4OO5A

Crystal structure of s-nitrosated human thioredoxin mutant
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVKQIESKTAFQEALDAAGDKLVVVDFSATWCGPCKMIKPFFHSLSEKYSNVIFLEVDVDDQDVASESEVKSMPTFQFFKKGQKVGEFSGANKEKLEATINELV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal Structure of a Thioredoxin Mutant Displays a Dynamic N-terminal Loop Surrounding an S-nitrosation Site
rcsb
molecule keywords Thioredoxin
total genus 39
structure length 104
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4oo5A00
3AY8A 2I81A 5EY6A 3TKSC 3WT1A 2GT5A 3RDWA 2Z9SA 3TGZA 1XXUA 2E0QA 1SYXA 1OE7A 4Q5RA 1X5EA 3LYKA 3ZYWA 4ULXA 1PL1A 2AYTA 2GZPA 2YWOA 2QGVA 1ZYEA 1M99A 1YZXA 2H6YA 2E7PA 3ZMKA 4ACSA 2R4VA 1IYHA 3GL5A 2L6CA 4HJ2A 5DJLA 2LRTA 1ZCPA 5IO2A 1THXA 1AXDA 1XIYA 2GSSA 1QFNA 2GTUA 1XOAA 1R5PA 4OCEA 5ECQB 3N9JA 1C72A 2IPAA 3C1RA 2IN3A 3A2WA 3DKSA 3D6IA 1FVKA 1TK8B 2CX3A 4LMWA 3FR9A 2G0FA 1SJIA 2LJAA 3GKNA 2B5YA 2XPDA 2KP2A 4F0CA 2VM2A 2CVDA 3P2AA 1GULA 5CNWA 1EGRA 2HSYA 5JWOB 5CRWA 5ELGA 3CSJA 1M2BA 2GGTA 3UJ1A 3DYRA 1J9BA 1HYUA 2EC4A 1ON4A 1GWCA 3HJOA 4L5OA 1JZDA 2LV3A 5ECLB 2VD0A 4GTUA 1JLWA 3F0IA 3FR3A 3F8UA 3PINA 3OR5A 3ZLPA 4K6XA 4MF6A 3VFIA 4MPFA 4EDYA 4OFMA 5ABRA 1SL2B 5ECNB 2ALBA 2FNOA 4EKZA 4WF5A 4HZ4A 1UA5A 2DJJA 1PRXA 20GSA 2G2QA 4BVXA 4JBBA 2V2GA 4POKA 5J5NA 1Z5YE 1EZKA 1QQ2A 1NW2A 2DJ1A 4TR1B 4YQMA 4IJ3A 1GTUA 4POMA 4WF4A 2V41A 3F6FA 3VK9A 4N0ZA 2WZ9A 4O5RA 1TP9A 5J41A 3EINA 5H5RA 4ZL8A 4BVYA 4O7HA 1GSSA 1KNGA 1I9DA 1EP8A 4EXJA 5IOXA 1AAZA 1JZWA 2V6KA 1EP7A 4KUNA 1OKDA 4MH2A 3FRCA 5IMAA 4MABA 3C71A 5EVOA 2N5BA 1PSQA 1JFUA 2A2RA 16GSA 1TTZA 1UVZA 2ZNMA 2F3MA 1ILOA 4F03A 3ZIVA 4ZIJA 1Q98A 2FWGA 5GSTA 2FWFA 3WGDA 5GSSA 5B7CA 1JZOA 3K8NA 1N2AA 2MBSA 2CT6A 1MEKA 4OD7A 2IMEA 5DQSA 1ZYQB 3GKKA 4IQ1A 4X43A 1WRYA 2O89A 3PGTA 1SD9A 1B9YC 4CHSA 2H6XA 3F4SA 3LYPA 1UN2A 1SKRB 4EE0A 1SD8A 1KBNA 4DSSB 1TU8A 2YOIA 1F3AA 3A5WA 2YV7A 4XS4A 1U88A 1USBA 3P8WA 2AAWA 4BA7A 1OC9A 2WCIA 2O85A 2VLUA 3VWVA 12GSA 5J3RA 4I2TA 3UVHA 3ZVJA 4F9ZA 1FVJA 3IOSA 4KDXA 3BJ5A 4ISDA 2CVKA 1J0FA 4NHZA 5J9CA 1PX7A 3H1NA 1GNWA 2AUVA 2VCQA 1THOA 4XHMA 2HZFA 3J7Yb 4WBJA 4IVFA 4K1FA 4ECCA 1K3LA 4OFNA 4RUVA 4ECJA 4BPYA 2L59A 1GSEA 1VF1A 3F63A 3APSA 4V1Ag 3MSZA 5DCGA 3RPNA 2M72A 1O81A 2I9HA 4GQCA 4TR4A 2VCXA 5GZZB 5IMCA 1ERWA 3ZZXA 2H73A 4O92A 2H71A 2CZ2A 4ML6A 1GSQA 1K0NA 5IPGA 4MPGA 3CRUA 11GSA 5KN1A 3CRTA 3IR4A 2TRCP 3EURA 3L9UA 2YWIA 4EC0A 3TOTA 4ZB6A 2HFDA 1K0MA 3GNJA 2C4JA 2OADA 4KX4A 4OO4A 1IYIA 5ID2A 4HQSA 2LSTA 6GSTA 1XW9A 2YWMA 4ECIA 5DQYA 2HE3A 1O8XA 1PKWA 1AQVA 2C1YA 3KCMA 4I6XA 3MDKA 1FW1A 1F3BA 2CAQA 5KEJA 3M8NA 5FT3A 1OYJA 2VIMA 3F3RA 4YQVA 4GSTA 2YZUA 2RUEA 2B7JA 3I9V2 1K0OA 2H0IA 2KP1A 2RIIA 1MDJA 4MA9A 2L4CA 2GDRA 3O3TA 3KTBA 2OE1A 4CDOA 5KN2A 4AF2A 4N11A 6GSYA 1B4PA 3KXOA 2DIZA 3QAVA 4IN0A 4K7OA 5IM9A 6GSXA 1EWXA 2C0FA 1HNBA 4KSMA 2CA8A 3HKRA 5A4UA 4J57E 2LJRA 2C0DA 4N0VA 3H8QA 5KN0A 3HJMA 3QMXA 1PD21 3FZ9A 3ME8A 3NOFA 3O76A 1VRSD 3ZIJA 2EIRA 2IMKA 2TRXA 2GQMA 5ECPB 4PXOA 2VL9A 5HFKA 1GSUA 1ZZYA 1F37A 4DSRA 1GUMA 1XWAA 2CVBA 3FZAA 3KMOA 1SK2A 5G1LA 2F8FA 4MK3A 2I3YA 1WWJA 2H75A 1WE0A 1Q4JA 3QOUA 3BD2A 1TRWA 10GSA 3UARA 3RHCA 1PGTA 4MZCA 2X8HA 5CO3A 1Z7RA 3HZ8A 3KM6A 1RW1A 3LQ7A 1TXXA 5A4VA 1V9WA 5DALA 5D9WA 1ZL9A 5AISA 3HHVA 4K7NA 1TU7A 4I8BA 4LMVA 3ZVJD 2V32A 2LEGA 1B4QA 3U5RE 1O6JA 4KDUA 4POBA 1OVNA 1A2LA 4IW9A 1YF1A 2R37A 3GHAA 3JCML 1NSWA 4RI6A 3QAGA 4N10A 4MLYA 1K0CA 2O8VB 4IHUA 4HDEA 5H5QA 1XVQA 5ECHB 3CSHA 3KZQA 2F9SA 5CREA 1QUWA 1Z7PA 3I6AA 1FB0A 2JADA 4GQFA 2CAIA 2WRTA 4OFTA 1EGOA 4I97A 3TRXA 5D9VA 3L4NA 3IK9A 3VPQA 3M0FA 4ZB8A 2CV4A 4TW5A 4EVMA 1AC1A 4PNFA 4AJ6A 5F8BA 5G5FA 3VWUA 4AGSA 3HA9A 3C73A 3IDVA 5AIXA 1HQOA 4YH2A 18GSA 4EO3A 5IOWA 2REMA 2HLSA 3Q18A 4QL7A 3FY7A 2X99A 2HZEA 13GSA 3TUEA 5IQYA 2K18A 1BEDA 3F3QA 4F2IA 2LJKA 2H30A 2BTOT 2AHEA 1TI3A 3UBLA 3IAS2 1AQWA 4LL4B 5A5KA 2YCDA 2L57A 3VI5A 2XBQA 3HZ4A 2GVPA 3UAPA 4K7IA 1WIKA 5ECOB 3GKMA 2IJYA 3QAWA 2VLVA 1A0RP 1BAYA 1QXHA 5D8IA 2OACA 1TRVA 4XS6A 5ECIB 1ZOFA 3MWHA 3P7XA 4XS4B 4FYBA 1XVWA 5IIZA 1DSBA 2H1GA 1OC9B 4HU7A 4I2UA 2FHEA 1XWBA 3QCPA 3IA1A 4LA1A 4PNGA 4L0UA 2VL3A 5F07A 5JWRB 1SKSB 4JR4A 1A8YA 1VGLA 5AGYA 2I1UA 4ECBA 4OMVA 1GSDA 4TKYA 5B8BA 1O7UA 1SYRA 3F9UA 2VL2A 4KB3A 4ZL7A 2B3SA 1YKCA 2FGXA 1YQ1A 2CZ3A 1W89A 2HRNA 5L71A 4GXZA 4OWYA 2YPMA 3IC4A 2QC7A 4KGIA 4JZQA 1GUHA 4EL1A 4TR3A 3S9FA 2I4AA 3KJYA 3W8JA 1PL2A 3CBUA 4KAEA 4XRAA 3FKFA 1CQGA 4F0BA 1I5GA 4MJEA 3L0HA 3F4RA 3LFLA 1MD4A 1A8LA 2R3XA 1XWCA 5GAPD 3E3EA 2HSHA 3ZREA 5HFIA 4J2FA 1A23A 4EDZA 1X9MB 2VCVA 4EF0A 3BOAA 1EOHA 3DVXA 2P0GA 3L9SA 5ID2B 1Z6NA 2RUFA 1MTCA 2OBKA 2PVQA 5INYA 2FA8A 5B8AA 1YJ6A 1G7OA 1PQNA 1OC3A 3IRAA 4RQRA 5IMFA 1XFLA 2YZHA 1XWKA 3TCOA 4DVCA 4J56E 3US3A 4NXIA 3G7JA 4WEYA 4KCEA 4IJIA 3HY2A 1U3IA 2LQOA 3G9BA 3LORA 5IPHA 3EVIA 2YP6A 1A2MA 4GLTA 2DJ3A 1R7HA 5COHA 1OAZA 1XZOA 1U6TA 3TKQA 1LBKA 3KEBA 2A4VA 1PX6A 3VPTA 2B5XA 4QL9A 3IE3A 1F9MA 3EC3A 2LNTA 1OKTA 1VF2A 4MJCA 3ZMLA 1TK0B 1XBSA 3ISOA 2VCZA 3D0ZA 4NWYA 2PGTA 4AJ7A 4NMUA 1BX9A 2ZCTA 1TW9A 1A2JA 5CAXA 3EE2A 3VLNA 3CSIA 3TKRA 2DLXA 3GKXA 2GQKA 5J4UA 1JZRA 4V2MA 4KH7A 2J23A 4HU9A 4YAPA 3UOMA 5J9BA 3QDNA 1FO5A 1SENA 2WFCA 3O6TA 3G7IA 2LRNA 1ST9A 4ID0A 4MDCA 4XIHA 1FB6A 2IFQA 4KCAA 5CRDA 3TJGA 1E6BA 2B7KA 1LJRA 3BBYA 1TK5B 2XBIA 5LNKe 4BL7A 2H0HA 2X8CA 3J7Yk 4ZL9A 5F06A 4HS1A 1SJ6A 3H4KA 3ERGA 4JE1A 3QFBC 1M9BA 2NTOA 1YF0A 2VM1A 2VL2C 2X8GA 3F4TA 1SJZA 2NDOA 1JLVA 5F0GA 4YQUA 3C8EA 3ZRDA 2IMDA 4Q5QA 3TKSE 2YWNA 4IQAA 1X5CA 1YKAA 1UC7A 4KE3A 3E0UA 3LGCA 3P90A 3EMXA 2N5FA 2EIQA 5IMVA 1PN9A 1S3AA 4Z7XA 5JCUA 3EWLA 3KP8A 4N30A 1Z6MA 3KTLA 4L5LA 3HVXA 3SBCA 1ML6A 2ES7A 1S3CA 2V1MA 1QGVA 2H72A 1S3DA 2H8LA 3FHKA 3GH9A 3GX0A 1HNAA 3QFAC 4IBPA 2V6OA 4V2NA 5HR2A 5IMZA 3TB2A 5CP1A 4GSNA 3KMNA 2VAFA 1B9XC 2RLIA 5HFGA 1TOFA 1YEXA 1M9AA 3IBHA 3MNGA 4YAVA 5ELAA 3KH9A 2GZZA 3LG6A 1URMA 2VCTA 1FAAA 1YDKA 2L5LA 6GSVA 1KTEA 2OE0A 4PURA 1DBYA 2HZEB 3BCKA 2BJXA 2DBCA 2H76A 4TXVA 22GSA 2MYGA 1NM3A 5HQPA 4PUAA 3UMAA 3LXTA 4GRFA 1T3BA 1BYEA 4MJBA 3VURA 4K8MA 3H79A 1K0DA 1QK8A 5HR0A 4RI7A 3LXZA 4L0WA 2LRCA 3D5JA 4XCSA 2PERA 3QD9A 5C04A 3DD3A 3EYTA 4E8EA 5D73A 1H75A 4I5QA 3VWXA 4K0GA 2OA7A 2JZRA 3KIJA 4V1Ap 4IGJA 4K0NA 1TJDA 2XC2A 2GSRA 1B8XA 1WOUA 3ED3A 3FZ5A 1ERTA 2B1LA 2LS5A 2FWEA 3GSTA 1SK0A 3L78A 5G30A 5DDLA 3CMIA 4QQ7A 2YANA 4Q5FA 6GSUA 5JCWA 3A2VA 3M3MA 2L4QA 4PX1A 2IL3A 4FYCA 3GTUA 4ILFA 2OKAA 3G7YA 3DRNA 3TOUA 4JU5A 3APQA 3D4MA 1XOBA 4PQIA 4TRXA 3L9VA 4GWRA 3CYNA 1GNEA 2MMAA 2PWJA 3RBTA 1GTAA 4TOPA 1O8WA 1EV9A 1GLPA 2FA4A 5KN3A 3UVTA 5E4WA 5C00A 3TJJA 2NVLA 4MZBA 2XPEA 2LTKA 4GCIA 1V2AA 1VF3A 4PGTA 1AQXA 1J08A 5A4WA 3GFKA 1GP1A 2HNLA 2O7KA 3F6DA 3I43A 1K3OA 3H93A 5CRGA 3HCZA 2B5EA 4EUYA 5D96A 6GSSA 3UL3A 2FCHA 2HXKA 3GA4A 2PU9C 1ERVA 2CX4A 1ZGNA 3M9JA 2PN8A 1X5DA 1TI1A 5HR3A 3I69A 5G1KA 2K8VA 4BWSA 3IK7A 3GV1A 1PMTA 2MMZA 1T4YA 2H74A 4G10A 4BWQA 2AJQB 1XCCA 1M7TA 2P5QA 2GLRA 2FLSA 3D21A 1O73A 5IMDA 4Q5NA 3ERWA 4ML1A 3NZNA 4IS0A 2KLXA 5F05A 4DSQA 3GYKA 2EIOA 1RK4A 5H5SA 3EU3A 2HRFA 2IMFA 2K9FA 3KP9A 1WP0A 1PA3A 1R5AA 3FYGA 4TXOA 4D73A 5AN1A 3ZFBA 2VO4A 1HNCA 1SKWB 3ZITA 2K6VA 1DUGA 1FOVA 3EU4A 3WGXA 5JCGA 3E9JB 2C3NA 2P31A 1K3YA 14GSA 3M1GA 1V40A 3FK8A 4IKHA 3IAM2 3DMLA 4LL1B 5JWQB 1AW9A 3FR6A 2VLTA 5D9TA 3GSSA 2GQLA 1G6YA 3EMPA 4ZBDA 1H4OA 1RQMA 1Y6EA 4MCUA 1GSFA 4X0XA 4KW6A 1T8EB 1K0BA 2VOCA 5DAKA 4IELA 3LJRA 2MZCA 4F82A 3KD0A 1XW5A 3CTFA 2IFQB 2L6DA 1N8JA 3DGQA 2HT9A 4PUFC 4PQHA 2E2GA 4NAXA 3GH6A 1ABAA 2R6KA 4X1UA 2KHPA 2PBJA 5ENUA 2DC5A 2YNXA 1W4VA 2F8AA 1M0UA 2JSYA 5EPFA 4ZILA 4HUAA 2C8UA 2OE3A 4H86A 3Q19A 2B6MA 2ZUPA 1DE2A 1GH2A 1GLQA 2WULA 4NV2A 2H66A 2GT6A 1R4WA 3FZ4A 1TRSA 4V2LA 3C7MA 3ZFLA 3IXRA 3HXSA 1DE1A 1SL1B 2YJHA 1BG5A 4MMMA 6GSWA 2MBTA 3Q6OA 2PVOC 4HI7A 2M80A 2IIYA 1X0RA 4MP4A 1GUKA 2H1BA 3HVSA 4RQXA 2DMMA 2B1KA 4FIWA 2RM6A 2DJKA 1M2AA 2CQ9A 1YEPA 1WMJA 1X9WB 2H1DA 2JACA 1E2YA 1XPVA 4XRDA 1G7EA 1EEJA 4XTSA 3FW2A 4HQZA 5D9XA 2QKEA 1SL0B 4TVEA 1JHBA 3Q74A 4KSOA 2WS2A 5G2ZA 3GL3A 2F51A 1NHOA 1V57A 4ZBBA 2FUG2 2AB6A 1OE8A 2J9HA 3WT2A 1EV4A 2LUSA 3RAZA 1T4ZA 3D4TA 2AV4A 4JRRA 1NHYA 4G9HA 4WR4A 2H6ZA 4XS1A 5ECSA 1HD2A 4GF0A 3VWWA 3PH9A 5DVBA 1CQHA 5DCHA 2YJ7A 2D2ZA 2JL4A 4OCFA 2JSZA 5CYYA 2LNSA 2JU5A 2X64A 2C3QA 1B48A 3SWLA 2HI7A 3GUSA 3DVWA 1EOGA 1G0TA 3TJBA 3HYPA 4ZBAA 1GL8A 2VCWA 4JR6A 4WBRD 3HJPA 3FEUA 1FHEA 2ON7A 2A2SA 3CTGA 2OBIA 3LWAA 3U6VA 3VI7A 5EL8A 2WGRA 5ECKB 5FWGA 3TKPA 1QMVA 2H19A 2K8SA 2WB9A 3GURA 1FG4A 2KUCA 4PQ1A 3IHQA 1A24A 3WD6A 1MDIA 3KH7A 3N5OA 4NHWA 4WXTA 3MAKA 5DALB 3GTUB 4MZWA 1V58A 1TRUA 1F6MC 3HVVA 5DJMA 3CXGA 2H70A 1GTBA 1WPIA 1YY7A 2PUKC 5GAND 1V98A 2R5GA 3ME7A 2H01A 4G2EA 3DWVA 4IP6A 4TR1A 3WYWA 1ZMAA 3W8SA 3GRXA 1Z9HA 8GSSA 5FHIA 3UBKA 5LD0A 3HD5A 4WR5A 4WETA 9GSSA 2C0GA 4CW9A 4K9ZA 2RM5A 2NPBA 2C3TA 2GSTA 3W6GA 2LKUA 2FY6A 3DXBA 4HZ2A 7GSSA 1Z3EA 1M2DA 4K2DA 4KNDA 3TKSA 1Y25A 3DIEA 4E8HA 3UIWA 4ZXGA 1GSYA 2C80A 2DJ2A 3C1SA 3PR8A 4POLA 17GSA 1GTIA 19GSA 2JZTA 3WGEA 1WJKA 1BQ7A 1PKZA 1AUCA 1BJXA 4TR0A 4DEJA 2GS3A 3TJKA 4MF7A 2R2JA 1LU4A 3QPMA 2E2MA 3GX8A 4G19A 4FYUA 2HYXA 2LQQA 3ERFA 3ZTLA 3D22A 4DSSA 2YN1A 2BMXA 1AIUA 3KGKA 5ECMB 2O87A 1R26A 5LCZA 4HEA2 2P5RA 2DJ0A 2PMTA 1O85A 4TXOB 3UEMA 4D73B 2MMOA 4KA0A 5B6NA 1X9SB 5E59A 1F2EA 2H1AA 1U87A 2VD1A 4O32A 2GZYA 3HDCA 4NPBA 1A0FA 2DSAA 1XWGA 2M46A 3IV4A 2IWTA 5B6MA 1T7PB 3V1WA 5DBQA 4IP1A 3GMFA 3RHBA 1K0AA 3TRQA 4NV5A 2YV9A 4KDYA 5D93A 4FO5A 3LEFA 3M9KA 1SK1A 3RPPA 1TDIA 2IMIA 5DAKB 2DMLA 3TRPA 4JEDA 1SU9A 1ERUA 1EEMA 3GIXA 2C0EA 2GSQA 2FWHA 3TDGA 5AIVA 4MH3A 4P3YB 3IPZA 2FD3A 2PPTA 4L8EA 3NIVA 2DIYA 1XW6A 3QR6A 4LLRA 4AJ8A 2ON5A 3R2QA 2TIRA 3ZL5A 2JZSA 1T00A 1U3AA 3A2XA 3A3TA 1TKDB 4GSSA 2OJLA 1VF4A 2QSIA 1ACVA 4ZB9A 4MF5A 5IO0A 2MMNA 5HR1A 2XHFA 4FH8A 1OC8A 2NBSA 1GRXA 2N5AA 2L5OA 3BCIA 4OO5A 5G5EA 1T1VA 3TJFA 4HJMA 1G6WA 2VUPA 2WJUA 2H0GA 4MJAA 5G31A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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