2OBKA

X-ray structure of the putative se binding protein from pseudomonas fluorescens. northeast structural genomics consortium target plr6.
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
84
structure length
84
Chain Sequence
RKPEVIITYCTQCQWLLRAAWLAQELLSTFSDDLGKVSLEPATGGAFRITCDGVQIWERKADGGFPEAKVLKQRVRDQIDPERD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords SelT/selW/selH selenoprotein domain
publication title X-Ray structure of the putative Se binding protein from Pseudomonas fluorescens
rcsb
source organism Pseudomonas fluorescens
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 23
structure length 84
sequence length 84
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10262 Rdx Rdx family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2obkA00
3WYWA 5DQYA 3F9UA 3I6AA 1PGTA 4JR4A 1GTAA 3NOFA 1AW9A 4BPYA 1TRSA 4P3YB 2H74A 1X5DA 2WJUA 1TRUA 1XVWA 1GLPA 5J9BA 1TRWA 3L9SA 3ERGA 2R4VA 3LEFA 2HSYA 4L8EA 4PURA 2ZCTA 1F6MC 1Z5YE 1SL2B 4IS0A 2I3YA 4WBJA 1TK0B 3UOMA 2C3NA 2XHFA 3W8JA 2PERA 5D73A 3UAPA 1B4QA 4OFMA 5D9XA 1CQHA 4QL7A 1VF2A 2FD3A 4IHUA 4OD7A 1USBA 4N10A 2V6KA 3US3A 2OBKA 3TKRA 2FY6A 3IK7A 2H30A 4DSSA 1EZKA 2C0FA 2VL2C 4GSSA 3KZQA 4E8HA 3F0IA 3GTUB 2V1MA 3LYKA 4ECCA 2CT6A 2QGVA 3F3QA 1SD8A 3GURA 1YZXA 2DJKA 4MZBA 3LWAA 4X43A 3HJOA 1O8WA 5IMDA 6GSWA 1ZMAA 1O8XA 5CNWA 5L71A 3JCML 2REMA 1NM3A 4GQFA 2RM5A 1M2BA 2XBQA 3GL5A 2J9HA 4K8MA 3L0HA 2YWOA 1ILOA 1EWXA 2PVQA 2B7JA 5IQYA 1AXDA 1OYJA 3HDCA 3EINA 8GSSA 3ME8A 1GWCA 3DGQA 5C00A 1PQNA 4JEDA 3D4TA 4F82A 5KEJA 2OACA 3APOA 1O85A 2F51A 3A2WA 1KNGA 1GUHA 3VK9A 4AJ6A 5KN3A 2O87A 1YKCA 3BCKA 2ALBA 4HI7A 1G7OA 2OJLA 5IOWA 2VO4A 4ZBBA 1GSDA 3KJYA 1X5CA 4WR4A 1A23A 3D4MA 2GT6A 4Q5NA 1PD21 2PWJA 3R2QA 4KSMA 1FHEA 2DIYA 5INYA 3F4TA 3GL3A 1K0AA 3GYKA 2FA8A 1B9YC 1YF0A 1YKAA 2FCHA 4XS6A 4WKWA 1MEKA 6GSYA 3IRAA 3DD3A 3GH6A 3GUSA 1LBKA 4PGTA 1TJDA 3FHKA 3KH9A 4GLTA 1R4WA 3VWVA 1AUCA 4BWQA 2B3SA 3GX0A 2H6YA 1UA5A 1X0RA 2H66A 3ZITA 4K7OA 1EV9A 3DRNA 4FYUA 5A4WA 2E2MA 1ACVA 2P31A 1AC1A 4K1FA 1BX9A 1WMJA 3RDWA 2R2JA 4KB3A 4AF2A 4V2MA 1S3AA 4GXZA 5D9WA 2OE1A 1URMA 3C1RA 5DAKB 4MJCA 1M2DA 1T8EB 2LV3A 2H0IA 3APQA 4IQ1A 4HUAA 2DJ3A 3E9JB 4PXOA 4MABA 4EE0A 2VCTA 4WXTA 3C8EA 1XVQA 2AV4A 1HNCA 3QR6A 2B5XA 3P90A 4X0XA 2P0GA 4NWYA 2IL3A 2H70A 2EIQA 3ME7A 3KD0A 3G7JA 1ML6A 1TI1A 1OAZA 4WEYA 1SJ6A 4GRFA 3O6TA 4NHZA 5A4UA 4BL7A 1EOHA 1XW5A 5IPHA 4J2FA 4LL1B 2E7PA 4I6XA 4HEA2 4MF5A 2P5QA 1M2AA 2GS3A 3J7Yb 1BG5A 3P8WA 2R5GA 2K9FA 3PGTA 2N5BA 3BCIA 2HXKA 4E8EA 2CZ3A 4V2LA 2X99A 4K0NA 2E0QA 1M9AA 1FVKA 1WP0A 4IP6A 5ECOB 1EP7A 4Q5QA 2DJJA 3CSJA 3KIJA 2VLUA 2GGTA 2R37A 2WULA 5HFIA 4HQZA 2R3XA 2JL4A 2CVKA 1K0OA 4I2TA 4EKZA 5J41A 4LLRA 3H1NA 3LJRA 3IXRA 3TB2A 2PPTA 5CRDA 3LG6A 3VPTA 4YQUA 2GSTA 1YDKA 4OFTA 2VCXA 1PN9A 2H01A 3HXSA 4NXIA 5ECNB 1SKSB 2VL3A 3IDVA 2YJ7A 3LXTA 1SU9A 2IMDA 2GLRA 4PUAA 1M0UA 1Y6EA 3RBTA 4TXOB 3HYPA 5IIZA 3N9JA 4ML1A 3Q6OA 3F4SA 1GL8A 2LJAA 2BMXA 5ECMB 1TTZA 1TRVA 3GSTA 1Q98A 2HFDA 1DUGA 3IE3A 5HFKA 2MMOA 2PVOC 4D73A 2WFCA 5AN1A 1MTCA 2DMMA 3TRXA 1WOUA 2CAQA 4POKA 1JLWA 2IMEA 1K3OA 5HR0A 2FWHA 1KEBA 1GSEA 4HZ2A 2ON7A 1S3CA 5LCZA 1TW9A 2DIZA 4KH7A 3HKRA 3ZVJA 3ERFA 2XPDA 4TOPA 5IMAA 1YJ6A 2DSAA 3HY2A 5E59A 3UJ1A 2H75A 3F4RA 5CAXA 2FUG2 16GSA 3EE2A 3MDKA 1GTUA 4KX4A 4NHWA 2L5LA 4NV5A 4Z7XA 2X8GA 3LXZA 3NZNA 1ABAA 2H8LA 4XHMA 20GSA 1T00A 4RQRA 2H6ZA 4ZB6A 3IAM2 5ECKB 3IC4A 4XRAA 1J08A 4Q5FA 2VLVA 4MDCA 2CA8A 5JWOB 1XOAA 2DBCA 22GSA 4OWYA 4WBRD 1GTIA 3P2AA 1M7TA 3I43A 4ZBDA 4XS4A 2WCIA 3CXGA 2MBTA 2YWIA 3CMIA 4HJ2A 3UIWA 1FO5A 1J9BA 1PSQA 4K7IA 1OKDA 4F9ZA 1A8LA 1X9MB 2AHEA 5ECIB 4ZBAA 2B1KA 3F8UA 2VIMA 2N5FA 5HR1A 3HJPA 3GRXA 1DE2A 4K7NA 3KTLA 3GV1A 4PQ1A 5G1LA 2F8AA 5DJMA 3MSZA 4TR1B 2EIRA 3GKNA 2C80A 1QUWA 4CHSA 1G7EA 4RI6A 4WF4A 2GZPA 1ZGNA 4XS1A 5COHA 2GSSA 4ZIJA 2IMIA 3VI7A 2LRTA 1A2MA 2YCDA 2L57A 2IN3A 2GVPA 4GQCA 4LA1A 1QQ2A 3FZAA 1FAAA 4G9HA 4KA0A 2YWNA 3EURA 6GSUA 1H75A 2GSRA 3KMOA 9GSSA 1OC9B 3QPMA 5B6MA 3ZFLA 1G0TA 2HSHA 2P5RA 2GQMA 3TDGA 2IMFA 1PMTA 2IFQA 4JRRA 3WGDA 5G30A 3H79A 4KDUA 4OCEA 1F37A 2GT5A 1F3BA 3UL3A 2I81A 4XCSA 1SL0B 3FR6A 1GSQA 2YZHA 5F05A 1GSUA 1XXUA 2K8SA 1PX7A 3N5OA 2JZSA 3DWVA 4ACSA 5DCGA 2FLSA 5ID2A 10GSA 3L78A 1BQ7A 3QDNA 5GSSA 3QMXA 1ZYQB 4EO3A 4ML6A 2OE0A 1TDIA 1PA3A 2CX4A 4JZQA 3TUEA 3UBKA 1XBSA 4G2EA 1EGRA 3DIEA 1GUMA 1U3AA 3KXOA 5IO0A 3TCOA 5G5EA 3UMAA 2JADA 4EUYA 1UN2A 5H5RA 2NBSA 1GSFA 4QL9A 3KGKA 4K0GA 5HR2A 3C1SA 4QQ7A 2ES7A 3CRUA 3IA1A 1LJRA 2JU5A 1AIUA 4AJ7A 4O32A 4PNGA 4GTUA 2I4AA 4JU5A 3H4KA 2H19A 2CV4A 1OVNA 2X8HA 3QAVA 2C0DA 3ZREA 4PX1A 4OO4A 4XIHA 5J3RA 4JR6A 3D22A 3ZTLA 3ERWA 4JBBA 4ZL8A 5IMFA 2H1DA 4POBA 1T4ZA 1XWKA 2DJ2A 1YF1A 3HVSA 4MPFA 4N0ZA 3F6FA 2GQKA 4WETA 3SWLA 2L5OA 4KW6A 3TJFA 2LNTA 4IBPA 3LGCA 1LU4A 1Z6NA 3GTUA 4MK3A 3D5JA 2VL2A 5GAND 3C73A 1EEJA 2G0FA 1DBYA 2C3TA 5E4WA 4TXVA 1GRXA 2YN1A 4PQIA 1VF3A 2V41A 3Q19A 2E2GA 4TKYA 1WE0A 5ECSA 2BTOT 3APSA 1AQWA 4KDYA 3FKFA 4IELA 4IKHA 3GKXA 3I69A 4K6XA 2XC2A 3M1GA 3KM6A 3ZFBA 2PMTA 1XWCA 1XCCA 1VRSD 3TKSA 3PH9A 3ZLPA 3A3TA 2HRNA 4MF6A 3L4NA 3PINA 1C72A 4PNFA 3KP8A 1GLQA 3QFBC 1SK1A 2NDOA 3M3MA 1EP8A 1OE8A 2LUSA 5IPGA 3ZIVA 5CRHA 2ON5A 3KCMA 2O8VB 2X64A 3EU3A 3IV4A 1V9WA 5B8BA 1EOGA 1TP9A 3QAWA 3G7YA 3UVHA 1K3YA 4HDEA 4LL4B 3L9VA 5ECQB 4I97A 2LTKA 2K8VA 3F63A 2B1LA 5IMVA 1XWBA 2XBIA 3IR4A 3KTBA 4F2IA 2YANA 3FZ9A 1K0CA 4IN0A 2H72A 1SL1B 2LJRA 4MF7A 4IW9A 1K0DA 1K0NA 4KSOA 3ISOA 4KGIA 3EMPA 3G7IA 5A5KA 2JACA 4V2NA 3VLNA 1H4OA 5D9VA 4IP1A 1V98A 1JZDA 1MD4A 2WS2A 1TI3A 1GNEA 1YQ1A 2H1AA 2CX3A 2WGRA 2LS5A 2DLXA 3MAKA 1BEDA 2BJXA 2GDRA 4ULXA 4LMWA 1MD3A 2WB9A 4KNDA 2CVDA 1T3BA 2PN8A 4GSNA 4O7HA 4MPGA 4KCAA 1X9WB 1XFLA 3LORA 4BVYA 4G10A 5KN0A 4IGJA 4ZL9A 1R5PA 2HZEB 1JHBA 1V2AA 2VCWA 5DAKA 4FYCA 1U88A 3PR8A 1FB6A 2AJQB 5EL8A 5D96A 5JCUA 4MZCA 3H93A 2LEGA 2JZRA 5G2ZA 4AGSA 5JWRB 2C3QA 5CO3A 4YAVA 2FGXA 3DMLA 2B6MA 3IAS2 1VGLA 4HOJA 1THXA 3FW2A 1R5AA 2VCVA 4NAXA 2FA4A 3WGXA 2JZTA 3A2VA 2V32A 4KE3A 3CYNA 3LQ7A 3TJGA 1A0FA 4AJ8A 4F0CA 5J5NA 3TOTA 2YJHA 4LMVA 1X9SB 4IJ3A 2B5EA 1BAYA 3WD6A 2VM1A 4PQHA 1EEMA 3VURA 1GSYA 2A2RA 2IMKA 3DXBA 2MMZA 3ZYWA 1YEPA 2F3MA 6GSTA 3ZZXA 2KLXA 5CRGA 2DJ1A 1XW9A 4ZILA 2JSYA 5AIVA 3RAZA 3GHAA 3DVWA 4WR5A 1TK8B 1F2EA 1Z7RA 3TOUA 3CSHA 3TRPA 1GSSA 3NIVA 1FOVA 4NPBA 1ERTA 3DYRA 4ZB9A 4L5LA 1B9XC 2LSTA 3FK8A 5IO2A 4WF5A 1ZOFA 3O3TA 2OA7A 2EC4A 4MZWA 3QAGA 2VD0A 2DMLA 4GCIA 3I9V2 2QKEA 4KAEA 4BWSA 4YAPA 1A0RP 3BD2A 4TR3A 1TU7A 3ZRDA 5DALA 1A8YA 4X1UA 1PKZA 4TXOA 5FT3A 4ZL7A 3F6DA 2YPMA 2H71A 1HQOA 3GIXA 2C0GA 2O85A 1O7UA 1YY7A 3LYPA 2TIRA 5ABRA 1XIYA 1NHOA 1MDJA 4RQXA 2IJYA 2RIIA 2EIOA 4MJEA 3AY8A 5AGYA 2IFQB 1R26A 2WZ9A 3GX8A 5LNKe 1SYRA 3KEBA 3QOUA 3TKQA 4DSSB 3ZL5A 1WWJA 1W4VA 3GA4A 2HI7A 1G6YA 5B6NA 3BJ5A 4FH8A 3TJJA 4XTSA 5D93A 3HZ8A 4JE1A 2XPEA 3HZ4A 3EU4A 1XPVA 1T4YA 4EDYA 3J7Yk 4F03A 1K0BA 11GSA 2AAWA 1GNWA 2CQ9A 1OE7A 5JCGA 2GQLA 4FO5A 1V40A 3UEMA 1THOA 5GSTA 1W89A 1AAZA 4OCFA 3IBHA 1PL2A 2A2SA 3HHVA 2A4VA 3VWXA 4CDOA 1FW1A 5F07A 2PU9C 4F0BA 3VWUA 4NMUA 5D9TA 2L6DA 2VL9A 1M99A 1N8JA 1FG4A 3MNGA 1O73A 3GSSA 5HFGA 1TXXA 1JZOA 4EC0A 1XWAA 2K18A 3A5WA 3H8QA 2GZZA 1B4PA 2C4JA 4ID0A 2N5AA 3GFKA 3LFLA 3FEUA 1JLVA 3ZIJA 4HS1A 4MH3A 5CREA 1Z6MA 4L5OA 5GZZB 3HA9A 2H73A 2FHEA 1OKTA 2YWMA 5H5QA 5EPFA 2HLSA 2CZ2A 2X8CA 3E0UA 3CSIA 2M80A 4RI7A 3MWHA 2PBJA 3HVVA 1KTEA 1JFUA 4YQMA 5AISA 3UBLA 4J57E 3VWWA 2RUEA 4TRXA 3KMNA 4O5RA 1SENA 2GSQA 2C0EA 4TR1A 2TRCP 2LJKA 2V2GA 2FWGA 4NV2A 4DSQA 1XZOA 1Z7PA 3OR5A 3U6VA 2YNXA 2R6KA 4TR0A 5DBQA 5DCHA 4CW9A 1BJXA 1Z9HA 3M8NA 4V1Ag 1ST9A 2H1BA 2FWFA 3IOSA 1A24A 3TKSC 3TRQA 2DJ0A 4MLYA 2K6VA 3GNJA 4TW5A 5F0GA 3SBCA 3W6GA 1E2YA 4RUVA 1FB0A 1NW2A 3CBUA 1EV4A 1VF1A 3EC3A 5GAPD 1PL1A 2Z9SA 3VI5A 1B8XA 4K9ZA 1T1VA 4GWRA 3K8NA 1ERUA 3DEXA 4FIWA 1K3LA 2KHPA 2AYTA 3FYGA 1OC9A 2QC7A 1XWGA 2YP6A 2J23A 2I1UA 2HNLA 5FWGA 2KP2A 3TGZA 4BA7A 3IHQA 2YZUA 3D21A 1NHYA 2GTUA 4GF0A 4N30A 4DSRA 2RUFA 3RHBA 1V57A 3IK9A 2LRCA 2MYGA 3P7XA 5D8IA 2RM6A 3ZMKA 1WIKA 4V1Ap 2PGTA 1V58A 4HU7A 3CRTA 3D0ZA 2VOCA 1HD2A 2M72A 1T7PB 5DVBA 2VCQA 3S9FA 5F06A 1EGOA 3QFAC 2H76A 12GSA 4YH2A 3CTGA 2CAIA 4OO5A 3WT1A 2O89A 3M9KA 2M46A 1U6TA 3GH9A 5H5SA 3Q18A 5DDLA 3TKSE 1M9BA 2YV7A 1KBNA 1TU8A 2C8UA 1N2AA 5ELAA 1RK4A 1J0FA 5A4VA 4Q5RA 4MJAA 4POMA 1IYIA 2HE3A 3LSZA 3GKMA 3HCZA 4MCUA 2B7KA 4MP4A 1GP1A 3QD9A 3ZMLA 1RW1A 2G2QA 3A2XA 3CTFA 1I9DA 1JZWA 4YQVA 4HU9A 1PRXA 1QXHA 5IMZA 1DSBA 1MDKA 1ERWA 5LD0A 1PX6A 4IJIA 2NTOA 18GSA 4OFNA 4O92A 5CRWA 1YEXA 4MH2A 2KOKA 2RLIA 2FWEA 4ISDA 3FZ4A 2IPAA 2LNSA 3GMFA 13GSA 3Q74A 3KH7A 3EMXA 5JWQB 3L9UA 4J56E 1I5GA 2VM2A 1GH2A 4L0UA 5KN2A 1OC3A 4HQSA 4XRDA 4EDZA 2KUCA 1UVZA 4BVXA 1RQMA 2LKUA 5EVOA 2IIYA 2H0GA 2HT9A 2MZCA 2VAFA 3V1WA 3TKPA 5FHIA 4I2UA 5CP1A 4FYBA 5CYYA 1F9MA 2OKAA 2AUVA 2YOIA 2YV9A 1U87A 1HNAA 4ECJA 1A2LA 2OADA 1OC8A 2TRXA 5ECLB 1SJIA 4I5QA 2PUKC 4TN8A 5IOXA 1VF4A 2IWTA 4EF0A 2V6OA 4D73B 1SKWB 2F8FA 5J9CA 4G19A 1ON4A 3WGEA 2O7KA 4ECBA 2WRTA 2DC5A 1A2JA 2VLTA 1Y25A 5DQSA 4K2DA 3W8SA 4POLA 14GSA 2H0HA 2OBIA 1BYEA 4N11A 1GULA 3UVTA 2VUPA 3HVXA 1CQGA 2D2ZA 2MBSA 2F9SA 2H1GA 2LQQA 1TK5B 2CVBA 3C7MA 1FVJA 2AB6A 3RPNA 3WT2A 3FY7A 5ECHB 2NPBA 2C1YA 1ERVA 3FR9A 1SD9A 1XOBA 4PUFC 4EL1A 3ZVJD 3EVIA 5ELGA 1WPIA 3GN3A 5F8BA 1NSWA 1SYXA 4HJMA 5HR3A 5DALB 2H6XA 2LRNA 1PKWA 1SKRB 1O6JA 3UARA 1XW6A 3M9JA 1WRYA 3VFIA 2LQOA 2OE3A 19GSA 1X5EA 7GSSA 5AIXA 1B48A 2L6CA 2ZNMA 4XS4B 1WJKA 5IMCA 3EWLA 2VD1A 3TJKA 1O81A 1ZL9A 4IQAA 2L4QA 3IPZA 4MMMA 2FNOA 5IM9A 1DE1A 4ECIA 3DKSA 1QK8A 1QMVA 2HZEA 2HRFA 5G5FA 4MA9A 4ZB8A 4DVCA 3F3RA 2L4CA 2MMAA 4MJBA 5ECPB 1QGVA 5G31A 4TR4A 1F3AA 1HNBA 4ILFA 2HYXA 2ZUPA 3M0FA 4IVFA 3KP9A 1E6BA 4KCEA 2JSZA 5KN1A 2L59A 4GSTA 6GSSA 1G6WA 4HZ4A 3VPQA 5C04A 17GSA 2VCZA 5EY6A 1ZCPA 1S3DA 3G9BA 3U5RE 4ZXGA 1MDIA 5G1KA 5DJLA 3O76A 3E3EA 2WDUA 1R7HA 3TJBA 2B5YA 3FZ5A 3RPPA 1IYHA 4KUNA 1JZRA 1GUKA 6GSXA 1QFNA 5B7CA 5HQPA 1AQVA 1HYUA 3D6IA 3QCPA 3HJMA 4L0WA 3FRCA 4EVMA 1UC7A 1TKDB 4TVEA 4DEJA 5B8AA 3EYTA 1ZZYA 1TOFA 4H86A 1SK2A 1ZYEA 1Q4JA 2GZYA 6GSVA 5JCWA 3BBYA 2KP1A 4N0VA 2MMNA 1U3IA 2HZFA 2NVLA 5J4UA 3DVXA 3C71A 4KDXA 5ID2B 1GTBA 5ECRB 3BOAA 4OMVA 2I9HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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