4OO5A

Crystal structure of s-nitrosated human thioredoxin mutant
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPCKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDQDVASESEVKSMPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Thioredoxin
publication title Crystal Structure of a Thioredoxin Mutant Displays a Dynamic N-terminal Loop Surrounding an S-nitrosation Site
rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Oxidoreductase
total genus 39
structure length 104
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4oo5A00
2B5EA 2AV4A 3ZYWA 1XXUA 4JR6A 6GSUA 4GXZA 1ERUA 2DSAA 2FGXA 1Z6NA 1ILOA 3ZRDA 1K3LA 3EMXA 3MNGA 4MJBA 1TDIA 5CAXA 4HZ2A 3S9FA 4I6XA 1OC9B 3SBCA 3DMLA 1FB6A 5B8BA 3BCIA 3TRXA 4MZBA 3NOFA 3MDKA 2OJLA 5B8AA 2BMXA 4HDEA 2D2ZA 3DEXA 2LNTA 1SL2B 4MMMA 5J5NA 4CHSA 1I5GA 3PGTA 1TRWA 4EVMA 2N5AA 1QUWA 2IFQB 2RIIA 3GKMA 2YN1A 4IJ3A 2OA7A 4XS4B 4ILFA 2LQQA 4PGTA 3EC3A 4J2FA 3PH9A 7GSSA 5AIVA 2IMKA 4EL1A 2E2MA 3C7MA 1ZYEA 3L9UA 5ID2A 2G2QA 1K0DA 3VPTA 1ON4A 1ERWA 3PR8A 4KCAA 5IIZA 4MF5A 1DE1A 1EWXA 2RUEA 11GSA 4ZB6A 1IYIA 4GSSA 3EMPA 1ZOFA 5KN3A 1A0FA 2A4VA 2VM2A 3GH6A 1NHOA 1U3AA 1X5EA 4PUFC 5ECMB 3RDWA 1YQ1A 3HCZA 3ISOA 2DJKA 2YNXA 3J7Yk 5F07A 5D96A 2L4CA 5IO2A 4POLA 4XS1A 1M9AA 2L59A 3G9BA 1GH2A 4HQZA 3TOUA 3H4KA 4DSRA 2NPBA 4RUVA 1PL1A 1F3AA 5H5QA 3TKSC 3CSJA 1NSWA 4GRFA 4OO4A 3CMIA 5E59A 4NV5A 5ECHB 1GNWA 2FY6A 3RHBA 2C0DA 3ZMKA 2LRNA 1XBSA 3L9VA 3A5WA 4K1FA 2WZ9A 3APSA 1Q98A 4MH3A 1SD9A 3P8WA 2H6XA 18GSA 1NM3A 5HFGA 1USBA 1WRYA 3IBHA 3IAM2 5G2ZA 5DAKB 5HFIA 2WGRA 4L0WA 6GSVA 8GSSA 2DLXA 3BJ5A 2I81A 3E3EA 3GUSA 4KGIA 2B3SA 4EE0A 1M9BA 3IC4A 4ZL7A 3RPPA 3ZTLA 1GL8A 3TJGA 2R5GA 1TK0B 2GQMA 3M1GA 2IMIA 5KEJA 5A4VA 5AN1A 2GQKA 3I43A 2C1YA 4Q5RA 4V2LA 1XW5A 2IPAA 4AJ8A 3E0UA 4IS0A 3Q6OA 1JZOA 5G30A 2GT6A 2CX4A 5B6NA 5FT3A 3QAVA 4GF0A 4TXOA 1T7PB 2WFCA 2OE0A 3F4TA 4HOJA 3C73A 1OVNA 2ZUPA 4GSTA 4GWRA 3DWVA 2YANA 2OACA 1EOGA 4PUAA 3Q18A 3CSHA 1WMJA 5GAPD 5DVBA 1M2BA 1GUKA 2PUKC 1TI1A 4XCSA 1B9XC 3FRCA 3P2AA 2R4VA 2M46A 1M2DA 3ERFA 5C00A 3G7YA 1U3IA 5JWOB 3GSSA 1MTCA 3N9JA 5DJLA 2WDUA 3ERGA 4YAPA 3IAS2 4MJCA 1KEBA 4O92A 4OMVA 2H30A 2WJUA 4Z7XA 4HQSA 4EF0A 2KUCA 3GNJA 2HXKA 4TR0A 3ZLPA 3EU3A 5COHA 2VO4A 2AJQB 1FO5A 2I9HA 3LYKA 2AB6A 3UVHA 3CTFA 5GAND 2JZRA 1TK5B 5HFKA 1K3YA 3IRAA 4I97A 5DAKA 3GV1A 4FYCA 1VF2A 1XOBA 2DIZA 14GSA 1WIKA 2YCDA 1TTZA 2BJXA 1F3BA 2TRCP 4KW6A 5G1KA 3L4NA 3RAZA 2H0GA 5CYYA 2FNOA 3CXGA 2J9HA 2QGVA 4GSNA 5DJMA 5EL8A 3F0IA 1PD21 1SKWB 4POBA 2GSQA 2YWMA 5HQPA 4ISDA 2MYGA 5D73A 4RI7A 1X0RA 3TKRA 4HZ4A 2P0GA 2ZNMA 2CAQA 5D9XA 2B1LA 4F82A 1T4YA 5ABRA 1T00A 2WCIA 4IKHA 3TJKA 5D93A 5LNKe 4NMUA 1M7TA 1GTUA 2AAWA 1N8JA 2LTKA 1SJ6A 2GT5A 4XIHA 1FB0A 4YH2A 3HKRA 3FW2A 1XIYA 1XPVA 5F8BA 2EIRA 3TJJA 3IR4A 3ZL5A 2QC7A 2F9SA 1FAAA 1Z7PA 1X9WB 4JZQA 1K0OA 2C3TA 4G2EA 3DXBA 2VLTA 4NHZA 1RQMA 2DC5A 1HYUA 3G7JA 1JZWA 3DIEA 4KSOA 2R2JA 2AHEA 1VF1A 1Q4JA 4PNFA 5EY6A 4KSMA 1CQGA 3KXOA 2CVKA 2MZCA 4K9ZA 1SYRA 3WD6A 4IP6A 2GTUA 20GSA 3ZVJD 1XW6A 6GSXA 3EE2A 2MMOA 3KGKA 1DE2A 3F4SA 3GTUB 2IMEA 1R5PA 5CNWA 1TW9A 4PQIA 3HHVA 1URMA 3D5JA 3GA4A 1ERTA 2V41A 5CREA 3C1RA 2H1DA 1LU4A 4XRDA 3C71A 4N0ZA 1Z5YE 4GLTA 3LSZA 1R7HA 3TRQA 3KJYA 2GDRA 1LJRA 3LXZA 5J9CA 5ID2B 2H8LA 4OCFA 3FEUA 4ULXA 5AGYA 4F03A 3UAPA 5CRHA 4HS1A 5KN1A 4WBJA 2O89A 2PN8A 4HJ2A 3ZIVA 1H4OA 2VD0A 5IPHA 1VGLA 3IA1A 4KH7A 3GIXA 1WOUA 1YKAA 2H76A 1XWCA 5J3RA 2LEGA 3HZ8A 2Z9SA 3VFIA 1VF4A 1PGTA 4WKWA 1M99A 2L6DA 1UN2A 2VLUA 4KB3A 3IHQA 3D4TA 17GSA 2VAFA 4F9ZA 4WETA 2H6ZA 4K7NA 5HR0A 4KNDA 3UEMA 3RBTA 4FYBA 1Z6MA 5H5RA 1SJIA 1AAZA 2OBKA 1A8YA 1A2LA 1B8XA 4AF2A 1TU7A 2VUPA 2EC4A 1BJXA 3ZREA 4MCUA 3CRUA 3ZMLA 2NBSA 1G6YA 3LEFA 1OKTA 3FZ5A 4N30A 5EVOA 1M2AA 2XPDA 2FWGA 2DIYA 2FA8A 1XW9A 5GSTA 5HR1A 1GULA 4IHUA 1TXXA 3D6IA 5IOWA 5B7CA 4ID0A 3KZQA 1SJZA 5ECKB 2OADA 1YF1A 2BTOT 1F37A 2DMLA 3EVIA 4Q5FA 4JR4A 1K0BA 2YOIA 2YWNA 2CV4A 1JLWA 3GTUA 1HNCA 4NV2A 4TR4A 1EEMA 3FHKA 4O7HA 5LD0A 5DDLA 4ZB8A 4QQ7A 1C72A 3IPZA 3DYRA 2LSTA 1Z9HA 4BVXA 4AJ6A 4IQ1A 4KDYA 1G0TA 2P5RA 3VI7A 1EOHA 1XWBA 1GSDA 1G6WA 3FK8A 1SKSB 5G1LA 3KEBA 1PL2A 3F3QA 4ECCA 2EIQA 3HY2A 4X1UA 2ALBA 4AGSA 3M8NA 1GTBA 1YJ6A 3DD3A 5DQYA 4TW5A 4TXOB 3H93A 5JCGA 1SD8A 3ED3A 1X5CA 1B48A 2V6OA 3GKKA 4HEA2 4ZXGA 2E7PA 3HJPA 1ZL9A 4ZBAA 1GUMA 3DVWA 4F0BA 2C80A 1F9MA 2GSSA 5B6MA 3RPNA 1YDKA 22GSA 3ME8A 5GZZB 2O85A 1V9WA 2ES7A 3VURA 1O81A 3D22A 1EV4A 4AJ7A 2RUFA 4LL4B 3WGDA 3EWLA 1QGVA 3KIJA 1S3DA 2H1AA 4N0VA 5D9VA 3VPQA 4BWQA 4TVEA 1A2MA 2IJYA 3HJOA 3KH9A 3P7XA 3APOA 2HNLA 3CSIA 1G7OA 3DRNA 3GMFA 3TKSE 3A3TA 5A5KA 1AW9A 4IGJA 1EZKA 4HJMA 3HZ4A 3GN3A 4RQXA 4IQAA 1I9DA 4PQ1A 1XVWA 3GX8A 2GSTA 1SL1B 5KN0A 2JZTA 1SYXA 5F06A 3FZ9A 3KP8A 5A4UA 6GSSA 4N11A 2PPTA 2DMMA 4ECBA 4Q5NA 2R3XA 4KDUA 3ME7A 3M9KA 3QD9A 4PNGA 1KNGA 2YV7A 3FR6A 1SK2A 3TJBA 4NPBA 1MEKA 2REMA 1PKWA 4ECJA 2HFDA 10GSA 2VCQA 1SENA 3TUEA 1YEXA 2R37A 4ACSA 1FOVA 2M72A 3TJFA 3H8QA 5DCGA 3M9JA 5D9TA 3ZITA 4DSSB 3N5OA 1GSYA 1K0CA 3W6GA 3C1SA 3UBKA 2AYTA 3APQA 4IELA 5KN2A 2WULA 2B5YA 1OAZA 3GSTA 1TKDB 2F8AA 2H70A 4KE3A 3LFLA 3HVSA 1GUHA 3TGZA 1GSEA 2J23A 1PMTA 4K0NA 2VL2A 1MDJA 4YQVA 3Q74A 1MD3A 1XOAA 2DJ2A 3MSZA 2XC2A 2VD1A 3WT1A 4HUAA 2LKUA 4WXTA 2CZ2A 5ECRB 1X9SB 1YZXA 3DVXA 1BQ7A 4TN8A 2H66A 2HI7A 2V6KA 4BVYA 4HU9A 2CA8A 4O32A 5J9BA 5ECSA 2LJAA 1TJDA 2C3NA 3OR5A 3KD0A 4OFMA 3TDGA 1V98A 3LGCA 2KOKA 4Q5QA 1YKCA 1NHYA 2OE3A 1FVJA 1TU8A 2I1UA 2PVQA 1AQWA 12GSA 3ERWA 4EDZA 1A8LA 1QQ2A 1K0NA 3M0FA 5IMCA 2MBSA 1TRVA 1EGOA 3SWLA 3UOMA 4O5RA 6GSWA 4GQCA 4QL9A 1WWJA 2CVDA 4OWYA 2HZEA 4ZBDA 3IOSA 2VCTA 2CZ3A 4XS6A 1R26A 1GWCA 2VIMA 5JCWA 5AISA 2ON7A 2L57A 2PVOC 1OE7A 2XBQA 4J56E 4JRRA 1WPIA 3BCKA 3EYTA 2R6KA 1B4QA 1XCCA 2IL3A 3L9SA 1A2JA 3HJMA 3VWXA 1RK4A 2H1BA 1XFLA 5H5SA 3U6VA 4K7IA 2HYXA 2GVPA 1X5DA 2GSRA 2C0GA 4PXOA 1UVZA 4CW9A 4X43A 4OFNA 4DSSA 2LV3A 3MAKA 3KM6A 2HRFA 3WGXA 1IYHA 4FYUA 4EUYA 5LCZA 1F2EA 3F9UA 2B7KA 1K3OA 4LA1A 4OCEA 4POMA 5EPFA 1SK1A 4XRAA 1A0RP 2L5LA 2VCVA 4MF6A 2LS5A 4JU5A 2P5QA 4MPGA 5E4WA 3WGEA 5ENUA 5IMVA 3CTGA 3LXTA 2LNSA 1W4VA 3LG6A 1DBYA 2FLSA 2LUSA 1WJKA 2HZFA 2JL4A 2V2GA 1O8WA 4D73A 1T8EB 1XWAA 4F2IA 1R5AA 2QSIA 1UC7A 3FKFA 3JCML 4G10A 3IDVA 2FWFA 1V40A 1BAYA 1XVQA 2N5BA 4EXJA 4WEYA 3G7IA 5ECLB 4TKYA 4GTUA 4IP1A 5JWQB 3I69A 2JZSA 4KCEA 4TRXA 3FY7A 2FCHA 4L5OA 2JU5A 3VK9A 2YP6A 4OD7A 2G0FA 2H74A 4YAVA 2H0HA 2HRNA 3TRPA 2VOCA 1AUCA 1BYEA 2DJJA 1QMVA 1EGRA 4MJAA 1OC8A 1VRSD 2CAIA 1K0AA 5IO0A 3FYGA 3KMOA 4QL7A 4MDCA 5CRGA 2X8CA 2TRXA 5IQYA 4TR3A 3LQ7A 2H01A 2KP1A 1U88A 4MH2A 2FWHA 3HA9A 3O6TA 2WS2A 4JE1A 5IMAA 4L0UA 1QK8A 4BL7A 1E6BA 1OYJA 2P31A 3QCPA 2B7JA 1PQNA 3R2QA 1FVKA 2I3YA 4E8EA 3KTBA 1QXHA 4JBBA 1FG4A 2OE1A 2FHEA 3DKSA 2VL2C 3TB2A 4V2MA 3HVVA 1ZYQB 3O3TA 2O7KA 4I2TA 1RW1A 4L5LA 3WYWA 5CRDA 1G7EA 4I5QA 3LORA 1SU9A 4WBRD 5CP1A 1TP9A 1U87A 1X9MB 2I4AA 4ECIA 4MP4A 2VL3A 2PWJA 3IXRA 4KX4A 2PERA 1KTEA 2KHPA 3IK9A 4YQUA 2YWIA 4EC0A 1GTIA 1GLQA 1E2YA 1PSQA 1PN9A 19GSA 1GLPA 1JFUA 4TR1A 1XWGA 2ZCTA 3EURA 2HE3A 2PMTA 4ML1A 2MMZA 4IW9A 1ZGNA 1DUGA 3F63A 2MBTA 3UJ1A 2A2SA 1NW2A 1J0FA 5J4UA 16GSA 13GSA 2KP2A 5GSSA 2YJ7A 3UBLA 2IMDA 3QFBC 2DJ3A 2GZZA 1XWKA 2FA4A 3P90A 4ML6A 3QFAC 5ECIB 3W8JA 5ECQB 4WF5A 3BBYA 3AY8A 1Y25A 1LBKA 2QKEA 3F6DA 1S3CA 5HR3A 4WF4A 5D8IA 5DALA 1ZMAA 3UVTA 1N2AA 4BPYA 4J57E 5IOXA 4V2NA 1DSBA 3L0HA 1ML6A 2O87A 4RI6A 2H6YA 3O76A 3BD2A 2V32A 3FR3A 1WE0A 1AQVA 2WRTA 2VL9A 3FR9A 1UA5A 4MPFA 3I9V2 2X99A 5ECOB 3HVXA 1XZOA 1JZRA 2DJ0A 5ELAA 4MJEA 4POKA 3W8SA 1Y6EA 1ST9A 6GSTA 4V1Ap 4FIWA 4MABA 1GTAA 4I8BA 4DEJA 2LRTA 2GS3A 1BEDA 1CQHA 5CRWA 5FHIA 2C0FA 2FWEA 3FZAA 1HNBA 4IJIA 2H19A 2H72A 4OFTA 3V1WA 2LQOA 3IK7A 1V2AA 2WB9A 3VLNA 2K8VA 4DSQA 1GSSA 5JWRB 2NVLA 4ZIJA 3TOTA 2YJHA 3M3MA 4K8MA 4FH8A 3GL3A 1JHBA 1WP0A 2X64A 5IMZA 3GFKA 5D9WA 1U6TA 2CQ9A 2IMFA 2M80A 1EEJA 2LRCA 1V57A 2E0QA 4MLYA 2YZHA 1OKDA 1T4ZA 1ACVA 1GP1A 1GSFA 1OC9A 4X0XA 2H73A 2HZEB 2IIYA 2XBIA 2DBCA 1EV9A 4P3YB 1Z7RA 2IWTA 4TXVA 1THXA 2HSYA 1J9BA 1K0MA 4GCIA 2K8SA 2CT6A 1PKZA 2HLSA 2K6VA 3QMXA 4DVCA 4LMWA 1TK8B 1PX7A 1AIUA 1TRUA 2DJ1A 1A23A 4XHMA 3IE3A 5DQSA 3RHCA 4BWSA 4IVFA 2IFQA 1KBNA 3IV4A 4XS4A 2VCZA 4XTSA 4K7OA 3HDCA 4MZWA 3KP9A 5G5FA 5G5EA 1ZCPA 2VLVA 1AXDA 1JZDA 3GX0A 4H86A 2B6MA 2VCWA 3UMAA 1TI3A 4KUNA 1YEPA 2GGTA 1T1VA 2GZYA 1SL0B 3EINA 2HSHA 2L4QA 4IN0A 3KMNA 1HQOA 6GSYA 3CBUA 5DCHA 2AUVA 3LWAA 1B4PA 4GQFA 2L6CA 5IM9A 3A2XA 4D73B 1AQXA 3QOUA 3DGQA 1YY7A 3U5RE 2PBJA 4K2DA 5ECPB 1JLVA 2H75A 2K9FA 4EDYA 1GNEA 3QR6A 1GSUA 2YWOA 1SKRB 4RQRA 3H79A 2FUG2 5CO3A 3KTLA 2EIOA 2ON5A 3HXSA 1FHEA 1MD4A 4F0CA 2JACA 3MWHA 1O6JA 3BOAA 3ZVJA 2OKAA 4PQHA 5INYA 4LL1B 4KAEA 3ZFLA 4E8HA 5DBQA 3F3RA 4HI7A 2RM5A 1BX9A 3GL5A 3QAGA 1TOFA 3ZIJA 2NTOA 3PINA 2YPMA 3NIVA 5HR2A 2V1MA 2CVBA 3TKPA 1S3AA 4CDOA 2X8GA 4OO5A 4NWYA 1B9YC 2F8FA 2NDOA 2CX3A 2F3MA 3KH7A 4G19A 3GHAA 4MK3A 5AIXA 3GRXA 2X8HA 2GLRA 1EP7A 4IBPA 4KDXA 2JSYA 2H0IA 3VWUA 5IMDA 9GSSA 1MDIA 5FWGA 4EO3A 1A24A 1O7UA 2C3QA 1T3BA 1YF0A 3LJRA 1ERVA 2A2RA 1Z3EA 1OC3A 1GSQA 4NHWA 1H75A 3ZZXA 2IN3A 3GH9A 3GKNA 4MZCA 2N5FA 2OBIA 3FZ4A 2E2GA 2K18A 3UIWA 1EP8A 1HNAA 1R4WA 3TKQA 5ECNB 1AC1A 2JSZA 4NXIA 1ZZYA 3LYPA 4K6XA 4PX1A 4LMVA 2TIRA 3H1NA 5IPGA 1ABAA 4L8EA 4BA7A 2C4JA 3GKXA 4HU7A 2C0EA 4ZB9A 4ZL8A 1V58A 5L71A 3WT2A 5G31A 5IMFA 1THOA 1W89A 2KLXA 1BG5A 1J08A 2VCXA 1SK0A 3QAWA 3TKSA 3NZNA 2PU9C 1OE8A 2VM1A 3GYKA 1MDKA 4TR1B 1VF3A 4ZL9A 1HD2A 2MMNA 2PGTA 4N10A 1PA3A 2B5XA 2F51A 2MMAA 1PRXA 3L78A 4EKZA 4ZBBA 3GURA 4JEDA 1O73A 2RLIA 3QDNA 4FO5A 2YZUA 3TCOA 3F8UA 2B1KA 3HD5A 1FW1A 5J41A 3I6AA 3ZFBA 2O8VB 2GQLA 2RM6A 3VI5A 2XPEA 3VWVA 5JCUA 1PX6A 5F05A 3UARA 4I2UA 2FD3A 3D0ZA 5DALB 2LJKA 5F0GA 3A2VA 3US3A 2GZPA 3CRTA 1O85A 4TOPA 2HT9A 2XHFA 2LJRA 4V1Ag 3F6FA 3D21A 1M0UA 5ELGA 1TRSA 4K0GA 4MA9A 5C04A 3CYNA 1QFNA 3EU4A 5A4WA 3F4RA 3A2WA 4ZILA 3K8NA 3HYPA 1F6MC 3UL3A 2YV9A 1GRXA 2L5OA 3E9JB 3D4MA 4MF7A 3J7Yb 2C8UA 3KCMA 3VWWA 2JADA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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