OKAA 3TKRA 3IRAA 3Q19A 3H8QA 1G7OA 3GH6A 3IBHA 1XW9A 4KH7A 3L78A 5IOXA 3KIJA 2YCDA 1EEMA 1YZXA 2P0GA 3KM6A 4MK3A 2H01A 1GULA 3SBCA 4ZBDA 4K9ZA 2XHFA 5F07A 3KZQA 2PWJA 1ML6A 2VUPA 1GUKA 3PINA 5IPGA 2RM6A 2WGRA 4MCUA 1T4ZA 3V1WA 2H76A 2K8SA 2PVQA 5HQPA 18GSA 3UBKA 5F8BA 1BG5A 5C00A 3QMXA 9GSSA 6GSWA 2H75A 5LNKe 4OO5A 3FZAA 1GSQA 2D2ZA 2H0GA 3DWVA 2OBIA 2RUFA 1XOBA 1PKZA 4EUYA 1YF0A 1XXUA 4N11A 3EURA 2E2GA 3BD2A 3QR6A 1KNGA 1M7TA 4E8EA 3EVIA 5ECSA 1ERUA 4BWQA 3QD9A 1SK1A 2ON5A 1Z3EA 2YWNA 4Q5RA 2I3YA 4F03A 2WFCA 1GSYA 1TTZA 4I2UA 4ECJA 1HD2A 4ML6A 2REMA 4TRXA 4ECCA 2R3XA 5GSSA 2LRNA 2R2JA 3TDGA 2O85A 2DJJA 1A8YA 2FLSA 5ECHB 3ZFLA 2E2MA 4HJ2A 1YEXA 4ZB8A 2H1DA 3H93A 5AGYA 4PURA 1QGVA 1USBA 4TR3A 4CHSA 2PBJA 2IL3A 14GSA 2VOCA 3RHCA 5J41A 2VL9A 2XPDA 4ZXGA 5H5RA 1XZOA 3US3A 1KTEA 2ES7A 2JZTA 4GTUA 4KAEA 2X8HA 2X99A 3F4RA 1HNAA 5J4UA 1X5DA 3C1RA 1IYIA 1XVWA 3HY2A 2B3SA 3RPNA 5JCWA 2JU5A 1BQ7A 4PXOA 1GUHA 4HJMA 4XHMA 4NPBA 5EPFA 1XWAA 3C71A 3ZYWA 3F6DA 3O6TA 2RIIA 1YKCA 4ZB9A 1B9YC 5G5FA 1KBNA 3PGTA 2VD1A 1GLQA 3VWVA 2YP6A 1X5EA 1X9WB 1ERVA 2VM1A 1GWCA 1A8LA 1JZRA 3HZ8A 1SL2B 1A2JA 3LG6A 4GF0A 20GSA 4EF0A 5COHA 4KCAA 3GL5A 3APSA 2HNLA 3ZL5A 2ON7A 2VD0A 1T8EB 2HRFA 2WZ9A 3TRPA 1WJKA 1YY7A 2AHEA 1AW9A 3QPMA 2MZCA 2TRCP 17GSA 1U87A 1XBSA 3KH9A 4GLTA 2IFQA 4IJ3A 1OE8A 3LJRA 4IQ1A 3HD5A 1THOA 4KDXA 4MZCA 3TCOA 5ECNB 2N5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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